Map Locations of contig_49599 (8282 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_49599

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64988 1 951 bp MLOC_64988.1 Available Available LOC_Os11g04440.1, FRAME:+1, EVALUE:4e-67, 13111.m00400 protein expressed protein
MLOC_64989 1 219 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_64988






CDS Structure of MLOC_64989






Contig Sequence (8282 bp)

>contig_49599 8282 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CTCATCTGTCTATACCCACAATACTCACATGCTCTGTACTTGGACTCAGCGAAGAACATC
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AGAGATGGCGAAGGATTGCTACGTCGTATTCACTGGGAGGGTTCCATGAGTGTATGACCA
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CCTCTACATCATGGTTTAGATAGGGATGANNNNACTTGTGGGTGTGCCATGACTTGTGTA
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TCTGTTGCACAAGGATGCTGTTACTTTGTTATGTGGAACTCGGCTGGTGTGGTCAGTTGG
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GCTCCTCTCATCCCCTCTCGACCTAGATGGTGGCTGGCCAGGTCCTCATTGGCGCTCCGC
CGCTTCCCCTCCTCCTCTCTGTGCGGCTGCTTTCTCTTCTCCCTCTGTGCGCTGCTACTT
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ATCGCTACTCCCAAGCTGAGTGAGCAGCTGGAGTACCAGTTTAAGAGCCTAAAATTATTT
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TGCAGAGATGGTGAGATCCTTCGTTGACAATAAATATTACGGCAGTATACTTTATGAGAT
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ATATACTCCCCCAAAGTAGATCTATCTGTAAGGTGTTGAACGTTAAAATTCTAGGTCATT
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TGGTGCAGCACCTGACTTGTCCCAAGTCATGTCTACTAGTCATGTCTACTACTCCCTCCG
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CATCTTCTGCCAGAACTCCATACCTGATGCATGTTAAGTTGGGACCAGACTGGGCTTAAG
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AATGTGCTCATAGTGCATACCGAATAGAGAACTTACATATGCTACTCAGTCACATCTGTT
GTTGTTCATGGTGGCTATGGTTTGTTTGACTGAGGCCAAACGGTGCCTTTTGATTTAAAA
AAACACCAAAAAGGCAATTGATTCCTTTAAAAAGCAGCAAGCTCAAGAAGCATGTGCTGC
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AGCTACAGACTGCACTGAAAGAATATCTCCTGGCAAGAGGTGTTACCCCCGAACTGGCGA
CCTCACTTCGTGAACACTTGCTTCAGAAGGAGCAGGCCCAGTACGTGAGCTGGCTGAAAA
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GAGAACGATTGTTGACCTATTAGACTATTAGTCCTCGGCTGTTCAACTTTGCTCGTCAGT
TGTTAGTCTGTTCCTGACGAGACGAATGCTTAATGTTCTTTTGGCCGTGACAATGCGGGA
TATAAGGTGAATGCTGTATCTCGGTTAAGTCTGTGTCCTGTGAAGTTACAGTAAATTTTT
TTAGGGGTAAATGCTTTGCTTTATTGATGAATAATACGGATTACAGTGATAAAATGAGTA
TCAAAGGGTTGTAGGAGCCACACATGGCGTCCCTCCCCCAAATGCAAAGCATGCTTAGCT
AAATGATGAGCTTCCATATTGGAGATTCTTCCTTAATGGACAAATGATATAGCCTGAAAA
TTAGTGTTCCCGTCCTTAATTTCCTTGATGATTGGGACAGTAATACCACATGTTTCGGAG
TTGATCTCCGTTACCGTTGAGAGACAATCCGATGCCATTACTAGATTCTGAAGTAGATCC
CTGCCCAAAGATTGGGCTTCACGGCACGTCAATGTTTTCAAAATGTGAGGGTCAGTTAAA
CCATGAAAAACTACGGCTGATGCTCCCAGATACACACCCTGATTATTCCGGCACACTGCG
CTCATAGCGCCGACGAGAGGAGTATTGTAGTCTGCACCATCCACGTTTACCTTGGCACAT
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GATTTTTGTGGCTTTGTCACCCCAAGCTCGGCTATGTACTTGTTGACAAAGGAATGGGTT
GCCAAAGGGCTTTGGTGCTCTCCTTCATGGATCGGTCTCCTCCGTGCAGACCAAATTGCC
CATAGTGTGATCGTGATTCTGACCAGTTCGTCCGCTGAAACCGAAGATAGCATGCTGAAC
AACCATGATCGAGCGTCTGGTTCAGCGGTGGCTAGCATATGCTCGACTAGTTCCTGATCG
TGAAGTGCCCAGACACATCGCGCCATTGTACAACTTAAAAGGGAGTGGAACCATGAGACC
CCGGCGCCACATATTGCACAGGACGAAGATGACGCCATATGCCGGTGATGCCGAACGTCC
GCTGTGGGAAGAGATGTTTGCGCAAGCCGCCATAGGAAAACGTTGATCTTCGACGGCACC
GGGATTCGCCAGAGCGTGTCCCAACACTTCTTCTCTCTATTACTATCAGCAGGGCCCCCG
CGTCCCTCGAGACATGCTTCACGTCGGAGTTTTATCGTGATGAGCATGCGATAACAGGAT
TTGACAGTGAATTCACTTTTCTTTTCCCGCGACCAAGCCCAAAAGTCCTCACACTGTCGG
GTGCTCACGGGTATATTAAGAATCACATTGGCATCAATTGGTAAGAATGTTGTGTTAACC
AGTTCCTGCCGCCATCTTGCCGAAGTGCTGTCGATGAGTTCTGACACTAGTGTCGGTCGA
TGGGGAGTAAGGCATGCTACCGGTCTCGTGGAGGCCTCCTTGGGGAGCCAGTTTTGGTTC
CAGATATTTGTGTTGTTGCCGTCGCCGATCCTCCTAATTAGTCCCACTTTGAGAACATCT
TTACCTTCCATAATCGACCGCCAAATCTGCAAAGGATTGTTGCCAAGTTCAGCTTCCAAG
AACTGAGTTGAGGGGAAGTAGCGTGCTTTAAGGATCCTGGCACTTAATGTTTCCGAAGAT
TTCAGCATGCGCCAAGCTTGTCTTGCGAGGAGGGCGAGATTGAACAATTCAACATCTCTG
AAACCCAACCCTCCTTCATATTTAGGTCGTGTCATCACTTCCCACAAGACCCAACTCGTC
TTTATTTCACCATTTTTGCTGTCCCACCAGAATTTGCGAATAATTGAATTGATATGGAGA
CAGAGTCCTCGTGGCAGTTTGAAACACGCCATCAAAAAGACTGGAACTGCTTGTGCTATT
GATTTTATGAGTACTTCCTTCCCTCCTGTTGATAGGATTTTCTCCATCCAGCCTTTAACT
TTGTTCCATACTCCGTCCTTTAGATATTTGAAAGCTCCATTTTTGCTGCTACCCACATCT
GTGGGCATACCCAAATACTTCTCATTCAAACTCCCATTCTGAACATTAAGGATATTCTTG
ATAGAATCCTTTACCACGGGTGCGCATCCTCTACTAAAGAAAACCGAAGATTTAGCTTGG
TT