Map Locations of contig_49444 (12854 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_49444

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64873 4 5913 bp MLOC_64873.3 Available Available LOC_Os10g43075.2, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13110.m04076 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_64873






Contig Sequence (12854 bp)

>contig_49444 12854 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATCACGACATGTTGTGTGATTCTTCATAATATGATTCTCGAAGATGAGAGAGGCATGAAC
TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGCTAGAGACCCTAACCGA
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CCATCCATTTATCCATTCATTTTCATTTCATTCATTTGTGATTTGTGTACGAGACAAGTT
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GTCTGTCTCTCTCCGCACTCGCGTCGGCCCGCAAAACCCATTTTTCGCGAACTGTAAACG
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CTTCGTCAAGGTCCGCCCGCGCGGCGAAGCTCCCAAGCGCGACATGGTGTACCCGGCCAA
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GCACCTCCAGGTAGCTCTGCTATATACATGTGTGTTCTACTTGCTCTATTTCTGGTTCTT
GTCTTGCTAACGTATCTCCACCCTGCTGAATGAATTGTATTTTTGCAAATTAAATCTAGC
TGCTCAAAGACATTGCAAGCAGGCTACCACCATTTCTGCCCCAGATTGAGGTAAAATTGG
TCTTGCTCCTAGGCTATAAGCTAGCAGCAATTTGCTGTTTCCCCCATGCTCTCACATTGT
CCACTTCAACGGGCTGACTGTCTGCTTATCATTCTGCAGGCTGACCTTAATAGCATCACA
GACACCCCAGAGAGCAGTGTTCGTTTCCTGGCTCTGCTTGCTGGCCCATTTTATCCAATC
CTCAGCCTTATAAACGAAAGGTGTGGCCCATTTCAAATATATGCTTAATTGCCTGCCTTC
ATCTCTAGTTTACATACATTATGTGCATGGGCACTACTATTTACGCCCTCGTGTGTGCAC
CCACCTGTGTGCGAGCAATGCCATTTGATTGATACATTCCCCCAAATTTACAGGGACGCT
ACAAAAACATCGATTTCCTCCACTGATTCAGACACCCTAAAGACTAGCCTGGCTTCTATT
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ATGTTTATAGGAACAAGTCATTTATCTTCTGCACATCTCTTTCTGAATGAACATTAACTA
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AGTTCTGTAGGAGTGTGTTAGGTTGATGTTATCCAGGATTTTCCATTAATTTATGTCAAT
CATCACATTGCACAAACTCCTTGTTGGCCATGCCTCTGTAGTGAAACACTGAGCACTGAC
ATCTGCTCAGTTTGTTAGTTGCTTGCAAATGCATGAGAACATGAATATTTCTCGCTGGTT
TATTACTGGAACTGCTAAACAGCCAGCCTATTCTGTGTGATTGCCAATTTTATGTGTAGA
AAAAGGAATTGAATGGTTTCTGATTGTATCTGTTTTCCTGATGGTTTCAAGTATTTAAAA
TGAAAGTCATATTCAAATGTTCTTTGTTCGAAATGTGCTCTTGTTTAGGGCTGGCAAGCT
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GGCCGATTGCTCTGCAACAATTGATATGGAGTTTGATGATATGAAAATTAAAGGATGGTA
ACTTATTTTAGTGCTCCGTGCTGTTATTAAAACTACCAATTCATGACTTGTATTTTACAA
AAATCTTTTTCAGCTATCATGCATGATCTTCATATCTAGGTTTTTATTCCGTGGAGAGTA
TTTATGTGCCCTTCAAAGGAAGTTGTCACCTAAACCAATAAGGGAAGTTAAGTTGGTTAA
GCAGTAAATGATTAGTAACCACATTCAGGCAGTATGTATTTCCCTTGGGGAGCATAGAAA
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TGGCATTTCGACCTGAAACAGCTATACTACTCTTAAGGAAAGCACACAAGGACAAAACTC
TCTCAATTGTTTGCCATCGAGTATGTTCTTTGACCATATTTTTTTGCATTCTTTGGTCAT
GTACTTTTTCCTCTCGGAGTATTTTCTGAACGTTTGCTTCTTTTGAACTAAGGCATCAAG
GGTGCTCCAAAAACTTTTGGAGCCTGAGCCATTCTTTGACGAGCCAATACCTAATGGTGG
CATGCTTCCGAGTGAAGTCTCTGATGAAATTCCTAAAAGTGACGCTTCCAACCTAGTGCC
TTGTACAAACTACTCTAGTTTGTTTGGAGAAGAATTTGGTTTATCGGAAGATCACTTCGA
TGGCTCTTTTCTAAATATTTTGGATGTTGCTGCTGTTGAAGAAGGCATTCTTCATGTACT
GTATGCAGCTGCATCACAGGTTATCTTTGTCATATTGTGTCATCCTTATATCTTCCAATT
TCCATGTTACCTTTTGTTCTAAAAGGCTAGTTTTATTTTCTTGATTGTACTTGTAGCCTC
AACTAGGTTGCAAGCTTGCTGAAATTACTTCAGACATGTGGTCTGTCTTACCGCTTGTTC
AAGCTCTTCTTCCAGGTATTGATTGGGGGATGACATTATATACTTATATGCCTTTTAGCT
TCCCTTACTACTCTTAAATTAGAATTAGCAGAAGTGTGATTGAGTAACAACTTTGGCTAC
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GACTATAGATTGTGTCCAATCAAATGTTGGTTTGTTTGCATTCCAGGATTTTATCCTATG
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TGCATTAGTGGCACCACTTACAATTTCTCAAGTCATTTGTGGCTGCAGATTGTGTCAATG
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CTCCGTTCCTAANNNNNNNTCTTTTTAGAGGTTTCACTAGAGGACCACATACGGATGTAT
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TCTGGAGATGCTAGATCCTTTTGTTGATCATGCTATAAGTGCAATAAAAGACAGAATATC
GTTTGGTGGTGTGTCTGCTATGTATTTGGAGAAACAGGCAGAAGTTTGCGAAATGGCCTT
GAACATTATTCGTATAGCTGCAAAGAATCCTGCTGTACTCCCTTCTTTGGAACTTGAATG
GCGGCGAGGTACTGTTGCCCCAAGGTTGGTAAGCAATATGTACATGCAGGTGCAGCATAA
GTTTACGACTACAGTGAGTAATAATCTATGCTGTATCTTATAATTATCTAATAGTTAACC
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GCCAACTTAGTGTATACATGTCCCACCAACTCAGCTTGTGGCGTCAGTTGAAACAAAACT
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TTATAAAATTGCTTTGTATACTAGTAAAATACGCTAATCTAACTTTATCTTGCAGTATAC
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CTGATGATTACAATGATGCACGGGCTGATTATCTACAACTACTGAACCAAGAGAACTGTG
AATTAAGAGCTCTAGAATTTCGTCGCTTAGCACTGAACCTGTGCATGCAACAGGAGCCAA
CAGTTGAGGGGCATAATGCCGGAATTGATGCTTTGCTACTAGCCGCAGAATGCTATGTTA
ATCCATTTTTTCTCTTGGATTTACGGCTTAATTCAGAGCCTCTGGATCGAATTGAATGTA
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GTTTAGACCTAGCGACAGCGCACAGTTTGGAGAATAAACGGGATAGAGCTGTCCTAGATT
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TCTATCCAAATGATGCTGAGGATGACAAGCAAGCTATAGAAATTTCACCAGAAGTTACAC
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TCTTGTTGCACTCAGCAACTGACCTATTTTGTCCACCAGATAATGTGATCGATGTCATAT
TAAATTCTGCTGAAAACCTCAACCAACAGCTTACATGTCTTTACAGCTCTGTTTGTGCTG
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TCTTCTTTCCAAGCATGAGCAGACAGTTTCACACATTTGGAGAGACCATTTTGGAAGCTG
TTGGTTTGCAGTTAAAATGTCTCCCCAAAAGTGCAGTACAGGATGTTCTTTGTTGGTTTT
CTGAGATGTGCATGTGGCCTTACCTTGAATGCATTAAGGAGCATCTTGTACTTGCAAACG
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TCGAGTCGGTTGTTGCTGAGCACTTAGAGGCTATTGTTCCTGAAATGCCAAGGGTAGTGC
ACATTCTTGTGTCACTTTGTAGAGCTTCTTATGCTGATGTGGCCTTCCTTGACTCTGTAT
TGTGTCTATTGAAACCATTGATATCTTACTTCTTAAGGAAGGGAATTGATGATGAAAAAG
TGATGGGTCATATAATTGACTGCAGTGATTTTGAATTGATTTGTTTCGAAGAATTGTTTC
AAATTATCCGGTGTGGTAAACATACAAAGGATGCAACCGGTGATAAGATTCAGGTCCCAT
TGCTGATCTTCATTCTGGGGTCCCTGCTTCCTGATCTGTCCTTTAAGAGGAGGATTGAAA
TATTGGACTCCTTGCTAGTATGGGTAGACTCTATCGGTTCTGATCCACCATCACTGCTGT
GTAGCTATCTTGAAGGCTTTCATACACTTATTGATGGTTGTGTAACTGTACTAGTTCAGA
ATATTGAATTACTTGGTATCAGCATCCTTTCTGTGAGTGAACAGTCTAGGGAGGCTGCAA
ATTCCATAAGTGGGGATGCCATGATGCAACTTGAGAAGAATTCACAAGATAGTGCAGAGC
AGCTATTAGTTAAATCCACAGACAATGCGGAAAAGTCGAAGGGGGTTAATTCTCCACCTG
TTGGTTGCATTATAGAATTTTGTGATGCCCTGGAGAAGGTCATTTCACATCTTACCCTGT
CAACTGAGAGTAGCTGGAAATGGCACCATCAGTTGGCCTATAGGCTGTCTTCATCGATGG
CAAAGTGTTTGCTGTATGCGAAATGTTTAAAATCTGTTACTCAAGGAAACACAATTTCTA
GTAACACTAGGCAAGAGGTGGAGCTTGTACAAAAGCACTGGGACAGTGCTCTTGAAGGTC
TTGCAGAAACCATTTTAGGAAATCAGGAAAAGCAGTGCTGGCAGGTGGCATCCTCTATGC
TTGACTATATGATTAAACTACCTAATGTTCTTGCTTGGGGTAATGTTCTTACTGCCACTT
GTTCAGCAATCGAGCACTTCTGCTCTCATGCACCTAGGATATCTTGGAGACTGCAGACAG
AGAAGTGGTTATCGTTATTGGTTTCAGCTGGAATTGAAGACCTCAAGAATAGTGAAACCT
CGTTGATTAATCTTTTCTGTACAATGTTGAGTCACGCCGAACCAGAACAACGCTCTGTTG
CATTGCAGCAACTTGGGAGGATTATTCACTTGGCGAGCACTGCTGAAGTTGGATCTGGTT
CAACAATGGCATCCCATTTGGTTACTCATACATGGAACAGAATAATAGCATTGGCTCTCT
ATGACTCTTCTATGCTATTAAGGAATCATGCAATGGCTTTGCTTACTGAATATGTTCCAT
TTGTTGATAAAAATCATCTGCGGTCATTTCTTGCATCAAGTGACGGTATCCTGAAAGGTG
TGGGGCAACTTTCGTGTGTAATCGAAGAGGGCTATTTGACACGAATGTCCTTACTGTTCC
TTTCAAAGGCATGTCTTTATTCTTCTTCTGAAGATATTGCTTTGATTCCTGAATGTGTTT
GGAGGAAATTGGAAAACATGCAAGCATCACTAACTGGTAAATAATGCTTCTCGATTACCC
ACATTTATGTTGTACTTATGCCCTTATGTGGGGTTCAACCTTAACAACTGATTATTGAAG
CACTTTATTTACTATTTTCTGATGTATTATTAGGAGGTTTTGGTGCCCTGGAGAAAGATC
TCTGTCGAGCTCTATGTCAGCTAAGAACTGAATCTGATGCTAAAACAGTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCCCTCTCTCCCTCCCTCTCCTTCAACCATCT
TCTTCTATCCTAGGACCATGGCTAGCAGACTCAATATTATTTTGTACATGTTCTGGCTAC
TGAGTACTGACTCTGTGTCTCTTTAGGTTGTAAAAGAACTTCTTGCTGGATCTACTTCAA
AACCAGTAAATACTGATTATAAGGATGTCCGTGAATCAATTCTTCAGGTCATAATCTTTC
TTATGATTCATTACGAAATGCCTATTTTTCTATATTATTGTCACTTCTTTTTCTGCTTTA
TTACTTGAAGTCTGTGCTGTCGATCACTGTTTCAGTTCTGAACTCAAAAGAGGTTCACTT
CACATTGATGAGTGTGCGTGCACTTTTGTACCTAACAGTATAAGTGCTTAATACTTCTTC
AAATAGCAAACTTCTAGTCATTGTTGGAGGCTTGGAGCAATTACCTTGATCTTTAGAATT
CTTGAAGGAAGAACTTTTGTAATAGTATATGCAGTAACAACATTTTTTGTTAGTTTGATA
GTTTTGGAATTCATGTTCATCTTCCAGAAAACCAAAATGCTTGCAAGCAAGACTGGAAGA
GGCAGCACTGGCATGCTTGTATTTTTGTTCAAATATATACTCCTTATACCCTAGTTGCTG
TGCACATAGGGTGTTAATGTCAAGCTCCAGTCCATGCTGGTAACCTGCTTTTGTGAATCC
TTTTTGATAGGTGTTGTCCTCTTTGAGTTCTGTTGAGTCCTACTTTGAGTTCTTCTCGAT
CAGATCTGATCAGGAATGTCAGGTTAGAGATACAACCAAGGTTTCTGGCCGCCATGTATT
CATTATCTTATTCTGACACTTAAATAATTACAACACCAAGGAACTTGAAGAAGCTGAGGT
TGAATTGGAGCTTATTAAAAATGAGAAAGCAGTTCTGAAATTTGCCGGACATCCCCAGGA
TACTGTGGTTCCAGGCATGTTATCATGTAAGATCAGTGACTATTAAGAACTATTATTATG
AATATTGTTCCCTTAATGTGCAGTAATGTAATTGCATCTACAGATTACAAGGATAGTAGT
GAAGTTAATACACAGCTTCAGCAGATCCGTGAAGATATACGGTCCCTGTAAGTTGACATA
TCACATTTTACACCTGGTCCAAGCGTACTTTATTCCTCAAGCTCTTGACAATTACTTTCT
TTGGGCAAAACATTCTTATCACCGTGGGAGGTGTGTTGGCGCTGGTGAATTTTTTAATCT
TTGACAACACAACCTTTTTAAAGTTTAAATTTTCCCTATGAAGTTAGACTCATCATGATA
AGTACAGCAATTTTAGTACTCTTATCTTGCTTTAGAAATATTCCTAACAAAAAAAAATGG
TTAAAGATGTACCTCAGAGATCATTAAGATTTACATGAAGCAAGTCATTGTTTTAAATTG
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TGAGAGCGATAAGTTTGAATATGAAGCTTCATAAGAAAGCCTTGTATATCCATGAATAGT
ACTCCCTCTGTCCC