Map Locations of contig_49422 (9140 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_49422

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64860 1 1395 bp MLOC_64860.1 Available Available LOC_Os05g08414.1, FRAME:+1, EVALUE:3e-29, 13105.m00927 protein expressed protein
MLOC_64861 2 1503 bp MLOC_64861.2 Available Available LOC_Os05g08410.1, FRAME:-1, EVALUE:2e-81, 13105.m00924 protein ATP10 protein, expressed





CDS Structure of MLOC_64860






CDS Structure of MLOC_64861






Contig Sequence (9140 bp)

>contig_49422 9140 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTGAGCATTGTCTGCTGGTAGCTATACGTCTATTGGCCAAGACACCAAAACATGGAATCA
ATCCATGGAGCATTCTCCATCCGAAAATTTTAATCTTCGCAGGTATTTAAGACCCCATAA
TTTCTTCCATACATTACTCCCTTGAGAGCCTCTAGTATCCATAATATTTGGATTATGCCT
TCCAAATTGATACTCCCACTCAGCGTGATACACAGATCATACTGTGAACAGTCCTGTTTT
TGTTAGATGCTATGCTACAAAATCTTGCATACCGGCCGGTGATAGTGGAATTTCCAAAAT
CCTATTTGCATCGATACTCCAAAAATTCTCACGAATAAGTTCTTCATTCCAAGCTCCGGT
GATTGAATTAATTAAATCAGAAACTTTACTCAACAAAATACCTTCTTTTGGAGTATACAC
CTTTTTTATTGGACTTGTTGGAACCCATGCATCTTTCCATATATCTATTTAATCACCTCC
TACCACAGGCTATCACTAACCTGACAACAAGACCCACCGGTGATCAGGTTTCGCCTCAAA
TGGGTCGATCAATGCTTTCTCCAAACTATCATGCAGAAAATGTTTTTTGATTTCTGCAAA
AAGAAAGGATCCAATTTCCGTATGGTGGTTTTTTGCAATTTACTGAAGTTCGACCTATTC
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ATGTTTTTCCCCATAAATAAGGACTAAGTTTGCCACCAGGCCTTAATTTAATCTCCAACA
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GTTCCTTACATAATAAATCCGAAAATAATAGTCACATTACAAATCTGAATATTTTTAAAT
ATTTTAATAGTCAAAAGTTATACAAGTTCGACATCACACTCAATGCAGGAGATGCGACGA
GCAACTTCACTATTTGATCCAAGAAGGCTAGTGTTTCAATTCGATTATTTCTGGTGCATC
CAATCCATGCTGAGAATCCACTCTGTTACATCAATACACTATTATGTGACTGGATTGCAG
AAAACAACCCAATCCATATAGTATGTTGTATCTGTCAGAGAAAAACTGTCCCTCGGGCAG
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CCAGCCTAAAATGGCCAATGTTCAAGAAGCCTTTTAATTTCATTTCTCATCTAACAAGAT
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TCTTATCCTACCCAGGCGATCAACCAGGTATATGTACCTGCAGTATCAGAATTGAACAAC
CTTGTCATAACTAGACCCGCTGCTTCTAGTTTACTGAATGTCTAAAGGGGAGGGAAACAT
TACCCGGTAAGAAGGTTTACAATTTGAAGCTCCTTCCTGAAGTCATAGTGATCTCCGAAG
GCATAGACAGCATGTCTTTGTGGATTGTTCGATTTCCTCATCGCCTTGAGGAAGGCACGC
CTCAAGGGACTTGATGATAACAGCCACGAATCTATAAACGAGACCTAGAACATAGTGTTT
TCGTTTCAGCTAGCAGCCTGGCATGATGTAAGGCATTTTTCTTCAACCCATCAGAAGCTC
TTAACTTAATTATCGCCAAAGCAGTAGGTGTCATCAATACTTATTTTCAAATGACGAGTC
AAGACAAAGTCTTCTAGCAGACACCATGATGCAAGAATGTAAAATGACTACATGAGCGCA
TCTGACTCCAGAAAATAGAGATCAGATCACAATAAAGGAAGTAAGGTAATGCACATCATA
AATGATAATAATAACATAAAGAGAAATGACATATTTGCTGTTCAAGACCATTCCAAAGGA
AGAATGAATAATTTCACTCAATTCACAAGGTGTTACATTACACATTTGATGGAAGTTCTG
GAAAAAACAAATAAAGCACCATCTCATGTATATTGAAAAAAGAGGTCAATGGCAATTTGC
ATGGCTTTACATCACAAACATACTTTGTAATAAACTGAGAATAATTACGTAAGAATACCT
CATATGCTTCAACTTTTCTAGTGGCACCAAATGCATCAAGAAAAGGTAGACTCCACGACT
CTGCCATTTTCTGTTGAGCAAAAATAAAATAAAAAATCTAATCAGCTACTGAACCACCCT
ATTGGACATCCCTTGTTCCTGAAGAGCATATATCCAAGTTGACAATGTAAAAAGATGAAA
CCAGAGCTCAGTATGTCAATTAAGAATTCTATACTTGTGGGGAATGACTTAACCATTCAT
GAATTTGCGCTATATACATGTTCTTGTGCAGCTGCCCATAATTCAACTAGGAGAAACTTA
ATGTTGTTGTCTGTATTTTTGTGAACTTGGCATGGTAATTTCTAACAGTGGATACATGTA
ACAGAGAGAAATGTGAGGCTACACATTTTTGCAGCTTGGTGAAATGGTGAGTTGTGAGCA
TGCACGTTACAGTGGAATTTTGTTGGCACATCCTCCTATTCCTACATCTGTTTGGTGGTG
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CTGAACGGTGTGATTTCTATACTGCATTAAGCTCAGACAACAACATTATTACCTAGAAAC
TATTAGTTCCTAATAACAGAATGAATTTTATCTAATAATCAGTAATTATCAACACTACTC
GAAATAAAGGTTATTCAAATGAAACATATTGTGGATTTTGGATCAATGAACCTTGTATGG
TTTAGTACACAAAACAGAGCCCAAGAAACATGACCATACTCGTAGAAAAGGGAAGTATGT
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TTCTCCTTTTTCATTTTCTTTGGAGATGCTTGACTGCAACTCAAAGGCATGTGCTAACTT
TAAAGTCACTCTAAACTTCTAATAAAACGTGGGAAATAGTTGAAGCAATTAATACGGTTA
TTTGCGATGGTGTTCTAACTTCCAAAGAAACTTTCAATTAAATATGGAATCACCATCCAA
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CAACAAGCGGCAGCTGCAATGCTCTGCCAGCAGGGGACTCCAAAGCAAGATTAGGGAACT
TCACGGCAGCGGCCTCTGGGATAATGATCTTATTCGCCGCCGCAATCTACACCATTCCAG
TTACAATGTGAGGATCCATGTCGCCCATCATCCAACCTCACCAACGGTTATTGCTTACTA
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TCTCGGAGATGTCCTGGAAGTACCCCCTGCTCATCTCATCAGTACTGCACTAGACCAACC
AATCAGAGGTTCAGAACTAAACAATCACACAATGCACCCGTACGGCAGAGCAATATAACC
AGTAGAAATGATGTGAGTAGAAGAGCCTTACAGCCTCGCCCTCGCCTTGGCCTTCTTCTC
CGCATTCTCGGGGCTCTCCTTGCTCCACGGCTGATCATCCGTCCACCCCAACACAACGAG
AAAACAGAATGACTAAATAAATGCTCTAATGGATTGCAGTTGCAGGGAGTAGCTAGAGAG
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GGCTGCGCGCCACCGCAGATCCTCTCGCCAACGGCGCCTGCGTCGGCGAGGCGGAGAAGC
GGCCCCGCCGCTCGCCGCGCCCTCAGCATCATCGCCGCCGCCCCTGATCTAAGCTGGTGA
GGAGAAGGACTAGTTGCAAAACCGAAGCGCCGAGCCCGCCTGTGACACGACCTCTTGAAG
CGTAAACGCTGCTGGAAAACGTACACCAGTGTTTACGTGACCGGTTCTGCTACGACGTAA
TAACAATAGACCATTAGGAAACCGCGGATTCCCAAAACCAGCAGCGCGGAAGGCGGAACA
CAGGAAGCAAAACCCCCTTCCCCTCCGGCTCGATTCGATCCTTCTCCGTCCCCCGATCAT
GGCGTCCTCCTCCTCCTCCTCGCAACTCGAGTAAGTGCCCGCGCTCCCAGTCTCTGTATT
TTGATCGCCAGTCCAGCGCCGCTCACCGATCGATCTCATGTACCCGTGTCGTCTCGGAGC
AGCGATCCGTCGGCGAGGCGCCCGCCGCCGCCGCAGAGGAAGCCGCCGGTGCTGATGCTG
CTCCCGCTCATCTACGCCCCCGTTCTGCCCCTCAGTACGCATCCCCCCCTCCCCGTCCCT
GCATTCCCGTGCCGCAATTCCTCGTTCGGATCGTGTTTGCTAACTAGGGTTGTCTGTCCC
TGCGTGAGAAACAGTCAGGATCGGGCTGCGGCATAACCCGGTGTGGAGGGACCGCCTCTT
CTACGGCGTCCTCGCCGGCGCATTCGTACATGGCACCTACCTCATGTACGTCCTCTGTCT
GTCTATTATTCACCTGTCCTAGCTGTGATTGTTATTTATCTATGATCGGTGAGCACTGCC
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CATTTCGATTACATGATGTGTGTCTCAGTGCATAGTCGGTATCGGTGAGACCACTAGGAG
AGGCTTTAATATCATGAGGATATGGCATGGAAGCTATTATAGCGTTCAACCACATGTAGT
GTAGTATATATGCCTAGGATAGCTATGTAACGTGTCATTCTCTATTTACTTCAATATAAA
ATGCTGCGTGGCAAATTGAAAAAATAATAATTTGATGTGAGGATCTGCCTTTGTCGGTTC
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CCATATACAGAATATTTCTATTGCTTTGACCACAATTATTGAAAAAAAAACGAGAAGATA
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GCAAATTTTTAGGTTGCCTTCATATTAACTGAAAGGGATGTGATTCGATGAACCAACCAT
GCCCGACTGAACACCTGAAGCATTATTTCTCTAATGGAAACATGAGCTTGATAATTTCTG
TTATAGTTTGCTTGCTACAATCATGGTTGGCTTTTGTTATGGTTTCTTCCAAGTTCTATT
AGTGTATGATATTATGCTTAGATTCATGACCGCTGCTCAAAAGGTAACAGTAGTACACAC
CAGAACTCCCATCACACTTCATGCGAAATAATCCGTTATCCTTGATTGCATGAAAGCTTG
ACATTGTTTGATGTGGTATTGTAAGGAGTGTCAGATGTTAGCGGTGTAATGTATTTGGCG
AAGAGCAATGTTCACATGATCCATGTTATTGGGTGGATGAGTCCACAAGTTATCTGTCAT
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TGTGTGCACTTTCCTAATTCATGCTCTTATGAAGTCTTCATATGTAGTTCTACATGGTCT
CAGAGTCTCCAATATACCATGCATCTCATAGAAGAATTTTGGTGTTAATCTACAGTAGTG
CTCATGGTTATTAACATATACTCCCTTTGTGCCAAAATATGACGCTGAAGGAAATTTCCG
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TTGCCAGATCTCCTGCACGGGTGAGGGAGAGGCGCTGGCGACGCGTGCGAGAGAGGGGTG
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AGGGCAGTTTTGAAAAGATCAGAAATATTATAACGTGACAAAATTTGTACTGAAAACGTT
AGAACGTCATATATTTTGACACGGAGGGAGTAATGTTTATTGGATTTGTTTCATCTAAAA
AGGCGCCTTCAGCCTTCTTGTGGTTATTGCTTGTGCAAACTTGTCTGCAATGGTGCTGCT
GATGGTTACCTCTACTGCACTGGGTCATTTGGTCATGCACAAATCCAATCCTTGATGTTT
GCTAATGCTTTGATTTTTGGACCACTTCCAAATATAGCATTGGAAAAATGGTTAGCCACT
TACTTCCAAATATAGCATTGGAAAAATGGTCGGCCACTTTAAAGGACTTGTTAATGTGTT
ATTCCTTATGGAAATGCAGTTTTTTGTCAAATTTGTCAGAGCCTTTCCACGTTTTATGAA
TTGGGTTTGTTCGTGTCCGCAAGTTCAGAGATATAGTTTCTTCATGAAAATAAGCTTATA
CGGTTCTCATTGATTTTCTTTCAGATCAGAACTGTACGACGTGGAGAGCAAGTGAATCAT
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ATTGATGAGGGGGTGACTGGTTTTTCATATTAGCATGTTTGCCCTCTACCTGTTTCTCTT
AATTCGATTCAAGGTTTATGTTTGCTATACTGATAGAATGCTTGAGCGCACAAAATAATA
TTGGCTGCCAGAGCAATGCACCTGGCAACACTTGCAAATTCTCTATTCGTCGCAGTTATC
TATTCCTCCTTAAGCTGTCGGTCTGTTTGTTCTCATGTGTTGCCGTTTGTTTTCTCCGGA
TCAAAATTAGAGAAGAAAAGTAACACAGCTGTAACTGTTTGAAAGGATTTGCATTGAAGG
CTGAAGAATTACCATTACCACATGCTTAACTTTGAGCTAAAACGTAGAGTTTAATCATCT
TTTTTTGCAGGAACAGTCCAACTGTCTTGGTTACTATTCGTGCCTGATTCTTCCGTCAGG
GTGCATTATCCTTTTGATGAAATCTGTGTAGTATGAACGATATTGTCATCTGACTATCCA
GTCCAATCCATTCTACTCCCTCCGTTTCTAAATANAAGTCTTTTAAGAGATTTCATTAAC
GACTATATACAGAGCAAAATGAGTGAATCTATACTCTAAAGTAAGTTTATATGCATCCGT
ATGTAGTCCGCTAGCAAAATCTCTAAAATGACTTATATTTAGGAACGAAGAGAGTATCTG
TTTATTGGATTTTTCTGATTATATAGCCCGTGTATTTTATTATATGCTGGCGAAGACAAA
ACTTTTAGCCGTCCGTTCGTTAATTACCTCGGTCCTGTCGAGACCAATAGCTGCCGGTTG
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ATTAATAAAGCAATTAGTGCTTCTGCTGTCCGTCATTAATATTACCTTCAAAGTTGACAT
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CGGCCCAAAGCTATTGGTTCATTTACGCGGTGGCCCCTTTATATATCACATGTGGAGACT
AACAAAAGTGGCTTGAACCTTCTACGTGCACCCGGATAACCCAAGTTCAACTCTCCACCC
ACCCATTTTCTACCTTGCCCAAGTGTCATTTTACTAGATGGGCTGAACTCTTACAACTTG
GGCCAAACTGTTTTTTTTACGTTTCTGTTTTTTGCATATTCAATTTTTTTATAATATTCA
TATAACCCAAGTTCGACTCCCCACCCACCCATTTTCTACCTTGCCCAAGTGTCATTTTAT
TAGATGGGCTGAACTCTTACAACTTAGGTCAAACTGTTCTTTTAACGTTTCTGTTTTTTG
CATATTCAATTTTTTTATAATATTCATATCCTTTAAACTCTAACTCCAAATTTTGAAAGT
TATATACGAAATAGCTTAAAAGAACATGTAGATTTCAAATATAATATTATCTTTCGTGTT
AATTGTTTTCAAAATTATGTTTACGTCCTAAATTAATACCTTTCTTTATATGGGGCGTTT
TAAAAATATCTATTCGTTATGCATGTGCTTTCAGATTGGTTGTTTTCAATGAAGGTTCTA
ATATATTTGCAACCAAATTAAGTCTTGATTTTGGTTACAGTTACAAACACATAGATCAAC
AAATCAGGAATGATGCTCTTATGCACATGTTATCATTGAGTATTAGAGTGTACTTTCCTA
TTTTCAATCTAATGCACTATTTGTTGACTATGATTGAGGAACGCCGAAAAAGGTGAATTG
ATACCGACAACTAGATAGATATTTTTGTTGTCTAATAAATTGGACATAACTTCGGTACAC
TTAAAATATCGTCCCACTTTTATGTTTCTGCACAAAACCACTTATCATGTTGTTCTTCAT
AGAGCACCGTGAAAGATTTAAGTGATTTGTCGGTGTCGTCGAGCGTGTGTATGAGAGACA
ACTTTTTCTTCCGTCGCAATGCACGGGTATATTTGCTATACCTACTAATAAAGCAAGGAT
AACTCCTGCCCGTGCGTTATAAACATTGCCCCTAAAGTTGATGAAAATTACCACAAATGT
CATTAATAAGTGGAAAACGATTCAGTTTTTTTCCTTAAATCGCCGCCGCTAGCTTCTGGT
TCATCAACCTTTATTCCATTAGCTTTTGGTTCATCAACCTTTATGCCTACTAATAAATCA
TAACTTCTGCCAGTCTGTTGGCTACGTCGTATCTATCCCGTTCGGGAGACCGGTGTTCGA
TCCAAGGAACTCCCCATTTT