morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_49370
Source Contig contig_49370
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_49370 (6871 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
		No map location
Predicted Genes from contig_49370

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_64826	1	582 bp	MLOC_64826.1	Available	Available	None
MLOC_64825	2	1688 bp	None	Available	Available	LOC_Os01g08500.1, FRAME:+3, EVALUE:1e-57, 13101.m00890 protein transposon protein, putative, Pong sub-class
CDS Structure of MLOC_64826

CDS Structure of MLOC_64825

Contig Sequence (6871 bp)

>contig_49370 6871 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCCAGGTAGAATCTTTCGTTTTTGCAGTTTTATTGGTCCAATTTTCTATGTACTAATGT
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CCCGAGACCTTCTGGTTCGTCGGTCTAGGATCACCGCCACGCTCTTTGGCCCACGACTTT
GCCGCCCTTGGTCAAAACATCGAAGATGAGATTCATAATCTTCCAGATGAACTTGTTACC
ATCATGCTCGAGTGAGACATTAGCAACAACCCTGTAACATCCAGAACAAGCCCACCGATC
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GAACCCACTCGTGCTCACTGAAAATGACGAGACACACGAGCTACCCTGGTTCGGCCGCTG
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GCTCTAGTACCCGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGAGGGGTGAGAATGGATCGACCCC
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GACCTCCGCCCTGCAGCGCCGATCCGTTATGTTCTTCTATCACTGAAATGGCAAGCATTG
GCAACCTTCTTTTGGAGGTGCAGCTCACGCTGCCTCCTAATCACTAGAGGGGAAACTGTG
CCCGACCACGCCTACTGGCAGGACCTCTCTTATCCTCCTCCTAGAGGGTGCGCCACCCAC
ATGAGGGGCACGAGTCCCCACAGCTGGAGCCAAGGACCAGAGCTGACTCGCATGAAAGAA
CCTCTCGGACGCAAAGTTGAACAAAGCTCTAAATGTCTTGTTCCCCCTGTAACGCCCAAG
ATGCGATNNNNTCCTTATTTTGGCGCGAGGGCCTCAAAAGGGATAGAAACGCATCTCGTC
ATTTTGCAAAGAATGGATATCGTTACAAGTA