Map Locations of contig_49277 (6182 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_49277

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64752 2 966 bp AK375286 Available Available None





CDS Structure of MLOC_64752






Contig Sequence (6182 bp)

>contig_49277 6182 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGACCCCGTCACCGGCGACCAGCACTGCGTTGACGTCCCCCCGGTGGTTGCGATACATGC
GAAGAAGACAAGGATGAACGGGGCGGTGCTTCGTGCTGCCGGAGACGGTGACCAACACTT
CCGAGTGGTGTTGACAGTGGCAGACAATGACGACAAGCAACACAGACGAGTGCTTGCCTG
CGTTTACTCGTCAGAGACTGGCGCATGGGGTGATCTGCTCTCAGCACAGCTTCCATCTGG
TGTTCCAGTGAGTGATTCTCCCGCTTTGGTTTCTACTTACATGCGTGCTGTGCTGATTGG
GGATTCCCTTTACTGGAGGCTTGCTGGGATTTTTTATGGAATTCTTGAGTTTGATTTGGA
GAAGCAAAGCCTAGCAGTGATACCGGTGCCAGTGCATATCCTTGAAGAGGGCCACCTATT
CTCGATTATGCCCGCAGAGGGTGGTGGCCTTGGTTTACTCCTCCCGACAGACGGCTGCAG
CATCCAGTTATGGAAGAGGAAGACTGATTGTGATGGTGTTGCTTCATGGTGGCTTGGAAG
AACCATTGAACTGGACAAACTACTTTCTCTGAATTCAGAGGAGAATAGCATAATGATACA
AGGGGCCATGGGGGGAAATAATGTGGTGCTTGTGTGGACACATCACATGCTCTTTACGGT
CCATCTTGAATCATTGCAGTTCAATAAACTTTCTGGGTACTACCCCCTTCATCAGTATCA
TCCATTTGAAAGAGTCTACGCTGCAGGTAAAGCATGCCTTCACATATCGGTTGTACTATA
ACCAAGTTAGTTTCTTATGGTTGGTTGATGGCATATACGATTCACATCCTTTTGTGTTAG
GTTAGCAATTTTAATTAGTGTCATATCAATTATTTCTTTTGCTGCTTGATACCCTCCTCA
ACATATAGCGATTTTTTTTCTGTGCCGTTTCTATTCTGATTCTTGTGTGATGGTGTTTAA
TGATTATGATTTATAAGTAAAAAAACATTAGTGGTATATAATTTTATATGTGCTCTATAG
CCAGGCGTTGGGCTACAATTGGTCTATTCTGAGTTCCATATCTGTAATTAAGTCAGAGCT
AGGGAACTGGCTTCATCAGTTTATTATGTGAATATCCATACAATAAAACAATAATGATCA
ACATTAGCAAATTATTTGTGTAGTATTGATTATTGAAATAAATCTCATTGTCGTATGCCT
ATTCACATATGGAAAAATTATACCCCTTCTATTCCATAATGTAGTGCATATAGATTTTTA
GAAAAGTCAAACCTCACAAACTTTGAACAAGTTTGTGGAGGAAAACATTTATATCTAGAA
TGCCAAATATATACCATTATATTTCATCATAAGATTTAGTTTCATATTTATATTTTTGGT
ATTGTAGATATAAACAATTTTCTTTATAAACTTGGTCAAAATTTACAAAGTTTGACTTTT
CAAAAAATCTATATGCACTAACTTATGGAACGGAGGGAGTATAATACAGTGGTAGTTTTA
GTAGGCAGTTTTTCTCAACAGCGGGAAATTGAACATGACTACATGAAAAATATCGTGAAC
TCAATAGGTACATGTTAAAGTTTAAAACTAGTTCTATTTTTTTCATCCAGTATTTATTAT
CTCCGTAATTTTGCTAATATTAAGTTCAGAATGGTGAACTTCTGGAATTTAAGAATATTT
ACTCATTTACCATTTTTAAAATAGTCATACTTAGAGTACAAGTCCATTTGTACGTAGGAA
AAATATTTTTATTTGTTCATGTCACTAATCTGCTTGGATTTCTTAGTATGATTATGTTTT
TATTTTTTCTGATATGGCGTGGAACGAGCTTATAATTCTGAATAACTTACTCTTCTGACC
AGCGAATGGTCTGGGTGTACATGTTCTTGATTTCTACAACATCCATCATTTATACTGTTC
CTTGAATATTCTATAAATTTTACAATCGGTGTAGTTTTGCTTATCATTTCCTAATGTTGT
TTGTCATAATACTCGAAGAGTATGCTTTCATTATTTTTTGTATTTCTATTTATCTTTTTG
CTCAATTTATTGCGGTTTTATGGATGATTATTCTAGTGTAAGGCAGTTTGCTTAAATATT
TTTTCAGGATATCTCTCAGTGTCTATCTAATCTGCGTATGTAATCTGCCAACTGCCATTA
TCCACTAACATGATTTGTCTGGTCCAAACGATATTTATCAATGCTTTGCGGGTAGTCTAT
TTTCTGCACTTTTGGTCACTTTAGATGTTCAAGACTTTTATTACTCCCTCCATTTTTGTA
TACAAGGCCACAAACCCATATTAGAGGTACCAAGGCAAAAGTTAATGCCTTCTAAGTCAA
TGTTGCAAGACAACTTGTCTCCTTGTTTGTCGTGTAAATTAATGTGTAATTTTCTCTCCC
ATGCACATCAAGCCAATGATCTCACTCCTAAATGCATGCGAGAGATAATTAATGTCCTTC
TTTGTTAGTTCTACGAGGCAAACATCATTAATATTGCATCGATTAGTGTTAGTGGCCTTG
TATTTCTGCAAATTGTAATTTTGGTAGCGGCATTGTATATAAAAATGGAGGGAGTATAAA
CATGTGATCGAAATGGCATGACTAGATTTACCGTATCAAATTGTATACTTTTACTAACAT
ATTGATGTTATCATTAAAACTAATGGTCAAGGCATTGCTTTTGTTGTTGTGAAGAAAGAG
TAATGCATCTACTTTGGGCCGAATGAATGTGTCTATTAATAAGACGACGCACGACCCCTT
AGTTGTGGCTTCTACTACATGTGTTCAATTAAATTTGATTTGTGAGTGACTTACTAGCAC
GTACATTTGCGAAAAGTATGTCTATAAGCTATAAACCAGACGGTTTGGGTTTGTTATTCC
ATGAGCCCCTTATGTACCCATGATAACAAGGAATATTTCAAATGTTTCGATAAGCTAGGA
TGGCCAGTATTTCCCTGGAGTTATTTGAGCCACAGTTTATTTATTTATTTGCCTTTATTG
AGAACAGTATAACAGATGTAGCCAAAACCTTGAGAATATGCTAAGAATAAGAGTTGAAGG
TGTGGTGGTAAAAATGAACTGTTCTCCTGTGGCGGTTCTATGTTTCTATTTTTTGGTTTT
GTGCTCTAATGCTGACCGCTGAGACGGTTCAGTTTCCTAGCATTTGGCGCAATTTCAACA
ATCCCAAGTGAAGTTTGTGTTTACTGTTTGAGTCGTACAAAGGGTTGAGATACATAACTT
TAATGGTTTTTCTATGAAAGCATTGAGATACATAACTTAAACTGTGACTGATGTAATTGG
ATGGTCCGCAGGTATCTAGGGTTACATTCCGGTGGCTGAGATGCAGAAAATGGATAGCGT
GCCGTAGGTTCTTCCATTTTGTATGCTGTTCACGGGGCCTATCGTGTGCTACACCCAGAA
TTTGGCCCTCTGTACTGTCCAGGTGTGAAGTTGTATGACCTGTAGGAACTAATCGCTTCG
TTTTCCAACTTACATGTATATTATCTAGTATGTTATGCATGAGGATACAGTGACTTGCTT
TGCTTGGCCATGTCCTTCACCCTTGCGGTTCATTTGCTTTTCAAGCAAGCTCCGCCGTCA
GTTGTATGTGCATGGGCCTCTTCTCAGTATCTTTTGCTCATGTCTTATGTTGTTTCAGGT
TGAGTTTTCAGGTTTTTATAATCCCTGCTGATGTTACGTCCCATGGTGCTATCGTATTAA
ATAAACTCCTATTTTTATCTCAATCACGAAGGCGTCTGAATCCCATTTTTTGTTACCAGA
AAGCCCTCTCTGCAATCTACTTTGTCATGAATTGTTTCAAGGGAGTTACATCCAGAAGGT
TGTAGGTTGTTTGGTAGACAGAGTAGCATTTAGCCCCACTGATTTTTTTTTCCATCCGTG
TCTCTTTAGGTAGACAGAGTTCAGTAAACATACAACAACCTTCAGAATTGCGTATAAGTT
GCACTGAATCATAATTGCATTTTGTTTTCTATTTCTGTGTGTGCATTGGAGTACGAATCT
CTCTCAAAGTGAAACGACGGACGGTCGACGAGTGCTTTCCTGTGAGCGTTCCTTGACCAG
TTTAATCTTCAGGGAGTCGGCTCTATTTGATGTTCTTCAGCGAATTGGTCTGCATTTGAT
GCTGAAGCAAGCATATCACCACCCAGGCTCATGATATTTCGCCATAAAAACATGCCGCAT
CTTGTAAACACATGCTCCTGCCAGTTGCTCGAAAAAAGTACATATGATATTTCTCCATTA
TAAGGAGCCCTGTCTAAGGAAATTAAATCTTGTAAAAAATTTATGTACGTGAGAGATCTT
GTGACACTGTAGCCCATGCTCTTCTAAGGAAATCAAACAGGCCGTTGAAGTCTTTTCACA
ATGCAAGTCTGCCGGCAGGCAAAACACGAGCACACGAAGGCCTTGTTCGAATCCTCTCCG
CTCCACAACCACAGCTTCCGGAATGGAGGAAGGCCTTGTTCGAATCCTCTCCGTTCCACA
ACCGCAGCTTCCTGAATGGAGGGAGCCAGCTTCCGGAATGGAGGGAGCGGCAACACAATT
GCACCTCCACAACCGCAGCTTCCGGAGCAGAGGGAGCAGCAGCACAATTGCACGAAGTTG
CTCAAACCGAGCTTCTCGTGTGGAGCGGAGTTGTGAGACCTCGAGAGATTCCGGACAGGC
ATGAAGATGCCGTGCCTCCTCCAGCCAGTGTCGATACCTACTCAGTCGTGACAAGACTTG
ACGATGGATTTCATCGAAGGGCTAAGACATCATCGTGGTGGTGGTTGACCGTTTGACCAA
GTACCAACACTTTGTGCCCCTCCGACGCCCCTTCACCGTTGGCCAAGTAACCAAGGCACA
TCAAACTTCATGGTGCTCCTCGTACCATCGTTTAGGACCGTGACCAGTGATGGAGTACCC
AGTAGGGCAAGGGTTGGCGGGATGGAGTACCCAGTAGGACAAGGGTTGGCGGACGCTCCA
CCTTGATCTGGCCGCTGCAGGCAGGGGCGAAGCCAGCAATCTGGCAAGATTTGGCACCCG
TCAAACCTAAAATTTGTGCAAATACACCAGCATACTCGTGTAGTACGTGTTTAATTTTAG
CTGAGCCATGCGTCCAGCCGGCCATCTCAACATGTGGCTTGAATGCACTGCACATGCCCC
TTATAAAATAGAGTACACAGCATGTACGTAACAAAATTGCTAATGATTATATTTAGCAAA
ACAATTCCAGAGATTACGCCTGCTGAAACCCACCCCTTTTGACCAGGAAACTTCTCGGTC
TGCTTAATAAAAGTGAAACCTCCTCATGAAAATGTATACTTTCTAACTAACTGAACTTGT
ATAATGTGTTTCCTATGATACTATTCCAATTCATGATTTATCTATTGTTTCTATGATTTG
CAGATATCCTTTATGTTCGTGTAGTTAGTATAGACGATAAATTTGTGATTGATCATCCAT
GTAATTTTTATTGAGTAAGAAGAAACTCCATCTAGTGAGATATATATTTTGTGTGTCAAT
ACAAAACTCCTCATTTCGGTTGTATTTTCTGAACATAAAATCTGAACATAAAATTATACA
TAGATAGCATTCTTGCGAGCTCTTGCATAGTTACATTATATATGATTTTTTGTTCATAAA
TTCCGCCACACCTGAAAAATATTCCTGGCTTCGCCACTGGCTGCAGGCAGGATGCAAGGC
GACGAATCGGTGCGGTGGCGTTCCCGGTGGCCAAAGCCCGTCCTACCACAACTTTTGTCC
GTCCTCCGCCACTTACCGTGACCATACCTTCACGAGAACGATGAGGTGCTCCCTCCTTAA
GGCGGGGGTACCCACCTCAATTAAACGATGGTGTATCACCTGCAAGCTGATGGCCCAAGT
GAGGACGTCAACCAAGGCTTGGAGATGTATGTACGACGCGCCATCGATGACCGTCCCAAG
CAATGGTGGCAATGGCCTCCCACGACAGGTTTTTGTACAACTTCACTTATCCCTCGCTCT
ACTATTCTCCACTCATAGCTCTTTTTCTCTTACAGGGCTCCATTAAAAGTGGATTTTTTC
ACTGTTTTGATTCTTAAGGCGTAAGTTCATCACAAAACGAACTGGGTTCGAAAGTATTTC
ACGTTATGACCCTTTTGGAAACGTCAGAGACCGTGACGTTGCAGTACTTAGCAGAAACGC
CA