Map Locations of contig_48653 (10461 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_48653

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64329 4 4408 bp MLOC_64329.3 Available Available LOC_Os11g01380.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13111.m00048 protein clathrin heavy chain, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_64329






Contig Sequence (10461 bp)

>contig_48653 10461 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGGAGCGAATAGGGCGGCAAAAACTGAATCTGGTGAAAGGGATGGGAACCTCGGGAGTAA
TCGGGCGGTTCGGCATCGCAGTTTAAATTTTGAAGGGAGGGGTTGGATCTCAAGGCCGGC
GACTGGGATTGGAGTACAGAGGCGGCAAGAGAGACGGGATTGGGGGAGGCTGTGAGAGTA
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ATAGGCACTCGTTGAGTTCTTTGGAACACTTTCAAAAGAATGGGCACTAGAGTGCATGAA
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CGTTCCCTTTTAACTTCCGTTCTTGTGGTTTTGTTCTTTTTTCTGATTGATTCTAATCAT
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TAACCCTTCAAACATAGTTTATCTTAGTACTAATTCTGATATACTGAGTATATTAATGGC
TATTTCCCTTTATCTGCTTTGTAGGTTAACCCTGGGAATGCTCCATTGGTAGTGGGGCAG
CTACTTGATGATGAGTGTCCTGAAGATTTCATTAAGGGTTTGATTCTATCTGTCCGCTCT
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CTGTGTACATTTTGCACATGTCCGCCCTTTTATCTGGTCTCATTTCTTTGATCTTTTAAT
CAGGAACCGCTTACGTCTGCTTACACAATTCTTGGAGCACTTAGTGAGCGAGGGTAGCCA
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TAACGTTACCAACAAGAACTCACTTTTCAAGCTGCAAGCTAGGTATATTTATGGTTTATT
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GCTTACATGTTCAGTCTAACGTTTTGAGTTGTCAGGTATGTGGTTGAAAGAATGGATGGT
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GTTGTTTCTACTGCATTGCCTGAAAGCAAGAGCCCTGAGCAAGTTTCTGCTGCTGTTAAG
GCTTTCATGGAAGCTGACCTCCCGCATGAGCTGATTGAACTTCTTGAAAAGATTGTTCTC
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AAGGCGGACCCATCCAGGGTCATGGACTATGTTAACAGACTAGACAACTTTGATGGTCCT
GCTGTTGGAGAAGTAGCTGTCGAGGCACAACTGTATGAGGAGGCTTTTGCCATATTTAAG
AAGTTCAACTTAAATGTTCAGGCTGTCGATGTTCTGTTAGATAACATCCGAAGCATAGAA
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GCTCAGTTGCGTGAAGGTCTAGTTAGTGAAGCAATTGAGTCATTCATCCGCGCAGATGAT
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GTCAAGTACTTGCTGATGGTAAGACAGAAGGCTAGAGAGCCCAAAGTCGATGGAGAACTC
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AATGTTGCTAATCTTCAAAATGTTGGTGACCGGCTGTACGATGATGAACTTTATGAAGCT
GCAAAGATCATCTATGCCTTCATCTCTAACTGGGCTAAGTTGGCTGTCACCCTGGTCAAG
CTGAAGCAGTTCCAAGGAGCTGTAGATGCTGCTCGCAAGGCTAACAGCGCTAAAACATGG
AAGGAGGTCTGCTTTGCTTGTGTTGATGCTGAGGAGTTCCGTCTAGCACAAATATGCGGG
CTCAATATCATCATTCAGGTATATATAAGCTGGAAAATTCCTGCAGGGCAAAAAAAAATT
ATGCTTCAAACACATGTTTCTAGTTATATAAAAAATCTTCAGGGTCCCGAGGCACTTTTA
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AATACTATCAGAATAGAGGATGCTTCAATGAACTTATTTCTCTCATGGAGAGTGGTCTTG
GACTTGAACGTGCACACATGGGCATCTTTACAGAACTTGGAGTCCTTTATGCTAGATACC
GCCCTGAGAAGCTCATGGAACACATCAAGCTTTTCTCCACCCGTCTCAATATTCCTAAGC
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AGAGCAACAATGTCTCTGCTGTCAATGAAGCATTGAATGAGCTTTATGTTGAGGAGGAGG
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TTTATAATCAGTTGCTTAACTCTTGATCAGCTTGAGAAACATGAATTGCTTGAGATGAGG
AGGATTGCTGCATACATTTACAAGAAAGCTGGTAGATGGAAGCAATCTATTGCCCTATCG
AAGAAAGACAACATGTACAAGGATTGCATGGAAACATGCTCACAGTCTGGTGACCGTGAG
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AGGTAATTGCATCAAATACTTATTCTCGTTCTGGTTTTAGTGCCGTGAATCACCTTTCTA
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ATGTTTTGCTTCTTGCCTCTTCATTTGTTACGACTTGATTCGTGCGGATGTTGCTCTCGA
GCTTGCATGGACAAACAATATGCTGGACTTTGCTTTCCCCTACCTGCTACAGGTATCTAA
AGTCCGTTTGCATGTTTGGAAATGTTCAATTACGTACAGTTTTGTTATAATAGCATCCTT
GCTATGTATGCAGTTCATCCGTGAGTACACAAGCAAGGTAGATGACCTGGTGAAGGACAG
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TCATGTTTAAGCAGTCAGCATGACAAGTTGTGTTTTGTTATACAGAACATGTACGCTCAA
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ATGGGTATGCCTCCTATGGGTGGGATGGGTATGCCTCCGATGGGTGGGATGGGTATGCCT
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GGGATCCCAAGGTATCTTTTAAGTTGTAGATTGATTTGGGCTATTGGTTGTTTCAGTTAA
TATTCTTTTGGTACCAGGACAATTTTGGCGAGCAATATCTCTAGCCGAGGTACGAGTTAA
TTTACTGGTTTCTATATATTGTGATCGGGTAGGATGAGAATGAGATTAGGTTTCAGCTGA
AGAATGAGAGGTGGAAGACTGGTACCATTTGTATAGCTTGTGTTATAAAAAGTCTGTAGA
CATTTTGGGTGTACACTCGTCGGTGTTGGTCCAGCCATGAACATAAACACTCCCTGTATG
TTATATGTTCACTTGTGTCCAGAGGTTTGGTTTTTGTACCTGGAAGAATGCTCTTTGTTG
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ATAAAGTTATACAGTACTTAAGTTCTTTTTTCTTTCTTATGGAAAAAAGGTATTTTTCAA
GGATTCTATAGAGATTTCATATATGAAACTGGGAGCGTTACCTTTCAGAAAATTTTAACG
AAAGCTCTATATCTATCTATGCTTCATTCTTCTGAAGGTGGGAAAAAAGATCAAACTAAT
TGTTTATAAAAATTAGGGTTTGATACTTAGGTAATTAATTTCTTTTGCTTAATCCAAGAA
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GTGGGGGATCCGACGGAACGCTTTGCATACCGTCTGATCAAATGATATGAACTGGTTTGT
ACAAAGAGAGCATGTCATGGTTTTGGGATTGTTTGTGAGAAAATATTTCATGTTCCCTCA
CTCGCTCCGTTACAACATCCCTAGCAGATCCGGCAAAAATCCTCCCTCACCTGCTCCCTT
AGAGAATCTCTAGTTGATCCGACAAAATCTGGTACCGCAAAAATCGTTTTAGGGCCTCCC
ACTAAAACGGAACGCGAAAGTTTATTTTGTATTGCAAATTTAGAATCCAGTTAACGCTAC
AAATAGATCATACACCAGCATAGTTTGTACATAACAAATACAAAGTTCATGCTACATAAA
CCTAGATCGATCTGCTAACTCATCATCGATGTCGAGGTAGAACTTCTTCGTGGACTCTCG
ACACGCATTGGCAAAGGCGTGCTCGTCCTTTGCGGTGTCGCCTTCTTCTCCGATCGCCAG
TGCGCGCTCCGTGGCGCCGTTCCCGCACCACTTTATGTGAGGGAAAGGTTGTCGTGGAGC
TCATCGAAGCACGCCTGTTTGGACCATCATGGCTCGACGACGACCTGGTTGGAGTTGCCG
ACCTTCCCGTCATGCCGGGCAAGCTTGCATGGCGGTGACCGACCACGCCCCCACGTCGGC
GAGCAGCGAAATTCGAGGCGGAATTTGGTGCCGGAGTTGGGGCGTTGTAGCGGCAACGGA
GGGGATCGTGGTGGAAGGGTAGGGTTTGCATCCTGTAAAAGGGAACCCAAGCCATAGATA
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TAGCGGACCTATTAGAGCAAAAAAGGCCATATTCGATAAAATGACCGGAATTTCATAGGC
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CGTTCGGTCCCGATGCACGCACGCTGCGTCTTTGGCGTGTCGTGGTTGATGCCCTCCTTT
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ACCCTGCCGTGGTTTGATGCCCTTCTCTCTGATGGTCTAAGAGCAACACCAACGCACTGA
CACATTCTGTGGGTGTGCATCTCTTTGGGTTGAAACAAACACAAATCGCGACCCAACATG
ATGACACAAATAGATGAGCGTCCACTTTTTGTGCGTGCGCGACTCATTCCCGGCCCAAAT
TTTGGTCGGGTTTGCGTCGGCATAGATGCGCGCGGTGCCCACCTTAGTCCTCCCCCTGGT
CCGCCTTTTAGTGCCACATCAACCATTTTTCTTCGTTCCCATCCATAGTCGCCACCCCTT
CCTCACCGCCGCCGACCATCGCCGACCAGTTGGATGCTCAAGAGGCCGCATGCACCCGAA
ATACCACCCCGACCGCATGGCAAAACTTATGGTCGATGTTGCCGGCATTGGTGCCCTGTT
TAGTCGTCGTAGCACCTCCATGTCCAAGCCACACTGCTCGCCTCCACTCCCGCTGTCAGC
TCCAAGCCCCGTGTCCTTGCTCCATGGTTGCCTCCAAATGGCAATTTTGGAGTGCCTGGA
CTAGACGACACAAGAGGATCTTCATCGGACGGCTTCTTCCACCACGCCGGCAAGGTGTTT
GACGTTTCACACGTAAGGTACAAATGGATAGCGGAGATGAGTTCTTTTTCAACCACTTCA
TTTGTGATTCGAACGATTCATCATCGAACGGTGGGGAGTTTGTGGTTTCTACTTTGATTG
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ACGTCCCCACTCTTCAAACCCAAGCTCTTCCGGTGGCGCTTCCGCATGGCTTGACATGTG
TTCAATCTTATTTAGGAGGGGGTGACATTGTATGATGTTTATTTCATATGTAAGGTATTC
AAATGCTTGCATACAGAATAACCGATGTTCTTGTTGAAGAGTATGTTCATATGAGTGAGT
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CTTCTTGGCATGGGAAGTATAGGGGGCATGTCAAAGGGTGCACTATTATACTTGAGGCCG
TGGTGTCACAAGCTATCTAGATTGGGCACTCTTTTTTAGCATGGCCGACTCACACAATGA
CTTCAACGTGCTTCAGCTTTCTCCGGTGATCGAATGTCTTGCAGAAGGTAGTTTTTCAGA
GGTCAATGTTGAGATGAATGGCCACCACTACAACAAGTGATACTGTCTAGCGGATGGTAT
CTATCCTTAGTGAACAACTCTTGTGAAGACAATATCCAATCTAGTAGGATAGAAGACACA
TAGATTTGCCCAATCGAGAGAGAGATAGAGATAGAGATAGGTAGATAGATAGATAAAGAG
AGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGAGAGATGGATGGATGGAGGGAGGGAGAGAGAGAT
GGATTGAGTGAGGGAGGGAAGGAGAGAGAGATGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGTGTGTGTG
TGTGTCACACACACAGAGAGAGAGGGAGGGAGGGAGGGAGAGAGCTAGGAAGGATGTGGA
GCGTGTTTTTGATGTGCTTAACTATCGATGGGGGACATTGTTCGGTATCCTGCTAGAAAT
TGGAACTCCAAGAAGTTGTATCAGGTGATGACTAGTGTGATCGTGCACAACATGATCGTA
GAGGATTAGCATGAGGATGAAATCATTAACCAAGAGTTTCAGTTTCAGGGTGAAAATATT
ATGCCTAAACATGAATGAGCGGTAACGTTTGCATACTTCACCTGATTTCATCATGAAATG
CGTGATTGGACAACTCACATTCAACTCAAAGATGATTTGGTTGAGCATATGTGGGCTCAC
CTTAGAAACTAATAAATGTACCAACCATTGTTATTTTGAATGTATTTGTGAAAATTTTAA
ATTTGTAAACTATAAGATTTTTATTTGGTTTTAACCTATGATATTTTATTTGGTTGTGAT
TGAGATGTATAAACTTTGGGAAAAGTTGGTATGTATGCAAAAATATGGCCATACGGACCA
CGCTAACAAAAATAGGATGACACGCTGGGTGTGCTGACCAGCAAAACACGGACAAGGACA
TACACCGCACAAAAAGCCGACTCAAACAGTCAAAAAACAGGCAAAATCTGCGTCCGTTTG
CGTCGTCATGCTGGAGTTGCTCTAAGGCCAATTCCAACACGATCCCAAATGGACGCCCTT
TTGTCCGGATTTTATCCATTTGGATCGCCAAAGCAGACACGAGTATCCGTTTGAGGTCGT
CGACACGTGGGTGCGCCCAATGGGTGACGCATTTGCAAAAGTATCCAAATTTAAACTTAA
ATTTGAATCTAAAAATGCGAGAGAAGGCAATTTAAATGATAACTATATATTACATTACAT
GCAAAAGTCATGGCCACACTGTCCAACATGCATTAAACTTGAACTCAAATTTAAAACATT
TTCACATGGAAGCAACTGCAC