Map Locations of contig_48581 (7815 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_48581

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64274 1 1530 bp AK249496.1 Available Available None
MLOC_64275 1 1627 bp MLOC_64275.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_64274






CDS Structure of MLOC_64275






Contig Sequence (7815 bp)

>contig_48581 7815 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGGGGGGGGGGGGGGGGGTCAACATTGGCTTGTGTCTCCTAAAATATCTGAAGCACAAGA
CTCCGCATTATTTAAGGGGTCAATTTGGGGCTATGCATTTCATACTGGTTGGACCCGAGA
AATCGTGGTACCAAGTGGTATGAGAGTGGATAATACGGGGTTTTGTTTTCCATGTGCAGG
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CTCTTTACCATCTTTTGGATTTATGGACATTCCATGAGTTCTTCACGTTTCATATCTTTT
ATGTGAATGCGGCATTACTGTTTTATCATTTCAACTTTGAAGAATGGTTATGTATGTATA
ATACCTTGCATGTTGCATCCATCACCCAAGAAAATGTATAATTCCTTACAACTTTCTAAT
TTACTGCACGCATGCCCATAAGAGTTGCATGAATTTTAAGTTTACGTGATCTCCTTGTCA
TTATAAGAATGTTAGTAACATCTAGACACTAAAAATTGTCAACACATGTTTTAACTTGTT
TGTGCAGGTGGTGCAGTTGTTTTCGTGTGTGGACAAGATAAACTTTTTGGAGTGGGCACC
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TAGCCAGCCTGACTGGACCTGTAAGATTGATGAAGGATCTGCAGGGATTGCTTATGCTCG
CTGGAGTCCTGACAGTCGGCATATACTCACTACATCAGAGTTCCAACTTCGTTTGACTGT
ATGGTCTCTTGTAAATACTGCCTGTGTTCATGTACAGTGGCCAAAGCATGCAGCAAGAGG
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TTACGTAAATTTGCTGTCATGTCATTCCTGGGAGATAATGGGTGTATTCGCTGTTGACAC
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TGTGGCTTGTGACTGTAGCCAATTCTTATGCATATCCCTACGCGGCAGTTTTAGTCATCC
CCTTTGCTATATTAAGCTACTCTTCCATAATAATCTTCACTTACAGTATCTCATGATCTT
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TTGAGTTACCTTGTTTGTTGCATGGTTGACATGCCACACCGTGTTACCTTTTTTCGAAGG
GCAGCACAGCTTTTACCTATATTTTGATTTACTCTTGCTCCCCACTGGTACTTGATGACA
TTACTGAATTTGGTTTCGTGCCATGTGCCTATATGTTTAATTTGGGTTTTGATGATTGAT
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GCCCCTTGCATGATCCTTCAAAAGCTCACCCTCCCGTTTTTATAGCTCAACCAATCTTTT
ATTCAACTCTTAAAGGTTTTTGTGTGTGTCCTTAAACAAAAAATGAGGTGAGATAGTTCA
GTGCGAGGTAACAATTCTGAGATAGTGAAATGTAAACTGACCATTCAGAGAACATGTCTT
GTACAGGTTCTAATATATTCACCAGATGGGCGATGCTTGTTCAAATATTCGGCATATGAA
AGTGGGTTAGGTGTCAAAACTGTTGGTTGGTCACCATGTGGACAGTTTTTAGCAGTGGGC
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ACTCATCCAGCTTCGATTCGAAGTCCCTATAATGCTGCTATATTTAAGGTAAATCTGTCT
ATTCTTGTCATTAATTCCCGTCTTAGCAGATTTACTGTTGTTTTAGTGTTTGAACTCAGC
AGATTTACACTTTTACTGTCCATGCCATTTGATTATAACAACAAAATATGACACAGGAAG
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GTTTCCCTATGTTCACCCATTCATCATACCTTTTTCTTAGCATTTCTTGCTTGACGATTC
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GATGTTATCCTATCTAACAAAATTGAATAAGAGCATGTTCTGGGATATCCTTTTTTGTTT
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ATGTATTTACTTTACTTTAGTTATATGTTTTGACATTGGTAACATTGTACCCTATAGTGT
GGGTCACCATTGGTATTTTTCCTTCCATAGTCAGCAAAAATAAGTGTGCAGCTCTTTTTA
TGTTGACCTGTTCTTTTGAGTCTTGACTTGGTGTAGAGAATACATTGCTTTGCAACACCA
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AACACTCACCAACAGTCCCTTGGGTGATCTGTCTAGCTGATTCTCAAAATTCTAACAGAA
AATTGTTGAAGAATCAGTGTGTTGTATAATGTACAAACCGCCGATTGCTAAGATTGCAAT
TGCATCCAGAGTTTCTTTCTATGCAGAAACCTTGAAACATCTCTTGCCTTACAAATTACA
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TGTGCAGAAAGACCCCATCCGTGCTGCTGCCTGGGACCCTACGTGCCCACGCCTCGTCTT
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ATGTTGTTTCTTCTGTTATACAACTGCTGTTGGGTTCCTTGAAGTTGGACAGATTTTGTA
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TTATGCTGAGATGGTAAGCAGTTTGTGAGCCAGATAAGCTGTTGAGTGAACGGCAAAGGA
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GACCTGGCAAGTGGTTAACTTTGTCCAGCTGTTAATGAAATGGGAAAATTTATTTTCTTA
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GCGTGCGGCGCGTGTGACTTCCAATAGGCACTGATCGGGAGGATCTTCCTCGTGCCTAAA
CCTAAGAACGGTTAATAAAAAAGGAATGTAACGGTTCGGTTTTTATTTTGGGTTTGATTG
GTTAATGTTTTATTAGGCTGAGTTTTTTTTTAATTTGGTTTTGGTTTGGGTATGTGAAGA
AGCTAGTTTAGGTATAGTTGGTTATGGATTTAAACAATTTAGCTATTAACGGTTATAAAC
TATGGCTTCAAACCAGTTTCTAGGCATTGGTTATATACAATAACCAAGTATACTTGATCC
GCGTGCATGCTATAATGTACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTATAGTAGC
TCTAGTACAAAGTTGTACTAAGNTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAAGGAGTACTATGT
AATTATATATTATGAAAAAATACCACATGAAAATTGTAAGTGTTTGCTTGTGTTTTGATT
AAGCAATTTGGTTTTAATACACTTGAAAGTGAGCTTTTCAATCGTGGGCATTTTTTTTTT
GCTTTGTGCTGTGTGCTGACTGTATCTCAAAGGTAACTTTGTTTTTAAACTGTTGTAGAT
GTATTTATGCCTTTTCTATCTCAGTTGCTTCTTAACATGTCAATTTATGCAATCATATAT
ACATTGAAGCAAATCCATAGTTATGTACTGGGTTTAAATCCACGATTATGTATTCGGTTT
AAATTGGTTTGGATGGAAAAAATTATGAATTTAATTTTGGTTGGGCTGAAAATGACATTA
AATGAATATGATTCAAGTATCGTTTTAAGGGATAAATAAATATGATTCAAGTATGAAACC
ATTCTCAAGTTTACTTGTACCATCAACACATGCGTCAAGCGTGCGACGGGTACGATTTCG
ACCACATTGCTTGAAACCCCGATGGAAGGGCGTTTCCATGTCATGAACAAGTTCGTTTCC
CTATCAAGTTACCAAAAATAAAGATAAAGGTTCGTTTTCTCTATCCAAGCAAAACATTGT
CTTTTATTTAACACAGTATAAACGCAGATATTTATATACATGCATTCGTTCATATGAATG
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TAAAATTTACAAAGTCATCGTAGGCACATCGTCGTCGACGAGAACGTCTCTTTCCTTTGA
ATGCGCATCGTAATAAAATTATGAAATAAATCTAAAAATAAATGCGAGTAATATGATTTG
AATCGAGGTGGACTGAGAATACCATAGTCCCTCTAACCATCCAATCACAGGTTGGTTCAT
CATTATTTCTTCATTTTAAAAATAATGACTTGTTAATTAGGTAGAACCCGAATAAATTAT
AAATCCATTTGTTCATTCGGACGAATGTACTGAACCCATACATGCAAGCCTTCCCCACCT
TGAAACACACGTGGTGATTTTGATGGTCAGCTTGGAAGGCATGACAAGTAAAACTTGCGT
CAATCCAATCGACGCGACATATCCGTCTGTCACATCATCACCGTAGTCGCTTGGATGATG
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CACAGAGCCAACCACGCAACCCTTGTCATGACCCAAACGTCATAGGTCATCATCTTTGCC
ACACAAGTCGCCACGACACTAATCAACATCATCTGTCGATCTCTCGCCAACCGAATGACG
CATGTGTCCAACCCATATGGAATGTTAAAAAGGGATGGAAGTCTTCGAAGACAACCCTCC
AATGAGATAGCGAGTAAGACACGACATCAACGTTATATCCGACAAAGCTAGATCCTAGGT
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CGCCTCCAAACAAGGAAAACAATGCCCATGAGCGCCACCACACTTATGGTCCACAAGAGC
CGCACAAAGCAACATAACCCACAACCACACACATCCCAACACTATCTTTACATCCCTTTG
CCATGCAAACCTCCAATGTTGCAAATGCACAAGCTTCACACGAGAGCCGCTACAAAACTC
GTCACGCCGCCAATGAGTCAGATCTATCCACGCCCACCTAAATTTCGAGGGTGCAATGCG
AGTGGGGCTATGCCACTCGCACAAACCAAAGCACATCCATGAAAGTGTGTAGAGCTGGAC
CGCCATCCACAAGAGAGAGAGAGAATGAGAGAGAGAGAGATGCCTCACCATGGCCATCGA
CGGTGCGACAAAAGAGGGGGGGGGGGGGGATTCCCATAAAATCGATCATGGAGTGACACG
GTCACGTCATGAACAATTATGTCAAGTGTGATATGTGTCATTTTGAAGGCGCTAGCTAGT
TGCCCACGTGTTACAACTGAGACATACACATTCGATGGTTCAACAACGATCGTGTCCCAA
CATATACCTCACATCCCATATTCTATATTTTGATAAGATTTGACATGATTTGAGTGTGGC
TAGACAAGGCTAAGGCAATTGATTTAGTTGAGGTTTGGACGAGGGATGGTTGTCGTGGAC
TAGGCTAATGAATTACATGCAATCACAGTCATCTTACCAACAGGCTTAGGTGGAAACGTT
CGATTGAAAAAAAAGGAAGGCCCCCCACCCGAATAATGCTACACCTACGGAAAGATTTTA
CGGACTGATGTTACGGACATGAACGTGGGCTCGTGCAGTTGGCTAGGGTCAACAAAACCT
TCGGAAAACACACATTCTATTTTCACAGCATTGCGCCACATCAGTCCGTGGCCTCCGCCC
GTAGGAATTCGTCCGTAGACGTAGCATTATTGCCCCCACCCAGTGAAAATCAAGGAGGAG
GGGGCGATTGGTTATGGATGGAAGGTTTACGTAGCTCTTCGTAAACAGTTCGTAGGTGTA
GCATTTTTGGGCTATTATTAAGCATGAATTGTTGCATGCTGAGATGATTGGGTTTTAAAT
AAAACGGAAACTAATTAATTACATGCAGCTGTAGGCGAAGAGAGACTAGGAAAATATAAT
GGGTATACCTCTAGTCTTCCATATACAAATATATGATGTTTTTGTACAGCAGTTTATTAA
TTTCAAATTTACAGGGAGTAGTAGCCCTTGGCCGTGCGAGTGCTGTCTGCTCCACCATGG
CGTGGTGATGGCGCGGCCTCGTGTGGCCAGGTGGCGGGTATTCCTTTTCTTTTCCTTTTT
CGAACCGGTGTGCATATCTACTCGAACGTTTCTTTTTATCCGAACAGGTATGCGTATCCG
GAGGCCCAAGAATACGCGTACGCGGCTACGCACGCGCGTATCCACATACGGTATATATAC
GGCCCAGGCATCCTCCTCCACTCCCCTTTTTCCTTCCCTGTCACCGCACGGCAGGAGACA
TACTACATACAGAGGCGGGCGGGGGGAGGAGGGAGGAAAGGGGAGGGAACCACCCCGTCC
GAGCCGAGCCGAGCCGACTTTGGATCCACCCACCTCCCCGACGACGATCCGGTCGCGAAT
CGGAGCTGCCGCCAGCTCCCCCCTCCCGCTGCTCCGCCCGCCGAACGGACCTGTTACTCC
CACCCGGGATCCCTG