Map Locations of contig_48560 (6356 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location No map location




Predicted Genes from contig_48560

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_64254 1 1684 bp AK355330 Available Available None





CDS Structure of MLOC_64254






Contig Sequence (6356 bp)

>contig_48560 6356 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGGAAGCGGGTGGTGATCACGGGGATGGGGCTGGTCTCCGTCTTCGGCAACGACGTCGAC
GCCTACTACGACCGCCTGCTCGCTGGGGAGAGCGGCGTGGGCCCCATCGACCGCTTCGAC
GCCTCCAAGTTCCCCACGCGCTTCGCCGGCCAGATCCGGGGCTTCTCCTCCGAGGGGTAC
ATCGACGGCAAGAACGACCGCAGGCTCGACGACTGCCTCCGCTACTGCATCGTCAGCGGC
AAGAAGGCGCTCGAGTCCGCCGGGCTCCCGCTCGGCTCCGACGCCATGGCCAAGGTACCT
CCAATCGCACGCTCGCCTACCCCAGCCCCGATTCAAACGAACGCCGCGCCTGTTGCCTAG
CTAGCCAGATCAGACGCGGATTAGTGATAATCTAGCGCCTTGCATTTTCCTACTACCAAA
TTTCTAGTCAGTAAACCCGGCAGCTTTCGCTCTTGGAAAGTGCTCGTGCGGTTGAGTAAT
ACTACGTTTGATAGATCGGATGGCCGTTTTCTCCCCTTTTCTTCTTCTGCTGAGATGCTA
CCTGCGAGTATAGCAGAGTGCTAGTGCAAATCCAAGAAGAATGAGCTGATAGTGAGATGG
GGACGTTGGAATTTGAATTGTGACGGTGACGTGCCATCTGATCTTTGCAAAGACCAACAG
CTGGAGCAAGTTACCAGTAATGACCCCAGAGGAGTAGATCTTGAGCAGTTAAAGAAGTAT
AGTTTGGCATTGCGGCTTGTGATTTGTAGGTTGAGTGTGATGATCTTATATTCCTGTTCT
TCGATGCAAAACAGAGGATGCAGAATTTATTTAACACTTTGGGAGTAAATGGCCATAACC
TTTTCTTCTCACTGTAAAAGCCTAAAAGGGCAGTAGTTAAATTCAGTCATTAGAATCCAG
ATGCGTACTCTCTTAAATCTTAAAGGAAGTTATCAAGAACGTGTCCTCTTGAAGGTGTCA
TGTAACATCAGCAGTGAAACACTCGTGCCAGTATATTAGCAATGTCACTGCGTTCTTCAG
ACTTTGTGGTGGGCAGATGGAGTGGTACAGTTCTATTTGGATTGGCAAAAGTAATAAATT
GATCTATATGGGTAGTAGCATACTAGCTTCATACAGTAGTAAATTATGAGCCAATATGCT
CGTTATTAAGAATGTCACTTCCTCTGCTTTGCTCTCGTGTATATCTAATTAGAAAGTAAG
TGATTATTAACTAACATAAATCTGTTTTGTCATTTGATCTCACTTCCACATTTTTTGGGC
AAATATGCACACTGGGACTAAGTCAGGATAGCATTTTATAATACCAAACGTATTGACTTT
TCGTAAGGTTGATATTAGCTTCATTCCTTCTATTTAATACTGCCTATGCTGATACATTTG
CTTTCACCATTCTTACTATATTTTAGAAAAATAATGTTTGTTGCTAATTAGTAAATGTTC
TCTGACAGATTGACAAGGCCCGTGCTGGTGTACTTGTGGGGACTGGTATGGGTGGCCTCC
AAGTGTTTTCTGATGGTGTTCAGAATCTTCTCGAGAAGGGCTACAGAAAGATAACCCCTT
TCTTCATCCCATATGCCATAACAAATATGGGATCTGCCCTGCTTGGCATGGACATTGGTT
TCATGGGTCCAAACTACTCTATTTCAACTGCCTGTGCTACTTCGAACTATTGTTTCTATG
CGGCAGCAAACCATATTCGCAAAGGTGAAGCAGATATGATGATTGCTGGTGGAACTGAAG
CCGCCATTATTCCGATTGGTGTTGGTGGGTTTGTTGCATGTAGAGCACTATCACAGAGGA
ACGATGACCCTAAAACAGCATCTAGGCCTTGGGACAAGGAGCGTGATGGTTTCGTTATGG
GTGAAGGAGCTGGAGTATTGGTATGCCTTATGAACATTATTCTCATCCAGATTATGTATT
AGAATTAGGCTGATATCATATCTTCACTGAAATCTTCTTATCGTATCCTGCAGCCTGTAC
ACTGAAAATATTTTATTTGCAAGAATCTGTTCAAGAACACCGTTAATGAATCTAGATGCT
TTGCGGACATTATTCTAGAACAGATTATACATTGAGCTTACAAGCTGGTGTCGTAACTTC
ACTAGAAACTTTCGTATAGTGATGACTGTGTTTAGGTACTAAGGCCCTGTTTGGTTACAG
GGACTAGACTAGAAAAAGTCCCTTTTAGTCCCTATGTAACCAAACAGGAGGGACTTTTTC
TTAAGGGACTAGAAAAATACTCTACTGGAGGGTCTTTTTTCTTTAGTCCCTGGGACTAAA
AANNNTCTAGTCCCTTGGAACCAAACACCCCCTAAGCGGGACTGATTTTTTTGTTTGTTT
GAGTGATCTCTTCAATAGTAATTTTCCTTGGGTTGAGGTACTCGATTCAACCTCTAAATA
CTTCAAATTGATAACATATTGAAGTTTTGATGTTCTTGTTTTATCACCTACAATATTCCG
ACCATCCTGTCATAGAAGAAATGATAATAACATTTCATGTACTATACATTCTACTGTGAA
ATTTTTATTCGTTCGGCTTCTAATCCCTTAATTTTTTTCAATTGAAACAGGTCATGGAGA
GCTTAGAACATGCAATGAAACGTGGTGCTCCAATAGTAGCAGAGTATCTAGGAGGTGCTG
TGAACTGTGATGCTTACCATATGACTGATCCGAGAGCCGATGGTCTCGGTGTTTCATCTT
GCATCAGACAGAGTCTTCAAGATGCTGGTGTGGCACCTGAAGAGGTAACTGGAACATTTC
AACCTTATGACATCATTTCCACAATTCTTCTTTTCTCATTTATATTGGTTAGTTCCCTCA
AATATGATATTGTTTAGTTCCCTCAAAAATGATATTTGCTACCTTAATAGTTTGACAGTT
ATGCACGATCCTTCAAAATATTGTTTCCAGTTGTATAATTTGGCTATTTTTTATTCAGAC
TCAAATCTTTTTATGCAATAAAAAGTCATCATGGCTGGCATGTAATTGTAAATTACTAAT
GCTTGTTCCAATCATCTTTCCGTACCTTGTGCTTGAAAGGTTTTTGCGTTGCTGTTATAG
AATTACAGCAGTAGCCTCTAATTGTTATTGTCTGTTTGACGTATATTGATTCTGGCACAT
ACTGTAAATTTCTTATTTTGATTGGCAAATGCTTATAAAGAAGTTCCATTTGACTGGAAT
AAATCCCAAATGACTATTTGCAGGTTAACTACATAAATGCTCATGCAACATCCACCCTTG
CTGGTGATTTGGCAGAGATGAATGCCATCAAGCAAGTCTTTAAGGACCCATCTGGGATAA
AAGTAAACGCAACCAAGGTGCGTTACTGTCCTGCCTTTGTTACTTGAAGGATATTGATTT
ATTGCCCCGTCTTAATATTACCGCCTTCTCCTTTTGCAGTCCATGATAGGGCATTGCCTA
GGTGCAGCAGGTGGTTTGGAAGCCATTGCTACTATTAAAGCGATAAACACTGGATTGGTG
CATCCGAGCATAAACCAGTTTGTAAGTCTTGTTCACAATGTCACAGCTAATTTAGTTAGC
AGGCCAGCGTAATCCTTCTGAGGCACATCATGACTTGAAAAACTAAAGAGCTGAAATATG
TTAACTGCAGGACCGGGAGCCTGCGGTTGAATTTGACACGGTACCCAACGTAAAGGCCGA
ACATGAAATCAATGTTGGTGAGTAGCAAATCCTCTGCTTTGTAGCACAATTGTACTGTTC
TATCTTTCCCCTCCCTCTCCCTCATGTTAGTTTTGGTGTTGCCATGCAGGTATCTCGAAT
TCCTTTGGATTTGGAGGACACAACTCGGTGGTTGTATTCGCCCCATTCAAGCCTTGATGC
GACACATGGTCCAGAAATCTTGGTCAGAACAGCGAATGTTTTTTTCAGGAAGCTCCGAGT
TATTTTCGATGTGTTTTCTTACGGGAAGCAATTGTCGATTTGACTGCCAGCAACATTACA
GTGAACAGAGGATCCAAGATCCATTGCATTTTAGATACACCCATCTCCGATTAGATTGAG
AGCGCTGTGTAACCTTCTGCATTATTTGCAGTTGTTCTACTTGTTTTCGTGTAATTTATC
ATGTAGAAGCAAACACTAGTTCTTCTGTTCCGTAGAGAGAGTGCATTGGAAGGCAAGGAG
CTGTTTGTCTGTACTACTTGATCTGGGGGAAATCTATACTATCAGAAGTTTTTTGCTGTT
TCCAGTCCCTTTGTTGTCTAATAAAAACTGTAATGTTTCAGTCTTACGGGTGGCGCTCGG
TCAAAAATGGTCCTGCATCCTGAATGAAATTTTTGATTCTGTTGTCGGACTGAGCTGAGA
TCGAAGTCCTTTGCAGCCACATCTGAATGTGTCGAATTTTGCTGAGAAACTGTTCCAAAT
TGTACGTAGAATCTGAATACTTTTGTTCTTAATAAAACATCTTACCCAGTTAATATATCT
TTTGTTCTTAATAAAACATCTTACCCAGTTAATGTGCCATGTATTTGTATGACAGCACAT
GCCCTATAGTTTTTTAGAAGGCGGTCAAAATGCCATTGATCCAATCCTGTAGCACTAAAG
TTGGATGTTGTAGCATGAAAGTTGGTTCTAAAAAAGTTTGTCAAAAATGTACAAATGGGG
TCTGGTTTCAAAAAGCTCATCATGAGGTTTTGAACGGTAAAAACAGATAATGATTTATGA
CGTGCGGTTTGAAAGTTTGTTTAAAAAAAATCCAAAATAAAATTGACTGATTTTTTCCCT
AGATGTTAGATAATTTCTACTACTAGTAAGCGTGAACGTGCAACACACGTCTTAACAAAA
ATTACAATCAAATGTGAGAATTCACAAGCATATAATGCATTCTAATAGCACTAAAAATGG
TATGATTCAGCCTATAATTTAAATGAGTTTCAAGAAACACTATAATTTAACACTGTATGC
ATAGAGCAACAACATAAGTAATTATCTCAATGGTCCCCCCTCCCTTCTGCCGCCGGAGCA
GCAGCCGGAGGGAGAGGGGGCCAGCGCCCTGGCCAGTTGAGATCGATGGAAGAAGATTGC
CTCTCTAGTCGCCTGCTCATGACGGCGGCTAGGGTAGGGAAAATACGTCGGGTGTACAAG
TTCTCTGGATAGTAACATATTTATAGACTGACAAGTAAGAAACATCAGGAAAACTTTCAC
AAACTACATAGATACATGAAATGAAAATTCGTAGCTTTATACTTATCTACGTGATCTATG
AATCTCACTAATGCCAAGTATCTTGGTTTGCTTTGTATTGTAGAGTTTTACTTTGACGCA
TATATAGAAGAACGATGAGGCATGTTTAGTGATTCACATGTCCATGCAACCTACGCTTGG
CCTTCTCTGCTAATACGGATGCAGCTAGAATTATTTTTGTATGCATAGCATCTGTCAAAG
CAAGAAGATATGCACAGTTTTATGTTCTGTTCCTCAAGAAGATATGCATGGACAGATATC
TTGATAAGGTGAACACAAGTATTGTTTTTTTGATCAAAAGGGGTTTCCCCCCGCTCCATT
TTATTGCATAAAACGGAGCACAGAGTTTAGAACAACATTCAGTCATCCAAAATGTAAAAC
TCCAGCCAGCCAGGGCATAAGAAATCTACTTATTACAAATTTCAGCAATACCAAAACCTC
GCAGCCATAGAATCAATAAGGTTTTTTCCATAGCTGGAGTGAGTCCTTAGCCGCCAATTT
CTGGAACGTGGTCAACCAGAATGCGCCCTAAGGAAACAACCTCCAGATCCAGGGACGTCT
CCAGCTCGGCCCTTCATCTCCACGCGATGCGTAGTAGTTCTCCTCTTCGATGGTCCATGA
GCCGGAGACAACACTGCAGAAGGATAGACTGATCCCCCTCGCATGGAATCTTCCATTGAT
GAACAAACGAGCTGATCATCCCCAGGACAACATGAGTACTTGTCCACCGAAAAGCCCTGA
AAACACATCTTGTTACGCATAAACCAAATGCTCCAAATGGTAGCAACACAAGCAATATTA
AACACATTTTTCTTATTGTTAGCATTCCAGAATATTCTTCCATATTCTTAGGTTGGTTAA
ATTTAAAAATCTCAGCAATAACATGCCAACTGACTCTAGCAACAATGCAATCAAAGAAGA
GGTGGTGTATAGTTTTTTTTTCATTGCAATATAAGCATGTTTCATCATCTACTTGTTGCC
TCTTTCCTAAATTGTCTCTACTCAGAATCTTATTGTGATAAGCCAGCCAAACAAACACCA
AATATCTATTAGGGACATTGTTTTTCCAGATTTTTTTCCAAATAGGGGTAGAAATGTTGG
AAATATGCCCTAGANNNNNNNNNNNNNNNGTCATTATTATATTTCTTAGTTCATGA