Map Locations of contig_48021 (11598 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_48021

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_63846 1 279 bp MLOC_63846.1 Available Available None
MLOC_63847 1 341 bp MLOC_63847.1 Available Available None
MLOC_63845 1 299 bp MLOC_63845.1 Available Available None
MLOC_63844 10 2578 bp MLOC_63844.6 Available Available LOC_Os10g26280.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13110.m02236 protein ORC3 - Putative origin recognition complex subunit 3, expressed





CDS Structure of MLOC_63846






CDS Structure of MLOC_63847






CDS Structure of MLOC_63845






CDS Structure of MLOC_63844






Contig Sequence (11598 bp)

>contig_48021 11598 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTCAATGTTGCAGAAGGATGGGGATATCGATGAAGATGTGAACCATCGAATTAAAGTCAT
ATGGATCAAGTGGCGCCAAGCTTCTCGCATTCTTTGTGATATGAGAGTGCCACAAAAGCT
AAAAGGCAAGTTCTATAGGACGACGGTTCGACCCACAATCTTGTATGGCGCTCAGTGTTG
GCCGACTAAAAGGCGACATGTGCAACAGTTAGGTATGACGGGAGATGCGTATATTGAGAT
GGATGTGTGGCCACACAAGGAAGGACCGGATCCGGAATGATGATATACGAGATAGAGTTG
GGGTGGCGCCGATTGAAGAGAAGCTTGACCAACATCGTGTGAGATGGTTTGGGCATATTC
AACGCATGCCTCGAGAAGCCCCAGGCATAGCGGACGGTTAAAGCGTGCTGATAATGTCAA
AAGAGGCCGAGGTAGACTAAACTTGACATGGAAAGAGTCGTAAAGAGAGACCTGAAGGAT
TGGAGCATCACTAAAGAACTAGCCATGGATCGGGGTGCGTGAAAGCTTGCTATCCATGTG
TGAGAATCATGAGTTGATCGTGAGATCTTATGGGTTTCACCTCTAGCCTACCCCAATTTG
TTTGGGACTAAAGACTTTGTTGTTTTTATCGTTGTTGTTATTGAACATTTTATTAAAATT
GGTGAACACATTTTGAAATGGGAAGAATTTTGAAAACTCCCAAACATAATTTGGAAACGT
GAACATTTTTTAACTTGTAAATTTATTTGAAAAAGGAACATTTTTTATAACATGGGGATT
TTTTTTAGAAATTAAAGAACATTTTCTGAATTTGTGAAAACAAATAATAGCAATAATATT
TTATGGATTACTGAACATTTTATAATTCTAGAAAAGAAATTGAAATTCTTAAGAACATAA
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TTTAGACAAAATTGCAAAATTGTGAATATTTTTTGAAGTTCCCATTTTTTTGAATATGCA
AGAAAATTTTCAAGACATGACATTTTAAAATTTGTGAACAAAAATTTGAAAATGGGAACA
TTTATAAATTCCCCAAAATTATCAGAATTTGTGAACAAAAAATTATAACATGAACATTTT
TAACATTTCTGAAAAATTGTTGAAAAGAAAAATAAGCTTGAAAAGTAAAATGAAAAGAAA
AGGAGAAACAAAAATAGAAGCAGAAAAAAAATGAAAAAACGAAAAACAGAAGCCAAACGA
AAAATGGAATAAACAGAAAAAGAAACAGAACATAAAAAAACTCGGCCGCACGGTGCAAAG
CTGGAAATGGACCGGCCCATGTTGCGTCACTTGCATCCTTGTCCCTGCACGAATCCTCGA
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CCGTCCCCATTCGCCCTCAACCTTCCGAAAACCTAGCCGCCCCGCCCCAGCCGCCGCCCC
CACCCCAAGTCCCCACCGTCCCTTGCCGTGTCCCTTGCCGGCGCGTGGTGCCGCCTACCC
CTTCTGACCGCCGGAGCCATGGCTACACCGTCTCGCGAAGCTTCGCTCACAGCCGCCAAC
AATATCCAGGCATGTTTCCGCTCATATGTTGCTGCCTGCGTGTGATCTGCATTCATCTCA
CTCTCATGTCAGTCTCCATGCAGCCGTTCTTTGTCCTTCATAAGGCGTCCGCTGGTGCGT
CCGCATCTGTTTCCTCCCCGGCAACTTCCCGGGCTCGGCGGCGGATCGAGGTCTCCCAAC
CGTTATCTCCCAACCCCAAATCTGCAAAGAGACCGCGGGATGACGAGGAGGAGGTGGACA
TAGAGCTGTACGAGCATCTCCGCCTGGAGGCCTTCAACTGCACCTGGTCCAAGATCCAAT
CCACCATCAATGTCTGCCTCTCTTCACCCCATAATTCGATTGACCAGCCCCGTCCCTCAT
CATGTGTATACTTTAATGTTTGCTATGTCTCATCTTGGTATTGCTTTGTTTTGGTTCCAG
GAGGTCCTCAGAGGCATCAACCTCAAGCTGTTTGACCAGGTGCTGCGGTGGGTCCAGGAA
TCCTTCTCCACTATCCGCTCTATCATGAGACCCTGCCCTGCTGAAATCCAGCAGCCGTAC
CCTCTCTTAACCGATGTGATCTGCAGAAAGATACCAACGACATTTGTTCTCACTAGTAAG
CAGAACACTGCCATCAAGTTTTTAACTGATTGGTTTCTACTGGCGAGGAATCAGCTGACT
TGATTGGATTGGATTTCTCACTTTTGCAGAGAATGCAGAATTTGTTGATGATGTCACGAC
ATTTCGGGATCTCATGGATCATCTGGAGTCTAATGGATGTCACCTGGCCAAGCTCTCGGC
AACAGAATTATCAGCAAAGAATGGAGTCGGTGGCTGCTTAAGGAGCTTGTTGAGGCAGCT
GCTGTCAGATGTTCCAGATGTGAGTGACATGACTGTGGCTCAAATTTTTTTAAATCTGCA
TTGTTGATTCAGATTCTAGTGTATTGGCTCTCTAACTTCATCTGCTGCTGCTTTTCTCCA
ACAGGTAGCGGATGTATCTGCACTCGCATCTTGGTACTGCAAAGGCGACAATTATGATCA
ACCTATCATTATCATAATTGATGATTTAGAGCAATGCTCCGGTGATGTCCTGGGAGAGCT
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TATCACTTGTACGCCAACCCAGGTAAAAGTAAGTGCAATCTTTGAAGAAACTCTGATCTT
GGTACCCACGAGATATGCCAAAATCCGGACTACATAAATACTAGATTCAATTTTTAGCCC
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TATTGATTTATTTGTTCAATAGCTTCTGCTCCTTTTCTTGTAGTTGCATGCTCCACGCCA
CTTATTTAGCTCCTCTCTAGAAGAAATGTATTTACCAGTAATGAAACATAATACATAGTT
TTTCTTCTTTCTGTTATTAATTTCAATTAAGAAGCTTGCATTTGTGGGTTTAGTTCGACA
TAGAATTTTTGAAAGCCTAATACTGATCTCTTTGTTGTAGTGAGTGGGTAATTAAGATTC
CAATCTTCTTTGTAATGGGGATAGCAACTACCCTTGACGCACCAAGGAAACTACTCTCAT
CGGAAGCTCTTCAAAGATTAGATCCCTGTAAGCTCACGTTGGGGTCTCCCTCTGATAGAA
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AAGTTGCAGTCTTCCTCAGAAATTACTTTTTCAGACACGATGGGACAATAACATCTTTCA
TTAGTGCTCTCAAGGTTAGTGTTTCATATTATGCACTGAAGCTATATTCATGTTAGAAAT
TCTATTGAATATATTTTCTCCATCTGTTATGGAAAGGCTAATCAAAATTGACATAGCTTG
CATGCAGTAAGCACTTCTCTGTCGAACCTTTGAGCTTCTTGTGCATGGGAATGCTTGAAG
AGGATTCTGAGGTTGCTGCTATTTCCTAATTCCATCATAGTACCATGTTTGCAATTTTTT
TGTTACTACTACCAGCTAGAACCTACACTTCAGTTTCTCTTAAATTTTAATATCTATATC
TCTGTTTGAGTTGCTTCTGATTTACTGCCCTACAGAACTTTTGGCATGATAAATTTGGTG
CACTGCCTGTAGGAATTCAGAAACAAGCTTTTGGTTTACCCTCATGCACAAGGTATAAGA
TCATCTATAAGATCTGGTTACAATAATTTCTCCCATGCTTTAGGTTTAAAACTGTGTATT
GCAGGGAATATAACTCAATCAAGCCTGGCAACAATTTGGTAGAAGGGTTGTCTGAGCTGA
TGAAGCTGCAAAAGGATTGGAGTTCTGTTCTCTCGGTAGGCTCGTGGTGCTCCCCCCTAT
CATTATACATAAATGAACGTTGTGCTAAACGTTTACGATATTGCATGCTCACATGTCTAC
CTTCATGTGAAGGATGTGCAGAAGCTTCTTTAGTTGATTAATTGTGAGTATGCTATGTCC
ATTGTACTGAATATTTGTCTCCCACATTATGACTATCCAGTGCCTGTATGAAGCTGGAAG
ACATGGCAAAGTGCAACTTTTAGATATTTTCTGCGAGGCAATCAATCCAGATCTGCATAC
TCGGAATGATTCAAATAATGAACTGCTTATGTCTAAACTGACAAGTGGGAATCTATCAAG
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TGATTGAATTTGCTTTCAGGTTTCTTGAAGCACAAAGTATTCAATTTATTGTTGTTAGAA
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TGTGTGACCGTGTAGAGTATTTCCCCAATTACTCTCCTCATACCTTTTTATCTCTTTAAT
TTATAATTTGTGAGAGCTCCAGATTCTTCAATGGAGTCGCTAGGCCATGATTATTGTAAG
TAATATGGGCAACTTACAATTACCATGAAAGATTTAAGCTTATATATTTTTTTGCAGCAG
TTACATACTAGGGCTGCTTTTTTCATTTGTCTGAAGGCTATACCTTTTTTTTGCAATCTT
TTATTTAATTCTGTCCTTTTGATTTGTCTATGGATCAGATACATGCCTATGGAAACATTA
TTTCATGTTCTTGAAGTTTGGAGCATCCACTTAGAAGGAATGAATGAGGTATTCTCACTG
CTGATTTTGTAATGATGAACACTTTGGTGAAAGAAGTGCAACTCATGTAACGAGAAATTA
TATTATGTCATATTTAGTCATTTTGGTCAAGTTTATTCACTTGCTAAATGGTGTCCAGTT
TCTCATCACCAGTTTTCATACTTGGTTGTTTGTATGGAATCTGGATAGATACTCTGAAAA
TGGGATAAATTATTTTGGTTCTCTGGTTGAAGTTTTTTGGGTTAAAGTAGCTTCTGAATA
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TTGTATTGACTGCACTGAGGCGCTAGTAATGAATATGCTCATTCTTTTCTAGATTATTGC
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AACTTGTGATACCGAATTATGATCATGATGTTAATGCCGAATAATAATTAGCAGGGGTGT
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GTGTTGCTGCTTTAGTACTAAATTTGCGACCCTTATTTTGGGACATATGGAGTAGTATTT
ACTTTACATACAATGCTATAGTGATAACAGGCAAGACGTGACTGAATGTCTTATCCTTGA
AACTCCAATACAATATTATAAATTTTGCTTAGCTGAAACTGCCTGACTATCACTTCATGC
TGTATCAGGAGATCAACCAATAGTACTGCAATTGGAACAGTGCCATTAAACGATAAAGCT
ACCATGTTATTGGATGATATTACGAGGTAAAGTTATGGTAGGATATATTAGCTCAGCACC
ATTTTGATCTTGCATTTTGTGTTTGGTAAATTAGCTTAATATCAGACAAGTTTTATCCAG
TGTTTGTTCTCTCATGTTTAATCTCAGTTTGAAACACAGTAATATATTTGTTTCCATCTT
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CAGATTGTCATAATCCACCACAATACCAGATGAAGCCTAGATGTACAATGATATGCCATA
AGACCCTCTAGGAATAGGTATGACTAGTGTGCGGACGCACGGCGGCACGCTGCACCAGTT
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TGCATCTTTTTGCGTGGTACAGTAGGTCCTTGTTCCCATTTTTGGCTGATTTTTTTGATG
TGTCTAGCTTATTATCTTGTGTTCTAGTTTTAGCCGACTTGATGGTTGCGCTACTGCTGC
TACTGTGAAGAGGAAATCACGAGAGAAATAAGGGTGCCACCGATTGGGACTGAGGAGGGG
ACCGAGAGTAGTTGGGGATGGTTTCTAGTGTCGGTTGAGCCTTCTCCTGGGTCATTCTCA
AGCAGCACACAACGTCCCTTGACCCACCGCACTTGTCTCCACCACAGGCGCCTCCATGTG
CTGACCGCAGCTCCTCTAGCAACGGTTGTCGGCGATGGATCCGCTAAAAGTCAAGGGATA
AGATAGAGCGGAGACTGGAGATTCCACGGTGTTGTTGCTGCGCTGCCGCTTTGTGGACAT
CGCCACTGCTCTACCCTCATGACCGTAGTTGCCGCCGGGGATGCAATGTTTATTTTATCG
GCCGAGAACCGAGAAAGATATGATCCGATAGAGCATTTTCTAGAGTTCTTTTTATAGAGT
GGAGTTGGGTAGTGGTGGATGCTTCGGAAAGGTCTCAGTATTGGTAAAACAACGCAAACC
CTCTTAGATCCACATAACCATGCCAAGTAAATCATCACAAAACTGTAAAAAAGTCATAAA
GTGGCAAAAGGCTATAGAGCATCCTTAGCTGGGTGTCGTTGACCATGTGTGCTTCCACCC
GTCACCAGTGATGCTTTGTGTAGATCAATGTGGATCTAGGGAGGTTTGTGGGAGGTAGCA
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CATTGCAAACCAGACCCAGGCTAGGGTGTATCTCATCGACTGCATGGTCGTGTGTGCGTA
GGGACTACGCTGGCCCGACAGATGTGCAGGGCCAGAGATATGGCATCAACGTCGCGCTAG
CAAGGAGCAAGAGGATAGCGCGTCGAGTTAGTTGTGCACCCAAAGAGGCGTGGTGGAGGA
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GTCTGCCGCCTCCATCGGTGGTGGCCACGTACAAGATACCGATGATAGCGACGTGAGGAT
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GGACCCAAGAGCAGTTAAATGGCGGTGGCCCGAATAAACACTGTTGTCCCACCGAGTGAA
GAAAAAAAGGGAAAAGAAAAAGAGGAAGCTAATTTGAGCTATGTTTTTTTACCAAGCTTC
TCTTCTCGGATGTCATCACAGCGTGAAAAAATACACGAACCTAGAAAGGTCTCTTGTCTT
TGATGTGTATAAAAATCTCAGTTTTTTAAAATCTTTTTGTTTTCAAATATACTTTTCATA
TGGAAATAATGTTAACAGGAAATTATTGTGTGCATCAGTTTTATAAGTGGTTTTGCTAGT
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GTTAATCAATGAACATAGTTACTATTCAGGGCACTGTTCATTGGTTGCCATGTATCAAAG
TGATACAGCCCTTGAAAAAAATTCAAAAAAAGAAGGGGCTCCTAGCTTAGCCGGTTTAAT
ATAGTAGTATATATAATATATACAGTGAGATTTAGTAATTAACATCTTGACATGACTGAT
TGTTAAGTTGACGCTGTGAACCGAGAAGTCACTTATCCTATTAACCCATTCAGTTTCTAA
TATTAAGTCGTTTGAAGTTTCAGCATCTAATGTCTAGATATTCAACAGAAAACTTTTGGT
GCCTGTCGAGTGTTTACCTTTTCACGAAATCATTTGCTTCAAGAATGTTGGTGTTCTCCA
ATCTGTAAGTTTTTCCTTCATATAAAGAATTGTTATTACTGTGTACTCCATCTGTTCCAA
ATTAGTTGTCAAACTTCTTGTAAGTTTAACCAGGACCATAGAAAAATACATCAACAACTG
CAACACCAAATTAGTTTCATTGGGTTCATCATAAAAAGTATTTTCATATTATATATATGT
GATGTTGTAGATATTAACATAATTTTCTAGACTTGGTCAAATATAGAGAAGTCTGACTGA
GGACAAAGCTAGGACTTCAGTTAATTTAGAATCGTATAAGAGTAACCCATGTACTGATAA
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AAGATATGAATATTCTTACTGATATCTAAGTAGCTGTTACGCTTGGAATCTGAATGGCAA
AACCATAATATGCCATAAAGGCTAGGCCTAGGCTCAAACAGGTGCCATATTGTGGGCAAG
CAAAGCCTTGGCCAACATCTTATAGCTGATGCGAAACCATTTTGCTTTGCAGGTGCAACC
TAGCCCAAGAATATGGTGACGTAATTAACCTTCATGACTGGTACCTGTCTTTTGATGGAA
TCATCAATTCAAAAGGGAAAAACAAATTGGTTGGTTCCCCCTCAAAAAAGAAATCAAAAG
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AATTGTCTACTCACATTTCAGTCTAGGTAATCCTTGACACGTATTTTTTCAGAGCACGGT
TCTGCAGGGCTGTCACGGAGCTCCAAATTACTGGACTTCTTCGGATGCCGAGCAAGAGAA
GGCCAGATCTGGTGCAGAGAATTGCCTTCGGTCCTTGATACCTTCATTTTTCATTTAGAA
TTTATGCTAGAAGCGAGCAAGGCACCGAAAGGCTAAGAAAATGTTTCTCCTGTAGTCCAT
GCGGAGCCTTGTTTTGTTGTATGTGGATCTGCATGAAGTCAACGGGCCTTTGAGCGCTTC
TTCTGTAAGTATCAATTTGACATGGGATTTCTGAACCCAAGTATCAATTTGACATGGGAT
TTCTGAACCCAAGTTAACGTATACAGCACATCTCACTTTGATGAACTGCCCTCTTGCTTT
CCACAATATTTGTAATTACACATGCTCTTGACATAGTTTCTCCTACAAAAGAGGCTGGGC
TACCTGCCATTCTGAGGCAACCGCGTGCGCCAAGCTCGTTCGGCTGCCTGATTTTTTTAC
TGTCGCTCAGCTTTTGACTGCTGGCGTTCTGTAAGCTGTTGGTTTTCTTTCACGTATACG
GCTGCTTCAAGTGTCATTGACGAGTGGGCTCTTTCCATGTGGGGTCAAGGAAATCAGCTG
TCGTTTTCCTTTCTCAGCGTGCATATGGATTTGGGAAAGCGATGAAAAGTTGAAAACCTA
AACGATTCATCGTCCTCCACCTCCGCTGCCACACCCTTTGCCGTCCCCCCATCTTCAACA
GACCAGCCCCTCGACCTTCCCGCCCCCAGCTTCAACAGACCAGCCCCTCGACCTTCCCGC
GTGGTCACCCTCACGTAGGGGAGGAGGTGATGTAAGAGGGCAACAACGATCTCAGCAGCT
CCTGGTTCGTCTGTCCTCACCAGTCACCAGATCACGTATCTCCTCCCCTCTCAAAGCCTC
CTCCCCATCAGCAAGCAGTAGTAGTTGGACGGCATGAAAGAAACAGCAGCGGCTCGACGG
GAGTAAGCCAGCACCGGCTCGCCGGCTTAGGTCCTCACCTTCCCCTTAGTCTGCAGTAAC
TCCCATTCACCTTCCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCATATAAATTTCCATCTAATGGCAAC
TCTATCTCTGTTGTGTATTTTGGTGGTTTGGAAATGAATTTGAGACAAGCCTCACAGGAA
GGCGATTTGATGGAGAGGGGCGTCCAGGACCTGAAGTATGGATTTAATACACACTGCCAA
TTTGATGAAATGCAGGTACAAGGTGTTCTCATTATGCTTTGGTTCTCCAGTCTCGTTTTT
TGTTGCAGAAGTTGATATTTTTTAATTTGTGCTCATACAAGGCAACATATGGTCTTTAGT
GTGTGCATTATCTCATCTTAAATTTCTCATAATCAGTATTCAGTTGAGCACAAGTACACT
CTTGCTAAAGGTAAAAGGGAAAAACCATATCCTTGGGCAGGAAGAATATGGTTTGAATTT
GATTTCTACTGTTAACAAATTCTCATCTTTGATGTTAGATGGCATTGTTCACATTTAGTG
TGTGTTATTTTTGTAGGAACACATTTAGTGTGCTTTGAATGTGAAATTCTACTCTTTACT
ATTTGAAGAATTGCGAGGAGGACAATAAATTAGCTCCTTCTGATATCTTGGTTGATGCCA
TTGGTCATATTTAGCCCTTACTTTCAATCCTTATTTTTCATTTGCTTCGTCTCTAAAGTT
TTGTTCCTGCTGCAGGGGAGACACACGTGTTGGTTGCATTCTTGCTGCTGGCTTGGTCTG
AGATGAATCTGTTCGGTTGAGGTATGTTTCTACCCTGCTTTTCTACAACGTTACTTGGTG
ACTATAAAGGTGCTCTACAAGTATCTCCTCGTAGTCGGACTCTTCTTCTTTATGTTGATG
ACATGATCATCACCGGTGACGACCCCGAGTATAGTGCTTTTGTAAAGGTCCGTCTTCGTG
AGCAGTTTCTTATGTCCGATCTTGGACCTCTTCGTTACTTTTTTGGGATTGAAGTCTCTT
CTACCTCTGATGGCTTTT