Map Locations of contig_47048 (9679 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_47048

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_62869 6 2097 bp AK365338 Available Available None
MLOC_62870 1 1233 bp MLOC_62870.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_62869






CDS Structure of MLOC_62870






Contig Sequence (9679 bp)

>contig_47048 9679 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTTAGGGATTCCGGCTCCTCTGGGAGCCGGGAAATAGAATATGTCTTATTGCTTAATTCC
AAAAGGGTGTCTTACAACTGTTTATATAATCTCGATGCCAATAAAAATAAGATAACTTGT
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AGGCGATGTGCACTGAACCTCTTGCTGTGATTGCTTGGTCCTCGGTAGATCAACAGGCAC
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CTTACCGGTGGCAAGGCCTCTACCCCTCACTCCCAGACCTATACCAAGCTATGCACTTAT
CAGTCTGGTGCTCCTTCATCCATACCAGCAGCGATTTTTAATGAACACTATTGTCAGTCA
AATGTTGGAACAACTATTTTGCAAGGTTTGTCACAGCTCTGAAGACTGCGGGTAGAGTTT
GAACTCACCTAAGCAAGCTCCAATGGGGCTCTTCCTACCATGGTGGAGAGGCTCGAGGCT
ATTGGAGAAATTAGCTGGAGACTAGAGAGACTTTCCAATTAGTTATTGCATCTAAAATTA
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CTGTGCCTTTTTGGGTGTGTTGCCAGCCTTCCCTTCCTAATTTCTATCCGTTCCTTTGTA
TTTGAGAAACATGTCAAAACTAAGGAATTCGACTATTGGAAAACTTGATCATATTCTCTA
CAATAATGTGGAATAATTCTTTTCCTCGTCCTTATTTTAAGAATTGGAGTTCACCACATA
GAAATATGTCTCTTAGATCATACTTCGGTCATGTTTATCAATGTTTGTTACATCCTGCTG
AACCTTTCAAGTTTATATTGCTATCTTTCATGTATTGCAACCATTATTTGTTCTTTCAGG
ATGCATTTGTTCTGTGGGACACCTATGGTTATCCAATTGATTTGACTGAGGTTTGTTCTT
CATGTTTTCATCAGTAAATTTAATCAAATTAATTTGACAGTGATATAGTACTTTTCATGT
TTATGTCGTTAAACTTGATAAAGCATTTATTGTCTTGTTCTGGTCATTGTTGTTTACTAT
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TATGGAAGAAGCAAGGCAAAAGGCTAGGAATGCTCGCTACAAGGTTGTATTTATTTCTCC
TTCAATATAAAACTTAATCCTTCGTTTGTAGTCTTTTATGCTATCCGAATATTATTCCTG
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AACACGAGGTTAGATGATGAGTTGGATTATTTAGTTGTGATTTGGTTATTAGGTACAGTT
CTTCCTGATATTCAGTGTCTGTTTGGGATTTCGTAGAATTTCATTCTAGTTTGGCCCCAC
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CACTGCATCTGGTGATGAAGACTTCGGTCTGGTTTTGGAAAGTACAAGCTTCTATGCAGA
ACAGGGTGGTCAGGTACAACTTCACGTTTGACAGTGTCATGTTGATGTAGTTGAATGAAA
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TGCCCTCCTGCAGCAATGGCCCCAGATGACAGTATATTTTGTTAGCTTCAACAGAATTAT
GTTGAACTATATTGATTCATTAGTAAAGTAGACCACAATTTCTGTTTGAAAGTTATTCTT
TGATTGTAACCATAACAAAAAAATGATTAATGCACCCTGACGTGATACCTCCCGTTGGTT
GAAATCTGATTGGTATCCTGTGTCATTTGTTGTACGTCATCCTTATGATCTACATCACTC
ATAAATTTTGGTCGAAGTATTTTTTTCTTGTCATTACACCGTTTCAAACACCACATTACA
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TTGTATGAATTCTCTTGACATGCCATATGATATTTTTGGATTAGATCTATGACACTGGGA
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GTGTTTGGTGAAGTGTGTTCTCTTACCCAGCTTGACATAACCATGTTCTCATATTTCGTT
TGCCTGCTCTGTTGTTTCGTGTAATTCGTTTTGCATATGGACTTTGTAGATCTACCCTGA
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CAAAGAATGGTTATCCATATCAACTGAGCTGTGTGGAGGTATATTTGCTACTCTGTTCTT
TGTAATTCTACACTTCTGCGTTTATGTTGTCTAAAGTTTTTGGATACCAGGTACACACAT
TTCAAACACTAGAGATGCTGCAGCATTTGCCCTCATATCTGAAGAGGGTATCGCGAAAGG
TGTTCGGAGGATAACGGCTGTTACTGCTGAGTGTGCCTCCCAGGCTATGAAGCTGGCATC
ATCTATTGATACTGATATCAATGAAGCATCTAAACTGGACGGAGCAACATTGGAGAAGGT
AGCTTTTCCCTTTGTGATTGTCTCTGGTGTGAGCTATGTGGTTGTGATACTCTAATAAAT
TGGATATTATTAGAAGTTGCAATTTTTGTTTGTTTGCTTGAAAATATAATGTCCTTAGCC
TTTATATTAATAAATGATGTCAATTGTACTTTGTAGCCATTTCCTGTTTATCTGCTTTGT
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GAGGTCTGTAACGTTTCAGTTAATTTGTCACATCTTGTCAAAGAGAAACTATTTACGATA
TTCGGTATTCTCTTCGTAGTTAAAATGAAAGCTGATAATAACTGTTGCATATATCAGGAT
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GTCATAGATGCTGCAGAAGCTACTCTTTCCGAAGGAAAACCCTTCTGTGTTGCTCATGTC
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AAGGTCGGTACTCCAATCCATTTCTGTCAAGTAGTGTCCCCATCATCTAAAAACACTATA
TTTTCAGCATAATTTCCAACTTGCTCCAACAATTTATTTTTGTATGTGTTAAAACATTAA
ATTTATATTCCTTGTATCAAATCTTTGGATGTGCCGGTGACCTCATGGGATCGACCTTTT
TCCAGAGTTTGCCGATAATGGTATTCAGCACAGATGAGGCATCAAACAAGGCTGTTATAT
ATGCCGGCGTACCTCCGGATGCACCCAATGGCTTCAAGGTGTTGGATTGGCTTACACCTT
CAATCGCACCACTCAAGGGAAGAGGAGGCGGCGGCAAGAATGGTCTTGCCCAGGGCCAGG
TGAGGCGTTGTTTAATCTTTAAGAGAAGCCCCTTTGGTCAAAGTCTACTAATTGTTTTTA
CCTAATATCTGTATATACTGCAATGCAGGGAAGTGATGCTTCTCGGGTCAAGGAGGCAAT
GGAGCTTGCTACCCAGATAGCTTCGATGAAGCTGAGCTGATTTGTTGAGACTGGTCTTCA
TACATATTAAGTGGCTGCTTGATGGTCGTTCTCACCTTACTTTCACAAATTGTGATGCGT
GAACATAAAATTATTCACGAAAATCAACTGGAAGCCGTGTCCATTTTCACACTACAGGAT
GTTGTTTAAAGTTCACAGTTGTCGTGTAATTACAGTTTGGTTTATCAAATGGAGTGTTAT
ATTTGACGAACGAATGTAATAATAGTACAGACTTATTTTGGAACAGAGGGAGTAACTACT
TCTCCTAGTGCAACTGCTGCATGCATGGTTCATCACCCGTGGTTCTTGCTAACTACTCCC
TCCATTCCTAAATATAAGTCTTTTAAAGGTTTTCACTAGAAAACTACAAATGGAGGTATG
TAGACGTATATTAAAGTGTAGATTCATTTATTTTGCTCCGTATATAGTCCTGTAGTGAAA
TCTTTAAAAAGACTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTAATTCCTTTGCAACAATGCATGCA
CACAGAAAAGATTCAAAAGCTGGATTAAAAAAAACTGTTTTTAATAATAGATCTGGCGTG
ATGAGATTTTTGAAATTAGATCCAATGTTGATAAGTTTTGATTTTTTTCTCAGGTGGTTT
GCCATATGTAAGTTACAAAACTGTTGACTTGTCGGTCAATAATACTAGTCTTTCTCAACG
TTTTAATATGTACGTATTATTTTCTGTCAAAAGTTATCAAATGATACTGAAAGACTACCC
ACAATGAAAAGTAACATAGAATAGTAATATGCATATGTTACTCGTTTAAGTTACTATCTT
TATAGTGGATAGTAACATAGAAATGATAAAATAAAGATTTTCATTTATTAGCATATAGAT
TCATCTTGTTTTGGTAGTAACTAGCTATGTTACTTAATTTGTCTTTTTTATTAATTAGTT
GTCATATCATCTTTTTTGCTTATGTGGCACCTATGTTATTACCTATGTTATTTCTAATGT
GGGTACTCTAACAGATACTGACCCTAAGTTATTGATAAAAGATGCATAGGTTGTCTGTAG
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TGGTTTTTTGGGTCGGCGATCCCAGGGCGAAGGGTCGGCGATCCCAGGGCGAACCCAGTG
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CGAAAAAAAAACCTTTCCCTGCTAAATTCGCCTTCGGGTGCCACATGATGCCTCGTTGCC
GGTCGCTCCCGGTGCTACCCACCCGCCCATAGCCGATGCTCGCAGCTAGAAAAAGCCATT
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GCAGGCAGGGGTACCAGTGGCTACCCGTTCACCATGCCTGTGAGGTGTTCGACGATTTGC
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TCCCGGTGATATACAGGAAGACTATGGACGCATGGCCTAGTCCATCACCATTGAGCACTT
GTACAAGTTCTGTAGGGCAGTGGTGGCAGTGTTTGGACCATAATATTTACGATCACCCAA
TGCTGAAGACACACCCGAATCCTAGCACAAAATGAGCAAAAGGATTTCCTGGGATGCTTG
GAAGCATCGAATGCATGCATTGGAAGTGGGAAAATTGTCCATTTGCTTGGCAGGGGATGT
ACAAAGGCGCCAAAGGAGGTTGCAGTATGGTACTTGAGGCAGTGGCCACACATGACCTAT
GGATTTGACACTCCTTTGGTATGCCACGAACTCACAATGACATCAACATACTGCAGTGCT
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GGCGTCACTACAACAAGGGATACTATCTAGCAGATGGTATCTATCTGAGATGGTCCACAT
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GAGGCTTGCAGGAAGGATGTCGAGCGAGCATTTGGTGTGCCCCAATCTTGATTTGCTGTT
GTCCGGTACCCCGCTCTGACCTGGTCGAAATCTCATATGTGGGAGGTGATGAATTGCTAT
GTCATCTTGCACAATATGATCATCGAGAGAGAGCAGGAAGAGCCAGTGTTTGACACTGAA
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GCCTTCCTCAATATGCACGAGAATATCCAAGACCCACATGTGCATCAACAACTGCAGGAC
GATCTGGTGGAGCACCTATGGAGGCTCAAGGGCAACACCTAATTTGATTTGTTATAATTT
GTGTTCGAGTCATGAGCTTGCTTCGTTGAACTATTTAATTTGTATTGATTTCTGTAATGA
ACTTTGTCATAAAAATTTAGTTTTTTGTTGAATTTGTGTCCAAAATGAACCGAAGGACAA
ATATGGGCCGAATTTGTGCCGAAACTGGACCGAAAATGACGTCAGGGGCAACCTTGGGGG
GGGGGGAACCAAGCCCCCTAGACCGAATTTACCGTCGATTTGTCCTCAAACGACGCTATT
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GAGCGAGTTTGCACGTTTAGTTTTACTTCTTACCATTCCGGTTTTCTGCTTTCATTGCTC
AGTTCAGTTGATCAGATCTGGGCCAGTTAGGTCAAATAGCTAATGTACGGGTCTGGAGTT
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TGGAAATCAGCATTGGTAGATGTATTCCTGACCGTATTTTAAGAAGTAGTGAGCTTTTTA
ATAGTGACAGGCCCCGGGACTGCACATCATTGAATGAGTGTGAGCGAGTGGTTGAAGGAA
GCTGGATGGCGTGCATGTAATCTCTACTATTAAAGGAAATCTGCTGTCGTCGTGGGTCAA
CATCGATCCCCGGTCTCGTTCGCTTTCCACCTCCCCTCCAGAGATCCCGCAGCAAAGAAA
ATCGCTAGAAAATAAATCTGTACCGCTCTCGTTCCTGTGTCACTTCGTGCGTCGAAAGCT
GGAAAATAAAAACCAAAAA