Map Locations of contig_46973 (7923 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_46973

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_62791 3 1876 bp MLOC_62791.3 Available Available LOC_Os08g01600.1, FRAME:-2, EVALUE:0.0, 13108.m00082 protein polygalacturonase, putative, expressed
MLOC_62790 1 162 bp MLOC_62790.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_62791






CDS Structure of MLOC_62790






Contig Sequence (7923 bp)

>contig_46973 7923 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTAGCTGCCTCTCAAGTAAAATTGGATAAAGGAAAAAAAAACTTGTCAAGTAGTCTAATC
ACCCCNNNNNTAGACATACTTTCGATCCTACAGGATGCCCACTTTGTGTGTGCTGCTGTG
CAGGATCAGACTCTCGCTCTTCAGTATGTGCCTTCTGAGTTACAATTGGCAAACTTCTTC
ACGAAGGCACAAACTCGAGCGCACCATGGGTTCTTTCTCTCCAAACTCAGTGTTGTTGAC
CCACCATGAGTTTGAGGGGGTGTTAGATGTGTATAGCCCCTTTTCTATATACCCACATTG
TATAAGGTGTTTTCTTGCACTTTTACCACATGTATATATACTGGCCTTTGGCCCCTGTGA
ATATCAGTTGCTCATTCTCTAACAGTTACTTGGAAGAGATGTTTTGGTGGTTTGGGAATA
CCTAACTTGAAGGAATTCAATATGGCTTTGTTGACCTCCTGGGGGAAGAGGTTCTTTGAC
CTTAGCAAGAAAGATTGGAAGAATATCATCTATTTTAAATATAACACTGATTCTCCTAAT
GTTTTGTGGTCCAAACCTAATAATGGTTCTCCCTTTGGAAGAGTGTAACTTGGGCTTTAA
ATGCTTCCAAAACATTTTACAAATGGAAATTGGGTGATGGTAGAAGTATTAAGTTTTGGC
ATGATCTATGGAGTGGAGATATGTCCTTGAAAGTTTAGTTTGGGACCTATTCTATATTTG
CAACCAGCCTGATTGCAGTGTCTCTCAGGTGTCGGATGGAGTGCAACTTAAGCTCTCTTT
TAGAAGATGTGTTGACAGGTATGGACTTGATAGGTGGAACCAGTTGCTTGGTATTATCCA
AGACATTCCCCTATGTGATGGTCTAGATGTCCCTATTTGGATGTTGGAATCCAGAGGGAT
TTATTCTGTTAAATCTTTCTACAACGCCATTAACTTTGGTTTTGTTGTTTCTACCATTGG
TGATAAGATATGGAAAATACTATGAACCCAGAATATTCATGTTCTTCTTTGGCTAAGTGT
TTATAACACGATTTTAACTAGAGAAAAATTAGCTAAGCGTAGGAACGTCGATGATCCCAC
GTGTTTATTTTTTAAGGAATTGGAATCAGTACAACACATGTTCTTTGATTGTATTGTGGG
TAAATGCATTTGTAAGATGATATCTGGCTTCTTTCAAATGCCCATTATTTCATGTTTTAA
GGATGTTTGTGCTTTGTGGCACAAACATAAAGAAAAAACTATCTTGGACATGATTGTAGT
TGTCTCTTTGTGCAGTGTGTGCAAACTAAGAAATGAATTATGTTTCCACGTCGTACTTAG
AAAAGTTTGGACTGTGTTCTTATGAAACTTTAAAACTTTCTTCGACAATGGGGAGTGCTC
TGCGGCGCCATGCAGGAGACAACACTTCGGCAAATCATCACGAGCAGGACAAATGTCATG
GGGAAGTGCTCCATATCGCATGGAGATAATTATGTAGTCTATTGTAGTTTGATGTTGCTA
GCTAGCCTCCTCCCTTTGTCTTAAGTTTCTAGTTTGTCTTGCTCTTTAAGTTGTGGATGT
TTGAAGTACTTTTATTTGGCCTGACCCTTTTGCTCGGGACGCTCTCGGTTGTAATGAGGA
TTAGATCTGCACTTTTATGTTTCCTGTTTTTGCTTCATCAATAAAGATGGAGGGGGGCCC
TTTTATTCAAAAATAATAATAATAAGTATGAACTATATTTTAATATGAGTTAAATACATC
GTGGGTGCCTTAACTTGTCTACTACGATCAGTTTAGTGCCTAAACTTGCAAAATACACAA
TAATAATATTATAACTTGTCTGCACGGTGGTGCCTCCGCATGTATACCGTCGTATGTGTT
GTCCGTGTGGCATGACAACTGATGGCCCGCCCACATGTCAGTCGGTGTAAGCGTGAGTGA
AATGCATGTCGTTCTTTTTTTGCAGAAAATCGCCTGAGGTTTAGTTAAATGTTATAAATA
AGCCCCTTGCTCTCTAAGCTAATAACAGCGAAAAATAAAGTGTGGTGTTGTTTAGGTGAA
TAGAATACGTCATTGAATGGATATCCAATATGATATTCTTAGGTTAAATAACATGCACGC
TAGCCACGCGGACTAACAGTAAGTACTTTATTTACAACAGTTAGCTAGAAACTAATATAG
TCAACATATCGTCTTATAATTTCCATTCTGTTTTTTCTAAGTTACTGTTTATTTTTATTA
CATGTAAATCTTCATGTATATAAATACAATAATTATCAATATGCGATTATTGTCTATTTA
GATCATTTTTCTATATTTATTACTGTGTAGTTCGAAGAGTTATGTGGATTTAAATAGTTC
AATGTATTTTATAAAATATTGTTTAACTTTTTTATCTTCATTCAGGACCACAAGCACACA
CAATTATTGTGTATCTTAATTGTATTTCTAGAATACATAATTATTAAAAACCAACAACAT
TGTATTCTGAAAACTGTTCAATGTGTATTAAAAATTCTTGTGTACAAACAATATATTACA
TAAATGCGTTAAAACATATTTGTAGAAATATAATAAGAATTTTACACAATAAATTTAAAT
ACATGCTGAACATTGTATGAAATAGATGTTTTAATTTTTGAAATGCATTACGAACATTTT
TTGAAAACACGTTTACAATTTGTGAATACACGGGAGAGTTTTCCAGGTTGATTTTTTCTA
AAATGCACTAAAAAGTTTTAAAGTTTATGTCAGGTAATATGTTGAATAGCTCTCTCTTTT
CAAATGTGAGAATTTCTTAATATATTTTTTAATATCTACTCTGAACAACTATTCTTGTCG
TAGTTGTTATAAATCCAGCCACCATTTTTTTCTTATTAATATTTCAGCCCACATGCTGAG
ATGCAGGACCAAGGCATGGCATGTGGGACCAATGCAGTTTGGCAAATTTAGATAAAATAT
GAGGACCTTTTTCAAAATTTATTTAAAGTAGAGAGTTTTTTGTAAAACAACCATCACAGT
CATCTCACAGCTACCGACATGTGGGCCAACGCAAAGCTGGCACGTCATTTGGGCAGTTTG
TATGCCTTCATACGGACGGAGGCATCCATTTGAACGTTCGGACAAGTTACGTCATTAGTT
TCACGTATTTTATAAATTTAGGAACCAAAATGGTGTATTTATCTCTTTTAATATGTAGGG
ATGACATAAGAATAGGAGGCTGCTACACGTTGGGCTACACACTTGGGAGAGAGGATAATT
GCCTTCTACATATTCGATCAGTGAATTCATTTGCAGTGGACAAACTGACAGAAAGTCCTT
TGTGCCCTCTAGACGTTTTACAAAACAAAGAATACAAGTCTCAGTGTTGGATCTGCCTGT
AAGTTCTATCTTTGTCCTTCTCTAAACACAAGTATAGACACACCATTTCACCCATCAAAA
TCTTACAAGTTCTGTACAGTTGCTCAGGGAAGGCCACACCAAGAAGAAGAAGACCCATTA
TTCCTCAACTCTTCACAAGGTGCAGGGAAAACTTCATGCGCCTCTCCATACACAGACTCG
CATTGCCACCGTACCTGACGCCTTATCGCTCTCAGGCTAACGTTTCTGAAGCAGATCCCC
TCATAGACCGCGCCGTGCACCGCCTCCAGCATTGGTGCGCGCTGCACATCCACGCCAACA
ATGTCGACAATATGAATGCCACTGATCATGGGTAGCGCTGTCCGGTCATACTTGTCGTCA
GAGTGATCATCTGAACCCCTGCTGAACCTTATTGGCACCTTGACCTTCTCCATCGTCACG
TTGGCGATGGTGATGTTGGTTATGTACCCGCCGCGCCCCACATCGGTCTTGAGCCTTACT
GCGGAAGCGGAGTTCCATATGTGGAGGTCGCGGACAAGCACGTTTGATATCCCACCCGAC
ATCTCGCTTCCGAAACCCACACCGGAGCACGTAGGTGTGGTGCCTGAAACCCGCTGGATG
ATAATGTTTGAGCTGGGTTTGCCTACAGATATTCCATACTGATCCCAGCCACTCTTGACA
GCAACCAGGTCATCCCCACTTTCAATATAGCAGTCCTCGATACAAACTTCTGAACTTGAG
TCTGGTATTGTTCAGAAAGAGAAACTGTCATGGATAAATTTACTCGTTGCAAAGCCAGTT
TGTATTTAGTGCAGAAAAGATCATGATCCCCAAGGAGTCACATATGAAGTACAAACGCAA
CTACCTGTAATTATAATCTTTTATACTTTAACTAAATATTTACTTGAAAGAAAACAATAC
AGGCCTGCTATTCATACAAAATCAGTGGCGGGCCATGTTTGGAACTAGCATTGGCAAAAG
GTTTGCAGTTTTGAGAGAGAACAATCTGTCAATTTTAGAGCACAAACCTGGATCGATGCC
ATCGGTGTTTGGAGCATTCAGGGGAGCTAGTATAGTCAAATCCTTTATCACCACGTTTCT
GAACATTAAATTTCCGTTGTGAGCTTATGGTTTTAGAAGAAAGAAAAATGAGGATGGTTC
TCTACTAGGAAACAAAGTGATAATCTACTGTATTAGCTTGATGAACTAACCTGCAGTAGA
CCGGATGCACTGTCCAAAACGGGGAGTTGCGTAGGGTGACATTGGAGATCAGGACGTTGG
TTGAATTGACGAGCTCGATGAGATGACCTCTTGTGTGGTTCAGAGTCCGGTTCCACCACA
GCTCCCACCACATCCTGCCCTGGCCATCTATGGTCCCATTGCTACCTGACATGGAAAAGC
AGAACAATTTGCAAGTACAGTCAAAGCTAATTCTTCACATGATATACCCTACACACTATT
TCCCAACAAGTATACTCCAAACTGTTTTCTCAAGAAGTATAGCCCACAATTTGAAATTTG
TGCTTGAATCGGCTGTTACAGGGAGCTACTTCAGCTCTCTGGTTTGCATAAACAATTTAT
ATTTACTTGATAAAAAGTTGAAAGTAGAGACTGTTAAACAGTTGCTGTACCAGTAATAAC
AACATCATTTAGGTCTTGTCCATGAATGAGGCTAATGTGGCGCGGTCCTAATCTTTCCCT
TCCGCGCCCGTAAGACGGCAATGGTGCAATGAGAGGCCACTCTTCTGGATCCTGCACATC
ACAGTTCAACGCTGCAATCAACACAATGAACTTCTTAAACAAATTTACACAATCAACTCT
TATGCAGTACTGGTAGAGATTCTTGGACTACTTAAATACAAAGTGGCATGATTATTAATT
CGACAGTCTGGGGATTGGTCCCCTTAAAGATAATCTCACCTGTTGCCATGTTGGACTTGA
AGACCAGGCCATGATTGTCCTAGAATATGAAGGTGGTGGATTATTGTAGTGCGAGTGCAT
ATGGCAGCAATGTCAAACTCCTAGCTAACGCTCTTAATCATGCTTTCTTTCCCAACAACT
TTGCACTACTAAGACGCCACTCACATGAAAGCACTAGTAGACAGTATCCTGAAATGGGGG
AATCTCTTTAGCAAGTTCATCACACATAAACTCTCCACACATACTAGTAGCAATTAATCC
TTAAAATTAGTATGCCCACTGCATTTGCATGTGCCAAAAATGGGCACTAGCTAGTACTGC
AGAAAGCTCCAAACTAGAGATTTGTGTAACCATTTGGTGCTAGCAATATGGAGCAGATGA
GACGGCACTACAAGCAAAGTACTAGCACAGTAGCATAGTAGCATCAAGCCAGACCAGTCC
AAGCAGAAGTAAGGGCAAAGCAAAGGCACACACGGTGTGTTGTAGTTAGAACAATAACAT
GTGCCAAAGCTGCACAAGTCACAGGAAGAAACCAACAACCGCTCCAAGCATGTGCAGGAT
TCCAACCCACAACAGCATCTCTCCCCCTTCTTTTTTTCATTGGTCAGTGGTAAGTGACAG
CACAAGTGTTGAAGCAAGTTTTTCAGCCTCCAATCAAACATGAACATGATTTGAGATTCT
AGTTTCTGTGCTCCTGGCTACTGGGTGGCTTAGCTATGTGACATTTCTTGATTTATTTGG
AGAAGAATTTGTCTCCACTAATCAGCAGAAAAATAATTTTGCATCGGTAGAAAAATAGTT
TTGCATCTAGCAGATGTGTGTGTTTGTTTCAGTTTGAACGCTATACTCAGTAGAGTGCAC
TCTATTAATTTGTAGTAATATACTAGTACAGTAGTAGCAAGATTTGAGAGGAGAAATAAA
TGTGAATTGATTAAATGAAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAACTAGCGGACATGGATC
AATGGACCGATCACGTGCCTGGGAGCCGAGGATGACCGCGCCATGGTGCAGGAAGAGCGT
GAAGCGGCTGGTGAGGTTGAAGCTCCCCGTGAGCCACCGCCCCGCCGGCACCTCCAGCCT
GGCGCCGCCGCCGCCGCCCCTCTCCTCCAGAGCAGCCACGGCGCGCTGGAACGCCGCCGT
GTTGGACGTGACCCCGTCGCCCACGGCCCCGAACTCCTCCACGGACGCTGTCACCGCGCG
CCTCCCCGCGCCGCGGTAGAACCCGGCACAGCTGTCGACGGCGCCGTGGCCGGAACCATG
GCCCGAGGAGGGGGCGATCAGGGCGGCTAGCGGGGCCGCGGCGGGGAGGCGCGTGAGGGC
GAGGTAGCAGGAGGCGAGCAGGACGAGGAAGACGACCAGGGGGGCTGACGGGCGCGGGCA
CGGGCGTGTCATGGGCGCGCCCTGGACGGTGGCGTGCGCCATGAATAATGGATCATGTCA
CGCGGGGGAGCCGAGGCGGAAAGAAGGGATTTTTATAGGTTTCTTCCGGCGCGGTGAGTC
TCGTCCCTATGATTGCCACGTGAGAGCAGTCTGGTTTCGGAAATTTGAATTTGAAATGCC
TACGGTTCAAATTTAAATTATGTTTGCATTACTACATTGGAGCAAAATCTATTTGTGTTG
GGGTCGCTGAGTTCGAATTTAACACTAGTGGTGGACGAGGATTTGAGGCGGCTCACAAGT
CACGAGTCAGTAGTGGAGGCTGGAAATGAGGATTGGGACGTGTTTGTGTACGTATCCATT
TATGTGCCCATCAAGCCTGCGCAATCGTCGTGCCCATCATTTTCTTCCTACTAATTATAT
ATGCATGTTAACAATCACATTATGTTTTTTTGGGGAGGGGGGGCTATTTTGCAAATGCTT
TTTTTTATAATCTTATACGATGTTTTCCTTCCTTACGAAATTGTCAAACATTTTCTAACT
GGGGCGACGAGTAAATATCATCCCGATCATTTGTTTGTGAGGGAATGGAAAATGGGTGGT
TATCTAAAAAACGGTTTTCCTCGCTTTGTATTACAAATCAACCAACTGAAACATCTATCG
GTAGATGTTAGGACGGAAGCAACACAGTCATGTTTAAAAAAAAATGCTGACATCGGCGGA
TCAAAAAAAATAAAGAAGCCTCGTGACCGTTGCGTCCATGAGGGATCTTCCACCAAGCTC
CAAGACTTTGAAGCGCCGGTACCAATCACCACTCCGAGAAGGACTGAGACGATGACGACG
CCAAACCAACCTCCATACTGCGTCAACAGGGTCTTGAAGCCCCCCCCCCTCTCACCACGA
CACCACAAGGTGAAGCGTGCACAGCGACGAATAGGAGTCGGGACTAGGGACAACAGCACC
GTCGACACGCGGGGGGCTCAACATCCACCGTCAACGATGGTAGTCGACCAGACGCAATAG
CAGGAGCATGCCAGGCCCGTAGGCCCACAGGCCCGGCCGAGACCTCAAAGCCCGTAAAGC
TCCCGCCATCGCGCTACAACAGACATGTCATCGGTGTCGTCGCCACGTCCTAGTTGCTCC
CCTCCTCACCATGCACAAGGCATCGAAGTCGCGCCGGGTGCCGGCCCATTAGGACCCAGA
TGAGGCTCGTAAGGCCCAAATCTAGGCTAGGGTCGCACCGTCGGTCGCGTCGCGCCACCA
CGT