Map Locations of contig_46930 (10490 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_46930

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_62751 5 3101 bp MLOC_62751.1 Available Available LOC_Os06g43790.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13106.m04589 protein transcription initiation factor TFIID subunit 1, putative, expressed
MLOC_62752 1 850 bp AK364222 Available Available None
MLOC_62753 1 254 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_62751






CDS Structure of MLOC_62752






CDS Structure of MLOC_62753






Contig Sequence (10490 bp)

>contig_46930 10490 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAATGTAGGGAAAGGCTGCGTACAATAGACCCAAAGTGGTCGGACCCTTCCCCGGACCCT
GCGCAAGCGGGAGCTACGTGCACCGGGCTGCCCTTTTCTTTTGTTTAGTGAATTGCATTT
TCGAGAAAATTAGTAAGCTGAGGTTGTGTGCTGTGGAGATTCCAGGCACTTGTATAGAGA
CTGTTAGATAAAGCAGAAGACATATCTTTCTAGGGTGTGCTTCAGATGGAATTGATGGCC
ATGACTTGCTCAAGATTAGCGGCTAGGTCAACAACCATTTTTGTGTACTTCTCGTAAGTA
AATAAAGATACTCACGAGTTATTTCATCATATCCATGGGCTGAATATATATATTATATAT
GTGTAGTGGTGTGGTTGACAAGCAAGGTCATGCATTTACTCTTAGAGCATCTCAGTTGCA
ATGTTTGGTGCTTATAAAGGTGTTTATACGCATATCACTGAACATCCATTTAAATATTTA
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TCTGCGGTAAAAGCTTGGAAGTATTATCTCTCTAACGTGTAACATGAGAAGACAATGAGC
TTTGAAGTAGTGTATCCAACCTTGTTCTTCTATAGTTTAATTTCGCTTTGGAAGTAGTGT
CTTATCATGCTACTGAGTATATGCTAATTGAAAGTTTAAAACTTCCACTTCTTCAGGTCT
GTTGTCATGAGAGTATGCAAGCTGGTCAGCATCGTCTCAAGCATTTAGGAATCCACAAGC
TTATTCAGCCTGTGGGACTGGCTTCCGCAATGAATCAGCTTCCCGATAAGGCAATTGAGC
TTGCTGCTGCAGCACATATTGAGAGGGAATTGCAAATCACTAGCTGGAACCTTACCAGTA
ATTTTGTTGCTTGTATGAACCAGGTACGTATTTGCCCATTTAATGATAGTTTGTGGAACT
AAAACCAGTAAACCACTTTTGGCACAAAGAATATCTTTGATGTGTTCTAGAGATGGCATG
GATAACCTTCATCTGTTATGCTTTGCTGAATATATATTGAGAGAGTATGAACAGGTCTAC
CATGCAGCTACAGGAAAAATACTTGGTTTAAGATGGAAATGACGCCAGTAATTGACTAGT
TACATGAGAGTGTATCCAGTGCACCCACAGTTGTGGTGCACCCTGCCTCGGTTGCCCTAT
CTGAAAGTGTTGAAAATTTCTGGGGAAAAGGGGTCACAGATACAAAAATGACAAATCCAG
TGCTTACAGTGAAAGTGGGCTGGGCGCAGCCCAATTTTTGTTTCTTCAGATGTGTTTTGA
GTTGGATTTGAAATCTTGTAACATGGTAGCTATGTGGTCTCTCTACATCCATGATTTTGT
TTTTTCATTTTTTTCTAAAACTTCTGCATAGGGTTACTGAGAATGGGTTCATCAGGTGCA
CCACGATCCTCGGTGCACCATATGTTCTCCTAATTTCACAATGGTACATTGGGATACTCC
AGTCCTGTTTGGACTGATGCAGTAGTGATTTCTTTTTATTTTGATGATGGGGACTGCAGC
AGGCTTACGCCAGCCTGAACCACTTCATAAAACTGAGAACTATACAAAGTCCACTTAATA
CAGTGGGATTAAGAGAAAAGAAGGAACAATACAATCCTGCAGATAGGTAAAACAACAATG
TGCAGTACTGATGATCATTAATCAAAGCCAAACACTGTGCAATGTATTCGGTGTGTGTAT
ATATGCACTAAATTTGTGTATGTGCTGAGCTAGCCCTTTCACATTGCTTGATTTTGATAG
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TTTGGGTGCAAGGGTGTAGTCTGCCACTGGTAGATTATTCAGTTGTACCCACTGAAGCGA
TTATGCTGAGCAGGTACGGTCATACCTAGTGGGTACAGGGTAGAGGGGAAGAGAGATGGA
GATGGCATAGAAAGGGAAATAAGGAGATGGGAGCTGAATCAAATGAGAGGATAGACATTA
ATGGAGGGGGCACATACATAATGGGGAGGAGAGACCAATGAAGCGGGTAGGGGAGAGAGA
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CCCCTGTGAGCTCGAATGGTATCCACTACAGCAACACCATGACAAAGTCTATCATGGCAG
AAGGGGGTGTTCAGAGAGATATTTTTTTGTATGATCTGGGCAATACAGATCACTATTATA
TTTCTTTCCCAGATCATTGGCAGCTCTTGCTGGATAGTATGTCTTAAATGCACGTTTGTA
TGTGCCTTTAGAAAAAGTACACAATTAGTTTTCTTTGTCTATTGGTGCGTGATTCGGTTC
AACTGTTCTACTGATCTAATCTAGTTTTCTTGGGTGTATGCAGGACAAAGAAAATATAGA
AAGGCTAGAAATCTCTGGTATTGGTGATCCATCTGGCCGTGGGCTAGGATTTAGCTATGT
GCGAGTAAATCCTTTCTCCAATTTATCTCATAAGAAAAAGCCGGCTGCAGCCAAAGGTAC
CACTGTTACTGGGACGGATGCTGATCTTCGCAGGTTGAGCATGGATGCTGCCCGAGAGGT
ATCATCAGATCTAATGATCTAGCAGCACTATGCACATTAACATTGCCAGAGGGTTCCAGG
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ATCTTTCACATTGTTATTTTAGTTACTGGTTTATGAAGAAAGTTACGTGTCGATCCCTGC
AAAAAACATAATGATTACCTCCATACAGTAAAAGATATAGTGGCCAAAATGCCACTGGCT
ATGACAACGAGAAGTGGGATCTACTCGCACATGTGATTAACCATGGAAGACAATCTGACG
TATTTACATATATGTCACACATTTTTTCTGTCTTTTTACACTTTGTTCACTCATGCTTTC
CATTGATAACATTGTAAATAGTTGCTTCTCAAATTCGGCGTTCCAGACGAGCAACTTGAT
AAATTAACAAGGTGGCATCGAATTGCTATGGTGAGGAAGCTTTCAAGTGAGCAAGCAGCG
TCAGGAATTATGATTGATGAAATTCCAGTTAGCAAGTTTGCACGTGGACAAAGGATGTCT
TTTCTGCAGCTTCAACATCAAGCTAAAGAGAAATGTCAGGAAATTTGGGACAGACAAGTT
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TTGGACTCGTTTGCTGGGGATCTTGAAAATTTGTTGGATGCTGAAGAATTTGACAATGAA
GATGTTGGTACTGGAGATCTGAGAAGTGATAAAGGAGAAATTATGGGAGGGCTTAAAATG
AGAAAATGCTCTCCTCAAGTCCAATTTAACGAGGAAAATCAAGATGATCAGGCAGAAGCT
GCTCTAGTAAAAAAATTGCTCGAAGGTCGTTGATTGCTACTTTCATAGTTTTGCTTTCCA
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TAAAGTGGAAGAAACAACCTGTGGAAATGACAAATTATGGCACCTCTAGGTATAACTATG
GTTCATGTATAACCAGGGTGCCAATAAAACGAAGCAGTGTAAGGCCGGGCAAATGATTAA
ATCGTCTGGTTATGCAAGTGCATTGACCCTAGAGGAGAGCACGCCAAGAGGAGTGAAAGA
GGTACGAGAAGTTCAACTGAAGTTCGAAACCTAGTCTTGGTTGTTGCTGATTCAGTTTTG
TTGCCATACTGATTTGTATGAAGAATCTATGGTTCATGTTTTGAACTTCTAGACTTGTTT
TAATAGCAGTATCATTTAATATAGCAGGGATCATATCTTCTTTACTTTTTATTCTTATGT
GACTTGAATTTTTCTTTTAAGGAAAAGAGGCAGGGAGCAAAGGGGGACAGTCTTGTATGT
GGAGCTTGTGGAACGGTAAGGCATAGTACATTGAATTACTCGCATGTTCTGAAATTCCCC
CCTGACTTTGTGTCACATTGTTATTGCATAGCTTGGGCACATGCGGACCAACAAACTTTG
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TCCTCTTGATGAAGCAAGTCATGTTCAAACAATGAAGCCACCGGGCAGGAGGTTGGTAGC
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AGTAAAATTCAGATGTGGTTCACCTGAGAAATTCTTGGAGAGGAATATGTCAGTGGCAGG
TTCTTTGGTTTCTGATAAACTCACAATGGATGCTAATGATTTGAGATATACCGGAAATGT
GAGCAAAATTAAAATATGCAGTAAGACCAAGTCTGAAGACTATCCTCCTGATACTCCTAA
GCCATCAATCGTTGTACGGCTATCTGTTAAGGCAGAGAAGGATGCACCTCGTAAGAAGGT
CACTTTCAAGCAGCCTAAAGGGCATGTAGGCCAGCTAACGGCTATTGAAAATAGGAGTGG
TCCGGAGCCCATAAAGCTAAGGAAAATTGCTGAATTGTCAAGTTTTAAAGAGAACAGCAG
AGAGAATGATGGTTGGTATGTTGGAGAGCGCAGCCAAATGAATTCCTCGCAGGATAGGTT
GGGTCTGGATGGTAATAACAGACAAAGCAAAGAAGTAGTAGGAAGTGATGAATCCTGGAG
TGCCTTTAAAGAGCAGCGAGCGAGACAGGAACAGAGGCTAATTCAAGCTAGGATGCAAGA
AGCAAGCAAGGAGGAAGAGCTCCAGAAGTCAAAGAGGAAAAACAAGAAAAAGAGAAGACA
CGAATTTCGAGATGATGACGTTCTTGACCACAAGCCGTACAGAAATGACAGAAGGGTACC
TGAAAGAGATCGATCAGCAAAGAGACGTAGTCCAGCTGATATGACAGAATATGCTCCGTC
GGCCAAGCGGCGCAGAGGAGGAGAGGTACTTGTTCTGATGTTTTCACTCATGTTTGGTGG
GATTGTACACTGTTTAATAATGTTTGTCTACAACCGTTTTTGCTGCTTCCGTCTTCACAA
GGAGTTACATGATGCATCCTGATGCAGGAAGTAATAATGTTTGTGTACAACCATGTTCGA
ATTGAACATTTTTTTTAATATCTGATGCAGGTTGAGCTCTCCAACATATTGGAGAAGATA
GTTGACCACTTGCGGAACCAAACCTCCATATCATTGCTGTTTCTTAAACCAGTGGTGAAG
AAATTCGCTCCCGATTACTATGACGTAATCCAGCGCCCAATGGATCTGGGTACCATCAGG
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ATAGCAACGAACGCACACATTTACAACGACACGCGGCATCCTCACATCCCTCCGCTGGCC
GACGAGCTCCTGAAGATGTGCGACCACCTTCTCGAGGAAAGCACGGATGTGCTCGACGAC
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CATAGACTGCTGATCCGTAGCGAGGGAAGGGATATCACACATGTACGTTATTTTTAGCTT
CGCCCTAGTTATTTTGCCTGGGAGTCAGAAAAGTAGATGAAAAGAAAGGAGGTGAATTTT
TTTTTGGGAGTGTAGGCAAGCTCTAGGTTAGCGTCAGGGGCCCCGCTGTAACTATTTGGC
CTCATGCTGTAAAAATGTAGCGGTATAACTTTTGTGAATATTCAGATGGTGTAGTTGTGC
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CCTGGTCAAGTCACTGATGTTGGAGCCACTTGAATCAGCAACGTTTGGTTGGTGACTGTT
ATTGCGTGATGACAGGTTATACTGTGCAGAATTTCCAAAGTCAAAGCGTGTGGATTAAGT
TTTTTATCAGGTACAAGTTGGTTACCTGCCTCTCTATACTTTTAACATTACTTGAGTTGC
TGAATGAGATGTGTATGCTTTGAATGGAGACTTGTGACCAGGCCTGGTGATGATGTATCG
GAGAAGGAACCATCCTTTTAATGATGTTTTACTAGCTGGCACCGTTTCTCTTATTACCTG
ATGTGATGGCATGAAATGTGATTATGCCCGGGATGTTGACCTACTCCCTCCTTTTTTTTT
ATTCACTCTGCATATTAACTTTGTTTGAAGTCAAACTTTGTAAAGTTTGATCAATTTTCT
AGAACAATTTACTGTATTAATATGTACAATACCGAATCAATACCAGTAGATTCATTGTTG
AATATATTTCCACCTTATATATATTTGTTATTATAATTTTTCATTGTTTTCTATAAACTT
GGTCAAACTTAGGATAAATGTAATATGCAAAATAAATAAATAAATCAAAACAGAGTGCAA
CAACTGCGGGCACAAACCTCACCTCCTTGGGAACTTGTGGGTGGTACTAGTTGGTACTTC
TCATATCCCATGCTATAAGAGCAAGTACAATAGAGCTGAGTCAGCTGACTATAAGGAATA
AAATAGTATATTTTTGCTTAGTTGGAGGAGAGAGAAGGTAAACGGGCTCTTAGTTAAGAG
CCAGCTCTAGCACGTGCTCTTAGACACTTTGTAAGAATGAATGGTGGGTCATATAATAAA
TAAGTAGTACATTCTTTTAACCAACTATTGTACATGTTAGCTATAAGATGGATTATAGAT
GACATGGCATGAGCTTACAGCCGACAGCCGGCTCTACTATTGTACTTGCTCTAAGAGCGT
TTTTGAGAGAGGAGTTGGTTGTAACTTGTAAGCAAAACCTCAAGGCAAAGGCAGCCTTGG
AACGAGCAAAGGGTGTTTGGATCATCCCATGAGGACAGACATGGAGACATGTTATCGTGA
TTCTTTCACACCTGGTAAGCTCTTGTGACCAAATCCTACTTGATCTTGTGTGTCATCGCT
AGACGCCACCAAACTTTCATCACGTAATTCAGCTTTCTATGACTAAACGCCGGGATATTT
TACCTTGGCTGTTTAAAAAACTACTGCACACACGTAAGAAATTATTATTGTTTACTACCT
CCATTCGTAACTACATGACTTACCAGTCAAAAATTTCATACGACACCTTTTGATTTTTGA
CTACTGATATGCATGGAAACATGTAGAATGGTAAACTGAAAAATTGTACCCGCTCCGTTT
TTAAATATAAGTCTTTTTAAAGATTTTACTAATAATTACATACGGAATGAATCAGCACTC
TAAAATATGTATATACATCCGTATGCAGTTCATAGTAAAATCTCTTAAAAAACTTATAGC
TTAGAAACAAAGAGAGTAGTATCATAAAATTTGTCAATAAAAACATTTTCATAAAGTTTA
CTACTCCCTCTGTCCTAAAATAACTGTTTCAACTTTGTACTAGCTCTAATACAAAGTTAT
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AACATAAGAACGTTATTAACACTAGAAAGTGAATTGAAGATACAGTTCGACAATATATGT
AGTATATATATATACGCGTCATGTCTAAAACATTCATCATTGTTTTTTCTTTTTGTTGTT
GTTGTTGTTGTTGTGCTGCCGGAGAGAATATAAAACAGCTATGCATTACTTTGTTGAATA
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TAGCACACAAACGAGCCGAAAGCGTGTTGCGTTTGGCAGTGACGAACAAGCGAAACGGTC
GGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCGGTGTGCACGACCCGGCTCATGCATGCTGCCATGC
ATGCACGCGCGCGTCCAAATCACCAGTGTTATGGTCTGGGATTAGTGCAAGCTAATCGAA
CCACCACACTAAGCTACGACCACGACCACTTCCGGTCGACAGCTACGTACCCTAATCTCT
CTTTCTCACTGCCGTTTATGTAGGAGTAGATATATACTCCAAGAGGGGAGAGAGTGAAAT
AGTGGAGCCTGCTGCTCAGAGTCTTTGGTCAGCTATGGGGTCGTCTAGCCGGCGCACGCT
CCTCGCCGTCCTCCTCGCGTCCTCCTTGTGCGCCAGCTCGGCGGCGGCGGCGCCGCTGGC
GGCCGAGCGGACCCGCCGGAAGGACCCGCTGGACGGGCTCCGGCCCTACGCCGGCGGCTG
GAACATCAGCGACCGGCACTACGTCGCCGTAAGCCCATCATCCATCCGTTTCAGCTTCAC
CTTGCACTCATGCTTGTGCTCACCGTGGTCGATGCATGCTGCTCGCTCTTGCAGTCGGTG
GCCTTCAGCGCGGCGCCGGTGTTCGCGGCGGCGGCGGTCTGGTTCGCCGGCCTCGCCCTG
GCGGCGCTCGCGGCCTGCTGCTGCCGGTGCTGCAGCCGCGGCAGCCCCACCAGGGACGAC
GACTACTCCTACTCCCGCAAGACCTTCGCCGCCTCCCTCCTCCTCCTCCTCGCCTTCACC
GCCACCGCCATGTGAGCAAATCCACCCATCCCTTAATCCTGCCTGCGCATCGATGGATGG
ATGTGCGGCTGAAACCATGGATGGACGGACGACTGACTTGTGTACGTACGCAGCGTGGGG
TGCTCGGTGCTGTACGACGGGCAGGCAAGGCTGGACAACAACACGGCGGCGACGCTGCGC
TACGTGGTCAGCCAGTCGGACGGCGCGGCGGCGAGCCTGCGCGGCTTCGCCCGGTTCATC
GAGACGGCCAAGGCGTCCGGCGGCGCCGCCATGCCGCGCGACCTCGGGGCCAAGGTCGAC
CAGGTCGCCAACAGGGTGGGCGCCGCCGCCGACGAGCTCGCCGCGCGCACCGCCAGCAAC
GCGCGCAAGATCCGGACCGTGCTCGACACCACGTACGTATCGCATATAGTACATCATCGA
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ATTATTGCAGAAGGAAGATCCTGATCGGCGTCGCGGCCGTGATGCTGGTGCTGGCGTTCA
TGGGCCTCGGTGAGATTTTTTCGTTAGGACAAAGACATGGCATGGCTCGTGATGTCAGGA
AATTGTGTATTTTTCTAAAAGTTGCTGAAGATTTTGGTTAATAGCAAATCATTCATTAAC
TTTTCTTGTGATATAGAAAAAAAAACTATCCATTTCTTGACTTAGCAATGCTGGTGACTC
AGTCAACTAAAAATTAGCAATTCCCACACATAAATTAATTGCAAAACCAACTTTGTACTT
TCTGTAACAAAAACAATGGATAATTACTACAGTAGTATAACATTTTTTATTGTCCTCAAC
TTGTTGCAGTGTTCTCCTTGGCTGGGCTGAACTCAGTTGTTAGCTTGTAAGTCGCACAAC
ATCCTCTATTAACTACATATGCATATTGTTCTTCCTTGATTTCCACTAAAACCTTTAGAA
TACATATTGAAAATATAATTGGCATGTGACTTTGCAGCCTAGTGTTTCTGGGATGGATCC
TTGTCACCGCCACATTCATACTGGGTGGTGTTTTCCTTCTCCTCCACAAGTAAGCTAATC
TTCATTACTGTATTTTTTTTCCAGAAATGTTAAATTCATAACGTTTGTATTTTAAGCATG
AGAACCCGAACATTTTTCATGACAATTTTAGTTCACGCGAGGTTGACAAATATGGTAATA
TCATGACAAAAAAACCTAACTGAGAAAAAAGTTGTCATACTTTAACAACTAAAGTTGCCA
CTACATGTCAACTAAAGTTGTCATGGAAAAACGTTCGAAATGACATGCTTAAAAATCTGA
AAGTTCAAAATTTACCCGTGTCCCTTTTTTATGACTTGGTCAGGTTAAAGAACTATCATC
TGATTATGTAGATGGTAGAACTACTTATTCGTATGTACTAACTTGTTTTTAACTACATTT
TTTTATTATTAAATCCAAAACGGCAAAGGTCAAAAGTCGTCAACTACTATGTGCTATGCA
TTTTTCTGTCTGAATTCTGCAATCCGGAGCTCTGCTCAACTGAGTGACTGACAGAGGAGC
CTCTGCTCGTGTTTCTTTCTTTCAGCGCGGTGGGCGACACCTGCGTGGCCATGGAGGAAT
GGGTGCGCCGCCCGCCGGACAGCAGCAACAGCACCGCCCTGGACGACATCCTCCCGTGCG
CCGACGCGGCGGCGACCTCGGAGGCGCTGCGCCGGAGCAAGGAGGTGAACCACCAGCTGG
TGGCCACGCTCAACGGCGTGCTCGCCAACGTCTCCAACGCCAACGCCTTCCCGCCGGGCG
CCGGGCCGCCTCTCAACTACAACCAGTCCGGCCCGCCGGTGCCGCTCCTC