Map Locations of contig_46615 (12734 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_46615

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_62492 6 2169 bp AK368463 Available Available None
MLOC_62493 1 927 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_62492






CDS Structure of MLOC_62493






Contig Sequence (12734 bp)

>contig_46615 12734 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCGACGGAGCCATCGATTATTAGTTAGCGCATCGTCACATCTTATGTGCCTGTCTTTTGT
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TTCTTATTTTTGAATTGCCACCTTGACTCTCTTGAGAGATCCCAAACAAAAGTAGTAGCA
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GTCACGCGCTGCAGCATATGCTTACCAGACAAGATGAAGCCTTTGTTGCTGGTATCAGTG
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AGGTTTTCGTCGCTTTCCGAGGACGGGAGCCTTCGCCAGAGCCACTGCTTAGGCACAACG
GCTTGCTACCTGTCGCTGCATAGGGTTCTTTTTCTTTTTCATTTGCCGCACCAACTTTTA
GGATTTTTTATTTCGATGTGAAGTCAGTGACCATCAAAACAGTACTGCTGTTGTAATTAA
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GTGGCTTGTTAAGCGAAATCTGTCCATCTGTCGGGTTGACAGCAAGTGGTGTAGTTCTCG
CCGACAAATACTCTCTTCCGGGTCTACGTTCTTCATTCATCATTCATATGCTGCCCTGGT
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CCGAATGCCATGATTTCGTGGTTTGGGAAATTGGTCCACGGTACTTTGCCATGTTTTTTG
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GCACATCGTTGTTTAGCCTGTTTTGATTAAGTATATGTGCATGTCAAAATATGACCAAAC
AGCTTGCGCTATTTTTCCATTTAATTAAAAATATCACATTATTCTATGGATAACTTAAGT
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GCTTCGTATCGTCGAAATGATCGATTTTGATATAAATATCGTCTCAATCCAAAGTCACAT
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GCAGCTAATTAAAAAATGTTTAATATGAGAGTTGTTCGTCTCATTGAAACGTTTCAAATT
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TGTCAACTTTTAGACCAAATAGTTTTGGAAAGTTCGGATTTCGAACTGGGCTAGGATTTT
GGACGTGAATCCAAGCTTGTTACTTGTACGGGAAGTCCAGCCGCCTCTTATATACCTATA
GGGTGACAATTGATTGAACAACACACAACTGACATATCAATCTATCACTTTTTTACCTTT
ACTTTTATTTTCTCCTTTATTTTCTTTTTCGTCTTTCTTCGTTATTTGTTTGTTCTTTAT
GTTGTAGGGGAGCGATCCACGAGGCCATAGGAGCGATCTGGTAGATCTAGGGCAGCCCTA
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GCGCGTCCAAACGGGTCTCTTTTGACGTGAGCTGCAGTGCATCACCTCTGACGCCGAGAG
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TACATCGATGGCAAGATTTTCTGGTTGGTGGAGCCTATCCTCGGGCCAATTTCTCTATAT
TGTCAAATCACCGCATTCGATGTCGAGAAGGAGGAATTTGAGGCTCTTCCAGGTCCTCCA
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GCTTGTTCGGACAAGACCATGAATGTGATCTCCATATGTATGATGAAGGAGGTTGGCTTC
TGGTTAAAGGAATATCGTATAGATTTGGAAGAGTTCTTGCTTGAGTATTCGCCTGAGTGA
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GGGGATGACTTCAAGTTTTGCCTGTTGTCTGCCATGAAAGTTTAGTCAATAGGTTCAGAT
CACAACCTAGATTATGTAGTTCTTATATTTTGTCCTTCAATGACTTTAATTTTCCAAGAC
CCCCTTTTCCGGTCTTTCTATCTGGCTTGTATGGTGCAAAGAGTGGGCGTTGCACATCTC
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ATCTAACATTAAAATGTGTCGATAAATATGGGTCAACAAATCCGTGACATAGTTTATATT
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GGCTTTCCTCTTCAAATCAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTGTAGAGGTT
TTACTAGTGGACTACATANNNNNNNNNNTAGACATATTTTAAAGTGTACATTCAATCATT
TTGCTCCGTATGTAGACCACTAATGAAATTGCTTCAAAGACTTATATTTAGGAAAAGAGG
GAGTAAATATGTTTGAGGTCATATATTTGCCATGCTCGTGGATGTGTATTAGAAGAATGG
GGGTTTCCTCTTCAATTCATCATAAGTATCCAAGAAATTGTAATTATTTTTATTATGCGT
ATGTATGTGAGAGGTATTCCTTGAAAAGAGGCGAGAAAAAACAAATCCATTTCATTCAGT
CTGTCTAACCAAACACTGAAATGTAACCATTCCATTCCACCTGATGTCTTCAATAAAATA
CAAGAACAGAAGCACAAAATTCCGTTCCACTTCGTTCCTCACCCAAACACACCATAATTA
TTTGCTCATGAAGCTGGTAGTTTGTGCTAAAAAGCGAATAAGCTAGAATTAGTATTTTAA
TTTTGTTTGAACTGGAATTGGTTTTTGCCACAAACGAATGCATGCTATTAGAACAATTCT
TTAGTGCTTCGTTTTCAAAAGGCATTCTTTAGTGTCTATAATCGTTATTGCATCCTAACT
AATCATATTTTACGAATATGCATCCTTGCTAATTGTGGCCTAGAACACCTATGCTCGAGT
TTGACCACTCGTTAGTGCCTGCCACGTGCTAGCTAGCTCGACATTAGACCAGACAACCCG
TTGGTTTACGGTTTGGTGGCATGCATCTGTGTGGCTTCACCTCTATTGATCGACCATGGC
CACCGCCTCTTTTACTCCTATTTTCCTTACCATCTCAGGACAAAACATAGCTCACCCACA
CATATACCTTCCTCCACCTCCGGCGATCCGTTGGTTCGTTGTCCACCATGTACCCTGTTT
TATTTTAGAAAAGGAGCCTCTGCATGTATACCTATATATAGCACCACCCCACACATTTGG
CTATATATCGATGGAGATGGGGTCAACTAATTAAGAAGCAAATTAACAGTCTACCCCCCC
AACATACGATTGGACAGTTTGTGCATCGGCCGGCCATGGCGAGGCTCTTCACCATCGTCT
CCTCCTCCGTCTTCGTCGTCGTCCTCCTCCTCCTCATCATCAGTGAAGTTGCCCAAGCCA
TCGAAGCCACCGCCGCCGCCGGAGAGGTAGGCGACGGCAACGCCAAGGTCAAGAAGTTGT
GCGCGGACACGCCCTACCCGGAGCTCTGCGCCTCCATGATCACGCGCTACGACGAGAGCA
AAGGCGCGGCCGAGGAAGGCCTGGTGGGGATGGCGGCCCTCACCTCCGTCAAGCTCCTTC
TTAATGCGACGAGCACCGCGAGCCCGGCCGTTCAGAGGGACAGCCACCCGGGCATGAGCA
AGGCCGACGAGATCTGCTTCGAAACCTGCTACAAGGAGCTCACCAACGGCGCCCAAACGC
TCGACAAGCTGTGCAAAAGCAAAGATCAGGGCGGGGACTACTTTGGCAAGGTCCAGCTCC
CCGAAATCCACAGCTTCTTCAAGTTCAACAAGGAGTCGCATGTCGAGTGGAATTGCGAGA
GGTGTCGCCAGGGGGAAGACAAGAAGATTGCCGACGATGTCTCCAAGAACAACGAGGCCG
AGAAGGCCATGGCTGTCCTCGACGTGCTCGCCGACAAAGTTCTAACCAAATAAAAGAAAA
GAAAAAGGACTCGATCACTGCATACAACGGAGTACTATATAATATATAGATGCTGTTACG
TTTTTTGTTAGTTTCGTTTTTTGTCTTTTGGGCATCATGCATATTAGTTTCTTTGGTTAT
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TAATTGCACGTTGTTGATATTATGTGGGATATCAATCATGTGTTAATTATGTGATTAGCA
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GAACATGTTAAGTGCTCACCACTGGAGAAATCCACGTCTTTGAATTGGCATGGTTTGGTG
GCAGAGCTTAATAGGATTTGCCCCTCTAGGTCATTTTATAATTGCATATACAGATATAGA
TATACATGTACAATCATGGTTTTATTTTCTTCGTTGGCTATGGAAATCAAACTGACTAAT
TATAAGTTTAAATTATTTTTGATAAATGTCATTTCAACATAATCCTGCATTAAGTGAATA
TCCAGACTCTACATAACAAGATACACAGCTAACATGTTTAAAAATGAAATATTAAAAATC
ATTATCTTATAGAAAAAGAAGGAAAAACTGAGATCGAGGAGGTTCTATCCGAAGACTACT
CTGGCATCCACGGTTGGAGAAAACTTCCCTAGCCGTAAGCTCATGTCTGAAGCATTAGCA
CATGATAGACCAAGCATGGAGCCGGTGTGTACATGCACCATGCACGAATACCCCATCACA
TGAGTTGAAACACACTTTTTTTGTTGAAAAAAAATAATGCCATTCCTACAAAGCCACATG
ACCCAACATAGGATTCCCGTCCAAGCGAGAATATCTGAATGGAAATATTTATCAAGACAC
CTCAACCAGTTGGCAAATATATTACAAACGCTCAGGGGCGGGTAGAAGTTTGAAGCGATC
TGAACTATGGACCATAGTGCACAATCATTTTTACACTCAAAAATAGGTGTTCAATGGTCT
AGTCATGCCGGCAAAAGTCATAATGCTTGCAACCTAGCCATTTATGGTGTGCCAGGTTGT
CCCTAGTCAAGACCACCCCTCACTGCAGGGAATAGAGGAATAGCTCCACACTAGTGGGGA
CAAGGCCTATAGTCCCGTCCGTAAGGGGCTTTAGTCTCGGTTCATCAACCGGGACCAAAG
GGGCGGGACTAAAG