Map Locations of contig_46146 (11179 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_46146

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_62051 5 1674 bp MLOC_62051.5 Available Available LOC_Os03g22490.1, FRAME:-3, EVALUE:1e-79, 13103.m02707 protein heavy metal-associated domain containing protein, expressed
MLOC_62050 1 599 bp MLOC_62050.1 Available Available None
MLOC_62049 3 3850 bp MLOC_62049.1 Available Available LOC_Os08g45080.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13108.m04915 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_62051






CDS Structure of MLOC_62050






CDS Structure of MLOC_62049






Contig Sequence (11179 bp)

>contig_46146 11179 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATATTTGTAAGGCGCTGCCAGGGCGCTTTATCGCCTAAGCGTCACCTAAGCGTCTAAGGC
AGGACGCCTTAAAAAACAATACTCTAAACTAGCTTTGTTGATCTAAGGTGGACGCCTAAG
CGCCTAAGGCGGGCATATTTGTAAGGCGCTGCCAGGGCGCCTTATTGCCTAAGCATCTAA
GGCATGTCTAAGGCAGGATGCCTTAGAAACAATAGTCTAAACTAGCTTTATCGATCTGGC
CTCTCATCATTTTTGACTTGCGAATATTGAAAATTTTAGGTAAAATTGTGTGTTGTCCAT
CAGGACTCCCACACCCTTATCTTGCCAACAGTTCCATTGGACTATAATACAAGGTCCTTA
TTAGACTACAATCTGGATTGTTGGATCCTATTGAACCCTAAGGGCACTCCAGTGCATTGA
ATCTTGTGTTGTGCCAGATGCATTAAATATGTGTTTCAGATACAACTCTTCCAGTCACTT
ATATTTTTGTGTTGCATCTAATGGAGCTGCCATTTAATATGTTCTGCGAGAGAAAAAAAA
TAGTTATCTTCGGTTACCTGATAAGAAAGAGTTCTAGATAATATCATAATATAAAATACC
TCTCCTTTTCCTTACTAGCTAGGCTTCAACAACGGTATTTGGACTTTTGCCTAGGTCGCA
TCATTGCTCTTGGTTTGCCATAAGCATGAGTCAAACAGTTTATTAAATTAATGGTTATGC
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AAGTTAGTCCTAAAGCTTCAAAACTGCATTTCACTTTTTTCTTTACCTGAACCATGGTGG
ATAGAAGGACAGCTCGAAGATAAAATTATGCGGCTGATTGGTTTGACGCCAACATTTGGC
AAAAATCAGAAGTTGCCAAAATTTGGCAATTTTTTATGAGCTTGGCAAGAAAAGTCGGCA
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TTTAGCGATCAAGTACTATTTAATCATCATGTTGACTAAACTGACCCTGTTGATCTTCTG
TGACTTCTGTTCACCACATTGGGTTTTCTTATAAGTTTGAATTTTTTCTGGAAATGCTAC
TATGCAATGACCATGATGACTAAGCTGACCATATGGATCTTCTGTGATTGTTTGATTTGG
TTAACAAGTTTCCCAATTGCTCCCGCATTCTTTAATTTTACTTGTAACTTGTTCATTGTA
TCATAGTACTCTTTGACAACCTTGCTTTTTATGCAGCATCTGCGGACTCTACCTCTCAAA
TAGGCCATGCAGGTGCAGGTGAGTGGCAAGAGGAGATCTATCAAATGGTAAGACATGATA
CTGATATCATCCTTTATGGCAACTCCCTTTCTTGTAACATCCTAAAATTCGTAGACAGTG
GCCCCTAGAACAAAGAGGTTGAGAGTGCCCTTATCTAGATTGTTAGAAGATGAAACAACA
CGCCATCGGATGTTGGGGCATTTTACTTTTGCGCTTAATGTTGCACATCTCTAGACTATG
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ATGGTCTATTAGCTGTTCTGGTTTCATCTCTATATAGCTTCTGCACCAAGTTTACGTGTA
TGTGGTCTTTGTTATCGACAGATTAAGAACTTAAAGGATCAATACTTTCCAGAACTCAGT
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AAGCCATCTGAGCAGTATGATAGAATGAAGAATTTTAAAACTATGTTGGGCCGTATATTA
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TACGAGAAACAGATTATCAGTATCTTATCTTCACAAAGAACGAAGCCAGTGCAGCCACAA
ATACAGCAACAGTTCCAGCCACCTGCAGGACAAGCTCCTGATTCTAGCATTCTACAGCAG
CAACAGACTTCCCAGAATTTGCAGCAGCATGATAGTCATACTAATCCACAAGCAAGTTTG
TCAAGTAAGAGCACCGGCTTACAGTCCTCTGGTGTAACTGGTATCCAGCATGTCCCTCTG
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GCTCAAAGAGGCAATTTCAATTCTTTGCAGCATGGTTTGGTGAGTGGGGCGTTACAACAG
GGAACAATGAATACACAACTGCAGACAAGTGGTAGCATGTTATCTCACAACCCAATTAGT
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CAGGATCATCATCTGATGCAGAGTGAGCAAATGAAGCGCCAGATGTATCAGTACCAGCAA
AAGCAACAAATGCTTCAACAGCAGCTCCCAGTACAGCAACAACAACAGAAACAGCAGCAA
GTACAGATGCAGGTTCCACAGCTTCATGCTGGAAATGATGTTAGACAAGGAACTGCAATG
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AAACAGAGTGGTGATTTCCCAATTTCGTCGCCAAACCTCCAAGCATCATCCCCTCAAATT
TCACACCATTCTCCTCAGATTGATAAGCACAATCAGTTGTCATCTCAAATAAAGACTGGA
ACACCATTGCATTCAGCTAACTCACCATTTGTGCCATCCCCATCCCCTTCTATCGCCCCC
TCTCCTATACCAGTAGATTCAGACAAACCACACTCCATTATATCATCACTTAGTAACACT
GGCCAGACTGGACATCAACAAACATCCCTAGCGCCCCAGACAAAATCAATGTCTTTGAAC
ACACCAGGGATATCAGCATCGCCCTTGCTAGCAGAATTTACAAGTGTGGATGGAAGTCAG
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TTACTTAAAGCAGTAAGTGTCTTGCCACTCAATGTTTACTGTCTTGCGTAACTTTTTGTG
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TTAGATATATCATGCTCTTTTCGGGTCCACTTCAATTAATTATTTCAAGTGATAAGAATA
GTGTATAATCATTTTCGTCCTTACCATCTGAAGATCCAAAAGCATGTGTAACATGAAAAA
TATTACTCCACTTCAGTCAACTAGTTATTCAGATGATAGCAAGGGTGCCTATCCATGTTC
ATTCTTGCTATCCTAATATTTGAAAGCACATGTAGCATTGATTTTTATTTTGACATGGTT
TCTTTACTTCTCTTTATTTTTAATCTACAGAATCCAGATTTGTTGCCTGGTAGTCTATAC
TGCTGTTGTGGTAGTACATAAGAAGCCGCTTACATGGTTCAGTTTAAACCTGTAAATTAG
TTCGTACTACATTGTACTCCAGTTATTTTATTTTGCCTGTTTTATGTTCATTGTCATGTT
GCATGCAGTTGCGAACAACACAGCGCGAGTCTCTTAATGCTGCAGTTAGCGACATTCGAT
CTGTTGTCAGCATGATGGATAGGATTGCTGGGTCAGCTCCTGGTAATGGTTCGAGAGCTG
CTGTTGGTGAAGATTTAGTTGCTATGACAAAGTGCCGATTACAAGCCAGGAATTTTATAA
CAAATGATGGAAGTGGTGCATCAAAGAAAATGAAGCGTGATACAAGTGCCATGCCTCTTA
ATGTGTCATCAACTGGAAGTGTCGACGATAGCTTCAAGCAAACATTTAGTGCAGATACCC
CTGATGTACAGTCAACCGCAACCTCGCGTGCCAACAAGCGGCAAAAAGTTGAGGTTTGTT
GTTAAGATTATCTGGTTGAGAAATTAAAAGAATATTATTTTATCTAGTACTTACACTTCC
AAGTACTGGCTATTTATTTATTTATTTACACTTGTATAGACGGGAAGGTTCTTAGTTCTT
TTGACTCGGATGTTGGTAATTGTGGCTGCCTTGCATTTACGCTGGCATTTGATTCATCTT
TGTGCAGGTGAATCATGCTCTCTTGGAGGAGATCCAGGCTATAAACCAAGAGCTAATAGA
CACGGAGCTCAATGTATGCGAGGAGGATGCCGATTCATTCGCTGCTGCATCTGAAGGGAC
AGTCATCAAATGCACATATACTCCTGTGGCTGTTAGTCCGAGCTTGAAGTCCATGTTGGC
ATCTGCACAGACGGTAAGTTTTTTAAATAAAGCGCGTGCACTCGATATCGTAGACATCTC
TGCTCATTTCTTCTTGTTGGAATGTGGCAGAGTCTGATTATGCCGCTGAGGCTGCTTGTC
CCTGCTGGCTACCCTAAATGCGCCTCCCCGGTGATCCTCGACAAGTTTCCGGACGAACAA
AGGTCCGTGGCCACACCCTGCTCATCCGTTAGTTGCCAAAAAGCTGTTTGTGTGAAGAAG
ATTGTTGAACTAACTATGCTGTGCATCAGAAACTCGGACGACCTGTCCAGCAAAGCGAGG
TCGAAGTTCGGCGTATCGCTGCGTGGCCTAGCCGAGCCCATGTCACTGCGAGAAATCGCA
AGGGCGTGGGACGCTTCTGCACGCGGAGCCATTGTGGAGTGCGCGCAGAAGACTGGCGGA
GGGAGCTTCAGCTCGAGTTATGGCTGCTGGGAGGCGTGCGTAGGTGCCTGATCCGTTTCT
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AACTTGGAAAACGTCGGGGAATTGAAAATAAGTTCACAAAATTTTAAAGAAGTTATATAT
TTAAAGGATTGAGAAGAACAGTACGAATTTGACTTTTTAATGGATTTTGATTTTTTTGTG
TGCACAATTTGGCATACAAATAATGGATTTGGAATGTTCATGCGTTTTAAAAAAGTTTGC
GGATTTGGAAATGTTCACATGTTTTAAAAAGTTTGTGGATTCAAACAATCTTTAGAAATT
TGAAAAACAAGTTCGTAACTTGAAAAACGTTTGGGAATTGAAATTATGTTCACAAAATTT
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GATTTTGATATTTGTTTGGCATAATTTGGGAAACAAATCATCGATTTGGAAATGTTCATG
CATTTCATTTATGAGAATTTTTTGTATTTGGAAATGTTCACGAATTTTAAAAAGAAACAT
GAGAAAACGGAGCAAAACTTGAGTTGGAAAATAATCAAAAGAAAAACTGCCTAGAAAAAA
CAGGTCGAACATTCATGGAAGCCCCTAACAAATTCAGATTTTACACTAGTGAAAATATTA
ATTAGATGGGCTAAGCCCAAGGTGAAGGGCCGGGGTTGCCACTAGCCAAATGGCCTTTAC
AACTATGGTTGCCCAACTTAGGGTCCTACTTGCCTTTTGAGCATGGAGGATTGTGGGTGC
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AATCGTCAAGCTTTTGGTTGGCATGGACAACCCTTGTGATGAGTAAGGCCTTAACCTTTT
CTATGTATCAACCACTATCACTGTTAGGAATGGTTCCGAGACGCCCTTTTGGGGTGCACG
TGGGTGAGTGATCGGAAGCCAAAGGAGATTGCTCCTCTCATCCATGAAGCTTCAAGAAGA
AAAAAAATGGAAGATAAAAGCAACCCTTTTTCAGAATGCTTGGGTACCCAAGATCAAGAT
TTTCGCCAATTTCACTTTCGAGTACTTCCATCAATTTGTGACTCTGTGGAGAACCATTCA
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CGTAAAGCACATCTTCTTTAGATGTCGAAAGAAGAGGTATTTCATAATCTATTCCCCTCT
CATTTAATATACAAGGCAAACCTTTTGCCTTGGTTTCAAAAAAAGGAAGAAGGGAATAGG
CTTACAAACCGAGGGCTCTGATTGGCCGAAACCCCGCAAGATCACTTTCCGAAAGGGCTT
TTCGCTAATTGTCAAGGTAGGGAGAAACTAAGATCACCCGTCGTGATGCCAGTCAGTCAT
GGAGGCTGGTGCTTCGCTATCGCCGCCTACACGGCTCCATGTCAGCCCGGCACCTCTTTT
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TACTTGGTCACCGGTTTTCTGTTTCCATTCGGAAATTAGATAGATGTCACCTCTTTCTTT
TATCTCTAGTACTTCTACTCTCACTTGGTCAGGTGGCTTATACGTACTCATTCCGACTCA
TATTAATTGTCGCTGATTTAGTACAACTTTGTATTTATTTTAGAAAGAAAGAAAGAAACG
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GGCATACTATTCTGTAAAATGAACATCACTGCACTGACACTTGTATACCATCATAAAAAG
TTGGTCTTAAGTACACCGCCAACACATAAAACTGCCAATTAAACTCCACTGTAAGCATTT
CTGATACTACGTACTGCAAATAATCTGAAACAGAATTATCGTGATCGACCCATCATCCCT
GATGTTGCACACACGATCTATTGCTTATCGTGTTCCCAACATCACCAATCATTCTGAAAG
CCAAATGACGAACAATTCACACTAGAGGAAATATTCTCCACATGGTAGAGACAGACAGTG
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TTCTTCTCCTTGGCAGCTAGCTAGCGGACCAGCACAGCTCCAAAACCATGCGTTTTTCAC
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AGTGTTGTTTGGCGCACCATGGCCGAGGAGATAACTCAGAATGAAGCAAAAGTAAATCAT
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TCGTTAGATCATGCCAAACCACCAATGCCTTGGATGATGATAATGATGTTGTTGTTGTAT
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TGGCTAGCCGGAGCCGCGCTGTGCCGTACGCCGTACGTGTCGGTGAAAAAATCACATGAC
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CGACGCGTGCGGGTACGGCATGTAAAGGTACGACGGCGACCATTGCTGCTGCGGCGCCGT
CGGTGGGTGCCGCGGCTGCATGACGGAGGAGTACCCGGGCTGCTGCCGCATGGTGTAGCC
TTGCTCCGGCTGCGGCGCGTAGTAGGACACGCTCGTTCCCGGCTGCGCCGTGTGGTAGCT
CATCACCGGCTGCGGCGCGTTGTACGGGCTGAACTCCTGGTGCGCGTGCTCCGGCGCCGG
AGAGAGGGACCTGTCGGCGGCGGGTGCGGCGTCGGGCTTGCTCTGTTTCTTCCTGGCCTC
ACCCTCGTCACTGCCGGCGTCCTTTATGTCCTCCTTTGCCTTGGGCTCGGCCGCTGGGCC
CTCGCCGTCGCCGGCGTCTTCCTTTGCCTCGTCGCTTGCTTTCGCCTCCTCTTTCTCAGC
CTCCTTCTTCTCAGACTCTGCTTCCTCGTCCGTCTGAGGCGTCTTCTCCGGGGCCGTCTC
CTCCTGCTCCGGCTTCTTGTCCGAGCTGTCGTCGGCCTGCGGCTCCTTCACAGGCTCCGC
TGGCTTCTTGTCCGCCGCCGCAGCAGCATCGTCCTTGCCGCCGTCCTGAGCCGGAGTGGC
CGGCGGTGAGGCCTCGGGGTTCTTGGCAGGCGCGGCGGGCTCGTGTTGCCATGGCAGTGC
CTGCTTGCCAGACTTGCAGAGCCTCTTGACGAGCGTCTCGGCGTCCACGGTGCCCGTCAC
CATCACTTTGTGCTGCTGGGCATCTACCTCCACGTCCTGCACGCCTGAACGACGATCGAC
CACTTAATTAGTTAATCATAAGCCCGCGAGGAGAAGGAGGATGAAAGAAGAGAGTGACTG
ACGCTAGCTAGGTACGTACCTTGGATGCTCTTGAGCACCTTGCGGATCTTCTTCTTGCAG
CCATGGCAGTGGATGGAAACCCTCAGAACCAAGGTCTGCATGCAGCAGACCCAAGAGAGA
CGAGGTACGTCAAAAAAATGTGACAGCATGTGAGCAACCGAATTCAATGGAGGCCAGATG
GTGTACCTGCACGGCCGGTTGTCCAGACGCCATGGGATGGGAGTGCTCTCTACGGACTTG
GAACTCAGGGGAGGCCGCTGCTGTGTGCTGCTCAACTTATAGCGGCCGGATGGGGATGCA
TGGAGTACGACCACATAGTTAGCACAAAAGGCGGCGGTGGTGTATCCATTCAGTTCCTAC
GTCCTCCCTCCCTTCCGGTTTATAGGTACCAAACGTCGAGAAGGAATTCTACGGTATATA
GGCACACTCTCGGTATTTAGGCGTTCCGTTCGTTCCAATGGTCCATTCCATTAATGTGGT
GAGGAAGGCCATGACTTTCGGTTGGATGTGCTCTTGTTTGATCTACTCCATTGAATTCGG
TCCATTCCATTAATGGTGTACCGCATGTGAGTATTTACCCATCACTCCTTAGGCTGCTCA
TAGTGGGGAGTAACTAAGA