Map Locations of contig_46001 (10065 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_46001

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_61924 1 1482 bp MLOC_61924.1 Available Available LOC_Os09g31490.1, FRAME:-1, EVALUE:6e-169, 13109.m03153 protein reductase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_61924






Contig Sequence (10065 bp)

>contig_46001 10065 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGCTTATCATGAACAAGGAAATATAAGAANNNNNNNNNNNNNNNTGCCTCTAGGGCATAT
TTCCAATACAGTTGTCGGCAAAAGATTATCACTGACGGCAAAATCTTTGTCGTCTGACTG
AACGACGGCTGAAGGTAAAACTACCCTTTGAGGGCATGGTGTATGCCGACACTGTTTGCC
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GTAATTCCCGCTTTGCCGTCTGTAGCGTCCTGACGACAAAATGCCCGATTCCTGTAGTGT
GTAAGCGCCTAGTGTGGCAAAAAAACATCTTGCCTAAGGTGAGGCTTAAACCAAGCATCC
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AAAATTAGTCATGAACCAAACTTGTCTTTATTTTTTGCTACTTTTGAACACCTGTTGAAA
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GGTTTCCACCCTAGATTCTTCAGCTTTTCCGAAGTGACTCCAACGTTGAAATCCACATCA
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AATTAGGGTACATGCTCTTCATGATTGCCAGCAGATCCTTTAGGTCCATTTGCTCCAGTG
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CATCGCGAACGTCTACTATGGGAAAGAACTTGTTGTTCATCGTGTCAGGGCCTCCTGCGA
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AAGGAGTGAAACCTTTTATCATGTAGACGAGGACCTTGCTGCTGGTATTGACCGCCACAT
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TCTCTCCGTATTCCAGGGCCATCTCCTCGGCTTCAGTCTTTGCAAGAGAATACCAGTTCT
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CAATCATTAATTGCTGAGCGCTGACCTCACTCTGTTTGCAGAGCTCCTTGTCTGACCAGC
AGCTCTCATCTTTGATTTTATCTCGAGGCCAATCCGGGTTGAAGCAACTAGTGGCGATGG
ACGAGACCACGATGAGTTTATGAACTTTCGTAGCCGAGCAAGCCTTGAGCACATTCATGG
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GGAAGACGCCCTCGCAGCCGGCGAAGGCGGCCGTCACGGTGTCGTAGTCGAGCACGTCCG
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GTGGCGTGGACGGCGTAGCCGCGGGAGAGGAGCAGCTTGACGAGGCACGAGCCTATGAAG
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GGTTCCGGAGAGAACGGGAATCGGGATTTCGGTTCAGGGGACGGGGAGAAGCGAGCTTTC
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AAAATTTTAATTTTTAATTTTTTCAAAAATTTCAGCCTCCATGGATGCCGAGCTCCAAAA
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AGCCATCCGATCTAATTCCTGGCACGCAGTTCGGTCGTCTTCTTCGATACATTAATTCCT
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GGCTATAGAATTTTTTTTCTGTCACAAAGATTTAATAAGGGGTGACTAACAGTTTTTACA
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GCTTATGTCTGACCAGTGTTACCACCTCCGATAGATAACTTATTGGGCATAGATCCACTT
TCTTTTCTTCTTGTCCTCTACATTTCCGGTTCTTGCTCTGCGTGGTTTTTCGGGATGATT
TTTCTTTTGGTTTTATAATGCATAGTTTAAGCTTGCTTGTTTCGGTTGTTTTTTCCATTT
TTGTTTTATATTATTTTTAACCTTTTACTTTTATTTTTCACGAATTTTATTTGGGGTTTT
TGTATAATAACAAAATCGTGAAATATGTTTTCAAATATGCAAACAATTTCCTAACTTGTG
AAAAGATCGAATACATGAAATCATTTAAAAATAACTAGTGAACAATTTTTGAATTCGTAA
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CTTATACAAGTTCATGAAATTTTTAAAATTTTACTCGTGAAAAAAATTCAAGTTTGTGAA
TTGTATTTCAAATTCCCTAAATTTTCAAATTCATGAAATTATTTCAAAGCCAGCCAGCCA
AGCGAGCGAGCTTGCGCAAAATTGGGTCACGGCCCGCTGGCACTACGCGAGCACCAGCTT
TCTAACTGGCACTTGAGCCGCTGATTAGGAGCTCCTCAAATAAACGTCGCCACGCACAGT
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GAAATTTCAAAATAGACGTTTCCACGAGCAGGCATTTTTGCGTTTAACATCCTCAAAATT
GCAAGACACATTTTTTTTAAAAAAGAGCGGAAAAAAGAGCAGGACAATTTTTAAGATTTT
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TCTGAAAAGTTTGTTGTGAATTCCTCAATTATGTTTTTATTTGTGCTTATTGTTTTTAAT
ACTACAATATTTTCAAAATTCGGAAAAGAATTCGAAAGCACAAACATTATTAGAAACTCC
CGAAAAGGAATTTCAGTTTCTGAACAAGTTTTAAAAGGGAAACATTTTTTGAATTTCTGA
ATTCATTTTCAAAACAGGGACAATTTTTTGAATTGCTGAACTTTTTCAAATCCCCAAGCG
CTTGCCTCGGCCCAACAAGCGCCCGACCGGAGCGATGTCGTCTCCTAGTTCGGCCAAGGC
CTAAGCTTTCTTTCGATGTTTTCGATTTTCTTCTGTTTTTTCCGTTAATTCATTTTCTTC
TTTAAAACTTTATTTTTCTTTTGGAATCTTATTCACAAAATTAAAATAATTTTCTAGAAT
ATCAAAATAAAAGTTTAAAGTAACTATCTTAGATTGTGATTTTGCTTCCTTCAAATATTT
ATTAAATTCATAAAAAAATGACTGTTTTCAGTTTTCCTCCTTTGTACTTAGTCCATTTTC
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TCTACATTCTAANNNNNNNNNNNNTACATCCGTATATAGTTTATAATGCAATCTCTAAAA
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AGGTTTTAAGTATTGGTTTCAATAATGATTTGAGATACTTTCTTCCTTCAAAACCTGACA
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TTAACATGCGCCGAATGAAAATAACTCATTTGGACCCATTTGAGGTATGTGAAAAAGTTC
TATGAGACGTACTCTTCCATCTTCACTGAAACCCTTTGTTGTACAGGATGTATCTGTGGA
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AGGGGGGGTTTCACCAAAAAAAACCATAGAAAATGCCGAAAATATCAAAAGTCGATGAAA
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TTATCAAAATTTGCCAGCAGCTAAGCATGCCCATTCTAGTATTCGAAGCAAAATTTCAAC
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CCAGCTGCCCATAGCGCCCAACGTAGTCCCACCGTGTCGAGCTACAAAAATGAGGGCACA
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CTTCTCCTCTTCATTTCATCTTATAGTTTTGCCAACCGAAATTTAAAATAAATCAAATGG
TACAACCAAGTTTTCGGTTTGTACCGCCCAACCTGAGATTAAAGAAAAGTTCACAAGTTT
TTTAAAAAATCATCAATTTGGAAAAATTACATGAATGTGATAAAAAGTCATCCATTTCGA
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TGTTCTAGAATTTGAAAAAAAATCTTCAACATCAAAAACATGTCCACAAAATTAAAAAAC
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AAGAAAAGGGAAAATAAAAATAAAAGCAAAAATCGAACAAAACCATTTAAAAATGAGGAA
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GGTATGTAATTACGTCAACTGATGGTGGATGGTTGGTCATTATGTTGAACTTTGAACCGG
GAAGTCACAGGTTTGAATCCTATCTTCACAAAAAAAATTGTGGGTTAAAACCTGGAGAAA
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TTAGGTGGTGTACCGAATCAGAAGTGTTTTTGATACTATTTACAAGCTGTTTTATCCTTT
TGGTTTCTTATTATAAGCTATGGATCAAGTATTGTTGAAATAAAAAACGGGTCATGATAA
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TTTCTAGTAAAATGACACAAAATCATCACAATAAGGACAGGGCTACCACATAGCCACCGA
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CCCTCTCCTCCTCCCCTTTACTCCCTCCCTCTCCCTCTCTCTCCCTCCCTCCCGTGAATC
ATTGATGCTTTCCTCCTCTAGCTCCATGTAAACAACGTCACCCATACCATTCTTTCTCAA
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GTTGGACAAGGAGCTGGAGCCTATCAACCCCCCCCCCCCCCCCCC