Map Locations of contig_45740 (10691 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_45740

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_61671 9 3356 bp MLOC_61671.5 Available Available LOC_Os06g19470.2, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13106.m02075 protein WW domain containing protein, expressed
MLOC_61672 2 2944 bp MLOC_61672.2 Available Available LOC_Os06g19480.1, FRAME:+3, EVALUE:1e-108, 13106.m02079 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_61671






CDS Structure of MLOC_61672






Contig Sequence (10691 bp)

>contig_45740 10691 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
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GCTGCANNNCAGCGATGGAGCCGCGTCGAGCTCGGATGAGAAGGTTATTTATCATTCTTT
TATTCGATGGCTGCTGTGATGGTGCCGGAGGCAGGTGACGGACGTTGGTGTCAAACTCAG
AGATGTTTTTCTATCTTTTCAGTTTTGTCATGTCGGTGTTTACGTGACTTGTATTTTGAT
CTTTATGATATGAAGACACACGTATTAAAAAAAAGCACAGCTCAACCGAAGCGCCCACCC
CGGACACCCGCCTACCGCCAGCTCCCTCCACTTCGCCTCTCCTCCTGATTCGCACCGCTT
CCCTTTTTGCCGTAAAACAAAACACCCCGACGTCACCCTCCAAACCCTAACCCTAGAATC
TAGAAGACGTCCATCTCCACCCCCGGCGCGCGCCCGACTACTCGGGGCAGCGGCGATGGG
GAGGCGGAAGGAGCGCCGCCTGGCGGCCAAGGCGGCCTCGGGCCGTAGGGTCAAGCTCGA
CCTCTTCCTCGATCCTTCCCCCGGTGAGTTCTCTGTCCCTGCCCCGGGTTCGGGTTTCCT
CCGTAGTCTGTGCTTGGTCGACTCGTGACTGATGTGCGTCTAGTTGCTGGTTTCATCGCG
TCTTTTCTCTAGCCTGCAATCGGGGTAGGCTTGAATGGAGCTTGGTTAGTTTATATTCTG
AACACTTGGAAGGTTATTTGTTGCGTGGATAGTGATTGTTTGGCTGCCCGAATCTGTCTA
TCCTCATTAAGTGGATGCACCTTGAACCACCAGCTCTACCTATAGAATCTGTTTTTAACT
GTAGAGATTTAATGCTCGCCTATTTGTTGCACTTTTGAATGCCCAAGAGCATGGGTAGCA
ACATATGATTGTAGCAGTATAACTACTTAGCATAAAACGCGACTCCAAATGTCCAATAGA
CTTTGATAAGTCGATATGTACAAGCTGACTGCTGATACTTTAAACTTGCAGGGGAGGCAT
CTACTAAAGAGGGAGTAGGGGAGGAAAACCGCGAGCAGCAAACTGGTGTTCCCACTTCAC
CATCTTCGTCAGGTGGGTTCAATCAATTTCCTTCCAAGGGATATGTAAAGACGGCACATG
CCTATGGAATGTAAATTTGGTGGAAATTTGGAATTTTGTTCAAGCATGTGTATGCTCCAA
ATTTCTGGTTTGAGGCACATGTAGGGTTCCCGGCCTGCAAGGAACACTGAGTAAATTCTT
CAGATCAGGCTGCCACTGTCAAAACTGGGTGTGTTCCTACCGGTAATTTCTCTTTTGGCA
GCATCTGAGCGTGGGGATTTCAGGATGATTGTTGCCTCGGTTCGTATGTCTCTTTCTTTA
TATTGTAGCTCCTAACCTGGTTTTTTTAATTATTGCTGGGCTGCCATGGCACATTCTAAA
GTAATTTTAACAAACTTGTTCTACTTTTATACCTGAGTCGATCTTCACATATACTTCAGA
AAATAGTGCAATATATATTGTCACATGAAAGCTTTCACGTTTCTAATGATGAATCTGTTT
TTTCAGATAAGAAGGAAAATCCTCTAGCGTTGCTTGGGCAATATAGTGATGATGAAGAAG
AGGATGAAGTAGCAACAGATCAACCCAATGGTGAAACTAAGGGAAGTTCAACTGATGCAA
GTGCCAAGGTAATTGAATTTCTCCTATTTATTCCCTCGTACCCAATATTTTAGCCTTGTC
TTATGCACTTCACGCAGCCCTAGCTATAAGACCAAATAGGTTGAACTTTGTGTGCTAACC
ATTTGATCTGAAGATTGTTGTATATTGTATTGTAAGCCCCAAATATGCCGAAGCCAGTTT
GATATATTAGCTGAAGCTTCCAAATAGTTTGTGATTTGTATTCTGTAGATTGCAAATATT
AAGCACCTGTATCATTTTCTCTTGTCAGATTCTCTTTTAACTATGTCTCTTTTCTTACAG
AGAAGATTATTCAGATTAAGAAGTTCGAGCTCAGTTCGTCTTATGATGAAATTTGTTCGC
TTGTTTCAGGTTTTTAACGATCATGGTGATGTAACTGGGGATAAAGGCGATGCAGATAGT
GAACTGCCTGCTTCTGTTAGTGTTCAGCAGGAAGCATCTCAAGCCGATGATGTAAAAACT
ATCACAGAAAATGTTGCTGAGGAATTTACTGTTGCCCCTGAGCCAACTCTGGAAAATGAG
TGTGTGACAGTAATGGAAGCTGTCCCAGATTCATCTGGCATGCAAATCGTGGGTGACATT
GGTGGGAATTGGAAGGCTATAATGCATGAACAAAGTAATCAGTGTTACTACTGGAACACA
GTTACAGGAGAAACTTCTTGGGAGATTCCTGATGGATTAGCTTCGGGGGTTGCTGGTGAT
GGAGTCACTTCTGCATCTGTGCCTACTCATATGGGCTACTCTGTAGAAGCTCAAGCACAT
GTCCTTCCCCACAGCAATGTTGAAGCATATCCTAGTGATGTATCTGTTGGGAATGGCACA
GCAACCTATACTGCTATGGGAACTTATACTCATGATGCTTATGCTTACACTGGAGCCGTC
GCTAGTCATGAGTCAGTGGACATTGACCCCTTGCAGCTTGCAAAATATGGTGAGGATTTA
CTGCAAAGATTGAAGCTGCTGGAAAGGTGCTTGTTGTTTTTATCATCTTTTTGCCATTTT
GATTTTTTCCCTTTTCAGGCAGTCCTCTACATAGAACTGTGTAACTAATTTTTATATGTC
ATCATGTAGGCCACATGTTGCCATTGACAGTCTTGAGTTGATAAAAAGAGAAATTGAGAT
ACGAGTAGCAGACTGTAATGCACTCTCCTCGTATGGATCTTCTTTACTTCCATTGTGGTT
GCATGCTGAGGTGCACCTTAAGCAACTAGAACTTTCAGTTTCCAAGTTTGAAGCTAGCTA
CACTACCAGACATGGATATCTGGAGACGGTGGATGCAGGACACAAAGCACCTAATGAAGC
TAAAGTTATGGCACCCTCCGAGGGTGAGCATTTGAAAGTTGATGTTAGCACTCTGGGAAT
TGGTACTGGCGATGAAAATATTAAGGTTGAGGAACCATGTACAACATCATCTGCTCAGAA
CTCACAATGTGTGGCAGCAGCTATTTTAAGAGTTGAATCAGACAGTGATGAAGATATGGA
CGTGGACATGGAGGTCGATGAAGAAGGTGTTGAAGAGCACGGCGGATTCACTTCTATGCC
AAATAAGGAGCATCCTTCATCAGAGCAAGTACGATCACCAGCTTTGTCATCATTGGAAGA
CTCTGCTCCTCCCCAACAGGATAATGACATTCCTCCTCCACCACCACCACCAGAAGAGGA
ATGGATTCCACCTCCACCACCGGAGAATGAACCAGCTCCTCCACCTCCTCCTGAGCCTGA
AGAGCCTGCTGTGTCATTTGTTCATGCTGATACACTTCCTCAGCCATACGGAGGTCAAGC
AAACTTGGGTTATATGCTTCCAGGAATGGAGTACTATCCCGCTTCTGGTACAGATGGCAC
AAATGCCAGCTACTATATGCAAGCGAGCGATTCTCATATTCTTCAATCGCAGCAGCATTC
TTACTACGCACCGTTGTCTGCAAGTGGCGTATCTATTCCTGTTGAGACCACATCGATCCC
CCCAGTACCAGGTTCTTATTATAGCTATCCTTCTGTCACTATGGCTGCCACTGAAGTAGC
GGCTGAATCTTCTGGATACTATGGTTCATCAACCTCTGCCATTTCTAGCGGTGAATTAGA
TAACAAAACAAGCTCAGCCTCCCTTGTTTCAAATAGTAATGTGAATCCTGTGGAGTCTGA
TAAAGTGATATCCAAGGAGCCTACAGTTGTTTCTTTGAGCCAATCAGTAGGGGCAGCCTC
AGCTTCAGCACCAACAGTACATGGTAGTTCTACTCTAGCTTCTACTAGTACCACTAATCA
GACTAAAGGTAATTTATTATTCTTTGCAAGGATACTTAATGTTACTAGCTCGTACATGGT
AGTTCTACTCTAGCTTCTACTAGTACCACTAATCAGACTAAAGGTAATTTATTATTCTTT
GCAAGGATACTTAATGTTACTAGCTCGTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCCTTTTA
GAGGTTCTACTAGGGGATTACATACGAATGTATATAGACATACTTTAGAGTGTAGATTCT
TTCATTTTGCTCCGTATGTAGTCCTCTAATGAAATCTTTAAAAAGACTTANNNNTAGGAA
CGGAGGGAGTAGTTGTTTTAGTTTTGACATTTGCACTGATTTGCAGTTCCTCGTACTAAG
AAGCGACCTGTTGCTGTTGCATCATCACTGAGATCTAATAAGAAGGTCTCAAGTCTGGTG
GATAAGGTATCTCCCTGACCTCCCAAAGCTGCTGTTAAAATAGTGACCATCTCTGCTCTC
TCCTACCCTACCATCAACTGCTCCCAAGTGTGGTGCTTGACATCAATGAAGAAATTTAAC
TCACTGCATGATATGCATTATTGCTAATGGTGTATACTTAGTCGTTGAGACATACTCTTG
GTTATGTTATTAGCAAGAGAGCACACTGTCCTCGGCCAGTTTATTTCGTGGTGCACAACA
TTGGTCCTCCAGAAAAAAAACTCATGCAAGTGGGAGTATGGCCGTGTTTCCTGACTATTT
CGTCTCATGTTTATCATTTCTTATTTTAAAGGCAGAGCAATCTGTTTACATGGTAATTGG
TAAGGCTTAAGACAAGGTGAGTGTTGATGTATAATGATTGTTTCCTTATTAATCTACCTT
TACTAAAGCGACCTTTTATTTTATTTTATTTCACTATTACAGTGGAAAGCTGCAAAAGAG
GAGCTTTGTGATGAAGAGGAAGAGGAGCCTGAAGATGCTTTGGAGTACCTAGAAAGGAAA
CGTCGGAAGGAAATAGATGTAACTCTTTTCACTTCTCTCTCGAGAACATAAAAGCTGTGG
CAAATGCTTCTGAGGTCTCTGGATTTGATCAGTTCCGGTAATTTCAGGGGTGGCGTAAGC
AACAAATAGCTAGTGGAGAAGCTAAGGAAAATGCTAATTTTGTTCCCCTTGGCGGTAACT
GGTATTTTCCTTCACCATATGAAGTTTGACTTGAATAACTTGATACTTCATATTTACAAC
AAAGTATTACTTCCTCTGATCCATATTAATTGTCACTGGTTTATCCTTTCTGGCCAGTGG
CCACTGACATATTTTCCTCTTTCTCAAATTTATCCTTTCTGAGTCTTAAAACAATATGGA
TTGTAACTTGCTTATAGACTTGAACTCTTCTTGCTACAACATTGATTGTGGACCATGTCA
TTGCTGAGATTACAATGTTATGCACCTACATTTAATCTTTTGTTAGATTTACTGGAGTTG
TTCTTGTTTTTAACTCTAGCTCAACTTGGTAATCTTCATCACTTTTGTAGGCGTGACCGT
GTAAAACGCAAAAGAGCTGAAGCAAAGAAGGAAGCAAAGACTGAATCTGTTTGTGCAGCT
GCCGAACAACACAAAGGAGAGCCTGATCTCTCAGAGCTTTCCAAGGGTCTCCCTTCTGGG
TGGCAGGTTAGTATTTTACCTGGTTCCATGCACTCGTTTTTTGTTTTGTTTTGCATACTA
GCTAAACAGACAGACTGAGTGCTGCATCTCAGCTTCCAATAAATACCTGTGTCTCGCTGA
CAATCTAATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAATGTCGTTGTTCTAGTACAAAATTTGTACT
AACTTAGTGTTAAATGTGCGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACGAAGTATAGCTAT
GATTTTCTTTAACGCAACCTGTTCTTTGCTCGCAGGCATACATAGACGAGTCTACGAAGC
AAGTGTACTATGGGAACAACCTCACTTCCGAGACTACTTGGGATCGGCCTAGCAAATAAA
GATTGAACTAGTTGAAGATGGTCCAGTTTTGCTCTGTAGATATCCTCATACATCTATACG
TTGCCTGTCTGGTTATGAGGCTGTATTGTTTCTTTTATTTTCCACTGGGAGATCGTAGCA
GGAAGGATACTTCATTTTGGTATATAGAGGCATCCCTTGTAAGAGTGGCAACTTGAGATC
GAATTACTGAAGCAAAAAATACTAGTTAGTTGCTGACCAAGGAAAAATGTGCCTTGTTAA
GTGGTGGGAGTCTTTACCTCGATCTGATACCATTTGCTTTCAAAACAATGTCAATTATAT
TCGATTTTAGGTTGTGCTAAATTCTAGACTTCTCCAATTATTTAACATTAGAAAGAAAGA
TGATTTTTAAGTTTTTTTTCACACTTATTTTTTTTTTAAACTTCAAAATGCCCTCGGACA
TCATTGGCTGGATTTTGTTTACATCATGCGATCTAAGTTTCGTTACTAACCCAAGACAAT
TGATGTCTACAAAGTTTTGGATTTCGATGAGACTTATGGTGGGTGTTTCTAGGCTCAGTT
GCACGTGACATGATGCACTCTCTAGTACCACCCGTAGCAATGGTGTCATCCAAATATGCA
ATCACAAAAGAAAGCATTGCAGAAGCTAGTGTTTCCCAAAGGAAGAGTGTAACATTGCCA
GGATGTGCAAAACCTCCCGCAATTTTATTCAGATGCAAGAATCTCAGCTCCTCACAATGA
ACTGACCAGTAGGAAGGTTGAAACATCAGGCTTTCCGTGGATTCTTTGAACTGTTTGCAT
AAGCGAATCGAATTAACCAAGGTCAGACATCACAGGGTTCAGGAAAAAGGTTTATCCTAT
AATACATAGCCACTTATGGTGCTTTACAAGTTTCGCAGCCAGGTCTGCGACAACTAAGTT
TGGCCCTTTCAACAGCCGAGGCAGTCTCGTTGTCTAGGTTCAGAATCCTGACGTGCTTTT
CTTGATCACAGCAGAGCAGAACTTGGATTCTTTGAACTGTTTGCATAAGCGAATCGAATT
AACCAAGGTCAGACATCACAGGGTTCAGGAAAAAGGTTTATCCTATAATACATAGCCACT
TTTGGTGCTTTACAAGTTTCGCAGCCAGGTCTGCGACAACTAAGTTTGGCCCTTTCAACA
GCCGAGGCAGTCTCGTTGTCTAGGTTCAGAATCCTGACGTGCTTTTCTTGATCACAGCAG
AGCAGAACTTGCGAGCAAAAGGAAATCATGGGTCTTCACATCAAGATGCCCCACAACACC
TACATATTCCATGCAGCAAAAAGAGTGTTATCACAAGACAAGAAACATAACAGCATACAG
TATTGTGGTAAGAATATGAACCCACACAAGAAATAGGAAGGCTGGATCTACAAAGAGGAA
AAGAAGGATGCGTTCAGTTGGCTACCACATGTGGCTACACCTAATTTGTGGTGAATAAAT
TGGTCGCCACACACTACACAAGTCTTGGTACAAGTGATCACACAAAATGGTTAGGTTAGC
CTAAGTCGAGTATGGCAATGGAGCAATCGGGATTTGGAGTGAAACACCATTTAGTATTAA
ATGCACAAAAATGACGTGCAAGGTATCAGCTGCCTAGCATCTCACTTTTAACATATAATC
TAGGAGTAGTTTTTTTCTTCTAATTACTACTACTAACATTATTCAATCTGGTATCCAAGA
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TGAAGAAGTCACCAAATGGGCCAAACTTCCTCGCTCCAAATTACAGTGAAATAAGGACAG
GAGCCATGCCAAGTAACAAAATCCTGTACATACTGAAAAATCTATATCTACCTTTTGCTA
AGGAAGTAGTAACCGTGTGCCTACAGATTTCTACAACTAAGTTGCAGCATCTGATTTGTA
GTTTGCAATAGAACATCTGATTTTCAGCAAATCTAAATCTACCTCTGTAGGTTGTCCATC
TAAAAGATGTAAATGCACATGTAATTTGCAGCAATCTGATTTTCAAAGGAAACACAACAG
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ACTTTTTATATCGTTTCTTAGAACCGCATGGGCAGAGAGCATTCCTACTTATCTGACCAC
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AGAAAGGTGATACGATTCAGCATTAAACATCAGGCATATCACATAACTGTTGCTTCAAAT
ATGAGCAAAGAAATCACCATATCCTGTATTGACCTAATTTACATTTTGACATATTGAGGT
ACTAGTCAAGTAAGATGTTTAGTAATGAATCATTATGATGGCTAAACTGGGCTACCAATT
TTCTTTATCTTTAGCTGATCCTCTCACATTGATATTCTCTAAAAAAAGTGGTTAGCATTT
TTTTTAAAGTGTTATTAATTCTTAATACTCCCTCCCCTGTCCGATCCACCATGTGTTTCG
TTATTTTGCATCTTCACATGTGATTCATCCCCTCTTCAATGACTAGTGAAACAAAAGGAT
TAACACCCCTATCCGACAGTTACAACTGTTAGACCGGAGTTACCTCACTAAATGTCTTTG
GCACTGGCTTTCCTTCTGCTTTGAGCTTTTCAATCTTCTTTTGGGCATCTTTAGCCCATG
TGTACTTGGCCAGTATGTGCTCCACATCAGCAATTGTGCAGTTGCAATGCTTGGTGGCAC
TAATTTTGTCACTGTTTGTGAGCTTCTGCAGAACAAAGAGCAGCACACACCACAAAATGA
AGCAACGGCCATGCCGCACTATACAAAATGACATCCGCTCTATACCTCCCCGGTTGGGTC
GATGGTGGCGAGGAAGCGGAGAACGGCGGCGTGCTTCTCGCAGGCGGCTAGGACGGTGGC
CTCGCCGCAACTCCCTGCCACGAAGTTCTTGAAAGTTCCCACCTTCCTCGCCATCTCCAT
CGAATTCGCGAACACTGCAAACCGGGAGGGCCCGAATCAGACCACCCACTGTACAAACAG
AGGAGGAACCAGAAATCACGGACGACTACTTACTGTTGAGATTGAAGGATTCGGAGGGGG
GGAAGGGTGAGTCGTCGGCCTTCTTGCCGGTGAAGGTGTTCTTGATCTTGTTGATCCACC
CGAGGGAGGCGAGATGTGGGGTTGAGGAGATGCCTCGAGATGCCGTTAGGAGGTGGAGGA
CGCGGCGGGACGCCATGGGTGGCAGTAGCGGGGCACTCGTGTCTCCGGTGAGCCGCCGAC
GGCCAGGTGTGCTGGGATCCTGGTTGGGTTTACGGCGGCTAGGCCGAGAAAGGTGGGAGC
GGGGAAGAGGTACGTATTGGGCCGTTAGAAGGAAAGAAGGTGAATGAGCGTACGCACATG
GGCCTTTTAGCATCCCATGTGATTCTACCTCTGATGGGCTTACAACAACTTCAACAGAAT
CTCTCTATAGCCGCCTCTGTCTAAAAAAAAGAGGTGATGTTTTTGCAACTGAGCTCATAT
GAGCCCGGGTGAACAATAAATTCGATTTTTTTTTGTAAAAATGTTCAAAAAAGATCAAAC
ATTCACAAATGTTCCAAGTGCTCGTAGAATTTCATCACGAAATTACATTTGTGAAAGTCG
TGGCAAAACAAAAAAAACAAAATCGAAACTGTGAAAATGCTATTTTTAAAAGCATTTTGA
AGCATTAATTTTGTTTTTTTTACCACGACTTTAAAAAATATGATTTCGTACTAAAATTTT
ACAAGCTACTAAAACATTTGTCAAAGTTTGCTATAATTTTTTTAGATTTTCATGAATATT
TTTAAAACATTTTACGAATTTAGTGTTCACCCGAGCTCATTTGAGCTTGGGTGTAGAAGA
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TGAAGTGCACTCTAAACTCAATCAACTTGACCGGAGTGTACTTTCAAGTCCTTTATGCCG
ATGGAGTATACCCATGACCCATTGCCATCCATTTTTTCTATCGCCCGGATAGTTTCTCAA
ACAAAGTTCACGCTGATCGCGCCTTCCCCTGCCGCACATCAGTATATAAACATTCGTCGG
GAGGCATCTAAGTCAGCCCTCACATCTTCGCCTCCTTCCCTCCTAGATCCGCCCTTGTCT
CTTTCTTTACCGTCGTCATGCCGCCTCGCCATCTGCTTAGCCTTAGGCAGTTGTCATGGC
TCTGGCAGGTTCCAACTAAGGTGGAGCTATGAAATCAAAGACGACCGCCTTCGAAGCCCT
GGTCATGGTCACGACCAGGGCCGTCTCCAAGAATTTGAGGGTCCGGGACGAAAATCAAAA
ATAGGACTCTAAATATCCAAAAAGAACCTATAAGTAAAGCAAACTTCTACTTTATTATAT
AACTTCAAACATGTGTTATTTAATATAATATCTGTATAACTATCGTATACGAACTCTTTT
CAGCTCCGGGA