Map Locations of contig_45585 (11924 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_45585

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_61514 7 2115 bp AK366202 Available Available None
MLOC_61515 1 468 bp AK251543.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_61514






CDS Structure of MLOC_61515






Contig Sequence (11924 bp)

>contig_45585 11924 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCGGCCGCGACCGGCCCCCCGCGCGGGCGCGGGTGGGTGGTGCGCCTGGGCCTGGGGACG
GGCGCGGCGGGGGAGGGGGGGGGCGGGGGCTGGGAGGGCGGCGCCGGGGGTCGCCACGAC
GGCTCCCTCGCCGGCCGCCGCTACTTCTCCGCCGCGGCCGACCGCTCCGCCTCCTTCGCG
CGCCCCTCCGCGCTCAGCGCCGGGATCCCGCTCCCCGACGCCCTCCGCCTCCGCTACCGC
GTCGACGACTTCACCAAGGAGGAACAAGGTGCGTCCATGCCTCCAAAATCGGATCTTTAT
GCCGCATGATCTACCATGTTGAGCATCTATCATGTTGATAATCCTGTCTTTGTTGGCGAG
CTGGCATGGGATCCCAACTAGTTTGTCCTTGTTCCTGAGCAATCAATCATCAATCATCAA
GTGAATGGATTTGTTTCCAGCTGTGGTTGGATCTTGTACGCTGACAATGCCACCTCCTGA
CGCGCACTCTCTTGTGTTCAGATGAAATGTACGTCTTCTCGACGAGCCAGAAGCGCGTGT
CGGTGGAGCTGGTCGGGACGAACAAGGTCCGGGACAAGCTCAAGAACTTTGACGAGCTGC
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GTTTGGTTCCGAGTAAGAACTAACTTTACAGTCCTTGATTTATCCCATTGTCTATTTTGA
CTTGCTCCTCGTGATGCACGGCCAGCTTCCTGAATGTTCTGTTTTGAGGTAGGACGATCA
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ATCGGAGATAATGGAACCGATTTTATAGTTTTTTTGACAAAATGTAAAAACAAAAGGGGC
CCATTACTGTCGTTACTTTCAACTGAATCCCTTATGCTGGCTCTTAGTTTTTTGAGTACC
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CTTATATTTCTTTAAGGAGGGAGTAATAATTTTTTTGAGACTTAAAAGCTAGTCAGGTGT
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CCCCTTTTTGCGAGTGTACTTTCACTGATTTGATTTGAACTACGACCTTTTGCAACTCTT
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AGCTTGGAGTTATTACTAATTCGTGTGATAGCATATTAGTGTTAGTTCTGCTGTCACTTA
TGAGTAAGTATTTCCTGGCATGTCCTTGTGTTAATGATGTCCATGTTCATTGTTAACCCC
TGTCGTCATCACCAAATATGTTGTTACGTCAGTTCAAAGCACCTTTAGTACTTTTTCCGA
GTTGACAGTACATGTTTTATCACTTGTTTGCTGTCTCAACATGTCACCTTCTTTTATCTA
TGGTTTCTTGCCGCTAATCTTTATGCTATGGTTCTTCTGGAATGTGACTAAACAGTTTTT
TTCTCAGGATATATTCTCTCTGTGTCAAGCTCTGCCATCTCTGGAAGTTCTCGATTTGAC
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GGTCCTCAACAACTGTGGTGTAACCTGGGAACTGGTATGTGCTATGCTGCATGCGAACCA
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AGGTTGAAAAGCTTAAAGTTCCATTTGCATGTCTCAGTGACCTCCACCTAATATGGAACA
AGATGAACATAATCACGGTTAGCATTTGCCCTCGTACTTCTGTTCTTATGTGCTTTAGAT
AAAATTGCTATCTTCTTGTTCTTCATCTCATCTGTATCCAAAGAAAAGAGCAGAACACCT
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TAAATGGATAACCATTCCCAAAGTTTGTAGTTCATACTTTTATTCCTTCAGCAAAGTGTG
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AATTTTGTGCAAGGTTTTGACACACTGCGGCTCTTAAATTTGGAAGACAATCACATTGTT
TCATGGGATGAAATTGTAAAACTTTCTTATTTAAAAAGGTATAAATATAAAAATTGAAGC
TTTTGTACTTAAGTTAGTGTTGCTTCAACATTTCTTTCATTTGGATCTTGTGACTCGCAG
CTTGGAACAGCTCCATTTGAACAAGAACAAGATAAAGCATGTAAGATACCCGTCTAATCT
TCCATCGTCAGGCCCTCTTGGTGATGTATCTGTTCCGGCCTTCGAAAAATTGCAAGTCCT
TTTATTAGGTATTTTCGTTCTTGCCTTTTTTCCATATTCCCATACTTCACAAAACTAAGA
TCATAAGACAATACGCTGTTCTAACAAAGTACTGAAATAGAACATAAATGTTGCTCGACT
AATGAAATAAATGTTCCCATACTTCACAAAACTAAGAACATACTTCAGTGTTGTTCAAGT
AGAAACATAAATGTTGTGCTAATGGTGACATTTAAATGCCTCAGGATCTAATGAAATAGA
AGACTTTCCTTCTGTGGATTCACTCAACCTCTTCCCAAGTTTAATGGTGAGCTAGTTTCC
AAGGAATTATCCTTCTATTTTCACTTTGGTATTGCTGCATAACTATAGATTGACTCGGCT
ACTCTGAAATCTGTTTTTCTGGAAGGATGTCAGGATTTCTGATAATCCTATAGCTGATCC
TGCCAAGGGTGGTGCTCCTCGATTTGTGCTTGTTGCTCGACTAGGAAATGTTAAAATACT
AAATGGCAGTGAGGTAATTGCTGTTTCTCTGGGTGTGCCTTCAGCATGTATGTAGCAATA
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GAAATACGGTCAGTTAATCCCTTTTGCCCTTCTTGTAGGAAAAAGACATTTGCCCTTTCT
AGGATAGCTGGGCCATATTTGTGTTTTTCTCCGCGTTTACACTTAATTTTCTTCCCTTGT
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ATACTTGTGATGTAACATTATAGATACATTCGCCTTGTTATGGGAAAAGCAGAATCAAAT
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TTAGCACTACAGGGTCCATCGAGGAGATAATCCAATGATTTGAGCATTCTTTTAATCCAA
GTAGAAAATTCAATTGCTCAAATGGTGTTCCCATGTTCATCTCAGAAGGATGATGTTGCG
ATATCACCCTAATGCAGTGACCTCTCTAACTAGAGGAGTACTTGTATGATTTTATCCTCT
CTAATTAGAAGAATGCTTTTGTAACATTAAGTGACTGTAAAAAGTTATGTTTCACTTGTT
AGTCAACCAGGACTATATGGTTAGCTTATCACTGACATGTACTTGTGTTTCCTGGCATCG
TTTACGAATTTGATTACTTCTGAAAGATACCTGATTTTTTATCAACAGTAATTAATTGAT
TATACTTAGGCAGCACATAATTGTTAATGCAGGTTTGCTGAACTGAAGGCCTTTCATGGC
ATTGAAGATGAGAAACCAACTTCAAGGATGTCTGGCCCACAAAAGATGGCTTCTGGGCTT
ATAAGTGATAATCTTGAACTACATAAAGTGGACAATAATATGGCTACGTGAATGAACTGG
AATTTTTCTATTGTGCGTGCAGGTATCACCTTGAAATGTGTGGGGCCATCCATGGGTGAG
AAGCAACCATTGACAAAGAAACTGCCTCCTGCAACTACTGTAAGTATTTCTTGGTAACAC
TTAGCTATCCTTATATTTAGCTCCTTCTGGCACTTATTTATACTACTTATAGTGATTACG
GATCGTTCACTCGATCTGCCTTTTGGTAATATACTCCCTCTGTTCCTAAATNTAAGTCTT
TCTAGAGGTTTCACTAAAGGACTACATACGGATGTANNNNNNNNNNNTTTAGAGTGTAGG
TTCACTCATTTTACTCCGTATGTAGTCATCTAATGAAATCTCTAAAAAGANNNNNNTTTA
GGAACGGAGGGAGTACCTAAATTAGGCTGCCAATATATCTTTGCCTCTATTTTCTTCTTA
AGCTGGTTATGAAATGCATTGTCCCATTCAATGTTTTAACTGCCATTTTTTTTTTGTAGA
TTGGAAAGCTGAAATCTTTGTGTGAGAGTTTCTTTAAACTGAAGGACATCAAACTAAGAT
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CCTGAAAGGATCTGCACATGAATACGCCAATATTACTCCCTCCGATCCAAATTAATTGTC
GCAGCCCTAGCACAACTTTATACTATTTATGCCATGGTTGTATTTTAGCAGGGATGCCCA
CTACCACAACTACTCGAAGAAGAGACGGCTTCGCTCGTGGAGCTTGGGATAGGCACAGGA
GCAACCATAATCGTCGATGAAGAAAGCTAGTCGTCTGCTAGGAACAGAAGAAAGAGCATA
TGTATTTGTGTGCACGGATACCACACTATGATTACTTTAAAAAAACCAGTCTCCTTTTTT
GTGTTCATTTGTTAGAGAAAATGTGATCTTCTTCGTGTGGTGTTACATTTGTGTAGACTT
GTGAGATGCTGTACCTTTTAGCTCTGCTGCTGAGAACAGAGATGCTTCTTTTGTAGCTCA
AGTAAGGCCAAAGTAAGGGAAGAGAGAAAATCAGCCTCATCCTTATCCTCATCATATGGC
CACAAGGCCTCACTCCACAAATAATGCTAAAACTCATATTCTTTGTTTCTGTGGCTACAA
AGTTTCCCAGTAGCTGTCCTTTGTCTCTCTTCTTCAGAGGCTTGAGGATGGTTTGCCTTG
TACATTGCACTGCATAGGGCTGTAAAACTTGGAAAGTTTCTGAGGCAAGCAGCAGCAGCA
GCCATGGAGCCTGCTAGTGCTAGTTTAGTCTCCTTGAGAGCATCCACTGCCACGAACCGT
AGCTGCTTCTTGTGTCGGCAGCCAGTGACGCCCAAGACCAGGATGCTTCCGGCCATGGCG
TCCAAGTCCGGGGCGAGACTGGTATGAGCATCTCCTCACAGAATTTCAGTTTCTTCATCT
TCTTGGCAGCAGCTTGTTCTAGCCATGCATACTACCGTTGATGGCTTGCTGCATAGAAGC
TATTCTTGCCAGTGCTGTGCTGAAGAACATACTGTTTGTGCTGTGCAGGTGGCTTCAGGC
TGCAAGACATGCAGGGGGAAGGGTGCAGTGGAATGCGAAGGCTGCAAGGCAAGATCATTC
TCTGCTTGCTGCTGCCATACATATCTTGTTTTCTGAAAGCCATTTATTATTATCTGCAAG
TGTTCTTTTTATGAAATTATTATTGATGAGGGGAAGTAACTGACTAATGTTTGGTACAGG
GGACTGGCAGGAACAAGAAGAACGGCAACATCTTCGAGAGATGGAAGTATGTGTTATTAA
TCATGAGAAATTACAAGTCACAATATTTATGTTCTATTTTCAGTCAAAGTATCACGTATT
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GAGCAGAGAGGAGAAAGGTAGAAGAAACATCAAGCATCCATCCATCCATGGCAGCACTAG
GCAGATGCACTCTCCAATGTCGTATTTATCATGCTCAACTCTGCTCGAATTCTGACTACT
ATCTAGAAGTAAGTATCAACCAGAATCGCCAAACAAATATCGAAAACCGAATATGGTGAT
ACACATAATTGGTTTGAGAAACAAGCAGAATGTTGTGAGGAAATCAACTGGTTTCTGCAC
GTATTGACTGGGTTGGATGCTTTTGAATCTATATGTTGTAAGTATTTTTTGTTTTCTGAA
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GGCGCTCATGTGAAGCTACAGAGCACCAATGCGGAACCGGATCTTCTAAAATCAAGAAGG
GATGTTAGAGAAGCTACAATACCTTAACTTCCCTTCTTTCAATTCATACGATTAAGGCTA
AAATGATTTAAATTAGTTTGTAAATTACAGATCTACTATGTACATTCATAGTAATTACAT
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CAACAGTAAATAATCTGCTAATATTTCCTAACTTTCCTTCTAAACTTTACACTAAGCAAG
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GCCTCAGGTTTGCGGCTATCGCAGTGGCTGCAGGTGGGCTTTCCATACCATGTTCAATTT
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CAGCCATACATGAATATGTATTTGCAAAAGATGGTCGCTCAACTTTCTTGCCTTGGATGC
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AAAAAGGCGACATGTGGTGCTCATATGAGGGTGCATGCAGTCCCTTTGCACACTTAGCTA
CGGGCACCAGTTCCGTCGCGGGTTTGCCCCACTTGCAGTGGCTGCCTGGTGGGCCTTCCA
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TCTGAGAAATACTATGGATAAATCCGTAAAGCAATAACAAGTCTATGTATTCTAGCTTGG
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AATGTTTCTTGCCCTGGATGCAAAAATGAGAAAGATATGTGGATCCATCATCTGTGATCA
ACAAAGCCAAGAATATCACATAGTCCCATACACCATAAGAAATCACAGGCAGAGTAGAAA
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ATAGAACTTCCTTCTCCCTAAGAATACAAAACAAAATGACACTAACATGCTGCCAACTAA
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GCCTGGCCCTCATGTCATCCCACCATGCCTTCACGCACGGGTACGAATAGAGAACCGACC
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ATATTTCATCTTATCATATATAGTAGAGGATGCAACCTTAGAGCATCTACAGTCAGACCC
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TGACCGGCAACCCTCATATCCAGCCCAAATATGTGGCGGATATGGGAGAGCCCGGGCACG
CCCGCATGGCACGCATTGGCTCGTGTTGGCCCCGCATCGACCTCACATATATTCGTCCCC
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ACCCAAGCTCGCCTCCGTCGATCTCCGACCTTCTCCCGCATGGTGGGCAACAGATTCGAG
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ACTGTCCGACTTGTGCTCCGCCGCTCCCGGGAGGCGGCCGCCCTTCGGCTGCGTGGGGAA
TCGCAGTGTCAGAAATCCATTGTGTCGGCTCATACGATGCCTGGATCCGGCATTGCTGCC
TCACTGGAGCCGATGCTGTCGGTCTAGCGTCCGAATGCCGTGGCGGACGCGCAACCCCTC
CGTTGGCGCGACAAGGACGTAGCTTGGGCGTCCTCGGATGCTAACATGGCGCGGCATGCC
CGCCGTGCGAGGCAGCGGGCGCTGGACGCGGCGGTGGCCCTAGCGGTGGTGGACGTTGAA
GAGATGGAGTCACACTCTCCTACATCCCGTATAATGCATGGGTGCGGGCGCCGCAACCGC
ATTGTGGTCGACATTCTTTCCTCCGAGGAAGGATCCGTCATCGACCTGACGTTCACCAGC
ACCGTCCGGGTCACGGGCTCCGACGAGGAAGATTAGGACATGAGAGACTGCGTGAGCTTG
AATCCCATGAACCGGCTAGTGTCCGATGTCCTATTCTACCTCGTCGGCGACCGAACCGAC
ACTATGAGGGGCGTAGATGATCGCCAGACATGGGCACAGCGGAGCTGGACAAGCTCCGCT
TTGTATTAGGTTTATGTTGCATGTAATAATATGGATTTGGGTTTCTAATTTGAGGTGCCT
TGTTATGAAATGCATTATTTAAGGTGTGACAGATCAATGTCTACGGACGTGCCCGGGCGC
ATCCGCAGGTGTTTGAGGGGCCGGATTTGCAAGTTGGGGTAGTAGATGCTCTTAGAACCG
CAAACTAGTTTGAGGGGCCGGATTTGAAGCATGTGGAAGGCGCCCGCCTCGGTGTTCATT
CTGGCGTGGCCTGGCGGGGCACGCTAGTTTAAGTCCAGTTGGGCCGACGCATGGACGATG
GCTAGCAACGCGGTATGGACTCTCTAGTTAGCTTCCTTGGTTGTGTTGCTGGTCAATCTG
GTTCCCTAGTCGGTGGGGCAGACGACCTTTGGTGGCCTCTGGTGGTTCTGAGGCGTCTGC
CCTGGTGGGGCGACACAAGGGGTTCCTGGTGGGGAGGTTAGCAGGAGGGATGGGTGCCTC
AGTTGAAGCTTGCCGGTGCAGGGTGTGTCGAACCTATGACATGCTCCTCGTCCTTCCCTT
TTCTCGACCGAGTTTGTGCTGGCTTAGATCAGGCAATGTACTGGGTAGGGTGGTTGCTAG
CGGCTCCATCGGTTGGGGGCCGTTGATCATCCCGAAACCGATGCCTTTGGATGGTATCGG
TGTAGTATGAATACAAGGCAACAACCCTGGCCATGAGAGACTCGTTGTTCATGGGTGGAG
TGCGTGGCTCAGGTGCGGGATGGCGACCATGGCTGCATTGGTGGCATCCTTGCTGGTGTT
CGGTGTATCATGGCAGTGGTGCTACATGTGCTCCGGTGTCTGGTGGTACCCTGGTTTGGC
AGAAGTAGGGTAGCATAAGGGTGCATAACATGCCCGGTTTTGGCTTGGCCGACATGCCGC
GGGTATCGTTACTTTCTTGAGGGCTCTGTCACAATCGCTCACTTCCCTTCATGGTTCTTT
GGGTGAAAACTTGATTCTTGGGATCAGGAGATGGTGGCACTCTGGTGTTGTGACCTTTTT
AAGGCATCGCCTTGGAGTCCATGCTATGTTGTTGTCCAAATTCACCTCTTCGTGGTAGCT
AGTTCAAGTTGGAGTTCTCTGTCGGCTCCAAGTGGTTCTTATAGCTCCATATGTAGTGAG
ATTGGTGGTTGATTGGGTAGTGTTCCATGCATCGCCACCTTTGTATCTTATCTTTGGTGT
GTGTGTTGTGTGTTGGTGGCTTGTTGTTTGTGGTTGCATGTATATATGTTGGTTGTTTAT
TTATAATAAAGCAGGGCGAACACCTTCTTTGGTGAGGCGTATTTCATTCTAGGGAAAATC
TAAACTGCATACAATGCACAGTTGATTTCCCATGCGGCAGCTGATGTGCGTAAGTCGGAA
GAGCTTGCTTAGCAACGTTGCATTTTAAAAAAGATTTATCTTTCAAACCGTTATTTCAAT
CAATGATCCGTTTTCACCATTGATTTTATCGCGACGAGATCTTTAAAACTAGATCCATGT
TGACATGTTTCGACAACTTTTTTTTGCTCGTACTTACCACATTTGATGCACTTCATTACT
TGTCATATTAGTAAGTACTTACTTGTGTGATAAAAAATAATTTAATCGCCATATTTTTTG
AAATTTCGTATAAATATGACATCTCGACATAATCAAACTGGCAAGCACAAACAACTTTTT
TTAGGCGATCATGCGCAAAAATATGACAACTCAACATATTTAAAATCAGTGACCGCAAGA
AATCTTTTTTGGTCATCATTTGTAATATGACAACTTGATACAGTTAAACTAACAAGCACA
CAAAATAATTTTCTGGCAAAGTTGTATGTAAACATGACAAGTTGGCATATTTTAATTTGA
CAAACACAACCTACGACATGCGTTATATCATGTATGTTGAAAACTGTTACAAGGCTTTGT
ACGAAACATATTAAAAAGTGCCAATCAAGTTATTTTTTTCAGGCAAATAAGTGGTTAATA
ATATGATAAGTGGGTCAAAAAATGTGGCAAGTATGAACGAAAAA