morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_45577
Source Contig contig_45577
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_45577 (9201 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
		No map location
Predicted Genes from contig_45577

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_61507	4	2655 bp	MLOC_61507.1	Available	Available	LOC_Os03g59590.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13103.m06539 protein ATP/GTP/Ca++ binding protein, putative, expressed
MLOC_61508	1	211 bp	None	Available	Available	None
MLOC_61509	2	1838 bp	AK367513	Available	Available	None
CDS Structure of MLOC_61507

CDS Structure of MLOC_61508

CDS Structure of MLOC_61509

Contig Sequence (9201 bp)

>contig_45577 9201 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCCAGCCGCCGCCGCAGTGGCAGTTTCTGTTTGAATGAGGGAGGGGGAGGGGGGCTGGCC
CGTGGCTGTATAAGTCAATGTGTGGCGTCTAATCGTTAGGCGCCACACATTACAATGTGT
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GGGGGTGTGGCGCCGAACTTCTAGGCGTCACACAGTACAGTATGACGCCTAGGTGTCGGG
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CCCCTTCCCGTCCCGTCCCGCCCCGCCTCAGATTTGACGATTCCGTCGCCGATTGATTCC
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GGACGCGGTGGTGCTCACCTACGCCTGCGACAGGCTCTCCACGCTCGACCGGCTCAGCTC
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TGTAAGCTGGACCTGAGGGACGACCAGCAGAACAGCCTTGAGCAGACGATGGCGCCCATC
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GCTGACTAGTCTGCTGAGTCACTTATGGTGATATGCTCTTTTACTAGATTACCGGTAGAT
TTTCATTGCTGACTAGTATCTCCTACAATTGCAGTGGGCTCTTATGACACTTCTAGATCC
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GAATCCTTGGCACCCTGTGACGCGGCAGTCTTTGTTTATGATAGGTATGCACTCTGCCGA
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AATTTCACGTACTTAGTTCATTCATGTGATTTCTGTTACACAATAGCTTACTGGCCATAT
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TTACCTTTAATTGGTTCAACTATTCATCACTGGTTATGTAAACGGTACAGATGACAGTTG
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TTCCTTATGTGACACCTGCGAAATGGCAGCTGTGATGAATTTTCTTGGCAAAGAGCAAGA
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GTAAGCTCTGATACAATTTCGTTTGACATTTTTAAATTTACAATTGTAGTTGGTGAATGG
ACAAACATATATTTCAATGGATTAGAAAATGTTCATCCTTGTTTCTAAACTTGTGCACGT
GATGTTTTTGCAAGTGGTTCCTGTACTTATTGACCACAGTTCTGTTATTAATACATGTGG
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AAGTTTATCTAATTTCAGGTGAGCCAAGACATGGGAATTGAAACACCAATTCCCATCAGC
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ATAGCTTGCATTCGACAAAATGCTGCTACTAAATTATGATTTTCATACGCCTTTAGATCT
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TGCAGTTGGAGCTGCTATAGGTGTTGTGGGGGTAGCCGCCTACAGGGTTTATGCGGCTAG
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CAGGTCCATGGTCGATGAAGTGGATCGTCTAGCTTGATGTTTATGTACAGTTGCTGTCAT
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TTATTTATTTTGGTGTTGAGGATGCTGTTGGAACTTCTTGTTTTGTTCCTTTTCATTCAT
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TTACATTCCTCCCATTCTCCATCGATCGTGGTCTCGCTCGACTAGCCTAGCACGTCGAAA
GAAACCCCTAACGCACGGTGGCCGTCACCGTCGGTATCGTCTGGACTCCGGTAAGCGCCA
GCCGGATCCGGGCAGCGCCTAGCCATGCTTGATGTCTACAGCCACGCCCTCGTGTCGACG
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GTCACCATGATGCGTGTTCGACGGGCACACACACAGTGCCCAGCTCTCGAGTTATCACCA
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CAAAAAAGAAATCAAGATTGGACACAGCGCACTTCGTTATTGACGGGCAGCAGGTTGTCT
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GGCCACGATGGCTTTCAGCTATACATATAGGAGTAGTACATACAGAACCGAAGAACGTTA
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TTTTTTACAATTAGGTTCCCGATCGACCGGATGCAGCAGCACACGCCTTACTTACTTACT
TACGTACTACCCATTACCCATAGGCAAAAACACATAGGGATTCCATTCCAGAGCTGAGGA
GGGAGGGCATGCATGAGGCTGGTGGCTAGAAGAACGAGCGCTTGGTGGGCACCCTGCCGA
CGGCCTTCATGAAGTTGGCCAGCTCCAGCACCTTGGCCAGCTTCAGCCCCCGCTTGGCCT
CCGCCGACGCCCGCTTCTCCTCCGCCTTGTGCCGCGCCTTGGCCACGTCGTTCTGCGTCT
TCTCCACCGCCTTGGCGCGCTGCTCGTCCAGCTTCCTCTGCATTTTTTCGTCATTCCGTC
CATCCATCACCGGTTAGACATGGATTAGACGCCAATAGCACTTACTCTTGTTCATATCAT
GATCGAGACGGGCATTCAGATACATGCATGCATGATTTGCAACGTGTGAAAAGGTAAAGG
AAACTCTGTCTGAAACGATGGTGCTTCTCCCGGACAAAGACCGCCACTCTCCTAGCCCTA
TCACCTTGAAATGAACGTGCTAACGGTCCATGATAATCTCACACGTAAACAGTCTTCTTT
ATGTGCAGAAAGCTGCATGATTGAGCTGAGAAATTCAGAAAGCCGCTCTGATGTAACACC
TCTGATTAATTATCTTGGATATTGGTTTGTTTCGTAAACCTTTTCTCATAGCTAGAATAG
ATAACTATACTAGTACTACTATTCTACTCAAAAGGAGTACTGTATTAGTGTTGCTACGCC
TAGAAACTTCCTTTTTCTTTTGGGGAGAAAAAATAAATCAGATTGCTAATCACAAACCAT
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TGTGCAAGACAAAATTGTTTTGGGCAATTTAGTTGCTGGATTAATTTGTCATGCCCTGTT
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GTAGTAGCAGTGATGATGATTACCTCAATCTTCTTGAGCCAGGCGGATGCCTTGTCGACC
TGCTCCGTCTCCCAGCCGTTGATGACCACCTCCTCCCGCTTGAACCGGTTGTTGATCTTG
GCGATCTCCGCCGTCTGCCACGCCGACACCTTGGTTTCCACCTCCTCCTTCTTCACCTGG
CTCGCCTCCACGGGCGGGCCG