Map Locations of contig_45327 (8352 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_45327

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_61268 1 501 bp MLOC_61268.1 Available Available None
MLOC_61266 1 1006 bp MLOC_61266.1 Available Available None
MLOC_61267 2 3912 bp MLOC_61267.1 Available Available LOC_Os03g18510.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13103.m02218 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_61268






CDS Structure of MLOC_61266






CDS Structure of MLOC_61267






Contig Sequence (8352 bp)

>contig_45327 8352 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGTCCATGGTCAAGGACGACTAGTTGACTAGTCAAGTGTCGGTCTCAGTGTCAGTCTTCA
GAGGTATTAAATGAGAAACATGGTGATACAAATGAACCGGGATGATAAGTATTATCATTG
TTATGAATTCTGTTTTGGACTAGTTATATGTGGTATATGAAATTATTAGAGTATCCTTGG
GATGGTTCCACCTCCTGGATACTCAATGTTGATACTATAAGCCCTTTCTATGGTGTCGCT
TAGACGCCTGACTGTGGCAACTCTATTTCTTTCATATAAGCCCTTTCTATTGTGTCACTT
AGACGCCCGACTATGGCAACTGTTACTGCTTTCATATAAGCCCTTTCTGTGGTGTCGCTT
AGACCATCAACTATGGCAACTATATTTCTTTCATATAAGCCCTTTCTGTGGTGTCTCTTA
GACGCCCGACTGTGGCAACTATTACTCCTTTCATATAAGCCCTTTTTGTGGTGTCGCTCC
AAACGCCCAACTGTGGCATGTTAGTAACATTACATGGACAAGTCCCTTTATGTGGTGTCG
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GAGAGGGGGAGCAAGGTAGCTATTGGGGAGGGGGTTTAGGATGGGTTAGCATGGGTCAAG
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AGCCCACACATTTCTCACACTCAAACACGGACAACCATGACCATACTAGCTTCCCAGTCT
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CTCCACCATCATGGGTGTGAGGCAAAGAGTTTGTCGTAGAACCTCCGCGGTGTGTGAATT
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GTGCCACAAGGAGCTAACCGGAGAAGCCAAGGGAGGAACCGGACACCTGAAGAGGCATTT
GGATGCCCACAACAAGGCGGATGCAACGAGCGCGTCGAGCTTGGCCGTGCAAACTCAACT
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TTCTACGTGCACTTTTTCAGTGTCGTTAACATCTGATATATGGACTGGTGGGGCAAAGCA
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GATGCCCACTCTCTCATTCCTCACACTCAAAGTCTCAATTCTCAAACTCCATCTCATTTT
ACACACACAAACATGGCTGATGCAAATCAAAATTTTCTTCAGGGTGTTCTGAGATCACGC
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CATCGATCTCTCCAAGCGCCGGGTCTCCGAGGAGGAAGCGCGATCCTGCGAGGACAAGTA
CAACAAGTCCAAGCTCGTGCACTCCATCATGCGCCACGTTGCAGAGACCCTCGAGATCGA
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ATGTCTGGTAAAATGTGCTAAAGTTTATGGATAACATGTTCATTCTGTTGTATTGGCACC
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TTTGTCTTGTTGGGTCTAATTCTAAGCCCTAATGAACTGCTGAATGATTTTGCAAGTGAT
GTTAATACTTTACCCCTGGAATGTGTTATGGTATTTACCATCGACATAATTAAATTTAAG
AGTTTTTGCCAGAAAATAAAGGTGATACTTAAATTTACTGGCAGGTGACTAAGGTGGTGC
CTGCTGTCACCCTTGAGATTAAGGAGACCCTGGTCCAGAATATACGGAGGAGGATGACAC
CGCAGCCACTCAAGATCCGTGCTGATGTTGAGATGAAATGTTTCCAATTTGATGGGGTGC
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AATTGGACACTTTGGATTGCTTTTTCTAAATTGGACACTTTGGATTGCTTTTTCTAAATT
TGAAATTGCAGCAAGCCATGAGGAAAGCTGAAGCTGCTGGGAACACTAATTGTCCTGTGA
AGATTAAGTTAGTTGCTCCTCCTCTTTATGTACTGACTACACAAACTCTCGACAAGGTTG
GTGCTCTCTTCAACCTATTTACATGATTCATGTCGGCTTTGAATGCAGGTATCCTTTTCG
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ATGTTCATTATTTAGAAAGAAGCTTCTAGTTTGTCAGAGGATTTAAGATTACGAGTTACT
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AGTCCCTCCGTCCCAAAATAANNNTCTTAAGCTTAGTATAATTTTGTACTAGAGCTNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTGGGACAGAGGGAGTATTTCATAACGAATCTTATGATAAT
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AGTGGTCGGACCGTTCCCTTGACCCTGTGCAAGTGGGAGCTACATGCACCGGGCTGCCCC
AAACTTGGTCGAAGTCAAAGAAGTTTGACTTTAAAAATAATAATATGCACCTGATATTTT
TGACCTGAGGAAGTAAATTATTTGCTGGGTGGATCATATTATATCCTCACTGTCAGGAAT
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GTTGATTGGCTACTCACCCAGGAGGATTTGTAATTGATAATTGCCGCGTCAAATTTCATT
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TTACCGAGTAGGTAACCGTGGTTATTGAACTATCTTGAGTCTGTCTTTTTGTACATGCAC
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ATCTGAATTCATTCTAATCTCAGTATTATGGTTTAGGGTTTTGATGTTTCAACTCTTCAC
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TCTCACTGATGCAGTTAAAGCGTGCACAGCAGAGATTGAAAAACACAAAGGAAAGTTGGT
AGTGAAAGAAGCACCTAGAGCTGTAAGTTTTCAGCATTGTCTAATAATTCTTCAACATGT
CCTCTACATATCGTATTTATCTCCGGTATAAATGTTTTATACAAGGCTGTACCTCTTTAT
TTTTGAAATTATATTAGCTGTTCCAGTTATGATTCATGAAGCTTTGTATTATTTGCATTT
TGTAAACAGGTGAGTGAGAGGGAAGATAAGCTATTGAACGCCCAGTTGGATACCCTGGTT
GAGCAAAACGCGGAGGTTGCTGGTGATGATGATAGTGAAGATGAGGAAGATACAGGAATG
GGCGATATTGACCTTACGAACTCTGGCGTCCATGCGGACTGAGTCTACATTAGTTGACTT
GGATGAGATTCGTTGTATAGTATCAGCCAAGATCCTAAATCGTCCTATTTAAAAGCTCTT
TGAATTCGCTGGCAGCGTCATCTTGGATGTTCATCAGCCAGTGCTGGGCTTTACTTTGAT
TGAGCAGCACCTGATTTTATTTTCTTTCTTTGGAGTGAAAATAGTTTTGTTGTTATAAAC
AAGTGTTTTTTATGCCTAGTGTTGGCATGCAAAATGTTATCAACAGGTGTTTTTCTTTCC
AGTTTTGCTGGTGTTCTTTGTACGCATGCAAAATGTTACTCCGCTGGTGTTCTTTGTTCT
TTGTACGGATTCAATCCTTTGCGTTTGTTATTGCTGGTTATTTTCACGATCCTCTTCACC
TCTCTTCTGTTTTTCATGTTGACAGCTTAGCAATTTGGGCGCTAGCAATCATGGGATGTA
ATGTAAGTACTTCCTCAAGTAATTTGGATCGGAGGGAGTAGTGTTAAACAGTTCAAAATG
GATTGGTTTTTTGCCTAGATGTTAAACAGTGCATCATCTATTTATTTATTTTCTTATTTT
TAGTTATTAAACTAGGTATGTGCCTGTACATCGCCATGGACCAAATATATTTCAACACAA
TATAAGAACTTCTCTACTAATAGCTGCCTCAAAGTTCCTGATGGGTTGCTGCAGTCCCAC
CAGAATTGGCCGACTAATAATAACTGCCTCAAAGTTCTTGATGCGCCCACCCCAGAACGT
CGGCGCCCCATCAACAACTACCTCGCCGCCGTGTTGCGGCACCATTGTTGCCCGCCACCA
TGCCAGACTGCCACCCACCCCCTCACCGCGCCATCGCCCCGCCCTGCTTCACCACATCAC
ATCTTACCTTACCCGAAAAAAAAAATCACATCTTACCGATGGCCACTACACTGCCTCGCG
CTACCCTGCCGGAGGCCGTCACGTTTGTCACTCAATGGCAGGCCCTATGCCATTTACCTA
GGTTTGTTCAATGAAAAATAAAATAAAACCTGTTTAGGAGATAAGTTCAGGAAAGTGAGA
AAGTTGCTCCCACACAACTTCCTTTAAAAGCTAGCGTCATCCTATAAAGCTGGTTTTACG
GGAAGACTTTTAGGGAACAATTGGAGTTGCTCTAAGAGGACCATATGGGACAAGTTTTTA
TGCAAAACAAATAGACAAAATAATGTTATGATTTCATTTTAAACTATAAATTTCCTGTCA
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GGAAATGAGATTGGCTGATATTTATTTGGTTACAAATCATAAATTTATTGCTATTTATTG
GGTTACCAAAGATGTCCGGGGGAGGAGGAAAGGACGAAAAAAATACATGTTTAATGGGAG
AGGAAACCTTGTGTAATTTATAAGGGATTTCTATTCTCATGCCCCTAGTTTCTTAGTTCT
CCTTAGTTTTTCCCGAGCCAACAAACTTTGTTCATTTTTGCCCTCCCTTTTCCTCACCTC
CTCACAAAAGACCAAATGGAGCATCACAGAGGCCCTCTACATCAACCTTATTGCTCCCAT
GATGATCTATGAGTAGTCTACCACAAACTTACGGACCCGTAGTTAGTACCTAGATGTCCA
TCTCTCTCTATGATATTCAATGCAAAGATCATCGTGATTTCCAAGGTAACCTATCATGTG
TAATCTTCTTTGCGGTGTGTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATGTTCAGATTA
TTCATAAAAACATATTGAGTCTTTGCTGGTTATATATATGCATGATTATGATAGCTTCGT
ATTTCTCCCCGATCTTTCGGTTTGGTTTGACCAACTAGATTGNNNNATCTTCAGCGGGAG
TGGTGCGTTGTGATGGGTTCAATCTTGCGGTGTTTAATCCCAGTGATAGAAGGGGGACAT
GACACGTATTGTATTGCTTCCATTAAGGACAAAAAGATAGGGTTTATTCATATTAGTTGA
GTTTANNNNNNNNNNATCATGTCATCTTGCTTCAAGCATTAATCTATTTTTACTTAATTC
TCTAGATGCATG