Map Locations of contig_44885 (7782 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_44885

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60900 1 1752 bp MLOC_60900.1 Available Available LOC_Os06g39760.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13106.m04126 protein WD domain, G-beta repeat domain containing protein, expressed
MLOC_60901 1 216 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_60900






CDS Structure of MLOC_60901






Contig Sequence (7782 bp)

>contig_44885 7782 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAGTGTTGCACCCCCTTGAAATGAGTGCATGTACATCACACCTCCTACGGTGGTTGCCAA
AGCTCCGAGTGAACCCGAAATAGGCCATGGACTTGGATCTACCAAATGATAAGAATGCCT
CTGAGATTCAATCATAAACCACTTTGCCCCGGTTGTATATAAACCCCCTGCTTCTCTTAT
GATTTTCGCTATTTTCTTTAGTTTAGTTATGGATATCTTGAAAAGTCTAAGCCCGTAGTA
CCCTCTGAGGTTGGTGAAGGGAAGTGAAACGTAAGCGAGGTTTCGAAGAAACGATACAAA
ATATACATTTTTCGTTTTAAGCAACCGATCCCGATTTGGTAGTTATTAGAAAAAAATGAT
AGTTTTTTAAAACCCTAACCCGTAAAGTATAGTAATTTTATGCTATTTACTACGGTGAAC
ACACCTTGTGGCCGCGAATTTGCAACAGCATCTCCCAGCAAGTTCGGCGCTACTGGTGTG
ATCTATATAAAGGAGGCCTCCCCACTCCGCCCCTTCTTCCCCACCCTTTCGCCTAGTGCC
CCTAGGCCGGCCTCCGGGCTCGAACCCACTGCGCTAACAAATAATAAATCCGCGTATAAA
TCTACCCCACTGACCCAGATCATCTCGTCCCCATCCGCCCCCCGCCGATCCGCGCCACAA
TTCCCATCTGACTTCCCCCAATTTATTTTGCTTCGATTCCATTCTCTTGGTTCGTTCGTA
GGGGCTAGGGTTGGGAGCCGATCGCGCGCCGCCGGAGCCGATCGATAGGGTTAGGGTTAG
AGGGCGAAGGGGCTGAGATGGAGAAGAAGAAGGCGGCGGTGCCGCTGGTCTGCCACGGCC
ACTCGCGGCCGGTCGTCGACCTGTTCTACAGCCCCGTCACGCCCGACGGCTACTTCCTCA
TCAGCGCCAGCAAGGGTAAGCCATCCACCCCCCCTCGCCCGCTCCAGCCGTAGCTTGCGA
TGCAGAGGGCAACAGTTAGTTGTGTGATTCTGTTGCCACAATGGAATGGACGGTACGTTC
GCTCCTGTGCTTGTGATGAGACGAATTCTGTTTTGGAGAACGATTAATGACCAGTGCCGT
GGGTTCTATTGGGATTTAATATTTCATTTAGTTCTCTCAGTGCCATTGATTGTCCAGTTT
AAAGGTGGTTTGTACCAATTTGAATGGTAAGGTTATCCAATGCATTCATATTCTATAGTT
TGTAATTTGGGTGATAAGTAGGACGGCTACTGCTTTCCTTAATCATGTGAACTTGAAATG
TTTGAGATAGGAAGGGTGGAAGCTAGTAGGGATTATGGTTACCTAATTAGTTAATACTAC
CTCCGACCGGATACATCCATTCCTACGACAAGTATTTCCGGACGGAGGGAGTATTTTGCA
ATCTTGGTAAGTAGGTTGACTGCTGCATCCCACAATCATGAATCATGTGAACTTGAGATA
TTTGAGATAGGAAGGGTGGAATGGTCATGGGAGGTCTCAACAGTTTCTTACCCTGGTGAT
TCTATATCTATTGCTTTCATTTAGTGTATCTGGTGTTTGTTTGTTGCCAGTACCGCAGTT
TTTACCATGTAGGTCAGATTTGGGGGACTAAGCGTCTCAATGTACTTATCATGTCACTCT
TGTTCTAGTTGTGGCCTCTTAGTTCATGACTCGTCTCAAATTATTTGTACGTATGTTTTC
AAGTCTTAAGGCCACACTGCTAGTTAAGATATCTGTGAAGCAACAACTCCCCTCCCCACC
AACAACACAAAAGCTCACATGTGTACTCGGTAGTCTACGATTCTAGATGCCAGATTTAAA
GAATTAGTTTCGATCACCTACTTTATTGATGGTTATTACATTGGACAGAATTATTCTGTT
CCTGCATTGTCCGGACTCTAGGTATTTCCAGAAAGTAGTAAATTCAGGTCTGACCAAACG
AGGTTTTATAATTGTGTGCTATATACTCCCTACTCATTTTTCGTAGACTCCATTAAGCTG
TCACAGTTGGGATGGAGTCAAACCATATAAGTATGGAATTCATGTTTGTGTCCATAACTA
CAAGCAATGTAAAAATACTAATATAAGCACTCACTAAATTGAACGTGGACCTATGAGGAC
AGGTATGAAATACCATGTTATGGATAACTGTACATAGATTGTAAAAATCTAGTTTATGCG
TAGATCTGGTTGTTGTACTGCTGCAAAATCTATAGCCAGTGAACAGTGTTAGATTCAAAA
CGAATATTCCCATATTTGACAAAAGACAGACCTGATCTGCATCTATATCCATCTCTATCA
GATGTCATCCCATCTAGATTTACACGAGTTATTTAAATTTTAAATCAGGAAGTGAATGTT
AAAAGAACCTTTTTGTCTTTGAGTTGAACAATAACCAATACATGTACTTCGCTATAAGTA
TTAGGGCATTGTCACATGAATGATAGAAGATGTTTTGTCTCTTGATTTTTGCTTGATATT
AATATTACAAATACTGGAAAAGAGAGGACGTAAATTTTATAGCATATCACTTGAGATTCT
ACCCTGCAGTAAACCTAAACATGCGTTAGAGAAATGTACTGTCTTGTTTGATTGCTGGCT
ATCAAGTATATCTAATATTGTGTACTTCTGTTTACAGACTCAAATCCAATGCTTCGTAAT
GGTGAGACTGGAGATTGGATTGGGACTTTTGAAGGTCATAAAGGTGCTGTTTGGAGCTGT
TGCCTTGACACAAATGCTCTGCGTGCTGCCTCTGGTTCTGCAGACTTTTCAGCGTATGAT
TTTCTTATGCATTGTTTGTTTCTAGTTAGTTTATTCATAAGTGGAATACATCCTTATTAG
TGTATTAATTGATGCTTATCCTATGTATTGTGTCCTTTTTTTCTGTTTGTAATGCTTCTG
CTCTGGTGGTAGTATGTTCAGTCGTTTTACCACCTCTCCACTCCTTATCTTCTCCCTCTA
TGGCAGCGTTCTTCTTAGACAAAGTTGGCTGCTGGCAGCAGGGTTAGGATTAAGGTCCAT
TTTGTTAGGGCTGGTTCACCAGGATCCCTGGACTGTACAATTACTAAGGTAGGGTTGGGG
GTGTTGATGGTGCTGTCGGTCGGGGGATTGGGGGACATTGTGTGGTGGTGGCGAGTCGTA
TGTGAGCCAGTTAGGTTGAGTGGAGGCGGGGGTAGGAAAAAGGCTACCTCCGAGTCTGGA
ACACAAGGGTAACCATGACATTAGTTGGCCTAGTCAGCATGGCCGTGAAAAGTAGAGGTA
AGGGGTAAGATGTGGACAATATTGATGGCGGGCAGTGGTGCACTAATGTGTGTCTGGTAC
CGCAATAACTGCATGTTTTCTTGCATCTTGATTTGGTGTATTGCAAAGTTATTTAACCAA
ATTTCACTTATATCCATTAAACTGCACATGGTTTGCTAATTTGGGTAGTCTTGTCCACTG
TTGGCTGCATTTTGGAGTACTTAAGTCGACTTAGGAATTAATGGGCATTCATAAGTAGGT
CAATGTGCATATACATAAATCGCTATATACAATCCGACATGAGATACATATGGATGCAGA
TTGTTCGCTTAAATTTCTTGTGTTGTAAATATATATTCTAGTTGCAAAACCAGGGCTTAG
TACAAAATGGATTTAATGAAAGATCTGTTGCAAATGTGTGCAGGACAAGAACAAGCATGT
TTGCAAGAAATAATGCTAATCAGCAAACATCATAGTTCTTTGATGTCAATACTCATAGAT
CGTCCCATCTTCATATTCCTGAGTGCTTACTGTTTTCATAGACATGCCCATTGATACCTT
CTCCATTTTCTTTTCTTCCCAGTAAAGTGTGGGATGCACTAACAGGCGATGAACTACATT
CATTTGAACACAAGCATATAGTCCGTGCATGTGCCTTTTCTAAGGTATTGCTTGTTCAAA
CTGATGCCCTGTTGCATCCCTTTTTGTTCCTAATGTTGGTTGTTATAACGCTTTAATGTT
ATACTACTAAATTAAAGCCTGATCTCATCTAATATGTTATTCCTGCCTAAAGTATATTGG
CTATCAAAACTGAACATTGGCTTCTGAAATCCGGACCATTTTACATGCTGTAGCCGATTG
GAGTTGTCTTTCATGAGCAGTTTTTAACCTCATTAAATTACAAATGTCACTGCAGGACAA
CCACCTGTTGCTTACTGGAGGTATGGAAAAGATTTTGCGTGTATACGATTTGAACAAACC
AGATGTTGCTCCGAAAGAACTTGACAAATCACCTGGTTCTGTCCGAACTGTTGCTTGGCT
TCATAATGACCAAACTATACTGAGTTCCTGCACTGATACTGGTGGAGTAAGGTGTGTTTG
TCTGTTTGTGGAGGAAATGCCTCTATTTTGGTATCCTAAACATGCACTGCTTGGCTATAT
AGCATTGTCTGTCTCGAATAACTACTATGGGTTTTGACAGGTTATGGGATGTGAGGAGTG
AAAAAATTGTCCAAACTCTTGAAACCAAGGGACCTGTTACTAGTGCAGAAGTAAGCCAGG
ATGGCAGGTTCATCACCACAGCTGATGGCTCAAGTGTAAAATTTTGGGATGCTAATCAGT
AAGTCCTTTTCTGTCGACATTTTCTGCATCATATGAATAGATCAATTCCTTACATACAAA
TATTTTGGTGGTTATCCTGCAGCTTTGGGCTTGTTAAAAGCTATGATATGTCGTTTACTG
TGGAGTCAGCTTCACTTGAACCAAAGTCCGGGAGCAAATTCATTGCTGGAGGAGAAGATA
TGTGGGTTCATGTATTTGATTTCCTCACCGGTGAAGAAATAAGTAAGTCAATCTGTTTAA
ACATTTAATCGTCCATTCTTCTCTTCAATCAGTGTGGTTTGCATTATCCAAACAGAAACA
CCAGCACCATATGTTATTTTGGTTTCATCTTATTTGTAGCTTCCAAACGTGAAATCCGGT
GTTAATTACAATTAAGATCATGAAACTAAAATTCTGCGTTCAAAAGTTATCTCCTTGAAT
AGTGAGCTTTTATTCTACATCTATCTGGAAATTCTTGTTGCACTTGTCATTAACTTTGAA
TAGGAATTCATGCAGTAGAAGTTTTCGCACCTTGTAGTCATTGCTGCCCAAACATCTACT
CCCTCCGTCCCAAAATAAGTGACTCAACTTTGCACTAACTTTAGTACTCCCTCCGTCCCA
AAANNNNNNNNTTAGATTTGTCTAGATATGAATGTATCTAGTCACGGTTTAATATTTAGA
TACATCCATGTCTAGACAAACCTAAGACAAAAAAATTGGGACGGAGGGAGTACAAAGTTG
AGTCACTTTTGAGTNNNNNNNNNNGGGACGGAGGGAGTATTATATAAAGCAATTGAAAAG
GAACATTGGAAATTGATCAATATGTTGTTCTATATTTCAATGGTGGGATTCATCAAGATG
TAATCTTAATCAAGAGGTCCACCGGGCACCGATTTTCACTCATCATTATTTCATGTATTT
TTTAATATTCTGCATTCACTATTTGCTTGTATTTATGTTGCAGTATTGTCATGTTACTGG
TTTGGTTGTGCTTCAGTTTACATACTTTTAGGAACTTTTGGTTGTCCATTATTATTGGTT
CCTTTTTCTTTCAATTACACTTTGCCATGCTGACATACTTGAGTATTATTGTTGTGTTGT
GCAGCCTGTAACAAAGGGCATCATGGTCCAGTTCACTGCGTCCGGTTTGCACCTGGGGGC
GAATCATATGCCTCAGGGTCGGAAGATGGTACTATTAGGATCTGGCAGCTGAGCCCAACT
AACACAGAGGCCGAGGAGGCAGCCGATACAAACGGTAAACCCAAGGCTGGAGTAGAGGAG
ATTGCATGTAAGATCGAAGGCTTCCACATTGCCAAGGAGGAGAAGGCAGAGGAGTAGGAT
TACATGGCTGGCCGAGATGGTGTTGTTGTCGTCAAAGGTGCTCTTTACGCCTTGCCTTGC
GTCTCTTCGTCCAAAGCCGGTGTCCGACGCAGGTGTGGCTGGCTTGTAACTGCACCGTGG
GAAAATCTTGCCCTTCAACGAGCAAATGCTGGGGATTTTTTTGTACACCGAGAATAAGCC
AAGAGTAGAATATTTTGTGGGTGAGGTGTTGATCAGGATTAGATTGAGATGGCATTGTGT
ATTTGTGTTGATACATTTTTGTTCCACCCTTTTATGTTACGATGATAGACGAAATGGTGT
TGCTTTGGTTGATATTCGCTGGAGAACGTGACAGAAAAACAAAAATGCTATTTCCAGTGG
CACTGCCTCCTGTTGTTGGCAATTTAGTAAACTGCATTACAGTGGTAGCATCGGTTGTTC
GTCGCGTTACTTTGTTGCCGACCGTTTAGATACCGTGCAAATGCGCATACCAATGTGAAT
TAAACAATAGCTACATTCTTACCGGGCTCGGTGAACTAAACAACAGCTTCGTTCTTACCG
GGCACGCAAACACACGAGCATCAAGTAATCAACTGCTCCTTCCATCCAGGTTAACTAGGC
CCCTCAACACATGGGTAGCGACGAAATTAGTCGGAGCTACCGCAGCTTTCTGCCATAAGA
CTACTTGTTGATTTCGTAGTTATACTACTCACAGTGAGCGACTAATCGTATACTCCCTTT
TTTCTTTTTTAAAGTTTCACTAATGAACTACATACTTTTTTTTACGGGTGAAACTTTGTA
TTACTCAAGTGGGAAGTCCATAGTCTGCATTACAAAGTTCAATGACCTCTGATAATTCAG
AGTTAAGCCAAACTACTGTTCTACTCTTAGTTCTAACAAACTTGATGAAAAAAGCACTAA
CATTATTTTGACTACTATGAACATAACTGAAAATAGTACTACGAAGATTCCTTCCGTGAG
TTTATCTCTACGTGAATAGATAGCTTTGTTCTCTGAATAGCTAGCGAGAGACCCTCCATA
CATGCGCTTAGTTCTGTCTCGAGTGCATTTCTGTAGGAAAAGAGCTCCCTGCATGATGTA
TATATGATCTGACTTTTGCCGTCTCGGAGAACCATACCAGCTCCTGCTCTCCCATCGAAT
GTCAAAGAGCCATCGATGTTGAGTTAGACCAACCCTCCATAGGCAAAACCCACGCAATGT
TTGGAGTTACACGTGGTATCACATGTGGTATAGACAAATGATCATATACGACAACATGTT
TCCCCTTCAACAATTCCCCGTCTGAATACTTAAGTGATAGCAAGGAATCCAAGTATCCCA
TCAGAAACCGTTTGGATGCCTCCATCGGAGGTGGTTCTTTGTTGTGTGTTACCTCATTTC
GGTTGTGCCACACCCGCCACAAAGACATCATTAGCATGCCCCTCTTTATCTCTGAGGGTG
GATGAAGCACTTCCAACAGCCATTCAGTGCATGTGTTCTTCAATTCCTCACGCTTCGGGA
GTCGCCAAACAGATGCCATACATTCCCACAGCTGCACTGCTAGAGGACACTTACAAAGAG
CATGGAAGGTGTCTTCCTCTTCCCTCTCGCAGATTGGGCAAGTCCCAGCCGTTTCTAAGT
TGCGCTTGTATTTGTTCTGCCAAGTTGGAAGGAAGTTCACCGCAACACGCCATGCAAAGT
TCTTGACCGTAGGCGGCACAACGCTTTCTTCCAGCAGGCCACACGGCCATCCGAAGCAGC
ACTTGACGATTCTGCAGTGGCTCTGTATGTTTCCTCAAAAAGCTAACTCATATGCTGATT
TCATAGAAAAGACTCCAGATTTTGCCGGACCCCATGCCAGCACGTCCTCCTCGAGCCGAA
GTGATGCTCTTATTTCCAAAATCTCCTGTACATCGCACGACA