morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_44880
Source Contig contig_44880
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_44880 (9827 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
	No map location
Predicted Genes from contig_44880

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_60893	2	3120 bp	MLOC_60893.1	Available	Available	LOC_Os12g43120.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13112.m04547 protein expressed protein
MLOC_60894	4	1579 bp	MLOC_60894.1	Available	Available	LOC_Os06g50310.1, FRAME:-3, EVALUE:1e-97, 13106.m05405 protein E2F-related protein, putative, expressed
CDS Structure of MLOC_60893

CDS Structure of MLOC_60894

Contig Sequence (9827 bp)

>contig_44880 9827 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGGCGGGGCGGGCGCGGGGGCCGGGGCGGCGGCGAGGGACGCGGGGTCGGCGGACTTCGG
GGCGCTGCTGGAGCTGACGCCGCACAAGATGGCGGTGTGCCACCTCGTGCAGGTCTTCGC
GCCGCCGGCGCAGCAGCAGGCCCCGCCGTTCCCCTTCGAGTCGTCCGCCCACCACAACCG
CCTCGGGCTCTTCCTCTTCGCCCTCACCCGCGTAAGCTCCTCCCCTCTCGCCGCCGTTGT
CCGTGTGCTCCCACTGCCCACCATTTTCTTCGACGGAGATTACCTTTACCAGTTACCACC
ATCTCCAAGCCCCATTGCACACCGTAATTTGCATCCAAGTGCAGAATGGGCTCCATCCGG
TCAAGTGTTCATCTACCGCGTGTCATTCAGTAAAGCATCAGTTTTTTTGCCGGTTCAGTC
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ATGCAGCCACATTATCGCCGATTCGCTATGGCCTTGCGAACGACACTGTTGTTGATATAT
GCAATCTGGACTTGGCTCGAGGGAATGTTCGTTAATACATTTGTTGTTGATCGATAGCAT
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GTCTTGACTCGTACCTTATTCTTCTTTTACAGTCATGTGAGGATTTCCTGGAACCGCCGC
TGGAAGAGCTTTTGAGGCAGTTGAAGGCGGTAGATGACTTAGTTAATGGTTGGCTTTGTG
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GTTTTTCTTCGTTGCTGTATACTGGCCTTCAATTCAATGACTTTTGAGGTGCTACAAGTA
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GTGAGAGTTACTTTGGTTTTACCAGGATTGCAGGATGTCAAATGATCAACTATACTTATT
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TCAGTCCCAGATTCCCGACCATACTATGGGGAGTGCTGATATTGTGACCACATTTTTCCA
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GTTGAAAGCATCTACATGAAATAAAACCACTAAAAGTCGTATTCATTCAACAGTGTCACT
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CTGTATATTGGAGACACAGTAACCTCTTGTAAATTTGTTCCTAACTGGTTATACTTTATT
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GACCTCATTTTGGTATTATTTGCCTTTATAAGGTCTTTAAAATACTTAGCTATGTTTAAG
TTTCTTTGTTCATCTTCCTGCTTTTGTACACTGTCGGGCTGTCCTAGTGCGAGCGTTCAG
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TTCTGACTCTAAACCTTTACTTGCCAGCATGTCCAAAGGCCGTTGGTGTCCTTTGGCCCT
AATGGTTCTACAAAGCTTAGAACCTGTCCTGCAGATGTCTGCAAGGTATGTCACACTTAA
ACTATTCTCCCTCTGTAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCATTACTTTGGACACTCATC
CTTAATATAGAGGATGTATATATTTGCTTCTAAATTAATTAGTTTTTCTGTCTTATGCTT
CATTGCAGAATTTAAGATTAAGTTCCCATGTGCTGTCCGACTTCGGCACAGATAGCTTAT
CAATTTCGAATGATAATGGTAGTTTCAGTACCTCATGGCTTAGGAATCTGTCTGATGCTT
CCAGATCTTGGTCTAATAGCTCAGCAAAGACTAGAAAACTTATTGCAAATGACTTTGACA
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GTTAATGTTTACTAACAAAATTCATTTTCATAGCAGAAATTGCAAGTTGTATAATTATTT
GCCAGCTTGGTACATAATTGTGGATGTGCTGGCGAAAGGGAGCTTTAGATAAACAATGAC
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ATACCGCTAAATATTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGACTTGAAAATGACTCAGTTTT
GTACTAACTTTAGTATAAAACAAAGTCACTTTTAAGTCAATTATTTTGGGACGGAGGGAG
TAGATAACTTTAAATACTAGAAACAGCGGGATGTTGGCCCCACATGTTGTTACTTGTTCA
ATGTGCATAAGACCTTTTAAAAACTTTTGGTCTTACATAGTGTTAATTCAAGCCTTGATC
TGCTTCAGCCTCGTGCTACATGAAACGTTTGATCGTCTCCTTTGTTGCCAACTTTCAGCT
GACGTTTTATTACATTCCATTATTACTTGAAATTATGGTAAATCATATTATGGAATGAAC
TCCAATGTTTTTTTTTTGCTAACTTGTCCTTTCTAGAAAACTGATTTCTGTTAACCCTCT
CCACAGTGCTCAGATGGTTCGAATGAATACGCTGGTCTATGCAACCTGCTTTGCTGATGC
TGCAAGGTAGAACATAACGAAATTCTGGCAATTATATTTGTGTAACACTTCAGCTTTATG
TACACATTTATCATGTACCATGCAAGCAGTAGCTTTTAAATTGTTTTGATGCTTCACTAA
TCTAGATATGTGATAGTATTGTATTTTCTTTAACAGTTCATCGGAGCTGTCACTGGCATA
TGTCAAGCTAATTGAACAGTTAGCAGTCTTCAAAGGATATTCAGGTTAGTTACTTGTGTA
TGACCAACATGTATGTGCTACAACCTCCAAGAGCTATGTAAGTTTCCATAGTTACTTATG
GCTCGATAATATCCATTTTTTCTGCAGCGGCATTCTGTGCGCTCAAGCTTGCCGAAGAGA
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GTGCCTTGCATCGGTACGGAGCTGTTTCTTCACTTCTTCTATCAACTGCACTCGTCCACA
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CAGGTTCTGGATTTACTTGCTTACTATTCAACCATGTTGGTCCAAGTATTCCCCTAATAC
TCGAGTTTCCTTTGTGTCCTTTGTGCAGGCAGCAGCTGTGGCGAATTCCCTTTTCACTAC
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ACATAGAGTAAGACAGATCATTTTTGTTGAGACTAAAACCTCATAAAATATTGCAATGCT
ACACAGAGAGAACTAATATTTTCCCTCCTTCCACAGAAGTCCGACAACGCGGTCCTTGGT
CTCCCTTACGCATTAGCCAGCCAATCGTTTTGCAAATCGTTTAATTTGGATCTGCTTGAA
GCTTCGGCCACACTTACTCTCGCTGAACTGTGGCTAGCTCTTGGATCAAACCACGCGAAG
AGGGCCCTAAGTCTTGTTTATCAAAGCCTTCCTATGATTCTCGGCCATGGCGGTCTTGAG
CTGCGTGCTCGGTCTCAGTTAGTCTTAGCAAAATGCCATTTAACTGATCCAGAATTTTCA
GGTATGTAACCGGATGATGGTTTCCTACCACGTGCTTCCTACTTCACATTCAGTTGCTTG
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TCTAAATCAAGCAGCTGAAGATCTGCATGTTTTGGAGGTGAGCTGACAGCTGCATCTCAA
ACTTTTCTTCCTGAAACGCTGAGACATTACCGAGATCGAGTCCAAAGCGCCTGAAGAGAG
GACTATAAACCTCACACAAATTTAAAATCCATTGTGATATGCAGTACCACGAGATGGCGA
CAGAGGTGTACTATCTGAAGGCCATGGCGTATAACCACCTGGGCAAGTTAGACGAGAGGG
AGGAAGCCGCGGCTCGTTTCAAGGAGCACGTTACCACCCTTGAGAACCCGCGCGACGAGG
AGGATTCACTTGCTTACTGACATTGCACAGTTAATCAACCGCTCTGGTAGGACGGGGCCA
TGTATTGCAGCGAGGTAGCAGCAGGAGCACAAACAGAAGTGCCTGCTTTGTCCACCTGAT
CTCAAGACTCCTTCCATGACTTCCTCTGCAAAGTCGCCTCATCGGTTGGGCGGGCGAGGA
CCTTGGCATGCACACTGGCTGAATTTCAGCACTGTTCGAGGGAGCTTTGTACGAGGAAGA
ACAACTGGGTGGTCTCACCAGCTACTCATGGCCTGATGCATTCTATTGCTGAATGAATGT
ATATCAGTCCATCTCAACTTTCGGCACAGTTCGAGAGAGCTTTGTATGAGTTGTAAAATC
AATTGAATTTTGTTCCTGCGCCGTCTCAGCTTTCTATCAGTCAATCTCAGCTTTCAATGA
GTATTATTTTTAAAGATTTCACTAGGGGTAGACTACATACGAAGCTCTACCACATACGAA
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TTGTACCGTGTTTGTCTGATTATAACAATATATATGCTTCAGCCACGCAGCTCATTCACT
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TCAAATAACGGAACATCTAAACGAGTAATTGAATCAATGACATCAAAGGCACATACAGGC
ACACCAACTACTCTGAAATGATCCATGAAAATGTGCTTTACATAAGGTTTACATCAAATC
CAACGTCGGGGTCTACCCAAACTGAACATATATTTGTGGTTATTATTCATGATTCCCTAG
GATTTGTCCATTCTGCTTCGACTCTTTTTGTAAGAGAGAGTGCCTCGAAACAGGGAGCAA
GGCAGTCAAACTCTAATGGCGAAACTGGAAGTGGCAACTAGGGAAAATTGAAGGAGAATG
TCCTGATAGCTCTAGACCCAACAAAGTTTCAGCGCCTCAGGCCACCGTCAAAGAAGCATC
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TTTATACCGTCTTCCCTCCACGGGAACCGATAGTGCCTGCCAAGGAGAAGATATGCACCT
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GAAGATACAACAGCAAAGAAACAGCAACAGCACAGCAGGTTTGCACACTAACACTGGAAC
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GCAGGCCCAGTCTAAAATACGCAACACTTGATAAATGAACAAAGTTTCTAGTGATAAACC
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ACTGGGTAAACAGCCAGAAGGCATTGTCCCCATACCCCCACAGCCTGGGGGCATCGTGAG
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CCTGGCGGCCTCGGCCTCGAGCGCGGCGTGGCTCTGGAGCTTCTTCAGCAGCTGCTTGTT
GAGAGCCTTCAGCCGGACCACCTCTTCCTCCAGCAGCGCGGTGTGGGCCTTCTTCTTCTC
CCGGTACTTCCTCACGGCCGCCCGGTTGCCAGACGGCCGCTTCTTGGAGGCGCCGTTGCC
GGCCGGGGAGTCGTCGGAGGACGCCGAGACGATCTTGGTGTGGACGTGGACGCAGGTGTG
GGTGTGCGAGCTGTCGTCGACGGGCGGGTTGCAGGTGTGGGTGTGGGTGCACGCGAGGTG
CTCCGTGTCGTTGAGGATTCCGTCGAAGTAGCTGTCCATGGAGCATCCGCCGCCGGCAGC
GTCCAGGTACGCCTCCGGGTTGGAGAAGTCGAGGTCCCCGTCATCCATTGCTGCAACCAA
GAACCCATGCTGTACCTATCAGTGCTAGACAAAGGGGAATCCGCACCATGGAGATTTATT
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GAGGAACCAGGGTTGCGGACGGACGGGGCAGGTGGACGGGGACTGCCGGGGATGGCGAGG
GCGGCGACGCGAGGCGCCGGCGGCGAGGCTGAGCGGCGGCACGGTGGTGGTGGGTCAGAT
GTATTTTTGGCAGGACGAGATTCCCCGCAAAAAAAAAACAAAAACAAATAAACAGATTTT
GAGGGGAAAAAAGGGGGCCGTGTCGATTTTGAGGATGGAGACTAGGAAAAATAATAAATG
TTGTTAGAGACTTTTTAGCAACCTTTCAATCTTCTATGCCTCTGCATTTGGTCTCTTCTG
GTTCACAAAAGATTTGTATCATTGACACCGTCTTCCAAATGCAGTTTCAGCGAACTGAGC
ACAGCTCGGATGGTTAGACTTTCTATGGTGAAATCAATCCATTAGAGTTTAAGTTTCAAT
TATATTAGTTTAGTGAAAGAAGACATTTTTCATCAACTACGGAACGTGTGTAGTGGTTTC
GTCAATCTTAAGATGTGACGCACCCGGTTCAGTGTATCGAAGGATGTGCGTGCATGCGTT
TGAGGGTATGCGCATATATGTGGGCATATATGATTGTAAGGTATTAGGAAAAGGAGAAAC
AAATGCAATTTTGACCGCTGTTTCTTGTTGTAATATATGTATGTGTGAACCGTAATTTTT
CGATCGATGCTCTTTGAGAGATGTTTCTTTTCTTTTGATTTTCAAGCTTTACTTGAAAAT
AAACAACATCAGAGGTACACCCATCCAAGACATCATTTTCTTCTAAATTGAAGGAAGTGC
ACGACTAACACTAATAACACCGGTGGTTGTTTTTGCAGCATGACCCC