Map Locations of contig_44829 (5837 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_44829

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60837 1 158 bp AK362832 Not available Available None





CDS Structure of MLOC_60837






Contig Sequence (5837 bp)

>contig_44829 5837 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GTGTGTTGAACGCGGTGGTGCCGTGGTTCGACACTAGATCGGAAGCCCACCGCTATCTGA
ATGGCCGCGAGTACGACTCCATCAACCGCGTTCTAGCAAGGATTTCGCTTAGCGATCTTC
AAAGGTNNNNAGATGCACTCGCCCCTCTCTCGTTGTGGGTCTCTCCATAGGAAGATCTGA
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATGCTACGTTACCCAACAGTTGTCTCCTCGGTGT
CCTCTCATATTCAACAACTGATAAGAATTAATGTAGGATAAGTTGTGAAAGATTACTTTA
TACCTTATATGCACACATGTGATTGGCATAGACATACCTATTTTTCGTTTATCATACACA
TTCCCGCTTTCCTGTGACATCTCTGGCTCCGATATGTTATTAAGAAAATGGCATTATTTT
GAAATAAGAAAATGGTAAAACATGATCAATGATGAATGCACTCTTTTGCAATAAGAAAAC
TGCATTCTCCTATACTATGCAAACCTTCTTTTAGTTGAGATGATTTAAGAAGCATCATTG
GGACCCCAAATTCTCTGGTTGTCACATATGGTGGTCAAATTGGCTCTATCCTTGCTTACC
TTTCTTCTAGAAATATCCATTTCCTGCCTACCAGGAGGATTGATGTTGGATTATCTACTG
TGGCAGTGACATCGATTTGCATATGGTTGCTCTTGCATTGGAGCTGTGTTGCACAATAAT
GGTTGACAGAAGATCCATTAAAAATGTCGGTTTAGCTGTGAGACGTACAGTTTTGCATCA
GGCCCTTATTTTGATCAGGAGAGCTATGTTGCAAGGACAAGCACTACATGTATATATTTT
CATATCTAAATGTAAATACTTGATTTCTTCTTATTCTCCTACTGACAGAGGACATTGTTT
CTATTGCAAGCGCTACAATAGTAGAGATATTTCACCTAACAAATAAATCCCTGCTCTGAA
GGTGCAGAGTGTGGACAATAAATTATTGGCGTAGATTACATCCGAGGAAAGAATGAGTTT
GGCACGACCCACCCTTCCGGGCAGCTGTCGCTGCTGTTGTCAGGAACCCATCCGACACGA
CTGTGCCATGAACCACCTTTCCCCGGCCACACACTACTGCTCCACGCTCCCCCCGAACGA
ATAGTCGCCGCTAACCCTTCCATCCTCGCCGTCACTCATCCGTCGGCGATCCACCGCTTC
ATAGATGTGGATGCTGCCATGGCTGCGGTTATGCATCTCTACGAAGTATGTACTCGGGAT
TTATGCAGATATGGATGTGCTATCATGCTTAAACATACTTTCTTCTTCAGTTTATTGATG
CAGAAAAATCAAATGATTTCATCTCTTCTCTCATAGGTATCTTGCTGCTTGATTTGACTT
CATTGATTCATAGGTTTCTTGCTACCCACTTTGGTATGCTAGCTCTCCTCTCTTAAATTG
ATTATTTAGCATATGCACCTTTATTGTTTTCATGCCTATTGATCCCTTCATTTGGTTTCA
ATCCTGGCCCTCCTGGGTGGCCTTCTTAAGCCTTATGTAGGTCTATCCCCACATAGAACT
TCTCTGGAATGATTCGTATTGAAGATTGAAGCAAATAATAATAACCCATAATTAAAGATT
AATCTTATATACCATGATGAATTTCTTGAAACTTTAAGACGACATGATGAAATAGTATAA
ACTTGAGATGCCAGCATTTTAGGATTTGGACAGCTGAACTTTTCAGTTCAGTGAGGAGCT
TATATACCATGATGAATTCCCTGAAACTTTAAGATGACATGATGAAATAGTATATCCTTG
ACATGCCATCATTTGAGGATTTGGACAGCTCAACTTTTCAGTTCAGTCATGAGTTTTTAT
TGTAGTAAAGAATGAAACATGTGACATCAGCTCAATTGGCTACCTTGATTAGGTTTGATG
TTTTAACAAACAACCGGTGAGCGCTTCCACTCACGTGGACATAGAAGATCATGGAAATGG
CACACAGAAGATGGAAATGGCACACAAAAGATGTTTTTCAGTGCACAGGTATGACACATC
ACCTTGCCATTCCCGCCCCCCTCCCCCACCCCTCCCGCGGCGAGATCTAATATTCTATTC
TATTACTTTGTATTTGCAACTTGAATGAGAGAGATATAGAGCCAGGTGCACCTCGGAAGA
GGCGGACACGAGGAGATGTGACCAACCCAGTTCGGGTTGTGGCTGCAACAATAACAGGTT
GTTTGAAGTCCTCCGGTGATGGATGCGTCACAAATAGGTGGTTTGAAGGCCTCTGGCGAT
GGATTCCAGATGCCAGGTGGGTTGAACCGTTTAAGGCCTCTATCGATGGATGCAATAGTA
CCAGGTGGCGTTGGCGAGGGAGGCAGCACCAGGCAGGGCGAGGCGGTGCTCTGTAGCAGC
GAGGAGGTGGTGCTCTGTAGCGGCGAAGGCGTGGCAAGTCGGTGCTCTGGCCAGCTAGCG
GCGAGGGAGGCAGCACAAGTCCATCCGTAGCTGCATTAAGGGTTTGGCTTGGAAGGAATT
GCTAGGTCGTGCGTGCGTGCGTTAGTAGGTTTTAGTGGGTTTGTTTTGAACCATTTTGTT
TGGCTGCCCTGTTGATCGTACGAGGTGGGATGTACTAAGGGTTTTTTATTGAACTAATCA
CCTGGTTTATCGCGTGTTTATGGAGGGATTGAAAAAAATCGGTGAAACGGTGAAAAGGCT
AGCGGTAGGAGGGGGATCGCTGGAGGTCGAACCATCACGACGACAGCAGATCCCCTTTAT
TTAATACTAGTTAAATGTCTGTGTGTTGCCACGGCATATGAAATATGATATGAAAAGATT
ACTTGAATAAATGATAGCATGGAATTTGGATATCTTAGACGCTCGTTCTTTTATTGAATA
TATTTCAGAAATAGAACAATTTTAAAGGTAATTAAAAATCTATGAGCATGGATAAACTTG
TTTTGAAATGTAGATAATAACTAAAACATCCATAAAATTAGCACATGTGTTTCAATTGGC
TCTTCAATTAGCCCATTTGTGCATACGCAAAGTCGTAAATTTTAACATCGTCGATTGCTC
TTCAATTGGCTCTTCTGTCACCCTAGCCTTAAGTTTTATCATCGTCGATGGCTCTTCTAT
CTTCTGTTTATTTGCTTGATATTCTTCTGTCAGTTCGATGCGCTCGCGTAGCTTGTCATT
GACATCTTTATACTGCTCCCATAGATGCAACACCAGCCTTTTAACCCTGTCCCCAAGAGA
GGTGTCACGACGCGCGTCCTTCCTAACATATGAGACAAACATAAATAGATATATCGGGAC
ACAATAAAACAGTTCGCTCGTAAAAAAATATGTACTCGCTAAAGAGTTACCTTCTAAATC
ATCGCCCGCGCCATCGAAGAATGTCAGACGGTGTTCAAATGTGAGCTGGGATGTTTCTGT
TTTAATAAGGGACCCTGACATACATTCATATATAGTTAATATAGTGGCATGAAGAATCAA
ATGCATTATAAATCAAAGTAACCAGCCTTACTGGATGCATGGTCAACCTCCATGTTGAAG
GCTTCAAGAATAGAAGTGGTGTACTCCGCTTGTTTCAGATCTTCCTCGTGTAAATCTAGT
TTTTTGCCAAAAAGTCGTAGAAAAAGTATTTCATAATTGCGCGCAACTATTGCTCTTTCT
CACATGCCATTGAGTGCATAATAATCTGTTTGAAGTGGCCCAACGTACATTACTACGCCA
GAAACATCTAAAGAAATGAAAGTTAGTTTGATAATGATCGTTAGCCAGAGGTAGTGTTTA
GACCAAGAGAAACTTAAAATAGAAATAATACCAATGATCGAGCCATTGTTTAGATCAAAA
ACATTCATCTGCATTAACAATGTTAACAAAAGAATTATCGAGCTGATTGCAATTATGATA
TATACACGTACAACTATATATCTACACTTTTCCCCTGAATAAGATGATCGTACTTCCAGT
GCAACATACCTTTGAACCGTAGGCGATGTCAGCTAATCGTAGCGAAGAAGGACCCTAATG
CTTGTGGTGTGTAGTATGCAAATCACCCTACCGTGGTTCATTTTATAGGCGAATACATGC
TACAATGCTTGGAGCGACGTTACTTGTGCTAAAAAAAATTAAGATGGACTAAAACTACAC
TCCCTAACCGTGCATGTCGTCAATAGAAGATGATGACGTCCTATTTGCTAGCTAGTGTCG
TAGGTGATGCATGCATGCTTAACAATTTTATTTTTTGGTTTTGTGGACCGTGTCGTAGCT
GATGCATGCATGCATGAGCATCTTGCGGCAGAGCGGCCTCATAATCACACAATTACTAAC
TAAGGGTTATGATCAACATGCAGTCGCCAATTAAGCTGCTGGCCAAGCCAATAATCATGG
GACTCCTAGAGCACGACTTCTTCATATTCCCAAAGCGAAATTCCATTGGCAATCATACCC
GTGCGTTCGATCGAGTGAAATTTTTAGATTAGAAAATTAGATCAAAGGGAAAATATAAAT
ATTATACGTGATTTAAGGAGACAAAAAGCCTAAAGTACTTCCTGAAGTCAATGATGAGAT
TTTATTGGCACTTCCACATCTATATAAGGAATACCATGGTATAGTCAAAAACCTCATAGT
ATTCAATTTTACCCGTTGCAACGCACGAGTTTACATATAATAGAGATTAATTTTTTCCCT
CGTCAAAACATATTGCATCATAAACTTCATGTTATAAATATATAGCCACAACATATGACA
AAATACAATAAAAATCCATGAAGATGAACAAAAACAAATCAATAAAAAATACAGTTTGAG
TACAGGTGTGTAGAGATGAGTCCACTTTTATTTTCTACATTACTAACTCCCTACTTGAGG
CACTTGAGAATTTGTCGTACATCATACGGGATGTTATCTTCAGCTTCATTCGCATGATAG
TCGAGCAAGTATATCAAAAAATTCTTTCTCAGCTCATAACCATCCTGCATGAGCAATGTA
TCTCATTAACATGCGATTATGCTTCTTTTTTAATTAAATGCTCGTGCGTTGCCACGACAT
ACGAAATATTATATGAAAAAATTACTTGATAAAATTATAGCATAAAATTTGGATATTTTA
GACCCTTGTTTTTTATATTGAATATATTTCAGGAAGAGAACGATGTTAAAGGTAATTGAA
AATATATGAGCATGGACAAACTTGTTTTGAAATGTAGATAATAACTAAAACATTGATAAA
ATTATCACGTCCGTTAAAATGCCATAGACACAAACAAACATGACGAAACAGTCATGTACA
TAGTGGATACAAACCAAGTTCATGATAACTAAACTTACAAATTAAAACACATAATCATAT
GTATAATAGACATAACCAATGTCTACTATTTGTACTACATGCGCCAAGCTTTCTTTGTAT
ACGTCGTGGTGCGTCGGAGAACAAATAAATTCCCGTGCGTTGGCATGTTGTCTAAATACC
TTGCTTAATATGCTCTAATATATACTTCAGCGTTGCAACAAAAAATAATTTTACAATCCG
AAGTACTGCACTTATGACATGCCCCTTTCTGTTTTCAGAATATGAATTCGCAAGCTGAAT
TTTTATGATTCAGTGTCACGTAGAGACGTACAGTTAAGTGCTATAGGCAAAAACTCAGCT
AAAGTAATACAAACTTGTCTTATTTTTTAGGCAAAAAAATCACCCTAGCTAAGTCTGTGT
CCGACCTCACTCTATCTTCACTCACCGGTCACCACCTCATCTCGTTCCCCATCCCCTCAC
ACTCCCGTGCTATCCACTCATCCCTCACACTCCCACCTCTATCCACTCTGAAGCTCACTT
GTGCTGCCGCCGCCGCC