Map Locations of contig_44461 (10468 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_44461

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60497 3 1983 bp MLOC_60497.1 Available Available LOC_Os09g37040.1, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13109.m03667 protein DUF630/DUF632 domains containing protein, putative, expressed
MLOC_60496 2 1432 bp MLOC_60496.2 Available Available LOC_Os09g15550.1, FRAME:+1, EVALUE:7e-22, 13109.m01473 protein OsFBX313 - F-box domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_60497






CDS Structure of MLOC_60496






Contig Sequence (10468 bp)

>contig_44461 10468 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTCTTGTGAAACGACGAGATGTGTTTATATTCCTGTCGAGGCCCTCGTCCCAAAACAAGT
ATAGGATTGCATCTTGGGCGTTACAACTCGCTTATGGTGGCAGGTTTCCCACATGACGAA
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GTGTGGAATTTGGCGATTGCGGCTGGGAGCTGGCCGACATACGGGGCGGCCTTCTGCTCC
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ACGGCGAGGAGGAGGACGAGGACGAGGACGACGAGGAGGAGGACGACGACGCGGCAGCAG
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CCAGGGCCTGCGCCTTCTCATCCGCCGGCGGCGGCTGGACCTCCGGGGGCGCACGTAGCA
GCATACCAGTCTGCCGCGACAGGGAGTTGGCCCCCATCTATTTCACAGGGAGCGGCAAGC
GGTTCACCTACTGGACGGTCGGAGATAATACTGTTCTTGCTCTGGACAAGGACGGCGCCG
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ACGCCGCAGAGTACGCGTATCAGCTGCCATGGCCACCTACTATCGAAGCTTGCGTATCCT
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GTTTAGGTTAGGTTGAGTCCATGTACGACTAGTTTTTAGTATGGTAGTCAGGTCAGTTTT
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ACAGCTAGTTCGTATACGTTGAGCCGAATTGCGCGTACACGACTAGTCGAGCTGTAGGAT
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GGATGAATAGTATCATGTGTTAAAAAGCTTCAGATTTTTTTTTTGCACAACCCTCATTTC
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ATGAATCTTGGTGGATAAAAGAAGATAGAGGTAATGTAGGCAGGGCTTCGTGAGCGTCTA
TTGAGGTTCTTAGTGAGTACTTCCTTTAAATGCTTTCAGGTTGTTAATTGTTTTCTACCC
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GGTTTGTGATGGCCTAAAACACAAGAGCCATATGCATCAGTAGTGTATCTTGCTTGCACT
GCCACTGTCTACATTTCCTATTTTGTTGCTAGATCTTTGACTATGAGGTGTTATCAATTG
ATTAGTTTAATAGTTTTAGTTTCTTTAATATTGTGGTGCTTCCAGCTTTGAGCTTGAAAC
CGAACCTTAAGACTACTTACTTTTGTGGATGGCTAACCTGAAAGTCTGAAGTGAAATCTG
GTAGCAGTTGCCCCCCTCAGCAAAAGAATTGCATTGAGGTCAGCTGTCTTGAATGTCCCT
CTTTTTCGTTTCAGTGATGCATGGCCATAGTGTGACATGAAGTTTTATCTTTGATCCTTG
CCATATACTGCTTTGATAAACCATCTCAAAGCGTACAGAGCTGGTTATTTGTAGGCACGA
ATTTTTTATTGCCTTTGAATGCTCATTAATTAATTTATGTTTCCCTTTGAGTTGCAGTGG
TGCAGGATACATTCTCCGCCATGAATGGATGTGTTTGACCTTGTGAGAAGGCGTAGATCG
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TGCTAAATGTCCCAAAATGAATAAGAATATCATACTGAATGGGGAGCTTCATCTGCATTT
ATAGGAATGACAACCTTGGATTTTGTTTGGGTTGATGGATTCTCACTTATCATAATATAG
CCTCCAGCCTTCACACATAAATACTGGTTTGTCACTTTGTCTTGTTGTTTTATTTTGAAA
AATGATAACTCCTACATGTGTGGCAGGTTTGCTTGCTTATATATTTGCTTGATGGGCCTG
GGTTTCCTATTTGCTACCTAAATGAGGTTAATGTGTCATGCATGCTTATATATTTAGAGA
GCCAAGCTTCCTGGGCCTGGGTTTCCCATTGCTACCCTCTCCTTTTTCTTTACCGATTCT
ACAAATTTATGACGATTAATACTCAAACAAAACTTAGTTCCATCTGTGTCTTGGCGCAAC
GAGTGGAATCTAGTCATTCTAAAAGCTAGAGGTTGGTTTATCTTGCAGGTGTTGCAGAAA
AAAGCTAGAGGATATTTGTGGATTGAGACCGTCCCTCTTTGTAGAAAATTTGCCAATGCT
TTGTGACCCTACTTTCGGTTTTGACATTGGGGTTTCAATTGTTTTCGAGGGAGACTGGGA
TAGAGCACTAGATTTAGGAGAATAGTTTGGCGAGCAAGTGGCAGAATTCAGGTTCAGACC
AGCACTCCAGTATGCAACCTAGCGGAGATATTCAGCAGAAAGAAGAGGCTGCGCTCCCTC
CCCATGGTAGCTGGCGTCGTGGTTTGTGATAGTACAGTACTCCAAGCTGTGAAGTACTCC
GATCCGACGACAGCTGCATCAGTGCAACTCCGATCCGACGCTCAGGCCCTACAGTTCACA
GGGTCCTCGTGTCGTTCCCCAGCCGTCTGCGCGCGCGTGACACTGCTGCGGCCTGCCGGC
GTTAGGCAGGAACAAGCACTGCTGCTGCTACAGCGCACCGCAGCAACAGTTCTGTGGAGC
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CTAGGTTTCCAAAACCCTGGGGCAATGCAAGATGCAAACACAACTCACTCAATGTGCTAA
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TTGTACGCCGTCGCCTTCTTGTCCAGCTCCTTGGCTAGCCCATCCACCTTGCGCTTCTGC
TGCTGCTCTTCCCCTTGCTTCATCCACAGCACCCTCACGCTCCGGTTGAAGTTTCGCATG
GTAAATGGCACCCGCTTGTACGGGAACCTCGACAGCGTGGTGTGCCACTCATGGCAGATC
ACGACTAAGGGCGGCGCGCCAGCCCTGTCGGGCGCGATCGAGGAGATCCCTCGGGAGTAA
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TTCTGTGCAGTAACATAGCTCACAAAGCAGGACCTCCAGTTCCTCAGTTCAACCTCCAGC
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GAATTCACCTCAAACATTATCTGTCTCTGTGCATCATGAGAATCCACCATTACTTTCCAA
GTTCTCACAAAGCTGTCATGGAGAAGGGAAAAGCATCAGTATTTTGATTCAGTGAAGAAA
TATAAGTGCATTTACACCTCTAGAGTCGTGATCTAAACATTCTTAGTATTTCCTTGCAGA
GGGAGTACACACAAAGCATGACATCAGCTTACCCGTGCAACAACTCAACAAGCTGCGGTT
GCAGTTCCTCGTCCCGTAATTTTTGTATTCTATCGGATATCGATTCTGCTGCTCGTAGAG
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GCTCCGAACCTTTGGCATCTTGGTTCCTCAGCTGCACACATTTCTTCTCATATGTTTGTC
GAATTTGATCTATGGCCTGTACAGAACCGAATCGTTTTTAATATAAATATAACAATACAC
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CAGTTTAAAATCACAGATGGCACTATCAGCAGTATGACCTTGTCAAGACCTTCAACTTGA
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TTGCTCCCAGCTCGCTCCTATAGGACGAGGAGGACACAGACGATGGAGACCGATGCCACG
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TAGTCTGTACGCTGCAGTGTGTGGATATATCAATCAAAAGTCAGTCCTTGTACTGCGCTG
TTCTAAGTTGTAGCAGAACTGAAAAGTGCAGATTCATGGGTGTTCATCATGAAGCAGGCG
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ATCAAAAGGGCTAAAAAAATTGGGCCAGGAGATGACTGCAAAGTTAGAAAAAGGTGACAA
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ATTATGTTCTGCCCAATCTCCACAGGCACATGGTAGACCTAAACAAAGAACAGTAGTACC
ATCTAAAAATTCCATGCCACCATGTGAGTATTTAAAGAGTGGTGTATCCAAACCAAATCC
ATCTAATGCCACAGGGCCTTTCACTGATGGAGATTTGTGAAATCCACTCATGTCTCGCAC
CAGCTTTACGCCCAAATCTTGCAGTTTTTTCCACAAACAGAAAAAAGGGATTCGACCGCA
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TGGGGGAAGGCGGTAAAGGCCGGACCTTTGAGCTCGGGGGCACGGGCGGCGGCCTCCAGC
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AGCGCCGCCAGGAGCTCGCGCCCCGGCTGCACCATGCCGACCTCCAGCCCGCCGCCGTTG
TTACCCGTCGTCACCTCCCCCACCTCTTTCGCCTCTTCCTGCTTGGCCACTCCGAGGGAA
GCCTCTGTTTTAGGGTTTTTTGTCCCCGCCGCCGCCGCATCCTCCCCCTCGTCTTCCTCG
TCGTCGTCTTCCTCTTCCGCCTCCTCCAGGTCCGGGATCCCCTCCCGCTCCCTGACGGCG
CGCATCTCCTCCCTGCTGATGTCCGCTG