Map Locations of contig_44388 (10705 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_44388

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60440 6 1887 bp AK367321 Available Available None





CDS Structure of MLOC_60440






Contig Sequence (10705 bp)

>contig_44388 10705 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GCGGCGGCGAGTAGAGGAGGCAGTGGCTAGGGTTAGGGTTCCGGCTCCTCTGGGAGCCGG
GCAATAGAATTGTCTTATTGCTTCATTCCAAAAAAGCTGTTTACATTGGTTTATATAATC
TCGATAACTTGGACTCTAAGATAACTAAGATAACTTGGACTCTAAGATAACTAAGATAAC
TTGGACTCTAAGATNNNNNNNATAACTTGGGCTAAGCCCCTAATATTATTAAGATAACTA
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GCCCCAGCAACTGGCAACTAACAGTCTCGCATCACTACTGAGCATTAGTACTATTTTAAT
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GCAATAGCTGAACGGAAGGGAACAAAATAACCGCAGATAACTTCTTATTCAACAAGTCCT
GGTGACAATAAGGTATTATAATTTCCTGCAGTGAGGAAAGAATACACGGACATGTATGTT
CAGTCTCTAACTAGAGCACATCTTGATGAGGTGTTTGATATAATATTCAAGAAGGGTAAT
ACAATGAGAATAGGTGAAGGTGTGCATTTTGAGTCTTAACTTCTCTCAACGAAAAGTAAC
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TCTTCTAATACAAAACGATACGAGTTTTGGCGCATGTTCGGGTTAAATTAGCCGCTGAAT
TGCATTGATATAATATGGTAGAAATATTAAGAAAAATGCACCAGAAAACGATAACAAGAT
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GATCTGCAAAGCAGCAGCATTTTAATGAACAAGACAACAGCATGAGACAAATTTGCAGTG
TGCTATGTAGTTATCAATAGAATACATATCAAGTGCTAACTAAGCGCAGTGTATTGAGAA
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AGTCCTCTTATATTTCTTTACGGAGGGAGTATGTTGTATGTTGGAACTTACATGTGTGAA
AACTCACACGGGCTCACGTGCACTGTGAAATTTTCAAGGAGGACCTAAACTATTTATGCA
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GCCAGTTCGACCAAACGAAAGTTTCATAACTGTTTTCGTTAAACACATATGCTTGTTTAT
TGTGAAACTGAATTGCTCCATCATAGTAGCAAGAACACAGTATTTACCTTCAAAGCTTTC
ACAGCCTTCATCATATATGCCACACCGATTCAAATTCAACAACATCAGTGAAGCCAATCC
TACAGAAGCAAATGAGGCATAAGGTTATATTTTTACACTTTAATGTCTTCAAGATGAAAA
TTTAATTGCCTTACATAATTTGTAGCATTCTGGTTTCATCTTACAGAGAAAAAATAATAC
TTGCTACTTTTTCCCGATAAAGGGAGATTTAGTTGACTCTTAACAACATATTGAGCTATA
CATCCATAAAGAGTTTACCAGCCTCTGCATAACAAGACATACACAGCCCTTACAAGACAA
CTGTAAAACACAAGAACAGGAATCATATATGACTCGCATAAATCAGTGACCAATGCAAGA
CAAGTGCCAAAGTTCATACACCACTGGAAACTGGCTGGTCTATCCGAACCAGTAACACAC
TTGTTTTCCACAATAGGGCTGGCTAAGGCTGTTTAGGACACTGACCCCAATCTCCATTTT
AGGTGGAATAAAGATATTACTATCTGTTCTGCTTGACTTAAACATCATAATTTCTAAATA
ATAATAAAATGCAAAAACAAAAACATTTTTGCTTAACACCCACACTGGAACAACCCAAGT
AGCTAAGTACTAAGTGATTTAACTCTGCACTATCAGGAGACCTTATGTACAGTGGCGGAC
CGTGACACAAAAGTAACGAGGGCCAAATGCTAAGCCCGAAGTGCTAGCACGGGCCAAACG
AAACTACCTTAGATGGGCCACTATTTACTGATTTTATTGAGTCAAATACTCATGTTTTTG
GGTGGGAAAATCGGGCCATGGCCCGATATGGTCCCAAGAGGATCCACCTCTGCTTATGTA
TATGAACAGCACATATGAGATACGGTTAGAAGCTGTTTGGAAGAACATTATTTCTTGGTA
AGTTAAGGTAGTTAGTTAAAATTTGAAGTCCAAAAAGGCTCGCAAGGAGGTTTTAAGTGA
GTGTAAAATAGTACGAAATGCCAGAAAATGTAAGAAATATTTAACTAGTTAACAAACTAA
ATCACCACAAATCTAAGCAAATGAAGCATGCAAGACTAGTGGATCAAGGTACAAGCCATT
ATTAGGAAAGTTGTGGAAAGTTGCAGGACCTGAGATAGCTTCCAAGCAAGCAGCAGTCAC
TGGACAGCTCTCCAAGTTTAGATGTGTTAACTTGGACAAGCCTACAGGAAACAGATAAAA
TGTAAACACATAAGCTTTGGATCAGATCAACGTCAAGCAGTTAAATACAGATCATGCATT
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AGATCCGTAATTCTACAAGAAGACAATTGCAGTTCCTTCAAATTTGTGAGATCTGCGAAA
GAAAAGTGCTTGTCAAATTTTCAGGGATGGGATATGTGTTATAGATTCGTTAAATTTTAG
CTGCAAAAAATTATAAAACTTCCTTCCTATTCGAAGAACGTGTCTAAGTCTGACAGGCGT
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GTTGTCAAAGTTAAGACAGGGCAAGAATAGTGTGGTGTCAAATGCCACCATGACATTCGA
AAACAAAGGGCCGCATTTAAAATTTTAGGTACCTATAGCAGTAAGTAAATTAATGTGATG
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AGGTCGAGATTTACCAAATTAACTAGATCTGCAAACACACTCATTCCTTCAGCAGTAACA
CCGTCACTTCTCTTGAAACTTAAAGATGTCAAGTTTGAGAAACCTGCAAATCCAATATAT
AGCAAAATAAATAAAAAGTTAATTGGCGGGAAGTTAGAATATTATTCTCCATTTGAAATG
AAAACTTGGGCTTGCATAAGCCCATGAGCCAGGGGAGAGTTGGGCTTATCAACATTAAGG
GAGTTTAAATTTATCTAACAACCAATTCCAATACCTGCTCGGATGTAATTGATTAGGTTT
GCAGCGTTTGTAACAGCTACAAGCTCATACTCAAACCCATCTAATGCTAAGACATTTAGA
TGAGAGTAACTCAGTAAGTAGTGTGTCACTGACCTGACAAAACTCCAATGCCATGTTCTG
AGACACGGTCACAGTAATTACATGACAAGCTTTGCATGCTTGAGCAATCACTAAGAAAAT
TTAAGCCACCATCAGTAACTTCAGAGCAAGAAATGTCAACGGACAATAATGACTGCCTTT
GTGAAGCTACTACTTCCATCCAGGCATCCGTAACTCCAGGATACTCCCCCAAACAAATAT
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AGCATTCAGAATATTTTGTACTCCAGTAAGTAAGATTTATTAGGTTTGAGAAGCTGCCTT
GTCATCTATAAATATCCGGTTTCAGTGTCAGATGATCCCAATACAAGGAGGTTATCGATT
ATATCCAAAGCAGGAAAGAGCACATAAAGTAATCAATAACTTTAATTTCACATAGAAGTA
TTAAGTTTGATGGAACCATATCTGGTTTACTACTTTCTTGATCAAGACCGGCTTATTGTT
TCGATTAAATCCCATCATTTATTTTTCAGTGTCTTATCTCTTATATGAGACTAAATTGAG
AATCACACTTGTAAGAAAGCACAGGCAACTGAAACCTTACATGCAGCGCACAATCCCGGA
AGGTTTCAAGCGATTCCTCCGTGAGACGGTTCGAGCCCACCAGTTCATCGAAAATCTGCT
GGCTGATATCACTCGGCAGCATAGCAAGAGTAGAATACTTACTGATATCCTGCATATGCA
TTTGACGTCATCAAACAAAAAATGCGGCATTTCTCAGCAAAGCAAAAACACATGTCCACA
AAACTACCTTGCATACTTTGGCCACACAGAGGTTCATGAGCGTCGGGCACCGGTCAGGGT
ACTTCCCTTGTCCCTTGCGGGAGACATCAGAGCTGCTGCGGGGAAGTGTGAGCAGCAGCC
ATTTCAAGCTGCTGGTCTTTGAGAACCTCGTCGGTGTCTGGAGGGAGTCGTCGTCCTCCT
CCACCAATTGGCTTCGCTTCCTTGAACAGACCCCACCCATGATCGGTGTGGACTGGAACT
ATCACTCCTCCCCTTTCCCTGTGCACTCGAAGGGATGTATGAGCCTGCACAATCTTGGTT
CTGAATGACTGACAGCTGCACCGCGTCAACCATTTGCGGCGTACGCCTCTACTTAATTAG
TCAGCTTCCACTCCATTCTACGACATGAAAGATATCATACAGCTTTAGGAGTAGTAGAAC
TTTACCATTACAGTTTATTTAAAAAAAAATATTAATCATGCATGATGCACGCACTACATC
CTAGATGGCCAAAAACCAAATCCAAGAAACTGAAGGTCGCATTAAAATAAAAGGAGCGAG
CACCCGTCCTGCAGCTACCCGAACAACAGAATCCCAGCAGGCCAGCTGAAGTAACAAAAT
CAAAAAATTCCAAATAAATTAACAGCACAACCGCACTCCAATCCAAGCTCAGATGAACCA
GGAGCCGATCAAGGCGACCTCAAAAAGCTCACCGGTCAATCAATACGTATCGGATTAACG
GACGGCAGCAGTGGCAGATTACCGCAGCAAAAGCGGATAAAGAAGGTAAGTTGGGGGGAA
AGGAACAGTGGCCCAACAAACCCCACAGCGCCCAATCCATAGAGTCCCCACAAAAGAAGT
ATCGAAACAAACAACGCCATAGTCGGACGCCGAACTCTCACCTACCCCACCGCCGCGGAG
CCGCACCGGAAGCCACCGGCTAAACCCAAACCCCCTGCGCTGGGGTTCAGCTCCACGGTT
TTAACCCCGCCAATTCGACGCGAGATCGACGAGCGCGACGAGCTCTCGCTGGATGGGGGC
AGCGCGCTGGAGAAAGGGAGGGAGGAAATGGAAGCGGGGGAAACTGTTATTGTAGCACGA
ACAGGAGCCGCGGGCGAGCTCCACGTGTCCTGTGGGGCCACGAAGCTCGGTGTTCCTGGC
TTGCTTGTGGGCCGTGGGCATGAGAGCCCGGGATGTCGGTCTGGACCTCTCGGGGCTGCT
GGGAGCGTCCGCCCCCGCGGTAGCCGGTTTGGAGGATGGGATAAGGCGAAGAGGTTGTCG
AACCGCAGGTTCACCGGTTCAATTGTCGGTTTTTAAAAAATAAAATGATAAATATATTGA
ATAATATATGTGTTAATATAGTGTGAAACAATGGTTAAAAATTATTATTTTCATGTTTTA
AACAACAAACTAGCATAGTCGAGTTGATTATAGGGTCATGGACGTCGTATTGGTCACACG
ACCTGGGTTTGAATCCCACTTCTCTCAATTTTTTTTAAAATATTTTCTTGGTTTTTCCTG
GTTTAATAACCCGGTTTTCTAGAAAACCGGTCGGTTCGACCGGTTTTTTTGGTCGGATTG
CAGAACGGTCTTATTAGCTTAAAAACCCGATGAGGCTGCCGATTCCGGTTTTTTCTGGTC
CGACCGCCGGTCCGGTCCGGTTTTCTAAACTAGGGGCCACACGCTCGCTACCGGCCGACT
GTACTGCCGGGTGTGGCCGTATTGGCCGCCTTGTTTGGCATACACGTATGCGTGGTGCTG
TATTGTTCATGTGTTCATGGTGTCGTTGCTTAATTTTTTTATTCCTGCTGAATGATGTTT
GACAGCTTGATTAATATCTCTCTTGGGACGGCACGCATACACTTTTCCGACAAGATAGAT
GAATCCATGGGTTCACTGTTGCTGAGATCGCCCCCCTCGTGGTTAGCCTTGTTGACCAAC
GTATCAGAAACAAGCGCACCATTCAGCAGGCGTTGAGTGAATCTGGCTGGACCAACGACG
TGCACGGAGACCTAAACTTCACGACGCATATTCAGCTCACCCACCTGCAGCAGGCGATCG
CCACGGTCCAGAGGGATCCCACCACTCTTGATGCTTTTGACTGGCCTTGCGATACATCGG
ATTCCTACACTACCAGATCAGTCTATGATAGACTATGCCAAAGCCTGCAAAGGGTTCCTT
TTGTTGCGTGTATTTGGCGCAGCTGGGCGCCAAGGGTTCCTTTTGTTGCGTGTATTTGGC
GCAGCTGGGCGCCTCTGAAATGCAAAATCCATGTGTGGCTCGATGTGCAGCACATGATCT
GGACCTATGATCGCCGCGCGGGACACGGGCTGCAAGACAGCCCTTCAGCATGCTACATAT
GTCTTCAAGACGAGGATAATGCAAAGCACATCCACATCGGATGCAACTATGCCAAAGAGG
TTTGGGATCGCTTCTTGACCTCTCTGAACACCAATGTGCGAAGACCGTAATCGCAAGACC
TCATCCTAGACTGGTGCCTTCAAGCCAAAGTGATCTTCAAGGGAGATATCAAGAGAGGCT
TCGACACCTTCATCATTGATGTGGCATGGTCTTTGTGGAAACAAAGGAATGCTAGGGTGT
TCAACTGCTTGGAACAATTCAAAACAGCTATCCAATTGCATGATCACATTATGGAGGAAA
TTCGCGAATGGAAAGAGGCAAGACTAGGTTCTGGTGTTCTAAACCGTTTTGTGAGTGAGT
AGTCTTAGTTTCATTTGGTATGGGAATTGAGTTGTAATACTTACTGTGATGCTCACATCG
TTAGCAAGTCTTGTATATGTTCTTTCTCTCTCTTCTATAAAATTATGGTACGCCTTTGGC
GTACTCTTGAAAAAAAATCCGACGCCTCAAATGTATGTGAACGCTCCGGACACGTCCATC
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TGTTACATATAGTGTAAACCTAATAGCAAGCGGAACTCGTCCGGCTCAATCGTGCACATG
TCCGACGGCTGGTTACGTCCCTCATAGTGTCGGTTCGATCGCCGATGAGGTACAGTAGGG
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GAGATCCGGTGTTTTGTATTAAAGAAATTACCTCATACATTCAAATATGCTTATCTTGAT
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GATATACCCTATTATTATTAGTCCTAACCTTTCGGAGCATGAAGAAAAGAAGATATACCT
GCTTGCCCCTATTACAGTAGTGCAAGTAAGCTATCATCGGTGCATAAAGCAATAAAAATT
GCTCCTAAATATCAAAGATATTTTATTGTAAGGGAAAATAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNA
TGGCAAAGAAATAAAAGTGACAAACTTCATAATAAAGTTTGCTATCATAAGAGACAATAT
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CTCTGCTTCCTCTGTGAAGGGCCTATCTTTTACTTTCGTGTATTTACTTTTATGCAAGAG
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GGGGAAATATCCAGGCATATATCTCGAGTTGGATGTAGATGAGCATGAGTCATTATTGTT
GATAATATCATTGAGGTCGATAAGTTCGGTGTCAAAAACAATAAAGCCCCTATCTTCCTA
TGTGTCTGATGGAAACGTTTGCTCCAAAAATATGCAATGAGTGTTAGCAATCATAGAACA
CTAAATGATAGTTGAGTATGTGAACTTGCTAAAATGAAAGGTCTTACATAGACTATTTTC
TGAAACATGATGAATTGTGATTGTCTAACTAAGAACATAGTTTTTTGGTTGCTAATAATG
TTTATGCTTCATACTTAAATATTTATGGATATATTGTTGTTTACGAGAAGTTTTATGATC
GAAACTTGCTACTATGTTAATATTCATGATGCCCTCATGTTCGTATTTTGTTTCTATCGA
CACCTCTTTCCAATTATGTGATCAATATTATCAAGTTTGGCTTTTGCTTGAGGACAAGCN
NGGTCTAAGCTTGGGGGGGGGGGGTTGGTACGTCCATTTTGCATCATGATTTCCTATTGT
ATTTATATTGTTCTTGGTCATTATCCCACTTTATGATACATTTGTAATGCCTTTTCTCTC
TTAATTTGTAAGATCTACACAAATAGGGAAATTGCCTGAAACTGGAATTCTGGACTTGAA
AGCCGTGTAAAAGCTGGAAATTTTCTGGACTACAAATGACATGAAACTTCACGGAGATTT
TTATGGAATATTTAAGAATTATTGGAGCGAAGAAGTCCCATAGGGGGCCACCTGTTGGTG
CCAAGCCAACAGGGCACGCCCACCCCCTCGGTGTGCCCTAATGGCTTGGGAGGCCCACAG
ACAGGCCCTAGTGCCCCTTTTCTGTGATATGATGGGTTTTGACCTAGAAAAAATAGGAGG
ATGCTTTCGGGATGAAGTGTTCCCGTCTTGAGGCGGAAACCTGGGCAGAGACCCTTTTTC
TATCAGGAATTGTGATTCTCTTGGGGAAACTTCCCTCCGGGAGGGGTGTGGGTGTCAAAA
CCGGCTGATCCCTGTTGGGGAACGTAGTAAATTCANNATTTTCCTACGCCATACAATGAT
CTATCTATGGAGATACCAGCAACGA