Map Locations of contig_44344 (8504 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_44344

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60395 6 1911 bp MLOC_60395.3 Available Available LOC_Os02g02710.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13102.m00216 protein zinc carboxypeptidase family protein, putative, expressed
MLOC_60396 1 819 bp AK365904 Available Available None





CDS Structure of MLOC_60395






CDS Structure of MLOC_60396






Contig Sequence (8504 bp)

>contig_44344 8504 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCGGCGGCAGTCGCCCTGGATCCATTCCGCACATACTGCTGCGATTTAGGTTTAGGTGCG
GTCGTGCGGATCCTCCCGTGGTGCTGGTGCGTGGCTCGCTTGAGAGTTGAGATGGGGCTG
CCGTGTCCGGGACGTTCTGCCCCGTTTTCCAGACGTGTCCGTATATTTTTCCTTTTGTTT
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ATTTCACTAAGTTCATCATCAAATTTTATAAAAAGATTGCATAATGGCATCAAACCCAAC
CCAAACACTGGCTATGAACTAACAAGTGTGTCGAGTCATCATCTAAAAAAAAATATTCAA
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TAAGCCGGAAGCCACTGCTAATGACCCCACTAATCCTGACACTCCTGCTAGTACAAATTT
AAGCGAATTAATCACCGCTGGCTAATCGAATCATTCGTGCGTGCCTTGCTTCCTACCTGC
CGCAACACGAGCGAGCGAGAGGGGTGGGAGCGGGGAGCGCGCGCGCGAATCGCCGGCGAG
GGAGAAGGCTCGGGCTCAGCTCCGGCGTGCGGCGGAGATGGCGCCCTCCGCGCCGCCCCC
GCCCCCGCCGCCGCTCTCCCGCCGGCTCGTGGCCCTGGCCCTGGCCCTCGCCGTCCTCGG
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CTACCGCCCCAGGTACGGCGCGCGCCTCGCGGCTTATGCCATGCCTCGTAGGTTCCGGTA
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CTGTGTCAGCTGGTAGCCGCTGGAATTGAGCATTTGCTTGTCGCTGTGTTCCAATGCGTC
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GGATCGATGCAGCATGTCAAATTTTCGTTTGCGGTGTCATTGTCTGCAATTGCAACCCCT
GTCTGTCTGTCTTGTCATGTTAGCCAGTCGATGGGAACTACGGAGTATTAGCTATGCCTG
TGCACAGCACTGGAGGTTACAGAGTTTGAACCTAGTTTATAGCTATTATATCAGTGCAAA
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CCAGTTCTGTTTTCATTGATGGATTTGGGGAAAATGCCCTTTTGTCCAGAAAAAGAGAAG
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TAACTGTCCTTGTTCAGCTGTTATTGGCCAGTTTGGTTTGCTTCCTAGTTCCTAGTCGTA
TTTCTTACGCACATTTTATTTAACATTATCTGCAGATGGATACAGTAAGAGCAAGTAACA
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TCTTAATCATGAGCATCATTATGTGCCAGTCAGTTAGCTTTAGCCTCTTGTATCATCAAA
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TTATTTTGCAAATTAGATTATTGATGCCTTGCGGTTTTGACAGAAGGTTCATTGTCTTCC
AGAGCTTTGGGCAGCATGGCAGAGAACTTATTACCTCTGAACTTGCATTAAGTCTGCTCT
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TGGAGCATCTTGTGATCAAAGTTAGTCCTTCTGCAACTTATTCTATGTCTGCAGTCCTTG
GCATGCATAATTAATAAGAAATTTATGGGAAGCAATTGTGCTCGCTGTTCTTCTATGCAC
TGCACCGAATTAGTATAGTTTTTAGGGTGGTTTGCTCTGAAAAAGGAATTTAGATATTGA
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GTTATTCCTGCACTATGGGTAAGCATTATTATTCACACAAAGTTATAACAAAATTCACAG
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CCTATCCACCTCTTTCCTGTGTTATAACATGTGTTTAGTAATGTGTCGTTTCTCAAACTC
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TTTCATGGCCGCAAGCGCGTTGAAGCAGGGGAGCTTTGTGATAGGAGAAATGGTGATTTT
CTTTTTCTTAAAAAATCATCACATGAGGCAGTTTATGTGCCATCTATTTTATCTCTTCTT
TTCTTGCACAGGAAGAGGAGTTGATCTTAACAGAAATTGGAGCGTTGATTGGGGAAAGAA
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GTGTGCACTCTGAGCAAGTACACCTTTCTCTTTTTTACCATGTACTCCCTCCGTTCCTAA
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CTTATATGCACAGCATCAATCTTATGCACTATATTTATACATTTTTCCCTGCATTGCAGG
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TCATGCAAGAACTATCCAAGTCATTCAAACCACATATCTGGGTGAATGTGCATTCTGGAA
TGGAGGTAATGCAGCTATTGCGTTGTGCAGCTATAACATAAAGTTTGATCAATTGTTCAC
GAAGCGGAGGGAGGGACCTAACATATAACTTGTTTTTAGTAGCAATCTCATGTGTAGTTC
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TCACACTTTGCTCAAGTTATGTGAACCCAAGAAGGTTATTGTGCTAAGCCTTCAACGAGG
GAAATGTGCTAAGGTTTTTTATCCCATGACTTGCTAGGTACCTTGCACATGGGACTACAA
CTGATTATCTATATGACATTGCGAAGGTGCCAATGCCTTTCACATTTGAGGTAAGTTCAT
CTGTTGTCTCTGTTGCGACTATTATGAACTTGTATTGACATAACATGACTCATCACTCTG
CTGGTATTCAGATATATGGAGATGAGAAAGCATCCACCGATGACTGCTTCAAAATGTTCA
ACCCTGTTGACAAGATAACATTTGATGTACGCTAATCTAGGATCTATAGATCAAGTAATG
TACATAGTTTTTTGTTTTTGGCATATGCCTGACAGCGCAGTTTTCCTTTCCAGAGAGTCA
TTAACAAGTGGTGCATGGCGTTTCTCATACTTTTCGAGGAAGGGCTGCGAACCCTACCTG
ATGGGCAAGTAGTATCTCAAGGAGCACTGGATAACTGGGTCCCTATGGGGGGAGAGATTT
TGGAAAGAACTATGGATCAAAAGAGCGGCGGTGAAAATGGGAAGCTTGAAGGCCTTGATC
TCGGAATGCAAGAGCTAAAAACCTACTTTAGGCTTTTTATGCTATCGACATTCCTCCTGA
TGTTCATGTTCTGCTCGAGGATATCGAAGAACAGGAGCAGAGAATCAGGTAACATTTGAA
TCCCACGGGAGAACTGATTGGAGCTAAGCTATTCAGCTCGGTACGGGTTGGCAATGGTGC
TCACCGTTTATTGCCGCAGATGAACAAAGTATAGCATGAATCATTCCAACAAAAGTCCAT
TTTCGGGGGGAACTTTGGAGGTGCGGCGACAGGAGATGACAAGGATGGTAGAATCAGAAT
GGTGTTTTGCAGCATTAGATGCTAGATGTATGTCAAGAGTGATCTGTTTATGTCTTCGAC
GAGTCATAAATGTAAGTTGTAAAGCTGTCGATATCTGTTCTTCGTCATGAATAGGTAGTG
TTATCTGCGCCTTTTGAAGGTTGTTGCTTTTTTGACATGGTTGAATGTAACGTTCAGCCA
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AATGTAATATTCCATTGCCAGCATATTACGAGTTTGTTCGATGGAATGTTAAACTGCTCT
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TGTATAATAACGATACTTATTTAAGGATGGAGGTAGTGCTACATTTGATACTGTTCGAAA
TTTCTCAATTATATTGACCACGTATCATCTTAAGTGTAACATGTATTCCTAAGCAGAGGG
TGTACGTTATTGGCTTTAATACATCACAGCAAAGTATACGATTTCAAATGTAATATTCCA
TTGCTAGCATATTACGAGTTTGTTCAATGTTAAACTGCTCTCTATTTTTTTTATTACGAG
ATTTGTTGAATTTCAACTGTTAATATGCACTAAACTATTTAGACTGATCTTATGAGGAAA
GTGTTGTTAGGAAGTGCCATTTTTATGGTTTTAGTTAAGTAATAATAACGATACATATTT
TGGGATGGAGGTAATACTACATTTGATATCGGTCAAAATTTCTCAATTGTATTGACCACG
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TCTCGCCAAAACGACGGCGAAGCGGAAGTAACCATAATATCTTTGAAAGACTGCACAGAC
GAAACTGCTTTGAGTTGGGCAGAGGTTACAGATACTTGATGAGGAGCCAGACAATAACCA
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CGCGCTTGTTCAGGACCGCAAGCCTCTTTTGCACACGCTGCACGAGAAAGGGTTTTGCGT
CAAAATTCAATTCGGGCAAAGGTTGAGAACTGTTAGTATCAAAAAAAGCGAAGAAACTTT
CTTTGAGGTATAAGGATGAGGAGCGGAAACACGGGTTTGAAATACAACCTGGAGGCGCGA
GTTTGTACCATCCACATGGTCGTCTAGGTCATCCTGCAATCATGAAGACATGGCTGTGAA
CAGAGTCTAGAGAGCAAAGAAAGAAACAAGTGGAAGACATGGCTGTGAACAGAGTCTAGA
GAGCAAAGAAAGAAACAAGTGGCTTTGCGGTAAGAAACTAACAATCAGTCTTGCATGTAG
GTCAAGCTCCTCATTGACTGCCAGCGCGACGTGTTTTGCGCTCAGCACTGTCTGCTCCAG
CTTCTCAAGGCCCTCATCTTGTTCTGCAAATTGCAAAAAAATGTAGTAGCAGACAACATC
AATGGATTAGGCAACTGTCAATTGTTCATCACTCTCGTGGATTGATAGTATTTGTAACCA
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GTTTTTCGTCACAAATAGCTCTTCATACATTTTGAGTAAAATGTGAGGATTTAAGAAGTT
CATCATTTTCTTTCAAAACAAAGCAACTGAATGAATACTAGAAATTGGAATATATGCAAG
GGACACTGGTGACTTCTGAATTTGTATGTTTGACACCAGAAACAGGGTAACCGCGTCATG
CCAATGAAATTGCGAGGAATGGATTTGGCATGTCCACTGTGAGGCAAAGGAGGAACAGCA
ATGTCTAGTTTGACTGTTTGACCAGTCATAAAGACAATACTTCTCTTGGATACAATCAAA
AAGAAGTAAAGCTCTCTCCTCAATTAGTTCAACAAATTGAACATCACCAGTAAACACCTA
TCAACATGCCACATCCACATTGATGTATCTGTCTGAGGTTGGTGGAAAACTGGAAACAGA
AGGCGACAGGCCAGCCATCACATCGAGTAACCACTCTGACATCGGCACAATACTTCACTG
TCACAGCGGCACGAACAGCAAGTCATACATAGAGTACATCAGTACCTTTCATGATTTGCC
TCTGAAGGCCAACAATCCCTTGGTTATCCAACCCAGCGACTCTGCTCATGTCATCAGCAG
CTTTCTTACTCTGACCAAGCAAATCCTCCCTAAATTGTGAAAAAAGCACATATGCGATAC
ATACAAGAAACTTAATTAATATGCATTTGAACAGATTTTAACAAGATAAAGCAATGACGA
GCCTTCTTTATAAAAAGTTTGATGACGTTGATGGCATCGGTTACCAAAATGCAGAACACA
CCTGTTGGCGAAGGTTGACATGTTGAAACTTTCCGCCATCTGTTTTGCTCTAGATTTCAA
ATTAGAAAGCATGTCTCGGCGCTTATGCAGCTCCTTGTCGGTGCTGCACAACATGGAAGA
TCACTTAAGAGTGGATTTCTTCTTTATAACAGATATACATTTTGAAATGTATAAAGAGAA
GTTATATTGTGTAGCAGCATATGTATAGATATCTCGATATCAAGCAGAGCTGATTCTGAT
AACTGATAAACTGGTGCTAGTGTCTGTACCAAAGTAACCAGCGCACACCATATATCACAC
AAACCATCGTAGAAAGCATACATATTAGCAGGGTAAACTACTTCAAATGTTGTCTCGTAA
GAAATGAATCAGCACACATATATGGATGCACAATTGGTGTAAAGTGTGTACATGAGAATT
GTGGCTTAGGCTGAATTTTGATTCTAGGGTTGTCATAAAATGGTGTCGACAGCATTTATA
GAAGCTCGCTAGGTTCCTACACCATCATACCACCATTTCTGGTTTCCGCATAGTGGATTC
TCAGACAGACAAAATGGTGAGTGAATCTGCAGGAGGTGACTAGCTAGCTAGGAACAAACG
ACAACGCGAATCGACCTCCAAACAATCGTGCCTCCTCCATGCATTTGGGCCAGAGCTGGT
AATAAGCAGAGTAAGGGATGACGCGCTAGGGTGAGATAGCGAGCGAGGGAGCGAAACGTA
CATGGATTTGGGGGGAAGCCTGGCGAGCATCCCCTCGAGGGTGTCCAGCCTGGTCCCGAG
GATGGTGATCTTGCGGCGGATGGCGGAGGTGTGGCGCATGGCCT