Map Locations of contig_442027 (9189 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_442027

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60149 1 1748 bp MLOC_60149.1 Available Available LOC_Os02g06570.2, FRAME:+1, EVALUE:2e-159, 13102.m00724 protein CAMK_KIN1/SNF1/Nim1_like.13 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed
MLOC_60148 1 444 bp MLOC_60148.1 Available Available None
MLOC_60150 1 399 bp MLOC_60150.1 Available Available None
MLOC_60147 1 1335 bp AK376445 Available Available None





CDS Structure of MLOC_60149






CDS Structure of MLOC_60148






CDS Structure of MLOC_60150






CDS Structure of MLOC_60147






Contig Sequence (9189 bp)

>contig_442027 9189 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCTTCCTCGGCGCCGTCCGCTCGTCCCCCGCCTTCCGCCGCAGCTTCCGGGAGGCCCACC
TGCCCCCTCTCCTCGGCCTCTTCTTCGACCCCGAAGGCCCCTCCATCCCCGCCTTCGCGC
CGCTCCGCCGCCGCTCCGACCCTGACCACGCGGCCGTCGTCCGCGGCGCCGATTTCTTCC
TCACCCGCCTCCCCGCCGACGACGACGCCTTCCCGGGGTGGGCCATAGAAGCCTGCTGCC
ACGGCAACGTCCTCCTCCAGAACTGCAGCCTGGAGCAGCTCGCCGTCTACAACCCCCTCA
CGCGGGCCCTGGATCTCATCCCCCAGCCGCCCGACAAGTTCTTCGACGACGCCCGCGGCC
ACGCCAAGTACCTTGGATGCTACATCCTCTCCTCCGAGGAGGGCAGCGAGCCGCTGCGGC
TGGTCTACACCTGCCACGACAATTCGCGGGCGCGTGCCGCCGTCTTCTTGTCGGAAAGCA
GGGAGTGGCAGATCTTCCCGTGGTCGGAGGCTGTGACGCCACTGCCTGAAGACGAGCACT
GGCTTAAAGTTGGCACGCTGGTGAATGGGTTCGTCTACTGGATACACGCAAATGAGGCCT
ACATCCTCGTGCTGAACACCGCGACGCTGCATTTCTCCCAAATGGATTTGCCGCCGACCT
TGGTGGCGCGAGACCTCGTATTCAGGGTTGGCGAGAGCAAAGATGGGAAGCCTTGCATTG
TGTGCCCAATTGATTTCGAGCTTTTTGTTTGGGTCCGGGGAACCGAGGATGACGGCATCG
AGACATGGATATTCGACGAGAGGTTTCCGTTGGAGACTATTGTCGAGGTCACCAAGAGTA
CACTTGTGGAACATGGTGACCTGAAGGTTGTGGCAACTACTGGTGGATTTGTCTACTTCT
CTACCATGGAAACGCTCCTTGATGGTCATAATCCTAGTTGGTTCATGTCTCTATGCATGG
AGACAGGGGAGCTCTCCACGCTCTTTCAGAGGAGATTTGACGGCCATCCCCATCCCTACA
TCATGGCATGGCCTCCTTGTTTGATAGACAACCAGGTGCACCCTCAATTCGAAGGTGCTT
GATGGAATGCGGACAAGGTATCATAACATTTCCTTCGTTTGGCCACTAGATGGTGTTGTC
CGGTAGTGTTATCTTTAAGGTGACAATGAAAAAGATATTCTTTGAGAAACGAGCAAATTG
GACTTGTATATTTGTAGCATTTGCCAAATGCATGCTTGTGTTTTTATGTTGCTGCATTTC
TGGACTGGTTGACATATTGCATTCCTCCTCCTTTGATACATATATTCCGCTTTCTAATTG
GCCCGGTTGTCATTTTGGTTCGATGCTTCTGTTGTGTTGCCAGTTGCACTGAATTTGACA
GTGTTCACATGTAAATACTTGTAAGAGTTTTTTTTTTCTCCTAAGCACTCCCTTGTTTTG
TTTTCCCTCCCTTACCTTGATATTTGAAAATCTACTTGAATACTGTATCCAATATGGGAC
TCTTCCCATGAAATATTTTACATTTGGAACTCCTGTGGATGAGATTAAAATAAGAATTTC
GGCTTGGAAACCCACTAAGAATAAGGCAGAAATTAGGTTAGCTGGATGGCAAGGGTGATC
TTGACTACTGGTAGTTGACTTGTTGTGGTTAAATCATTCCTTCGCAACATGCCTCTTTAC
ATGTAGGGTTAGAAAGGGAATTGATTTTTCCAGAGCATAGTTTGCTATGTTATGAATACC
AGCATATTGCGAAATATCATTTAGTAGGCTGGTATATATTTGTAGACCCAAATAACAGAG
GATCGCCCTGTAAAGTCAGGGGTCTTATTAGCAATATGGCTCTGTAAACTTAGGACAGAT
GATTGCTATGTAAGAAAGTTTATACGAGAAATATGTCAAAACCAGTACATTACTGGTATT
GAACACAGTAATGGAGATTCTCAATTTCTGTCAGGTATCCCTGATATCAAAGATTCATTC
TATAAGAATTGCAGAAGAATTGTTGGGGATGGAACTAATACCAGATTCTGATGGCTGGAT
AGAGAACCTCTCATCTCTTTGTTTCTTCTTTCATACGCTATATAATATCTGTCGTAGTTT
TGGTATCTCTGTTTCTGAAGTGCTAAATGAGGGGCAGGATGCCACGTTTCTGAAGTAGGG
AATATGATCAACAGCTGAAACAAAACAGGACATGCGATCATACCCCTCCTCCTACGAAAA
GGATGGAAGGTTGAGATGCACTGAAATTTGTGTGGAACGAAACCATTGTTTATTTATTTC
TGTCCTGTTCATTTGTGAGGTTTGTGTGGAATATTAACCTGATGTGCTTTTAATCTCTAT
TTTTGCTGGACAAACTTGGAAATAGGAAAGGTTTCTTCTAGTTACTGTTGGCATGGCATC
AATTTTTTTTTGGACAATCTGGCATTTAGAAATCAAGCTTTGCTTTGAACAGAAGCGAAT
CTCTGATCTTTTATTTTGATTTCTTCGTATTGTGAGTCATTGGCTAAACTTCTGATTCTT
GATGCAGACAAAGTTAGAAAACCGAGAAGAGCCGAAGTGGGGGGTAGAACTGCTTGGAGA
AGCGGGAAATGAACTCATCAGGGCAACTAAAGATGGCGGGGCAACGTGAAGTTGATTGGA
GGTCGTCTTGCAAACCGAATACCTGTTTTGTTGGCTGGTAGTGTTGATTAGGTAGGCTTC
GATAGTATCCAGGATTTGCTGTGCTATATGATTGTGTGTTCTGTGTTGTGCTGATTTTGC
CTTGTTTTATTTAGTACTTCCTCCGTTCCTTAATGAAAGTCTTTTTAAAGATTCTACTAA
GGACTATATACGAATGTACATGGACATGTGTTAAAGTGGAGATTCATTCATTTTGCTTTG
TATATAGTCTGTAATGAAATCTTTATAAAGACTTATATTTAGGAACATGGGGAGTATGTA
TATATCACATTGAAGTTTACTCCATATCGTATACAGCAATGTAATTACCGAGATGAGGCA
GGAGAAATTAAGTCTACATAAGAAAAAGGGGGCAGCCCTTGCGCAAGGTCCGGGGAGCGG
TCCGACCACTTTGGGTCTATACTATGCAGCCTTTCACTACATTTCTACGAGAGGCTGTTT
TCAGGACTTGAACCCAACAGCTTTATCGCCGCGCCAAGGCTCCCCTTCAAATTAAGTATG
CATATTCACCATTTTTACTACCCCACTTCAAAATGCGAGGCAGAAAACGATGAATTTTCT
TACTTACTTGGTTATGAACTCTTGGTGATGTCAGGAAATGTATGTGAAAAATGCCAGCAT
CCTTCTCATTAACGGGGTTGTATCTGGATACTTTCTAGTACATCATAGTTATTGAAATGA
TGTGGGTCTTTGGGAACTTCAGTGACCGTGGCTCTACTTTGGCTTTCTAATAGTTTAGCT
GACAGGGAGAGCTCCCTATATCATCCCAGCGTGTGAATGCTGATGCGGTAAAGTTTGTAC
TCGAGGCTTTTGGGTTTGGGACAACACCAAACGAGCTCTCAGCCGAGAGAGACCAGGTCC
CTGCGTGGTGGTAAGCTCAACTATATAAAATATAAACCGCTCAGGTATGTAAAAGTAGAT
CTCACCTCTGGGAAAGTCCACGCCGTGCCTGGCAACGAAGCAACCCCTCTGTCCTCTCTC
TTGGCTGCCTTCGGAAGCTAAGCCATCTGCGGCCGTATCGCGGGCTAGGCAGCATCAATC
GTTCCATCTCAAGCTCCATCCGTCCGCCTTGTCCAGGTAATTACCAAAAGGGTTACAATT
CTTTGTCTTTTTTTCATTGGTTAAAGCTCCATCTATTAAAGCTTCTTCATGTAACTACCT
AAACTTTTTTCTTTTTTGAAATATTTAACTACCTAAACTTACTCGTGCTGTTGCAAATGG
TATGATGGCTCATGGCTGGCTTTGTACAAAAACCAACCGCTAAATCAAGCTGCTACAGTA
CAGACTTGGCCTGAACACGATCAGAAGTTTCTCAAAATTTGCCGAATCGTGCACAACCAA
CTAGCGCAAGTGGAATTGATATATTGTCTTTTCATAGTATATTCACGCATTCATGGAATG
TAGGAGTCACTTATGCAAGCTTATCTTTTTGCAAAATAAAAGGTTGATGTTTGTTCTGTA
ATTTACAGATTATGCTCGAGTCAGTTTTTTTCCGAGAAACTTTTACTCGAGTTATTGGGG
AGTTAGTTTCGGTTGCATCATACATACAACACGATTGCCCTTATTGTTTCAGACATACTG
TGGTAACAATACCACATGGACCGCGAAAGTAATGCTAAACACAGTGTCCTGGAGCTCATG
CTACTCGATGCAAGTGCAGAACCGATGGATCTGCCTCTATCACTTCTGGAAGACATCACA
AATGGTTTCTCTCATGATCAGCAAATTGGCAGTGGTGGGTTTGCAGTGCTTTATAAGGTA
CATTATTTCTCAACTGCCCCATTAGGCCATTAATATTCTCAATCATATAGTTGATCTGAA
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TTGCCGTGAAAAAACTGTCAAAAACATTCGATAATCACGAGAAACAATTCCATGAAGAGG
TTAGCTGTCTGATGAAGGCGAAGCACAAAAATATAGTTCGATTTCTGGGGTACTGTTCTG
ACACACGAGGCAAAATGGTAGCCTTTGAGGGAAAGCTTGTCATGGCAGATGTTCGGCAAA
GGTTGCTCTGCTTCGAGTATCTACCTAGAGGGAGCCTTGATAAGTATATCGCTGGTAAGA
TCATCTGGCACGTAACATGTGCTTCCATGATTCCATCTTCACTTTCTTTATCAGTGATTA
TTAAATATTATATGGCTCAAGCATTCCATAATTGTAGCACGATATGGTTAAAAATAGCAT
CCACAATTACAAAAGGATATAACTAATTACTAACTGTGTCGTGTAGTACCTGTCAACAAT
TTTCTGATATTGAACTCCTCATTCTTCTCACCATATTATAGGATCATCTTATGTACTTCA
ATGGAAAGAGAGCTATCAGATCATCAAAGAAATCTGTGAAGGGCTACATTATCTCCATGT
GGAGCGGCGTATAGTCCATTTAGATCTTAAGCCTACAAATATATTGTTGGATTGTAATAT
GGTTCCGAAAATTGCTGATTTCGGTCTCTCAAGGCGATTCTGTGAAAAGCAAAGCCAAAT
TCTTACTGCAGAAGTGAAGGGTACTTTGTGAGTTATCTATGCCTCATGCAATCGTAATCT
ATTCCTCCCCCCCTCCCCCGAGTGGGTAAGATCTATATTGTTCCTTCTCTCATTCACTGA
TCCAACTTAATGCAGGGGATACATGGCACCAGAGTTTGTAAATAATGGACAAATTACATT
CAAGTCGGACATATATAGTCTTGGCATTATAATCACAGAGATACTGACGAGGCAGAGGGG
ATATCGTGATGTTGAGGATGTAAGACCAATCTTTGTTAACATTCCAATATAAAAGGCTAA
ATTTAACATGACTCCAGGGGAGGAAGAAACCCCTTGGTCTTTTTTTATTAATTAAGAAGA
GCATGTGACGGCCTGACACTGGGAGCATGGGGGCTCGAATGCAGGTGGGCAGGGGCACAT
CAGCCTGCCCTTGCCTCGGTCCACTGAAGGCTTGATTTTAAAATAACCATGCAACACTTT
TACTTGGTATTCTTTTAAGTTCCTTCGTAGACAAATACATGCAAACATAGAAACTAAAAG
GTATTACTGCTAATTTGGCTACTTCGTGGATCGACTCTCTCCACGGCATGACGATGGCAA
CTTCTAAGGAAAGCTTGGAACACAACCATGATGCACCTGGTGGATGATCTCGAAAGAGCG
GAATGTGCACATGTTTGATAATGGAGCAATCAATGAAGATCAACTAACTAACAAGATCAT
GCAAGGGCTCCACTGTTGGCACCAACCTAGTACCTAGAATTACGGCTGTAGCCCCTTCTT
CATACACGAGCCACCTTGAGCTTGCTAGCCTATTTTTTCCTTATGAGCCTGTACATATCC
TACTTGTATTTTCCTTGCTGTGCCAATTTCTCTTAATGAATGGAAATTAGCGCTGCTACA
TTTCATTAAAAAGGGTATAAAATACAGTCATATAAATATTAATTACAGGAAAACTTTTTA
CTTGTTTTTGTCATACCTGAATAAGCAAATTTCATAGTTGTGTTTAATTTAACTTTTCGG
CAATTTTTACATTGTATGTACTACTATTACATTCTTTAATTTAATAGTTTCCCATCTCAT
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AGAGAGAGATACATTTGGAACAAGTACGAGTATGCACTGAGATAGCGAAAGAGTGCTCTG
ATTATAACCCAGCAAATAGGCCAGCTATACAAGATATAATTAATAGGCTTGATGAAACAG
AAAGTGTGGGTGGGTCCATTGAAACTCGTGGGAGTACTTTATCAGTAGCGCAGGTAAGTT
CACCAGTTGCATAGGCTTAAATTCCCGTGAATCTTGTGTACATTTCCATTTTCACTTTTG
ATCTTCGTGGCTGGTGGATGAGGTGATGTTTCGTTGGTTATTCAACAGGAAGAAAAGGAC
CCCAGTGAGCAGCATCAGTGGACACCTAAGGTACCAGGAGAGGCAAGCGACGAGGTGAAT
TCTCCACTAGACTATGGACTCGCAAACCAGAAACATTAAAGGGAACCAGACCATACTTAC
CTATAGGAGGAGAATTTTCTATGAATAGTTACCACAGAACTCATTAAAGGCTTCATTAAG
GCAAATTCAGGTTTTAACGGTTTAAAAGTTCTTAAAATAATATGAAACAAATACTGGAAT
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CCTCGGCAATATATATATAAAAGAACCGTGCATCTCTTTTAAGAGTGTCATCTGAGATCA
GGAGCTCTTTTGAGTTTACGAATACCTAAGCATAGTTTACCTCATACATACTCCCTTTGT
ACCTAGATACCTGTTGTCGGGGAACACTAATACAAGTTTCCCCAGCTACACGTATTGTGG
TACGGAGGGAGTATTTTAGTTTTACAATTGATGCAACTAATTTTTAGTTATTGGCAGGAC
TGTCGAATGGAGGTGGGCACAATTTTGATGAAGCGCTATGAAATTGGGAGACTTATAGCA
CAAGGGGACCTGGCCAAGGTATATTATGCTCAGAATCTCACAAGTGAACAAGATGTTGCA
ATAAAGATGATTGATAAGGACAAGGTCTCAAGCGTTGAGCTGATGGTGCGTATAAAGAGG
GAGATGACACTAATGAATCTGTTAGGACATCCAAACGTCCTGAAACTTGTTGAGGTTATG
GCTAGCAAGAGCAAGCTTTATTTTGTTTTGGAGTATCCTAAAGGAGGAGACCTTTCCACC
AAAATTGTCACTGGAGGGTTACATGAGGATGCTGCGAGGAAGTACTTCCGTCAGTTGATT
AGTGCCGTGGAGTACTGCCATAGCCAAGGTGTTTATCATCGCAACTTGAATCTAGAAAAC
ATACTCTTGGACGAGAATGGCAACTTAAAAATCTCTGATTTTGGTCTAAGTGTCCTACCT
GGATCCAGGGAAGATGGCCTCTTCCATTATCCCTGTGGAACTCCAGCTTATGTTGCTCCT
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ATTCTATTTGTGCTGGTGGCTGGTTACCTTCCTTTCCAAGGTACAGATGCTACAGATTTG
TTTAATAAAATTTCCTTAGGGAAGTATGAATGCCCTTCTTGGATTTCTGTTAAGCTGAAA
GATATACTATGTAAGATTCTTGATCTAGATCCAAGCACCAGGGCTTCTGTTTCAAGCATA
AAGGCAAGCGCTTGGTACAGAAATCACATTGAGGTAAAGGCTTGCAAAGGTGAAGCCACA
ACCTCTGAAACGACAGAGTGCAGTATGTTATCAAAGGGAAAGACAAAATGCAGTAATTCA
GTGGGGAATCAAGCGCCATCAAGCTTCACACACTCGAATGCAGTTGGCGTCATTTCTCTC
TCAGTGAAATTTTACCTATCCAATTTGTCTGAGAAAAAGTATGGACTGTGGGAGAACAAA
TTTACCGCTAGGCTGCCAGCAGAAACTTTATTTGCCAGGATAAATGAATTGGCCGAGCAG
TTGAAGCTCAAAGTTAAAAAGAAAGAAAACGGTATTCTGAAATTGGTAGCATCAGAGGAA
GGAATGGGGAGACTTGAGCTTGACGCAGAGGTCTTTGAGCTTGCGCCTTCTTTTCTATTA
GTTGAAATAAAAATAACAAACGGAGATAAAGAGTATGAACTACAGATGAAAGTGAAAGAT
GCAGTAAGGCTTATATTCAAGGATATGGTTTGGGCTTGGCAAGATGATTCGCACTCGCAA
CAACCACAATTTACATTGTTTAGGTAGAAGTGAGGCACCTACGTAGACATAAACCATGTT
TGTGCTGACTTTCAACAAAACTTTATTGATTTCTGGGAATTTCAGTCATTTCAGTAATAC
GCACGAACTCAAATAAATTTCAAAAATTCTGTCAGAATTTCTCAAACTTTGGTTTCAGCC
AATTTTGATTATTGACTTACTTTGGCCAAAAGACTAATCGCAATCACTGAAATCCAGTTA
ATTTCAGTTGTGGCGGAAATATTTCCGATACCGAAATGCAAAACCAGCCAAGTCACCTTT
GGCATCAAGCAGCCACATGAATAATATGCCCACGGCAAGTCTGCTACTACAAAAGCCCAG
GCTTGTATTTAAGGATGTGGTTTGTGTTTGGCAAGATGATTCGCACATGCAACAGCCACA
ATCTATTGTACCTACCGATTTTCTTTTCTTCTTTGCCAATTAAAGCTTTTTTTTTTAAAG
ATCCAGCAGCTGGCTGGCTTATATTGAACAAAGCAGGTAGAAAGGCAGGCTACAACAAGG
TGGGATTGATCCTAAGGATCAAGGAAAAAAAAGAAGAAGAGGAAAAAAGGGAACAACATC
CCAGAAAAAACCTACGTAACTTCTTCCGGTGATTCCCCGAATGGATGCTCGAGGCAGGCC
GCTCCCGCC