Map Locations of contig_442015 (6235 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location No map location




Predicted Genes from contig_442015

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60139 1 580 bp AK370623 Available Available None
MLOC_60140 1 1575 bp AK376772 Available Available None





CDS Structure of MLOC_60139






CDS Structure of MLOC_60140






Contig Sequence (6235 bp)

>contig_442015 6235 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGGGCGCAAGCCGCGACGCGTCGAGGTCGAGGCCCCGGCCGCCGCGGACGCCTCCACGCC
CCGGCGCGGGGACGCGAAGCACCTGGCCAACGGAGGGGACGCGGCGATGGCGGAGCTGGG
CCCCGCCGGCTGGGAGGAGGTCGTCAGGGTGGTGCCGTCCATGGACGCGGTCGTCAAGGT
GTTCTGCGTGCACACCGAGCCCAACTTCTCGCTGCCGTGGCAGCGGAAGCGCCAGTACAG
CTCCAGCAGCAGCGGCTTCATCATCGGCGGCCGGCGCGTCCTCACCAACGCCCACTCCGT
CGAGCACTTCACCCAGGTCAAGCTCAAGAAGCGCGGGTCCGACACCAAGTACCTCGCCAC
CGTCCTCGCCATAGGCACCGAGTGTGACATTGGTGCGCACGCTCTCCCTTTCTCTAGCTT
CCTTTGTTTCTTGTATTTACGTTTTCAGCATATAGGTACCTTGTTTGAACTTTCATGTTG
TGGAGTAGTTGTATTAATTATGGCGTGAGAGTGAGAGGCCTGGCATATAGTGGCGACCAC
AATTGGTGGCAAGATTATTTCTTATGGACTCAAATTTTAGGTATTGCGAAGGAAGTTGAA
CGTATGGATTTGAAAATGCAGAAGCATGTACAGACCTCGTGACTTTGACCATATGTTCTG
TTGAAAGTTAAAACGAACTTCTATGTTTGCTTAATTGTTTTATCTTAGCATCAGCTCTTG
GAGATGTTGCAATTTTTTATCTTTGAACTTTTAAATGTGAGTGGAGCAGAATTTGTATGT
TTGCTTATTTTTATATTCTTGCTCGGGTAATAGATTACATATGTAAGTGCTTAGACGTGA
TGATACTATGTGTAGATTGTCTTGTCCATATCTTACACGGGCTAACTTGAACTGATCTAT
TCTATCCATCTCAGCCCTGTTAACTGTCAGTGATGATGAGTTCTGGGAGGGAGTTACACC
AGTTCAGTTTGGGTCGTTGCCAGCACTTCAGGATGCAGTCACTGTTGTTGGTTATCCAAT
TGGTGGAGATACAATATCAGTGACAAGTGGTGTGGTCTCTAGGATAGAGATACTGTCCTA
TGTGCATGGTTCTACCGAACTTTTAGGGTTGCAGGTATGTTTTCTTCCCATTTCTTCTCT
TCCCTCCATTTGACTTCTATGATAGCTATATTTGTACTTTGCCTTTTGAGGAATCATAAT
TTATTCATTAACCTATCATTAATACCTTTTAAATTTGGACCTTTTCCTGTGGACAGATAG
ATGCAGCTATTAATTCAGGAAATTCAGGTGGCCCAGCTTTTAATGATAGGGGCATATGTG
TTGGTATAGCTTTTCAGTCTCTCAAACATGAAGATGTAGAGAATATAGGTTATGTGATAC
CCACTCCGGTTATCAAGCATTTTATTCAAGACTATGAAAAATCTGGAGCATATACAGGTA
AACAGTCATATTCCATAATTGTATGAAAGATGCATTTGTGTATCTTGTTATGATCAGTGT
TTTCATTTTACTGCTAGCCTCGAGTAATCTGAACTTACTCATGACATTCTTTTGAACCAT
TTAGTTGGTTTATTTGAACTTGTCAAATGATATTATAGGCATTGTTTTTACCAGGGTATG
ATCTGACTGTTCCTTATGACTTTGCAATTGTTTGTTAATTTTTATTAGTTATTACAATTT
TGTCTCGTATAGTGTTTCCCTCTTGTTATTTTCATGTCCTGTGGTCGGATGATTGATATG
ACTAGTGTAATCGTATTTGTTTAGGTTGGTTAATGACGACATTAATAAAGAAGTAAAGCC
AATATATAGTGATAGAGTTGCGTTCAGTGTTTCCTCTTATTAGTTTCTGCAATCTGTCAA
TTATTTGCTTAGTCATTCTCTTGCCTTGTAGATGCATTATTTTGATTGTTGTCTCTTTTC
CTGTATTGTTTGATGTATCTTGCAAATGAAAGCAATCCTTTATTAAGAAAAAGTTCGTTT
GATATATGCCTTCATGTCAACCTCCGGTTTAATGCTTAATATATGGTGTCCATTTCTATC
TCTTTGACCTTATGCATTTGTTATGTGATTTGATTATTATCTTTTGTGATATTATTGCAG
GCTTCCCTATAATTGGGATTGAATGGCAGAAAATGGAAAATCCTGATCTCCGGAAAGCAA
TGGGAATGAAACCTGATCAAAAGGGTGTTCGTGTTAGGAGGGTGGAACCTACTGCTCCCG
AGTCTGGATGTCTGCAACCATCGGATATTATTCTTAGCTTTGATGGTGTTGACATTGCCA
ATGATGGTACAGGTTAGTGTACTGGAACTTGTTAATTCAATGCCCTATATTGGAACTTGT
TAATTCAATGCGCTATATTTTGCTCTACATAGGTCTTTATTATACCTGTAGGAGACCAAT
TGCTGTAGTTAGTATTTACTATCAGTTCCACAGTCTTCTCGTGCTCTAGATGCGTACCAC
ATTTATCTCTTATTCAACAAATTGTACTTTCTATATATATGGAAGTATTCCTTAAGACTT
TGTTATTTTGTTCATACAAATTCTTCCTCCCTGGTTTCCAATGACTGTTCTGACTAAAAT
CATAATTCACATACCTTGCAACACTTCAATTTCTGATTTTTATACAGCTACCATGTTTGC
AGCTGCCAACATGATTGATGATTTTTCTCCATTTGAATCTCGTAGATACATGGATGTTGT
CAAATTTTCTTATGTGGTCCTTAAAATATTCTTGCGGTGGTTTATATTGGCGAGCTTTTC
TTTCTCTGTATAAACTTTCAAGCACCTTAATTAAACTTAGTTCCTGAGAAAATCAAACAT
TCTCACTTAAACAATAAGATCACTTATTTTTATTTACTTACCCCTTTTTTTGGTCAATAG
TTCCTTTCAGGCATGGTGAGCGAATTGGCTTTAGTTATCTTGTTTCTCAGAAATATACCG
GTGACAAAGCCCTTATCAAAGTCCTGCGCGACTCAAAAGTTCATGAATTTAAAATAAAGC
TAGCGACCCACAAGCGGCTCATTGCAGCTCATGTAAAGGGCAGGCCACCATCATATTACA
TTGTTGCTGGCTTTGTTTTTGCAGCCGTCTCTGTTCCATATCTCCGTTCTGAGGTTTGTA
CCTATCTTCTTTTTATGTCCTGTTTCCAATGCATTGAATAATCAACAAGCAAGAGTTTAA
TCCTTGTACGCGTAGGCTCAGTGTCTTGAATTTCAGTATGATTTGTTTGGATCCTGATTT
TCTTGATCTTAAAGGGAGCCGGTAACGATTCGAGGTCCTGCACACTACTATCAATAGGAT
TTGATGAAAACTATTCATCTGGAATGTTTCAGTGCTTATACTACTGCGGTGTTAATGTTG
TCAATTTATGTAGCCATCAGCTAATAATAACCTCTTTGATATTAGAAATTCACTTGCATA
CAGCTCTTAGTAGTGAGAGGTGCTTTAGGCAGCTAATTTTGTTTTTTAGTAGATGCATCT
AAGAATTTAAAATTAGTGCACCTGTTACAAATTAGAGCTGTGTTTCAGCTGATGTGTATA
GTGTAATCTTTGATAGTTACCATGCAAAGAAGTTGCTTGGTTTCTGTTCTGATCTTGCTT
GATATTATGAAGCAGAACTAGGGCTTATCATTTTTCATGCAACTTTTCTTCTTAGACAAT
CTCCCTGGAAAACACCACACACAACTTTTATCAAATCCTACCTTTTGCCCTCTTATGCAG
CTGTTTTCATCTCTGTGAACTTAGTTCTATTTAAAGATAGTGCTAAATGGACAAAAAAAG
ATACTTCATTAAGCTTACTTGATCTATTTATCAGTATGGGAAAGACTACGAATATGATGC
ACCTGTCAAGTTGTTGGTCAAGCATTTGCATTCAATGGTGGAATCACCTGATGAACAGCT
GGTGGTTGTATCACAGGTTAGAAGTTCTTCCCATGTTGTCCGTGACATCTCTGTTCTGAT
ACGACTGAAGTATTCATTTAGCTCTATAATGAACTAGAATTTCTTTTATCTTCTAATATG
ACTGTATGCATTGAACCCTTCCAGGTGCTTGTGGCAGATATCAATATCGGTTATGAAGAG
ATTGTCAATACTCAGGTAACAGAAAAGTTCTGAGATCCATTTGCACGTGTTACTTTGGTT
GATTCTAGCAGTTCCTTCCACACATTTTGCATTTTTGCTGAAGTATATATACTGACACAC
TGGAATTCTGCCAGAACCCTATTCTTTACCCCATGCATTTATGATATATTGATGTGGTTT
TGTGACCTTCAAATATATTTTTCTGCAGTTAAGTTTGAAGTCTAATATATTTGTCAGATA
GGCGCTCTCAGTGCCATGTTGGCATCACAGTTACTCTTTGATTCGGACAGTTGATTCTGA
AACTTAATGATTAACACTGCATGTTGGCTATGACTTGTGTGCTTTAGTTTGGTGAGGAGT
GACTAAAACCTTTTATTGTCATCTTGTTGATAGGTCCTTGCCGTTAATGGTCATCCTGTG
AAAAATTTGAAGGACTTAGTGACAACAGTGGAAAATTGCAAGGATGAGTTCTTGAAGTTT
GATTTGGAGTATGACCAGGTAGACCCTGACTCTTTTATTTGGCTATTTCTATTGTAAACA
TCTGTCATACCAAACATGTTAACCAAGTCCCTGGCTAAATGCGGATTAGTGGTCAGTTTT
TTCTCAGATTCTACCAGTAGTTCGTCATGATTAGTCAGAGTTTCTCAGTAATGTTACTTA
GATCAAGCAAGTTGGAAGATAGTGTTGACAAGTAGCCCCACATACTGGGTGTTGATTTCT
AGTTTATGTATCTCTGCAGCTTTACCTAGCTAATACCCTATTTTAAAAATCTCTGGCTGA
CTTTTTCTACGCTAAAATCCCCTTGGTATCTTCTAATTGATGATGCGGTATGGTGCAGTA
TATATAACAATAATAAGAAAAAATAGTCAGTGATGACAAGGCATGACTGCTCTTTTTCTC
TTGCAAAATCAATGATAACGAGGTCCCTGTTTAATGCGGTCGCTTTGTTGGCTGATGTTA
ATCAAGTAACCAATTTTATATGATTTGATTTGACAGATTGTTGTCCTGGAGACAAAAACC
GCCAAGGCTGCTACCCAGGATATCCTGACAACGCACTGTATACCGTCGGCCATGTCTGAT
GACCTGAAGACCTAATGGGAGCCGTCAGGTGGGCCCTGTCGGGGTCACGTTTTTTGGTTG
AACACCAGCCCAGCACCGGCAGAAGCCCGAGTTTATTATACACACAAACCTTGGGCCAAA
GAGCTTCTTCACCAAAGAAGGCTGAGAGTAAGCGGGCGTCACATGAGCATAAGCTGGAGC
GGTGTCCAGCAGCGAGTCGTCATCATGAAAGTGACAGTGGTTAAGTAATAACCATGATTT
CATTTTTTTTTCAAAATTAAATTAAATTATTGAGGAGAAGAGAAGTTCATATTTTTGCCC
GGGCCTCACCAAAAAGTCCAATACAGCCTTGTCACCTGTTACAATTTATTAGTGATATAT
GTTCGCATCTGCTCTATCGTTCTCACATACTATGTCTTGTTGGGTTTAGTGGGTGTGTAA
AGAAGTGTCCGCCGCCGGCTACTGACATTGTTTGAGCTTTCATTCCCAATCTTTTCTGCT
TCGTCTTGTCATGCTGTGGTACTTGGAAGATGAAGATGAGCTCGCTTGCAGCTCAATCAA
GTAGGAACTTCCCTGCTGCGTGCATCAGTTGCTGCCAATTGTCAAAATGTTGCGTCTCTT
GCTTCCCTTGGGCGTCAGGCTTTGCTTGTCTGGTGGCTCGTCCAGCTCCCGTGCCTTTAT
TTTGATATGTGGTGACGGAGACGTGACAATGTCGACAGGCAGGCCGGTCCACTGAGGAAG
TTGGTCGACTGGTCTTCTGCGTGGTTCGTTGTCGTCCTGGTAGTCAGTAGGTCACTCGGA
GGGTCCCGAGTGCTTGATACGTTTTAGTCTCAAAATTTGCTAGCCCTCATCCATGCTTGG
ATCCAAGTACTAAAGAGACTAAAATCAAGTTAATGAACATTTATTATCCTTCAAACCCTT
CAATCCAAAACTTATCTGAAGAGTTAAATGAGGAGAGAGAGTACTAATGCACATTTTAGT
AGGGGTACCTCTGACTAAAAGATTTTAGCCTCAAGACTAGTTTTAGTCTCTCTTTAGTCA
GGGGTGTTTGGAACTTTAGCCTCTTAAAAAGACTATTTTTAATCAGACTAGTTTT