Map Locations of contig_441975 (13966 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_441975

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60118 3 2856 bp MLOC_60118.1 Available Available LOC_Os03g21530.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13103.m02580 protein AARP2CN domain containing protein, expressed





CDS Structure of MLOC_60118






Contig Sequence (13966 bp)

>contig_441975 13966 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGTGGCCCACAAACCCCGGTTCTTCTCCATAATTCCTTATATATTCCAGAAATAAGTCAC
AAAAACTTCCGTCTGATATCGAAAACATTTATTTCTACACAAAAATAACAATAGGCAGTT
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ATAAAAATGTTCTGGAATTTTAAAAAATGTTCCTGTTCTTTAAATTTGTTCAATCCGAAA
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AAAAACGTTCACATGTTTCATTTTTGTTCACAAATTCTAAAATATTTTGGAATTTCCATA
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TGTTCATAGATTTTCAAAATGTCCACTGTTTTCAGAAAATGTGAGTTCCCTAAAAATAAT
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GTGTTGCCTTTTCACCACGATCATGAAGCAATCCCAGTTGCTAGCTACCTCGCTCTAATG
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CCCCTTGCAGTTTAATTTTTTTACTACAACGCTGGCAACCTGCGGTCGACCCAGGCGGGC
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CGGAAGGGGCCAGCGGTCTGCTGGGTTTCTCTCTCGGAAAGTGCGGGCTTTCTCGCCGCT
TGTTTTGTCATCCGTAGATTAGTCAAGTATTCGGCTGGCGAGCAGCATCCTATCTGTGTG
CCTGTAAGAGCCTCGCTTAGGATGGACGATTCTGTTTAGTGCTTGATTCATGCCCGAATA
TTCTTGCACTATAAACCATGGTTACCGTTTCTTGTTCCTTTTTCCTGTCTGGTTTTGGAG
GCCTTCGTTTAATTAGACTGCCATGCCTTCTCCCAGGCTTTTGCCTTCCGTTCAGCAACA
AAAGCGAAGCGGCTACAATCTCGATCAGCGGAAATTGAACAACGCCGTCTCCATGTGCCA
ATCATGGATCGCTCAATTGGGGAACCACCTCCTTTTGTTGTCGTAGTCCAAGGACCTCCG
CAGGTATGATATACTAGCTCTTGCATGAAAATAATGCCTATGTATTGTTCTCTGACCATT
AGTTTACCTCAAATTCATCAGGTTGGAAAGTCGCTGCTGATAAAGTGTCTAGTAAAGCAC
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ATCTTTCACATCTCATCATACATTAAAAAGCAAGTGCATAATGCTCTTCAAATTAACCAG
ATTATTGGGAATATGTATATATTTGTTACACATAGGTAAAAGCAGGAGGGTGCAGTTCTT
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GCTGCTTATTGATGGTAGCTATGGATTTGAGATGGTATGTTGTCAAAGCTGCTATTCTTA
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GTGGATTTATAGATGCACCTAAGGAGCACATACCCATCGACTTATATTCTTACATAGAGA
TGCGATAAAATGCCAGATCTTACTCCCCTTGGATAAAATGCCCCACCTCACTTTATAAAT
TATAATCGACAGCGAGCCATCTTACTTTGTCATCCTTCTTTCAATATTTAAATCATTTTT
GGCTAAATGGCCTCCAAGTCAGGCTCAAAAAGATCAAAATGCTCCAGTAGCTTCTTCTTC
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CGGCTCCACCCCACCTTGATGGCTGCTGGAGCTCACGATGGTGTCTACTCCCGTTGCTGG
AAGGGTTGAGCTTTGCCTTGGCCTGACCCAAATGCACTACTCCCCTCCGCGTTGCTTCCC
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CGAACTCTTCACTGTACTCCACTCACGCAAGCTCCAATAAATTGCTGCACCACTTGCTTT
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GAATATGTAACAGTACATGCGAACCATCTATGATTGCACTACGTCGTTGCTGTTGATTGG
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GGCTCTCAACGCCTAGCTGTGGCAGAATGCCATGTCACCTTGACACGGTTCTCTCCTTGG
TTGGTGTGCATGATGAGGGAAGCTCTCGCCGCAGTTGATCAAGCGTGGGGAGAAGGCGGC
GGGGATGAAAGTGCAATGAGAGGGTTGGAGCTGACGAAGATAAAGTGTATTTGCCTTCCC
TGTGGCTTTTGGATAGAAACCCCATGCGTTGCCACGGTATTGGAGATTTGATTTCTAAAT
ATTATAAGTTTTTTGCAGCAAATAAACAATAATATTAACATAAAAATTTAAACATGTCAC
ACTTAAATGGGTAGGAGTTAAAACCCACTTAGAATACACTATTGCATGTTGCATGCATGG
TAGGGAGGCCCTCATGTCCAGATCAGGCGGTTGCTAGTGAACCAAGCTAGCAAATCTAAT
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ATGTTTGCTAGTGGGGTTTGCCTATATATCTTGTATAAATACTCAAAATGGCATTCTGTC
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ATTACAGTGATTAGATTTCCTGTCCATGACTATTTGGTTCCTTTTTTCATGTCTCAGTGT
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CCTGTTGTTTTGATATATGTTTATCTGTTAAATCTTTTCTGTTAACATTGTACTAAAGCT
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CGAATAATACACAAAGCTTTCATTAATGATATGAACTCCTGACTTGCAACCACAGGCAAC
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TGAGATTGCTTGCAATTGGAGTTTTTTCACGTATGCCTGTTCAGGATAACATTTTTTTAT
GAAATGACCGTGCATAAACATGCTTTGGTAAACAAGGATATTTTAAGGCCAAACTGGAAA
CTCAGTTGACTGCTGATATTGTGTCGCTGACCTGATATTGCATTCAAATAATGTTGTGGC
TTATGAGTGTTGCTGAGACATAGATTGCAAAGTGAGGCTGGCTGCTACATAATTGCTGCT
TGTGCCTCAGAAAAATAATCTTAGTAGTGAAACTTTTGCTGGTGGACCAGTTATTTGACT
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GACTTTCCTTTAATACAATATTTGTCTCTAATAGTTTATCACATATCTATGCTTAATTGT
TTGCTGGGATCCTGATCATGCTACAGGGAAAGGTAATGATGTTGGTGTGGCTCTAGTAAA
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CTTCGGCAGACGGCCTGCTGCTCAGTCCGAAGACAGTGACATGACAGGCAATGCCATTTC
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TGACGATGATGCTGATGAGGTTTACCACTTGCCCTTAGTATCAATGCATATCAGTGGATA
GCTTTCTTTCTCTTGTTTTGTGTTAATACTTAGTTTATGATCCTTTTACTTCCCACAAAT
GCTTTATGTTTAAGAAATAATTGTTGAACATGCATTTATTTGTGAAATGTAACCCACCCA
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GTGACATTTTGTAGGCATGAACTTGTTTTTTAATGCTTCTATGGCATTATGGGGTTTCAC
TCTGAGTCTGTAAAAATATTTTAACCTGGTTTTGAAATACAGGGCTCTGATAACGAAGAT
GATAGTCGCAATGAAGATTCTGACGATGACCACCTATCTGAAGGTTCTTTATCATCAGAT
GGTAGTGAAGATCTTGATTCAGGTAGGAACCAATTTCACACACATATCTTACCTCATCCA
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GAAGGATAAAACATTGTCAGTATTTTCTTTTGACATTTTAATTCTGAACTTTTTTATTTT
AGATGATGGAACTGAAAACACTTCGAAGTGGAAAAAATCTTTACTTGCTAGAACACTGTC
CAGACGGAGTGCCAGTCTAATGCAACTTGTGTATGGGCAAGCTTCAGCAGAACTAGACAA
TGACAGCGGCGAAGAAGGTAGCTCTGATGAAGAAATTTTTGTACCGAAAGGACAAAAAAA
GGTAACTGTGTGTTGCATGCATGATAATTAATGGTAGATGAGGTATCTTGTCTTCTCTAG
GATAGATTATTCACGACCTCTTGTTTGATAGCTATATTTGATGAGAAATAGGTCACCAGA
GAAGGGACTTCAATAGACACTTGTTTTCTCTTATTATACTTCAGCCATCTGTATGCTGGG
GGCAAAGAAAGTAGTGCCTAACTGCATTTGTTGTTTGCTATCATTGTTATAGTTCTCCTG
GTCACAATATTTATAAAGGTACACACTATTGCAGCAATGCCCCTATTGCAGTGCTAATAT
ATGTTCATGTGAGCATTTTCCCTTCTATTTTGTATTGCGTGATGGGTTACCTGGAGAATT
TACTATAGTGCAGAGTTCTACATATCTTGCTAGTTTTGTTATTAGTGTGAACCAATAGAT
GACTTTGTTTTGCGACTCACAGCAAGTAAAGAATGAATTACCAAGCTTTGATGATATTGA
TGCTGAGGATTACTCTAAGTTCTCGAAAGTGGAGCTACGTGATTGGTCTAACGAAGATCT
CATCAAAAGCATCCGTGACCGTTTTGTGACTGGAGATTGGTCAAAAGCTTCTCTGAGAGG
CCGTGAGGTAGATGAAAATGGAGAGGGTGATGAAGAAATCGATGGTGATTTTGAAGATCT
GGAAACTGGTGAGGTACACAAGAGCCAGGCTGCTGAAAATGCAGCTGGGACGCCAGGTGT
TCACAAAGAAGACGAACTAAAAGTTGAAGAGCTAAGACTCAAGAAGCTTGCGCTTAAAGC
AAAATTTGATTCAGAATATCCTTAATACATGATCGTTTTATCCTTCTTTATTTCTCTTTT
GATTTGCAGTTTGTTCTTGACGCTCTTTTGCTTTCCTCTCAGACTGGAACATTTCCATGA
TCTGTTTATTTTGACCGGTTTCTTGAACTTATTTTCTTTTTTATTTGATTAGAAATTAGA
AATGCATTATTGCTCATTTATTGTTCCACTCCTTGACTGAAACCTACATATGATGGATCG
GACCTCTCTGGTGAGGAAGCTGATAACGAGAAGAAGAAATCGAAAAGAGAGCAATCGGAC
GCAGGGGGTTATTTTGACAAAGTATGCCGTGCCATTCTCTGCCCTTTTCAGCTCTGCTCC
TGAAAAGAGAAAGGAGACTGATCTAGCTTTTGCATGTTTTCAGTTGAAGGAGGAAATTGA
ACTCCGCAAGCAAATGAATATATCTGAACTCAATGATCTGGATGAAGATACCCGAGTAGA
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GGAGAACACTGGATATATGCAGGTCAGCTATTTTGTATTTACTTTGAGTTTTCTTGATCA
GTAGCTTAAGGAGTTGAAATATGCTGGTGCAGTTACTTGATGTTGGAACTACCAATACTC
TACATAGCTGTAAAATAATGTTACATGGAGCTTCCAACCTTCCACATTTACATCACGTGT
AGATATTATCACGGCAGTCAGAAGGAAAAAGTGGAACAGATCTTGACTGATTATTTGGCG
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AAGTACACCTCCATTCCTAGTTATTGAATTGTTGAGAAAATATTTGATGGAAACCAAGTT
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TGGATATTTTGCGCTAGTTTATTTGTATGATGTTTAATGAACACTATCCANNNNNNNNNN
NTAAATATGTGTGCTGTAGCATCTAACAGGCAATTGCAGGGGATTAATTGGTTCATTTCT
ATTATACTGGCGGTGACCCACATTTTAACATATTACCCTATTCGATGTTGATACAGGTTA
GCTTGAAGCGCCACAGGTGGCATAGGAAAGTGTTGAAGACAAAAGACCCAATTGTCGTCT
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CACTGGCTCCACCAAAAAGCGGTGTACTAGCTGTCCAGAGTCTTTC