Map Locations of contig_44170 (12765 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_44170

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_60075 1 204 bp None Available Available None
MLOC_60074 7 1747 bp MLOC_60074.6 Available Available LOC_Os09g12770.1, FRAME:+1, EVALUE:1e-121, 13109.m01166 protein Myb-like DNA-binding domain containing protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_60075






CDS Structure of MLOC_60074






Contig Sequence (12765 bp)

>contig_44170 12765 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAGAAGGCGGCAGAGGATGCTGTCGCCGCCAACGCTGCTGCTACGGCCAAGTGGCCGATC
GGAGGGTATAACCTGTTTATCTCGTTCCTGTTTATTTCTGCCCTAGTAGTACTAGCTATG
TGCGTAGATGTTTCTGTTATATGCGTAGTATTTGATAGTATGCTCCATGATCAATATGTC
ATGAATTTAGTTAATGACATGTTAGTAATTATTTTATGGATTAATCTACTCAAAAAATTA
CATATTTACTCAACATCTTATCACTAGGCAAACTTAGCAGATTCTGGTTGGAGGCTCCCT
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CTTATATAGCTTACTGCTAATGTCTCTTTTTTTCTTTTACGAGTAGCTTACTACTCATGT
CAAGTGATCATACTTAATACTTCCTCCGTCCCAAAATAAATAACTTTAAGCTAACTCAGT
TTTATACTAGGGAATACTCCGTCTGTCCGCGAATAAGTGTGCATATAGAAATTTTAAGAC
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TTTAATTACTCCACACCCAATGAGCTAAGCGCGTGTAAAAAGTAAGGAGACCATGTGTTA
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GTGCATTGAGAAGATAGATGTATACTTTTTTATGAATAAATTTTAAAATTAAATGTACAT
TTATTCGTGAACGGAGGGAGTACGTACAAACAAAGTTATCACATACTACTCCCTCCGTTC
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NNNNNNNNTTTAAAATATGTCTATATATATCTGTATGTAGTTTATAGTACAATCTTTAAA
AGGTCTTATATATTTAGGAACCGAGGGAGTACTACATTTATCTTGTTCCATTAATTGGTT
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CAGAACTGAAAACATGTGTGCATTTCTGGTTTGTTGACAAATTTTAGTTTGTCATACGGG
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GTGAGACTTTTAAACATGCTTGATTTACCCTTTGTAACAAATAGGTTTCTAGTAGTCCAA
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GAGAAAAATTGAACAGTAAAGGTGAATCAGGACATTGAGAGCAAAAAAATTGTGAGTTCC
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CGATACGGTTTAGAAGGGACGATTCCGTTTACATGCATTTCCAAGATAGAAGAGAATTAA
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GTTTTATGAGTTACTCTGTATTATCTTCTTAAATAATTAGGCGTCGTGTGGTTATTGATG
AGCACTTGCAATAAAAATTAGAGTCAATCAAGATTCATCTTGATCTCAGAGATTGCTCAT
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ACGCGTACCCATTTCTGACGCAAATTTGGGTCACATTTGGACCACAGTTGGACACAGAGA
GGACATTTTCTGTGTCTGTGTCGTCTGCGTGTGCCCGCCCTGACCCACTAGTCATCCATC
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TATTATTTTACTGTCAAAATGTTGCCGTCCACTTGCTTCCTGTTGGTTGCATTGACCGAC
CCATTTTAAAAAAGCGAACACGTATAGACGGACAATCGATCCAAACGGACAAAAAACAAA
CAAAATGTTGTTCGTTTAGGTCGACACGTTGGAGTTGCCCTAACGCACGTACATTAATCA
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AAAAAATATATATTCCTATTTTGGGGGCGCCCGTTCGTTTTCAAAAGCACAGCGTATGAT
GGGTCGGTCGACCATTTTCATGCGTTTGAACGGATCCGCATGCGCCAGATGGACGTGTCC
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AAGCTAAGCTAGGGTTGGGCCTTTCTGACTCCAGGTGTAGGGCGCAGGCTGCGTGACTTT
GCCGCACAATCTTCACTCTACACCTTTCGTGTTCACGATATTACGATCACGGGTCACGAA
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ACACCATAAGTAAAAAACTACATCTAGGTACATAGACAGCATAGCGAATGCAATTCTTAT
TATTGTTGGTATTCGTTGCACTGTCATGATTGAAGATGAATAGATTGAAAGTTTTCTCGG
AAAAACGACCACCAAGCAACGACTTCAAATACTAAAACGAGTCGAAGGCACATCGTCGTC
ATCACTCCTTCCTCATTGAAGACGGACAAACCTTGTTCTTTTTTGCAGGTGAAAATTGTA
TTACTCACCTCATAGAATTATAATCTTCAACAACTAGCTAGTTGGTCAGTTTCCTGAGGA
CCAAACCTAACCATGCCATGGTTCTACTTTCGGGACGAGCGGATTTAGTTAAACTGTCAC
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TGTCTAATTTCTGTAACTAGCAAAGAATAATCTGATCTATCAACTTTTGTAGCCTGAATT
AGCTTTACTGTCATAATTCAGTCAATCTCAATGGATATTGGAAGATCACTTCTTTGCAAG
GAAAAGGAGAGACCCTCTGTGCATGCATGTAGCTCCCTTGAAGACCATATCTGCACAAAA
ACAATTTCATAGAGGTCGAGAAAATGATATTACCCATGTTGTCCCTAAGCATCATGCCCA
TGCAATAGACAATCGAAAAGTCATCGTGATAAAACCTTACATGACCAGCGCACGAGAACA
ACAAGCACCGCCAATGAAGAGAAGCGTGGGTTAAAAAGATCTAACCTATAGACACACAAC
CACTGACGAACGAAGACCTGATCCACGTGGATCCATCGAAGACAAACGCCAACCGAATCC
CATGAGACCAGCCGGAGACAAACCTCCACACGCCCTCCTAATGATGTTAGATGCACTACT
GGAATGGGGGCTAGACGGGAAGAACCTTATTCCATCTTTAGAGAACCGCTACCGACTCGC
CTCTCTAAGTAGAACATAAACCCCTGCAATACTAAAAAAATCAAAATACGAAGCCACCCC
TCGGCAAAGGCCGGGATTCACCACGCCTCCATGGCCCTAAGTCCATAGAGAACAAGGCAA
ACCGGCAGTGGCGCCAACGGGAGGCACAAGAAACCCGAGTGTCGATGACGGCTAGGTGGA
GGAGGCGGACATGTTGCGTGCGTAGATCGCTTTTTTTTCAAATCAAGTCAATAATTAGTT
TGTCTCAAGATTCGCCGTTTACACACTTGTTGCTTTCCTAAAATTAGTGATCAATGTTTG
TCAAGTCTTTTCCTCTCTTTCTACAAACCGGTCCCTCATATCCTCTTTATAGGTCGACAT
GATAGCCTGATCACCGCTTAGACAAGAAAGAGAAGAGAAAATGTGACCAATTGGACCCTT
TCACTTTGTCCCATTTGTCCGGGTTATGAGCAAAATCTCATATCCAGCTCATATATGAGA
AGGATATGAGGACTCACGAACATGACCTACCCGAAACCACCTTTGCTCTTTTGTTTATTC
TATATCTTTTCATCCCCACCAATCACATGTATGTGATTGACTTTCTTTTACATAAATGAT
GGCTTAAAACCGACATTGTACGGACACACTTGTGGATATTTATAGAGTCAAATCTGAGGA
GATCGTAGATGCCATAGCTTAGTACTCCCTCGACCCGAATTACTTGTTCAAATTTGTCTA
GAACTCCAGATACAAATATATCTTGGCACATTTTAGTGTTAAATACATCTGTATCTAGAT
AAATTTAAGACAAGTAATTTGAAATGGAGGTAATGATATCTAGACAGTCATTTTTTACAT
TTGCCACACATGATTTTCGATGATGTGTAAGACAAATGAAGGGAAGAGAGAAACAATATG
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GTAATTCCCCTCTCACAATTTGTTATGGCTGAAATTAGACTATTTATAGACAGGTTATTG
TATGGGTTGTTTATATCACTATCGGTAGATAGTGGCAGGAGGAAGAATTTTTACTGAAGT
AGGGCAGATGCGTGGTCACAAAATAATATTGAGCGTGAAGCTTTTTTCAACTTCAACACG
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GCCTTTGCCATCGTCTGCAGATGACATATAAAGATTTTACACACAGTTATTGTATAAAGT
ATTTGTACATGTCCGTGCTAGGAGCGTTGACAAATAACTACTACTCGTACCAAGTACACC
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CATCTTATGTTGAACCTTGATAGATTGGTAACCATGTGGGTTACGCTCGGTTCACATTTG
AGAAAAGATTTTGGGATGTAGAAATACATAATAATGCAGCAGTCTATGGATTGTAGGGTG
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GCCGCCCGAGCTGCACTCCGGCCGTCCCCAGTCCCCCCGTTCGAGCCTCCCGCCGCGAAT
TCCGCCGGCTCGTCGACCCTGGCAGGTGAGAAATCCTCGAATTTCTTCTTCAATTCGTTT
TGGCCGCGGGGAGGATTCACGGATTTTACCTGCCTCGTTTCCCCCCTCTTGCTTGACCCA
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CCTGACGACAACCTGCTATGTTTGGCAATCAGCAGCTGTTAGTTATGTTGGGGGTTGCTC
ATCTTCTTGCCCTGATAAAAGTGTGAGCTTCCATGGAATACATATTTTGTCTCGCTGGCC
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TTTTGGATGAGGTGGCAAACTCCTCTACATAGGAGGAGTTGAGAACACAGAAACTCCTGG
AGCTATCGTTTTTCTGTATTAGCATTAGTAGGATGAATTGGCGTTTCTTTCGCAAAAAGA
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GAAAATATCAGCCCCTTTGGTCCATAACGGGGGGAGGTACTCAATTCTATTAGATTATTC
ACAATTGATGGCCGTCTGGATGACTAGAATGGCTCATTTTGAGCCACCACCTCACCTATT
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AGGGCCGCAAGCATGAGCACGCGATGGTGCGCGGTCCCAGCTGTGGGTACAAGTATTCCA
ATATCAGTTTGTGTTGCCTCTGTGACTCGCATGATTTCATTGACCTGCCTTGTAAATAGA
ACGACCAGTGGAATGATGGGATAAAGGCATTAGCGCCGATGAAAACAGAAAATGGCTGTT
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CTTTGTGGTCTGTTAGCGCTCTCAACTCTTATCTACTAAATTGAATTAAACACTCTCCGT
TGTCTTAAATTCAATGTGTGGTCAGTCTTCCTTGAAATACCCGGGTTCTGTTTGAAAAAT
TGCCATACCATATCTTACTGTTTTTGTCTGTCATACATGTTGCAAGCTGGCGGTCTTTCT
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TTTCATCAATGCAAATTGTTGGTGATGCAAGTCAGACTCCCCCTTCTATTAAAATAGCAT
GGTTCTCTAAGGAAATAAAATAGCTTCTTCTATTTGGCTCCTTATATCATTTTTTCCCTA
GATGATGAACAGTATACCCACCAGCACTAGAGTCTAATCGTAGCAACTCAGTCGCTCACC
TGCAGCAAATGGAATCAGGTGAAAACAACATGGGCTCGAATGATGGACCAAACAGCAAAG
CTAGCTTGGCTGCGAGGCAACGCTTACGGTGGACAGATGAGTTGCATGAACAATTTGTGG
AGGCTGTTACTCAACTTGGCGGTCCTGATAGTACGTATCCACACTGCAACCGTGCTTCAT
TTCTTACTTTATATGATACTGTTTCTTCTTACTGCCTATAATCAGTTTATGGGACTAGAT
AGTATAGTTTATTTGAAATCTAAAGGTGATATAGTTTTACATTAATTCTTTTATATTACT
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GCAATCTATGCCGTATTCTACAATGCACTAAGAAAATCATCTATCATAGTCAACTCTCTT
ATTTTACTACCCTTGAGGTTTGCATGCTGCTCGACAAACACATGCTAACTGTGGTTCCTC
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TCCTCAGTAAGTAGAAACATAGTTTTTTTAGGGTGCTAGCATAATCTAACTGAAATCTCT
CTTATTATACTGATGAGTAATTTCTATAATATGAAATTGTTCAATTTATTTTATTCCGTT
CATCAATTTTTGGCCTTGAATATCCTCAAGTACACAGATGCTACGCAGCAACGAAAGCAT
GTTCATATCCATATGTTTTTTTATCTTCCTTCAATTGAAAGATGTAATTTCGTTGCTTTT
TGTTGGTTTATCCATGCTATCCTATCAGTAAGGGGCAAGTCTTCCGCGACGTATAGCGAC
CTTTTTCTTGGAGACTTCAATTTCACTTTTGGAAGTAGTGTCTTTCAGTTGATGCTGCTC
CCCTGTTTTCCTCAGTTTTTCCTAGGGGTGTTTGATCGTCGAGCCTTTTTCTTTACAGTG
GAATGCAGATATCTGAAGCCCTGAAGCTGCAGATGGAGGTCCAAAAGCGGTTGCATGAAC
AGCTCGAAGTAAGTCTTTTGTTTTGCGGTCCAAAAGCAGTCCAAAAGCGAATGCTTGTAA
AATACTTTATCTGCTGTGGTGAATTAAGAAACGTTGTGATTTTTCCATTCGAAAAAACAG
AGAAAATTCTTAGTCGGCTTGAGGCAAAACCCAGGCCGTTCTTAATATCGCTGACTTCCA
TGCTTCTTGTAGTAATGGCTGCGAAGTCTGTGTTTGAGTCATTGTTTGCGTTTCAGTTTG
TAATCTCATTCATATTTCCAAACTTGCAAATCAAGTAAATAGTTAGGTTTAATTGACCAG
ATGCATTAGTTGCATGCTTGCATAGCGGTAAATTCATCAACAACCGACAGTTATATTAAG
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GTGGTATAAAGTCTGAAACACCTGGTGCAGGAGCTACTGTCACAGCGTCGAGCGATCAGT
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AGGGTGCAGCTTTCAAAAGAGACAGTGGAAGCCAGACCGAAGCAATCAAGAGTCCATGTC
ACGATGAACCGCTGCTAACAGCAGATTCCAACTGTCATCCCGGTTCTCCTACTCTCAGTC
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AGTTGTCCCTTCCGCAGCATATCTTTGAGTCGAGCTCGGGGCCGGAGTTCCAGCAATGTT
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ATGGTGTCATCTAAAGGGGATATGCTGTTGTATGTTGACATAAATTGTTAGGTGTTTTCA
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TTGACTTGTAACCTTATTGGCAGATGAGTTGACAGTTTGGGTAGGGGGGTTGGTGGCCAC
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TTATCTTGCTATGCTATTTGTTATGAGGGTGATTGATGATCAGAAACAACACAACTACCA
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AAGTATACCACCAAAAGTCTAGACAACATCACAAGTCAACATCTACAAACTTCTATGAAA
GAGCATCTATAAACTTGAAACTACTCGTATGCTCTCTCCATTTGGACATATGTATCTCAA
GGTTTACTTTGGCCATCAATAGAAGTATGGAAACGATAAAATCAGAACGTTCGGATTTTA
AGCATGTCAATCTAAACGTTTTCCATACCAACTTTAGTTCTTGCAAGGTTGGCAAAAATG
ACAAATTTCTGACAAAAGAACAAACTGGGAAAAATTCGTCATATTTAAACAACTAAAGTG
GACACCTCGCGACAACTAAAATGATCATGAAAAAACGTTTGAGATAACATACTTAAAATC
CGAACGTTTGAGATTTATCGGGCCCCGAAAGTAAATACTACATGAGATATTTGCACAAAA
GCTACCCCCTTAGTCTGTAATTAACTGTTGTTGAAATGAGTGCATCTGTACGCTGAAATG
CGTATTGTCATAAAAATGAGTGTATCTACACACTGAAATGCGTATTTTCATAAAAATGAG
TGTATCTACACACTAGATACACTCATTTCAGTGACGGTTAATTCTAGATGGAGATTGTAT
GTCATTAGAAACTATTTTGTACATATGAATTCAACGATATTTTTTGTGGCATCTGTTAAT
TTGATGATACAATTCAAGCTGCTCTTCTGCCTGGCATTATTGTGCCTCTTGATTCATCTT
TTTTTCCGGAGTGATGGCGAATATTAGTGTTTTGACCTTGTTAGAGCATTTACATCCAGA
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CACTTACACATGATTGGTGAAGAAAAAAAGAAAGAAATAAAAGATTGAATAAAGAAAAAA
AGGTGGTATGGGATGGGGTTGCGTCGTACTTGACGGACTGACCAGACCTGTCCGGACGCG
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GGGTGTTTAGGAGGAAAAGTGAGGGGTTCGTTTGAATCATTTTTTTTAATCGGACACTGA
TTAGGAAGGCATTTCGAACGTTCGAGGAGGATACATAGGGTCCTGCTATAGATACTCTTG
GAAGACTTTAGTACAATCTGAATCCTTTCAGCACGATGTGATTGTTTTGGACGCCAAGCA
TTGTGGCATTTCTTCCCAACATAGTCATCCAAACTTTTACCATAATTTCTTCCTTGAATA
CATAAGTGGCCGCGGGGCAGGGTTTTCAGGAACGCCACAAGCCCTAGCTTTTCTTCTCGG
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TGTAGGATGTCAACACCTACTCGGCCAGGCTCGTACTATTTTTTTTCTTACGAAAAGCCA
CACTACGGAGCAGCGTCGCATCTGGGGCTTCCGGTGCGGCGGCCC