Map Locations of contig_43578 (11691 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_43578

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_59428 1 1867 bp MLOC_59428.1 Available Available LOC_Os08g26840.1, FRAME:+2, EVALUE:1e-111, 13108.m02762 protein plant protein of unknown function domain containing protein, expressed
MLOC_59454 5 2216 bp MLOC_59454.2 Available Available LOC_Os03g15230.1, FRAME:+3, EVALUE:8e-128, 13103.m01785 protein DUF292 domain containing protein, expressed
MLOC_5948 2 5887 bp MLOC_5948.2 Available Available LOC_Os06g51480.1, FRAME:+3, EVALUE:3e-93, 13106.m05565 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_59428






CDS Structure of MLOC_59454






CDS Structure of MLOC_5948






Contig Sequence (11691 bp)

>contig_43578 11691 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGGGGGGGAGGGGTCAGACACCCCCATCATGTCGCCCCCTATAAAATTTTGTTACTACGT
GTGAGTCGTACGTATAAAGTGTATTGCCATTTGTCAATTTAATGGTAAACTGATTATGGC
CCAATGTGGCAACTTTCTAGCCCCAAAGGCCCAAACATGAGAAAGCACCGCTTGAGCCTT
GATGGCTAGTTGTAGATATCAGGAAAGATCAGCCGTGCGATGGACCAGGTTACTTTCCTT
TCGATCTATCCTCCTCGTAATTTCGTTTGTGGCATTCTGGTGGTTCCGTATGACCCTACG
CTGCCGCCATTCGCTTTCAGTATCATACATAAACAGATCAAATTTAACTTAAAGGAATCA
ATGTATGTCACCGTTCTATAGTATTTTTGGTAATTTTTTGCACTTCCTCTGAAGAAAATT
GTTTAATTTAGTAATTCGATAAGACAGATTCTAATTTAGAAATCTAGTGTCGCTCTTTGT
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GCAAACCCATTGACAGAATTGTAGCTTCTTTTTTGTATTACCGGACATATACGTTCTCCG
CCCCCTCATGTTCAAATCGTGACTCCACCCCCGTGTGAGTGCTACAGGGAAACAAGTCAT
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CAAGTCGAGCCGAGTAGGAGAAGGTGAAAGGGTTTTGAAAATGGCTTTGAAAGGAGTCAC
TATGAAGTAATGCGCTGATATGTCCATACAAAACTATTGTTCTCTTATGTAGAGATGGGA
AACACTTTTAAAGAAGAGAGCCCCTATTTGCCGCCCACAGGCGGCAAATGGTCATACCTT
CGCTGAAGGCAGAGCGAATGGGCCGACCCTTTATAAGGTAACGAGCTTCACACACATAAA
CAAATAACCAAAAAATATGAATGACCCAGGGATCGAACTTGCGGCCTCGCTATGCTGAAC
GAGTGTGATAATTTGGTCTATCTAGCGTGTGGTAGTGATATATTCGACACTCGAAGTATT
AAGTTTCATTTCTATTTTCGTTTTTTTCAAAACAATACACATTAAACATTTTCTAATGTA
TGTTGAACATTTTACTAATATATGTTATATGATAAACTTTGTAACTATATGATGAACATT
TTAAAAAGTGTGAATATATACGTTGAATAATTTTTGAATACGCGTTGAACAATTTTTTAA
TATGGCTTGACCATTTTCAAAAAATAGGTTGAACAATTTTTTAATATGCACTGACCATTT
TAATAAAAATACATTGAATTTTTTTCGAATAATGTAGAAATTTTAAAAACATACTGAACA
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GGCAGAAACATAAACAAAACAAGAAAAAAAAAGGAGACAACCCAAAATGTGGAAGGAGAT
TTTTTATTTATTTCAGAAAAGGCACGTGCAAGGAGATAAAAAACAAACGAAAGAAACAGC
AGTGAAAGTTACTCGCAGAAAAAAAACAGCAGAGAACGAAAACAAACACACGAATCCCGT
ATTGGGCGTTTCCTTGATTGTTTGCCGCCCGCGAGTATTAAATAGGAATTGCCATTAGCG
AAGCGCTGGAGAGGGCGAGGTTTGGATCGGAAAACCCTATTTGCTGCTCTGTGCGAAGGA
GTGTCAAGCGAGCGGGGATCGGGCTTGCCCAGGTAGCGGGGCTGCATTGTCCGGTTTCTT
TTCTGTTTATGTTTCAGAGAATGTTTTAGATTTGCAAAAAATAGTTTTGGATTTTCAAGA
AATGTTCTCGATTTTGAAAAAATGATTTGTATTTGTTCTCGGTTTTAAAATCTGTTCAAC
AGATTCAAATTTGTTCTCAATGTCAAAAAAAATTTCTTAAGATTCAAAAAATGTTCGTGC
TTTAAAAAATTCTTAAGATTCAAAATTTTTTCGTGCTTTAAAAAATGTTCGCGCTCTTTC
AAATTTGTTCAGGATTTTTAAAAATTGTTCTCGGTTTGAAAATTTGTTCTCAAAATTCAA
AAATGTCCATGATTCAAAATTTTGTTCATGATTCCCAAATTTGTTTGGTGCTTTTCAAAT
TTGTTCTCAAGATTCAAAAAATGTTCGTACTATAAAAAATTGTTCGCACTTCCAAATTTT
AAATTGTTCTCAATTTCTAAATTTGTTTTAAAAATTCAAAAAATGTTCGTGCTTTCAAAA
TTAGTTCGCGTTTTCAAAATTGTTCGGTGTTCTTTTCAAAAACAATTCTACTTTTAAAAA
TTTTGTGTACACATTTAGAGAATAGGAACATTTGTACACATTTAGAAAATGTTCCACTTT
TTGAAAATTTGTTCGCAGATTCAATTTTATGTATTTGTAATTACGAACTTGTCCCAAATA
TATTCGTGCTTCTTAATTTTTTTAAATTTAATAATTTTTCTTGGTTTTTCAACAAAAAAT
CAAATTCATGCATTCATCCTGTTTTAGAATTTTAAATTTTGTTATAATTCTTCCAAAAAT
TGTTTGCTTATTAAATCATAATTATTAAAAAAGTATTAGGAATTTTCAAGAATTGTCTGG
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ATGTGCATTCCACATTGATCAGGCAATCAGTAATTCTTGAAACGACGGTCGAGTTACAGA
AACAATCGCTTTGTTGCAAAAAATAAACTTTAGGCCCGTTAATTCCTGAAAAAACGGTCG
AGTTCCACAAACAATCACTTTGTTGTAGAATTTTTTTCTTCGTCTTTCTGCAACATTGGT
ACTGTTGCGGGAGAATTTTTTGCAACAATGGTCATGTTTAAGAAACTCAGTCGCGAATTC
TGCTGGAGACAAACCCCTTCCATTTCTCCACGGGCAGGCCGGCCTGGGATGCGGCAGCGC
TCCGGCGACGGGCTTGAGAGGCTCAGGGGAGTAGGTGTACCTATGTTTCTGCATGTTGCA
GTTGCTATAGGTGATAGTGGTCATCCTTGAAGTATCCTTAGGTGTTGGAACCTCAAATTG
ACCATTTCTTCTTGCAGTTTGTTTCCTGCCCGTCTTAGCCTTGAACACATGTGGATCTAT
ATCTTGAGTGGGTGTCCTAGGACAATAGTGAGGTCTCGATACACGGTAGATGATGTGTGG
CTTCTTAAAGAAATCATGTACAAAGTCTTCTAACTGTAGCTTCACTCTAGTAATGGCATA
GACTACATGGTTGCAGGGCACAATAGTTAAGTCCCATTTCTTGCATTCACAACTCCATTT
CTCCAGGTTCATACAATAAGTTGCCTCCCCACTCGCGATTTTCCAAATGCCAGGACCTTC
CGTGTAAGCAATGCAATGCCTGGAGTACTTCTTTGATTCCTCTAACTTTTTCATGTAGGT
GGTGGGTGTGATTTCCCACATACTTCTCTTTGTATTCTCTTTAACTGATTGATATTTGAT
CATAAATTTAGTTCTAAAACCATAAACACAACCCCTGACAGGCTTGGACGTGATATCTAA
TATCATCTTGTTAAACACTTATGACGGATTGTTCACTACGAGATCTATCTTGCAATTGTA
ATCCATGTCATGCCTAGTCAGAGTCTCCTTAGGGATTTTGCACAACCACTTCCAAGCTTC
TTCACCCTCCTTCCTCAGTTCATCCCTTGCTACCTCAAAACCATGCTTGGTATATGAGTA
TGCAACATTTTTCATGTGCTTTTTCAATGCCTCACCTTGAAAGCCGCCTCATTGAAAATT
GGCGTAGATATGTCTTAGAAAATATATTTGAGGTAAGTGTGGAAACACAACTTGTATGAC
ATTGAACATCCCCTGTTTGTAGATACTTGTTTTGGTCAATTCTGATGAAGAAACTTATTT
GAATGCATAATTATTTGAAGTTAAAACTTGAGGTGAAGATCATTCATCCCCTTTGTTTGT
CAGAGACGATTGTGTCTTTACCCATTTGTTCGCCTCTCCAATACATGCCCTGAACTGACC
GAGAAACCAAGTCCAGCTATCCTTGTCCTCCTTATCAACAATGGCAATAACAATTGGGAA
TATTGTTATTCCCATCCCTGCCAGTGGCAGCCAATATCTGTTGCCCAATAGTAAGTTTGA
TGAAGCACCCATCTAATCCTAAAACATTTAATAGAAATATTTGAGAAACAAAGCATAAAT
AGCAATGATAATTAGGAAACAAGAGATCATAGCTATGAAGGGTCTACACTGATTCACAAA
CCCTCATTGGAAGCATTCACACAATGAAACATGTAGTGGAACCTTGGATTAGGACTAGGA
TGGAGCTCAATCTATGTGATTGTGACAATGCATGTGCTCCCAAGGTTAGTATCAAGCAGT
GCTTGAAGATATTCCATAAATCTTGTGTATTGTCCTTTCATGTCACCTTGCACCACTTCA
ATTGCCATTGACCTTGCCATGTAGGCCTTGCTCTTTGGCATTTCCCATCCAAACTTTATC
TTTGTCCTTTCCAGTATTCCATCCACTCCAACCCTTGGATCTTCGCTGAGATGCTGCTCA
AAATTTTGGCCATCCAATCAACTATCACTTTGGTTTTCTCTCCATGTGCACCACAGTTGT
GCAGTAGCATCACCTTCTTGATGTAGAATGTCCTCTCATGAGAACTCTTTGATGCAGTCA
TGTAAATGTACATCTACTTTCCCTTTTTGTGCACCACACAATGATCCTATCTTTACATTT
CCTATTTTAATGGAAATTTCTCAGTATCCTGATATGATAATTCCTAAGTGTTCTTCTAAA
CTAATATACATCAATAAATCACAATTCCAAGAAGAGTTGCTCACGAGAATTTGGCCTTGT
CTCATCATATCACTTCATAGGCCTCACACTCTTGGTTTGGCTCTTTCTTCCACAAGGAAG
TGGTATAGCTTATATACCAGCCTCATCATCTGAATCACTGTTGCGGTAGTCTCCAATGAA
ACAACTTGAATCATCAGATGGAATGAAGTCGAAAATGGCCTTAGTCTCAGCCTGATGATG
AGATCTTGTAGTTGGTCCTGCTTTTCTTACTTTCTTAAATGGTTGAGAAAGTGGTGTCTC
AGGTTCTCTGTCCGAGTCTTCCACCTCTCGGCACATCTCTTCATCCTCCGGGTCTCCTTC
AAAGTGAATCATAGGATCTTCTCTCTGCTTCCTCCACTACCTCAGTTGCTCAATAATCTC
ATCTTCCTCCTTTATAGCCCTGTCATGATCTTCTAGGTTGTACTCACACGAGTTGAATTA
ACAAATCCTTCATTAGAGGGGCCATGTTATTCCTGTACTTTCTCTTTGCCTCTTGACTTT
TGCACATTCATGCTCTCCCGTGTGTTAACATAAACAAGATCTCCACCTCGCTGTGAGCAG
AGATAGGGTCAACATACAACTCATCACTGTTAGATTGTTTAATGGGAAACAACACCCCAA
CCTCATCTATACTCATTATGTTGGATTTCCCAACTGGTATACTGGTAATTATTCTTCAAT
AATGTTTCCCCTATTCGAATCTCCCGGATTAGGCTAAGTAGCCTTAATTACAATGATGTG
CAACAACTTCTTATTAGCATACTGGTCAAGAATATCCTCTACCATATCTCCACTCTCTAT
GGCCTCCATACATGCTGCCCCCTTTCCCACATCTTTCACATAGAACATGTAGTCACCTTC
AGTATATCCCTCCCGAGTCACCATCACTGTCAACATGTTAATGAAGGTTATTTGTAAAAA
AGAAATGGTTCTCTCCAAGTTGTCTCTTCCTTGAAAATGGAACCTATTTCCCCATATCTC
ATCATCCAAACTACACAAAAATAAGTAGAATTACTAATTTATTAAATTTGAATCATTGTC
TATTACATTGAGTTATAACTGAATCATATATTTATCCATCACTATCTATTAATTATCATA
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TAATCTTCCTGTACTGTAATAAACAAAGACTGATATGCAAAACAAACCATATATGTAATT
CAACATGTCAAAAAAATAAAACAATGCATTAAACAACCAACAAGGAGTACATCAATATGT
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AGCCCTACACTCTAGCTACTCCAGATCTCGACCCAATGTCACAAACCCCAATCCATATGA
ATCAAATAATCACTAACCCTAAATTAGACAAAACCTAAAAATGCAACAAAGAGAGGGAGG
AGTACCAGACGCTGCCGAACCCAGAAGCCCATTGATGGCCTTCGTCGATGCGAGAAGCCC
TTATCTTGTAGGCCAGGGCCGCCGCCGCCCCCCCCCCCCACTCGATATCAATCTCCGGCG
GTGAAGGGGTCGAATGGGACCACTCTGATGAAGCAGCTCGCTTCATCGGCAAGCTACTGC
TACCGAGCAATTTGTCCACCTCTAAGAAGCCATCACCATCGGCTTCCGTCCCTCCGCCGC
CTATCGTATCGCCCTTGCCGCTAGGTTTAGCCGCCGCCGCCATCGCTCGCACGCGAGCGA
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ATTGGAAGGAGCATGACAGATGGAGGGTGTGTTGACCTAGCGCGCGACCCTAACGTCCGT
CAACCCACTCACCGTCTCACTTGTTTGACGTTGCGCCTGACCGGTGGGCCAACCATGTCA
GAAATCATGGTTAAGTGCTTCAAATCGTTCATTTGAATTTATTAAAAAAATTAACAAGAA
AAGTGGTAGATTTTTGTGACGCAAAATGTGGTGGCAATTCCGGATGACAACTTCAAATAT
GATGTTGTTTTTTTGTAATCCACTCCGCTTGGTTTCTATCCCACGTCACACTGTGCTCAC
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ACAACCACGAGCAACTACATCGCCAGGACCAGTCACCGCCACTCCACCCGCCATCCACAC
AAGACCAAGGAGAGTAAGTGAGTAACCATCGCCCAGATCTTTAACTCCCCGTTAATACGA
AGGGAGCTCCATAGTTGATTGCCCATTTGTACGATTTGACAAAACTGGATCCAATAATAT
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TGTTAGGTTTCTGAGCCAAGGGAGTAATATTGTAGTATTAATTAAATTTTGCTATTGTAT
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TTTTGCCTATTAGTTTTGTTTAAGTCAAACTTTATAAAATTTCACCAAATTCTAAAAATA
TCAGTATGCACATTTCCAATGTGTCATTAGATTCATCATGAAATATATTTTCGTATTTCA
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CATTCTTTCCCGTAGGTGACGATCACGGAGCCAGGCAACCTTCCTGAGGTATGAGTATGA
CGGGAGAAAGACGAGAGGAAAATGCAGACCCTTCACCTCAGTGCCTGATTGACTTGTAGC
TAATATGTAGATTCCTTTCGGAAAAGTGTGTCAATTATAGTGGCTTCTGAGCAACTTTTT
GCGTAATCTAACAACGAAAGGATGCCGTCGGAATCTTCTGTTCTTATCTGGATTGGAACT
TAAAGTAGTAGGAAAAAGGCTACATATAAGTCGCAGGCCTGATGCCTTGTTGCACCATGT
GTCTATAAATGTTATGCTACTCCTACACCTACAAACGCAGTCTTAGAGCTTGTAGAAAAC
CTACATATCACGAGCGCAGCTACAAGGAAGTGAAGGAAGGGGACAAGCAAATGGATCAGC
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TGTAATAAGATTTGTAATAATCACACTTCTTTGTTGACTGGTGGGATTCTCGTACTGCAG
GCCAATCTAGCAATCCGGGTTCCTACGGTCTCGGGACGTCTCCATTGGCCAATGAACTCA
GAGACAAACTGACCATCCTGAACTCCTCCCAGGAGCAGTTCGGCGACATCATCATCGCCA
AGGTCCGCCACCTCACACGCAACGTGGACAACAGCGAGTATGATCCTGATTACGTCTCCA
TCGGACCGTACCACTACCCTCGGCCCCTGAACAAGAACCTCCATCTCTCGTTGGAGCACG
ACAAGCTAGCAAGCCTTGACAAGATACTTTCGGCGGCGAAACCCGGCGTGAATATGGAGG
TCTATGTTAACGAGCTAACACGGCTTGAGCTCAAGGCGAGAGGTTGCTACGCCAACTCAT
TTGATGACATGACGAGCGAGCAATTCGTGCGCATGCTCCTTTTAGATGGTTGCTACATAC
TCTGCCGACTCGTAGAACTCCAAGCACAGCCCAGAAACCACATGGCCTCACCCTCCTGGT
GCACAGCAAGCAACGCCAGCTTCGGCTCGCTCCCAGGGTCTCCCGCAAGTGGCGCTATCA
TCACCTCGCTCTCGGTGTCCACCGCAAATGGTGCCGGCATCACCTCGCCCTCCGCATCTA
TCTCCCGCCACGTTGAAGCTTTGGAGGTGGTGCGCGACGTGTTCTACCTCGCGGAGAACC
AGATACCGTTCTTTGTGATTGAGAAGATCGGCGACCTAACAGCTTTGGATGGCTGGGATC
ATGCGATCGATGGGATCGCAGAGTATGCGCTTAATCTTATGCGGATGCAAAGCTATGCAA
TGGCAGCGCCGATCATGGTGCCACCAATTCCGGCGGTGCCAGGCAACCTTCTCCATCTTC
TACACATGCACTTGAAGCCTGTTGCAGTACCTTCCCCTGGGTCGTACCATGGGTCTGTGT
CGGTGGGCCGGTGGCGCACAGCAACGGAGTACAACTGGGCGGGCATGAAGTTCAAGAGCC
AGTCCATGAGCGGCAACGGGGACGTGCGCTGCATCCTGGACGTGAAGCTGGACCGTGGTG
GCAGCACACTGGAGGTGCCCTGCCTGGAAATCGACAACGAGACATGGCGGCTGCTGCGCA
ACCTAATGGAGTTGGAGCAGCGGAACGGCGAGACGGTCGGGACACATGTCACGGCTTACT
GCGTGTTCATGTCCCAAATGGCGTGCACTGCTAAGGACGTGGAGCTCCTGTCGAGGAAAT
GTGTCATCAAGCACAACCACCGCAACAATGACGAGGTGGCCGAGTGCTTCGGTGACCTTT
GCAAGGGGATCTTGTTCAACCCTAACAACAAGGCCACCAACTACCTGTGGGAGACATGCT
TGAAGCTAGACATGCGGTCCCGGTCCCGGAGCCATATCCGCCAAGTTTATTTTCGGAGAT
CGATGGTGTGGCTAGGGCAGAAATACTTTAGCAATCCCTGGCTGCTCATCGGGCTCCTGG
CAGGTATCACCGGGCTAGTTTGTGCGGTTGTCCAAGCTGTTTACACTGTTTTGAGTTACA
AGGCACAAGGATGAAACTAGAAATGGCTGATCCAACAACATGGGCATCTTTAGTCTTGCG
TTTTCTGATTATGTACTTGGATAAATTGGTATGTATCTATTATGGATACGCATAATAGGT
AGGTACATGAAAGACCAAAATATCATAAATATGGGATCCACACAGATTATATTGATCCCA
GGAAGGGTCCACAACTTTTGATGGTAGGGATCATGCGATCGATGAGACCACATAGTATGC
CATTGATCTTATGTGAATACAAAGATACACAATGGCAACACCGACCATGTTGTCAGGCGG
TGCCAGGCAGCCTTCTCCATCTTCTACATATGCCCTTGGAGCCTGTTGCAGTACCCTCGC
CTGGTGCAACGACCCGGTTTATGTCGATGGGTCGGTGGCGCACAACGACATAGTACAACT
AGGCGGGCATGAACTTCAAGAGCGAGTCTATGAGCGAAAATGGAGACGTGCATCATGGAC
GTGAAGCTGGACCGTGGTGGCAGCACGTTGGAGGTGCCCTGCCTAGAGATCAACAATGAG
ACTGGCGGTCGCTGCGCAACCTAATGGAGTTGGAATAGCGAAGCGGAGAGACTGTCGGAA
CACACGTCACGACTTACTACATGTTCATTTCCCAAATGGCATGCCCCGCTAAGGACGTGG
AGCTCATCTCGAGAAAATGTGTCATCATGCACATCCACCGCGACGGTGACGAGGTGGCCC
AATGCTTCGGTGACCTTTGCATATCGTGTTCGACCCTACCGACAACGCCAACAACTGCCT
GTGAGAAACATGCTTGAAACTTGACAGACGTGTTGGATATATGTCCTAAAGGCAATAATA
AACTAGATATTATCATATATTTTTATTCATGATAATCGTTTATTANNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNGAAACTTAAATACATGTGTGGGTACAGAGACAACAAAGTGTCCCTAGTATG
TCTCTACTGGACTAGCTCGTTGATCAAAGCTAAGGTTACCGAGCCATAGACATGAGTTGT
CATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGATGTGATGAACAAGACCCAAACCTTA
AGCATACCGTTTGATCGTATCCAATTTACTGCTATAGCTTTCTGCATGTCAATGTATCTN
NNNNNNNNNNNNNNNNATCATGCAACTCACTAACACCAAAGGAATGCCTTGTGTGTATCG
AGCGTCGCAATGTAACTGGGTGACTATAAACAGAGGCGGACCACGAAAAAAATTTAAGGT
GTGGCGAAGTCTCACTAAGATTTTTTTATGCGAATCAAAAGAGTCAATAGACATTAACAA
TGCACACCGATAATGAGAATGTAGACATGTTTCAATGAAAAAAAACCTAAAACATACCGA
TAATGAAGCTTTTAATGACGTCTAGAAGACCCTGGCAATGGCAGTGCCCTACCCTCCTTC
TGAAAATCTTCCTTAATTTTACGAAGATCAATACTTTTGAAGATCCCTCGCTCAATGTAA
CACACCATTAAGTCATTAAGCCAGCCATCACACATCTTGCTGCGCAACTCGGTCTTGATG
ATTTTCATTGATGAGAAGGCTCTTTCAACTGTTGCCGTCGCTACCGGTAGTAGCAATGCT
AACTCAATGAGACGATAAACAGTAGGAAACATGACATGCCTTTCAAGTTCA