Map Locations of contig_43291 (12834 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_43291

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_59130 3 2106 bp MLOC_59130.2 Available Available LOC_Os03g59750.1, FRAME:-3, EVALUE:6e-97, 13103.m06561 protein DNA gyrase subunit A, chloroplast/mitochondrial precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_59130






Contig Sequence (12834 bp)

>contig_43291 12834 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTCCAGAGCCATGACTTGGTTTCGAGATCTTATGGGTTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTTGTTGTTGTTGTTGCAGATGTTCATATT
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TTACAGAGCCTAGAAAGCATTTTCTACCAGCTGTATTTTAAGTACAGTGGCTCGAATCTG
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AGTCCTCGCATGCCTGGAGGGGCTTCGACTATGCATCTATGACATTAGCCCATTGCCAGT
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GGTTTGATCAATAAACTCTCTCATTCTCCGCAAACTGGAAAAAAATGCTCAACCGGTCAA
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GCCTGTCATGCGATTAATTTGATGGAACTAACATGAGTACCCCTTAAAAAGTACCTTTGG
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TAACACTTAGCATCGATATTCTTTACCAACAAAACTGAAGAGAATTTATATTTTTAGGTA
TATTGTTAATACTTATCCTATATCAAGAAAAGATAAATAGAACTCAGAAGATGACAGGAT
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TTTCTTGCTTGACAGGAGCTCATTTAACTTTGAAATGCTCTCCGACAAAGAATTAGCTTC
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GTTTCCTTAGTGTAATGTCCAAAAGTGCTTCTGCTTGCTTCTCAGATAGACCATATTCTG
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AAGTTGATTGCTCTTAATATAATCGCTCATGGTACTATGAAAACAAAACCAGTGTTAACT
GTTAAATGCACTACCCAACGCAACCAAAAGTCCGAACTGGTGGAAAGGGCTAGGCAATCC
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GAATCAAGGAAAAAATATCGAACAAAAACATGTACTACATACTAGTGCGTCCTTGTACTG
CAAATTTGCATGATGCAGGAATAACTCTGCATTCGGCTGCATTATAATTTGTTACAGCCA
ATTATAGCCTGAATACCAGTTTTTCTACAAATGCAACCTGCAACTAAGTTTGTTTAAGCT
TGGCCACATTACAGCTGTGAATCCTGTGAGCTAAAGATAACAACTAAAAAGAACTCAACC
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GGAGATAGTGTCAGTCACAGCATTGAACAACTTCTAGGTTTTATTACTCCATGGGAAGAT
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GCTAAAGCTTCCTTTGCCACGGTGTGATTTGATGTTTCTCTTATCACTTGAATTACAGCA
TCTAAATTGTCAAGACCAATGACAATGCCCTGCAGGACTAAGCAAATTAACCATCGACCC
TTCGCTGTCCAAACAAGGCAGAATATCCAAATGATTTACCTCCACAATATGCTTTCTTTC
TAGAGCTTGTGAAAGCTTAAACTTTGCACGCCTTTCAATAATAGAGCATCTGAAGTCAAG
GAACGCCTAGAGCACAACCAAGATTTCAATGGAAAGTTAGGCTTGAAGTTCAAAAGGACA
TAAACTGCTAGATCATTTATCCTAGTATAATCAATCATAATCTTGGAGTGTGCATGCGCA
GAGACTACAATTGCTGAATGTATCTCCTGAAAGCTTTTCCTCAAAGATAAACTACTGAAG
GTTAATTATGCCCACGGTTAGTGACTTAATATCATGGTATACAGTACACTACACTAGCAT
TTGCAACTTCGGATTGAATCAACACATATTATCTAGTGGACATGACATACAGAAATATTA
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GAAGAATTTCCTTCAGTCCCATCAGTTTTGGATGCCCATCAAGAATACTGAACAAATCAA
GGAAAAAAAACAGATGTAAGAACTGAAGACAGGTCAAGTTAGTTACTGTTTAAGAATGCG
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TAACATAATCAAAGCATGGAGAAAACAACCCTTTTATAATTTACAAGTATATATCTTAAA
ATTTGGAGGTGGAAAAGAATTGTCAAAACATATTTGTGCACACTTTTAAGAAAGGCCAGT
ATAGATAACATGCATGTCTTGAGGGAAGAAATAGACATTTTTTATTAAACAAATATCTAA
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TGGGAGCATCCGAACCTAAAATGTGATTTATATGGCACAGATAACCGTAATGAGTTCAAA
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ACATTTGACGTGTGTATTGCATAAAACATGGCATCCAGTTCTCCATATGTGATTGCACTT
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AGCACATAAAGTCAAAGATGATAATACAAACCTCAATAACTACACGCATTCCAGCACGGT
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TTGGTGGTACCAATGATAGAATTCAAATTAAGCTTAAGTTAGTTACAACCAGCTAGCTTA
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ACAAGTATTATGGTACAGAGAGAATATTTTTTATGGATAAATCCAAACACCAAAAGGCTA
CAGCACGAATAATAATAAATAATACTCCCTCCATTCCTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATAGACATACTTTAAAGTGTTGATTCACTCAT
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GCCGTGCGCTTGGTTTTCTCATCAATTGTTTCAATGACGGTTTTGCCTCTCATCACAATT
CGACCACGCCCAGTTCTATACGCCTCCAAAATACTATGCATGCAGAAAAAGAAATGCAGA
ATAAAGCACCTTAGTGTATGGTAAAGGGAAACTAGACCAATGAAATATGAATCCAGTACC
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TTAGCACAAAAGAATGAGGGCTAAGCAACTAGCATTGCAATTGTACTTCCAAAGCTTTGG
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ATTTACAAGTTCTATCACTAAAGGCCTACCAGGCATCACCCGAGTGCTTAACCAAATGTG
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GCTTGGTTTAAAATTGGAGAGATGTGATATGATATAGAAATTCTACATGCAAAAATTACT
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CCAGTTATTGCCTCCTTGGTATGCGGGCTGGTTCTTATGTTCAAAGAAAAAAGAATCGGA
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GTCACTAAACTCTGTTTCTGGCCATGGCTATCTAAATTGACATACAATGCAAGTACCCAA
GTTTAAACGAGGATCAATCAGCATCTGCTTATCGCATAGACCCACCCAAAAGGGGAATGG
TCTGGTGAAGTGCACGAATTACATTGTATGGCATTCATTCATGGAATACGTAGACAGATA
AAAAAACTTAAACAGATGACCTGTCAAATGTCATGACACCACCTGTCCATAAATAATAAC
ATCTACACAGTAATGTTACCTGAGCCATTCGTACTAAAGTTTCATAGACGGCTGAATCTC
CATGAGGATGGAATTTACCGAGTACCTGCAAGAAGTATGAAAATTTCACGTCTGTGCACC
TAATAGGAAGAAAGGCATCACCCGAAAAGCACAATATTGTTCAAAAATGTTTATCAAAAG
AGGTACAGTGGTAATGCTGCTCTGTCACATTATGCATCAACATATATAATATTTTTGCTG
ATTTATTTACAACCTGAAATTTTCCAATTTATAAGCAGCAACTCATTCACAACTCAGCCT
AGGTGATTATAATTTTTTTGGTCCTGGCTCTAAGAGCAAGGAACTAGATAGGTGAGCGGA
AATATGCAAAGTTAACTAGATAACTCCAAATCAATGGGCAGGCTAGACAAACATGATATG
CAGTTTTGAGACCACCAGTTCTGTAGCAAAATAATTGGTGCAAAATAAACTCAAAATCTG
ATCAGAATGGTATAAAAAAATGTGCCTGCTCCAAAACAAAACTCTTTTTAGTGTATTGGT
GTAATGGTTATTGCTGCTGTTATACAATACCCTAGAAGCCCAGAAGCAAATAGTTTGTTC
GCGATGAAGATGCAATTGAACGAAGAAAAGAACACCTATTAGCTTACAGTCATACCACAA
TAGCTGCAACAAATTGCTTCTTTTACAGAACGGAGTCTCTAAAACTTCAAGGCACACCAT
GAAAATGAATTTACTATTTGAGAGAGCGATTATTTGGGAAGTGCTTTGCTGGATACTGAT
GTTAAATGGGAAAAAATCACCAATGATAGGGAAGCCAGAAACTAGGGAAGCCATAGTAGG
GAGGGAGGGGACTGTGTCTGTATTCCTGATGATTCGATGGTTCTAAAGTAGTACATGTTA
GTGTTTCTACTTATGAAGGAAAAACATGGTTTGGGGTGTGCAGTCGACATTTATCCATGT
GGACACACTTAAGACATTCTATAAAATCACAGTGGATTAAGATGTAAACCCAATATAATG
CCACCATTCCATTTTTAAACTCCATGCAGTATAACTAAGTCAACTCATTCACGAGCCCAT
TACATGGTGCAACTGCAACACTGTTATCAACACAAAATGCTTGATTACACAGGTAATGCA
CCCTTCTCCTATCCAAGTCCTATCACACCGAGACACCAATGAAACAAAAGCCTTTTAAGC
CATCTCCACAATAGTAGCAACGCAGAAAAAAATGTTCTACAGATCTATTTTGAAATTGGA
AGATATTTGACTCTTTCGTGAATGAAACTAAGGTACTTAGTTTTCAGGGTTTTTTAGATC
CTGGTCGTATCAGCTTCGGCTGGCCTCTAATGGCCTCAAAGGAGCTTTAAGAGTGAGCAT
ATTATTTGTGCATTACAAAGTCTTATGCGCAACAGCAAAGTAAAACAAACCAACAGCATG
GTACAGCAGGAGGGGAATATGTGCTTCAAATCACAAATGATACAAGAGTTCCTTCATGCA
TACCTCACCAACGACTCTGGCACATTTTCTGTATGGCTTACGAGATGCGAGGCCCATTTC
ATGCATTGCATAGCTGCAGAAAAAATGAGGATATCACCCAGATGGCATGGAGTAAGGTTA
ATTACAATACTAGAATGAAACTAATCTGCAAAATGTGCTAGCGTAGCACTAGTCAAGCAG
ATAACTTCAGAAATGGGAGAATACTCGTATGATCGTCCAATATTTCTTCAGAGTAAGAAT
TCATATGTTATGTAAACCTAAGATACTTCAGACTGTAGATTAGCTCAAGAGACAGATTCA
GGCACAACAGCTGTTTTACTATACACTCACTGCAATGGGAGCAGTTTGACAAAAGATAAG
CATCTCCAGGCAGCTACACCTTACAAAGTTATCTGATAACTAATGGTAACAACTTGATTG
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AATTTGTTTCTCTTCAAACTCATATGACTTATTAGACAGGCTAGTATTGCCAAAACGGCC
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TCTTCTTCAAACCCATTGGACAGCTCAACCCTTGGTTTACCACTAGTGGTTGTCAGTCTA
CCAAGCATGTGGCAAAATCAAACTCTCTCCCGAACACTTACACCAAGTGTTTACAAAGTA
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CGAGCTGAGCAAGCTGGGGTAAATAAACGAGGGAGCAGCTCACAGTATCCTGCGGTGGAC
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GGACATGTACGCGTCGGTGGCCTCCTTGTGGAGCTCCACCTGCACAATCCGCTCCTTGGT
GACGGGCGCCCCATCCCCGTCGGCGTCGCCGTCGCGGCGGCGCGCGAGGGGGAC