Map Locations of contig_42908 (13153 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_42908

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58709 3 3312 bp MLOC_58709.1 Available Available LOC_Os04g31900.1, FRAME:-2, EVALUE:0.0, 13104.m03048 protein calmodulin-binding transcription activator 4, putative, expressed
MLOC_58708 1 1158 bp MLOC_58708.1 Available Available LOC_Os04g31910.1, FRAME:+1, EVALUE:7e-26, 13104.m03049 protein expressed protein





CDS Structure of MLOC_58709






CDS Structure of MLOC_58708






Contig Sequence (13153 bp)

>contig_42908 13153 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TAGATTGATCTTGGTGTGCGTAGGAATTTTTTTGTTTACCATGCGATGTTGCACAACATG
TCTATGGTTAGGAAACATCAACCAATTTTAATCAATGACCTAGTCTTGTAGAGGCTCACT
AAGATACGGTGTTGTTTATGTATCCACACATGTATCTAAGTTTTCGGTCAATACAATTCT
AGCATGGATAATAAAAGTTTATTATGAACAAGGAAACATGATAATAACCAATTTATTAGT
GTCTCTAGATCATATTTCCAACAGTTTCCCATTGCACTAGAGTTAATAATTAAGTTCACA
TCGCCATGTATTTAACACCCAACGAGTTCTGGGGTTGATCATGTTTTGCTTGTGAGAGAT
ATTTTAGTCAACAAGTCTGCAACATTCAGATCTTTGTGTACTTTGCAAATCCCTATGTCA
TATTGTAGATGTTGCTACCACACTACACTTGGAGTTATTCAAAACGACTACTCCACTATA
TGTATCCGGTTTGTGACTGAGAGACATCTGAATCGGTGTCAAAGCTTGCATNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNCTCTTTATCACCTCCATAACCGAGAATTATTTTCTTAGTCCTCTTCT
GATACCTAAGGATAATATTTGACTAATGTCCAGTGACCCACTCTTGGATCACTCTAGTAC
CCCTTGCCACACTCATGGCAAGGCACATTTAGGTATGGTACACATTTCCAACAAAGGCCT
CGCTTGGTGGCTCACCCCCTCTGTCAGAGCTCGAGAACATGGCTCCGATTAGGGTCGTTT
TGAAGAAGAGGCTCATGTCGGCGATAAAATTCTCTAGTCTTCTCTCTAAGGGTTTTGGGA
ATTATGAAATTTATAAGCGGAGGAATAGGTCAAACGGAGTAGCGAGGGACCCACAAGCCC
GGTTGGCGCGACCACCCCTCGTCGCGCCACCTGCCCTTGTGGCCCGTTGGTGGGTTCTCT
CGTGACATCCTAAAGCTTTTAGGGTCTCTTATGCACCACAAAAAATCATGAAAATTGGCA
TCGTATTTGGACCTTTTTAGATATGTTTTTTCTGCAAAATCAAAAACAAGGAAAAATAGT
AACTCGTACTGTACACTAAATTAATAAGTCACTCTAGAAAAAAAAATTGGTATATAAAGC
ATATAAAACTGATAATATAATAATATTTAACAATAAAAAATTATAGATGCGTTTGAGCCG
CATCAATCGTCGAGCCGTTTGAGATTTTTTTTTCGCTTCCTCCATTGAACGATGACATCA
TGCGATTCTTTCGCTTCCTCCATCGAACAATGACATCATGCGATTCTTTTGCTTCCTCCA
CCGAACGACGACATCATGTGATTCTTCGCCCTTTCAATCCAAATGTTGCAACATGTCCTC
GAGATCCACCTTATACCTCCTCGCCAATGTAGATTCTTTTGATGCCATCTCGTGCTTGTT
CGTGGACCAAGCTAGAGATGAGTCAGTTGAAAAACTCATGGACACAAAAATCGCCAGCTA
GAAGACAAGATCCTAAAATGAGAGGTACTCTCCCCGCATGGGGTATGTGAACTTCTTGCA
CATACAAATAGACATAAATGACGCGAATTGAGCATAGCTCACATGGTTAGTTTTCTTGTG
GTGGAACCAATCCATCAGGGTTCAAATCCTAAATTTGGCATTGTTGTTCGTATTTTCTTG
AATTTATTCTATCCCTTCTAGCTATGTCCGTTCAATGGAAGGAGACGTTTCTATTAACTA
TGATGGCATCTATGGCAACTTCATTAATTTCAAGATAACGTGTCGGCTTATTCTCTCGAA
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ATGAGCACGCTTGTACTGTGTTAAAAGAAGATTGATATTTTTTAAAGAAAAATAATAATA
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CGTAGAAACCGAGCGAGCCCAGAGACGAGCCCAGTTTCGCCCATTCGGCTCTTAACCAGG
TCGGCCCGGAAAGTGCTTAGCAAGAGATGATAGGACTGAGCTAAACTCAGATAGGCGGCG
GAGAGCTAGGGTTCCGGCGAGACTAACTAATGGCCTCACTCGCAGCTCGGCGGAGGCAGG
AGCTGGCGGCGGAGGGCCAGCGGCACCTCGAGGAGACGATTGCCTCCGCTTTCCAGATCC
TTTCCTCCATGAACGACGAGCTCTGCAACCCCGCGCTCTGGTCCTCCTCCGCCACTGCCA
CCGCCACCGCCGCTTCCGCCGCCTCCCAGCATCCCCACCACCAAAACGCAGCTCCACCGC
CACCCCACTCCGCCGACTCCGACGCTGATGCCATGGGGGGAGCCGCGGGGGGCTCGGGTG
GTTCGCTCGACGAGGCGAGGCACCGGTACAAGATCGCCGTGGCGGCTTTGCGTGCGTCCA
TTGCCGCGGTGTCACCCTCTACTCAGGTGAGAACTTAATGGACTGGGGCATGCGATCCTA
ACATATATCATACCGTGTGTGAATCTGAGGAGAATGTGCTGCGGGATCCATGTACGGCTT
TTAAAAATTAGTGACAGTTCAATGGTACAGCTTTTAAAAATGAAATTCCGATTTTGGAGA
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TAAATGCATAACGTTTTTAGCAAACGAATTTTGCCACATTTGAGCTGTTGAAGATGCTAA
CCATTACTTCCCTAGAACAGAACAGATATTGAGTTTTTGGTCGGTAATGGGGGCGAGCAA
GAACTTTGGGTAGCTAGAACTTGTTTATCGAACTATCTATAGGAAGTGAGATTTTGATTC
CCTTTGAAGAGAAGGGGGTTGATTATCATCCTGCTCCATGGACAGATTTATTACTAGTTA
TGCTTATGCTATTCTGGGTATAATTTGCTTGCTGTAGCTATGATTGAATCAACAAAACCA
ACATCCGGTGTCAATCTAATTGCCTCTGTTTCCGCTTATTTTAAAATCAGCGCGCGTGAT
TACTAGGATCACATTTTGTTACGCCTCTGTAATGATGTCGGGATATTTTCAGGAGCCGGG
GCCAACAGAATCCAAAGGTGATCAAGCCGAGATTGAGAGATTGGAAGAGCATGCATCTTC
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TGCACCCCCGAATAACCTATTTTGGATGAGATGTCCATATTGCTGCCTATGACATAGATA
TATTGCTTTTTTTTGAAGTTTTTTCATTCTACATGTTTCTAGAATTATTCTTGTGAAGGC
GCAGAAGTGCTTCTGTGGTTTGTTTATCATCATCTGCATGCCTTTTGAATTTACCAAGGT
TTATGTATGTCCTTATAGCAGTGAAACAAGGTTTCCAGAGGTTGGAGTGCACCATCCTTT
CTGTAGAATTAAAAATGGATCCTTTTAAGTACTCCTAGCAATCACTAGAAGTTATCCCAG
TGTGTCCCTAATGGAAGCATCTCTATGTAGTACTATCATCCATGCTGTCTGGAAGTTCAA
ATCGACCATATGGCAACTTACAATATCTGTTCTTTTAATCCAGTAACATGTAACATGACG
TACAATTTTCTGGCAAGGAAGTCTAACATTGGGATTCTGCTGCAGGAAATTGGAAGCAAA
AACAAACAACTAAAGCTCCTCATCGATCAACTCCGTGATCTAATATCAGATATATCAATG
TGGCAAAGCCCTTGCTCAGTGTGAGTTGTCACTGCTAATCAATTCCTACAAGTCCCAAGA
GATCTGATAGTTAGATGGCTGCTAAGGCAAAACTGCATACGGTGGAAAGCGAATGGGATA
TGACCAAAGTAGATGCGATATGACCAGATCACTGTTACAAAATTGTGAAATTGTGCTGTA
TTGCCCTTGATGATTTGAGAAATGTAACGAGCAGTGTTAAATGTAGATTTGCTAGTAACC
GAAACACGTGGAAGCTGCATGTTGGACCCAACATGGCTATGGAGATAACAAGGGCTATTC
TTCTATTTTCTGTCTGAGGATTTAACATCGGCTCCAATGCTTGTGTATGCTCCCTTTCTT
TTCTTTTGTGATCAGTGTTTATGTGGGCTTTTTTTTGAGGTAGTGTTTATGTGGACTTGT
GTTCTGTGTGGAGCAATAAATTTGGCTCTTGAGGATTCAACATCGGCTCCAATGCTTGTG
TATGCTCCCTTTCTTTTCTTTTGTAATCAGTGTTTATGTGGACTTTTTTTTTGAGGTAGT
GTTTATGTGGACTTGGAGAGATCTAAAGGATTAGAGCATCATCGAAGAACTAGCCATGGA
CAGGGGTGCGTGGAAGCTTGCTATCCATGTGACAGAACCATGAGTTGGTCGTAAAATCTT
ATGGGTTCCACCTCTAGCCTACCTTAACTTGTACTAAAGGCTTTGTTGTTGTTTGTAGTG
TTTATGTGGACTTGTGTTCTGTGTGGAGCAATAACTTTGGCTCTTGAGATGCAATTCATA
TTCTTTTCTTTTTAACGAAAACGCTGTGCTCTTATGGGTGTCACCTCTAGCCTATCCCAA
CTTTCTTAGGACTAAAAGGTTTTGTTGTTGTTGTTCTTCTTGTCGTCGTTGTAGTAGTGA
AAACGTTGAAAGATCGTAATATGCCTATAACAAATTCGAGTACCACTAGCTGTGCAATTT
GGTCTCATGCAAATCCTACTTATTCAGGGAGTTACCTAGGATTGATATCTTTCTACTCTC
TTCATTTTTAAATATAAGTCTTTTTAGAGATTTCGTCACGGGACTACATAAGAAGCAAAA
TAAATGAATCTACACTCTAAATACGTCTATATACATTTGCATGTAGTCTTTTAGTAAAAC
CTTTAAAAAAACTTATATTTAAGAATGGAGGGAGTAAGTTTTTCACATTCACATGATAGA
AGGATTCCCACCATTCTCTCTTAACCAAACATCTTCATGCAATACTCTAGTGCCCTTCTC
GGACCAAGAAGCATCTTCATGCAATACTGCAGTGAAACATCAACATTACTTCTGGTACAT
TTCCTGCATTGTTGAGTTTTCCTTGTTGCATAAAAATAAATACATTTGCGTCCAAAGATC
AGACGGATCATCGACACAACCAGTTTAGTTACCAGTAGCTCATGTGAACAGTCTAATTCT
TGAAATTGCACAGGCCATGCATCATTCTGCGGGATGGAAGAACGTGCTGATCAAATTCCA
CTGAGCAACCTTATTTAAGTCAAATTACCTTGATATGGTGTTCATAACCTGCCATTCCCA
ATTAATACATAACTTACAGACAACAGTACGTAGGACCATCATCCTCTTCTTAGATAACAG
AAGGGTTTTACTCCAAGCATCTACAAAATACATCATCGGATGCAACCATCACTCTACAAC
AATCAGTCAAACACTGTACAAACTGGACACACACTATCAGGTCACAGTGGGCTGCACACT
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ACGCTCCTTGTGCTGCGCGCTTCTTTCAGCACGTGAATTTGTCGATTTCTACGAGTAAGT
CGTTGTCAAGTATTGATGATGTTGCCTTATCAGATGCACCCAATTCAGCCTGCATTTAGA
CCAGCATCGTAAGTACACTGCTGAGATTTGATTTTGGATGATAGAAAGGATAAAACCAAA
TGTATTCTAATGACTGTTCTGTGTGGCTCTCAGCGCTTGCAGTTCGTCTATTAAAAATAA
ATGGTATTTCTCTTCAGAAGTATTTTGTTTCAAATTGACACTGGACATATCACTACTCTA
TGCTTTGCACATCAAAAGAGTAAGATATCAAACATACCTTGAAAGAGGTTAGCACCCGAG
TCTTTCTGTTCTTTTGAGAAAATTGCTCTTTATTTTTCTAATATTTCTACATCGTGGTAT
GAACTATAGTTTCATTGGCAACTTGGCTTATGATCACAACATTGCTTAAATGTCAAATCC
ATGAACTACTTACAGTTGCCTGGCGAAATTCCTCGAGCATTCGACGGTACTGCATCCTTG
CTTCAGGAGAGTCCACCATGGACAACACTCTTGACACAGACTCCTTCACAGATTCATCAA
CCTTCTGCCGGCGGAAGATCTTGACTGCTTCATCATCATTGAAGTCATCATCGTCTTCCT
CCTCTCCCTCTTCTGCTTCAATCATCACTGATTGTTCGGCTCGGAAGCCACGTAGGCCAT
GTCCTTTCCGGCGCCACCTTAGTATTACTTTCTCTAGCACACTAACAGTGCTTACGAAAG
TCTTGTACTTCTTTCTCACTTGGTGACCTCTTACATGAGCCTGTACAAAGCAAGGTCTTT
AATGTTAACAAAGTAAAACACAGCTTGCCTGCTATCATGTAGTTCAAAGCCCAATCATAT
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ATTTTAACCACATTTCTGCGCATGTGGAGATAATTTTTGCGCCCTTTCCAGCCTCTGTAT
TTCTTCTGAATTGAAACAGCTGCTTTATCACAAAACTGACCATTTGAAACATGATGTTGG
TAGTATAACCTTGATGCAGCCGCAAGTTCATCTATATCTTCTTGTGTCATCCCATATTCA
TCCTTAAGTCGGGCGTCCTTGTGTTGTCTCCTCCTGAAAGAAAAGGCACGGAAGGCATTC
TGAATTCGAGCTGCTGCTTGAGCTGCATTTCTCACTGCCGCCAAAGAATCCTTCAGTGAG
AGTTCATCTTCTGTGCCCCCATGCAGTTGGGCACTCCTCTGAGATATGCTCTCTACTGCT
CGCTCTGCTTCAACTGCAGCTGATTCTTCTGAAATACCACTCTCTTCTATAGTCAGCGAT
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TCAGAAGCCAGGAAAGCTGCTGATTTGCCCACTGGATCTTGTGCAGTGGGATCGGTGACT
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GGGACTTACTTAACAAGGTTGCTTGGTAGTTCCATGCCAATAAGTTGCAATACACGCTAA
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TTCAACATATAGTGTCCATTTCTACTTCATTTGTGACCTACGTTCTGCAGCTGGGCATTA
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GAATTGTAAAGAACTTTTTAGAAAGTTATGTTAACTTCCTGGTTAGTCAAAACAGAATCT
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TGCAGTCCATCCATTTGAGTCACGCAAATTTATGCCAACACCAGCACTGAGAACTGAAGA
CAGTGCCCAGTCATAGCCCAGCGCAGAGATTAAGTGTATGATACCTTGCTCATTTTTGGA
CAGAGAACATGTTCCATCATCTCCTTGGAGCTTCAATGATAACCGCTGTTGTAATTTACT
TTTCAGCAATTCCTCCATGATCCAATCAACCCTGCTTAGTGGATTTTCACATCCTACATC
AAGTTCGTTGATCAACTGCTGCCAGTTTTCCTCATTCATTTTAAGTTTGGGACTCTGTCC
AGGCAGAGGATCATCACCCAAAACTGCAGAGGAACCATTGTCACACAAAAGTATTCTTGC
AAACTTGGCAAGAAGTGACAACTCTTCAGTAGACTTCACAGATCTAGACGACGGTGCGAA
GTCTGTGAGATTAGAAGCCGCTGACTTTGCACGGAACTCAAAGTCCTTGACTTCACTGCA
AACTTTTCTATTCCCAGTGGTAATACAGAGTGTGAGCTTTCCGGCACAGTGTAGTGGCGT
GTGGCAGCGGAGAACACCTGGCTGAACAATTTCAACAGGCACCTCAGTTTCACTGAACAT
TACTGCCCAGCATATATTCGATGGGTCACACAAGAAATCTCCAGTAATGATGACCTGCAT
TGAGAGAGGAACAACAAGACGTGAGAATAGTTGCTGTTGAGACATAGAAAGATAAAATGT
TCATGTTGTACCTTGGTGGTCTCATAGCAGAACGCCCATTCTGGAGAGATCTCACGGATG
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TGACCATTGTCGAACAACTCTGATATTTCATAGCCACATGAATTGCTTTGGTACGAATTG
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ATTTTATGCATTCTGTTACTTCAGTAGTACGCTATTTTAGTCCTTAGATGTTGGATCGAT
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AATTTTTATTTATCAATTTCCATATTCTAGTGTAGTTTTTTCCATGGATCTAGCTTTGAA
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CTGCAGCCTCAGTATTTGCAGTGAAGTCCAAAGAACGCGGTTGATTTATGTAAATGTAGT
CATCATCACCCAAACTTAACTGCTCAGCAATGCTCTTCAAAGCTTGGTTGAGCCCAGATG
TATTTGTAGAATCATTATTATCTACCACGCAAAATTCAGAACTTCGTTCCAGACTAGGCT
GGCCATGCCCTGGTATGCCCATCACAGTTGATTGCTGAAGCTCCGGTATGCTTAGTAGAA
CAGCACTATCATGGCTGTACTCTTTGTTTGCAGAATAAGAACTTACTTCAGTAACAGAGC
TCTGGAGGGATTCATTGCCCTCACTAAAGTCTGATGTGGAGCCGTGCTTTCCATGTATGT
CATTTGGATAACTCAAGGTCGAAAGTGATCCTGCTGATCCATTTGACAATGTTGAATAAT
ATCGTCCCTGTAAGAAAGTTCCATGCAGAAAAATTACTCATTTGTATTGAATTCATGCTC
CAACCAACTCATCCAAAAGTCCGAACTGATGGAGGGAGGCGGGCAATATATTTCAACCCC
CCCCCCCCCTCACGTCTAGGCTATTTTTAGACCTTAGACATGGGATTGATGTAGGCCGCA
GAATCTTTTGTTTCTAATACTGCGTTGGCAGGGTCTTGAACTCAAGACCTCTTGGCTCGG
ATACCATATTGAATTCATGCTCCAACCAACTCATCCAAAAGTCCGAACTGATGGAGGGAG
GCAGGCAATATATTTCAACACTCCCCCTCACGTCTAGGCTATTTTAGTCCTTAGACGTGG
GATCGATGTAGGCCGCAGAGTCGTTTATTTTTTAATACTTCGTTGGCAGGGTCTTGAACT
CAAGACCTCTTGGCTTTGATACCATATTTAATTCATGCTCCAACCAACTCATCCAAAAGT
CCGAACTGATGGAGGGAGGCGGGTAATATATTTCAACAATTTGATGTACTCGCATTGTAT
TCAAAATTAAAAAGATTGGATGGACATAATCTATCACTATAAAAGAGTGTGAGATCAAAT
CGAATTGATTTGAATATTACTTTCAGTTTCGTATTCAATTGCTTATAATCAATAGGTGAG
ATGCAGGTACTACATTCGTTTTGAGGGATCAAAATTCTCACGTCAATTGAGATAAAAAGA
CAAAATCACTGCTTATTTGTTGGGGGTCACATTTGGACGTTTTAGATTAATGTAAGGAAA
GAGAAAGACCTGCACGACTATTTTGTGAAACCAGATTATAATGGTGTGGATTAGTTACAA
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TCTGGAATAGTGCAACGACCTTATCTAATCCATCATGAAAACATTTAAGGCACAGGGCAG
AACTTATCACTTATATTATATGTGTACAACCATAACTGTAAGTTTCCACTTCTATTTATT
CGGTGTTTTACGTGCAATATTACAAGAGCACTCTGCAACAGAGCCACGGTGGAACAGAGC
CACGGTCAGGTTTGATACTTCCTAATGATAGATTGTAAAACTGAATCCTGATATGGAATC
ATGCTAATAAGAATTATTGAATATTCATTTTAGTGAGATGACTGAAATGCTGCGCTGGTC
TATAACTATTAACATTTTAGCACATGATGACCAGTTCTATTTCAGCATGAGCTGATACTG
TTGATTATCCTTTTACATGTGGATATGTTAGCTCACTCAGTCAAGTTCTCTCACTATTTA
TTTCCCAGACAGATGATTTAACCAGATAACACCATAAATATTCAGAGGAAATGATATCAT
GACAATCTATACTTGCTCCCAAAGATAATACTCACATACCTCGGCTACTTCTCTATATTG
TACCAGCACAATGTGGTCGTATGCACTGCAGAAAAGGAGAGTATGTATCATAATAAATAG
TACCAATCCTTCTGCTTTGCATAGAAAAATGTTTGCAATTTTTCCTAGATAGCAATGAAT
AGCAAGTAGCACTCAGGCATCTTAGCACAATTGCAACCTAACGGTAACATAGAATTATAA
ATGGCATAGTTCACAATCTCAAAGAAGTCTTAAGATACTGGGATAGCTTAAAGGCAAAGC
TGATCTTACGGTTCCAGCATCCAGAAACACCGTCTCTGAAAATATGGATTTTGCTCTCCG
TGAGCATAGTAGCAACTCAGAGCATCAATATTTCCGACCTGTATTGATATGAAAATGTCA
TATATAATATTAAGTGCTAAGTGTGTTGATTAACAACTAATTCTGAAGTTCTACTTGTAA
ACTTTTCTGTAAAATCCATTAATAGAAAATGATCAGGCTAACTATACAGCATCTTCTCAT
TTCTGTGAACTAGTACTGCTGTGATTGTTAAGATATCACATAACATATATAGACACATGT
CTTGCTAAAAAAAGGAACAAGCCCAATACACTGTTTGCAAGATCAGTAGATGTAAGACTC
GTGTCACTTGCACTATCTCTCATAAATTAAAGTTATCTCTAGAATTAAATATTCAAATTC
CAAACCGTAAGTAAGTTATCTGCAGAGGACACCAAATAAATATATTTCAGCTATACAATA
TTCAAGCAAAAGAATGATCACGAAAAAAAATCAAGCAAAGAATGACTAAAAAAATGATAT
AGTTGTTTTCTTGTTGCCTTGTCCCAATTCCGATGTACTGCTTGACAGAGCAGTAAAACT
ATACGGTAAAGCAACCTGGGCAACGATATCCATTTAAGAATTATATACGAATATGTAACA
AATGTTCAACACGATTCAGCTAAATGGATGTGAATAATCTGATTAATTTGTGATATTTGA
TTTGCCACACAATTTCACACAGACTATACAATTACGTTGCTACCTGCAAGGATGATGCAT
TAATAGAAGGAACATGCACACCTAGTCACCCGACAAGTCCTGACAGACGGCACCCTCTCT
TGTTGGCAAGACTGTTGAAAAGACAAAAATAACTGGAATGCTGTGACACTATACTGAGCT
TTCTGAAGCAAACCTTCAATCGCTCATGAGCCTCCCCGACAGTTCTTCCGTCTTTCTTCC
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GTGAACCACCTAGAGAAGAAATGATAATGTTATTGTAAGACAGAAATAAACGAAAGTGCA
TTTCTGCTCCCGA