Map Locations of contig_42607 (13844 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_42607

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58377 2 2160 bp MLOC_58377.1 Available Available LOC_Os03g11440.1, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13103.m01291 protein protein transport protein Sec61 subunit alpha, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_58377






Contig Sequence (13844 bp)

>contig_42607 13844 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATGTCCATGATTTTCAAAAATTGTTCACGATTTCATGAACATGAAAGTGATAGTGTATC
TCGATGATGCAGTAAAATATGGTCATTGCCATTAGAGAATAGGATTTTTTTCTCCCGTTA
CAACACACGGGCCGTTTTGCTATTAACTAAAAATGGTAGACAACTTAGAAGTAGTAGTGG
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TTGCAGACTAGTTGCTTTTAATGCAGCAAAGTTGCATGGCTTATTTGTTTTCTAACACTG
GAGCTAATTCAGTCCACATATTATGCTATAGGTAATTTCATAACCATGGCAACAAACTTA
GAAGAAATGTTTTACCTTCTTTACAAAAACTTGTCTAGGTGATTATAGGACCGTGCATAC
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AAGTGTTGAAATTTACCTCCATGTATTCTCAAAGTTGACTGCCTATGATGCTCAGTTGCC
TATATAAGATGAAAGTTGTGTGCCATCGTTCCTAAGTTGCTTAGGATAAAGTCAAAAGGT
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TATTGAATGTCAAAGGCTTTGAAGACACGTCCTTTTAATAGAAAATAACCAAAATGAAGC
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CGCTTCAGATTGTTAAAAAAATCTCAGATTTACTTACATAATTTCCTAAGAATTAGCATT
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TATTTAGTGGTGAGATATATGGGGGTGCGCCCACGGATGCTCCTATGCATTTTCACATGT
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TATATAGCTCAGATGTTTACTTATTTCGTTATCAAGTTTTACATGTGTAATATACATTCA
TATGATCATGTAGAATTTTTTACAAGAAAAATGAAACTTTCAATCTGATATTTAATCTAT
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TATTTCATTAGTACATGACGCAAGGAGGTTACTTCTGTTTAGCACTAAATTACTTAGTCT
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AAGCAACGACAATCAATAAGTAAATGTGAAATCTAGTTCTAAAAAGTTTGTCGTGTACAT
AATACATATATGCATGGTTCAGAAGTTATACTTCCTCTGTTCTTAAATATAAGTTTTCTT
AATGATGAAATCTAGTTCTAAAAAGCTCGCCGCGTACATAATACATATATACATGGTTCA
CAAGGTATACTTCCTCCGTTCTTAAATATAAATCCTTTTAAGGATTCCACTAGCGGACTA
TATACAGATGTATATTAATATACTTTGATTGTAAATTCACTCATTTTGCTTCATATGTAC
TCCCTCTGTAAAATTAATAAAAATATTTAGATAACTAAAATAATGATCTAAATGTTTTTA
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TTTAAGTCACTTGACAGTATAAAATAGGAGGCATCAAAAGTGCGATCTTCCTTCGCTCGA
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CAGTGTACTAGGAGACTGATTCAGGCATTTTTGTACAAGAAAACACAGAAAAACCTACTC
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TAAATTGGTCCCAAAACATTCAGTTGCTATATAGTCAAAAACATGAGAAGTCTACGGAAG
ATGACAGGTGACGGCCACGCCCGTGCTTGGACCAGTCGACCACCATAACTGGCCTGAAAA
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GAGCTGTAGCCATAACATGCTCCCAAAGCTATCATGTATCAATCAGAACCCAAAGAAACC
AAGCTCGGTCGCCCTCTCCTTCTCGAAGGTCTCAAAGTACTGGTATATGATGGTAACAGC
CAACAGAATACCGGTTCCTGAACCAATTGCGCCCATGAAATCAGCCAGAACAGTCAATGC
ACCGATGCATACTCCACCAAATGCAGCAGCAGTAGGGATGTATCTGTTCAGTTCCTTCTG
CAAGTTTGACTCGCGATGGCCTGGCATAACCATTTGTTGTTCCTGTTGGATTGCCAAGAA
TTGAATTATATTACAGTTGGCTCTTGCTAAACAGTTTTTGCAAGAGTAATTACCAAAACC
AGCTAATGGATCTCACCCAAATTTAACACTTCCATATTACAGCCAAATAACTACTGGGTA
ACCATTGACAGCCCAACATCAGGCTGGAGTTTCCAAGGACGCCACAAAGAACAACCTAGT
TATATTACAATTATGACTACTGTAGGCACTGATGTCGAAACATCAGGCTTGAGTTTCCAA
GGATCGTAAGAGAAACAAACTAGTAGTTCAAGACAAAGATATTATGTTCTCTAAATGGAT
CCATTACCAAAATAATTGACGTTTAAATAGTTCATGAAAGGCATGGAATTGCTTGGTCAG
TTGTACAAATCATTGGTGTTCAATAGGCATAAATTTCAAAATTGGACAACTTGTTACGAT
ACATGAGAACACATAGAACTCTGGCACATTGAAATCAATATTTTCCACAAAATGTAAGGA
GGAAGAGTAACCAGACATGCTATATGTAAGAAGGAAGAGTAGCCAGACAAGACAAATACT
GCATATGCATTGTTTTTACCTTCAGCTGCTTAGCGACATCCTTGGCTGATGAACCAGAGA
CTTCAATCCATGTTTTTGAGAAGAGAGCACATGCTGACAGCATGAAGACCACATAGAACA
ATGCATGGAACGGATTCGCCAGAATATCAGCCATACTGCAGTTTCCATAAAAGGGTCAGT
ATAATTAACAGTATTTACTAACATACCGCAGTTTCCATAAAAGGGTAACCATAATTAACA
GTAATTTCTTGACTAAGCAAAGACAAGAGATCAATTATTCACCTTGATGGTGCAGTTACA
TAGTAAGCAAGACCACCAACAGGGATAGAATGGCCAGAATATTCAGATTCTTTCCATATA
CCGAGAAGGTTAACCAGAAAATTGCCACTGTACTTCCTGTAGAGAAGCTGCACCAACAAT
TGAAATGTTCAGGACCTAAACATGCATACAAATGCTTACCATACTATAGTAATTACAACT
CTGGAACAGAAGCAAGTACCTGGGATATGAAATACAGGTTGGTAATCAGGGCAGAGTGCA
GAATGATGGGCATGTTTGAAGTGTAGAACAGCTTAATTGGGTACGAGCCTTGCTGCCCAC
GAGCATTCTTTGACCTCACTGGGAGCACAACACGGAAGCCTTGGAAATAGATAACTATGA
GAAAGACCAACACAGTAGCAAGTAAATTGGTCACATTTGGCAGATTCTGACGGTAGAAAG
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CAGCCCCTTCAAACTCAGCACCACGTCCACTGTTGATGGTGGTGGGGCTAAATGCCTTCC
AGATGATGTTCTCACTACATAAGATCAAATTTACTATAAGCCAACTAGCAACAGTGTAGC
AGCACATCAACAAGTAACAAAAACTAAGCACAATATGCTTACCAGATATTGGTAGCAATG
AAGAGAGAAATGCCAGAACCCAAACCATAGCCTTTCTGGAGAAGTTCATCTAGACAGATG
ACAATGATGCCAGCAAAGAAAAGCTGAAGTATGATGAGAATAGCATTTCCAGTTCCAAGT
TGGCTCACACTGCCATACATTCCAGACAGAACATATGCCACAGCTTCCCCAATGGCAATC
AGGATACCCAGCAACTTTTGTGCACCATTCCTGAGTAAACAAGTACAACATCAACACAAT
ATCACTGGAGAACATATGAATCAGCAAGCATTACAATTTTCACTGGTCATTCACTGCACA
AATGATAAACTACATTTGCAAGACACCATGAACACAGTACCTATGAACATTAATTTTGGA
AAGGAAAGTAACAACAAGATTCTGCTATTTTCACAAATACTTACAGCAGAGCACGATCCT
CTCTCACACTGTTGTCCACTTCAATAATCTTGGATCCCACTAGAAGTTGCATAACCATTC
CAGATGTCACAATTGGGGTAATACCCAGCTCCATGACAGTACCACGGTTTGATGCAAGAA
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GCTGACTGCACACGAGGAAAATGAAGAGAGAAATGACGGTGTAGATCACTTTTTCTCTAA
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ATTATTCACAATGCACATGGCAAACTCAAACATTAAAGAACAAAGTAAACTTGACAACAA
TTCCCATTTCATGCATTTTATCCCCAAGTCATGACGCATTTTATCATGGTTGGGATCAGG
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AGGAGTAAAATCAAAACCCACATATTTCTAGCTCAGCTGCATCGATTTGCAACCAGACAA
GATGCTGCACATATGCATCACAATTAAATGAAAAACTTCTACTTTGATTAATACTTGACA
GCTACAATTCTGTTCAAAAAATGAAACCAGGCGGCCTATCCAGAAAGTAACCGAATTGGA
CCGCTCAGACATTTTTTTAGCAACATTAATTGGGTCCATCAGCTTGGATCCGGAAGGAAT
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CCATATCAAGTGCACCAGAAGAGGAAACTCTGCAACCTGGGATCATGCACCAGATCCACC
GACGAAACGGCCCCGTCCATCATTCCCATCGGCCTAAAACTTGCCGGCAATTAACGGCCA
CGGCGAACGTCGCAGCCATGCAACAGTCTCAGAATCCGAGGTTCGCATGGATCTGGACGC
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GTGTCACGGTCCCTGCGCGGTGGGGCCGCGCGAGGGCGGGAGGGCGAGGAGCCGTCTGAT
CTGGAACGAGCGGTGGATGATGGGTCTCTGTGACGTGGAACCGAGGACGGAGAGGCCACG
TCGACCGGAATGACTCGTGAGTCGCGTGCTAGTGGGCGAACCGGTCTCCGGGCGGGCGCA
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TTTCGTGAACAGTGCTTCCAAGTAAGATTCATTTTGAATATATTTTGTGTCTTTAACAAT
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AACCCTCCCATCCTGCGACCAAGAGCCCTTAGTGTTTAGTTTTTTCCATCCATCTGAAGG
AACGAACCATTTGGAGATAGATCTGACCGATGCACTAGCAAGTCTAGGGATTACATAATC
ATTTCGAAATAATCCTGGTGCCTTTGACGGAAACACAAATATAATTTTGAGTAATCTCTA
CTTCTAAAAGGGAAGTTGATAAGCTGGTATGTGATACATCCTAAATGTATCTATTTTTTT
AAACACTTTTGCTCTTATTTTTGCCACTAATTCACATGATTTGAATGAAACTAACCCTGA
CTAACGATGTTTTCAGCAGAACTACCTTGGTATTGTTTTTTATAGAAACAAAAGTTTTTG
AAATTGGACGAAATTTTGTGAAGAATTGTTTTGGAATATATAAAAAATACTAGTGCAAAA
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CGGTGAGCTTGTCGGCCCCTCGAGCCACCGACTGACCAAATTCCACCTCTACATATACCG
TCTTCCCAAGAGGAAAAATAGAGAGAAATTTTCATCATGTTCCACGATACGGAGCCACCG
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GGGAGTGAGTAATCTCACTATAGGCATGCTTGAGGTAGATGGAGATGTGTGAAATTCGTC
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GTTGTTATGACTTTGTTATGCTTAATGCTTGTCATTGGGTCCGAGTGCAATGATTTTAGA
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TGATAATCGTAATTTAAGGAGTTCATGTATTTACTTTTTGGCCTTAATTACCTATAGTTT
CCATTAGGGCCCCGCTGCCACGGGAGGGTAGGACAAAGTATGACATGCAAGTTCTTATTG
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TTTTGTGTCGCTCTAGGTTGTGTGAGTTACATTATGAATTTCATCCAAATATCCATCGCT
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TGTTGTTGTTGTTGTTTCAGTTACTATAAAACTGCTACTACTGGCATCGTTATTGTTGTT
GCTATTGTTACTACTGGTATCAAAACTATCATATTGATTTGCTACTGATAACTTGCTGCC
AGAAGTTTGCTTCTCGGGTGTGGTTGAATTGACAACTCAACTGCTAAGGCTTATAAATAT
TTTTTGGCTCCCCTTATGTCCAATCAATAAATTCAGGTAAAATATTTCCCGCGAAGATTG
TTGCATTGCCCTATACTTGTGGGTTATCAAGGCTATTGCATGGCGTCGTTGCTATGGAGC
ATAGCTTTATTTATTAAGTTCACTTGGGAGTTGATTGTGTGTTGCAATTTATATTCACTA
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AATACCCAATTAAATATACCATTGATTCACCATCTATTTTAAGTCAACTTGTGACACCAA
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CTCATGACGATGCTTCTACTCTGCTTGATAATACTACCGTGCCACTTGGTGAATTACTTG
ATAAGCATATTGCTAAAGCTAAAGAAACTGAAAATGAACTTGATGACAATTATGATTCTC
CTATTACTCTTCGTACTCGTATTAGAACAAAATTCTTTGATGTATCCCATGGTTATACTA
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AATTTATAGGCTTAAAGAAAAGTCTATGAACCAAATGATGAAATATGACCCTAGGTTTGT
AACTTCTCATGTTTGTATCACTAATAAGGATTATGAATTGTCTTTGATCCTGACCTCATT
ACCCTGGTGGAATCGAATCATTTTCATGGTTATGAATCTGAAATAGTTGTTGCACATATC
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CCTTGAGTTATTTACTTTCTCATTAAAGGGTGATGCTAAGATATGGTTCAATAATCTTGC
TCCTGGTTGTGTGGGTAGTCCCCGGGATATGAGTTACTACTAGTGTGAAAATATTTTCCT
CCTCATGCGAAACAAGCTGCCTTACAGGAAATATTGAACTTTGTGCAACTTGAGGAAGAA
TGTCTCCCTCAAGCTTGGGGGAGGCTTCTCCAATTATGAAATGTTTTGCGTGATCATCCT
CTTGAGAAAATTAAAATACTTGATATCTTTTATAATGGACTAATCGATGCTTGTAGGGAT
TACTTAGATAGTTGTGTTGGTTGTGTTTTCAAGGAAACAACATTTGAACAAGCTCGGGAG
TTATTGAACAAATTATTGAAATATGTCGATTATTGGACACTTCTTGAACCGCCTCTTAAG
CCAAGTCCGAAGAAAAGAGGTATTATATTTCTTAGTCTAGAAGATATGCAGGAAGCCAAG
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GAGATACATGGTATCAACGTTCCAACACATGTAGTAGAGGTAAACTATTTTTATAGGTTT
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TTATCGTTAAATAATAACACTTTAATATGCAAATAAGCGATCAATTAAAATTGAATGATT
CCATGATTGAATGCTTGAGTGATATGTTGTTTAGAATTACCAATGATGTTAAAGGAATAT
GCAAACATTCTTCTATGGTTCACACTCATCTTGAAGAAATTGCTAGATCACGAAATGATT
TATTTAGGGACATGTCTAAAAACTTAATCATCATGTTATTAGATTATTGACTAGAGGTGG
TAGAATGACTGAACCTTTGTATCCCGAGGGTCATCCTACAAGAATTGAACAAGATTCTCA
AAAAATTAATAATAGTTCACCTAAGAAGAAAAATAAGAAGAGTAAGAATACAACTTTGCC
AATTTCTAGTGAACCTATTATAGAGAAATCTACTGAGGATTCGAATAATGTTTCTATTTA
CGATGCTGAAACGCAATGTGGTGACGAGCATGTGCGTAATGATAATGATAAAGATGATGA
TAATGATCACGTTGATGCTCCACCTAGTAATAACAATAATGAATCTAACAGTGGTGTTGA
AATATAAACTAAAGTTTAGCTTGATGACCCACCTCCTAAGAATAAGAGATATGAAAAGAA
AGATATTATTGCTAGGAAGCATGATAGAGAAGGAGAATTGTGGGTTCAAAAACTTATTCC
TTTTCCTAGTAAGACTCTCAAAGCTAAACACAAATATGCTTTCAACCACTTTTTTATTGA
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TGATTCGACACAAGGGGAGCCAAAGAATATTTATCAGCCTTAGCATTTGAGTTGTCAATT
CAACCACACTTTTGATATCTTGGTGCAATGAAGATTTAGTAGCACGACAAGTAATAGTAG
CAACAGTAACAGTGATAGCAATAATTTTGTACCAGTTGTGACAGTAGCAGCAACAGTAGT
AANTTAGCAAGATTCAGTATATGTAAAGTATAGGCACGTGGATCAGCGATAGATAGACAT
GGATGACATTCATCATGTAACAGTCACACACTAGAGTGACAAAGAACTAGCTCCAATTCA
TCAATATAGTGTAAGTATGTATTCTGTATATAGTCATACGTGCTTGTGATAAGAACTTGT
ATGACATCTTTTGTCCTATCCTCCCATGGCAGTGGGATCCTAATGGAAAATAAGGGATAT
TAAGGTCTGCTTTTAATACAGAATCGGAACAAAACATTAACGCATGGTGAATACATGAAC
TCCTCATACTACAGAAAACACCAGAAATAATCCCAATTATTGTCACCTTGGGGGATGTGG
ATCATAACACGTAATCACTATTGCAGGATGCTGCTAACGCGACACTACAATGAGAGACCC
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ATGACACGAACTATGTGTGATGGCGGATCCATCAAATATGATTCGGAAAAGAGTGTGATG
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AAGAAAATACATATGTGTGTGAAGTATGGCATACAGTTCACTCAGATAAACTGTTTGCGC
TGATTTAGGAGAACACAAACGAGTTAGCATAAGAAGGTGTGTGTGATACCCAACACACAG
TTCATTCATCAGAATTGCGTGGGATGACCAATAATAACATAGACGGGTCATTCCGACAAG
GTGTGTGTTGTGAGGCAGACGGTTTATGTCAAACATTTGTCAATGATTGATGAAATTATT
ACCGACGCTACATTGGGAAGTGACGTTTGTGTGTATTAACATCACATGCATTTTATTATT
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CACTTGAGGATTCCAGTGCATGCTTCGGCACCGCTTTTGGCCATGTATCGGCTCGATTAA
CTCGTTCCCATAGACAACCGCACATGTTCCCATGCACAAAACTGTGCTACGTCTCTAGCT
TCCTTCCCGACTCGGTGAAATCCCCAAATCCCTAATGCTTGCCGGCCCGCTAAACCCTCA
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CTCCCCTAATTGCCAATGGCAACAACCGCTCATCGTTGCTCAACCACTTTGTCGGAGGAC
AACTCCAGCTAGGAGGCTTCACCACATCGGCGCGACGGTCCTGTGAAGGTGTAGTGCACG
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CCACACCGTCGCCTGCCTTGGACACAGGTCCGCCGTCAAGCGGCTGGTTATCACTCGTTC
CGCTACCGTGGCCCAAAAGCGGGAGGTGGAGGCCGCCGAAGGCCCGCTGCCGGGCTTCTG
CATCGCAAACCTTGCGCGCTACACCTACCTCCTAGAGAATGAGGTGGAGCGCCAGGTTGT
GTACGCGAAGAAGCTTACCTACATCATGTCCATAGGAGAAGCCACAGCGGTGGCTGATAC
GTCTCAAACGTANNNNNNNNNNNNNATGGTTTCACGTTGTTATCTTGTATTCTTTGGTTG
TTTTATGTAACTTTTATATCTTTTTTGGGACGTAATAACTTCGT