Map Locations of contig_42585 (11222 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_42585

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58352 5 2056 bp AK373094 Available Available None
MLOC_58351 3 1716 bp AK371630 Available Available None





CDS Structure of MLOC_58352






CDS Structure of MLOC_58351






Contig Sequence (11222 bp)

>contig_42585 11222 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTACCCTATTGTATAAGGGGTTTCTTCATATCCTACACATGTACATGCATATATATAGCG
GCCTATGGCCTCATGGGAATACATTTTGCATATTTCCTAACATGATATTAGAGCTAGGTC
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TGTCTCGTAGCCGACGGTTCCCTCTGGATCGAAGCCGGCGGTTCCCTCTGGATCGAATCC
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AACGCTGCCCCTCGAACATCACTTTCGACTATATGAGATATGCATGTAACCATGTAGCCT
CATATGCTCTAGTTTCCCTAAACTTACCAAGATTCAGTTTACATGTCATATACTCTTAAG
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GCAGTTTTACATGTAGCAGCAAGACAGAAATCACTAGCTCTACACATGCCCTCTCATCTG
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AAACTGTAGAGTTTTTAAAATGGGGACACTAAGATATTTCTCTGCGGATGCATTTTAAGA
AAATGAAAGAACACAACAGATAACAGATACTGCAATAAAAGAGAGGTTCAATACAAGATA
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GATCCTAGGCCTCGTCCTTTTGGTGCTTTGTTCAGGTATTTTGCAGGCAGCATGGTTCTT
ATTCTCTAAAGCACATGTGTATGAAACATTCTAATTACCATTGAATTTGTAGGTGTTATT
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TCCAAGCCATGTCCATCCAAAGATGCATGTCTGAAACTATGCAAACAAACGTACCTCTCG
TGGATGGTGTATGTTATCTGGGGGAACTTGAGGAGACTACCAAGCTTGGCACGGCGCACG
GCGCATGTTGTTTTTAAAGATTTAGAATATTAGTAGTAATAATATTTACATGTTGATGTA
AAATAAATATTAAAGTTCCGAACTCATGATTGAAGTCTTCTAATAATTTAATTATGATAA
ATGTATTCTTGCATTCAATCTGGAGACCGTCCATAAGCTCGGCCATTTTACTCGATCATG
AAGGCAAGTTGATGTGATGGAATGGCTAACCGCATACCTGAGAGTAACAGAAGATATCAT
TTTTATGCATCGATCTTTTTGGGATACAATAAAGTATCCAGTTTTTAATCAATGTATCCA
TAGTTTGATAGATATATATATTTTTACTCAAACTCGAGATATTTATACTTGTTACGGGAC
AATTAGTTTGAACCGACAGGCAATAACTTCTTCCATTTCCTAAGAAGTGAAAACTTTGAG
TGTCACCCCACAGCAGGTGAACAAATCAGCATACAATAATTTAGCTACACTGCAAGGTCC
ACACCAATCGAGTACCTTGAAATGATTTGCAATGAGTTGTACTCCCTCCGTATCAAATTA
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AGTAGAAGAGTAGAACTTTGAATTTCGCCATGTCCAGTGACATTTCGGTTGATATCAGAA
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ATTCTAGAAACGGAACGACATTTATTTATTTTTTGAATAACACCCTCTAGAGGGTGCAGA
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AAGGCACGAGGGAGCCTAAGAAATGAAAATTTTGAGCGATGCCACAATAGGCAAATAGTA
AAAAAGAAAATCATGCATCCAGACTGCGATCTGGTGGACTCAATGTCTATGGTGTTGCAC
TCGTAGTATGGGTGTTTACCAACCAATTCAATTGTCCTCAAGCCCAGGCTGCTTGTTACC
TTGACACACTTCGGAGGAAATACTCCCTCCGTATCAAAATATAACCACAAAAACGTCTTA
TATTTTGGCAGAGGTAGTATCAGCTAAACCTTTATAGAGTTTGTGCATATGGCAGTAGGA
TCTGTACTGTGAAGTGGATGGTGTTCTTGCTATGCATCTCTTTCTCAAGGCATGCTACAA
ATAGTTTGATTGAGGCTATGTGTACACGCTGAATTGATATTAGTTGGACCAAACTGTCAT
GTGCGTGCTACCCTGTTCTCCTGCCGGCCATCTAAATAATCTGCATCCAGATGTAGAAGA
GTAGAACCTCCAATTTGGCCCTATCAAGTGAGCTGTCGGCTGATATCGTAATTACAAGAA
GCCAGCCATCTAACCTTTTTTGTCCACCAAAAGGTTTCCAAAGTCGGTCACATTCTAGAG
AGAGAACGGCAACACAATTTGAATGACACCCTCCAGGTGGCGCTACATTTGCTACATTAT
CGTACATACTTCAGTCAGTGTTGATGTTAACTACACAAATTCAGAAGGCAAAAGCTTTCC
TAAAAGGTGAAGAATTTGAGTGATTCCCCAAGCAGGTGAACATCAGCATACAGTATGCAA
GTACCAAAAAGAAAAGCATGCATCCAGACTGCAGTACACACAATTTAAGATCCACACCAA
TCAAGTATAATCAGGCTATCAGTACCTAGAAATTAAAATTACTACCAGGTGCATACACAA
CCATCGCTCCAGCAACAACAAGCGTTATGAGACATAGCATTCCTGACCATACCTGTCAGC
AGATTATTATCTCCACAGATGAGTAGGATCCATTTGTGAGTCGTTTCTTAACCCGACACC
AGCTAGCTTCATTCATCTCGGATCCTTTTTCAAGCTCAATGTCATTGCACTCCTTACATG
GGAATTTTCTACGCAGGATGATTATCTTCAGCCCCACGGCTCTTTCCATGATTAGCCTTA
TATAGTTTGTCACCTTGTCATCCTCCTCGAACCCGTACATCTGCAGCACCTTCAAATTGA
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AAGTTTTGACACATGAATGCCGATCTTGAGACAACTTCATGCATGGACATGGAAAATAAA
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ATGATTGCAGTTAAACATCTTTGCCATTTAAATTTTTGCATCAAGCTCAATACTAGCATT
TAGGTCAGTTTAGGCCTCCATAGAGCTTTTGGAGAATATGCATAACCTGAATATGCTTCA
AGGACTCTTATGAAAAATTATAGTCCCGGCTGCAAAAATTAAGATGGAGCATCGGAACTT
CAACTTGTATTGCACCATCATCCATATGCATCCCATGTGTTCACTATATCCAATTACAAT
GCAGCCTATATGCACTACTTCTAATATTTGTGACAGATTAAAGTCGGTGAGTGATTGAAA
ATCAGATCAACTTCCTGGCATGTTGTTAAAGCTGGATATTCTAGAAACATGCCATACTAG
AAATGTGTTACACCCAACGTTTTGGTTACCGAGCGAAATTCCGAGCTTTCGCGCGTTACC
GCGTTTACCGTCCACCCTCGAGAAACACTCATACCGAGCAAAAGATCTCGAACAATTTGA
AAATTTTGAATTCAAACGCTTGTAGTATAGTTAAATACAGGCCATCTCTGTGCAAACAAC
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AGTCTGCGCTCACACTTTTTATTTCTTTTTGAGGATGCAAAAGTTTAAAAAGTTTACAAA
ATTGTTGGAGCGACCAGGGGACGAACTCACGACGTACGACCATGCGGCAGCTGCAGTAGA
ATAGTCGCTACACCAGGGTAACGCACGTAGTATTGTAGAGTTAAATTCCTATCTATATCG
ACTTCGAACAAATTGAATTTTAAATTTCGTCCGATTTTTTTTCGGTATTTCGCGGTTACC
GTGGTAACCGCAAATTCCGGTGCCCCTCAAGAAAAAAGGTCCACTCGGGATCCAAAATAT
TGGTTACAGCAGACGAAGATGTGGATTAAATTTAAAGAAGGTAAAGTAACGGCCATACAC
TTAAAAACTGCAGGGCGGGTGCAGCTTCAAGGATAAACAGGGTCCAGCTCAGATCACACT
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TGGGATGTTCCGGTTGAATCCAAATCTGTAGCAAGTATAATAACACAATAGACAGCTAAT
GTTAGCAGAGGAAAAGAAGAACATATGATATTTAATGCAAGTTAAACTCATGAAACAAAT
AGATAATTAACTTAATTACCATTTGGCCAGCAAAATGGAGATGCAATTTCCACGGGTTTG
TTACACTCGTTGACAAGCACTGACTCAGCAGGAATGGCGCCTGCCACGCCTTGGCCTGAC
AAGTGAAGGTCACATCACGAAGCTCTGGAACATAGCCGAAGCGCACCGGAGGGTTCTCGA
AGCGCCAACAAAGGCACGTCACTTGCCTAAGCTTGGGGACAGAAACGAGCTCGATCCACT
TGCCCCCAAAGTCGATGAACTTGAGCTCCTGGAGCCCTGAGCACGGCGTATCGATCTTGA
GCACGGAGTGCTCAACCATCCAGCAGGAGCTCAGGGTGAGCTGCTTGAGCCCATCACAAG
CGTTAATGAGGTCGGTGACGTCGGAGTCCTCGAACGCAAGGCCCTTGAGGCATAGCCTGG
TGAGCCACCGGAAGGCGACCTGGTAGGCGCGGGAGAAGGACATGAACATCTGTCCAAACA
TGGCGATCAGCTGGGCAGTGTATTGTCCGGGCGGCGGCGGAGATATTTGTAAGGCGAGGC
CAGTGGTCTTGCCACGGCTGACGACATCCTCGATGGCGCTGCCAATGGAGATCAGGTGAG
GGTTTAACAGGTAGAAGCTGAGGTCGAGGGTCTTGATGACACGGCTGCGGTGGCAGTCAC
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CGACCAGAGTGGCGCCGCCGAAGTGGCCGGCGTCGAGCTCGAGGCGCGAGAGACGGTGGG
GGAGGTGCCGCCACCGCGTGGAGACTGCGCCGGCGCGGACCGCGTCGCGCAGGTCAAGGC
GCTCGAGGATTGCGAGGAGGAGGTCGTCGGTGAGCGCGCTGATTATGTCGTCATCTTGGG
CGACGTTGCGCTTGAGCGGCGGCGACTCCATGGGCGGGATTGGGAGGCCCGCCGATTGAT
GGATTGAAACCATAGCTAGAACAAATCGCCTAGATGCGGCCGACCTACGGCGTAGATCTG
GACGGGAACTCGACCGCGCGGCCAGATTGATGGATGGACCAACTCCCGCCGGCCGCCGCC
TCCGGCGTGCCGCTGCTAGTGGCTGGGATACATGATTAGCTTGGAATCGGTGGTTGCTTG
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CTGGACGGGGGAGACACACCAGGAGAGGAGCACGGGAGGCAGTCAGGGCCAAACGGGCCG
GGCCAGCCCGCAAGCACGCCCAATAGGCTGAAAATATGCAGCCCAATGTGCCGGCCCATT
TAAAAACCGTGTCCTGCCTAGGCCTGGAGACGCAACCCACGGGCTGGCACGGCACGGCCC
GATTACTAAACATGCTCCTGCGGGCCGTGCCAGGCCAGGCAAATTCAGCACAAGTTGTAC
TTATGCCGTGTCAGGCCGCCCGTTTGGCCAGGACTGACGTGAGGAGAGGAGAGCACAACA
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TCTCATGAATAGGGGATACCACAATCTAGGATTCTCGGTGGCTATTACTTTTTACTATTC
TAAATATTAACATTGTACATTGGGCCGCATTTTTTATGAGGAAAACATTCAACCTATTCA
TCAATTGTGAAAATAATACAAAGAACTTGCCACCTTCATCGCCCCTCCATCATTGGAGCC
GGGAAAAACTTACAGTAAACACTCAAAAAGTTGTCGTGCTAAGGCTTAATTGGACCAGTG
CACCAGAACAACAATCGTTGCTGATGAAGTGATAGGTAAATTTGATCTTACCAAAATTAT
CTTAATTACATGTTTGGTCTTGCCAATTTTTTACGTCAACATGAGATATTTATGGTCACG
ACATGAATATGCACCTAACCTTATATTGTAGGGAAAGGGACTATGATACATGGAGATGTT
TCTTCAAAAAATATAAAAAATAATATTTGTCCCTCCCCCCTCCCCCCCTCCCCCGAGACT
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TGTCAAACCCATATAAGACTCTATGACAAACGATTTTTATAATGAAAGGCAATGAAATCT
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AGAAACAAATTTTACAACTCGCAAACTAAAATTCCAGTGAGTAAATTTTATATTTGGGTT
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GAACAGTTTCGAGCGCTTCAGCGGAAGAGGAAAGTTAGACGTGCGAGGGAAAAAGCGGCA
AGGGCGCGCGCTAGATTTGGCGCGCGGCGTAGAGCGCCCCTATAAAGTGCAACACTCGCC
ACACGCCCTTTCATCGTATCAGTCGCCCCCTCGTCTCGCCACGCGCCCCTCTGCCTCATT
TCTCGCTTCGCCGCCGTCGCGTCGCCGAGGAACTTCTGGTTACCGCGACGTTTGCGCGCG
TCCCTCTGGCACGTTCTACGTCGAGATCCGATCTGGCGAGATGAGCCTCGGCCTCGACAA
TGTTCGACATCGCCGAAAAGGTCGCCGTACGATGCGTGTTTTGTGGTGCGCGTGCTATAA
ACAGAAATTGTCTGCGCCGCGCGATTGGGCGCGTGTTGGAGATCCTCTAATCGTAAACAG
AGAGCACCACAGTCTCGAGTCTCGACCCGGCCCCACCCGTCGGATTCCCCAGCACCCGCC
GCAGCAGCTCCAAAATTTCCTCATCCGAAACCCTCGCCGCATCCGCCCACCATGCCGCCG
CCGCCGCCAGCGCTGCCGGACGAGCTCCTCGAGGAGGTCTTCTTCCGCCTCCCGCCGGAC
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GACCCTGGCTTCCATGCTCGCTATCGCGACTTCCATGGAGCTCCCCCCATGCTCGGCTTC
CTTTGTTCCTGGCTCCCCAACTCCGTCCACAAGGTGGAAGATAACATCCCGCACTTCTTC
CCCACCACCAAATTCCCTGCGCGCATTCCCGACGACGACTGGGGGGGCTTCCACTACGCT
GCGTGGGACTGCCGCCATGGCCCCATTCGCTCGTCGTTTGGGACCCCATGACGGGCTGCC
GGAGGGAACTGGACCAGCCCGGCCAGGTCGGCAGCAGCTATGCGGCAGCGGTGCTCTGCA
GGGTGGCCGGCTGTGACCACCGTGCGTGCCACGCAGTCCCCTTCCAGGTGGCCTACATCG
CTCGGCACACGATCGAAGAAGATGGCGAATGCTCTGCGAGCGCATGTGTGTCCTTGCCGA
TGACGGCTGATTGGAGCAAGCCGTGCTCTCATTCTCGTCTTGATAAGTGGGGCGAGCCGT
GCTCTCCTCTTCATGTTGGGTCCCTTCCACTCTGGGACGAAATGGCCCCTGTCTTGGTGG
AAGACGCACTTTACATCAAGCTCATGTATTTCCAAGATGATCCCATTGCAATTCTCAAGT
ACGACTTGGGATCTAACTGCTTATCACTCATTGATGCACCGTTGGCTGGGTCTATCCTTC
GCAATGCCGCTATCCTCATGGCGATGGAGGATGGCAGTCTGGGGTTTGCACATGTGGACA
AGTTAACCCTCCACTTGTGGTCAAGACAGAGGAGCTCCGACGGAATTGTGTCATGGACTC
AACGCACAGCCGTCAGTCTTAGTAACCATCTCCCCATTGAAAATCCCAATGAAAGACTTA
GACTGATTGGATCTGTGGAGGGCAGTGATATCATTTTCGTGACCATGGGCCTTGACATCT
ACCAGCTTAATCTCAAGACATTTCGGTGGAAGAAGCTGCAAAAGAGAGAAAAGCTTCGTG
CTTTGTTTCCGTACATGAGCTTCTACAATCCACAAGGTATATTTGTACTATATGTCCTCT
CATTTTTTATTCAGGAACAACTCTTATGTGATACTCCATATTAGTTAGTAATGCCTAATC
AGATTGAAAGTTATATTTGAAATGCGGCCGAGCAAACTTTGAGTGCTATGTAATTACAGC
TAATTATGCTTACTAATTGGCAATTTATATAATATCCTATCATCTCCTTTTTGGAATCAC
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ATGGTTGAGTATGCTTGCGTAGGAGGCCAGTCTAATCGACAACAAATTGGAGGCTACAAG
GGTCGTCACTATCTAGTACCCCCTCCGTCCCAAATTATAAGAGCATTTTTTATACTATGA
TAGTGTAAAAAACGCTCTTATATTTTGGGATGGAGGGAGTAGTTGGTTTTGGGCAGTGGT
GCTTGTTTCTCATACTGTTGTTGGCTTTTTCCACTAAGCTTATAATTTCCCAGTCAGTAC
CTGTAGCTACATGTGTAAGTGTATAAATGGGTTATCTTGTAATGGACGCCCAGTTTCTTG
CAGCGTCAGCTATATGCTCTGATGTCAGTAGCTATGTCTACAGTTTGCTGTCCCAACTCT
GATCCATTCTTTAAATTCATCTCAAAGGATGTCCCATTAATGAGAACATACCCAGAGTTA
GTGGTTCTGTTTCCCAGTAGATGATATGATGATAAATTCTGCATGTTGGCATGCTGATGT
GTCCTAATTAATATTGTAGATTTAATTAGTGTTACCTGAAAGTGTTGATGATCAGATGTT
GATGACTGACCATCCTCAGGGAGCTACCATTAAAACTGACTTGAACATTGCAGGGTTTAA
GTTTGTTGCAGATGCTCCTGGAAGAAGTCCTCTCTGCAACCTGTTGTAGGCTAGCAATCG
GCATTTGCAGAGAGCAGGATGATCATAGGATTAACGTCATGATCATGGCAAGTTGTGCTG
CTGTCAGCTCTCCTCTTCAGGTAGAACCAAACGCTCTTCTCATTCCAATGGAGGTTGCAA
AGTTAATCCAGATTAAGCAGGCATTAGCTAAAGCTGCAGATTCAGGTGACCTCCGTTCCA
ATCCAAGGCACTGGGAAAATTCAGTTTGATCTTGCAGAGTTCTTCTAGGCTTAAAATGAT
ATAGTTGGACACACGATTCATTCCTGTCTCAAGAGAGAAAAATATTCTAAATGGATTTGG
GTGCCTAAAGTTTCCATCTCTACCCCTCATGCTTCGAATTCTACGCCTTCCCCCACAGAG
CTCATCACCCTCCTGTCCCCTCTGATACCACGGCCGTCGCACCCTCCCCTGTCTTCTCTC
ACATCGCCTCTCCTGCTACCAACCACCTCCATTGCCATGGACAACTATCCTCTGAACCCA
GTGCCGTTCCTCTCGTCCGGATTCGCCGTGGAACCTGGTCCGGCTGACAGAATCGTGAGA
AGTGGCATGGTGGTTGGGCCATTTCCACCCCTCAACCACGACTTCCTGGCGATTGCGGAG
GC