Map Locations of contig_42555 (8560 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_42555

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58319 4 2333 bp MLOC_58319.1 Available Available LOC_Os08g08080.1, FRAME:-2, EVALUE:0.0, 13108.m00832 protein BUD13, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_58319






Contig Sequence (8560 bp)

>contig_42555 8560 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATTCATTCGATATTTTGATGATATGAATGTTGTGATTCCCTTAGTGGTTTTATGTGAAAG
TCAACTACATAACACTTCATCTTGTTTGGGCCTAATGGAATGCATTGTGGAGTAGTAATT
AGAGGGTGGGTTGCCAGAGTGACAGAAACTTAAACCCAGTCTAGGCACTACTTCGTAAGG
GGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTTAGAATTTATTATTAATACTTTACCA
TAGTTGCAGATGCTTACGGGAGGGTTAATCATAATAGGGGGGTGTTCAAGTAAGAATAGC
ACCCAAGCATCGGTCCACCCTATCAAATTATCAAAATATTGAACGTGAATTAACCCAACA
TGACGAAACTGACTAGATGAAATTCCCGCGTGCCCTCAAGAACGCTTTGCCTANTATAAG
AAACTGTTTCGGCCTGTCCTTTTCCACAAAAGGATTGGGCTACCTTGGTGCACCTATTGT
TACTATTGCTACTTGTCACTTGTTACAGTTATGTTGCTATCAAACAACTTGTTACCGCTA
TTTTAGTGCTTGCAGAAATTACTTGTTGCATCCGGACAAACAACCAGAGGCAGCACCATC
GCAATCTCACACTACATCTACTCCGTAATTCAACCCGGACGTCGTCAAAGTTCCCAGCAA
GAAACCATTAGTCCATCTCGCTACAACTGCTAAAATTAACTCTCCAGACCTGGCGTAGGG
GTCCTGCGAGGGGTGGAGAGTGGAGACAGGGGTACGTGCTCACCTGAGGTGGAGGCCGCG
CCGGGGTCCGCGGAGGGGACATGCTGAATCTCCGAGAAGACGGGGCGGCGAGACGAGCCG
GGGCGATGCGAACGTGCCGCAGGAGCGGAGCAGACGCCACCGCGATTGCATGCTCCGTTG
GCTCGTCGGCTCATGACCGGCGGCAGGCGGAACCAGTGGCGGTGATGCCTGCTGTCTCCG
TCTGTGGTAGCGGCGGGGAGGCGGACAAGCGCGACTTGAAAGGGAGCGAGGGATTTGGGC
CAGGGCCAAGACCAGGCGGCAAGTTTTAATTTATCCATGAGGCTGCTACAACCGGGGGCC
CAATACCCAACAACCGACTTAATAGCCACGGCGAAGCAACAAAACCCAATAGGGGGAGTT
ATCCCCGGCCGGAGAGGAAATGGGTTAGCTCAAAAAAAACAAAGTTTTTTTGGAGGGGGT
TCAGTTACTTCCTTCCCTAATTAAATTAAATTAATTAGGAGCTAAGAAAATGAAATAATT
TGAAAGTTTAATCCTCCTCCCTAAATAAAAAGAATATAACGTGCCTTCATTTCTTTTCAA
GAAAAAAATGTCCATGTAAAAACTACTCAATCCGATCCACAATTTTGAACTAGAGTTAGT
TCACAATTGCAACACTTATTATGGATCTTATGTAGTAAAATTCATAAATCACTTTGTTTA
AATGCAGCAACCATCTGGACAATTTATGGTTTGATTTTGTACTGTCATAATATTTGTTGC
ATATTCGCACATATCTAGCTAGTCAAATCACATGTTCAAAAAAATATAGGAGTTAAAAAA
ATGAAATAATTTGAAAAGTTTAATCCTCCTCCCTAAATAAAAATAAAATATTTCACAGCT
CTCTTGCCTTTATTATTTTTCAAGTAAAATTTGTCCATGTAAAAACTACTCCCTCCGATC
CGAATAATTGTTGCACGTGTCTAGTTAGTCAAATGACATGTTGCAAAATTCTCTCTATAG
TCACTTGTGGTATGTCTTTTTACCATTTTCCAAGTAAAATTTGTCCATGCAAAAACTAAG
ATTCATAAATCACTATGTTTAAATGCAGCAAAACATCTGGTCTGTTTATGGTTCGGTTTT
GTACTGTTGGAATATTTGTTGCATCTATTTTCTGTATAGGCGCCCTTTCTTTCAGGAACA
TTTTACGTGTCTTCGTAAGTGATCTATTTTATGTGGAGAAGTTATAAGTATCCGATTCAC
TATCCACCTCAATAAAATGATGTATCCTTCGAACCACCTTTTTAGTCATGGCTAACTTTA
GCTTGCCTCATTTTGTCTGGTGTTTGAATATGTTTCGAGTTCTTATGAGGGAATACGCAA
CATTCTTTGTACAATGTAGCTTACTGATCATTCTGGCATATTTCAAATGGCAAAGGAACT
AGATGGGATTCTTGGTTCATCTAAAGCCGAAGCAGACTGATGCTTCCATCTCATATAGAG
AAAATACTCACTCCGATATTTCAAACCATGTCGATGATAGGTTCATCTATTCCATGTTAA
CCTATTTGTTCAGTTAACTGTTAGTGTTACATCTATTACATCTGAATTGGCCTTGTTATG
GTATGGGTATGCTAGAATATGCTGGTATAGCGTGGTGCTTAAGATCCTAACCTTTTTTTT
TTAATTGAAACTGTTCCCTCGGTGTCTTACTATTCAGTTAATGTCTTCTCAAGTTAATCT
GCTTTGAATATTAAAGCCTAGTTGTTGCAACAAATTAGTTACACGAAGCAGTTGACCGCA
TAAGGTCGAACGCAAAGCTTCAAGTTACACAAAACGTGCCTAAAAAATAATATGCTGTAT
ACAGGAAGAATGTCACTAAAACTCTTCTGTGCCAAAACAAAATCTTTCAGCATATTTCCA
CCTACATACATGTTACAAAATGTTTTAAGTATCCAGCAAATGCACACCAAAACTGTTGCT
CCACCAAGCTTTGAAACAAGCTACAGGGCTACTCAGCAGATCAATCATTCCTGGTCACCA
TGTGTTTGAAGAATAAAAGTTCACAAGGCTTCCTTCTCCTTTCAGGCACATTGGACAACC
TCAGCAACTAATAAGACATGTTCCTGGAACAGCTGCAGCGCTCACATATCTGCCACGGAC
CAAAGATAGGCCTCTTGCTCCGTGGCCTGCTTATCGTTCTTTAGCTTGTACATGTCCATC
TCGTATCCTGGAAACACACGTAAATGGATTTAGTGATGCCTGCCAGATGCATCGCAGCAA
AGCGCATTGCAAATGAACCACAACATAAATCTGAGCCAACTAATGATGGACGGAAAGTTC
TACACGTAAAAAATAAATCTGAAAACATGTTCTCTTATTTCCCGACACGATAAGATACAT
ATCATTACCATTTTGCTCTTTTCCTTTTGTAACCATAACCAGGTTTTGAATAATTCAGGC
AGAGAAACTTATCTTGGCTACGACAAACATGATATGCAAACAAATGAATGGAGGAACTGC
ACCAGATGCATCAGAAACATGACAGCTTGGCTAACAGTTTACAGTTATTGATTGAGCAGG
TTAAAATGACGTGTTTTTCCCTTCTTATCCACCAATGCAACAAAAAGATGGCTCTCTTAA
AAGAAACACAAAACTCTTCAAAACAAGAAAGGTATGAAGTGAAACTCAAACTATCCTAGT
GGTTCATTTAAACCTGCCAGCCTACTAGGTAACTCAAATGGGAAGGTAGTGTTCAGTTTT
CATGCCAAAAATTTAAGCCAACCTGGTTCTTTTGCCATGGCTCTTGAAAAACAGAAAGAA
AAGAAAAAATGAATAAATCTGAAAGGCACATACCATTGCTGCGGTCCACTCCATCCCAAT
GACGCCCGGGTTTTATGCCATAACGGTTTGGAGGAGGATCTAACCCACGTTTCAGCCAGC
TGTGAGCAGGTACATTTTGAGGAACTATAAAGCCGGATTCCTTCATCTTTTCATCATCTC
CCAAGTCATTGAGAAGAAAGTCTGTATCTTTGCGCTGCAATGCATTAGCACACATGTCAC
CATTAACCAGAAGAACTACCATTGATAGATTCAATTAGCCAACTCCAAATCAAAAGCTGC
AGTTACCTTGACAAGATGAGCCATAGGATCACCCCATCGGAGTCTGTTTTTCAGCATGCT
GTCAAGCTCAGGATCATCCCTACACGTAAATAAACTCAACTTTAAATACTTTTCAGCTAG
TTAGATATCTTCAGGTTCATTTGGAGAACAAAAAGCAGACAACACCGACACAAAAAAAAA
GAGCACCTGATCAAAGTAGGAAACTTATTGTCGGTTACACAAATTCGCGAGAGATGTTAA
CAAGGATCAGGCCCCTTTTTGTGCAAGTTTAATAAGCAAAAATACCTTGTTCTCGCAAAT
GGCTGATCCTTCTCCTTTTCAAGCTCCTCCACTCGAGCCTCAGCTGCTCGTTTCTGCACC
AACCCTTTACCCCATTCTATATGTTTTTCCTGCCAACAAAAACACCAGCTATTACTTATT
AGCTATAGGCAGCGACATCCAGATAGAGATCCTGTTATTGAAATGACTCCAGATAAGTGA
GGAAGAAGAAAAGGTGTATGAGTGATTATTCGATCATTTGCTGCATGTTGTCCCATACTT
CAATGAACTCACTAATAAGTGAGATGGTTTCAACTAATCTGATTTCCCTCATATCCAGCA
GGTGTCTTATCTGAATTTGTATGGATCAGTGGTTCATAGTGTGAATAGAGTGCTTACAGG
GAACAGGGGAACTTGACATAAAGCGAAACCAGATTTTGGTTATGCAACAGTAACAACTTG
TATGAGAGTGAACAAAGTTGGCATTAACAAGCTCTGTCCCTTTTAATGTTGTAATCTTTA
TAGTACTGAGTGGGAGCCTTCATAGCTTTTCTGTTTGCTGATCAGTCGTTATCCTTTCAT
ATGTAGTGCCTGTTTTGTTTCTATACATAGAGATGTTCTTCTAGGCACTCTGCACACTGC
ACACCCTCTATTCCAACGGTCCCAAGGTACCATTTTATTCAAAGAAGTTAATAAATGTCG
GTGCTTGCAGATAAAAAAAAGTGTGGGCCATAGTGCATTTTCTACAGTTTTGCCACAAGA
ACATGACACAATATCAGGATAAGTTAATTAGCACAAAACAATTGCTCATATCTATATTCT
GTAGTCTGTACTACTAGAAACACATGAATTTTCATGTCACAAAGTATAATTAACCAGATG
TTCAAATAAAACACAAAGATAGCTAAAAAAACCAGAGGAAGAGCATATAAATATCTACCT
TTGGCTTCTCGTCTTTCTTTGCCTTCTGTATGTCTTCTTGATTTATCCTTTTTCCTGGGA
AATGTCACAAAGCAATGTTAACACTGAAACTAGAACGTCTATATAGGTAACTGCCACCAA
AAATGACCAAAACATGATAATGCACAGCGAATACCTTCCTTGTCTCGGAACACTACCTTT
GCCCCTTTACCAGTGAACGAAGGGTCCTGTGCTGCAAACCTAAAATAGAAACACCATCCA
ACATATTACAAATCTTAGCAAAAGGAGTAAGCATATGCATTCCAAAACATGAAGTATCAC
TCACTTGAGCTTCTCATCCTCCTTAATCTTTTTGATGTCCTCTTTAACTTCCTCTGCTGA
CATCAACCCAGCTCTCCTTGTCTCTTTCGGAGCTCCTTCCTTTCTAACCTTCCTTGGAGA
AGTGTCTCTCCCCTTACGAGGTGGAGATAAATCATCTGATCCAGACTTCCGACCCTTCCT
TGGTGGAGAAATATCCCCATCTCCCAGGCTCTGTCCCAAATTTTGTCTTCTTGCGAGTGA
CAGGTCGTCCAGCTGTGCAGAGTCCTGGCGGTTCCGTCTTCGTGGCGGAGAGATGTCTCC
GGGCTCCTCTGAATCATGCCGTGCTCGGCGCCGAGGGGGGGACCGGTTCTGAGGCTCCTC
CGAGTCGTGCCTCGTGCGCCTCCGTGGTGGTGAGATGTCCTGAGGTTCCTCGGAATCATG
GCGAGCTCGTCTCCTTGGTGGAGAGAGATCGTCTTGCTGCCTCGACTTTCGTGGTGGTGA
GATGTCCTGGGGTTCCTCGGAATCATGGCGAGCTCGTCTCCTAGGAGGAGAGAGATCGTC
CTGCCGCCTCGACTTCCGTGGTGGTGACAGATCACCTCCCTCTCCTGTACCCTTGCCCTC
CGGTGAGGGTGTGTCGAGCCGCCTTTGCCTCTGCCTCTGCCTAGGCGGCGAAATGTCGCT
CCCTGCAGCACCTCCACGCTTAGGAGATGGCGTGTCCTGCCGCTGCCTTCGCCGCGGGGG
AGAGAGGTCCTCCTTCCTACCGGCGGCGCCACCTCCCCTCTCAGGCGACGGCGTGTCATT
CCGGCGGCGGCGGCGGGGCGAGCCACTACCCGCAGGCTCCGGAACAGGCAAAGTGACCCA
CCCACTGCCGTCGTTAGCGATGGAGTTGTAGGGCCGGGCCGCGCGGATCGCCTCCATGCG
CCGCATCCGCTTCACCTCGATGTCCTCGTTCACCTGAGGCTTCTCGTCCCCTGCAACCAC
ACACAGCACGCCCAATTCCAGTCAAAACTCGCCGCGAATCCGGTGCAAATCTTCGATTAT
CAGACTAGAACCACGACCAGGTTTGGGGTCGAGATGGGGGGCCGAGATGCGTACCTGACG
ACGGCTCGTCCTCCTCGATCTGCACCGGCTTCTGCCACACGGGGTCCTCGTCGACGATTA
GCACCCCTCCGGCGGAGGGCTTGGGGTTCTTCTTCTTCTTCTTGGCCTTCTTCTGGTCGC
CGGCGGCGGCGGGGCCCGACTGGTACCGCCTGAGGTAGTCCTTCATGGACACCCCGGCCC
CCGATGTGGAAGAAGACAGCGGCGGCTGCTTCGTCGCCATGGGTGGCGGCGCCGCGGGCC
CCAAGGGCGCGGCTCGACGGGGGGCGGCGCCGGCGGCTATTGTTCGGCTGCGGCGAGGAC
GGCCGGGGTGGACCTGACGGGACTGTCTGAGCTGTTTGGGGGATGGGGAGAGGGAGAATA
CGTGGATCTTGATGAGGCTATGGACGGTCCAGATGGCTTCTCAAACTAGTACCGACGTAC
GGTCCAGATGGGTTTGATTGTTTGCCACAATCCAAAACCGTTCCGAATGAATCTGTGCGA
AATGAATTTGTCGAACTAGCGACCGTGAATTTATGTGAGAGTCGAAATCCTAGTGCGCAT
ATGTACACGAGCATATGTGATTGTAGATTATATATAGGATTTAAATAAACACGTATCGAT
GTGGAAGAGGGATGTGTCCGTGCTCACTTCATACCTTGATATATGTGTGTTTGTGGCTGA
ACTAAAGGCCTCTGTATAAATATGAAAGACACGTTCAGGTCAAAGCAAACATCCTCTTTT
GATTCAGACGAATTTACTTAAAAAAAAATCATTTTCTTGTGCTTTTTCACAAGGTGATTT
ACTCAAAATATCACTTTTCGTCCTTGTGAGTGGTTGTAAGATCCACCCTTGTTAATCAGT
TGTGTAGAGAGTGAATAAGAAAAGAATAGAAAAAAGGAGCTAAGGAGGTGCGTTGATGGA
TAAAAAGGGATCGAAAAAACAAAGAGAAACTCGGGACAATTAGTAGGGTGAAGTGGAATC
GTTGAGACAAGCAGGCCTAATATGTGACATGTTAATGATGTGTATTTAACCAATAAAAGT
GTGATATAGAGCATGTTGGTGCAAATGTATTGTGAATGGTAACAATGTCCACAATTATGG
CTTGACAGTGAAAAGTGTAAGTATAGCATCTCTTTTAGGATGTATTTTTTCATCTTCCAA
AACAGATCGAAATGTTGTTCAAATGAAGAAGCTACGTGGCACAACCACTATAACATCTTT
CGTTTCTAAGTTTCCAGTGTCTTTTTCTTATAGTGTACAAAATAGGATTCATCTTTAGCT
CGTATGACTATCCACCTTTAGCTCGTTGGTTGGTTCTCCAATTTCTATAACATATTTTTT
TTTTGTTGAAAATGGTCCGTTCGATTATGACATCGCTGATGGGAACCTAGTTGCCTAGCT
AAACAATGTCGTTTTTGGGTTTTCCTTCGTCTATAGCAATCGGTTGGCAAAGATTGTCTC
TTCTAGCCTTATGGCTTGAATGAACACAATAAATTATGTATGATGGACAAATAAAGCAAG
TCATGCAGCCCACAAATATTAACTGTTATAGTGTTTGTTGGTCATCTAATATACACTACC
CTAATTGATGTTGTTGATTGTGATACAATTGGGACTCCATATCTTGCGTCCTATAGTACT
TATGGCTATTTGGTTTCTCCACCATTGTCTGTTAGATATCACAGTGAATTGATCCGAGGT
AAATGTTCTAGCAACAACATACTTGTCACAAATTTTATATACCACCAACTATACATTGAG
TGTGTTCTCTCCATGATGAATCATTTCGATCAACACCTACCATTTGTATCACATTAATTG
GTAGCAGCTAGAATGCAAGAAAAGAAAGATAGATATTAACTTGAGAATATGAAACATCCG
GAAGGAAAGGCTTTGAGGAAAGCGGAATCCATGTAACACACCGTATGTTGCCGCGATGCC
ACTTCATTTTCTAATGGCGGAGGCTACTGTTACATCTTCTATGGTCTAGAGCGATGTGAG
ATCTTTGAATATATAATTTAGTCTCCTTAAATTGAATGAATCTATGTACTAGGGAAACAC
AATCCCCCATCTATTTCATCTCTTTGCATTTCCTTCTAGAGTTTAACTATACAAAATTCA
CGTCGTTGTTGTATTATGTGTTGGGGAACGTAGTAAATTC