Map Locations of contig_42512 (11858 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_42512

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58276 1 1613 bp MLOC_58276.1 Available Available LOC_Os02g54160.2, FRAME:+3, EVALUE:3e-91, 13102.m12340 protein AP2 domain containing protein, expressed
MLOC_58277 1 737 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_58276






CDS Structure of MLOC_58277






Contig Sequence (11858 bp)

>contig_42512 11858 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATTCGAATAGCTGCGTCCACGGTATTGGACAGCCCGTCCAGACCTTAGTAGGTGGTCAAC
CGTAATAATGATAATAATGATGGAAGAACTCGTCTTGCGCAGACATCAGAAGATGTCAGC
TATATGACATGTTAGCCATGGGATGGCTATGAGATGAGTGGTCAAATGACCACATGAGTT
GGATTGGATTTGGATCACATTCAGATTGGATCATGATAATATTCGGAGTATAATTTATTT
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AATAACATGATAATTAATATTGCTAGATAGGATTGCTAGGTCATGATAATTAATATTGCT
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GTGACCGTCTGGCTACAGTGGTAATCAGGCAGGGCGCCACATTACTTTTATATTTATATT
ATCGATCTATCAGTATTTAATCCTTGCAAATAACGAGTTCAAGGGGCTTGACAACCCTCT
TGCCCGCGCTGGGTGCAAGTGTTTGGTTATGTATATGTATTTGTTGCTAAAGAAGGTTTG
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TGTGCTGCATCTCCTCTCCTCTTCGGGAAAAATCCCAATGTTGTTTACAAGAAGCTTAGG
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GTGCAACCATCGTGTATATAGGGGATTCTCCTCGTCTCCACCTGCCAACCTACACACCTG
CTCCATCGCTTCATTAAAAACTTTTCCCATTTACCAATTCAGGTGAGGCTCCTTCCCCTA
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CGCCCGGGGCACCCAAAGAGTGACCCATGCAACGTTTGACCCGAGAAGAAGAAGGCTCAA
CGGGTCGGCGGCGGAGGCGTGTGGTTCACGTGGCTCCATCGGTTTGGAGTCGAGCTCGGG
GTGGACGGCGATGTCGTGGACTCTGAGGAGTTTGAGATCGAATCCAGGGACTCCATCTTG
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CATGTAGTAGGATTACCTTTCATCCTTGTCTATTATAGAAGATATTGTAGAATCTCATAT
CTCATTTTTACGTAGGACACAACAGTTTGAAACTGCCAATTGTTAATTTTTTTATGGATT
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TAAAAAATTCTATGTATGGCTTACTCATCTTTTATGCTATTTGAGTATAAACAACTCGGG
TGTAGATTTTGTACGCAAATTCTATATTTTGGCTGAGAGTTGTTGCTTCGCTCATGCATT
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AATAATACACACAAAGCTGTGAAGCAACGTTGCCTTTCATTTTTTTAATCTCTATATATA
GGGTTAGAGCATGAACACATTATAAAAAGTTGCAATGTTCAACTGATTTCATAAACTAAT
TGTACAATAATGCCAACGATTGCACATACATGATAGTAACTCAACGAGGGTAGGTAATAT
GAGTGATTTATAAGGATCATAGACTTCCAGAGTCATTTACAAGGATATATTGGTTGAAAG
TTAAGTAGGTCGACGTCATGTTAGTTTAAAAGAAATACTAGATTTTCATATACATTGTTA
GATCAAGAATGTGATGACTAAGCTGCAATTCTAACTCATAATTCATATAACTACCATATA
ATAATGCTAATGTTTCACACAAAGTAGATTCTAGTAACTTAACGGAGAAACTTTCATTTT
ATTTGAAAATATTAAGTACCTATGGGGGACTTACAAAAATAATGGAGTTACTCTCGATCA
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AGGGAGTATGACAATAGTAATAAAGTCCTACTACAGGTATGTAGTACAATCTTGAGTTAG
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TGAGGAGATATTGGTTAAACGTTTGGTTGAATGAACTCTTCCAATAAAATCGGATGGAGG
AAGTACGGCAATAGTAGTGCAGTCATACTACAAGTGTGTAGTATGATCTTGAGCTAATAA
ATGGCATAGCTAGCTATGAGTGATTTGCAAAGATATTAACAATAAATACAATAATTTATA
AGAAGATTTTCTGTTAAACATTCAGTTGGAGGAACACGTTCAATAAACACGGATGGAGAG
TGTGCAAAATTAATAATACAGTCGTACTACAGGTGTGTACATCCCGAGCTATAAATGAAG
TAACCAACTATGAGTTATTTGCAAGGATCTTAAAATTACACAGAATTATTTATGAGAAGA
TATTGTATAAACGTTTGGTTAGATGAACCCGTCCAATAAACTCGAACGGGGAACCACGAC
AGTATTAATACAATCATACTACATGTGTGTGGTACAATATTGAGCTAATCACTCAGGTAA
CCAGCTATAAGTGATTTGCAAATATCTTAGGATTACACACAATAATTTATTAAGAAGATT
TTTTTTTAAATGTTTGTGTGGTTGAACCCGCTCAATAAACTCGGATAGGAAGTGTATGGC
AATAGCACTACAATCGTACTAGAGGGTGTATAGTGCAACAATCTTAGCTAAAAAGGAAGT
AATTAGCTGTGAGTTTGCCGCAATCTTAAAATAACATACAATCATTTATGAGAAGATATT
GGTTAAACATTTGATAGTATAATCTCGAGCTAATAAATGATGTAAATAGCTATGGGTGAT
TTGCAAAGATCTTAGCGTTACACATAATCATTTATGAGAAGATTTTTGGTTAATTGTTTG
TTGGTTGATCCTGTCCAATAAACTCGGATGAAGAGTGTACGATAGTAGTAGTATAGTCAT
AGTACAGATGTGTAATACAAAAACAAAGTCAAACGTACACCCATTCATTCATTACCGAGA
GGAAATACAAGAAATACCAATTCTCCCAAGGGGTGCAAGTTCCCCTTAAGTAGAAACGTT
CGCTTTCGGAACCTGCCTCGTGCCTTCCGCTTGCACGTGGCCCCTCGTTGATGCGTGGTC
CCCACCGCGTCCCTCCTCGCCATCACACGGCCGCCACCTATATAGGGGACTGACCTCCAC
CCCTTCAAACCCAACCCTCGTACCTCGCTTTACTAAAAGTCCATTTACCAATACAAGTGA
GGCCCCCTCTCCGGCGACGACTACGACGAGGTACCAGTAGCCACCATGTGTGGCCCATTG
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GGGCTTAGGGGACTCGGGCTAGACGAGAAGGAGGAGGATTTTGAGGCCGACTTCAAGGAG
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GATGACCATGAGGACGTCGTCGAGATCAAGCCATTTGTCGTCATCAAGGGGTTCCTCTCC
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GATTGACTGTTGTCTACCTTCATTTAGGTTTATTAGTCTCCTCATATTTTGGGTCAAAGT
TTAACCATAATTAACTAGTAAAATGTTGATGCATGTCACAACAATTGTATTTTTGAATTC
TTATTTGAATGTAGTTTTGATATTATTTTTTATACGGTTAACTTATATTTTATTAGTTAA
AATCATGGTAAAAATATGACTCAAAATACGAGGGTGGTTAGTTACTGGGACGGAGGTAGT
AGAAGTATAATGAGTGTTGTTGGAAGGCTATTTTTTGGGGGATGGTGTTACTCCTCTTTG
TTTACATATTTTGAATTAGATGTGCCATCATGGAGTGATTTGGGTGAAGGGTTAGGCTTT
TTCCATTTCTCTGATGTGTTTGGTTGGTAAGTTGTTTCCGACACTATTCCTTTCTTTTGG
AGAAGCAATTTTGGTTATTAGGCTGTCGATCTTTGATTTATACTCATGACCTTTGATGGC
GATCCATAAGTTTACTCTTTAGTTAAAAGAGATAGAAAATCCACAGGAAGGACCAAGTTT
CTCCGCTTTGCTTGGTGGTCTTGGTCTCTTGAATTGTTACCTTGTTAGATGGTTGTAGGT
GTGCATGAGCATTGTTCTAGACTTGGTTCATTTATCAGTTTAAAATTTATTTTGCTAATC
ATTCGATCCGACTGAAAAATATATCCTTGGTTATGCATCTTCTATAATGCAATATTAGAT
TAATAATTGCAGAATGATGTCAAAGGTCTATAACATGAGTTATGGTTATTAGTACCTTGG
ATTTTTTTTATCAAGTTTTTTTTTTTGTCGGTGATTGATGATGCATTCACCCGAACTTGA
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TGAAATTGTTTACTTCTTGTGAGAGATGTTTGTCCGTGTTGGTCTCTCTTAGCATTGACA
TTGACCTTCCATTGCAGATGACTTAAGCACCATGAGTACTGCTGGTCCTTCAGAAAGGCC
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GGCTGCTGAAATCAGAGATCCTAGCAAGGGTGTCCGTCTCTGGCTTGGTACTTTCAGGAG
TGCTGAAGAAGCCGCAAGAGCTTATGATGTTGCAGCACGCAGGATCCATGGCAAGAAGGC
CAAGGTTAACTTTCCCGAGGAACCAGCAGTAGAGGAACCTACCGTCATACCAGCACTCAA
CAACCTTGCCAACCCAAATGCTTTCGTCTACCCATCTGTTGACTTTGCATCAAACCAGCC
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GGGCAGGCAGTATACCATCAAGACTCCAGATATGTCATCTATTATTGCTCCCGTTTCCAC
CATTGCTGAAGGAGCAGAATCTGCACGTGTCCAAAGTAACACCTACAACCCAGTGGTGAT
TGCTGAAGCAGCTGAATCTGCGCTTGTCCAGAGTAACACCTACAACTCAGTGGTGCCTTC
CATAATGGAGAGTGATTCTGTTGATTTTGACGCTTGGACGAGGTTCTTAATGGATGATGA
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ATAATCTTTTCGTTACTCTGAACTTTTTGCTCCATGTTTCAGGAATAAGACTATGGGAGA
TTGGGAAGCATCCTATTGTCACCTTCGGCTAGCATGTGCTTATGTCCAAGTTTAGATGCA
AAAAAGTCACATCCTGAGTTTCCTTTGTAATCCACCCTTTCCCTAGTTGACTGTCTGTGT
GGCAGCCATTTATGTTTATGATGAACCGTTGTCTTTATCTTTGGTCAACTTTGATGTCGT
CGCTACCATTTCTGAATATGAACAACATGGATCTGTGTCCAGTTTGCTTTAATATGTGTG
TTTGTTCGCTTTTTCCCTTTAATTCTGTTGTTTAATTGGTGATATAAGTAAGCTATGTAT
ATCCATTTCTGAGTATAAGTTTATTTGTTAAGTATGGATTCGCCTGGCTGCTTGCACAAT
TTTTGTTGTACATGTGCCGTAAATTTTTTGGAGGTTTCAACCACTTTTTCAAGTAAGTAT
GTGCAAGCCAAACTGTCCTCATCTTTTTCGAAAAAGGGTGTGGTAAGCCAAATTTTCCTC
AATATTATACCTCTTACTTCAGGCTCCAACAAAATATACAGAGTTATTAATCATTGATAC
TACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCCTTTTAGAGATTTCACCAAGTGACTACATACGG
AGTAAAATGAATGAATGTACATTCTAAAGTATGTNTATATACATTCGTATGTAGTCTTTT
AATGAAATCTCTTCAGAGATTTATATTTAGAAACGGAGGGAGTAGATGCATGATCATATG
GAATCTTCTTTTTACATGTAGTTCTTCTCACCGATGTAGTTCTTACATAAGCATTTAGTG
CGTCCAATTCATGATTTGAGGGATCAGTCCATTCTTATAGGAATGCATTTTACTGTACCT
CAGCCCCTCTCGATGTGAAAGAGACAGGAGTATAGTACTTTGATATGCCGTTTGTACTTA
AGCTCTCTAGCTATCACGTTCGTATGGACCGATTATTTCCACTATACTCGATTGTTTTTT
TGGACGGATTATTTTTACTATAATCTATTGTTTCATTTGTCGTGTTAACAAAAAGCCTAA
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TGCGCATCATACACTCTATTATAAGTAAAAAGCCCATAATATTTTGAAAAACGGGTCTGA
AGAAAATATGATGTTCTCCCTTACAAAATCTCCTTGCCTCCTCCGTATCCAAGGTGTCAT
TAAAAACACTAGAACTGTCCTAAGTCAGCTTCCGTTGCCAAGAACAACCTCAAAGAACGG
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TTGCCGGTCCGGACATCTGTCGACGCCACCATGGTGCCCAACGGCGCTACCGTCCTACGC
TCGTCCGTCCAGACGCGAAGACTCTCGAAGATATATCATGCGTACCTGCCAACCAGGCAT
CACTCACCGTAGCATTTGTCGGCCAAGCATGATTTGGCATCTTCATCGAAGCTCCGTGCA
AGACGAAGCCGCTCCACCTCATGCCTCTGTCTTCCAGCGCCGCCCCACAAATGATACTCC
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TTTCCCCTGAAGAAGAGCGAGTGGGTCGACAACAGTTAAACGACGATGCCTTCATCATGG
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GCCATCGCCGAGTGTCACTACCGTATGTCCTGCAGGCGAGGACCGCCACCCCCCCTGACC
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CCCCCGACAACGGTGGCGGTAGGCGAGATGGCGTTGGAGAGGACCAGAGGAAGGGGGTGG
GGGCGCTCCGGTGGAGCGGGGCGCCGCCGCACGGGAGTAGGAGCGGGGGTCCCGATCTTT
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CCTATACATCATGTTTCAATTTCAGGAATTCAACTCAGGTCATTGGGCTGCACAACCGCA
TGCCCAATGACTGAGCCAAGGCTCTCTTTGTCTCAAACTTGGGAGAGAATTTTACTACCC
CGGCCTGTGCACAAACTAAGAATGCACACCGATTTTTTAAGTATGACTACTAGAATTTTA
ATTAGCAAGGTGTTGGGTTTGTATCGTACACCCACTCCCCCAACCAGCTGAGGTAGGCTC
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AGAGTGAGAGAGAGCACACAAGAGAAAACACAACCTGTTTGAGAGAGGAAGGAGAAGAAG
TGGAGGTTATGTCCAGATTTGGTACATTTGACTAGACAGTGTTCAAGCTAGTGATTGGAG
GCTCAAACGTGCTTGGATTGACCCCAAATTTGGTGAGCTCTTTCCTTACTTTGAGTACTT
CGATCTGGTTAGCTGGTTTGAGGATTGGGTCAGTGGAGCATCAGATTTGAGAGTACTTTT
GTCCACTGTGATGCTGCAGTTTCAGAACAGAGTAGTTTTGAGAGACGAACATCTTGGGTA
GACAAACGGTGTCTGATTGAGCTGAAATCTTGAGGGGATCTCAGGAACTCGTGTGTCTAC
TTGTCTGCCAAATTTGGTGCTGTTTGGTTCAGCGGTGTAAGAGTAGTTTGCAATATAGTG
AAGGGGACAGAAGCTGTGTGTACTCTGCTTTGCTGAAATATTGCCTCTTGTGGTTGTCTT
TGCTGTTGCCGGTTGGTAATGTGGAGAGTGTGTTGTAAATCTCCCTAGAGGTTCTAGGGA
ATACTTTGTACTCGTCATTGTCATAGTGAAGTTGTGTGGACTGGTCGGTCCACAGCCGTT
GTTTTTTACTCCTCAACTTGAGCAGGTTTTTCCACGTTAAATCCTATGTCATATGTGCAT
GTTGTTTGTGTTATTCCACTGCTTACTTGTTGGTTGAAGTTGTCCTCAAAGTTCATCACA
AGAGAAGGGGGCTGTGTTGTGTGCATATTTGCCGTGTAGGTGAATTTGTGCAGCTCATTG
TTGCTGTCCAGCCCCAACAAAGTGGCATCAGAGCCTTGATTTTCTTGTCAAAATTGTTGA
ATTTCTTGTGGTGAAAGATGGAAGTGAATACCAGCAGGATGATATCTTCGAATGGTACTA
ATTACCAAGCATCGAAGGGCAAGATGGAGGACTTGTTATATGTGAAAGAATACTGGAAGC
CAGTGTTCTCCACTGAGATGCCGGAGGGCATTGAGGAAGGTCAGTGGAAGGTNNTTCATC
GTCAAGCTTGTGGGTTTATTCGACAATGGGTCAATGAAAATGTTTTGAACCATATCATTG
ATGAGACACATGCACGGACCTTATGGACGAAATTGGAAGAGTTGTTTGCCCGAAAATAAG
GTACAAACAAGATGTTCTTGACCGAAAAGAAGGTACAAACAAGATGTTCTTGATCAAACA
ATTGATGTGTTTGAGGTACAAAGAGGGCACTCTAATTGCAGATCATGTGAATACATTCCA
AGGAATTATAAATCAGCTTTCTTCAATGGGAATAACATTTGAATATGAAGTATGAGCCTT
GCTTCTACTAGGCTCTTTACCGGATAACAGGGAGACCTTTAAGGTCACGGTTTGCAATTC
AACACCTAATGGAGTTGTCACTTGGAATCTTGTGAAAACCAGGGTACTAAATGAAGAATC
TAGAAAGGTGGCTGAAGCTAGTTCTTCCTCATATTCAGATGTGCTAGTCGCTTAGTCCAG
GGGGAGAAGGAAGAGCAGAGGTCCAGGTAAACGGGCAGAAAGAGGTAGGAGCAAATGAAG
AGGCAAGTATGCTGATTATGATTGCCATCAATGCCATCAGAAGGGCCATATTAAGTGGCA
ATGTGACAAGTGGAAGAAAGACAAAAAGAAAAAGAAGAACCAAGATCACAAGCAAGCTCA
TAGTGATAGTAACACAGAGGACAATCGAGTTATTGTAGTAGAGGAGGACATCATGCTTGT
TATGCATGAAGAAAATGAGGGCAGATTTGGTTCCACTGTTGAGGAGAGGATAACTATTGT
TTCTGATGAAACCATCAACCTTGTAGATTGTGACGAGATGATTTGTATACCAGACAGCGG
TGCTACCATTCATGCTCCATGTCGTAGAGAGCTCTTCACAAACTATATATCCGGTGATTT
TGGTGTTGTGAACATGAGGAACAATGATAGGGCAGCCATCATTGGAAAAGGAGATGTGCA
TTTGGAGACCGCAAATGGTACAAGGTTAGTCCTCACGTCTATGGGGCATGTTGAGACACT
CCGTCTTAATATTATCTCAATTGGTTTGCTTGATGGAGATGATTACTTGAGAAGTTTTGG
AAAAGGGCAGTACAAGCTCACCAAAGGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNGTATCATGTTCATACTAAGCTCTTTAGTGCTT