Map Locations of contig_42447 (14471 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_42447

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58203 1 1407 bp MLOC_58203.1 Available Available LOC_Os04g43580.2, FRAME:-1, EVALUE:1e-75, 13104.m04331 protein DUF640 domain containing protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_58203






Contig Sequence (14471 bp)

>contig_42447 14471 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAGGCCCCGTCCCCACTAGTGTCTATCGATACATGTCCTGTCTCACCGTTTTCTTTTCCA
AATCACGCAATAACCCCTTTAACTTTCTTTCAAACCGCCCCACACCTCAATGTTTTAGAA
ATCCATCCTAAAGCAGTCAACAAAAATCAAACAAATCACGAATATGAAGCAATCCCTTGC
AAGCAAGCAATAATATCCACTAAGGTAGTTGTATATATATGTACACAATCTCAATCTCAA
TCAGATCATATCTTCTTACCTTTGCATATGGATTTCCTCCCTGCGACACATCTCAGTCTC
AACCCAATAAAATTTTTCCTACGCTGAACCACTATAATAAATACAAAGGTTTACATACCA
CATGCCATGCTAATCCATTTCTTCCACTATAATTATTTTTCTTTTTGACAGAATCTTGAA
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GTTGAACAAAATTTATATTTTCTGCTGAAATAGCCAAAGTTGTCTGGTAAAAAATGCTGT
ACGAATGGTAAAGTAGACATATTAAGCTGGTTGGATGAACGGGACATTCATAATTCCCAG
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AAAACAGTCCCAGCATGCCAATTTGAATGCATACCATATACATGCCAAAATTAGCTATAT
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TTGTCAGAGTATGTTCTCTTGATCTTTCTGAGCCATATTAACATGTATCAAGACATTGTA
ATGGTGTTGCATTTATTCAATATAAAGAGAAGTCCCTTCGAATGATAGTACTGATGTTGT
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ATAGCAAAACCCACAAACACACAGATCATAGAGGAAGAAAGTTCCAACAAGAACAACATA
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GTAGCAGGAATACAGAAAAACCACATGGAAATAAACAGCTATCCCTCGTGCATGACAGGA
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GGTGCATAGTACATGCATGCATAATGCTTGTGATCCTCATTTGGTGCGAGGCAAAGGCAC
TGTGCCATCCCCTCAATCGCTGCATGCTACTTGTCATGCACCGTTCACATCAAACCCAGC
ACCAGTAGTCGTACCTGATCACTGGCTTTCGGTACCATAAAAAGGAAACGGAATAGGAAG
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ACGGACACTGCACTACGTACAGACTTACAATCTTGCACGAACCACACATATACATGCATG
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CCCCTCACTTCACACTAGAGCAAATCATTTTACTCCACTCGATCCTAGCTACATGAAAGC
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AGATCGAAACACGACGACAACTGACAGTACTAGCTGATACACACACACACACACACTACA
GATGAGAAGTGCAAAGGCATAACCATGCGCGCGCATGCATGCGTACGCGAGCGCACATAA
AATATATCTGGCATACCGGCCAAATAGGAGATCGATCGACCACCGGCATTGGAGCGCGCG
GGTCGTGGTCGTCGATCAGCTCAGCAGCCGGCGGCGGGAGGCGGGCCGGGAGGGGGCTGG
TGCTGGTTGCTGCAGAAGCTGCCGCTGCTGTCGCCGGTCAGCTGCTGCGGCTTCTTGCGC
TTCTTCTTCTCGTAGCTGACGCCGCGGGCGCGGGCCTGGTGCTCGCGTACCTCGCGGAGG
TAGAGGCGGACGGCGCGCGCTGCAAAGGGGTTGGACTCGGGGCTGCCTCCGTTCTCCTCG
TAGGCGGCGCGGAGGCGGCCGACAAGGGCGTCCAGGCTGCCCCAGGCCTGGCGGAGCGGG
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TTGGTCTTGCCGAACTGGTCAAGGTAGCGCAGGAACTCCAGGACGTGCGCGCCGCTGCAC
TGCGCCAGGCTCAGCGGCGGGCGGTGGTTCCGCAGGTACTGCCCGAACGTGTTCCAGTCG
CGCCGCTTCTGCGCCTCGTACCTGCTCGGCGACTGCGAAGTGCCCCCAGAGACCACAGAA
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GGGTTCGCCGACAGGTCCATGGATCAGCTAGCTGAGCAGGAAAAGGAAGGAAAGCAGGTT
CGTTCAAGCAAGTGTGACTGTGATCTGAAACTATTTTCCATTTAATTAATTTCTGTAGGG
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CTTACAATTCGCAACCGCGGCCCATGCTTTTAACTTTCTAATTACGCAGTGGATGCAGAA
ATATGTAGGACGAACAAGAACTTGGAGATCTCTCAGGAAGGAAAATTCTGGAATCACCTT
TGGTGGTGTTGGCAGCTGATCTTGGTTAGGCGCTCTCGGAATTACTGGGCAAACCCAAAT
GACGATTGAGGTTGGCTTGAGAGTCTGCACAAAGATGGAAAACATCAGAGGACACATACA
AGAAAGAAGGTCATTTTGGGAGGGCGATCTGGAAAAGCTCATATCTGTTGCTTCTTACTC
GGTGGTGGTGGTAGCCAACAGTTGCTTGTGCTGGCTCTCATAGGTCCATCTGGTGATTGG
GAAGATGCTGGGAGAGCAGCAGCTTCATCATCTGTTTGTGATGGTTGTGGGGGAATTGTA
TGCTGCTGCTTCTATTTTTAGGGGGGGATGCCGGGGTGGTGGATGTGTTGTTTGGCCTAA
AAAGGAGAGATGTGAAATGACTGAGACATGGAGTACACAGTAGTGACCAGTGAGGCAGTG
AGAGAGTGGAGGAGATGCACTGCTAGTACTGCTAGGGCTTTTAGGTACTGAAGGGTGGAG
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TAGGTCGGTGTACGGCCTAATGGGGGTGTCGACTTGTTTCTAACTGGTAGTCATTTGATG
TCACCGGTCTAAAGTTTCACAATCATACCAACTTGGCAACAAATATCTCGTTAGCAATTA
TATTCCTTTATTATTGGACGTTCAAACAGTCTAAACCCACTACTTTCACCATTATATTGT
ACTAATTAATATAGTACGGAGTATATGTTTATTGCGAGAGTAAATACTTTGAAATTACCA
TGGAGTATATATGTATTGTAACAAAGCAAATCAATTATTCAGTATTGTTCTGATAAGTTG
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ATACAACATGGCCAGTAAATCACAGATTTTCATTCCGTGTTGCACTCTCGAATATACTCC
TTCCGTTTCAAATTACTTCTATATAACCACATGACCACTAAACCACGAAAAATATTTTAA
AACGGCTGGAGTACTTTATATATAATCTAAGCAAGTCATTCCATGCACCATCGTGCACTA
GAATGAGGGTTTACTTGAACGAATTTTGGTAGTTTGAAGTAGTAGGATGGACAGTTTCCA
ATTGCAAGTGTGCAATATGACTGGAATTTTCGCCTTGTGAAACAATATGCAGGACATACG
TATATGCGTTGGTATAATTAAGCCTTGATGTATTGCATACTCATATTTGAGTAACATTCT
GTCATACGGTGAAACAATAAATATTCTTCATAAAGAAGTACATGAAAAATAAAGACTATG
CAACAGGTGACTAGGACATGGAATCACATGCGAAAAAGGTATTGACCACATGTTCCACGC
GCTATTCTACATTGGATGACATCTTTAAATTTATATTCATGGTTTTCTTTCTATTTTTTA
GATTATCTTAACTTTCAGTCAGTTTTGCTAGTGTTCTATCGAGATGTAATTGTACCAGAC
TAAAACATTAAGGGCCTCTTTGATACATATGAGTTCTAAAATGTAAAAATGTGAAAACCA
TATAATGCAATATCGTGCCCACTTGAATTGTTGAATATGTAACATGGTTTGTTTGGTTGT
ACTACAATAGATTGAACAAAAAATTCTTCCAAATGCGTTCGAGTCAATAGATCTTTTTCC
AAGGATTCCAATTTTTGAAATTCATATATGAGAAAATTATGAACCAAGGAGACCTTAAAC
AGGAATACAGAAAACGGTGGCGTATAAAATTTCTCTATATAGTGACAATCGCATAATCCC
ATGTTCATTTTTTGTGCGGGTAATCTTAGGTTCATATATGCATCTATGCACAATCATATG
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GCTGTGCTCATGTGCATGCCAATGTCTTTTAAAGATGGATTTTTTGCTGGTTATTTGGAT
GTGGGTTTTTGTTGTTGTTTGCATAAGTCCCACATGGTTATATTTTGTGTAATAAATGTT
GTAACATTTATTTATTGTACTTTGGTGAATTAACATTTCTCTGTATACTATATCCTTACT
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CTTTAATGTATGTTTTATTTTGTCGCTGCAAAGGTGGTTACTAACTCCGTTATTTTCATC
CTATCTTTTCGAGCTGACTAACTAGATGACGTGGAGTCTTTTCAAACTTTAGACGAAAAG
GTTACCTAGGACTTTCCGGTTTTGAAAGAAAGTGCGGCTTAAATTTGAAGCCTTACCTTT
AATGGAATGCATAATTAGGGGTGCACTTGGAGTGCACGGATAGTTTTCTCTGCTCCAATG
ATCATTTGCGACACATTTTGTTAAAGTTAGCTAACACACGAATAGTGCAGCTACAACTTA
GGCTTGGCTAATAAGCACTTTAGTTGATTTGAGACATGCTATTTAGTTCTCAATATTATC
ACTAGATATCTTACATATATTTTCAATGTTTTCACCTTTGAGAGAAACTTCGAGTACATC
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GTGCTCGATGACTAGTGAATTTTGCACATATGTCTTTCTAAATATAGATCCTTATATTAA
GTTTTTTTGCAATTATATAGATCCTTATACAGTATACCGGGTCAAAAAAATTATATATAT
TTCATGTCACATATAGTTATGACACTCAGAATTTTGAGTGATGAATATGTGTAATTTATA
TAGGGCTGCCAAGTTATTATTTATTTTTGAATGTGGAGGTAAAAGACTTGCCTTATTAAT
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ACATCAAGTTACTCAAATGTTTCGCTCCCATTAGGACCCAAAAGCTTTACCTCACTCTTC
AAAATTTTAAACGTGATTTGCGGGGGAGTAGATTTCTTGTCCAAGATTCTTGCCTTCCGT
CATTCCAAACAGACCAACTGGTGACATCAAGAGAGAGTCGCGAAGGCCTTGCTACGAGTG
GCCAAGTAAACCCACCAATCACGGATGCAGTGACGAGTGGCCCATTAGGAGAGGCCGAGA
GTGCCTAACCAAGCTTTTGACCAATCACCAAACTCAGGGTGTAGCGGCATTTGAAGAGTA
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TGTACACCCAATATCGAGGATATGTTGATGCTATTTTCTTCGATGCATTTCATTTTCTGT
TTTCGTAATCCATTCAAACAACAATAATAGTGACATGGTTCAAATGCAAAAAGATGCACT
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ATCACGACGACACGGGACTGTCTAACCAAAACGAAAAGAAAAGGAAAATAGTGTCGAATT
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CCATCATGTACGAATTAATTCCTCTCGTACATTCTTCCGCAGTGCTCTGATGGACTATCT
ATATATGATCAAGTTGGGGCCTAGCTAGTGGCTAGTACGGAACGCCTGTGCACATGTACT
GTACGTGGCGTGATCGGTGCTAGGTTTTGAATTTCATGCAGCCATTGGCTAAGCTATTTC
TTACATGTTCGTTCTTGCAGGGGAAGAAAACATATAGTACCGTATAAAACAAGATTTATC
CGGCTCTGATGAAGGAGTTATGATGTTGATGGCATGCCTTCGGCTCGTTCAGTGTTTATA
ATTGTTGCTAGATGATCCGTAAATATGAATGTAATTTTTTTACTTTTGTGTTTTTTTACA
CTAGCACTATCTTAATAATTGATGAATAGATTGGAAGTTCTTTTGGTAAAAGAAGAAGAA
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TTGTTAATTTAGCAATCGCATCAACATGAATGATATCTAAGTTAGGTCTAAATGTTAGAC
TGATGGGACTACCAACCAGTTAGGACAACTTCAACGGGACGACCTAAACGGACGCGCGCT
TTGTCCGTTTTTCGTCCGTTTGGGTCGTCCGTCGACCTGTTCGTGTCCGTTTTAAAAAAT
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GCGTCTGCTTCGTATCCGCACCGACGTATTTCAGTCTCAAATTTGAGCCAGAATTGGATC
GGCACGGACGTAAAGCGGACGCGTTTTGGAAAAGGATCCGTGCGTTGGGTTATTATTTTT
GTCCACGCGAATCCAAACGAACAACGGTGGATAAAACGGGTCGGCCCGTTGGGTTGCTCT
TAGCTATGTGCATTTGATATGTTGAACAGGGCGTGTACAGTTTTGCTGAGGTGAACGGCA
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TAGTGCTAGTGGTACAAGTGAGCAAGCGAACTATGCAATCAATTAACAGTTCACCTCTTG
GAAAAAAGAGTTAGCTAGCTAGTTGAGCAAGGCAAGCTTCATTATTGGTGCCAAGCCTGG
CCATGCTTCTAGGGCCAGCAAGCCATGTGCTCCTACTGCTTGACCAGATTTCTTCGAAGA
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GGATTAGTTTATAAGAGGTGCCTGACACACCTAGCTAAACCAGAATTGAAGCATACAGTA
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GTTCTCTTGATTTAACTTTTCATAGAGAGTTATTTTAGGAGCTGTTTCCAAAAGAGACAG
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GAGAGCTCCCTGGCTCCACTACTCAGAAAACAAGCTTGTGAATAAGTTAAAACAAGCCAT
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AGATAGGTTCCAAGTACCTTTGCAACGAGAGCAGAGTTGCGGAGACCCGGGCTGGTATAT
AAAAAAAGGGTATATACTTAAAAGCTTCAAAAATATCATTTTTTTGTATAAATACATATA
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AAGATAAATATGTGGCTCAAACACAAAAAAAAAAATAAAGCCCATTTTAATCTATGTATT
TGTTTTTTTGTATATGCTACATGAGAGCATAAATGGTAGTGAAAATTTATACGTGTTTTC
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CTTCGTGGTCTTTTCTTCTTCTTCTTTCTTTTATGTTTTTTATGGTTGTGTTTGTGTTGA
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CTTTATTTACAAATTGGGTTAAAGCATATTTCGAGACTGGGAGGCGATTTGTGGCACGCA
GGGGTTGGGCCTTGAGGATCATGGAGTGCCGAACCGTGACAAGATTCGGAAATATGTTTA
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AGTGAAGCGATATACCTGTTGGAGTGGGCGGGTCGCTTTGTGGCTACAATTATTTTTGTA
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TGTTCTTCTTCTCAATATCAACAACAACAATCCTATATTTGAAACCTCTACGGAAGAGGT
TAGTTGAAGTCGTATATTTGATATGCATGTTAGTTTCATGTTGCTAGAACTGTTACACAT
GTTTAGTATGTGTTTTATTGCTCATGTTTAAGCTGCTAGCCTGTTGTGCTCATACCGGGT
TGCTCTCTTCCAACAACTCTCATATTTGTACTATCAAATCTATGTTCTTTGAATATTTGA
ATTGAATCTTAGGACAAAAATACAATTTGATGTAACAAGTTTAACTCTATAAATCATGTT
GTGCTAAGTTAGTTATAGACAATGAAACTTAATCTGTTTGTCTGTCTCACCTTAAATTAC
TGGAGATGAAATTTAAAGTTATGGTATTATTATCGAAGCGAGTTAACTTCTATCGCTTAA
TGGTTACATTATACTTTTTATGTCTGGACATTAGTTCATAAGTATACAATGTTTGAAAGA
CTTTGATTGCCAGTATTAGATTGCAAATTCTAATGTAATCATTAGTTATACAATTTATTA
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TTAATGAAAACAAAAAATTGTTTTCTTCACTTGTGTTAGTTCAGTCTACAATCATAACTT
TTATGATATAAAACATGACGCTGAAGTGTAGTTTCTTGATTTTAATATTTTTCTTGTATT
ACAATTCAAATCATATAAGTTTTTAATGTTATTTAATTTTACAATTTCCATTTTTAACGT
TTACATCTTTACTAGCAAAAGAGCCCGTGCATTGTAATGGGAGAGAAAATAACACACATC
TTAACCCAATAGTCATGACTCAAGACCTTAATAGGACCACGTCCTTTAGTTTCACATGGC
ATCATATTTGTGTTGTCACGAGTGGCCTTAGTGTTCACACAACGAAAACATGTTTGAATA
TGGCCAGTCCTAAGGTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCCTTTCTCGCGCGCGTG
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TTCCATAGGTGTGCATGGGTGGTTCTTGATGTTTTTTCCTCTCAATCTGGTTTATATGAG
TGTTTATTTGCAATTCGAATCATCGTCAATACGAGAAAAAAGGGTCGCGCACTATAGGTT
AAGTTTGCATCAAAAATAATATTTTAGTAATATTTATAAGCTAAAAATAATATCATATTT
AGATTCTACACATTTTTCTAATCAAATTTCAGATACAACATATTAAAATCATAGTTACGA
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GATGACGTGAAAAAACGGTGCAACCGTGACTTAAACGTGTAATGTGTGTTAATTTACACA
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TTGTTAGGTAGATATTATATGATAGTATATACACGTATTTGTTTGGTATCTACATTGACT
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ATCATATTTCCCTGCTCACGCTCATGATAAATGTTTATTATCCATTCTAGAATTATATCG
ACCAAAAACTTAGATACATGTGTGGATGCATGAAAAACATTGTGTCTCTAGTGAGCCCCT
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ATTTGATAATGGGATCACATAATTAGGGGAATGATGTGATGTACAAGACCCAATTGTAAG
CTTAGCATATGATCGTATCACTTAAGTGCATTGCTACAACTTTCTTCAAGTCAGGTATTT
GTTCCTAAGACCATGAGATCATGCAACTCCCTGACACCATAGGAATACCTTGTGGTCTAT
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CTTTTGGGTTGGCATGGATCAAGACTGAGATTTTCCACTCCGTATGAAGGAGAGATATCG
TTGTGCCCTATTAATAATGCAACATTGTAAAGAGCTTGCAAGCAATGTGACTAATGAGTT
AGTCATGAGATCTTGTATGAGAACGAGTAAAGAGACTTGTCGCTAACGAGATTGAACTAC
GTATGAAGACATCGACGATCGAATCTCCGACAAGTAACATATCACTGGACAAAGAGAATT
GCATACGTGATTAACCAAATCCTCGACATCGTGGTTCAACCGATAAAAGATCTTCGTGGA
ATATGTAGGANNNNNNATGTGCATCCAGGTCCTGCTATTGGTTATTGGGCAGGAGAGGTG
TCTCAGTCATGTCTACATGATTCCCGAACCCATAGGGTGCACACGCTTAACGTTCGCCGA
CGCTATATTAGTATTAGGATATGTACGTTGGTCACTAAATGTTGTTTGGAGTCTCGGTTG
AGATCCCAGACATCTAGAGGAGCTCCAGAATGGTCTAGAGGTAAAGATATATATATATGG
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TCTAGAAGGTTTTGGAGTGGGTCCACCTACATGGCGGGTTGGGGGGTGGGCACATGGTCG
TGGGTAGTGGGGCAAGCCCCAAAACCCGTGGTCTAGGCGCAACAAGCCCCCTAAAGGAAT
AGGATCATATCCCGAAGCGATAAGCTCAAAATCCCTAAAAAGGGAGGTTAGCAATCGGTG
GGGAAGGAAAGGAGGGATTTCCTTCCTCCCCCTTGGCAACGACCCTAGGGGATTGGAGGG
AAAGCCACGAGCCCCTCCCACGCCTATATAAAGTTGGGGAGGTGCAAGGGGACATCCCAC
CAATTCCCACACCCTCGTGACAACCCTCCCTCTTTGTTACCCCCGTTTCTCCTTGGATTC
GTTTCGACAACATTTGGTGAAGCCCTGCCGGCACCACCACCATCTCCACCATGTTTTCGT
GTTGGTAGATATCTCATCTACTTCTCCTTATCTCTTGTTGGATTAAGGAGGAGGAGACAA
CACTGAGCCACACATGTGTTGAACGCGGAGGTGCCGTCCATTTGGCTCTAGATCGGATTT
GATTGCTATTGGATCGTGACGAGTACGACTACATCAACCATGTAATATACACTTCCTCTT
AATGGTATACAAGGATATGCACACACACACTCCTCTCTCATTGCTATGCATCTCCATAGA
TATATTTTGGGTGTTCAAAGATTTTTTTTTTCCATGCTTCGTTCTCCAACAGTGGAATCA
TGAGCCAGGTCTATGCGTAGATGATTTGAACTAGTAGAACACAAAGAAGTTGTGGGCGTT
GATGTACAGATTGGTTACCTCCCTTGTCTTATTTGGATTCAGCGGTATTGCAGGATGAAG
TGACTCTGACCAACCTTACTTGTCCTCGCACAAGAGACCGGTTCCACTAACTAACATGCA
ACTTGTTTTACATAAAGTGGCTGGTGGGTGTTTCTCTCCCACTGTAGTTGAATCTGATTT
AACAAAGACGGTCTTTGTAGAAGGTTAAAAAGCAACTTGATTAACACCATTGTGGATTTG
CATAAGTAAGATCAATTCTTGCTAGTTGCCCATAGCACCAACGTAAAACTTGCAACAACA
AAGTNNNNGACGTCTAACTTGTTTTTACAGGGCATGTTGTGGGATCTGATATGGCCAAGA
CATGATTTGATATATCTTGATGTATGATATGATCATGTTTTGTAGTAGTTATCACAACTT
GCATGTCTATGAGAACAACAACCCGCATGAGCCATAGGGTTGTCTCTAATTTATTATATG
ACATGTGTGTCAATCATTAAACGCCATGTAATTGGTTTAATTTTTCTCTATGAGTTTGCA
ATAGTTGTAGAAGAAATAGTTGGCAAGACAACCACGTGACGACACGATGATGGAGATCAT
GGTGTCATGCCGGTAACCATGGAGATCATGCGGGGTGCTTTGGTGACGGAGATAAAAAGA
ACAAGATGATGATGGCCATATCTTGTCACATATTGATTTGCATGTGATGTTTATGTTGTT
ATGCATCTTATTTTGCTTAGGACGACGGTAGCATTATGAGATAACCCCTCACTTAATTTC
AAAATAAAATATGTTCTCCCCAAGTATGCACCGTTGCGGAAGTTCGTCATTTTGAAGCAC
CTCGTGATGATCGGGTGTGATAGCCTTTTTGTTCACATAGAGTGGGTGTAAGCCAGTTTT
GCACATGCAAAATACTTGGGTTAANNNNGACGAGCCTAGCATGTACAGATATGAACTCGT
AACACAGAAGAATGAAAGGTCGAACATGAGTCATATAGTGGATATCATCAACATGGAGAT
GTTCACCATTTGAAATCACCTCATCTCACATGATGGTCGGACTTGGGTTGGTGAATTTGG
ATCATGTTACACTTAGACAACTTGAGTGATGTTGATTTAAGTGCGAATTTATTATTAATT
TGATTAACTCAAAAAATTAATATGAACATGGTCTAAATTGTCTTTGCAAATTAGGATGTA
GATCAATGGCTCGCGTTGTACCTCCCCTCAATTTTGATATGTTCCTAGAGAAAACTAAGT
TGAAATATGATGGTAGCAATTATGCGGACTTGGTTCGTAATCTGAGGATTGTCCTCACCG
CTGCATAGAAGGCTTATGTCCTTGNNGCACCGCTCGGTGTGCCACCCCCTCAAGCATCAT
CTGTGGATGTT