Map Locations of contig_42438 (11778 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_42438

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_58199 5 2591 bp AK360454 Available Available None
MLOC_58200 1 2476 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_58199






CDS Structure of MLOC_58200






Contig Sequence (11778 bp)

>contig_42438 11778 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AATAAGGTACAGTCAGCAGGCTGTGAGGATTAAAATATTATATTTTTGCTGAATTGGATG
AGAGAGAAGATGAGAGAGAAGGAAAACGGATTCTTCGTGAAGAGCTAGCTCTAGCACGTG
CTTCTAGGTGCTTTGCGAGAAAGAAAGGTGGATCATATATGATAAAAATAGTATTCTTTT
ATAGCTAACCACTCCATCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGGTTTCACTAATGACT
CCATACGGATGTATATAGACATNNNNNNNNNNNNNNNTTCATTCATTTTGTTTCGTATGT
AGACACCCAGTGAAATATCTTAAAAGACTTATATTTAGGTACGGAGGAAGTATTGTACAA
GCTAGCTATAAGATGAGATGGGTTATAAACTGCTTATAGCCACAGTTGGCTATACTATTA
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CTGCTGCCGATAGTGGATTTTTTTTGTTTGTTGAGGTGAGCAGATACTAGCGTGGATGTG
TTGCACGTGGTGACCAACCAAATGGCCTCGGCCTTAACAAACAAACACCGAGACCGTACA
AGCACTTCCCCGTCCATTGTGTGGCTGGCAGGTTGGCCCGGAAAACTACCTGGGCTGGCG
CTGATCAGGCGACCACCGCCCGTGGCCTGTCGCGGTCTCTCGTATCTCCTGCCTGCCTCG
GGTTTAGGCCCCGACGCTCATCCAGTTCGTAGTCATCCGTCAAAGTAAAATTACAGCAGA
GGGCTCCTACATTCAAACCCACGCGTACCTTCCACTGGAAGCCATCTGTCAATGTAAAAT
CTACCAACAACCATTGAAGATGCCTTTATCAGATACTCAAAAAATAAGACAATTTATTAA
CGTGGTACGGACCACACATTTTTCCTTCTTGTTGATTGTTGAAAGGAGAAGTTTATTGCA
CTCTCAGTCTATGCATCTAGACGCGGAAGGCCAAACTGGTTGCCAGTGTGGTACTGTTGA
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TCTTCTCCTTCAGAAAACCAGTAAAGGCCAGCTAGAAATCTGGTTGACATTAGTGAATAC
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TACCTCTCTTTTTTCTAAACCAGTTGAGAATACGTTTTGGTTCTAAAAACCAAAGTATCC
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TTGTCATTTTTCTAATGAAATCAGGTTGCTTTGTTCTATTTTTTTGTTTGGCCACCATGA
CTATTCTTGTGTTCTGACCCCCTCTTTGGTTTTCCATTTTGTCGTCGACTCTAAGGTGAC
GACAATGATGCCGGTGGAATAAGGTTTTCTCAAACTCCATTCCCAACTTAGTGACAATGT
CTGTGACGATGCAACGGGCAGACCATGAGAATGGTTTGTGTCTACTCATCTTGGCCCGTG
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TTCCTACCTTGGGAAAAACGTCCTCGACGAGAGTGGTGAGGAGTCCATGATTATGGCTTG
TCGTCACTCTTCTTGGGCCTGGTATCTAGTTTGTCCGAGTGTTGGTGTCGTCAACGCCAT
ATTTATTTTCTCCCGGCTCCACCACTATTACACCAACATTCTCCTCCGTTGGACCAACAT
CCTCTTCACCATCGTTGTGACACCAATGAAGGTCATGTTCATGAGGTGGCGGATGCGCTG
GCTCGTTGGTGGTCCTTTCATGGTGACGGGTAGTTCTTCTTTGGTGTGTTAGTTCTATCG
GTCCTTAGCCTTGGCGACTTCCCAACTAGTGGATACAAGGTATGGCTAGATTTGGCACTC
ACGCTACGGCGACGACAATGTCCTAGAGGTAGAATACACAATGAACCCTAAATGCATGGT
TTTGATGTTTTTTCTTTGGGATGTGCTATAATCTTTCCTACTATTAAAGATTTGAGTTGT
TGGTGAGTCACTCACCCCTCCTCCATCTACACGTGGGACCTACTACAACATCAGTCTAAA
TAAAATATGTTTCATGTGATCCGAACCCAGCATGTAGTTCCTACTATTTCTATCTAGACT
CTCACACATGTATAAAAAAATTGTGACATTTTATTTGGATGCGGGACCACCTGATAAATG
ATACTGTAAATATAATAGTGACATTGTTCATAGACATACGTATTGTTCAATGCCTTGATA
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CAGCTTCTGCGTGGAGCGAGCAGCTTGGCCTCCGGCCATGCTCGTGCACCATTCCACATG
GTCGCAGCCGCCCTCTTGAACATCGGCCGTGAGCGGGCACCGCTGGCCACTCGGACCTAC
GACCACCGGCGCCCTAGAGCTTACGCCACTGATTTCCCTTAGGTGGCTAGCTTGGCATTT
TACACATTCAAGTTATTCAAGTAGCATCTGATTGTACGTAATAATTATATGCACACGTCT
TTCTAAAAAACACTATGAAAAAAAATATATTAGCGGAAAAAGTCCTTGTATTGTACTAAA
TTAGTAGACCATAATAATTGACATTGGATCTTTTGTAAATCTCTAATAGTGGTGCGTGAA
CGTGATAAACCAAAGATGTTTCGCATCGCTATGTTATGTCAAAAACTTCGACAAATTCCA
TGCAAAAAAGTCAAGTTATGTGTCATATGAAGCGGGTTTATGAGGTCAATTACGTAGCTG
TGACATTTACTACTTGTATTACTGGTAGAATCGAGCATGTGTTGCAATGTTAGAACGAGC
AGAAACCTACGGACATTGAGCAACTAGCATGGCGAATCATCATAAGAGCATTTGGACATT
TATTTAGGCAAGCACACGAAATCAGGAACTGAGCTCAACAAGCCTCAATTGATATTATCA
TTTTGTCTATATTATTGCATTGAGTAATTATGTCATAGCCTAGGTTGGCATTGCACACAA
CTGATGATTAATAGTACAAAACAATTAAACGAATTTCAAAAATTATGTTCACTTTCTATT
ATTCATATGGTAACATATGAGCAAGTTATTTTTTGTTGCCTCTGTAGCAAAGGCACTATG
CTAGTTTCTGTACATGTTTAACAAAATGCTTATATTTTTTTGTGAGGGTAAAAAAAAACC
TGATTAAAGGCGCAACAAGCTTTTATATTTTCTTAGTAAAATATAAACAAGCATTCCTTG
TATCCACTAATAAATAAACGTAAACAAATTAAAATTGGCTGAGGGAGCGCAACGGCCTAT
ATAATCCCGTCGATTACCGTGTTTCCATAAACCGCACACATAAATCCATTTATTTTACAC
CGCACAGGCCACAACGGCTACAGCTCTCTGCCGCAGTACAAAATCCAAAAACTTTAACGT
TGGAGAAAAACATCAACGAGGCATTAAACCGTTCCGTTTTCCCATGCCCCGATACAAGAC
GGCAAATGATTAAACGCGAAATTCAAAAGGGCCAAGAAAATAGGCAACTTACCGAAACGC
AAGAACCCATCCAATCCTTCCTCACACCCACCAACGTCTCAAAGCCAAAGGGCGCTCCCG
TCCTTTCGCCCCGTCTCAGTCCCCCTGCGCCTGGGGTTTCCTCCTTCCACTCGAAGTCAG
CCTCCGCTCTCCTCTTCTACTCCCCAGTCCCAGTCCCACTCCCATCCCGCCTCCCCTCCC
GGCTCCGACTCCCGTCCCCGTCCCCGCCCCTCCCCGCCCCCAGAGGATCGCCACCGCCCC
GCACGAGGACCGCCACGTCGCCGCACGCGGCCGCGAGGGAGGGCATTGGCGGCGCCGCTT
CGGGTCAGTTCTTGCCCTTGCCTTCCCCACCCGCTCTCTGATTCCGCCGCCGCGCGGCTC
TTCTCCCCCTTTTCTAGGTTCGATTCGGCTCGCCTCATTGCGGAATTCGGTTTGGCTTGC
TTTCGCAGTGCGATTTAGGGCTGCTTGCCTGCCTGCCTGCCCGCCTGTCCTCGGTGGTCT
GCTCGTGCCCGGCGGCCGGCGGGATGTTCTACTCCAAGAAGATGCTGTCCAGGAAGGGCC
CGCTGGGGGCGGTGTGGGTGGCGGGCGTCTGCGGCGTGGCGGCGCTCACCAGGGACCAGG
TCCTGCGCACCGACGTCGCCTCCTCCGTCGGTAAGCGATGCCGCGCCTGATTTGCCGCCC
CCCCCTAACCCGCTTCCTGCAATGCGACCGAGCTCTCTCTTTTCTTCGTGGGGTTTTGAG
GGCTTTTTGGGTTCGGTTGGGGCCTGGGCGAGGAGGGAATCTCTCCAATTTATGGGGGGA
AAAGAATCTTCTTTTGTGCCGGTCTCGTGTTCTTTCCTGGCTTGGTTAAGAACTTAGAGG
AAAATACGGCCGTACGTGTCTCTCATTTGTGGGGTGAGTGGAGCAGTAGATTGGGAGGGT
TTATGTGGGGGTTTATATCTTGAGTGTCAGTGAAAAATGGGAGTGGAATCCTTGGTTCTT
CACCCGAAAAACAAGACCAAGAGAGAACCACTCCGTTTCCCTTGTGGTTTCCGTTCCTCT
TCACCATGCTGTGGTTGGTGGAGTGGTGATCCAAATTTTTCTTGTCGATTTTAGGAAGCA
TCGATGTGCGCATTTATCTTTTTTTTTTTTTATGTTCTTGTGCAGTGCAAGCGTCACTGT
TTGCAAATTTCGTTTCAAATTTCCTTCGTGGGAACGGCTCAGTTTTTTTAAAAAGATTAG
AAGATGAATAATAGGCTGTTGATAAAAAGTTTGAATCTGAATTCTGAACTGTGGGCTGTT
TTGGCCAGTGGAGAGTTTTTATGTTTTTTCTTTTGGCCACTTTGTGGACGGTTTGGGGGT
TCACGACTCTTGGCCTGAGAGCTTTTCACATATGGTTTTATTTTTTTATCGACGTTATCC
AAGCGTAAACCTGAGCTGAGTTTCAGGTTCGGGTACCAACTGAATGTACCATGTGAACCA
ACTTCACTGTCGACAAAAACTACATAATGATATTGAATTCACTGGGGAACTGTTTGGATA
TCGTTGAATATTGCGTCTCTCTATTGGTAGACATAGCCCTCCAGGTATTTTTCCTGATAG
TATTGCGGCGACTTGCTCACACGTCTCCTCCTATCATGGCAGACAAGATTTTGCCCGATG
TTGAAACCACATACAGAATACTTGGGCTGCTTATGCTTGGCATTGTTAGGATTCACTCCA
AGAAGGTGGACTACCTCTGCTATGACAGCAATCAATTTTTTGAATCAACTGTAAGAGCGA
AGAAAGTTCTAAAGCGAGGGAAGAAAGGCGTTTGTGCAAAAAGGTTGGTGCTAGACCAAG
AAGACACTAGAAGAGCGAAAAGAGTTGCGGTAGTTCAAGTCCCAGAAGTGGATGAACTAG
CTGATCTTCCACCAATCTTCACCATACCCAAAAGATTCGAGCTTGACTGTTTTGATTTGC
AGATCGCTGAAGACAGGTAATGAACACACATGGTCGTAAACTAGTTCCATTTCTTTGTCG
CTTGAAATGTGGTGTCTCACTTGTTCCTTCTAAATTCCTCTGCAGAGAGGATGACAATGA
TGATCATCACCAATTGCCACGTCAAGGTACCAAATGCTGCAATTTGATGCCACTATTATT
GCTAAGAAATCGTTTCATTTATGACCTTCATTGTTTTGCACAGAAACTTTGTTGGAAGAT
GAACATCATCATATGCCAAATTTGTACGAGGTACCCAGCTTCCTTCCTACCATTCACTGA
GTAATCAACACATGTATGCGCATAGAGTGAAATGCTTCTTATAACATCTGAAACAAAGAA
ATGGGGGAGCTTGCCAAAAATATGCTATGTAATCCAGATAAGTCACACTTGGCACCTACT
GCAAGCGCCTACCACCTAATGTGATCTATAAATGCGATACTTCCTAGGTACACAGAATTA
CTAAGCTTGCATGTATAAGGCAGCAGTTTAAGGGACCTCTACCTTCCACTGATTGATCCT
GTTCTACCACAGTAGGTTTGTAAATTATTCCACCCATGTGTGTTCCACGTGTTGCCTTAT
CAGGTTCCATGTATTCCACCCATGGTCCTGTGTCAGTAGTTTCATGAATTTTCTGATTAA
GGTGTTAACTGTTAAATACTCCCTCCATCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTACTACTA
AAGTTGTATTAAGGTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATCCGTCTTGTCTGTG
TGGTTTCTAAATTATTCCACCCATGTGTGTTACCTTAGATACGTTTGTTCCTTTGCATTA
GCAATAGGTGACATGCATTACTGTCAGCTTCCTCTTGTTTTCATGCCTTATTTGTTTTGA
CAAACTATAACTTAAGATCTATCCAATGGAACAGTCTTATCCGATGATGCCATATGCTGA
TCTGGACTCTGCTTACGTTGTGCCAGTATGCATGTAAGTACATAGGTTACAGTACCTAAT
GGTGTTAAAAGATTACTTCCAGTGGATTTCTGAGCTGATCTTTTGATGCAGGATCCCAAC
TGAAATGATCAGTGTCAATGATGAAGTCACCGATCTTCTGTACTCAAGTCACATGGACGA
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AGTATATGAACCATCACTCCCTCTCCCGACTCATTCATAAGAGCAGACTTTTTCCTCTTT
ATGTTTGCTAAAATGAGACTATGAAACAGTGTTCTTCCACCTGAGGCGATGGATATGATG
GCTGAAGTAAGTGGCCTTCCAGAGAAAAGCGAAGAGGTGAAGAAAGCTAGAAGAGAAGTG
AATGGTGAAGAGAATGGCGATCCTGCTTGTTCCACCCCTTTGCGAGAGTGAGTATTGCTA
CTCCCTTTTTTTGGTTACATCGAACTTTGTTTACTTTAAGATTATTCTGGAAATTATCCT
TTTATTTTGACATTATTAAGCATGCATTGATGCAGAAGTCAAGAAATGCAAGGACCTGCT
GTGAATGCTGTGGAGAATGTGGTGTGTGCAGATCTTGATGATAATCATCCTGTGGTCGAA
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GACATCGAGGAACAAGAGTCACTGGAACCATTGACTCCAGAGCCCTTGCGAGAGGGAGTC
TCAGGTTAACTTTTGTGAGAAGTTCCTATTCTACTTATTGTTATTATCTTGCTCATGTTT
GTGACATATTTATCTCAATTCACTTTTATCTAGGGTTACTAGAAAAATTTATGGTTGCAA
CACCTGCTCAAAATGAGAAGCGCCAGGTTACCAGAAAAAGGAGGAAGGGGTTCCAGGATG
CATACGAGCACAATAAGAGAAGAGTTTGGGTAGTGTGGGATGATAAGGTCCTCCTTGATA
ATGAGTAAGTACAGTAACTTACTTGTACAAGCCCTTTCATCTGTTCCACTGCCTATTCCT
GTGTGCTTGTATGCATCCTAGCAGCCAGTTTGAACTTCTCTATTGGCTTAAGAAGTTTGT
ATGGTGCAAATGTGTTGGTAAAATAACTAGCTTGCACAAGCTCTTCCATATGTTGCAAAC
CGTTTTATTTTAGCTTGAGAACTGGGAGTGGTCTGATCTGCATTGACATGTTTCTTTAAG
GTGTTTCCTCTTTTTGTTTGAGAATTGGGAGGGCCTGATTTGCATTGACATGCTTCTTTA
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ATATTATTGCCACATTCACATGCTTTCTTTAAGGTGATTCTGCAGTATGTTGATGGAGCA
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AAAGAAGGAAGGCTCCTCACACTCGCCATCAGATTTGGAGGGACCCAATATTTCGTTCTC
TGCCGGATACTTTCATGGAGCCAATTATTCAATGTAAGTCAATCAGTCATCTAGTACCAG
GCTCAGTTAATTATGCAAACCTTAGTCATCAGCTTAGCTGGCCATCTTATTTTAACAGAT
TCGACTACAGTGCGCCTTAATTCTACTACAGCTGGTGCCTCATGCGGGGAATCCGTTAAA
GCAAAGAAGTGTCTTTCATATGAACCTGCTGAATCCAGCAATCCCCACAAGGAAGCTGCA
AATGAAGAAAGGGAATGTGTCCCAGATGAAGTGATAAATGGCATCTGGACTCCTGTTGGG
TGCTACAATCAAACTCAGCAAAGTCAAGATGCTTGTGAGTGCAATGATGATACACCCTAT
GAGAAGAACAGCACATTAGTCAATGGAAATGAACCAGGGTTGCCAGAAGAGAGATTGTAT
GAATCAACCAGTCATAGTGCATTGCGCAATGAATCGTTGACTGCTGATATAGATGCGGTA
AGCAAATGTCTACATCTAAACTCGGTGGAAAAAAGATTCTGTTTATGGTTTTACAGCACA
CTTTATTCATTTGAGAATGTTCTCTGGTTGCAGGATATTCCTATGGATGAAGAGCATGCC
GCCAGAGATGAAGGTAATGTTTATGACCTATAGTAGTTTACACTAGCTTGTGCTGTTTGA
TGTTTGTGCTTTGTCATCCTCTTCTGATACACCCACTGTTATTTTTGCAGATTTCCCGCT
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GTTATCTGCCTGTAATACTTACTCTCTAGGTCTACTATTTCAGGGCAGTAGCAAAGTGCC
TCCATCAGCTATTCTTGGACCAGAAGTGCCAGCAGCAAACTGATGTCCCCGTGACGCTCG
GCCAAGCCCTCGAAGGCAGCAAGAGGAAAACCACAGCAAGATTCTTCTATGAAACTCTGG
TAAGCTTGCTGTAACTTGTTTCCGAGTTGTCCTTTTCTTGAAAGATTGAACTGGATAAAA
GGCATGGATTGCTACAAATGATTGACCACTCAGTGTCTTGACATATTTATGCATATCCAT
CTCATTTCATTATTAAGTACTCACAAGAAATATCCCTGCAATGTGACTTGATGCCGTGTC
CTTTTTCAGTGCAATGCGCGTCTCAGGGAATTCACAAACATTTCCAAATTTTCAGTTTTG
ATTTACACCATGTTCTTCCCAAAACACAATAGCGTACTCCTTGTGCACTGATGGAAAATA
AACAAATGCTAACAAGCTACATACCTCTCTTGTGCAGATCCTCACGAGCCGTGGGTTGAT
AGACGTGAATCAGGAGAAGCCCTATGAGAACATCACAATCTCTGCGACCCCACAACTCGA
CGCGGTGCTGCAGAATCCAGTGCCCCCTTCAACTTCTTAGCAGCGGCATGTCCCGTAGGT
GGGTAGTTTTAGGACAAGAGGACTGGAAGTTTCAGATTTATGCTATATCCCGTAGCATCA
TCTCGAGGGTATGTACTGGTGGCAGGCCAGTTGTATATATGGATCGTTCATTCGTTTGTT
GGTATGGGCCAGGCTTATGTAGAGAGAGTAATAGGATGCTGGTCGGTTAAGTTAACGACA
TGCCTTAGGTTGCAAGAGTTTCTTGCTGGTCGCATGCGGGATGTAAGTTAGCTGATGAGG
AGGTGGTGTTTATTCAGATTGCAGTTTCTTGCCGGTTGCATGTTGAATGCTGATGGTGTC
TGCCAATGAGTAGAAATAGCAGGCAAACACTCTTGCCTGCTTTGATTGATGCCGAGCGCG
AGCTATTCTTTTCCTAAATTTTTGTATCAGAGTTTTTGCCTGAGATACAGATTCTTAGGG
GAGAGCAAGTCTGTTGCTTCTGGCTTAAGATACAGAGTGTCCTTGAGGCGACGTTGGCTT
CAAGCTGCAACCTTCACTGTTCCAAGGGGAGGCCTGTCGAATAGGAGATATTTTTTTGGC
AATATATACTGTTCCGGGCTCTTCATCTCTTCTCATGATAAACACACAATACTTCAAGAG
GAGAACAACCAAGGGTAGAATGAAAAATGAATTGTACGAAAACCCCGTCAAGGGTAACCA
CCAAGACCATTTGGTAGGGCAAGCTTGTATACACCTCAAATAAATTTCCATGTGCTAATT
GAGGCGCTCAGTTTGGCCATCTTTGGGGATGAAAAATAAAACTCATGTTTAAGACTCCTT
CGGTTTGGAGGAAAAATTTCATAAGAAAAATCCGTTATAGCACTTTGATTTGTAGGAATA
AAATCCTATTCCTATGAAGGAACTCTTTCTATCCTTCACATTTCGTAGAAAAGTAAAGCA
TTAGCAACTGAAGAGATTTGAGATATATGTCATCTTATTTTCTATGATTTTTCTATCCTA
TGAACCAAAAAAAGCCCTTGATGTGGTAAAAACTTTACCAGTAAACTGGAAGAAGTGAAG
GTTTTCATTGAAGAGAAACTGGAAGAAGTACATCATCTGGTAGAAAAAGGAAGACTGAAA
AGCCATCTAAGATAACGTTCTTGTGGCATATGAAAGTATCCATGCTATCAAGAGGAAGCG
GCGAGGAAAAAAATGTCTTTTATGCGGTTTAATTTGGAAATGCTCAAAGCCTATAATAGG
ATGGAATAGCATTATCTCGAAGAGGCTAGATTTTGAGAATCGTTTTGTGCATCTCGTCAT
GAAATGTGTTATTTCGGCCCAGTTCGCTGTCAAGGTGAATGGGGAACTTCTACCTTTTTT
CTCCCCTTCGAAGGGGTTCAGGCAAGGCGATCCTATGTCTCCATTTGCTTCTGATACTAG
TAAGCGTGCACGTGCAACATTAGTCTATAAAAATCATTAGCTATATTTTGAATTTTATTT
CTCTTTTAGTCGACTTCCTTTTCGATCATTCAAATGTGAACCATACACATGATCATGATC
ACATAAATATATTGTAATCATTACTTCCAAAACTACTTACAAATAACAACTACACAACAT
TATGTAGGTATAACACGGTCAAACAACCGATCTCTCCGATGCAAAAAAAGCCAATCTCTT
TAAAAGGGAAAATTTGCTAAAAAAACAAACTAAAAAGAGACAACTACGGGATGTATAAAA
AAAAGAGACAGCGGCGGCTGCTATTTCAATCCCACTAAGAAGCTATCAGTTTCTCACCGC
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TGACTGTTGCGCGCACGCCTCCGCACACCGCCTTTTCTCTAGCCAGGATGTCGTCCCGTG
CCTCCTCCCCCACCCCTC