| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
|---|
| No map location |  |
No map location |
Predicted Genes from contig_42220
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_57929 |
1 |
2092 bp |
MLOC_57929.1 |
Available |
Available |
LOC_Os12g43060.1, FRAME:+2, EVALUE:6e-45, 13112.m04541 protein retrotransposon protein, putative, unclassified |
| MLOC_57928 |
1 |
247 bp |
MLOC_57928.1 |
Available |
Available |
LOC_Os11g36870.1, FRAME:+1, EVALUE:1e-16, 13111.m03609 protein retrotransposon protein, putative, unclassified |
| MLOC_57927 |
3 |
10063 bp |
None |
Available |
Available |
None |
CDS Structure of MLOC_57929
CDS Structure of MLOC_57928
CDS Structure of MLOC_57927
Contig Sequence (13307 bp)
>contig_42220 13307 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
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TCGATCGTCTCCTCGCGTCTCCGCCACCGTTTCCTCCCCCTCGTCCATCAAACCTCGATT
CGTTTTCGAATCGCGCTTGATTTTGCCATCGCTTCTGCCTCCGGTGCCCGCGGTCGCAGG
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TCTTATGGAAATAATTATAACTCAGAAGACAGTAGTTTCCCCTGCCTTAGTCATGCTCAG
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CCTAGTCGAGACAGGGTTACTTTATTTTATCTTCAACTCATTGTTTAATCAAGTTTTCTC
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TGGTGGATTCTTATTGTGTAGCAGCTGATCTCGCTTTTGGTGTGTGTTTGTGCTCCTTTA
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GTTTTGGATCGCTCATCTACCTGGAACTTGTGATCCGTGTTTGGATGATCTCAAATTCTT
GATCCCTCTGACTTAACTTTTTCATTTGCAAAATTCAATAATTTACTCTCCAGAGGTTCT
GATTTGGATTATCATTGGTGGATCTCCAGAAATTTGGATTTGGCTTAGCGGCGGGGGTGA
CTTGTCTTCTTCTTCCTGATCTGCTTTGGATGAATCATTACTTCCTCCATTTCATTTATT
TCTCTCCACAGCTCACCTTATGTCTACGACAATTCTGATTTACATTTGTTGGTGGTTCTT
CAGAAATTGGGGTTATACGGCTTAGCGGGGAGCACCTATCGTCTTGGTGATCTGCGTTGG
ATGATCATTACCTTTCTCAGTTTAGTTTCTTCTTCTCCAGAGTTCAGTTAGTCTCCCAAC
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GGTCCTATTTTGCCTCGGCATGATGGTTCTTTTTCTGTTCCTTGACTTTCCTGACCTTTC
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ATTTTGCTCCGTATGTGGTCTCCTAGTGAAATCTCTAAAAAGANNNNNATTTAGGAACGG
AGGGAGTAGAAAGGTATCTTCCTGGTGCAGGTTGTAGTTGACGAATTCAAGTCCAACCTG
GTGCTGAGATGCAGTATTTCTAAATCTACCATTTTGTCAACTCATCATAACTTAGACAAC
CTTTAAAGTTATCTCCCTTTGTTTTAGTTTCTCCGCTGTTTTGTTTTGGTTCCCCAAAAT
TCTGATTTAAACTACTTCTTGGTGGCTTCCAGAAATTGACTTGGAAAGGATATACCTGCA
GTTTGGAACTGGTGTTGTTGTCATTCGTCAACCATAGCTGAACTTGCTATCCAAAACAGG
CTTACTTGTTCCCGTCCATCATTTGATCCATACATTAGCTATTTATAAGTAACATTTTCC
CCTATCTGAAAATTTATAGGAAGCTCCCTTGCTTGTTGCAGGTTGTAGTTGCCAAACTCA
AGCTTTCAAATGAAAATTTCCCCTTAACTGAAAATTTTCCTCTGATGAATCTGTTTGCAG
ATCTTCTAAATCTACTTTCAATTCATTCAGATTATCTTACTAGGCAATATATTCTAAATA
CAGATTCATATACAGAGGTTCATGAATCCAAGGATAATCCGAAGCTTTCAACTAATGGCA
CATCCTACAACCAAAAAAAACTCTTGCCATCCCTTTTTTAATTTCATTTAGCTACTCAGC
CATGTCTTTGATATAGGTTTTTGCTCCTGCTCTTCCTGTGGTTGCAGATTTTTCTTTAGC
CCAGGCCATGTGGGTAATGATGCGGAATCTGTTAAATATTTTGGTTTGCAATCTAGCTCT
CCGTTGTTCGATTTGTTGTCTGTTAACTCTTGATCCCTGTATTCTATTGGTCTTCTACAA
GTGTGGGTTGCAGGATATAATTGTTAGGAGTTTGTACCAAATCTGTACTCTGTACATGGA
GTCAGGTCAGTGTCTTGTAGATGGTCTGTTTGTTTCATTTGCTATTGCCGCCTCCATGAG
TTGCCTTGCAGGACTGGATGTGGATCTGAATCTGGTTTGGACATGAAGCTCCCTATGGTC
AGTTTCCCATGTTTGGTCACATTGGTTTACTGGATCCCTCATCTGTGCTCGGTGACAAAA
GATTTGAGTGGCTATACCTTAAATTCTTCGATATGTCTTATACTATAATGGTTCGTCAGT
ATTAGTGTCCCTTGATATGAGGTGGATTCTCGTTTGTTCTCGTTGTAAAAGCTGATCTCG
CTTATGGTATGTGTTTGTGCTCCTTGAGATGCAGGATGTTGTGGAGTGATGAATGAAAGG
ATCGAGGTTTGCTTTGCTGTTCGTGGTTATTTTGATTAGTTATGGCTCAATGGATGGTTA
TAAGCTAGGATCTTGTGCGCTGAAGTATTCGTTCTGGATTGAGGCTGTGGATTGGATAGT
TAACCATGGGATGGGGATCAGAGAATTTCTGAACAGTGTTTATAATCGATCCTCCTCGAT
TTAGTTTCTTTGCTTGCACAGTCAAATTTAGCTTACAACATCTCTGATATGGATTGTTCT
CCAGCTATTGGACTTATGGGGGCTTTCCGGAAGGTGCCCTGCATGTTACAGACGGTTTCT
TCTGTTGACTTCAATCTTTCCAGATTTGCTTTGAACATTGTCCTTCCTATAGTTTTCTCT
GCCCTTGGTAACTATGTGACCTTGCAGATATTGACATGGATGAGAGAATTTAGTTTGCTA
TTTGGTACTGGGGTTGTTGCCTAACTGATCTCTCCCAGACAAGCAGGCTTATCCTATCAC
CTCAATGTTTTGATGCATTATATAGCTGTTTTAAGTAGTTTCGTCTCCCCAAAGCAAAAA
ATCATGGGAAGGTCTCTTGGTCGTTGCAGGTCCTAATTGACTATTTAGGTCCAACCTGGT
GCGGAGTTATCTGTTTGAAGATCTTCTAAACCCTACACCTTTCCAATTCATTGCGATTTG
TTCAACATATAAATTATCTTATGGAGACAATTTGAACATTCAGACTGATTTGGTGGATGT
GTAAGATTAAGGTTTCTCTAGGGCTTTAGTCTAGATGGGACCTACACCGGCAAAATTCAG
TGCTCTCTACAACCGAAAAGTTATCTTAAGATGGTTATCTCCTGAAGAAACTTCTGTTCT
CTTGGTTGCCTTTTGCTTGTAGGCTGTAGCATTGATTGTATTTTTTCCTCCTGCCTTCCT
GTGATTGCAGCCATGATGGTAGCCATTCAAAATATGTTACCTTTTTGGTTTATGATCCTC
TCTATGGTTTACTTTGTTATATCTGTACTCCACATCCATGTGCTTCTGTTGGTCTGTTGG
CCTGGTGGGCTTGTTCTTTGCAGTATATGATGGAATTAGTGGGTGTGCCCTGTAGAGTCA
TCTCAGTGTCTGCTCTGCTCTGAATGCAAAAGTTAGCTTTGTTCCTCTTTTCTCCAATCT
CCAATGGCTAATCAACGATCCTGTCTGTCACGTAATACAAGGTGAATTTTATCTCGTTTA
TGTATGCGCCTTTGTTCCTTTAGATTCAAGACAGTGGAGATCGTATTGAAGGGTAGAGGT
TTGAGTGATTCATGGTTGTTATTTAGCTCTTCGGATGATATCTTAAGTTTGGGATAGTAA
TTATTGGTCATGCCTGCATGGTTGAGGATTCATAAGTGTCTTGAGGCATGACTGGAGTAT
TTGGATATATTCTCCTCCTGTTTGATTTCTCCATGTGAGAATTTGGTTCCTGTTCTGAGT
ATTACTTGGATTTTTGGTTGTTCTCCAGCATTTGAGCGTAGGCTTGCCCTGACTACTTCC
TGATTTGATCTTGTCCAACTTCTCTCTGTTAACTTATAGCATTCCAAACATGTTCTTTCT
TGTCAGTAGCTTTTAGTTCCATGCGAATGTGGCATGCAGTGAGAATAATTCAAACCAATG
TGCATATAACTTAACTAAACCAGGCTTATCCCCATCTCCTTGCTAGTTTTGATGTTTCAG
TTTTCTCCAAAATGGTTACGCATCATGTCTTCTGTTCGTTGCTGCGTGAAGAGGTTTTAT
TGGAAGCTTGTAGAGTTGGAAAATCTAGCACTACGTCAGTTGATGCGGGGACTTGGTCAA
GCTAATGGATTGTCTGCTTCCTGGCAGTTTGACTTCTGATAATCTTGATCTTGAGACATG
GTTTGGTCTTTGTGGCAGCTTTCAGTTTGAACTTGCATTCAGTGGTAGTTTGGAGTTAGT
AGTGTGCGCATCTCATTTTCCAACCGTCCTGAAGCATCTTACTTGGTTTCTGCTTCAACT
TGCATGTGGTTTGGACAGAATATGATCTCATCTTTTGCTCCGAATCAACAAAATGCTAGA
AGTAATGATGTCCTAACTGGAAATTCCTTCATTAGTCTCAAACAAGGGTTCAACAATGGA
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ATATTAGGCTGCTATCTATAATTTTATCTCTAGCGTCTTGCAGATTTATTACCTAATACA
TGTATATGAGCTCTGAATGCAGTAAAAGACTTGTCGGGCTACTATTCTACATATTCTTGT
CCACACTTGGTTTGTTTATTTAACTATTTTCCTGGCGAGTTCTTTTGGATCATCTTATGA
CGCACAATCAATTTTGGATGTGCACAGATTTCTAACTTCGGTGATAAAGAAAGATCCCAC
CTAGTTTGCTGGCTCTCTCACTTGAGTTGGTTTAACAGTTAGGTAATGTTGATGACTTGA
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ACTGTCATCTCAACTAATTATGTTACCGGTTTGGTGGTACGGAATTGATTTTCAGAAAAT
GATGTTCTTCTCATTGGTGCTTCTCCAGTGGGATCTGGATTACATCACACTATGCATCTT
CTCGGTTTGCTGGGGAACTTCCTAGTTTTAATATGACAACTAGCAAAACAGTCTGGCTAA
TTTCATGATTCCTGCTGATTTTGTACTTTCAACTCAAGTAGCTCACGTTCCTGGATTAAA
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TCTGATCTGGTTTATGGGATCTTCAACTACATATTCTCAAATCTTTAATTACATATAATA
TTGGTTTTCTGTGAACTCCCTAATTTCAATTTCCTTGGCAACTAGCAAAAATACTAATGA
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TCTGGATTTTTAGGTCACAAAAGTATCTCCTTTGACCCTCTAATGGGATAAAACTGTGAA
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TGTTTGTGCCCCTATGTCTTATGGTCTTGTGCAGATATTTATTGCCTTTAATTTTGTTGA
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TGTTTTGTAGTTTTGTAGTTTAACACTGCCTTTGCCGGTCCCAAGCCCGGATGAGAAAAT
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GTCAGTGTTAGAACTGACTGTCCTCCAGGAACTTGCTGGTTCCTTTCTGAAGCTGTACTA
GGTCGGTGTTTTTCTTATACGACCCCAAAGGAAAGTGAGTGTATAGATTTGCATGAAAGG
CCTCGTGTACAACGATTGTTCAGAAAGATGCGAACGTGAGTAGAGATTTGCATCAAAGGC
CTCATGTACAGCGTTTATATGCTCTTGTTCATTTTATTTAGACATGCCGACAGTAAGTTT
AGCCCACTACTGTAGATGCTACTGCAGTGCTACCTGTTAAGCTGCATATAAATTCCCAAC
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GAATTACTGACGAGTGATGAGTAGAACGTCTAAGGTTGCTTGTCGAGCTTATCCACTAAT
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CCATGCTTATCATACTGGCAATTTTTTGATCTAGTCTACTGAGTAGTGTGCTTAGACTTT
GGATTCTTATATAAGGGGGTGTTTGGTTGGGCTTTTTCTTGACGTTTGCACTTCGGCTTG
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GTGGGGTGCCAGGCTGTTTTAGACATTTCTTTGAGATATGTGATGTGGCTCCTGCAATGG
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GGGGCTAGAGATGTTGAAAAAAAAAATCCCTGGACATGTAGAGGTCACTGCTCCAGACCT
GCTTATGTTCAGGATTTATTCTGAACTTGACACGGTTGTGGATGTGGGATGGTACAAAGA
TGATAACGAGAAACCTCATATTAGTAGTGAGATGGAGACTGGTGTAGTGAAGAGGATGTT
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GAATGGGAAGTATCATGAGCCCACTAAGGTGAATGGTAGGAGGAGAAAAAAAATAGAATA
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GAAATCTTCACCTGCAAAATGGGGGACACCCTCATTAAATTTCTTTGGATGCCTGTCTCC
AATGGTAGAATTAGGACCACACATCGGGTTTGTGTCACTGATAAGATTGGAAAAAAGGTG
TAGCTGTTGGCAGGGGAGGTTGCTAGGGTCCATTGCTGGGAGAATTACTCTAGTTCAATC
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GAGGAAGGATTATGGCAATCTGACTGTTAGGGAAATATGTGACCAATGGTTGCATTTCTA
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TGTGTGGGTTGAAAAGAAAGCTTTAAAAGATGAATACCCTAGGTTGTATAATCTTAGTTT
TAATCACAACATTACTGTTGTTGACGCTCTCCAGTTAGAGTGGAGAGGTTTCAAGTTTAG
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TATTGCGATGGGACCTGGTAGATACAATAGAATGGTTGCTACTGCTCATAGAAAGTTCAC
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TTGGAAAATTAAAGTTCCTGCTAAAATCAAAGTGTTTATGTGGCTAGCAAACATGAAATC
TATCCTTACTAGAGATTCTTTAGCTAAGAAAGGGTGGAAAGGTGAAAAAGATGTGTCTTT
TGTGGACTAGATGAATATGTAGATCATTTATTCTTTGTGTGTTCTGCTGCTTCTCTTATA
TAGAGCCTGATCAAATGTGCTTTTAATCCGAATTCTATTCCTTCTTCTATGCATGATTGT
ATGGGGAGGTGGATTAAAACCTTTGCTAAAATTGATAAAAAATCTGGATCTGGTAGGGAC
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ATCTATGATCCTATGACACTGATCAAAATTTTGTGTTGCTTGATTATGGCCTGGTCAATA
TTGCAGATAAAGGAGCCAGACAGAAAGGTGTTGGAGTTGGGGGCAAGGCTGTTAGAGCAT
GCAACAAGTGAAGTCTACAACTCTTGACGGGGCTAGAGAATCGTTGTTCCTTGACTTGAA
GACAGGGGATCTTGTTGATTTTGCTTCATGTTCGCGTTTGGTAGTCTTCATTAGGATCTT
ATGGGAAGCCCTGGTGCATCTTATGTCTTGGTGGTAGTGGTATGGTAGTTGTCATGTCTT
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GTCAATTTTAAAGCTGGGAATGGTGTTTGAGATAGGCTGCTTATGGTTGTTAGCACTTGC
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CTGAACTTGGTTCTAGTAATGGAATTCGAAGGGGGTAACCCTTCTTTTGCTCAAAAAAAA
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TTTTAAAAATATTTCAATTTCTTTGAAAAAATATTTTCAAAATCAGGATAATAAGTTTTT
TTCTCATGAGAGCAAGTAGTAGATACAACACATAAGGTTCTATTTTTCTTCTAGCGCATA
TGATATAACACCATAAGAGATTGTGAATTTGTGAGTGCCCCTATGTAAGATTTCTTCTTA
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TTTAAAAATATTTCAATTTCTTTGAAAAAATATTTTGAAAATCAGGATAATAAGATTTTT
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