Map Locations of contig_42120 (9496 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_42120

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57811 2 1411 bp AK364582 Available Available None
MLOC_57813 1 958 bp AK249310.1 Available Available None
MLOC_57812 4 1157 bp MLOC_57812.1 Available Available LOC_Os04g56654.1, FRAME:+2, EVALUE:4e-63, 13104.m05907 protein BSD domain-containing protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_57811






CDS Structure of MLOC_57813






CDS Structure of MLOC_57812






Contig Sequence (9496 bp)

>contig_42120 9496 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGTAATTTAGAAGCTCTTCTCAGTTTGTACACAATTATTTGGTACAAGTACTTACAACTT
ATGCATACAAACCCAATGCTGGGATGCCGCCGTGAACTCTTTAAGGAGGCTAGCTGTCTT
TATGAAGTATTGCCATTCATTTGTAATCTAGTTTGGTTTCAGTAGCTGTTTGATTTTTTG
CTTCTAGTGACACATGTGACTGGAGAAATTTTGCCTGTGCACAGAACTTTGTTCTACGGA
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ACTGTCCAGAGCAATGGGAAAGTTCTGATGGCCTTATGTAGAGTGTGTTCTTTAGATGTC
CTGATATGTGGTGTTTGTTGTGAAAGAATTGGCAATCTTAGGTATTACAGAGAACAGTCA
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GAACCGACTCATGACTTTAGTGAGCTGGTTACACCTTTATATGATTTCATCAGAAGATAA
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TGTATTACCTTTGATGCATACTCTTCTGCAGTTATTTATTTATTTTACATTGTGCAGCTA
TGTTCCTAATCCTGTGCTGGTGATTATCGATGTTCAACCCAAGGAGTTGGGAATACCCAC
CAAAGCATATTATGCTGTTGAAGAGGTTAAAGAGGTGGGTGTATGTTCTAAGATGTTGGA
GATTTGATGTTTGCCTATTCAGCCTCACTAATGTGATATGGTTTTCCTTTACAGAATGCT
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ACTTTCACGTTATAGATTCAATAGTTCAGTCACGCTCTTTCTGATAGCTAGGTCACCTTC
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TGACCCACTGAGTAGCGATTAACTGACCAAGATGCCGATTAACTGGCCGATATTTGGACC
AATGCAAGAAATTTAAATTTGTTTGAGAGGTCTTTGGTCCACTTCATAATTTTAGCTGAT
GTATGCTTGATGCTCTCTTCAGGAGTTGAGCACCTTCTGAGGGATGTGAAAGACACAACA
ATAAGCACACTTGCAACAGAGGTAATGTTTCCGAAGAATTAAGATGGGTGGATACAGTTT
GCAGGTTGCTTTTTGTATGCCATGCCCCTAATTTTCATTTGCAAATGTAGGTCAGCAGCA
AGCTTGCTGCCCTGAAGGGACTTGATGCGAGGCTTACGGAGATCCGGGGTTATCTAGATC
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TCTTGCTATTTATTATATGTTATATTATTCACTTCTTTGGGGAGTTATGTTTGATCATTT
CTTCTGCTTGTGTCGCAGTAATCCATATTATACTTGATCCTTGCCAGGAAGATTCTGTTG
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TTGTGATGCTTTAGTACTCTTTGGAAGAATATTGCTATGCTTTTTAGAGATGCATGTTTT
TCCTTAGGTTATGGAAGTTAGTGAATTAAATATACCTACTCTTATTCCTGTGGTACCACC
AGAAGTTAAAGCCGATAGGATGCAAAGGGTGCTTTTAAGCCTTAAATCATCACTTTGGTT
AGGGAATATATCAATTTTGGGTGGTTAAATCATGCTTTATATATGTCTGTTGTTCTGTTC
TCAGAACAGTAATTTGTCTGATCATAATGTTGCTTCACCACTTATTACATCCACAGTAGA
ATAAGAAAACAGGATAATTTATGATATATGCATGCCTTAACACATGAGACTTGATATTTT
TAGCTAGTACTCAGAGTTGCGAACAGTTCAAAATCCGTTCCAAGTTCTGTTACTGAAGCA
ATTCTACATTTTCAGTCATGGGGTCTGTAACCTATTTGTTCCTTTTTTTTTTTGCAGGAT
GTGTTTAATCTGCTCCCCAATCTCAACGTAAATGAGCTCATTAAAGCCTTTGCAGGTAAT
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GGTTTGCTTATTGCAGCAACTTTATTATCCATCTTTTGATGCAGTGAAAACAAATGATAT
GATGCTGGTCATATACCTGTCTTCCCTTATCCGGAGTGTCATCGCTCTCCACAATTTGAT
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TGCAAATTATGCGACAATTGTGTAATCGTTTATGTTATTTCTTCCAGATGCTAAACAAGG
AGCATGAGAAGGCCGAGGATTCGAAGCCAGCCGCCATACCTACGGCAGCCGGGAGCTAAA
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GATCTTTTTGAGGTTTATATAATCTAGATCTTTTACTGTTTCATGTGTCGCATCATGTTT
GGTGATGCGGATTATCTTAGTAACTGTATGCTTCATGAGAAACATCACTGCCACTTTACA
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GGAGCATTGAGTTGATTTCGTTAGTAAAATTTTGACATAGCTTGGTACTGGTTAGGCAAT
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AGCATGACAAATCGGTCTCAGCTCATTATTATTTTTTTGCCAGAAAATTGCCATGCTTGC
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TGTCATCTCCAGATTAGTTCGGCGCTTGAATTTGTCATCTACCATCGAAACCGGATTGTA
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AAAAAAGCTTCAACTGAAGTTTAAAGGTGCATAATACTCCCTCCGTTTCAAAATAAGTGT
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GGAGGAGGACGCGGAGGGGCTCGGCGTCACGCCGCAGCTCCTCGACTTCGTCCGGACGCT
CTCCCCCGACGCCTTCAAGTCCTCCGCCCTCCAGCTCCCCCACCAAGGCACTCCTCCTTC
CTCCCCTCTCGATTCCGCTCACCTGCTAGTTCAGTCTCGATCGCTGACGGTGATGTGCCA
TGTTGTCTCGCAGGAGCCTCCGCGGAGCTCTCGGACTGGCAGCAGCGGCACGCCGTCCTC
GTGCTCGCCAGAGCCAAGGTAGGTCTCCCGCGGCCGCGGATCTCGTCCTCCGCTCCGCCC
CGCCCCGCCCAAGAGAGACATGTCTCTCGACTTCTCAAGTCCCAAGCTGTAATTTGTGAA
CCCTGCAGGAACTCGCTAAGATCCGATATGATCTCTGCCCGCGCCACATGAAGGACAAGC
AGTTCTGGACAATCTACTTCCTTCTCGCCAGGAGCCACATCTTGCCGTAAGCTCTTGCCT
CATTAGCTTGCTTTCGCCTATGTCAAGTGCATTGCTCCAGTCCAGGTGCTCAATCAGCTT
CATGCTGTTGGTTTTGTGAATCTTCAGTTAGGAATTCTAAGTACATGCCGCTCCTTAATA
CCCAGCAAACTATATTCGTTATCTGTCCCAGTTGCGTGTAGTGCCGTTGTGCTGTCCACA
TCCAGTAAAAGGGATTGCCGTCTCAAGATAAGAAATTATGTCAAATGTGAGTACCTGTAT
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CTGCAACATAATTAAGAAAAACTTTCACCGTTAATTTGATCAACCAAACATGAGTTATAT
GTCACAAAGTATACCACTGGAAAGTTCTTTTAAATGTGAATCCAGAGATACACTTTGTGG
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CCTTATAAACCCGACCGGATGTACTATGTTATGTGGCAGCCATGGAGGTGATTGTTCCTT
GCTGTACTTCACTAACTTCTGCTTCCTGAAAGATCAAATTGAGTGTATATGTTCATTGTG
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TATTTGTTAAGTCGTTCAAGATTAGACTGAATTACTGCTGCTACCTTGTAGTGTTCTTGT
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ACTATTTAATGGTACTCTTTCAGTAGCAATTGAGGCTTGAGAACTGAGATGGATTGATGT
GTTGTGGTCATATAGACTCGAAATCCTGTTGTCCCATGGTTATTGACCGTCATTTTAAAC
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GCTTATTTAAAAGCTCATATTTTCAGTTGAACTATTTTTGCAGAAGTTTCAGATGCACGG
GCCGAGTGTTCATTGCGGCTTTTGGATCGACGAAGTGATTTGCTGAGAGTGCTATCGTAG
TGCCTGTATCAAATTTTGGGTTCTATGAATTTTCATGCAGCATGCGGTGTCTACTGATAG
CTCAACATAGCAGATGCTTGTTGGCTGCGCTGACATGTAAGCTAATGGAAACTTGGCCGT
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TGCTTGAGACATTCACAGCCTTCTGATTGCATTGCCCAGCTATTCTAGAATTTGACTGGA
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AAAGTTTTGTGATGAGCTGACATTTGTGGATGTGTGGGCAAAACAATTGCGCTCCAAAAT
GCTTTCATAGTCTTTCTGGAGCATTTTTTCCCCATACCTTGACGAGTGTCATTTCATCAC
AGAAATTTTGCAAGCACATGAAACACGTCAATGTTTATCTCAAAGTGAATTGTAGAAGTC
TCATCTCAAACTAAAATCAATATACAATACACCTGCACAAATGGCCAGGTTCAGCCGAAA
CATTCATTTCGTTATATACTATAGTTAATTCATATAGGAAGATGCAGAGAAAAACACAAA
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GTTCTAGATACATCCGTTTTTGTTCATTTCAACAAGTATTTCCGAACAAAGGGAGTATTA
TTTTTGTATGATACTGTATATCATTTGCAATGCAAAACAGAAGGCGGCAAGTACAAACTG
ATTAGGCATTTGCATTCTATAGCAGTTTAGCTTTTATCACACAAGTAGCTTTGCAACAGA
TAACTATCTTAACATATTGTAGCCTCAGATTCAGGTTTAAAAAATATTACAGGAGTAGCT
AAACTGAATCACCGATGGTCCCGAAATTTCTACTATCACGACACATCCTCAAATCATGGC
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AGCAAACTTGAGCTTCACCATAATTGTTGCAAGTCTCCGCCTATACAATAGGTAAGCAAA
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AAGTGGAAGTGGCAAACAAGAACTGCGTGATTTGGCCAAAAGGAAATACTCCCTACTTAA
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TACAGGAATGTTTACTGGACTGCATGCTCAGACATAAGCAAAAGATCATAATGAGAATCC
GATAATCTCAAGAGAGGTTTATTTATGCGTTCTGGGCAAATAATCAAGCAGTACTAACAT
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TCTGTAACTCCATAATAGCAATCGAAGTGGCAACTGAAGATAAGCCTGGAGCATTCTCAC
AAGGTTGCGGCCCATGATGGATATAGTCCTCATAGTATGCAGTAAAAATTTCAAACAAAC
AGACGCATATAGCATCATCACGCATGCAACGGGGGTTTTGCGGCATCTTACAGCTTATCG
AGCAGCATGCCTGTCATCTCGATTCTGAAAGGGTCCCTGGGATCCATCTGCTTTATGATG
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GGTCAGCGAATCCCGGGAGGCGATGGGCGCGCCGCGAGATCGAACTGTGTTTGACGGGGA
GGGGGAGAGGGAGGGAGGGGATTGATTGGGTGAGGGAGGATGTACGTACTTCTTGTAGTC
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CATCATCCCTCACGCCGTGGCTGAGAGCGAGGAGCTTGCGTCGAGCGCGTAGAAGGCGGG
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GCGGGGGCAGGGAGATGAGTGGAGGTGGGCGGCTGGCCGGTTAGGGTTCCTTGGCACATG
GGTGGGGGTTTGATCTGAGAGGTTCTAGAATGGGCTGAGTGGGCTTGCAGGTCTCGTTTG
GGCTCAGACGGCGAAAGGCTAGCGGGCCAAACCAGACGGTGTGTTCATCTCAGAACAAAA
TTAAGGCCACACGGTGTGCACTCCGGAATTTCTCTCTCTCTCTTTTTCTTTTTCAAATTT
CCCCTCTCGTTAGGGTTCCTCTCCTCTCGGCATCGACTCACGTCTTCCCATAGAGATCGG
ATGTTCACCATCCCAAGGCGTTGTTTTCAAGGATGTTCAAGCAACATGGTTTAGGGCTTG
TTCGGTTAATCCCCACCATAAGGCCTCGTTTGGTTAAGGNNNNNNNNNGAGGTTTTGAGA
GGGAGGGATTTCAGGG