Map Locations of contig_42022 (14401 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_42022

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57715 1 3073 bp MLOC_57715.1 Available Available LOC_Os01g15020.2, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13101.m01663 protein lissencephaly type-1-like homology motif, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_57715






Contig Sequence (14401 bp)

>contig_42022 14401 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TCATCGTCGCGGTCCTTCTTGGAGGTATTGATTGGTACCGGTGCTTCGGAGCCTTGAAGC
TTGGTGGGAGATCTTTGGTGGGCGCAATGGTCGTGAAGCGTCTTCGTATCCGTTGATCCG
CCGTTGTCGGCATTTTTCTCGTTGTTTCTCTTTCGTTTCTTTTAGGTGTGATTATGCTGC
TTCCGCCCCAGCACCTGTTGTTGATTGTATCGGTTGGTTGCTTTGTAATACAAAGCGGGG
GAAACCCTTTTTCGACCAAAAAAAGCCTATTTGGAGAAATATGCAGGAACGTGTGTGTGC
ATGCATGTAGTGAGTTAGTTGGTTAGTGGGTTAGTGCATGAGTTTGTTAGTGCCTGGAGA
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TGAGAAAAGATTGAGGCCATGAGGGCTGGAAGAAAACATATAGTCTTTGTGTCCACCAAG
GAGAAGAGATTCCTGGCAAAGCTTTGTGCCCCTCCTTGGTACATGTATATACATGTGTGT
GTATGTATTTTCTTGAGTTTTTACAATGTGTATGTTCTTGAGAAAAACCATGAAAGAAAA
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GCGGTGAGTGCACGACGTGGGCATGGAGAAGCGCCGACGGATTCGATCAACGACGAGGGA
GTTCACACCGACGGAACCCGAAGATGTCGAAGCAAGGCGGCGAGCCCACGACGTGGGCAT
GGAGAAGCGCCGACGGATTCGATCTCCGGCGAGGGAGTTCACACCATCGGCGGACAAGGG
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AGAGAGAAAGGAAAGGGCGATGCATGCGCGAGCCTGGCTGCGGGATACGCCCGATTCTCA
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CCGCGCAGGATACCAAACACGTTGGATTTTGCACGCCGGGTGTGATGCAGGTGAGACCCA
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GTGTACTTACTATTTAAGTGGGACAAGTGAATGAGAAAAGATTGAGGCCATGAGGGCCGG
AAGAAAACATGTAGTCATTTGTTTCCACCAAGGAGAAGAGATTCCCGGCAAAGCTTTGTG
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GATGCAAGGTGGCGGCGCAAACAACGCATGCTGGCGGTGGTGACTGGTGAGAGCGGAAGC
CGACGAGAGACGACTAGGATTTCCACAATCGCCTAAATGATATATACCGCATCGTCTGCA
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TGTATTCCATCCATTTTTCATTAACACGTACAGTATTGCTTTCCTTTTCCTTGGTTTCTT
GAGTGGAATGTATTTATTGTTTCCTGTTTGAGAAGATCTTTTTTTTTTTTTTTGCATACA
TGGGCTAGCTTTGAATTCGGGACTGGGCAAAGCCGATAGGTGGGCTGGGCTGGGCTGGGT
TAGTACTTAGTAGGCCGCTGCACCCATGCACTTTCCTCTCTATAAAATATAAGCTCCCGC
AGTTTCTCGCTCAAAAAACAGGTCATCCCTCAGTCTTGTGTCCACTGCCAGAAACGGCGG
CGGTCGGAGCCGAGCGAGCGACAGAAACGAGGAGAGGCGCCGCCGGCGACTTGGATCCGC
CCCGTCGCGGCCTGGCGGTCAAGCTGCATGATTCGAGGTGAGTCCACCCCCTTCCTCTTC
CTCTCCATCTCCCCATCTCCTACGTACTGATTTCTTCTCTCTTCTCTCCCCCCTTGTCAT
TTCCGGCCATCTCTCGATCCCACCTCCCAGGCTCCGATCCCTCTTCACCGGCCCTCCTCA
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CTTCGTCCATTGCTGCTGTCTTGAGAGGTGGAGGGGAGGGTGAGGCAGGCAACTAGATAG
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AGGAACATCAATTTATACATCAAAGTCAGCCATGGATGGATCTCTTCACCCTTTCTCTTA
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AAATTTCATTGTATGTTTGTCAACCCAGGGACAGGGACAAGCCTGCAGACAAATCATCTC
ACACCCATACCATATATACCAAAACTCAATCCACTGATAAGCCTCTAGACTCCAAGCCGC
CCAATCCATTTCACATTTGTGATTTCAACTAAATATGTTCTCCATTCAGAAACCTTTGGA
TGCCCAGCAAAGCTGTATACACGACTCCCGCCAAACGACAGAGCTCGATCGGATTGACAC
AGGTCAGCTAACTGAGTCATATTATGATAATTTCCATAACTGAGTCATGAGTACGGGTGT
CCATACAGTGGACATTTCCCTACCATAATTCTACATGAACCTTTCACTGAGTGCAGTATG
GCGCATAAAAAAAGAATCTAAAATAGTGCAAGATATAAAAAAATTCTCACATGGTATTTC
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TCTCCATCTATTAATAATACAAAACATGTCCGAAAAATGAAAATCCGATTTAAGGCACTG
CAGTAGAGTGACGGTGACGGCGAAACGTACCTTCAAATTACCCATGCCCACAATCAATAG
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ATCAGCATTCCACATGTGCCAGCAAGGAAGGAAGTCTCTTAAGATGGTTAGAAAAAAAGA
GGTTAGAAACTCATGAAACTAATAGCACATGATGGATCCGACGCATCAGAATTTAATACC
AGCAGCAACTTCATTGATTTCCTAGGCACAACAGAAGCACTAGCTACCCATACAAGGTAG
CATCACCATACAAAGTCAAAGAATTGCATTTCAGCATGGTAGCAACATCACACTACTTGT
CATTTTAGCATAGTATTCACAGGATACAAGATGACCTCAAATGGAGCTTTATTATCTCCA
CATGTGCGGTTTGGGATCACCAGATCATTAATCTATGTTGCCTGGATACTTGGATACGTA
CGTATCGGATATGCGATACAAGGATACACCCGATACACCAATTTTTTTTAAACTATGATA
CAAGGATAAGTTTGTATATAGATATTAATTATTTAAAATTTTAAAAATAAGGAGATTTTT
TATAGGAAGTGTACCTTTTTATTGAAGTGATGAAGTCTTCCAGCAAATATTCCAGGTTTC
CTTTAGATCATCTGACCTTTCAAATGGAAACATGACATCAAACCATACTTAATTAGTACA
GCGGTAAATACTAATAGAATATGAAATGGTTAGACACACCATGCTTACAATGTAACCAAT
GGAGTCTTCAAAAAATATTGTAGTTCATTCAATGATTCATTCATTTTCCTTCGATGGACG
ATGTATGGATAATTGCTTAATTAACAACCAAGGTAACCACATTGATAATTCTCACATCAC
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TTTATTTTTTTTTCAAATCAATAAATCAAAGGACTTACAGGATTCGTATCGGGTGTTACC
ATAATCTTGATTGGTCGGTTAGTTGGTCAGCTTGTTAGTAGCATCTAGGCAAGTTTGTGG
TGTTAAAGTCATATACACGAGTGCTGGCTAGTAGTACTAGTTGTATGCAAATAGATTTAG
GCTAATTACAATCAACATAGCCGGAGATTAGCAGAGTTCTGTTAGGTTTTGGGTCAGCTG
TGTATTGGAGTCGGACGTCTAGGTTGAGTCGGTTTTGCTAGGCCAGGTCAATACATATGC
AGGGTTAACATGAGTTTTGTAACACCGTGAGTTGAGATAAAAAGAAGAAATAAAAAGAGG
GAAATTAGGGCACGACAAGGGCCCTTGGCTATAAGATTTTGTGTGCGCGTGTTTGTTGTG
ATTTGATGTGATCGATCCGTGGGCGAGTTTCAACATTTGATATCTAGAGCAAGGTCGAGG
TGAGGCCGCGCTTGCCCTAGGGTGGCGACCCCAGTTGTGCCTCGGGGCGGGCAATATAGT
TGTTGGGTGGTGCATCGACGAGAAGAGCTGGTGATATAGTCGATGTGTAGCGGCGAGGAG
GAGCGGGTGATAGTCGCTGAGTGCTGCAGCGACGGCGAGGATCGGGCGATAGTCGTTCGT
GGAGCGATGGATGAGGAGGTTCAGGAGATCGTCGTTCGGTGAAGCGACAAGGAGGGACAG
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CGGTGCCAAGAAGCCATCAAGGTCATCGTCCAAGGGAGTTGGAGTCAAATAGTCGTGCGA
GTTCGCACGTTCGGTCGAGTTGTCCGAGGGAGTCAAGTAGTAGTGCGGGTTGGCACATCT
CGGTCGTCATAGTGTCAGCGAGTCATCGTCGTCATGTGCAAGTACTTGTCTCTGTGAGGT
CCGGTTGAAGATGAAGCGTGTCAAGGTCGATGTGCTGTCCGGTGTGGTGTAGCACCGAGG
GCAAAGACGTGAAGTGAAGATCAAGCTCAAGCGTGTAGTGGGACTATAACCAGTGAAGGG
GAGCCTCTTCAATGAGGACCTGTCTCTACATGGGATGGTGTGTGATCCGTTGGCATGTAT
TGCGTTAGGGGTGACCGATGATGTCGCCTGGCAGCGTGACTGGGAATCTGTACCACACGT
TGAGATGGATCGTCAGGTCGTGGATCTACAACGGGCCAAGATCAGGAGGAGTACAAAGCG
ATGACAAGTTCATATTAGGAGAAATCAAAATTAGGAGGAGATTGTTACCATAATCTTGAT
TGGTCGGGTTAGTTGGTCAGCTTGTTAGTAGCATCTAGGCAAGTTTGTGGTGTTAAAGTC
GTATACACGAGTGCTGGCTAGTAGTACTAGTTGTATGCAAATAGATTTAGGCTAATTACA
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TGGGTTTTGTAACACCATGAGTTGAGATAGAAAGAAGAAATAAAAAAAGGGAAAATTAGG
GCACGACAAGGACCCTTGGCTATAAGATTTTCTGTGTACGTGTTTGTTGTGATTTAATGT
GATCGATCCATGGACGAGTTCCAACACCGGGATCTGGCTGGACATGTGTGCTTTCTAAAG
TATCAACGTAGTCGGTAATGTGCTGAACCAGTCTAGCCCAGTTTCTTGTTAGCCCGTTTG
AACCGCGCCGTTTGAGAACCACACGAAAAAACATCGATTTGGACCCAGGCAAACCGACCC
AGTCCCAGGTTGAGTCATGTGCAAGACCTGTGGTTACAAAGTTTGCTTTAGACTGCAGTG
CCAGAATGAATTTTGGTTATATCTTCGTTGATGCATGTATCGCTGTGTGGATATATGCAA
GAGTAGCGTTGCCTTCACATTTTTTATGTTATGCGCGTTTTTTTGACTTTGTATACACCA
TCTACCAACTACAATATCTCAAGTTCTAGAAACCATTCCAAACACCAACGGATGATTACA
AATACAAAGGCTTCTCTGCACCGTAGATTACAGGAGGCTCATTTTGACAACCAGCTTGTG
CACTAGTTTGACTGTTTGTGTGGGTGTGTTCCTAAACGAGTTGTTTATTTGTTTTTCCCT
TCTTTTTTTCGTCAACGGGTCTGTGAGTTGGTTCTTTCGGTTCAATCCACTTTCCTTTAT
GGTTGACATGCATATATGGGCCCATTTATTGAGCAAATAAGACATGTTCTTATTATGTTG
TTAGGCAAGCTTGTTTATTGGTAAACAGATTTGTTAAACCAATTTATTCACTTCAGTTAA
TTAGATTTGTTTTTTTTTTTACATTTCCTGCAATGACTAACTTGAAAAAATTCCTGTGTT
TTTCACTCCTTTGTTCTCCACCATATTCCTATTTTATTCGTGTGTTTTCCTATTCCTGTA
TTTTTTTTCTATCATATGAACCAAAAGGGAGCCTAATATGTGTCGATGTGGTCTGTGACC
TCAGTTCTGTACTTATATTGCATTATGACCAATCGGTTTCGTGATGAAAACGCCCAAATA
TAACAGACTATCAAATTGCAGAATCGGATCATCTGATGGAGCAACTGAGCCCCACTGGAC
ATATTCCTCAACCTTCACGGTCACTGGATGACCTTCCTATGAAAGTAGCTTGCACGTTAT
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TGTTCAACACAATTTCAGGTAACTGGGCACAAGCTGAACTTTTGTATGTAGTCTGCTCCT
CTTTTTGTTTGCAAACCTACATGTTCTGATATTATATATGTGCATCATTGTTTTATATCG
TATGAGAGAAGGGTGTCATGGCTAAAGACTCTTCCATGGCCGTTAATCGAGTTACATGGA
GCCCTGATGGAGACTTGATTGGTTAGTGCTAATAATTCAGTCTTCACCCAGTGACTCTAT
ATATATGGCACTCAGTAAGTTCTTTGTATTGTGATCCATTGTTGCTTTTAAGCTTAATCT
TTTTAAACCTTTTAGGAGTTGCATCTACAAAACATTTGATCCATCTGCATGTATACCGGC
ATCCAAATAAAATATATCAATTTGTAGAGGTTTGTTCTTCTAATTGCGTTTGAACTTCAA
TTATATTTAGATGTTACATTTCATTATATTAAATGATTTTTGTTACTAACCCATTCATTC
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TTAAATGGTTATCATTTATTTCCTTTCCCCCAGCCTGGTCTCCTATAACTTCCTTCCCAT
TTTGTAGGTCTGGGACATGCATGGACAGAAAATATATTCGTTTGAAGGGCATACGGCCCC
TGTGTATTCTATTTGCCCTCATCACATAGAGCAGGTTCAGGTGTGTGTTGTCTGAACACA
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GCTGCTGGCGAAGATAACCAAATTAAGTTTTGGGATGTCGATGACACCAACATGCTTGCC
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GGAGCTGAAGGGACTTCAGCAATTTTGTGTTGCTACAATGCCAGAAACTGACCAAGCCAG
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CGGCTTTCCCACCACCCTCGTCCATGCCGCCCTCGTCTGCAAGCGCTGGTACCAGCATGC
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CTACCTCGAGAACAGGGAGGATGAAAACATCATTTCTATTCGCTTCATCCCAATGCTGCC
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CCACGGCGCCCCGGCCAACTTCCTCTGCTCCCGGAAAGGCAAAGTCCTCGTCAACTTGTA
CAACAAGGTCAAAGCTAGCAAATTTACAACTCGGGTGCACAGTCCATTGTGCCCTGAGAG
TGGCCTGGCTGTCGTCCCACCATTACCACACATCGGAATACGGGACGACTATTACTTTAG
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TGTGGCTAACACACAGAGAACAAAATATACGGTGCTCGTTCAAGTGTTACGGCATGGTGA
TGGTGTGTGGCGCACGTATCTTGCCTTGGAAAGAGACCAAATTCTTGATCCTGAATTTGA
ACCAAGAGTTGTGCTCGCCAACAATAAAATCTACATAGCGAGCACCCAGAGCAGCATTGA
TTTCTTGGATTTGACTACCTCAAGCATCTCGGAGGTTCAGCTCCCACAAGGGGTAGAGTA
TGGCGATAAAGATACCATGTTGGCACCGGCTGATGATGATTCAGGTGTTTATCTCATCCA
TGCTAAGAATCTTCAGCTTGACATCTGGCTCCACAAGGGGGACAACTGGTTGCTGGTGGA
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TGAGCCCACTGCTCCTCTCTGGATAAACCATGTGGGGCCCTATGCTGACTTTGTGTTCTT
GGAGATGGGCCGATGCGCACTTCACTTAGATGTCAAGTGCATGCAGTTGCGTAAAGTGTA
TGATATGACGGAAGAAGAACTGGATTTGGGTGATATCCATCCTCTTACAATGATTTGGCC
GCCCATATTTCCTGCTCTGGAAGACAATCCCGCAAGGTTTGCCTTTTGGCCTTCAGATTA
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GTTTGGTATAGCTGTGGGATTGTGGTAGTAAATGATTGATTCTTTAGGCTTTTTAGCAGT
AAACTACTCCCTCCTTGCCTAAATATAAGTCTTTTTAGAGTTTTCACTAGGGAACTATAT
ACGGATGTACATAGACANNNNNNNNNNNNNNNNTTCATTCATTTTACTTCGTATGTGGTC
TTCTTGTGAAATCTCTAAAAAGACTTNTATTTAGGAACAGAGGAAGTAGTTAAATGAATG
GTGGATAATACTTGCCTTAAGATGTCTTGCAATTACTTGTGTATGCCAATTTAGTGGGGT
AATATTACATGGTGACCTACAAAAGTATAAAACGTGTATAAAATCTGAAAGTGTCTAGCC
CTGTTATCACGTTGACCACTTCATTGTCCTGAAATACTATCACAAAACCTAGATTTTAGC
TTACTGTTTCTTAAATTTTGAGTATCTTTCCACTGCCTACCTTTGAGCTCTGAACCTTAA
GCTTATGAGATTGCTTTTTGCTGAAGTTATGTATGCAATTTTGTTTATGTAAATTTATGC
ACGAGATCTTATTTTCTGAAACTTATGCATGAGATTGTTAATACTAGCTTGTTTTTTTAA
AAGAATGTTGCTTAGAGGATCAGATTTTTTCTTTAACACAGGTGAATTGTCCATTTTACA
TGCATGAACCGTGGAAGTTTTCCACATTCACGCATTTCTTTTGTATGATCAGTCTTTTTT
TTCCGGAATGCAACTATGACTTGGAAGGACCAGTTTTTTTTTTAGAAAAGGTCCAGTTTT
TTTTTGGCGGCTCAAAAATTAAGTCGCGCCTCCTACCCAGCTTTCTCATAAATCGCCTTC
CTGATTGAGTGGGGCTTCTGAACTAGTTATGGGATAACTAATTTAGAAGCCTCAACAATT
TTAGGGAGCGGTTTATTTTTCAGGCTGGGAGAGGCAGCTTATTTGTTAGGCCGTCCAAAA
GAATTGGCCCAGCTGTACTGGTTAGGGCTTTTGATAAAAATAACTATGTTGATGGACCAA
AGTTGATTCTTTTGATTTACACACATAACATTTGAGATTCTGATCCTGAATCCTTCCTCT
ATTTCCTTGAACCAGGAATGACATGTGAAGGATGGTATTAGGAAGCTTTTGGATTGTCAG
CGACAAGGGCGTCATCAAACAGAACAGGGAGCTGCATGCATTTCCCGAGTAGCAGTTCTA
ACTGCCTTTGTTATATCTTGTTGTGGATTAGTGAGAATGCTATGTAATTAGATGAATGGT
TTAGCGAGAATGTTATAATTAGTGATCTGCAGTCCAAATCGTTTAGCAAGTGAGATGTTT
GCTGATTTGAGGATATCAGATTGCTCGCTTGCAGCTGAGCCAGGTGGCAACGCTGCTGAG
TTTGTGTTCTTGTGGATGGGTCGACGCATACTCTATCGGATTTTCTATACTGTGTTTTCA
AGATGTTGTACAATAGAATTTGCTGGAGCATGCCATCTCTTAAATGGGTTTTATATTATG
CATTTTACATCTGACATTGCCATGCATATGATTATGCGTGTTTTCGGCTCAAAATATAAA
CATTGACATACACATTCGCCTTTAGTAGTAGAGATAACTGGATCACGTGATGAGGGTGCT
GCTGCCCTGTATGTGAGAACCATTTATCCTTGTATGTTTATGTTTGAAATGGCCCCTGTG
CTGAGGGATATCCTCAATTATTACGGCTGCCAGCTTCACCATATCACACCGAACGGGGTT
TTATATCTCGCCTGCTTTATTACTCTACTAGCTCATGATTGGCGCGTGTTGGGACCCCCA
TCTATTTTGGCAATAAAATGACGTGAATTTTTTAAAAGGGAGAACTTTGCTTCATTACAC
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TTTGAAAATAAATAAAAATTCAAACTTTTCGGTTTCGAAAAAATCTGAAAAAATAGGCAA
GTAAACAAGGATGTTATGTGTATGTGTGTAAAATTTATGGATGAAAAACATTGAAATGCG
ATTTGTAGAAAAAAACAAATTCATGACCTGAGAGGATGAATAGTATCATGTGTTAAAAAC
CTTCAAAACTGTCTTTTTTGCACAGCCCTCATTTCAACTTATTTTGCCCTGAAAATTTAC
ACATATGTGTGCTACGTCCTCACTTATCTCTGTATTTTTTTTTAAAAATTGAAATAAAAA
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TGGTCCGCAGGCTAATGCGGTGATAGCCTTTTAAGTAACTGTATAAGATTAGTGCAAACT
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CCCCAAACCACGCTCCAGCTAGCCCCTATCGGAACCCTAGCCATGCCCACTCTGCACCCC
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CCCGTCGATGGAGAAGGCCGAGGTGGGTGACCGTACGGACCTTCCGCCAATCGCCGAAGA
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CAACGTTCGACGACGTTAGTGCCTGTCAGTGACGTCACGTCATAAAAAATGGGCCATACA
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TACTCCTCTTTAGCACCAGACAGGGATTGAGTTTTTTTTTTTAGGATAGGGATTGAGGTT
TTGGAAATAGAGAACTCCGATTTGTCATCAGACTTTGACAACCAGTTCAGAGACCCCATT
TGCTCACGAGGGATCACCTCAAAATGGATATGTGACACACATACACTAGTGGAAAACGGG
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