Map Locations of contig_42002 (9741 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location No map location




Predicted Genes from contig_42002

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57700 2 1213 bp MLOC_57700.1 Available Available LOC_Os05g11414.2, FRAME:+2, EVALUE:2e-136, 13105.m01236 protein OsMADS58 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed





CDS Structure of MLOC_57700






Contig Sequence (9741 bp)

>contig_42002 9741 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ATTCACAATTTTTTGCAGGTTATTCACAGAGCTACAGGTTGGATCCGTGCGTGGTCGTTA
CTCAGCCATGTGGACTCCACGGAGCTTATGGATATTGGGTGCAATCGCTAGTAGATGGTA
GCATGGGTTATCTTTAGTCGGTTAGGATGGCGAGCTACTAATAGACTAGGTGTACAGGCA
TTGTAGTCTATTTGTTTGTTTTCATCGGATGTTGTGTATAGGCATCGTAGTCTTTTTGTT
TGTTTTTGCCGGATGTGGCAGTTATTTTTCGCTTGCAAGCGGTTTTTATCTAAGTTTTAA
TATGTACTGCACAATTTAAGATTTTGTTTGGTTGTTTGCTTAATAAAATAGCTGCATGCA
TTGATTGATGGACTGATCCTCCTTTTCCAAAAAAAAATGTATATGATAATAAAACAGATG
TATATGAAATCGCCACCAGTAGTATTGCATTTAGAAAAAGGTACTCCTACATAGATATAT
GCGAAGAAGTACGTGCGTTGCACTGAAAGAGTTAAGTCGTATCATCGCAATACATATGGA
TACATTGCATTGGTGTGGCCAAGCCTTAATTATGGGATAAAATTGATTTTGCGTGTATAG
AAATACACACATGCATTCAAGGAAGTTCTAGTTATAGTGCACGGATATAGCTTCAATCTC
ACTTGAAGTAAATGAGAGACACAGCTATGCATGGATGCATCCATCACCTCTCAACTGCAA
AGACAGATAAGAGCACTAAAGCATTAGATTACATAGACGATTATAGCTAAGGAACGCACA
TAAATATTCGTCTTTGTCTGAATACTTAGGTGCTCCCAGTGTCTGGGGTGTGTCATTTCT
CCTGTGTCTACTAGTACTATATAGCCCATAGAGACCTAAGAGTCAGAAATTGTACTAACA
AAATGTTGCATATCTAGCAACGATTACTTCCAGAATGTTGCATGTCTATTAACTAATTCT
CTCCATTGGAATTTTTGATATGCTCAATTATTCACATGCATTATAAAAAATTAAGATTAA
TTAAATGAATATATACATACATAGTTTTAGTGAGATTTCTATGATATTCACCAATTTCAG
TCATTTCAGTAGACATTGAAATATTACCTTTCGGCCAAAGTATTTTAGCAATACAGAGAA
ATTCAATTATTTTAATTTATTTTGGATATTTAGTTGAATTCAAACGAATATTTGGGCCCA
TTGGCGAAATCACAAAAATTCAGTGAAACTCACTGATTTCGGGTGATTTTGGTTGATATT
GAACTTTTCCTAAAGTCGAAAGTGAAAACCATGCCTGGAGTGGCTAGAAGAATATTTTAC
CTGAGTTGAAGGTTTTTCTATCCTCCTGCTGGGTGTAGTACTGAGGCTGCTGCATGATGT
TGAACTGCAGGAAGGTTCTCGGATCACATTGTATCATATTTTGCTCGTACTCATTAGATG
TGGAAGCCGCCCCCATCATGTTCAACGTCTGCTGTTGCCCCCTTTCAGTCTCAGCGACCT
GCGCCGAGATTAATTCGTGACTTGGAGAAATTTTGTATCTTGCTATATGTATAGCTTAAA
GTTCTCATCTAAGTCACATGATTGTCTTGCGTAAATATACTAGGTACTTACTTTTTCCCT
CAAGTAGAAGTTGTTATTCTGCAGCTCCATTTCCTGAATATATATAACTCATCTTGTAAT
TTAAATCTTTTAGTTTCAAAACAAGGAAAAAAGCTGCAAGAATAAAAGATGCTATTGTTC
TACTGTGTTACCCTTCTCTGCATGTACTCAATTTCAGCGCTTAGTAATTCATTCTGCAGA
TTAAATGTGAAGGTCAGGAACTAGACAGACAAAATTGTTCTTTTCAACAGAATTCTTGCA
AGTGTTCGTAGAAAACTGAACCTTTCTTGCTCTAATCTTTCCTAGGCCTTTGTCCAGCCT
TCCCTCCAGCTGCTTTAGGTCTCTGTGGCTCATGGTAGCCATGGTATCGCCTATTAGAGT
CCTAAGGAATGAACGTAGGCAGGAGTTTATTTACAAAAGTAAATCCAACTTGCTTGATAA
GTTGAGATTAACTAAGTTGCTGATTTGAGGAAAAAATGAACCTGTTGGAGTTCTGCAAGG
TGGTTATCTGTTGCCTCAGCTTTGCAGATTCCTGCTGGTAGTGCTGCAAGTTTGTAATTT
GAGTGCAGTGAGTAAACTATCCAGATATTGGTATTGGTGAAGAACAAATAAATATTCCAT
GATTTCATTCACAATTGCTTAATGTAAATTTCCACTAATAGGTATTCATTTCATATATGT
GAAATTACGAGAAGAGTAGTGCTCATTCTTCGTGGTTCCAGCATTCTATTTGTATAGCAT
GCACATGCATCAAAACCATGCATTATTAGGTCCACTTAAGTAAAGTAAATGCGGACTCTC
CAAATATATTTTTAGTATTTTTCTTGATAACTACATTTATGCAAACAATAGCATATTTTT
GCTTCACATCTACTTAAGATAAATCAATTGACAATACTCCAGTTTCTCGTTAACAACCAC
AGTTTTCTCGTTTGGTTTAGAGAAAAGAGGTCAAGACCTTTTTATTAATACTGCAGAAAT
ACTACAGTATTGGAGATACTAGAGTTTATAAAACTGTCGTACTTATCGATGACAAACACA
TCAAATAACGTTGAAATTATGTTTTTTTAAAACATGATATTCTCCAAAAAATCAAATATC
CAAATTGCTTACTAAACCAAACGCTTGCTAAGTTCAGAGAAAGTAAACTCATGAAGACAA
ATTAACTCACTCCACTATGGTATTTTTCATTTTACCATACCACAATATTTACTGGTGGCT
CCAGAAGTCGTCATATGTGTATATACATAAAATAACATGAATTATACTTCCTCCGTACCT
AAATACTTGTATTTGGAGAGAACTAGTCTAGTTCTCCCCAACTACAAATATTTAGCTCTA
GAGGGAGTAAGTTCTTATTTCGGACGTATCATTTTCCCTTTGTCTAACATGTAACCCACA
TGAAAATATATGTTATTCAGGTAAACTAGCAAGCAGCATGGCCCAAAACTGTTTTTCCTG
GTGTCCTATTTAAATATCGTTACTGTTGCTACTTGGTACGTACCAACAATACATGCCTAC
TAAATCTAGATTTCAACAAATCTAAACAAGAGAAATGCTAAACCCATATAATCCGATCAA
CAAATTAACCATAAACTTATATTGTAAGTGCATTTGTTTCTTTCCTTTTTCCGAAACAGA
TGTAAGCGCATTTCTAAACCTCAGTTTGCACGTTATCGCCTCTCCCGTCTCCCGTCTGAA
TGATGCATGAGTGCACTGTGCACACAAACAGATAAATATGGTCTGCTGGTCCAAACATGA
TCTCTTTAGAGTAGAGTGTAATGACCACAAGTTCCCTATGACCAGGATGTCCAATCTGAA
GAGTTTCCTCAAAGGAATTATTTTGTACGCTGGAGCACAGTTAAATGGAATGTTGACTAG
CAGGATGAAGCTCCTAGCTAGTAAGACTAGGACTGCATGCAGCCTAGGGGCCGGGTTGCT
AGGGTCTATAAATATTTTATGTTGACTTGTTGAGTGACATATGATGTTACCTGGGCATTG
ATCTCTGCGACTGTACCAGCGCTGGAGGTGTCACTAGTTGCCTTCTTGTATCTCTCAATG
GTTGCCTTGACGCTACATTTAGGTACACACCACCGGAGTTAATAAAAGCATAAATAACAT
CAAAAATATATTCAAATAACAGTAATAATTAACTTCATTAACTGAAAAGAACAGTACTAA
ATAATAATTCAAAGTTCTGTTTCCGGGAATAAACAGCGGATTGTTCTGGAAAAAACTTGA
TTCAACCAACTTATAGAATAACGTGGCAGATCTGGGAGGATATTTTAATAGATTAGTTAT
ATCAATCAAGATTAATGTGATCTTATTGCATACTTACAATATTTTGGTTGTCAAGATTCA
GAAGCCTGACTTTAGTTGCTTACCACATCATTACTAATATAGAGTCCAGATACACCCTTA
CCAAAAATAGAACCAAATCAATTGCACGTGTCTCGTACTTTTGAGGACCATGTATATGCA
GTTGCTCTGTTGTATTGAGCAAGAACAATGTGAAATCCATCAGGTCGACGAAGCACAAAC
ATCACATGTCATGCTGGGCAAAGATGTGTGCCATCACAAGCCTGTTCCACAAGCTACCTA
GCTTGCACTACAGTGTGGTCGCTCTTTACCGAGGACTTCCTTTCCCATGTGAGTATGTGA
GTCAAGAGAATTACATCAGTTGTGCTTGTATTTTATGTTATTGAATCGAAAGGCCAATTT
CATATTATTAATCAATATAGTCAGTAGCGAAGCGATATATATATATATATATATATATAT
TGTCTGGTGGTGATCGCACTAACTCACTATATTTCCCAGGACGGAAAATCACTATATTTC
CTAGCAACATTAAAGAAACTGTTTCACTTCACACACACAAAAACAGAATACATGTTTCAG
ATACCATAATTACCACTACAGCTGCTACGGCCACCGACGAGGCAAAATGAACAAATCTAA
CCAAACCATGCAACAAATTCACGAAGTGGGCTGCTTTTGAAAAAAAATCATTTGTGTGAC
CTTTTTATAAAGCCACACTAGATCTCGAGAGTCACGTAGCATAGTGTGGTGCTTAAGACA
AAAACATCGTAAAAAAAGATTACGCGTGAAATTTTTAAAAAACAGTTTATTTTATGAATT
TGTTGCAAGTTTAGGTTAGATTTTTCTATTTTGCGCACATAAAAGGGAATGTCACATCAC
CAATGCATCAGGTATAATAATGCAAAACCACTGTTCACAAGGATATGCACTGTTGCCACG
GATTTCTCTCACTGCTGGACGGAACCTTAGCATCGTCGACCATGCTACTCGCTGCAACAG
AGAGAACACGCCCTATTACCCAGTGATTATTACTAGGTGAGAACCACGGCATGCAGGGTC
TCCTCTTTTTACCCGTCCCTTTTCACCATCCATGGATCTCATCACTCTCCCCCATCTTCT
CTCTCTCTCTCTCACACACACAGAGACACACACACACACTCTCTCTCTGTGGTAGTACCC
CCGATGCAACGTACGGCTTGATTCTGACCGTGCCAGCCATTGGCGCCGTACCTCCGTACG
CAGGGCAGCCTTCACATCACTGTAGACACACATAAACCACCGGAGAGAGGCTGTCGCTTG
ACACAGAGTACTACAGTGGATATATTTTTTCGATAAAGACTACCGTGGATATATGTCTCC
GGGAAATAAATAAATAAATTTGGACGTGCAATATCAAATTGCAGTACAAATTTATGAACG
CATACTAATGCTTCATCTGATGCTTAATTTGGTTCATTTATTACATTTAATAAGAATTAC
TCTGTCCATCTTAACTTATATTTATATGACGCCAGTATTCAAGATTTTATGAACTGAGAG
CAAATGGAAAAACTCCGTAATAAGGTGTCCCTGGTTTAATTATTAAATTGTAATTATGGT
ATGGATTTTTTACTTTCCCTTTTAGATTGACAAGCACAAATAAGTATGCATTTCCAAAGT
TCACAAACTGTAACACAAACGTGCGTTGGTATCATGCATGGGCAGTTCTCAAGTTTTGAT
ATTGTTATACATATGCATATGTATGTAAAAAGACACCGAAATATACATAAACTAGGTTTA
AAAAGTGTCATGTTTTCCATGTTACTTGATTATTATTTTCCTCATGTTATTTGATGCGCC
CTTCTATTTCAAATCAGCAACTGATAGACACCGAAATGTACATACTACTTACTCCATACT
TTTCCAAATACATATAAGTTTTTTAAGAGACTTCACTCGTGAACTATATACGAAACAAAA
TAGGTGAATCTATATTTTAAAATATATCTATATACATACGTATGTAGTTCCTTAATGAAA
CCTAAGAAAAACTTATATCTAGGAATCGGAGGGAGTACACATGTTAGTTTCGCACATAGG
CATTTCTTTTCAGCTAATAGAAATCAAAGGGCACAAAAAAGTTCCCCGCAGAAAAAAGAC
GGCCCCAAAAGTAGAGGAAAAAGAAAGCCATGCTACAGTACATTATTTTCTTCTTTACTG
CAGCGGTGCTGCCTTCACTGTTTTGACGCCTCATGAAAGTACAGTGGTGCTGCCAGAAGC
TAGCTAGGGACCCAGAGCTGGCGTGATGATCGTTGGCTTATCAATAGGACACCACACATG
GCTCTAATGAGGAGAGAGGTGCCGCTGCCACCAGCACCACACGCACAGGCAACAGTAGCA
TCTACAGCGCGCGGTGGGACAGACAGAGAGAGAGATGGGGGCACATGTGACGGAACCCTA
ACCCTAACCCATCATCGGTGGGGAACAGAAGGAGATGATGCAAAAGAAGCTTGATGATAT
CGTGGCTTACATCTGTGTGTGACACACACCCACAGAGAGGATCATGCATGCACTTACAGT
CTTACAGAGTTACTGCAGATGGATATACCAAGCCCAGGGAGAAAAAAAGTTGCGAACTAG
TAGATCCGCACCTACACGTAATTAAGCTAAGCAATACAGGTGGGAAAATAGAAGTAGGAG
ATAAGAATCAGATGATAATTTGTAGTGATATTTTGTGTGATTACATGTATTTCTGCCATC
CTCGACCGATTATATATCATGATGAGGTGTGACGGATGTAAGCAGGCTCAGCTTCTTCCT
ATCCCCTCCTTCGTCCCATACACACGGAGGAGGAGGAGAGAGAGAGAGAAAGGAAAGAAC
ATAAATGGAGCAAGAAAAGAAGAGGACCACAAACCCCAAGCAAACCCAGACACCCATTGC
ACACAAGAAGAGCAGAGAAAGCATGTACACATGCTTCACAAGGCATACACTGTGCTGAAT
CTACGCAGACATCTAGCTCACCTCACGGAAACACTAACGAAACCAGCAACGAAAACACAC
ATCAGCACAAGCACGCAGATGCAAGCTACGGCGCACGCACAAAGAAACTGCTGGAATTTC
TTTCACCCCTCCTCGAGAAGCACGGAAATAAACAAGACAGTTAATCAACGGAACGAGTAT
AGCAAGAAAGATGCAGCTCCCCTTTCGCCCCCTTTTGCCAAGACGAAAGGCTAGAAGGAA
AACAGCTCCAATTTGGGCAACATCACATGAGCATATGCCATGTATGCGTCGGCCTGCACA
AAAAGAATTCAAGAGAGCAGCTAGCACCTGTTGTTGGAGTACTCATAGAGGCGCCCGCGG
CTGGAAAAGACGACGAGCGCGACCTCAGCGTCGCAGAGCACCGAGAGCTCGTACGCCTTC
TTCAGGAGTCCGTTGCGGCGCTTGCAGAAGGTGACCTGCCGGTTCGTCGTGTTCTCGATG
CGCTTGATCTCGATCCTCCCTCTCCCCATCTTCTCAGCAGCAGCACCCGCCGATCCCAAG
CCCGGGGACACGGACTCCTTCACCTTGGAGCAGCAACGCAAAATCTCAGTGACACACACC
AAAAGTTGCATCAATAATGGAGAATAGATGGATCTGCATAACCAAAACCGACGGGTTGTA
TCTCTGGCTGGGCTGTAAATATACCGGATTCTCTTGAGCTGCTACTTCTTGGACCCTTCT
TTGGAGATAGGAAGAAAAGGAGAGGGTGTGATCCATCTCCTCTCCTTGGTGGTGCTTTTC
TCCGTGTGGCTTTCTTACAGAGTAAGGACCCCTAGCCGAATCTCTCCCTCTTCTTGTGTA
TCTACTATTCCCCCACCCAGTAGCAGCCATGATTTTATTCTACTACCCGTTACATATGCA
TCCAAATCTTAAGCTTTAGGAAAACGGATACTTAAGGAAGAAGATAGTTTCACAGCAAGA
AGCAATTACCATTAGGCCTGTGGATGGTGTAGCCAGCTTCTCGTTGAGTATCTGCATGTT
TGTTTTCGTGGGCGCTAGAGAGAAATGAGATGGATAGAGTGAGAGATGAGGAAGGCAAAT
GAGGGAGAAGCGTGTGTTTAAAGGAGAAAGGTAGCAGGCTAGGAGAGGGTGGAGAGGCGA
TGGTCTGTACTCTGTAGTGGCAGCTGTGGCCCTTGGTATTTCTTCCTCTCTCTTTTTTTT
TTTTAAAAAAGCTCGGTGTTTCTTCCTCCTGGACTCTTCTTGATTTCATTTCCCCTCTGC
ACATCTCTTTTTCTTCTTTTGTGTGGTCTTGATCTATGTATTTACAGTGGATGCATCCTG
AGCAGCTTTCCAATAAGTATGTAATTATTAGCAAAAGAAATGTGAAAATTGTTGGGGAAA
TTTCGGACCTATTTTTTTTTTATTTGCTCCTCAACGTTTTAGCCTTACCAAAGTTGATAA
AGATATATTATAGCTTGCAAATTATTATGAAATGGAAGGAGTAATTCATAAAATAAAAAG
TAGTAGAGACATCGGAGACACTTGCTTAATTATTATATCCAATCAATTCAATATTTGAAG
GGTTGAAATTAACTTTATTCATGAAATAGCAGAGTTTTGGGATACATACGGAATCATGGG
GCTGAGTAAGCAACAAATGATGCCCCTTTACAAGAGTTTTACAAGAGATGCTGGCATATC
ATTAAATGCGACCTCATGCGTATGTTCCAAGACTTGTTTAATCGTCAACTCCACCTCTTC
CACGTGAACTTTGGAATGGTTACGTTGTTGCCAAAGAAGGAAGAGGCAACCTTTGTTGAG
CAGTTCAGACCGATATGCCTCCTTAATGTGAGCTATAATATTTTTACCAATGTTGGTACA
AATCGGCTGATAAGAATTGCTCGTAATGTGGTCCAACCAACTCAGTCCGCTTTCATGTCA
AGGAGGCACATACTAGAGGGTGTGGTTGTACTACATGAAACATTACATGAAATCCAATCA
AACAAACTAGATGAAGTGATTTTTGAAGTGGATTTTGAGAAGGTGTATGATATGGTTAAA
TGGTCGTTCCTCGAACAGGGCTTACGTATGAACGGTTTTGACAATTCCTGGAGGAAGCAG
GTTGAATCCTTTGTGCAAAAGGGTAGCATTGGTATTAAGGTAACTGATGACACATGTCAT
TATATTCAGACACAAAAGGGCCTAACACAAGGGGCCCAATGTCTCCTATTTTGTTCAACA
TAGTGGTGGATATGTTAGCCATCCTCACTCGCAGGGCCAAAGAGGATGGTCAGATAGGTG
GGTTAGTACCACATCTAGTGGATGGTGATGTATCCATACTACAATATGCATATGACACGA
TTATTTACATGGAATATGATATGACAAAGGCTATAAATATAAAGCTGCTGGCTACACATT
GCTTTCAATATTACTCCTTCTAATAGCTCGGCCCAACTGCAAATCATCCACGTCAGGCTG
TTCTTGGATCCTTTGACTACACATCCGATCAGCTGTCATCGGATTAGCAATGCCCCCGAA
CGCTATGATTTGTTCCTCAGAAATACAATCCAGTTTGTCTTGTGAGTACGACCTATTGGC
ATAACCCACCATCTCTACCTGCAGCGGCGGCACTGGTTTGGTGCTCGCTGCACATTGCTT
TCAATATTACTCCTCCTAATAGCATAAACACGTTGTTTGGGATGTGGTTACAGGGGTTGA
TACTTTAACTAATAAATGTATTCGCGTGGGAGTGTGTGCATTATTGTGGGCCATTTGGAA
CTGCAGGAATGACATAGTTTTTAACCGCCGACGTGATTTTAACTTCTTGCAGGTCATCTT
CAGGGTTACCGCACTGATCCG