Map Locations of contig_41741 (12825 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_41741

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57427 1 1475 bp MLOC_57427.1 Available Available LOC_Os01g29840.1, FRAME:+1, EVALUE:3e-61, 13101.m03094 protein no apical meristem protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_57427






Contig Sequence (12825 bp)

>contig_41741 12825 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATTGTTTATGACAATTATGCCGACCAATGTGACATAGATTTTATTTATCTAGGAGGTTG
TTGAACCGGAAATTCCGACCGACCCTATTATAACACAAACTAGAAACAAGAATTCTAGGA
TGATCTTAAACAGATGGAACAGAGCTGCATACGGTGCAACCCATAATGGGTCCTTACCAT
ATGGTCTCCCGACAACGTGGGTCGGACCGAGGACCCCATGGCTGTTTACTAATGGGCTAC
TTCGGGTAGCCCATGATGCATACAAGGAAGATTTCACAAGACTTGACGCATAAGACAAGG
ACTCTTCGAAACCCTAGGCCTCTGTTGTATTATATAAACTGAGTCCAGGCTTGTAAATAG
ACAATCTCATATTCATTACAACCATTTCGTGATAGATACATGTACTATGTACTATCCCCA
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CTGGGTAAAATCATGTGTCCATGTTACCATCGCTCCAAGACACCTAGATTAGGACCCCTA
CTATGAGATATGCCGGATTCAGAACCGACATCTACTACAACAAGTTTTGCGTAGCACCGG
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AAGAATTCTCGGCCGGCCAGCATTGGCCATGTCGGTCCGTTAGGATTTGGGTCGCGCTGG
ATTTGTTGTTCAGCGTACTATCAAGTTCGTCTGTTCGTTCCTCCCAATCCCAATGTGGGT
ATTCATCTCTGTCGGCATCACTTAGGAGCTGGGGCGGCGACCCTGACCATGGCGATGGCG
GCCTCCTCCTTCCTCCGGAGGTGGACATCAAGATATGATTGGCCTTGGGATTTCATGTCT
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TCAAAGACTGGCATATATGACCCTCTTTGAACATCTTGATTGGATATGGGTCGGTTGTGT
GCACCCGCAATGTCAGCATCGAACTTCATCGGGGTATCGTGAAGCTCTATTTTTTATACC
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TGATTAGAGGACCTGCAAATGAGGGACTTTGAATGCGATTAAGACTTTGCTTCACAGACA
GTTGTTCAGACTTGGCTTGCGGGATATGTTCCCGTCCAGACCGGACAAGAGTTCCTGTGA
GCCTGGTTGTATGTGGCTCCTAGTAGTAACCTCCGCAAGTGGGGGCGACAGCATTGGAGG
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AGGTATGCTTTTTATTTATTGTGACTGGCAATGACCTCCGTCATGGTGCATCATCCACAC
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AGGAGGAGTTGCTGAGGCACAATGAATCAGAGGGCGGCTGGTGTTTGAGGTGGTGACACT
AGCGTGCGGGCTCGTCGGCGGCGACACACTCCACCGCGTCCTCTCAAGCAGGCTTAGTAG
GGTGACGATGGTGTTGGCCGCCCTCACGGGCAACGAGATCCACCACAACGTGCGAGGCGC
TCCTGGGGTCCAATGAGATCCAACGAGATCCACCACAATGTGCTTCATGCGAGCGCTCCT
GGGGTCCGTGCCGCGCTGGTGCACATCAAGGATGCCTGCGAGGCGCAGCTCTTCGGCAAG
GACCAACTGTCCATGGCCGGCCGGTTCTTCTATGTCGTCGGGTACCCCACCATACAGTAC
TATGCCGCCTGCTTCGTCGTCAAGTACCCGGAGCACAAAATGTTGCTCAAAAGGTACGTA
ATCGATCCACCGAGTCCTTCACTCCTTGTATTGCTTGCATGTTTTGACCAATTTGTGTTT
GTTTTTATGTTGTATAGGGTGGTGGGAGAGGATGTGAGGGTGCCAGGTGATTCGAGCAAG
CTTGTGGAGCTGGGGTTCAAGTTCAAGTATTGTGTGAAGGAGACGCTGGACTGCCACCGT
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TGCTTAACCATGCATTCCAATCAACGACCGCATGAAAACTTTGGATTTGAATGTAGCATC
CTACATATTCACGATCGTCAGCCTACTCTTGGATCTCATGTTGAGAAGTTTGAATTTAAA
CTTGGGTGTTAATAAAGTAATGTATACATATTGATTTATGAAAATGGAGCATATGCTCTA
CTGTAGTACATCTTTACTTTATTTATTTTTTTGAGACTACGTAGTACATCTTTATGGCAA
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TTCCTTTGGTTTTCAGTAAGATGGGATAGGAGAGTATAATCTTTCTCTTGCCTACTATGA
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TTTTCCAAGGGTTTTACATTACTCTTGTTTATAATTTAAAATATTCTAAATGTATATATT
ATAACAACACTCTATATAAACATTTAAAAAGGTTGAATAATTATTTCAAAAATATTGAAC
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TTGATCATGTATATAAAAATATTGATCAACCATTTGAAAGACAAATGGACAAGTATTTAA
GAAAATTGAACAAGTATATAAAATAATATTGATCATATATATAAAATGTTGAACAATTAT
TTAAATAATGTTGATCAAGTATTAAATATTTTGCATAAATATTTTAAAATTTTAGCAAGT
ATTTGAAACTCTTTAATAAATATTAAAAATGTCGAATAAGTATTTGAATATATTTAATAA
GTATTAGAAATGTTCAAAAGTATTTAAAAATGTTGAACATGTATTTATAATTTTTTTGAG
TATGTATTAAAAATGCTGATCAAGTATTTATATTTTTTCAGATCGGCGCTTGGACAATGT
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AAAACAAACATAAGAACAACAAAAAATGGAGAATAATTATAAACCAACAAAAAAAAAGAA
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ACAGAAAGAACCAGGCTAGAATAGCCTCAACTAGGACATGCCCTGTAACTAATCATGACA
GGGACGCTAGGCGGAGTGGCTAGCTAAATCTGACTGGAAACCAGGGATTGAACCATTTCT
TTGCCTATATTTTCAGTCGCTACGCTCTTGCCAAGGGGACAGCTCAATAACATGCACACA
GAGACGAAACCTTCAGCAAGCGTTCCCCTCTCGCCTCGCTTAGGGCGATAAATAGCCGCC
GTGAGGAGGGCTCGTGAGAGCTCTATATCACCTGACACGAGTCAAAATCACTAGTTAACG
GATACACCTTCCAACGATTACTCCCACCTTCACAGATTGCATGCGTGCTACTTGTCGCAA
CCTGGGAGTTTACCCTTTTTCGTAGATCCGTATTTGCAAAACGTTTTATCTCGTAAAGCG
TGCGTTCAAATCTCGAATCGTTTTCACCGTTGGATTTCTCGCGTAGAGATCTGCAAATCT
AGATGCCATGTTGATAGGTTTTGATGAACTTTTTTTTCCACGAAAAAACGGAAGAAAAAA
CCGGATGAAAAAACCGTGACTCATGCGATAGAAAAAAAACCAAAAAACATTGTTTTTCCC
TTTCCGAGAGGCACGGGTCGTGCCTCTCGCGAAGCCAAACCGTGCCTCTCGCGGAAGCGA
AACTGTGTCTCTCGCGAGAAAAAAAGAGAGAGCAGAAAACGCGTTTTTCTCCTTTTCGGG
AGAGGCAGGGGCGTGTCTATTGCAAAGGCAAAACCGTGCCTCTCGAAAAAGAAACATAAA
ACGCGTTTTTTCCCTTTCAGGAGAGGCACGGGTGTGCCTCTCACAAAGACAAAATCGTGT
CTTTCGTGGAAGCAAAACCGTGCCTCTCGTAAATAAAAACAGAAAATACGTATTTTCCTT
TCTGAAATGCACGAGCGTGCCTCTCGCGAAGGTAAAATTAAAATTGTAATTGTGTCTCGT
GAAAGCAAAACCGTGCCTCTCACAAAAAAAATGAAAACGCGTTTTTTTCCTTTCCGATAG
GCACGGCCGTGCCTCTCACAAAGACAAAACCGTGCCTCTTATTGAAGCAAAATCGTGCCT
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AGTTGATTTGTTTCCGTCCAAAAGTTACGAAAGGCCGGTGAAAAAACATAACACAAAAAA
AAATCGAAAACAATCATTCAAAAAAGATGAAAACGCGTGGAAAAAATAAAAAACGAAAGA
AACGCTTAGAATGCGACACGTGGCGGTGGCTGAAAATTCGCCAAGTGGCAGCGCGCGGGA
GCCATCGCTGGTAGGCTCATGAGGGAGCGCTCCCTAACTAGTTGAGCGACGTGAGTCTTA
AATAGGTCTTGCCTTTCATGGGTGGCAGTTAGGCCGGCCCAATACGGGTCCTAGAGGAGC
AGATTTTCCAAGGAAGTTTTGAATGTTTTACGTGGTTTTTTCTATTTTTTTCTTTAGTGG
TTTTGACTGACTTTTCACATGGTTTTTGTGTGTCCTTTTTGCGGTGCCTTCGATGTTTCT
TTCATCGGTTCTATGTCCTTTTTGTTGGGTTTCCTATATTTTTTTCAGTTCAATAAGTGT
CTACTTTTTTCAACATTGTACGTTTTTTTGTATACACGTGGGATATTTTTGGATACATGT
ACATTTTGTTGAAATACATGTGTTTGAAAATTTATTTGATATGTGCTACAAAAATAAAAA
AAACACATCAAATCTTTTTGTAATGACAAATAACTTTTTTTTAACTACGTCAACAATTTT
TTTTATTAGAACTTCAGGAACATTTTTTTCAAATGTGTGATTTTATAAAAGAAAAATGTA
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TTTACATTGTCTAATTTTTTTAAAGAGAACTGTCGGTAATCTAAAACCGGATCACAAAAG
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TGCCAAACAATCCGAGATAATATTCATGTACTTAAAGCAAGATTATAAGTTGGTAGGCCC
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TTTATCCATAGAGCTTGAATTGTTTCAAAGAATTTCTTACAACTTTCAGGGTTGATTACG
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TTTGAGGGTCTATTTCTGATACACTTTGATGTCTTTGTCAAACCAAAGGATGTTGGAAAG
TGTGTAAACTTAAGAGATCCAGCAATGGACTGGAGCAAGCATGATGGACTTGAAATTTTC
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AAAGGCGAAAATCCATTTCTGAGCCCACGGTCATCTGCACCCTTCTTGAGTAAACAAATC
AAAAAAATACTAAAAAAATTCAAACAATTCCAAAACAATTTGGGTGATATATAATTTTAC
GCGTGAGGTTTGCTCCATTTTATGTATAATTTGAACATTTGAGCAGCTCTCGGCAAAAAA
AGACAAATTCTAGGTCTCTAGAAATGTTTACTGTACATGCACTGTTTTGACCCGATTTGT
ATTTTTTGTCGAGAAATACTCAGATGTTCAAATGACACAAAAATTGAAGCGGACCTTACA
CATCAAATTATCTATCACACAAAAAATATTTGTATTTTTTTTGAATTTTGTTAGAATTTT
TTTTGAGTTTTTTACTAAACGGGTGCAGATGAGCCTCGGCACCGAACGCTGCACTAAAAT
GTCTTATATTACTTTACAAAGGGAGTAAATGAGTGCAAGAACATTTGTAATAACTTATGT
GGATAATGTATTGATAACCCCAAATTATGTAAATTTCTCAGCACAAGAGAAGACTTCATT
GAAAATACTTTTCATGACAGACTTTGGCTTGACAACGCACATATTGGACAAAAAATCTAT
GGAGATAGTAGTGCCTAAGAGGACTACGCAAAAAAGCTCACTATTATAGATATGCGTTGT
TAAGTCCACCCCCCGGCCCAATCATATAGTGTAATGTAGTAGAAAACAAAAAAAATTGGT
ACTAAGTACATGCCCATGACCACTATAAACATGCATAAAAAGGTTTGATTTGATCATTAC
CAACTCGTAGCGCAGTGGAAGGAGAGCTGGTGAAGATCCCCGCAGCTAGGATTTTATGAC
CTACCAACGGCGCGAGGATGTTCTGCCTCGAAAAGTCACTCGAACGTTCCCTTGGACAGC
CCTTCGGGAGGCCCTCAGACATAAACTCGATTAGTCACTTGGACAGAACCTCAACATATC
TCTCAAACTAAGATCAAAACTATGACCTCTCTACCGTGTTGCACACATCCGTTGTCAACT
ATCTAGTAGGGCTTCGCCGTCCAGAAATAGGCCCTACCGAAGAGTAGACAGTCTTTCGAC
TATGAAACTATTTTGTGGAGAGGAAAGATAGAAAGCCAGATCATGCATGACATGTGTATG
AGAGAACTTGAGTGAGTTAGGAGAGCTCTCTCCACCTCTACTTATAGTATGACGTAAGGG
GTAGAGGCCACTTGAAGATACCAAAATTCCCATGATATATGTCCTTCATAAAGGCAAAAT
GGGATGGCTTCCAAAGAGTGTTTCCTCCATCTCCATGCATGCATCATCCCCAAATAGTGT
TTCCACTATTTACAATATTGTTTCCACTATTCAGACTAATATTGCCAGTATTCAGACTAG
TGTTTTCACTATGCAGGAGATATTTTCTCCTAATAGGTTTCCACCATTCACTTTACAATT
CATGATAATGTTTTATGAAATGTTTTCAGCGTAAGTTTGATCTGAAAAAAATATAGAAGG
TGTAGAACATTTTTGGATGAGTTCGGAACATTTCTGGTACCCCTTAAAATAATTCTGGAC
GAGTTTGGAACATTTTCGGTATGAAGTTTGTCCCCAAAACATTTCCGCTTTTCTCTTCGA
AACTCTTCTTTCATCTCCAAAACTTTTCCGGAAACAATCTCTCGGACTCCCTGTCTATTA
CTTAGTTAACATATGAACCTTAAGTGCGTGACTCTGTAGGTTCGGCGAAGTATAGACATC
AACAGAACCCTTTCCGATCAATGGTCAATAGCTGAACCATGGACATCCGTATTGATTCCT
ATTCCCACCAAAATGAATATTCAAGCGAACCTGTAATTACTGAATTTTATTCATGTTGTT
CCATGATATGTTACAAATACCCGAGGTGAGATTTAATGACATCCCCATGAATCAACAACT
TTGTTCACCATGCCAGTTTACTCGTTGCAGGTTTTTTTCTCTTTTATTCTTCCCATATTC
CGGCATCGTCGTGACCAAATCATGTTGTGTTTGGTCACACAAAGATGGATGCCGTAATAC
CAAGAGGGGCCGAAGAATACTTCTCCATCGTCGGACGAGCAAATTCCAATCTTGGGTTAT
CAAGTACCTTGTCAAACTTTTACATGAACCCAAAAGCCGCCGTAATAGCCACCATGTTAC
GAATGACGTTCAACAAACTCTAAGTTCATGAAGCAAGTATGAAGGAACTTGATACTCCCA
TGGTCTAAGGTATTATGTAAACACTAACTTTCTCTGTGTTATAATACCTTTAACTTGTGA
TGATTTATCTCATAGCATAACACCAACATGGGTCAATTCGACAAAACTGTTCTTACAACA
TTATGTACTCAAAATTACCAGCATTAACATGCCCATAATTAGGAAAGCGTGACCATCATG
CAATACTTGAGCTAGTCTTAGAGGCACGACTAGGAAAGTATTTTACGGTTTATTATGTCA
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GTTTTAGTTTAGAACATAAATATCAATTATAAAATTGAAGATAAATAACAACAACTATTA
TTCCTTCTAAGGCATATCTCCTAAACTTCAAACACAATAGAGACTAAATGTGTGAGATGA
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TGGACTCATGGGTCATCACACATACTTATTTCTAAAAAACTGTGTGCCATCGTGCTCACA
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CGATGTATTGCACATTGTTTGCCTAAATGCTTTTTTGCGTTGATGTCATCCATCATGCAC
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GTTAATGGAAAATTACACATGAATGGATAAGAATAAGTGTCAGACCACGCGTCTTGCCTA
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CATATGTCCTGTGATTGCCATGCACCGGCGCCACACAAATGTGATGTGAGCACCGGTGCA
TTATTTCTCGCGCATCACCAAGCCATATAGCCCAAGCCTGGTGGGCAGCTGGTTAAGAAA
TCCCCAATCGCCCGAGGGCAAGAATATCCCCATTTCTCTTGTGCCGCCGCCGATAGAGCC
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CTGCCACGTTGCCCGCGCTACGGCTTTCCCAATATGTGCTTCGTAATCGGTCAATGAAGC
TCATCAAGAACAGTTTGAGAAAACATTTATATCTCTCGCGCTTTTTAGTCCAAGATCATC
ACCTTCAGAAAATACAAGTCTCGTTGTTTTGATTATGATTTTGAAGCCGATGATGAGGTC
ACTTCTTCTTTGCATCCAAATGGAAAGGGCACAACCATTGATGATGAATATTGGATGGAG
CAGTATTTGCCATTTGATGATGTGTTTGAGAAGTGACCGTGGGCACTACAATCGTTCTGT
TTCAGATGATCACAAGATTTCTTACAAGCTAGGTAAAAACTTGAACAAAGTGCACAAAGG
CATTAACTTGGCTCTATGGGGCCTAACTTGAGCAAGTGATCCTTCTATAATTACAAAAAT
AATATTACCAAGGAGCATGTCAAAACAGCGGAACATATGATTGCATAAGAACCATATGTC
TTCATTTATCTTATTAGTTGTGGGTGCTTGCTAAGAGGAGAATCATACGTATGTGTGAGT
CAATTGTTTTGCCGCACATGGGCTTAGGATCTATCCACACGTCTCCGTTAAGCAACAATA
AGCAATCCAATTAATTATGGGATTAACGACGTTATAATACTATGTACTAAATAAAATTGC
GATAAGTGACACAATCAACTTGAACTTCCCACATTTAGGAATTGTGCCATGTGTTGCACT
ATTTACTCATCGCTATTTACATTTCCTTGCAATTCCACCACCACAAATCAATACACCGTC
ACATTAATTAATCACTTACGGGCTGGCTATATCACATATCATCAAAACCACTGGGGTACA
AATAGACATGCACATTTAGTTTCTAAAATAATAACCAACGCATTTTTTTAATTTATAAAG
TGGAAGTAAAAGTTCATAGGGTGGATGGAAATCCCTCTAGATTGGCGCATGCCCAAAATT
ATTTCCAATAAAATATACATATGTAATCAAATTCACGATAATACATTTAGTCAAATATTC
ATTAATTATTAAACAAAAGAGTTTATCCCACACAAGTTTAAAACATGCACGATATACACA
CTGCCAAGTATTTTATAACACATGCTAATTTAGCTAGGTATACACCAGTAAGTGGTGCAT
ATACAAGCCAACACACATACACACAATACTAGAACAAGAGAGGCAAGCCAACAAGACAAT
ACATACAAACTCTTTTCTGACCATGCTGAAAATAAAAATGCGGTGCAAACTAATAAAGAT
GTTGGTATATATCAACTGATCTTCTGGTGGGTAATTATTTTATGCATGAACATATGTATA
TGTCCTCTCACATCATCTGATCATTAGTAGTTCCACATGCCATCCATACCCATGTTGACT
GACGAGATCTCGTCGGACATCGATGCGCCAACATAGCCATGGTTGTTGTTGCTCAGGCCA
GTCATAACATCCTCCTGCGACGCTATGCATGATGAACTGCTCCCTGGATCGACCCCTGCC
ATGAAGCCCCGGTTTGCACTCATATGCATCATCTGTTGGTGCTGGTTGTGGTTGTTGAAT
GACATCGTTGACTGTGGTGGGGTGGCCATCATCTGGTGGTGGTTGTTCCCAAAGTAATCG
TTGTTCATCATTGGGAACACCACACTACCCATCATGGATGATCCGGCCTCGATGGCATGC
ATCTGATATACAGAAGCTGCAGACAGCGGCGGTGGTGGCGCCAGTGATGAAAATACATCA
TAGTCCATGAGAGGAGCCAATGTAGTAGATTCAGGGAAGCCCTGATGCTGGTCTGCGCCC
ATGGATATAGGAATGGGCAGGGCATATGATGACATCACAACCTTCTTCGGTCCTGTGCTC
TTATGGAAGATTTTGCAAACCACATACTCCTCCTACCAACACACATAAAATAATTTAGTG
AAAATCAATCATCTTTAGTAACTAGATATGTATGTACATGTGTATTCATCAGTCATGAGT
ACTACTAGTCAAGGACTAAAAATACCTTGGAAGACGCATTAATGGTGGCGGCTTCAGTGA
TGTCGGCGGGCAAGTCGGGTGTCGGTTGCTTGCCAATCTCAATTCTGTACTCGTGCATGA
TCCAGTTTGTCTTCTCCCCCCTAGGTGCCCTGCCCTTGTAGAAGACCAGTGTCTTCTTCA
TGCCGATGAGAGTTGTGGTCGCCGGTAGGAGGATCGCCTTGTCCTTTCCGGTAGCCTTCC
AATAGCCAGCATTCGTGGCCCGATTGGTCCGTATCCCTGTGGGGTACTTGAGGTCCTTCT
GGGAGAAGAAGTATCGATCCTTCTCCCCCATGTTTACCTCATTTGGGAGATTCCATGGCT
CATATTTTTTTAAATCCACCTCCCCCACCACTGTCTTGTCGAAGGCTTTCTTCAGCACTT
TGGGGACCAGGTAGAAGATGATGATCTCCATGTCCGTTGGGTGAAACCTGAACCCCGGCG
GCAGATTCAGTTGTTGTTTCTGTTGCTGAACTTGAAGGTGGCTTGCCATGGTGGAGGATT
TTCAGAAATGGGTGTTGGGGTGGAACAAATGTTGGTGGAAATGATATAGATGTGTCTATC
TATGGAAGGAATTCAATGATATAGAGAGATATGAGAGGAAGGTGCTTAAATAGGATAGAA
TGCGTGTACTGGCAAGACACTTTCCAGAGAAGCCTTGACGTTTTTCGGGCTTTGTTTAAT
TTGTTTTTATTGGCAATTGATGGATGTATGCGAGCTAGCTAGATAGATAGAGATACCTCC
CTATCCTTTACAACTGTGTGTTGCTTGTCTTGCCTCGGGGGCCATGCGAGGTGGTGACAA
GTGTTAGGTTTCTCGAACCTCACAAAGCCTTATCATGCCAGATTGAACTCTTTTGGTTTC
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ATGCCTGGTTTTGCACTGGAAAGCAACCATGTTGTGTTTACTATGTATCCTATGTATGCA
TTCCACCATATGCTTTCATATCTATATACAAGACTTGGAGGTGAAATCTATGAGTTTACA
TACTCCATCCTATGCATTAATATATTGTATATAGCCTCTGTAGGATTACACGAAAACCGA
GTGCACACTAGTGGAAAACGGGCCTTTNNNNNNNACCCTTTAGTCCCGGCCTGCCTCTCG
GCCGGGACTAAAGGCCCGACCACGTCGCCCCACATCGCAATGCCG