Map Locations of contig_41718 (11952 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_41718

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57406 1 1079 bp MLOC_57406.1 Available Available LOC_Os01g62244.1, FRAME:+1, EVALUE:3e-96, 13101.m06659 protein ubiquitin-conjugating enzyme, putative, expressed
MLOC_57407 1 3348 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_57406






CDS Structure of MLOC_57407






Contig Sequence (11952 bp)

>contig_41718 11952 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TAAAAGAGGAGAGTGTATTAGTGTTAAATAAGGAAATTTCAGATCCTCTCCATGCAGTAC
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CTATTTGTCCGTCCTTCGCAGCCACACTCCTCATTTTCTTCCNNNNNNNNNNNNTCACTT
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GGTCCGGTTGGATCACTTTTTTTCTTCTCTCTTCTATCCGGTCACTGACCGGGCGCGTCC
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GCTTAGCTGAACGGTGTGGACGTGTTTTTTTCATAAACCAAAAATAAAGTTGGGGGTTTT
ACGAACGTCCAGATTGTTGTCATGTCCGCTGTCGAGTACCTCAGCCCACCTAAAATTCTT
CACTCGCACTTGCATGTGTTTCCGTATTCATGCCGTTGTAGAGAGGTCGCTCTGCAATGA
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TTGTACGGGGCAAGAAGGCTATCTACAATCCCCGTTCGTTAATATGTCGTCATTAAGCAG
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TTGTGTGTGATAAAATACGGGACTTCTCCTCTCTGTATGCCGCTAACGAAAAGAAGGGGT
GGGAATCCCGGCTATTCGTTGCGACGTTTGTAGTTAGGTCCCATAGGGTTAGTATTTTGT
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TCTTGTTGGCGGCAATCTTGTCGACAATTATACTAGGGCGGGGATCGTCTGACCGTTGCT
CTTGTAGAGTGGTGGGTATGTTCATGTCTTTGTGTTACGTAGGTGGACTTTGAAGATGTC
TTCCGGCGGAGTGGATGCTGACTCTTCATGTCTTCTCCTCTTACTTTTTCTCTGGTCGGC
GATGTTTGAACAATTTCAACATAACTTGGGAGCTTATAAAGTTAGGTCTCACTGACTTTG
TCTGGCCGGATTTGGGGTGGTCGTCCAACCTTCTTTGTCTTTTTTTCTACGCAACGATTT
GTTTTGTCAAATCATTGTTGTCGGCATCTTCTGGCTTTGGCAGATAAGTTCAGTCGTTGC
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CCGCTTGCCGCCGCCGAGTGCAGGACAAAGACGTCGTCGATTTCTTAATGGATACATATG
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TCTGCTGGCTGCTGCTGCCCCTCATCAACAACCTCTCCGCTTTCTCCTTCCCGTCTCTCT
CCTCTCCTCTGGTCCCGATTCCCTTCTCCGAGCTCCTCCCTATAAATAAGGCGGCCCGCG
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CGTCGCTTTTCTCCCCCGCTCGGTTTCGACTGATCTGGCTTGCCGTGGTCGATGCAGATC
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GATCCGCATCGCCTCTCGATTTCGCATCGCCGTGAATTCTGCCTGTTTTGTGTGTCTCTG
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CGTGTTGGCATGGCTATCCTACCCGTAATACACGGCCGGCCGAGTTCCATTGGCACCGTG
CGTGCGAGAGCGCACAGCCGCACAAGCAACTCTCTTTACTGGGCAGATACATCTGGTGGT
GGTGTGGAATTGGGGCTGCCTTTGCCCGTCGCGGTGTGCAGATTCAAGGAAAATTGGGTT
GGATCGTGTTCTGCATCATGTTAATAGGTTGAGCTATATGTATCATCTGGTTGGAGTTTA
GTATAATATGCAGATGGGTAAATTGGGTTGCTCGCCCCATTCCGTGCTGGTGAGGTTCAT
CGTGGTTTGGGGTTATTTCTTCCATTTCTTCGGTAGCACTCTGCTTCTGTAAAATGCCGG
GCAAGTTTGTGAGGCTTCTCTCAAGTAGTAGTAGTGACTAGTGACGCCCTGGAGTTCCAT
TCTAATTTCATCAGGTGATTTGTTGCATGAGGGGATTTTTCATAGCAATCATAAAATTCC
CTCTCTGATAAAAATTTAAGTTGAAAGTAAACACATCCAAGTGAGGTAAATTGATTCTTG
CTATTACTTAATGCATACGTTTTTTAGGCCAGAGTTGTGTAGATACTTACTGATTTTAAG
TAGCACCTGCTGGTACTTGTAAGTGATAATAGTGTGGATCAGGGAGTTCAATGTGCATAT
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GGGTTGGAAAGAGAGCATGTCAACCTTTAGACCATCACTTGTACTCCATGCCATTTGTTT
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TGGCAATGTTTACACAATCGAAATTTGTGTCCCTTGTGGAGGTGGCGGAATCCAGCTGCT
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TTATTTATCTTGTTATTTGACTTGATGATCATTAGTATGTGAGTGGGAGGAAAGAGTTGG
CTGTCTGGCTTTGTATGAAGTTTACATCCATCTTTTCTTGGCGATGAGTAATGTGGCTTC
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GTAGTTGACAGGAGGTTATGTCTATGTGGTCGGCATGAGTTACCCACGACTTAATGATTG
TAATTGCTTGTAACAATTTGGCATATTTGGTAGAACATGTTCTTATCAATATTAATTTAT
TTAACAAGCATACACTATCAGATCGTTTTTACAATGCTGAAATTTTATGTTCCTTTTGTC
TGGAAGAGAACTGGCGATGATCTAAGGAGCTTTGTTGTTGTTTTTGGATAGCTTACATAT
TGCTTTCATGCTTTGAGACTCTGGGGATCTGTTGTATGGATCTTGCGGCATCCTGGCCTT
TTCTTCTAATACAAGAAGAATGCATTTGGGCGCGGTGCTTGAAGGGGGAGGGGGGTATCA
TATCCTTTGATCTGCTCAGTAACACTGATTTTCTTTTTGCAGTGATGGAGGCTATTTCAA
TGCTATTATGAGCTTCCCACAAAATTATCCGAACAGCCCTCCAACAGTTAGATTCACTTC
TGAAATGTGGCATCCTAATGGTCAGATGTTCACAATTAGAACTTTATGTACTCGCACAAT
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TATTCTTCATCCACCTGGTGATGATCCCAACGGATACGAGCTCGCGAGTGAGCGTTGGAC
ACCAGTCCATACGGTAGTGCTTCTTATGTAGTGTCTACCGCGCTAAAAAATTGCTTCTGT
TCCATTTCTTCTGCTTAATACCTTTATCTGCTACATTTGTCGCCATACATCATCAAACAT
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ATCAATACAAAAACTAAGCCTTTAGTCTCAAGCAAGTTTGGGTAGGCTAGAGCTGAAACC
CATAAGATCTCGAAACCAACCCATGGTTCTGGCATGTGGATAGCTAAGTTCCACACACCC
CTGTTCATGGCTAGTTCTTTGGTGATATTCCAGTCCTTCAGATTTCTCTTTACATACTCC
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TGATTCGATGGCTCACATCTTCATCAATGTCACCATCCTTCTACGGCATGACCCCAAATA
TTGGAAGGTGTCCTTCTGATGTACCACCTGCTCATCAAGGCTAACCTCCTTTTCGTGCAT
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CGATTCCAAAGTTTGTCTCCATAGCTCTAAGAGCATCTTCAGCCGCGCCCCCAAAACGCC
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TCTCCTCTCTTTTTCTGCAAGGCCCACCATGTGCATGAAAAAAGGGAATCTTTCCTTCTC
CCTGTCTCTCTCCTCGTGTGGCCGGCTGGGTGAGGACGTGGCTGGAAACCTAAGTTCCCC
CGAGCCTTTTTTTCGCCGGTTGGCCCCCAGGCGGCACTATCTCGGCCCCTGGGGGCGCGT
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AATGGCAATGCCTTTCTCGTGCATTTGTATGTGTTTATGATGACCTTTTATGTCTTAATT
TTTTACTTGTATAGCCTTTAAGTTTGTCCTTTTAGTAAGAAAGATGCTCAAATACTTATA
ATCATCGGACTGAAGTGTTGTCATGTCTATGGTTAGAGTACTACATCATTGTCTACGTAT
GAGCGTTGACAGTCTTAATTTACCATCAGTTTAGTAGGTTCATTTGATAAAGGTTGGAAA
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TTAATTACACTCTTACGATGGTACTTTGAAATGCGGTACATGTTTCACTGTTCTCCTCAC
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GGAGTGCTCTTCTTGACCAGATTTTCCGTTTCCTTTTTAGTTTCTGACCTGAAGGTGAGT
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GTCTCCATTTGCAGGTTGAGAGTATAGTATTAAGCATCATTTCGATGCTTTCTAGTCCGA
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AATATTCTGTGCTGACAGCTCTAAGAAAGTTAACTGTTGTGCATGTTAGGTCATTACGTA
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AGGGTACTGGTTGGGAATGAACGGATCTAGGATATAGCCGGTCAAGAACGACGACAGTGT
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AAAAGACATATAGCTAACCTAACTATGCATCTAAGCGAACTGAGAATATAACTGGATTCC
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GAAATCCCAGGAAATGCTCTGAATAAAATGGGAGTACCGGGGAAGTTAGCCATGCCATTT
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TCTCCCCTGTATATTTTCCATTGGCCTGTCTCCTGTGGAGGTCTTGGTTTTGGCTCTGAA
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ATCTGAACTGAACTGAACGGTAATATGGTTGAATCTTCCAATCTTTCAATACAGTGAATT
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AGCACTGGCGAAATTCTGCACTCCGTGACAATCCTCCTGGACGGCAGCTGGGGTCTTGGG
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ATATCCACTTCGCTATATGACCATTATTGGTTTCAGTACACAAATTTTGATACATAGGGG
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GGCACATTTCCCAAATATGCAACATATACAGTCATGGATGATTTATTATAAACTCCTAAA
TGATGATTTTACTAACACTATTGCACTGTACATGGACTTCTGTATCTAGGAATGATGCCA
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TCCATTGCGCCCCTGCCTCCAAAATGAAATCCATGTTTGTATTATTTCTTCCTCTAACCT
TCCCCGTACTCCCTTACAAATCCGGTGATTGTTCTCTGCCTAGTTTCTTCCTGTTGCGGT
AACAGACGGGGAGACACTGCACTGCCCTCAGACAGCGACCTACTCTGGCGTCGGAGGTCA
CCCCTTCACCAGATCTGCATGGCCAGCGGCAACACCAGCCAGGGTCTCCTTCACCATTGA
CTGTCTCCAGTGACGGCAGCATCATCATCACTTGCTGTGTGCTGAGTTTAAGGTGTTATT
TTTGTTCAGGTCTGGTTGGGAGAGTCAGAGACATGGAGAAGCTTTCGGGCAAACACTAAG
CAAGCTTACGTGATACTACCCTCGAGTGATATAATGCATCGTATAGGTATAGTAAGAGAT
AATCTCGGCTGACACATATACTCTCGCACTCTGTAATACCTGTCTTTTGCTTTACATGTT
CCTCACTGCGATGACAGTACAAATTGGGATTTAAATGCAGTGCCTGTTTGCTTTTGACTT
CTTCTGTTTATTCAGCAGTAATCTTTTTTCTCCCTGCACATGAATGTTCAATGAACTGCC
GGTGAGATGTTGTGCCTGCCAGCCGTTTGTTTCTATTGTTTATTGCAAAGAACTGTGTAT
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CAAGAATAAAATGTTACTACTGATCATATGCAACAAAACAGAAGCTCTAAATACAGCACA
AAAGATATAACCCATTGAGAAAGATGCATCTAAACCTCTATTAAGGATCGTCTTATCAGG
CGACTGTTCGCTGGGAGCGGGTGGCATTTGCAAACGTTTTGATGGCATTTTAGTTGGTCG
GGGGGTGGCAGTTTCTTCAGAACAGCATGGCATTTTCCGGAATGAAGGCTCAATACTGCC
AACCTCCCAGAAAATGCCATGTTGTTCTGAGGAAACTGCCATCCCCGATACAAATAAAAC
TGCCAGGAAAAACGTTCGAAATGCTATGCTCTCCCAGCGATCGGTCGCCAGTTAGCTTTT
CAGCTATTAAATGCAACAAGATACAGTTTAAGATGCAGTCCATTGTGAGTACCCTGAAGG
TACATTTTAGGAACAACTGAAAAGAAAATGTGAGGCACAAGCAAGGCAAAACATCTAGAA
CTGCTTTCACTCCATGCTAACAGCAACCATAGCAGATGGGGCAATTCAATCACAATCTTG
CCTCTAGGTTGATTGCTGAGGGAGAACCAGAGAACTGTCAAAGGTCAGCCGGTGGGCACC
AATGAGGTTAAGAATACGTTCCTGACATTGATGCTTCGTTCAGAGACGTCCCATAATTCA
TAGGTTCCCAATCCTGATCTAGGGGGACGAGGTAGGAAAGCAATCGCGGACACCAAACAA
GACAAAGTACTCCATGTCACAAACTCTAAGACCAGCTCGGTTACAAAATACAGAGTACTG
TATTTGCTAAGCCTGAGAGGTGAGCTAAGCAGACGAAAAATTCCAGCAGATCTGACCTAG
GGGAGCCCTGCTCCCCCAAATGTTTTTTTTTAAGTTAGCAGGAGAGCTGCTAAGATTCCA
TTCAGAAGAAGTACGCCGACGGCGAGAACTGCTTGGTTTATTGAAGGAAAACCGGGCGAA
AACCTGTACAACAGACAACCCCACCTAGCTCAACTAGACTAACCGCACCGAAAGACATAC
GAAGATGCCGGGCAAACTAAACATGATAGACTAGAGCACACCATAGCCCCATTACAGAGT
CATCGTATGTCACCCATCGCACACACGACCCAGTGACTTCGACTTCGCTGGAACAAAACA
GGGAGCGCCTTCATCGAGCATGTTTGCAACAAGCGTGTACATCAACCTCACCGACATTGG
AGAGAGAAGACATTCCGAAGAGAGGCGGAGATGTGCCGCCCCGACCCCGAAAGGAGGATG
CCATCGAGCTTCTGCTGCCACCACCACCGTGCAACGGCAAGCCACAAGCGGACGCAACAA
CGCAGACTCCACCACAATCACCAACCGGGTGCATCGACCAAAAACCTCTCCAAAACAATG
CTTCCAACAAAGTAAGGCTGCCAAGGCCGCCCCATTGCCAATCCGACGAGGCGGATTTAG
GTTTTCACCCGG