Map Locations of contig_41608 (8305 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_41608

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_57290 2 1687 bp AK248721.1 Available Available None
MLOC_57289 1 883 bp MLOC_57289.1 Available Available LOC_Os05g41190.1, FRAME:+3, EVALUE:1e-64, 13105.m04368 protein expressed protein
MLOC_57291 1 450 bp MLOC_57291.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_57290






CDS Structure of MLOC_57289






CDS Structure of MLOC_57291






Contig Sequence (8305 bp)

>contig_41608 8305 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGTGCCGGGCCGGGCCCGAGTCGTGCATGGCACGCGGGCAGCCGGGCCGGCCAGGCCCGT
ATGGCCAGGTATACACCGTGCACGGTGCACCATGCGCCGCGAACGTCCTATCCACTCTCC
CCTACCGACCACACACCGCGCTGTGCTCGAAGCTCTCCCACCGCAAAAGAGGGCTCGCGA
TCGTATCCATGGCCGCCGCGACCATCTCCCTCTGCGGCTCACGCTGCGTCGCTCCGAGCC
GGAGCCCCAAAGCTCGCCTCAACTCACAAGCAGCCGCCGCGCCGTACGCGCGGCCGTCGT
CCTCGCGCCCAAGGGCGGTGGTCGTGGCCGCCAAGTCGTCGGGCGAGAAGGCGGACGAGA
AGGTCCCCTCCTGGGCCCGTCCGGGCTCCGACGAGCCTCCTCCGTGGGCTCGCAACGAAG
GCGGGGCCTCGGGGCAGGAAGGCGACGCCGCCCAGGTCCCGTTCTACGCCTACCTGCTCG
CGTCCGCCGTGACGGCCATCGCCGCCGTACGTTCCTCGAACCCTTCTCCTCCCCCCGGCC
GTCTCCTCCTCCTCCAATGTCCAATCCACTGACCGTCGCATCCGCGTGCAGATCGGGTCG
ATATTCGAGTACACGAACGGGCGGCCGGTGTTCGGCGTGGTGGGCACCGACAGCCCCCTC
TACGCGCCCATCCTCGGCTTCTTCGCCGTCACCGGCATCCCGACCTCCGTACGTGCATCC
TTCATCTTCATGCCCGGGTCGATCCTAGACTATATTTGCAGTTCTTGATCGAGTTTTGGG
TTCCCAGGGGTACCTGTGGTACAAGGCCGTGCAGACGGCGAACAAGGACGCCGAGGAGCA
GGATCGCAGGGACGGCTTCCTCTGATCTGGTTCGCTTGGGAGAGCAATGAACACGCTGAA
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GGTTAGCACTGGGAAAAACAGCAGCAGGGCAGGTGGACTAAGAGCAGAAGATCTCGTCTC
TTCTTCCTCCTCTTCTACACATGGAGCACTCGCCATCTGAAGTCAGCATTTGAATGGAGG
AAACGTGTCCCTTCAGTTTTCCCTGGGATAATTTTTCGCGCCTTGATGTGAGTGTGTATA
TGAAGACTCATGAATATATCGAATCCATCGATGCACACTTGCAAGTTGCCGCGCAAAGTC
GTCTTTGCTCTGAAGTTACATTTTTCTTAACGTGTATGTATGCATTCGTCCTTGTTCTAG
AGTACCAGCCATTTTTGCTGGTTGTGCTTAGCGTTGGCATAATTGAGCATAAAACACCAC
GACACTAGGGGAGAATTATATTTACTGTCTTTTCTTTTTTGAGAAATTCTAATCAACAAC
GTGCGCACGGCTGCGTTCTGGTCCAGCGGAGCAGAAAGACAACCTGTATGCATGTAAACT
AGTACACCAGCATGACATCAGCAAAGATTCTTTTAATGTTGAATTTTCAAAAAGTTTTAT
ATCTTAAGCTATATATCCAATTGATGATCCTTTTTCGCCTTTAGCCTTCTCGCGACGAGA
TCTTCAAAACATGATCCTATGTCGACATGTTTCGATAACTTTTTCTTTCGTCGATAGTTG
CCAGATTACTATTATTTAGTTGTTAGATTATAAGACACTTAATAGCCACATTTAATTAAC
TTAGTTGTCAACTTGGCAACCGTGTATATAATTTTTTTTGCAACTACGCTTGTTTAAACC
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TAACAATTACCCAAAATAGAAAAGGATTTTTTGTGGTCGTCGGTTTTAAATATATTGATT
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TCAGACAAGTTAGTACTCCCTTCGTTTCAAAATAAGTGACTTAAAAATGACACAATTTTA
CACTACCAAGTGACTAAAAAATGACTCAATTTTACACTAAGTGACTCAAAAATGACTCAA
TTTTAAAAGATGGTGTATAAATATATTTTTCATGTATCATGATATGCTAAATTGGTATTT
TAAAAATGTTAAACATGTAAAAAATATTGGTAACATGTACAGAAAATTGAGAATGAAAAC
TAACAGATACAAAGAAAACCAAAAAAGAAACAAAATGAACCAAAGGAAAAAACCAAAGAA
ACAAATGCGGAAAGAATTAAAAACCCAAATAAAAAATAAGAAAAGAAAGGAAAAGTAAAT
AAAACCAAAGTAAAATGGCGAAAAAAGAAAGGAAAAACTCCAATGAAAAGAGATAGGAAG
CAAAAAAACACTTACAAAACAAAGAAGAAACTGTGGAAACCCCACCTTGTTTTGACTTAA
GAAGAACCGCGCTATACTACTCTAACACGAACTCGAGGCTAGGCGCACTTGCTTTTAACC
AGGAGACCATGATTTGATTCCGTGCGCGCCCCCTTTTCTACCCTCTTTTTTTCCTTATTA
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ACTCTGATATTGTAGAGACCGATGTAAATAAACCTTCATCTTTAAATCCCCGAAGTTCGT
ACCCCGTATTTACAGATCCTAGTCACTTTAAACCTTGTATGAGTAAAACCTTGTTTGGTG
TGGTAGGAAATGGGTGATCCCACCGGGATTGATTATAACTCTCAGTTACTACGTTGGCCC
AATTGTCATGTGCATCTCCTTCCTCATTTTGTTTCTCTCAAATTCACTCCCCGACAGATC
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TGACTGCTCGTACGAGCACGCCCCTGAATGTTATGCTGGTGAGCGCGTTCGCCACTGGGC
GCTGGTCACCACGCGATGACCATGAGCAGCTCCACGCTTAAAAAACTGCTCTTGTACTCA
ACGAGGAACGTCAACAAGTCAAACTTCATGCTGGAGTAATCCCGCTGCCACGCCTGTTGG
CCTTAGATCTTGATCACTACTTCCTCCAATGCAATGCATCCTCTCGTCGAGTACTTTTGG
GTGCGCGCATATGCGCAAGTTGGCTCAGTTTTTCTATGTCATGAGGGGCAGCACACACAC
ACAGAACTTGTGATTGATTTTCTCCAGGAGGCTAGCTACCTACAGCCACCAATACAAAGC
AATCGATTTCTTCTGGTGGCTATCACACACACGGCACGAATGCGAGCCATGGAGGAAGAG
CAGTTCCTGAAGCAGTGGAGAGGAGAGTGTCAGGTAGAGGCCACACAGAGAGTGGCAAGT
AGAGCAGTGCAGAGGAGTGCCTGAAGCAGTGGACATGATGGTCTGCATGGCAACATCCAG
TAACGCACACGGATGGCAATAGCTAGCACACAAAACTACTCTATATCACCCTCAAAAAAG
AAAGTTCTCTTATAGCTATGATGTGTTGACCAATCCAACAGTGAGAGAATCGAGTTCTCG
GTCAGGATTATGTTTTTCCCGGTGTACCAAACATACCGAGGGTTAGGATAGAACGGGATC
AAAGAGGTCAGGGTATGAATTTCAGGGATTTAAAGATGAGGGTTCATGTGCGTCGGCTTC
TACAATTTCAGGGTTTATTTCAAACTTTACTCTTCAGCGAGACATCCTATCGTCTCGCTT
AATGCGAGACATAGTCGCCGCGCCGCAGGCCGGACAGATGGGCTATCGGGCCAGCACGCC
AGGATCGGTCCATTCGGCCACCTTCGGCCCCTCGTAGTCCAACCCGATTTGCTGGTCCGA
GCCCGTGCCTCCGAGAGTCCGAGGCAGCCGGCTGCCAGCCTCCCTGGTTCGAGTCCGACG
CGCACGCCTCCGCCCCGCAAACACAACTCGTGCCGGTCCGTCCCTGCGGCTCCCTCAAAC
CCCCACCTTCTTGCGGCAGAAGCCGGGGCCAACGATCCCACCGCCCGCCCCGCCGTCGAC
GCGGCCTCCTCCGCCCGCCGGGATCGGTAAGCGCCCCCGCTCGCCGCCATACCCCCCGCC
TCATCGCGCTCACCGCTACAGTCTGCCGTGGAACCTCTCGCCGCGCGGTTGAAACTTTTG
GTGTTGGACCGAACCCTTGTTCGTCCCCCTCCTAACTTAGGTCCGCTCCTGGAGCCACCA
GAGACGACTAGCCGTGTCTGTAGCGTTGCAGCGAAAACCGCATCCCGGTGCCAGGTGTGA
TAGACCAGGGGAATTCCAGGTTTTCGAGTAGGCAGGCAGCGTCTTTTGTTCTTGTCAAAG
CTGTAGGCAGGTAGCTTCTTTAGCAAATGTGTTAACAGACCTCAAATTGGTTTGCAATAC
AAGGTTTACTAATCACCAGGCATCTCACAACTCCGCCAGAATGCCTCGCGTAGTACATCT
GTCTGAATGATTCCTGCAATTGCTTGTTCCGTGATGCTTGTCCTGCTTATTCTTAACAGT
TAACACGATTGTTGTGATCTCTTTTTTCAGGAGAGAACTGTATTTAGGGTCGAAGCGACT
TTAAGTCTTAACCATGAGCAGCATAGGAACTGGGTATGATCTGTCCGTCACCACTTTCTC
CCCGGACGGCCGTGTCTTCCAGGTCGAGTATGCTGGCAAGGCCGTCGACAACAGCGGGTG
TGACCTAGCTCCCTCCCCTGTTTTCTTGACCTTCTCTGTCTGTGCAACTTCATGTTGAAA
TTTTTGATGATTCTGTGTAGGACAATTGTTGGGATCAAGTGCAAAGATGGAATTGTCCTC
GTAAGTGGTTACTTGCTGTATTTACTTTTACCCGGATGGGGTGTTATTCTGTGCTTCTTT
TCTGTGATAACCTTTTAATATATTGATCTATAGGGCGTGGAGAAGCTGATAACATCGAAG
ATGATACTTGCTGGGTCGAATCGGAGACTTCACTCCGTTCACCGGAACTCTGGCTTGGTA
ATCTCTTTTCCTTCTTTTTACATACAGGGTGGTCTCTCTCTGAGAATGCACCAATAATTT
ATGATATATATTCTGCAGTGTTCCCTTTCATGTCTTTTTATAATTGCCGTTCTTGTTACC
GTAACGGATTACATCTGGTAATGAAGTTAGTTCCTGTTCTCTTTATCAGGCTGTGGCTGG
GTTAGCAGCAGACGGTAGGCAGGTGGTCTCAAGAGCAAAGTCAGAAGCAGCCAATTATGA
GAAGTGAGAATTAGTGTGACTTTTGACTTTCATACTAAATGTTTGTACAACTGCAACCTA
AAGCTGTAATCCACCAGGGTATACGGAGAACCCATGCCTGTGAAGGAATTAGCTGATCGT
GTAGCTAGCTACGTTCATCTGTGTACACTCTACTGGTGGCTCAGGTAAGGCAGTCAAGAT
GATGTTCTTGTTCAAGAAGGTGGTTGCCTCCAACATGTTGCTTGATAGTTTGATACACTT
TAAACTCCTGCCCCAGGCCTTTTGGCTGTGGAGTTATTCTTGGAGGTTATGATAGGGATG
GGCCACAGCTCTACATGATCGAACCTTCAGGGCTCTCATATGTGAGTACTCAATCTAAGA
CATGGTAGTTCTTCTATTTTCCGTTATTTATTAGGACTGAGCAAGGGATAAGTTGGCTAG
ATTACACATATTTATATTTCCTGTCAGTGACTGGGCAAGTTTAATTTTATACACCCTCTG
TAAAGAAATATAAGAGCGTTTAGATCACTACTTCAGTGATCTAAACGCTCTTATATATCT
TTACGGAGGTAGTAGTAAACAAACAACTTTATGTACATGGATTAAGATGTGCAGTGCTGC
TTGTAGTAGCAGTACATGCATTTAGAATTTATGATTTAATGGTTGAATTTTTGACAGAAA
TATTTTGGTGCTGCTCTGGGTAAAGGAAGACAGGCTGCAAAAACGTAAGCCAATCAAGTT
TTCACTAGTTTTTTCTGTTGTATGATTCCTGTAGTGCCCATTTTCTGTTTTGTTGCAAAC
CACTAGCACTGCTAAAGCATGACGCATTCATGGATCGTTCGTATGAATACCATTTTAATT
GTTCAAAGTAGATATTTAGGAACAAGGAAGTAAGCATGCTGTTCATATTTTCAAAGCTGC
TCATCAAATACAAATAGTCATCCACATTTAGCATTTATGCAGGTAGTAGTTTAGCTGTTC
CATATTCAATGGGCGAAATACACTCTTATTACTTATCTTAGGTTTGCCACTACCAGAACA
CAGCTTAGGTGGTGTTTTGTTGCTTACAACCGTTTGCTACATACGAGTTAGGCAGGTCTA
GGTTAAGCTCGTATTTGTTTCTTTGCCAAATTTTGGTGTGCCACATTTTCTTAAAACTAC
ACCAGTACACCCTACACGTCAGATACATTTATTGTGAATTCTTGGCACACCTGTGATGAA
AAGTTTGCTGACCAATAAACTGTGACTTTTCACACTTCTTGCACAAAATTTTGTTTTTTG
TTTTGTTTTGCAACTAACCAAACAGACCCTCAGTTTAGCATTTTGATAAATAACTGTTTC
TTTATACAGCCACAACAGAATATTGTACCAGAACTTGTATGTGTAATTCTTTGAATTGAC
TAGCTTCTGCAATTAAGGACCACAATACCAAACTGGCCATTGATCATTTACATAGTCTAA
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TGGAAGAGTTGTTAATTAGCTAAAACTTGATCTGTATCTACTTTACCCTTGCAACTTTGT
AACCTTTGATGTGTATTATTTCGGATACATTATCACATTGAGCGCTTTATATTACGAAGA
ACTCGTGCAGTTCAAGATGTTGTAGAATATCCTTTTTAATGGTTCACAGCAGCTGTCAAA
TGCATCTGCACAAAATACTTGTGATGATGTTACTATGTATTTTTATTGGCTGCAAACAGT
CATTCTCCATTCTAATTAATCTATCTTAATGGTGTCATACAGGGAGATAGAGAAATTGAA
GCTTTCTGAGCTAACCTGCAGGGAAGGCATTGTTGAGGTTGCCAAGATGTATGTCCTAAA
TCTTTTGCCATCCTACTGCAATTTTTATCTATCTTCAAGATATATCACCTACTCCCTCCG
TAAACTAATATAAGAGCGTTTATATCACTACTTTAGTGATCTAAACGCTCTTATATTAGT
TTACAGTAGATTTCTGTCATTAATGTCCTGAAAGCTTGTTAGTCATGTACATTTACTTGC
TCAAGCATGAAGGTGGCCAGTTGTTACTAGTCACAGAAAATATGGATTTTCTCTCAGAAG
GAACAACATTGTTGATCCTCCGTATCATGGTTTTACTCTCGCAAGGAGTATTTTTGGTTG
CAATACTCTATTACAAATTGTCATACCCGAAATAATTACTAGGCTGACTTTTTTTTCATG
TACATGTAGAATTTATGGTATACACGATGAAGCAAAAGACAAATCTTTTGAGCTGGAACT
AAGCTGGGTGTGCGATGAATCTAACCGTCAGCATGAGAAGGTGATAAACGGCCACGCACG
GAAAAATATTCACCTCTCTTGGAACTCCATAGCTACATAGGCCACAGGGTCGCCCTTTGT
TGAATTCCTTACTAACTTGTCATACCATGTGTAGGTTCCAAATGATCTTCTGGAGCAGGC
CAAGGCAGCAGCACAGGCAGCGTTGGAAGAGATGGATGCCGACTAAGAAGAGATGATGAG
CTCTGCTCCCCATTTACTTCCATGTGTGGCGTAACAGATACAGAACTGGAGCGGTTCGTT
TTCAGTGCAAAAAACTACCTCACGGTGTTGTTGCTTTCGGTTCGATGATTCCGTCCCAGT
CGAGGTAGCAAGTTCTCGTGTTTTGGGGGGGTTGTAGCGAATCGTATTCTGCTTGCTGTT
GGTCACAAACTGAAACTTAGGCCCTGTTTGGATACACTCAGGTTATATAATCCGGTTTTT
ATAATCTATTATGTCTTCAAACAGGACAGATTATATTGCAGTTTATAAAAACTAGATGGT
CAGATTATTAAAAACTCATAATCTACTCTACCTCAGCTAAAATCAGATTATGGATTCCTA
ATGACCCATTACCCTTTTAAAGTTG