Map Locations of contig_41238 (10885 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_41238

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_56910 1 564 bp AK363511 Available Available None
MLOC_56911 1 593 bp MLOC_56911.1 Available Available LOC_Os05g48320.1, FRAME:-1, EVALUE:4e-61, 13105.m05135 protein 60S ribosomal protein L37a, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_56910






CDS Structure of MLOC_56911






Contig Sequence (10885 bp)

>contig_41238 10885 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGGCTCCGTCGAGGTGGTCATTGCCCAGAGCACATGCCTCACCGAGGTCCAGGTGTGTTC
GTACTGACTGACTGCCCATTGAGTTCTTGCAAGCATAGTTCTGCCCGATGCTAGATTGGG
TATTGTGTGCATTTGGGAGGCAGCTGCAAATGGCGACTATGTCTGCGTATTGCCTGTTGG
TATTCGTTATGGTCCATCGCAATCCCAGTTTATAATTTGCACGGCAGGTTTCGCGTGTTC
AGTTTAGTGTCTGCATACTGCAGTTATACTATTCATATCTGAAGATTTGAACTGAATACT
GAACAACAATCTAGCATAGTTGCTTGCAACGGTATGATCCAAAAGTTATCAGCGACAATC
CTAGCATAGTTGCTTGCAACATTCTGAACTGAGTACTAAATCAACGGCAATTAATATGGA
TCGGAGGGAGTAGTTATTATGTCGAAGGTTGTAAGAAAACTAACAAATATCATTCCGTGA
GAGCCCACTTAATAGCAGATTATTAATTACTCCCTCCGTCCCATAATAATGGGATAGTGT
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TATATTTTAAATTTACATTTTTAAGATGAAATTGTAGTTTTGTGACTGAAATATCTGCTT
GAAGTTAAAAGTGTATTTATGTTATAGTTTCGAATAAAAATAGTGTAGGCTTGTGATATT
CACACTCTTTGCAAATTCGTTGCAGCAGGTGGTCTCTTTTCCCCCTTATTTTCGCTAAAC
TGTTAATTCAAATACCAAAAACTAGGTCTGGAGGCTTGCTGACAAATAATAAATATAGAA
GGCAGATCGAAACAATAGTGATCCTCTTATATGAGTTGTTTCTAGGGCCAAGAGGTACTC
GCAAGACCATAGCTCATAACTCACGCAGGCATTGTAGGAATTAGGTTTCATTGGACTGTG
ATTTATATCACTAAGCAAAAGAAGTTTTTTTGTGAGAACTAAATAAATTGTTGTGTTACT
TTACTTATTTATATTTCTTTATTTTAGCTAAACTGTTATTTCATTATTTGTTGCCACAAC
TTTGCTTCTAAAATGCAGACAGGCTCATATGATACTGAAAAGAAAACAGTGACACTCCAA
AGCGAACTTATTGGCAATGCATCAAAGGTACCTCTCATAGGACGATTGTATATGATGTCT
CTTATTATTATCTATTTCGAGTATCTTTACTATACCACATTATGTTTTTACGGTCAATTT
TGCTTCGGAGTAATGTTTTTTGTTTTTTCTTTCGACCTACCATGCGCTATTGTTTGTCCA
AAGAGCTTAGGTACTTTGTTGTTAATTAATCTGACCATGAGTAGGATGGGATAGTGTATT
TTGTTTTTCGCAAATCAGGATGGGATGTTGCTCACCTGTGCAGGTGATGACTCGCGATGT
ACTAAGCTTTTATCTCGTCTTCTAAGCTAATATTGGAATTTATATTTGCACCCCCAGATA
TCTATATTTAACAAGGGATAAATCCACCTGTAGAATTTCTTCTGCAGTTATCTCATTTGT
TTAAAATTCAGAAACTATGACACTTGGATCTGCTTTTGTGTTCATGAATCGAAAACAGGA
GGGTGTATCACCCTTCTTGCTGGTGGCACTTCATTGTATTGTTTATAATAGGTTCGCAAC
ACTTAAGCTTTTGCAAATAAGTAGGAGGGGATATGACTCATCTTGCTGGTCATTCCATGT
TGGAGTTGCTAAACTAGGAATGCCATCTTCAGGGTTAGTCTTGCAGCCTCCTAAGTTGCC
TGAATTTCCTAAGCAATCTTGTGTAAAATTTTCAGGTGAAGCAGATCACAAGGGCTTTTC
AGGTGGTGGACGGGGAGCTCTCGTACATCGTTCAGATGGCAACAATCACAAACAGTCTTC
AGCCCCATTTGAAAGCCCTTCTCAAGAGGATCTGAGCAATCTCCTTGGGTGCGATCGCTA
TTGCAACATACTGTATCTAAGTTCTACTCCCTCGGTACCGAAATACAAGACGTTTTTGCT
GTTCAGGTACAGAGGTAGTAGATTATTTGGGAAACCTAAAATTTAGCTAATAAGGAACTT
CTGTGTATTATTGAGAACATGAAAATCTATCATTTGCGGGAATCTGAAGATTATTCAGGG
CTTACAACATTCCGCATAAGCTTATGATATTTGTTTCTGGCCTTACGACGATGTGTGTTC
AGTGAGAGGTGACGTTTTTGTTGACTACGAAGACATCTCTAACGATGTTGTGTCGGCTTA
GTGAGATGCTATGAGTGTATGTCCCCAGCTCTCCCCGTAGAAGCCATGCTGTTAACGCTC
GCCGGCCACTCACTCATGATGCCGCGCTCACCGCTAGGCCGCCCGTGCTCGCCAGCCACC
CGCGCCGCCCTGCTCGTGCTCGGCCCTGTGCCCTCCGGGAACCCGCCTCCTCCTGTCGCC
GGTTAGCTCACAACAATGGCCGGTTGCAGCAAAAACAGAGTAGCAGCTCACCATGGTCAC
CGTGGGAAACGCCGGTTCCAACAAAAACGCGGCCATCGTTCGCCAACGGTTGCAGCATCC
CTCATCAAGCGATCCCAGCATCGCCTGTTGGGGCTCCTGTCGCCATCGAGTGGTTGACCT
CCTTGATGGGGCGTTTCCTGCATCCTTGATGGGTAATTCTAGCATCGTCGTCCGCTGGTT
GCAGCAATGCCATTGGTACCCACAGACTAATTCCAGCATCATATCGCTTCGCCGGTCCAT
GGTTGCAGCATCCCAAGCCCTACAGGTCGTCCCTCACAGTCACAGCTCCATCGCATCGCG
CCCAACTCCGCTGGATAACGGTTGAAAATTCACGGCTCCAGCTCCCTCGTGGCCGGTTGT
CGGCTTGCCGTGATGCACCATCCCTATGGTGCACAGGGCGTGGTGATGACCATCGCCGGT
GCTCCTAGCCGGGAGGGGGAGTAGAAAAGGAGAGATACCCAGAGGGGACGAATATTTCTT
TTCTATTTTTTCTTTATTTTAACAAGGAAAACACCGCAGCTCTCATTCATAACGGACTGC
AATCTTTGTTCCCCCCCCCCCCTGTTGACCGTTTTTGGCCAGATTCATGCTATTCCTTCA
AGCCGACGAGCCTCCCCTGTAAAGGTCTTGTTCGCCGGCCGTCATGAAGTCCCCCCTCCC
CCCTTTCCCGTCAGCACGGTGAAGATCCCCTTCCTGTTCCTCACTTGCTTCTCCTCCGGC
GAGCTTGCTGCCATCTCCCACACCACACCTCTCGATACCCTCCCCGACCAAACGGTGATG
CAGACAGTGAGATGTTAGAATCTCTCATGACAGATGCTACAACCAGTAGGCAAATATGCT
ACAACCAGTAGGCAAATATGCTACAACCAACCTTTTTGTTTTGCTTCATTTTGGTTGCTG
ACAATACTGTTACAACCGTGCTAGTTAGAATCCCTCATGACAGATGCTACAACCAGTAGG
CAAATATGCTGCAACCAACCTTTTTGTTTTGCTTCATTTTGGTTGCTGACAATACTGTTA
CAACCGTGCTAGTTTTTTGCTCACTACAACGATGAAAAATTGCTACATCCTTCAAGGGAG
AGTCAATGGGCGGCTGGACACGCGATAGCCATGATAATGTTGGAACCAGCTTTGAGATTT
GCTAAAGCTGCAACCATTGTCATGATGCAGCGTTTTTGCTTCAAAGCATTATTTGCTTCA
ACCGTCGCAGTTGAGCTGCATCCACGGACATAGTTGTTACCGGTGAAGAAGTGGATGCAA
ACCGAGGAAGGAAAGGCGCAGGGGCTAACCATTTTTTCTCCAGGAAGAACGTGTTCTTTC
CCAGGACCCAGCAGCCGCATGGCTTAAGCAAACATTTGGATTGTATTTTGTTTTACATTT
AGTATTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAAACGATTTTAATAGATGTCTACATAC
GGAGCAAAANNATTGAATGTACACTCTAAAGTATGTTTGTCTATATACATCGTATGTAGT
TCATTAGTGAAATCTCTACAAAGACNNNNNNNNAGGAACGGAGGGAGTAAAAGATTTAAC
AGTATATAAAAAAAGAAATCAGACCTATTCCCCCTGTAATTTCAGAGGTTACTGTTTATC
ACAGGTGCTCCAAAACAGGAAGAGTATACACTTTCTCCTAGAATTCCATACGTTCGTACT
CCCTCCGTCCTAAAATTCTTGTCTTAAATTTGTTTATATATGAATGTATCTAGTCAAGTT
NNNNNNNNNNNATACATCCATTTCTAAACAAATCTAAGACAAGAATTTTGAGACAGAGGG
AGTATAATATATTTTCCAAAAGATTAGATTGGGGTTGGATGGAGAGGGTTATGAGACTGG
GAGACAGGCGAAGGGAAGTAACAATGGCATCACAAATAGAAACAGGATGACATAAAGCAT
AACAGGCAACTGTAGGGACATGCCTCCAGGTTTCAAAGATCCTAAAATCAGAAGACAAAA
TTACTAACAGATATCCGTTGCTGAATAGCCAAAATACAGATATTTGAAGTCTTTAATTCC
ACTACAGAACTACTGAATTCCTCAAGATAACAGTAGTAGTGCGATCAAGCTTCGGTCTGC
TCCCTCAAACGGCGGATGGTGCTCCTGACGGTGACCGCACTAGCCGTGCTGCACAGACAG
ACGTGTCACAAAATTAGCATAAAACAATATTAAAAATGAACAGATCATCTAGAAGGAGGC
CACAGCAGATGCTTACTTCATGGTATAGGCACCACCAGCCTTGACCTTCCCACAGTCCTT
GCATCCCCAAATTCCAACAGCTTTCCTCTTCACAGCAAACTGATTATGATACAAGTAGAA
GGCTATGTTTTAGACCACTGAATGGAACTTTCAATATTTCTAATAAAACCTTTAGTTAAT
AGAAAACCAAATATATGCTACAGAATTACTGGATAATATAGACGATGTACCACTTACTAA
ATATAACTCCCTTTCATGTACTCAGATTGCTACAGTACAACATAGGCAATTCGTGGTTTA
GGCAAGATGTACAATAAGATGGCATTTTTGTATGATGAAAGTACAATTACAATGGACAAA
ATAAAACCAAACTGGACACTTTTTGCTGCAAATAGAAGAGAAAACAGCTTAAACAACACA
AGATACTGCAGGATAACTACATAACAAGGTTAGAGCAATTGACCACTAACACGGCAAAAC
TATCACTGGGCTAAAAACACATAGAAAGCAGCACAAAATACCACAGCAAGCATCAATAAA
TATGAAGCTGCACGGAAAGCTCCTCGCTAGTTAGTGTACAGTACTACCCCAACAAACAAT
AACAATAACAGTTCATTGTATATACTCCATCTGTTCAATTGTACAAGACGTTTTAGACAT
TCAGACACTGCCTAAATCAGTGCAAAGCAAGCTGTCTGAAATGTCTTGTCAAAACGAACG
GAGGGAGTAGTAGATAGCATTCACACAATGCACTGTATGATCAAGTAGGTGACAGAAGAC
ATACCTTCCCGCAGAATTCACAGAAGTACTTGGAGTGCTGAGACACCTCCATCTTCTTGA
TCTGCTTACGCAGACTGGCACCATACCTGGTTCCTATAACATTGCAAGGGCTAATTTCAG
AAAATAGCAGAACCACATGAACAGGGAAAAGAGTCAAATGTTACAAGCGCATACCATACT
TCCCGACGATTCCAGCCTTCTTGGTGCGCTTCGTCTGAATAGACATAACAAAACAACAAA
TTACCAAGCAGCATAATAAAATGATCATAATACAATCAGTGAAGCAATTGCTAATGCATA
TTGAAGATTTATTAACTAAAGTGGCTGTGGAAAGCTTAAGTTCGACCAAACCAAAATGGT
ACATTAGATAAACAAAAAGCTCTGATATTACGTCCAGTCTGCACTCAACCACTTGAGCAG
ATGGCTCTTTTCTACTACCTTGCAAGCCACAAGCCCCCACAACACCATGTCAATGCAGTT
GGTGTACACTATGGGACTGGTTGAGAACCTGGGAAGTATCCTAAATACACCAGGATCTAA
GCGAATTGTAGAACACACCGATTGGCCCAGAGGAAGTTTGCATACAAAAACGCAAAGCAT
AACTGCGGGCTAGCACAAGTGGTGCAACGGTAAGCTCGAGAGAGCTCAACGTATGAGTAA
CACACAATCCAACTGCTGCGCCATGATTTCGCACCTAGAAACCCTACGATCTAGCAGGAT
GGATCCTAAGAAACGCCGCATCCAAGAGCGAAACGCTTTTCACTACCGCCATAGGTTGCG
CATGGAAAGGAAGTACGGGAGGAACGTACCATCTCGGCGGCGAGTAGCAGGAGGCGGCTG
CTGCGGCGTAGACGGGGAGATGGCGGCGCGCGTGCGAGGGCTCGGGCAAGGGGCGCTAGA
GAGAGCTTATATACCGGAGGCTAGGGTTTCCGTGGAAGTGGGCCTTCAACGGTTGGGCTA
TTACATGTGGGCTGGATAAAGTGCACATATATGTGGGCTTATCACTCCTACACATAGTGT
GTATTGCCTTAAAAAATAAACCTCCACATAGTAGCACACACTACGCGTGTGACGACGGAT
CATCCTTTGATCGGGGTCATCGAACGGTCCGACCCCTTCCTAGCCATCACAACAGATCTC
TTGTTGTACAAACATTTGCAACAGAGGTTTTATTACAAAAAATTTTGAACTTTTTAAAAA
CATGAGTTTCGTTGCGGAAAGATTTTGCAACACAAATGATGTTGTAAAAAAAGTATTTTA
ACTTTTTGTTAGCATGGCTGTCATTGCGAAAAGACTTCTACAACACATATGGCGTTGTAG
ATATTTTTGTCTTAATTTTTTTGCAACATGTGTGTTGTTGCAGAAGGACTTCTACAACAC
AGATAATGTTACAGAAAAACTGTAAGTGACACAAGCACACACGTTAGTTGTGGACGTCCT
TGCTAATTGTGCGTCGGCTCATCAATCTCGCATGTGATGGTTGCGCATGCGACGAAAGTG
AACGTGCGATCGGTTGGCTCACTTTAGTCTTTTCCCGTTTATGAAGCTGCCTAGAGATCG
TACGGGCGTCCAAACGAGCAGTTGTGGTCGTATGCAAGGCCGTCATCAATTCTGGATTCT
GGGAGCTCTTTTGTATTTTGGTCGCCATATCTTCATATGAACTCCAATTTTAACGTTTTG
GGGCTCGTTGGATTGCTAGAGAAAAGCCTGGTGCGTTTGTGTCCTTCGATATTCAATTTG
GACACTTTATTGAATGTCAAATCATCAAATAGCCCAGAGGGCCTTTCATCTCGTGGCTTG
AACTTGTCCGTTTTGACTCCCAACTTGATTCTTTTGATGTGCCAAGTTATAAGTGCATCT
ATTGCCAGAGCGCACAATTGACTTCCAAGACATTGAGCTCCACCCAAACCTTTCCTATCA
TGAGCATCGAGTTGCCATTCTCGAAGAGACCGAGCGCAAGACTCGCAACAAGTCTATCAA
ATTCCTCGAAGTGAAATGGTGACACCATTTTGATAAAGAAGCCACTTGGAAATGTGAGGA
CCTTCTCCGTTTCGAATATCCTGAGTTCTTTGAATCCTAGATCTCGGGTCGAGATCCTCT
TATAATGTGGGAGAGTTGTAACACCCCAAGTGCATTTCCTTGCCACCTTTGTAATATATT
CCATGTATGACCTCCATGTTTGTCCTCATGTGTGTTGGATTAATAAAATTGCTTCATGAC
ATTCAGCATGACATCATGGCATCATCACTATAATTATTTGTTGCATCATAAGCTTGTGTG
CTTGTTGTGGTGTGGGTGCATGTGTGGAGAGGTGTGTTTGCAAGTGAGTTTGTGGTGTGG
ATCATCTCCCAAACCCTTTTACCAAAACCATGCCTAAAAACCCCTTTTAATTCCAATACC
ATGAGATGTGGTGATTTTACTTACCCTAATCAATTTAATAAAATGTTTCACTTCCACCTA
ATAATCTGTAAGGAAATTTAAAATGGCTCTCAACCATGTTGTGCTATTTTTTTCTTTTGT
GTCTTTTGCTAAAACAGATTCCAATATTAAATATGTGTTATTTATTTGTTGCTCAAAAAT
GCCCAAAACATTCTTATTAGTTGGAGCTCATTTTTGTGAGTGCCAACCTATTTTTCTTTC
TTAGTAATGCTCTTTCAAACTACCTTGGTTAATTATTTTGTCTGCTACTTATTTTTAAAA
GGAAAACCTTTTATTCTTTTCGGTGAGGGAGAGCTGAGCGTAGCCGGCCTATTCCCAGCC
GCAACCCACCTGGGCCCTCCCTCCTTCACGACCCAGCTATCAGTGCATATTAGCACCAGC
CCAGCAATGGCTGCAACACAGCAAGCCCTAACGCGCTCGCCCGCGCGCTTTCGAGCATGG
ACGCCCGCACGCTTTCCAGCATGGACGCCCGCGTTGGCCCACCTGAAGCGACCCTCTCCC
GTGTTTTTCTTCCTCCTAAAGCCCCCTCTCGCCTCTTTGTAAAGCGAGCTCCGGCGTTGC
ACATGGTCTGTGTGCCCACGCGCGTTGTCTGTGCCTCCTATAAAGGTAGGGCCTCGCCCT
AGGATTCCATTCTTCCCTCTCTCCTCCTCATGCGCGGTTGCCAGCTAAGTAGCCACCATA
GTCATCGTCGCCATGGCCACAGAGGAACTCAGCTCCTCTCTGGCATGATCATCGCCACCA
CATCCTCCCCATGGGCTAGCACGAGGGCCTCGTCGTCCTTGTTGCCCCCGTCGTCCCCGA
TGTCCTCGCTCGCGCGCAAGGAATGAAGGAGTCGTCGTCGAGCCCTTCTTCCCCTGCGTC
GGACCCGAGCTCGCCGTAGAACCGCATCCCCATCGTCATTCCCATCGTCGTCGTCGAAGC
TGGGTGAGAAACCGTGACCCCGTCCCTCTCTTTGAGCATTTCAATGTGTTGGACGCCTCC
CCTTAGCGTAGCTCCGTCGGTGGCTATCATACCCGTGCGATCCGCTAGCGCCGCCGCATA
TTGTTCCCCCTTCGTGCATCGCAGCTTCGATTGAGGTCCAAAATGGATCCCCATCGTGTT
CTGCGTCCCCGCAGCCACACGTGCGCCCCGATGATCGTCGGAGGCCTCGCCGGTGTCGGG
CCTTGCCTCTCTGCTGGAGAGCAGAGTAAATGCACAACCTTTTGAGGGTCAATTCGAGTG
GCGCCTCTCTTCTAGCAGATATCGTGCCCTAGCCCATTGATTGTGCCCACTGGCTTTTTC
CGGGGAGACCCTGGTTCGACCCGTGCTCGCGCCGTGTAAAAAATCCCCCCTTTTTCCCCT
GCGTGTTGGGCTCTGACAGTGGGCCCTGGGCCCACATGTCATCCACAGGGGGTCCTAGTG
TCTATGCGAGTGGGTCCCCCCATGTGATTGTATTTTTTTTGTTTTTTTGTTGTTGTTTAA
TCTATGTTTGTGCTATTTCCATTGTTGGAAAAGTCTGAATCTAGACATGGCCAAATCTGG
CAGCTGCCATTTGTGGCAAGTTATAACTTATAACTTCTATGTAGTTTTTGTGTGATGTTT
TGCGTGTGATTTCTCTACAGTAACATAGGAGCATGACATATGATTTTGGGGTAGAAAAAT
CCCGAGATTCCAGTGGTGCCATTAGTTTGGCCATTGGAGCAACATTGTGAAAAGTCATTC
TGTGTTAAGGAGTCGTTTTGTTATTTTTGCATGAATTAATCCTTGCACTATTTGGTAAAC
TTGTCAACATGAATGTGGTAGTGTTTTGAGGGCACTAGTCCCTGGTAATTATGTTTGTCA
TGATAAGCTTATGGAATTGTGGGTTTCTTGTTGTCAACATGCCAAGATAATATCATTGTT
TTCATATGCTCAAATATTTCTAAGTGTTGAACCTGTTATTTTCTTGCCATGTTGTCTTGA
TGATTTCCAAGAGTCTGTTGATCCTTGTGGTTGGTCCAATTCCATGAGTGATAATGCTTG
TTGCCCTGTGTCAAATGGTGCCATCACCTTGCAAAATAGGTTTTGCATCTTAGTTATTAT
CCCAATCAAATATGTTATGATGTTGTAAATTGTTGTGATTCCCCTTTGTGATATTTGACT
AAGTCTGTGAAAGTGCTCTTATTATCATGCCATGTTTAGAGGATGCTACCATGAATTATG
TGTAGTTTGAGCTCATGCTTAGTGGGAGTGATTTGTAGCACTTGTTGCCCTTTATCATCC
TGTTAAATTTCATGCCATGAAATTTGTAAAGAGTAGAGTTTTATTGCTGCCAACTTGCCA
TTAGGTTAAAACTGCTAGTGCAAATTGAGATTTTCACTAAGTCCTAATCTCTGATGTTTA
TTGCCATGTTGGGAGCTTGGTTGCCAACAATCTATGAACATATCCACGTCATTGTTAGCT
AGGGATTTTTGTGCTCTTTGATAGCTTCATATTCGTGTCTTGGTTGAACTTTTTGAGTGG
TTGTATCTACTAGTTTTCACATGAACAAAGTGGTATGTTGTTGTTTGTGGACAGATTGGT
TGCTAAGTTGTTTCGTGCCTTGTGTGTGTTGTGGTCCTTTGTTTTGCATGATATTTGGGA
CTATTGCACCTAGAATTTCATGCCCAATCTAGTGGCATACCTGGAGTGCCAAGAAATTGC
CCATAGCTCTCTCTCAAATGTTGTTTAGTCATTCTTGCCTTCCGTATCATGTTTTGTGAA
TTCCGAGAGATCTGTAGCCCGGTTTGCGTCATTCCTTATATTTTTTGCATCATTTTTTCA
TAACGCATCCATTTCTGCCATGTTCATGCATGCCCAGATAAATAAACTTGAGGTTCTGTC
CGGAATGCTAAACAACTTAATAAATGCATGAGAAAGATGTCAGTCTTGCGAGTACTTTGG
ATGAGTACTCACTGTTGCTTTGATC