Map Locations of contig_41142 (13455 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_41142

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_56778 3 3559 bp MLOC_56778.1 Available Available LOC_Os04g38870.5, FRAME:+2, EVALUE:1e-168, 13104.m03746 protein 14-3-3 protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_56778






Contig Sequence (13455 bp)

>contig_41142 13455 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACAAGATAATAGCATGAAATCATCAAGAAATATAGATACGTTGGAGATGTATCAATGCCC
CAAAATTATTCTATAATGATAATATATCAACATGGAATGATAAAAAATTATATATACATT
GGATACGTATCAGTTACTAGTCGTGTTGATTACATCTTGTAATTGATGCTTGTTGGATTA
CTTGGTGGAAGATATTACGTTCAGATCCTTAATCATCATTATTATATCTATGATGTTGAA
CATGTTGATGAGGTGTGAGTAGCTACTTTTTTTCCTGAGTACATGGGAGAAGTCTTGTTA
TAAATAATCGTACAAAGTTTGTATTCATTCGATATTTTGATGNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNGTGTCATGTGAACGTCGACTACGTGGCACTTCACCATGTTATGGGCCTAAA
GGAAGTCATTATGGAGTAACAAATAGATGATGNNNTGCGAGAGTGACAGAAGCTTAAATC
TCAGTTTATGTGTTGCTTCATAAGGGTCTGATTTGGATCCACATGTTTNNNNNNNNNGTT
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AGGTTTCTAGTTCAAGTAAGAACATCGCCTTAACACCGGTCTACCCACATATCAAATCAT
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TGTCCTCGGGGGCGCTTGCTTTATATAAGAGAACTTTTAGGCTTGTCCTTCGCTATAAAA
AGGATTGGGCTACCTTGCTACACATTTTCTACTATTCTTACTTGTCACTTGTTATGAATT
ATCTTGCTACAAAACTATCTATAACTGTTACTTACAGAACTTGCACAGAATTCCTTGCTG
AAAACCACTTATCATGTCCTTCTGCTCCTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNTTGATCCCATATACTTGTGGGTCATATGTATCTTCATGAGACTCAATTATAT
CATTGTCCTCACCCAATTTCTCCAAGAGATCAATGAAATGCTTCTTGGACTCACCTTTGA
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CAAATCCATCAAAGGAGTAGTGGTTATAGTAGTTGTAATTTTGGAGGTTACCTTGTTGGT
GGACTTGGCCATGAGGCACTTGGCGATGGGGATGTGATACTCATTGGGGAAGCCGGAGAG
TGGTGCCGAGGTTCGGAATATGTGGCAATGGCATGGAGGCTGTTGTAATCCCTTCTCCAC
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TGGAGTAATTGGGCTTGGAGTTTCTCTTGTTTCCCCGAAATTGCCTTGACGCGGGAGCCA
TGTGCTTGTGATGAGCATATTTGGTGTCTTCGGGGCACCCCTCTTCTTCTTCCTCTTCTG
AAATTACATTGTCCTTAAAAGCAATGTTGGGCTTCTTTGGCCGTTGGACACGAGCTAGAC
CTTGTCGACAACCTTGTTCAAGATGTTCATATCAACGAATTCATCACACACTTCACTTGA
GGACAAGGTGTGGAAGTCTGGTCTTTGATGGAATGGAGGAGATGCCTTTGTTCAATAGCA
TGATGACCTTCAGAAACCTGCGCTTGACCCAATTTTCATATGTGTCCTTGCTCCCATGGT
CCCGGAGTAAGATGATGAGAGTAGTCAATCTCCCGTAAAGCTCACAGGGATCTTCATCAT
CATTCATCACAAACTCATCGGTTTCGTTAAGTACCACCTCAAAGTTGGAGCGTTGAATGC
TCGATCTTCCTCTATACAAGGAGTTGATATGTGCCCAAGCATCCTTGGCTATAGTGAAGG
GCTGCAAGTTGGCAAGCTCTTCGAGAGGAATGGTGGCTTGAAGAATGAACAATGCGGAAG
CATTAACTTGGTTGCCCACTGATACGTCTCCAACGTACCTATAATTTTTTATTGTTACAT
GCTATTATATTACCAACCTTGGATACTTTATATGCAATTATAAGCTATTTTATATCATTT
TTGGGAACTAACCTATTAATCCAGTGCCAAGTGCGAGTTGCTGTTTTTGGCTTTTGAGTA
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AGGTGCGCCGAGGGGGTAGGCGTGCCCTCTTGCATTGTGGGACCCTCATGGCTCCGCCTC
ACCTAATTGCACCCCTATAAATTCTCATATATAAGTAAAACAACATAGATCCACCCGAAA
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GTGCCTCGTCGGAGGGGGAATCGATCACGGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTGCCTCCA
TGATGTTGTGTGAGTAGTCCACCACACACACCTACGGGTCCATAGCTAGTATCTAGATGG
GTTCTTCTCACTTTGTTTCATCTTCAATACAAAGTTGACCGCGATTCCCACGGTGATCTA
TTCGATGTAATCTTCTTTGTGGTGTGCTTGTTGGGATCCAATGAATTGTGGGTTACGATC
AGATTATCATGAATATTATGTGAGTCTTGTGTGAATTATTTTATGCATGATTATTATAGT
TTTGTATTTATCTTTGATCTATCGATTTTGTTTGGCCAACTAGATCGATATATCTTCAGT
GGGAGTGGTGCATTGTGATGGGTTCAATCTTGAGATGCTCAATCCCAGTGACAAAAAGTG
ACATGACACATATTTTTATTGCGGCCGTTAAGGATAAAATGATGGGTTTTGTTCATATCG
CTTGATTTTACTTTGTCGACATCATGTCATCTTGATCCAAGCATTACTCCGTTTCATACT
TAATAGTCCACTTGCATGCTGGACAGCGGTCGATGACTAGAGGAATAGTAGTATATGCAC
GCAAGAGTCTGTGTACTTGCTTCTAGACGTGATGCATATATACATGATCATTGCCTTGAA
TAAGATGTCATAACTATGCACTATTATGTCAATTGCCCGACGGTAATTTGTCTACCCACC
GTATGCTATTTTCAAGAGAGAAGCCGCCTTTAGCAAAAACTATGCCCCCCGAGTCTACTC
AAATCATATTACAAAAACTACAAAATATTGCTGTCATTTATTTTCTATTATTTACTTTTA
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ACAACTCTCTTGCCCGCGTTNNNNNNNNNNNNTTGGTTTTGTGTGTGTAGGTGCTCACAA
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TCCTCTTCAGGGGAAATCCCAACGCAATTTACAGGTAGCATCCACTTATACTCTTGGAGT
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GTTGTGATTCAAATGAGTCTTGATACAAAAAACAATTAGGAAAGTTAGTTAAATCAAGCT
TGGGTGGAGGCCCATGAGATCTAATATGAGGCGAGGGCACCGGTCCATCGTAGACCGGGG
GGGCAACCGTCGCATGGGTGCCCAACCCATTCTTTCCTTGAGGAGACTTAGGGATCAACC
ACTTCCTTGGGAGCGGTATGCAGTTTGAAACTCCAAGGAATTTGTTTAGTGTGTCCTTGA
CCATGTCCAACATACGATTTGAGAGAGTCCATCGCCTCATTCAATTCACCACAGGTGACC
ACAGTCTCGACCGCGATCGCGGAGTTATCTCCATCCGTAATCATGTCGTCAAACGTACTC
TTTAGGTCGTTAATCCCCTAAAAGAGACGTAGCTCTCATACCAATTAAAAGGATCGATAA
GGTTGACTAGACGAGGTGGTGAATAGGAAACTACCATTTTTTAGCTCGTTTAATCAAATT
ATGATAACAACAAAAATGTTGTCTAAATATGCAACTAGTTGAGCGACCTATATGATGCTA
ATAACAACTACAACATAATCAAGCAAATTATTCAACACAATAATAGCTTGACCAAAGTAA
AGGTAATAAATAACCACAAGTGGAGCCGATGGAGACGAGGATGCATTACTGATGTTCCTT
CTCTTTGAGGGGAAGTACGTCTCCGTTCGAGTGGTGTGGAGGCACAATGGTCCCCAAGAT
TCCACTAGGGCCACCATAATATCCTCATGCCCTCGCACAATGCAAGATGTCGCAATTCCA
CTAATGGTGCCCTTGAAGGCGGTAACCGTACCTTTACAAACAAGGTTGGGGGAATCTCTA
CAACTTAATTGGAGGCTCCCAACACCACCACAAAGCTTCACCATAATGGATTGTGACTCT
GAGGTTACCTCTTCCGTCTAGGGTGTCCAAACGCCCAAGAGTAACAAAATCCAAACAATA
AGGTACGAGGGAATCAAGTTTCCTTTGGTTGAAGTGTAGATATAGGTCTTCTCCTTCAAT
CCCTAGCGAATCAACAAGTTGGGTTCGCTAGAGAGAGAGAGAGATCGGGCAAGAAAGCTT
GAAGGAAATTAATGGTAGAGATAGAGGCAACACATATGTGGGAGGTGGAAGAAGCACCCA
CTTATATAGGTGGCCACAAATCCAACCATTACTGTGATTTTTACACTGCGGTGGTACAAC
CGCTTGAAGCACCAGGACAACCGGGAATCATGGGATACCTTGTAGTGTACAACCGCATGG
TGTACCGGTAGTACCGGTTATACTGGAACTACCGGACTGCAACCGCATTCCGGTGGCAGA
CTGGTGCAAGGATCGGTGGAACCGGCTAACAAAAGTACTTGGTGGTCACTAAATCTTGAG
TGGTACAACCGCTTCAAACACTAGTAGTATTGGTTTTATCGAAACTACCGGGAAACAACC
GCCACTAAACCAGATAAGGGGATACCCCATTCTGGTGGTAGAGAGGTATTGGGCCGGTAC
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CCCGGCGATACAACCGATTGAGACCTTCCTGAAGGGTGCATAACCTAGGGCATCACCCTC
ACGGCAGTGGTTGTGACGGAAGTACTGGCCAAGAAGGTACAACCACTTGCTTGTAAAAAC
ACAACCCAACAGAGATATGAGGCACTCTCTCCTGGGACGAAGGGATGTGATGGGTGCAAT
ATGAGTGGGTTCGTGCGTTGATTCACCTAGTACCTTCTAATGAGAATTCTCTCTTAATAG
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GTCCGGAGGGAAGACCTAACTGTCTTGTGCCATGAATATAACCTGAGAGCTCACGCACAC
AATTAGTCCACAAATCACGTCGTCATCAACATCAAAACACTTAGGGCAGGAGATGCCCTT
GCACTAGCATGTACCATAGAAGGTTCATCTTACCAGGGTCCTAGAAGCTTATCACACTTT
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ATTAGCACTCCAATGTATGTTTATTTGGATTAATGATCAGGCATCACGCAAAGTGTGTAG
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AAATGCTTATTAATTTAGAATTGCAAACATTTTATATATCTTCATGTATGGCACCTCGAG
TGCATACGTACATTGGGTACAATAAATAGAGTACATTCTAAAAATTGGTGTTACTCCCCG
AGTCATATTAGTTGAGCATCAAAACGATATAAGAACTAACGACATCAGAATGGTTGAGGC
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CATGGTGCAGAATCGAGAAAGATTGCCACACCTTTGAGTCATTTTAGTTGGAGGATGAGT
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GTGGATGCCACACTCCGCGAGCACGTCGTCGTCCGGGTGGACATCACCCTCCGTTAGCAC
GTCGTTGTCCGAGTGGACGCCGCCCTTTGCTCGTAATTTGTCCTTCACGTGGACGCTAAC
ATCTTGGTTGAAGCCGTTGTGGGTGACCTCGTGCGCGCCACCATCGAGGAGCACGTCGTG
GGACGGATGGACTCCGCTCTACGCGAGAAATCCTTCCTCCGCGTGGACGCTAATACATTG
GTTGAAGCCGTTGTGGACGACCTCATGTGCGCCACCATCAATCAATGTGGTGAGCATCGT
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ATGAATGGGAGGAGAACAAGAGGGGAAGTAGCTGATTAGATTGGTGGAGAAAAGAGAAGG
AGACGAAGAGATAGCAATAGAATGGAAATGAAGGCAAAGTTGGAAATAAATGCCCAAATC
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GGTGTATGGTGCGTCGTCTCCTTATAATCCCTTATTTGTTTTCTTATAATTCGTTATTTG
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ATTGGGTAAGTTATTAAAGTTGGATTCTGATCTCTTGTAACTTGGGGAAGTGCTAGTTTG
GAAGAAAATAATGGAGAGGAAAATAAAGCGGTGGATAAGAAAACCAACATGGAAAGGGTG
GTGAGAGGTGATGTGAAAATAAACCACTGAGATAGAAATAAATTGCGGTACCAGCCTACC
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ATGTTATTGTTTTCTAAAACGCATTGCATTGATGGGAGAGATCGATTTATCGGGCAAGTT
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GAAAACAAAAATAAAAATGGTGGATAAGAAACCAATATAAAGAGGATGATGGAAGGTGAC
ACGAAAATAAAACGATGAAGTGAAGATAAACCGCATTACCGGCCCATCAACCCGTTTAGG
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GTAGGAATATTTCCATTGGGTCTAGATTCATGTTTGTTTTTCTTTAAAATGTAGAGGATA
TGATCCAATCCTATGCAATAATAAGAATCCATTCCTTTGAATTAAAGGGCTCTAAACAAA
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TTAAATAGCCCTCCACGTATTTTCAGGATTTGGTGCAATTTAAGACAGGGTTGGGCTGTC
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CCGGTTATCCCAAACGTTTGAGGCCGGTTTGAAAGACTCGTCTGAATCGATTTTTTATGA
TGGGATAGTGATCGGCCTACTCAAACGTTTGAGAGGGTTTGATGGTCCAGCTGTACATGC
TCCAATTCTTATGATGTTCCTTCAAACAAAAAAAAAAGCTTTAGTAGTAAAGATAAGTAT
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CGAAACTGCACTGATTTTTCTGCGAATCAGGCCTGTCTTCGTCCGCGTCGGCGGGGAGGG
AGACAGCTAATCCATCATCATTGTCTAAAAAAAAAAAACTAATGCATCATCAGCGCGCCC
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CGCCGCCGTCCCCTGCGTCACACGCACACCACGTCCACGTGAACCCAGCCCCCGCCGCGC
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ACACCCGCCGAAATAACCTCACGCGCATCAACCGGACCCACCGAGCAGGGACGGCGGGGT
AGGACCGCAGCCCGTGACGAGAGGCCTTTTCCTCCCTCCCGCGCCGATCCGGTCCAACGA
CGCTAGGCTGTCGCGGCGGTGGTCGAGCTTATCGGCACGACGCGCCCGGGGCCCGCCTGT
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ACGCGTCGGGCCGCCATTGGGCGCAGGGGCCTCGGGGGGTTGCTTTTCTAGGCCCCCCCG
GGCGCCGCCTCCTCTCCCCAGTTCGAAAGCCCGAGGAGACCAGCGGCGACGCAGGCGCAA
AACGCAGGTATACCCAGCCGCTGCCGTTTCCTCCTCGAATCAAATCTCGCCTCCCCATCC
CTCAATTGTCCTCCGATTATATCGTCGTCGTTCGACTAGATCTTCACCGGTACCCCCGCC
CCTTCCTTCTCCCGCCCGTCATCCTGATCTGCGGTGTTCTGACGGGATTTGTTGTGCCTG
AATTCCCGGCTAAATCTGTTGTTTCCTACTACAGAATTGTTACCGTGCGCAGTGAATGGA
GTTGTTGTTGGTCCGTCGCGATCTATCCGCGACTGGTTTGATAGGATTTGCCGCGCGTCG
GATCCCGTCCAAGCCTGGGTTTGGTGTACGTTTTGCATGCGGGATTTCGATACTTCGTTC
GTTTTTTTCTCTCTCGTGTTGATATATTACAGCAGATTAGATCCGATGCTTTGCAGTATT
GCAAGGTTTGTATTTCGCTCGGATATGCAGGGCACAGTCGTATGCATAATTGGCCTTCTT
AATGTGCCAGTGGACAGTATATATAATTCAAAATCAAACCTGTTTTCAGTATTTGGGGGT
ATATCCGAAAGAATTACAGTTTTTTTGTCTAGTATTGTTTTCCTTGTGGAATTTTGTCTA
GTAACATGTGTACTTGTGCGTGGATCATAGATTAATCATTTCAGAATTGTGTATTTGTAC
ATACCCATATCAATATTGAGAGAAATATGATTTGGGGCGAGCAGTTATCTGACTGTTGTT
TTTCTCTTTGATCCTGCAGATTTGGCATTCAGAAAAAATTAAAGCAGTAAACTGTGAAGA
TGTCGGCACCAGGGGAGCTTTCCCGTGAGGAGAATGTGTACATGGCTAAGCTCGCCGAGC
AGGCTGAGAGGTACGAGGAGATGGTTGAGTTCATGGAGAAGGTGGCCAAGACCGTCGACT
CCGAGGAACTCACTGTGGAGGAGCGCAACCTCCTCTCTGTTGCATACAAGAATGTGATTG
GAGCCCGCCGTGCCTCATGGCGCATCATCTCCTCCATTGAACAGAAGGAGGAGAGCCGTG
GCAACGAGGACCGGGTCACACTCATCAAGGAATACCGTGGCAAGATCGAAACTGAGCTTA
GCAAGATATGTGATGGCATTCTCAAGCTGCTTGAAACCCACCTTGTTCCGTCTTCCACTG
CCCCTGAGTCCAAGGTCTTCTATCTTAAGATGAAGGGTGACTACTACAGGTATGATGCCC
TGTAGAGATTCTTCATTAATTATGTGACTGTGAATTTTCATTTAGCTGAAGCAACTGTGA
TAAATAGGTATCTTGCGGAATTCAAGAGTGGGCCTGAGAGGAAGGATGCTGCTGAGAATA
CCATGGTGGCATACAAGGCTGCTCAGGTTGATCACTTTGTTTTCATATTTAACAATGTCA
ATTTGTGACGAAGAATTATTCTTCTGAATCTGTTCAATGTTCCTTTGGGATTTTATAATA
TGTTCTACTTCTCTTGCTTAAAAAGGTTTGGTTTGTTGTATAAATCTATCAGGATATTGC
TTTGGCTGAGCTGGCTCCAACACATCCGATTAGGCTTGGGCTGGCACTAAACTTCTCAGT
GTTCTATTATGAGATCCTCAACTCGCCTGATCGTGCTTGCAATCTTGCAAAGCAGGTAAT
ACATTCAGATCTTATCACAAATAGATCAGCAACAAGTTGGCTAATATTTGATCCAAATCA
TATATTGATTTTGTCATCTTTACACTGCCACCTTCTGTGTGCTGTTTTGACCACACAATA
ATATAGCAAATTTTTAAGTGCGCACAAGGGATACAATTGTTTTAAACATTTGGGGGTACA
GTACACCATCGTGCAATTATCACACCTTATCTACATAAATCTTCACAACTCGAGAAATAA
TGCAGTCTGGTTTTCGTCTACTGGGCAAGTAAATTTGATATCCCCTTACTATATTTTGGC
TGCCACTCTTTGCTTGTGATCATGGACAGTGCAATCGACCATTCAGATTAGTTGCTTTCC
TTACCACTTGGTCACCTGACTTCAGAATCAATGGAACTTCCATAATCTTTAGCTGTAGTC
CGGGAGACAACAAAATCCTTGCATTGTTTGTCAACTGTGGTTGTTGAGTGTGCCCACTGC
CCACAAAAAGAAATATGTGGTCACTGGTGTACCTAATCTTGTGTGATTATATTATCATTA
AGTATCTCCCCCTCATATTATTGGTTGAACGCCGGTGTTTGCTGTACTAGCTGTTGTGAC
TCATGAATACGAGTTTGTACTTACCTGTTCTCCATGCCTTTTATATTTGGTGTAGAAGTG
CCTTCTAGAGAATAATAATTGATAAAAATAATCTTCCACAGTTGTAGCCGAACATGACCA
ACAGTTCGTCATGAAGTGCCAATTTTCTTAATAATTATACTCTTTGATGCAAAATGGAGT
ATTTTTATTATATTATTATATATAACTTTTCATTGTGAATTTCATTTCAAATATGAATTC
TTCTGTCCCATTTTGGACCTCCATCTCCAATTGTATTTTTATTATTTATTATAAGCTTTG
GATCTTCCTTCAGACATGTTTTGCAACTTGGCATCATGATGATGTTACATATGATTCTAC
AGGCATTCGATGAGGCCATTTCGGAGCTGGACACACTAAGCGAAGAATCCTACAAGGACA
GCACCTTGATCATGCAACTCCTTCGTGATAACTTGACCCTCTGGACTTCCGACATCACGG
TATCGTCGATTCCGCAAGCGCATCTTTTATCTTGTCGTTTTCTTCGAAACCATCCTCCTC
CCTTGAACAACCGTAACCGACGCCTTTGGCCTTTATATCAGGAGGACACCGCGGAGGAGG
AGATCAGGGAGGCTCCGAAGCATGACTCGAGCGAGGGGCAGTAAAGCCGGCTTTGCGACG
CCCCGCAAGCTACTAGCTAGTGCTCGCTACTGTCAATGACGTTGCATGCAATGTGGTCTG
GATCGTGTCGTAGCCGTGTGTTATGGTTGTTGTTGCAAGATTTGGGGCTCCCCGTATGTG
ATGTTGCCGGGGAAGGTTGTGGTCGCTGCCTGTAGGCGGCTGCCTCCTGGTCTGGCTTGG
GGGGGAGCCACATGCACTGCTGGTGGTCGTGGCCGTTCGTATTTTCGTTCTGCCTTAATG
TTGCTTCTTATCGTGAGTAGTGGTCCTGTTTCGGTTCGCTTGGTGGCTTTTGGTGGGGGG
TCTCGTGGTGAATCTTGCTTTGAGGCTGGCTCATTTGGGGTTGGACGGGTTGTTTTCTCC
GGGCAAGGTTGAAGCGCTGACAAAATGGGTTAATTAAGCGCTGACAAAATGGGTTAATTA
AGCGCTGACAAAATGAGTTAGTTAAACGCTGGTTTATTTGAAATTCAGAAACAGACGTCC
TAGCCTATCTCCTTTGTCTCCTAATTCCTGAATCCAAGCTGCTATAGGCCTATAGCGGTG
CCTCTGGCTGTGCGATCCGGGCGCAGTTCGGCGGAATGCTTTTCTGTAAGGATTTGCGGA
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TACGTGGATCAAGGGAAAACAATCACTCGTACTGCGGCGAGAGATCAAGTTCAACATGGT
CACGCTTGGATGCTCTCTTGTCTCCCCCAAGACATCTTTATCATGGATGAGAACATCACA
TGATGTTGTGATGAGCTCCGCTCAATATATCTGATTGAAGATCCTGCGGGCTAAAGCAAA
GCAAGTTATCATATGAGGCATGTTTGGGGAATGTAGTAGTAATTCAAATAAATTCCTACG
CTTCACAAGGATCTA