Map Locations of contig_41112 (10525 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_41112

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_56756 3 4839 bp AK249796.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_56756






Contig Sequence (10525 bp)

>contig_41112 10525 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AATCTGTTTTCACATTCCTCACTCCGAAAAACTGCTATTGTGAAACTTTGCNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCTCAAAAGGAATTTCT
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CCGCCACCCATCGCCGCCACCGCGGCTCCCCTCTCTTCCCCGCCGTCTCCACCGCGTCCG
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CACCCAGATCCAGGGACTGGTTAAACCCCGCTGACCTCCACGATCCGTCGGCGCGCGCCC
GGCGACCCAATCCAATCATCCAATCTAAAATCCGCGCCGTGTTTCGCAGGGGTCTCGGGA
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AGGGGGTTTGGTTTCGTGACCTTCACTTCGTCGGAGGAGGCTGGAGCTGCCATTACTGGA
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GCTGATGAACCTCATGCTTTGCTTTATTGCTGTTCTACGTATGCCTTAGTACCTGATAAC
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GAAGTTGAGTTTCTGTGGTACCATAAAACAGCCGGCTCTAATCTCATCCAACAAAATAAA
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TTTCTGTGGTACTGTAGAACAGCCTGCTCTAATCTCGTCTAGCCAAATAAGGATAAAACG
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ACAAAGACTTGTTTTTCTCTGTGGTTGAACACAAAGTAACATTTATTAGTTTTTTATTTT
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GACCTGCCCTGACTGAGTGACTTGCATATTGGATAGTTTTGCTATTTCACTGGAGATGGA
GAATATTTATATGATGTATCTTCACATAAATTGTACACAATTGCATTATATTGCTAGAAA
TTTGGTTTGCTACCTAATAATAGGACAACACTACTCTAAAATTTGCTGTCTATAACAGCG
TGCTATCTCCATAATACTGGATAGTTTCTCCTATGGAATTTACACAGAAAATTGATGCCA
AATGACCATCATGTGAGGAGAGGCGCCATTATATACCAGGTATCCTATGGTCGCTTGAAG
TTTTGGTCTAACTATCCAGCCTGTTGGTGCTGAAACAAGGATAAAATGTGGGGCAATTTA
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AAATGTTGCCATTTCTGGAATCTAGTAAGGTCAAATATAGACTTCCTGTTGTTTGCATTC
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AAAGATGATTCTGAAAGATGCTTCTATTTCCTTTGTTCTGGAGCATATATTTTGTGCTTC
GTAGTATCTCAACTTGTGTAGTGATGCTTTCAGTTACGGGGAGACAAAGCTGCAAATACA
CCCTAGGACTAGCACTATCGACTGGCCACTGTAACTGCGTCTGGTGTATTATCCTGTCAT
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CAGCAAAGCATAGTTTTCCTATCTGAGGCACGCCATGCTGTTGGCCCGGCCGTCTGCTTT
TGGGCAGCTAACAACTAGGATTGAGAGTTTAGTAGGAAGTTTTGTAATTGCATTTCCTTG
CAAAATTCCTTGGCAACTAACATGGTTGAATATGGCATGCTTTAGGTGATGAATGCAGAA
CGGCATTGCCTTGCTGTTAAGTCATCACTGAACAGTATTTGGTCTTGTGTGCTGAATGCT
GGCAATACAGTTTGAACAGCAAACAGATAGTATTGAGGATGCTGTTAGGTCAGATTGAAC
TGCGAGCAGAACAGCGTTGCCTTTCTGTTAAGTCAGCACTGATTAGTATTTGGTCTTTTG
TGTTGAATGTTGTTAAGACATATTGAACAGCAATCATGTAGTGTTGAGGATGAGAGACAG
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TGGATTTATCATTTTTGAATGACCTAACTCATTCTTCCTCCAAAAGGATGGATGAGTAAT
AGAAATTTCTTGAGTGGCATTATCAGTCAGTTGATCTTTGTTTTTCTGTAACAGAATAGT
AGTGTTATCCCTGTCATCTTCTGGTTTACTATATGCTACGGTGTGAAGCTAGTTTAAGAT
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TTAGTCATAGTTGCTGTTTTGTTTGGTTTATTATTCTTTCCTCATGCATGTGAACTGTTT
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TCTGCAGGGTCGGATAGTGAGGGTGAGCTATGCTCATGACCGTGGTAGTCGTCCAAGTTT
TGGCGGCGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCTATGGTGGCGGTGACGGTGG
TTACAGTGGAGGAGGTGGAGGCTACAGCGGAGGTGGTGGATATGGAGGTGGAGGCAGAGG
TGGCGGTGGTGGATACAACAGTGGTGGCAATTATGGTGCCCCTCAAGGCGGGCAAGGTGG
CTATGGGGGCGATGCTGGTTTCACAGGGGTTGGTGGTGGTGGTGGATACAATGCTGCTCC
TGCCAACAACTATGGTGGCGATAGCCTGAATCAAGGGGGTGGAGCACCTCCTGCATTTGG
AGGTGGAAACTTTGGCGCAGGCAATGACAGCTACGCGGACGATGCCCCTGTTGATCTGCC
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TGGTGCTGGGGAGGGGGAGGGCGCTGGCGTGGTTGACGTCGACACCAAGGAGGATGACTT
TCTTGATGACGACTTGAGCAAGGATGAAGATGACTACGTCAACAAGAGAAGCTGAATCCA
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GGTATGTCCCGTGATGAAGATAATAATGTAGTGCTTGCAAACAAGTTATGTTTGGTCTCT
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CTTGAATCTGAACTTTGCATGTATTGGACACTGAAACTGCATTTTCAGTAGCTGCTTCAG
TTGCTATAGTTCATCGTTCATAGTTCAGTGCTTTAGGCGCACTTGCATAGGACAAGCAGG
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TGGGGATCCACCCCTAATTGGCGTCTGGCAGAAACCATACGAGCTTTTGAGGTCTGCACG
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TATACATGCCGCTCCTTCCCTTCACCATGCTTTCCCACTTACCTTCACAAGATATAGATG
TGATTTGTGTATGGTTTGGGGGACGTGGAGTATATGAGCTCGAGCTCATATACTCCCGGA
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AAATATAGGGCCTATATACTCCCGGATGAACAGTAATCGGTAAATATAGGGCCATTCAGC
TTCGCTTTAGAAAACGTAAGCCAAACGGGATAGCTCCACGATATACCGCTTCGTAAAAAA
AACTAGAATCTGGGGTCCAACTCCTTGTTTTTTATGAAGCTCTCTAGGAGGTGTTCTATA
AAATTATAGAAGTTGGAGTTGGAAGAAAATTACCTACCACTGCCACTAGTAAGTGGATAC
CCTTTCGTTTCTTACTTCTCATCCAATCAAATAGATCCTTTTCATCAAATTTTCCATTCG
TGAAGCTGGAGCTAAATGAGAGCCAGACATTCTCTTGAAATGGTTGCAACTCCTATATGA
AACTGCTTTAAAGTGGATTTGATGAAGCGGAGCTGATTTTGATGGAGCAAAGCAGTTCCA
AACAGGCCCATAGTAAAAAATACCAAAAAAATCTGAAATTTTAGGGCATGAAACATTGAT
GTTTTTTCTACAGAGTGCAAAATTTCATGATGAAATCACATTTATGGAGGGGTGGAAAAA
ATATAAAATCAATGCTTCAAAAATTGTGTTTTTAGAAGCATTTTGGAGCATCAATTTTGT
TTATTTGTCTACACCTCCAGAAATGTGATTCCGTTATGAATTTTTGCACACATGTAGGAA
AAACATCAATGTTTCTTGCCACAAATTTTTGGAATTATTTGAATTGTTTTACTATTTTTT
TGGATTTTACTGTTCATCCGATAGCATGTAAGCTCGAGCTCATAATAGCACTTTCGATGG
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GCAGTCCGTCGCGACAGCTCCCTCCTCGCCTTTGAGATGATGGCACCCTGCATCGGAACT
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CCTGAACTAGGATCACCATAAATTAATAAGTTAGAGATGTTGCACAGTACCCCTTGGGTA
TATAGATAAATTTTACTTCCTCCGTTCTTAAATATAAGTCTTTTAAAAAATTTCACTAGG
GAATTACATACGAAACAAAATGAGTGAAACTACACTTTAAAATATGTCTATATGCATCCG
TATGTAATTCTCTAATAGAGCCTCTAAAAAGACTTATATTTAGAAACGAAGGGAATATTT
GAGTATATTGATGGAGGATGCAGTCTTAGAAATGAAAATACGCGCTCCCATTGTGCGTTA
GTATTTCACAATTGTCTGCTATCCTACTGTTGCTTCCTGTAGGAAACTATGTGCAGTACA
TGCCAAATTACCAAAAACAATCCAATTGACGAACTGCTTTGTTCATAGCTTTCCTTGTTT
TTGTCACACTATTTTTCAGAACTTGAGCTAGGTAGCAAAATTGATGTTGCTTGGCATAAC
TGTCCTCTTACTGGATTAGCTCATATCCTTACGCCTTGCAGTGATCTTCTTTGGACATTA
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AAACTATGCTAGATTAACTGGAGTGTCAATAAATTATCCGACCCAATTTTTTTGTACTAC
CGAGCTTATCTTGCTACTTGTTCCATTCCTTTGCTTCACTTGTAGTTGTGGTCAGATCCA
GTAGACTGGAATATACCCCGTCTTATTCTACTTTGTTGTTTGTATATGGAAGTACTCCCT
CCGTTCCAAAATATAAGACATTTTAGAGATTCCATTAAAAGACTACATACGAAGCAAANN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCCGTATGTAGTTCATAATGCAATA
TCTAAAAGGTCTTATATTTAGGAACGGAGGGAGTAGAAACTAGTACTCCCTCCGATTCAA
ATTAATTGACGCACAGTTAGTACAACTTCATCAATTAATTTTGGATCGGAGGGAGTAGAA
GAAAATGAAGATGGAATGGAAGGTTTTCTCTACCGCCTTGTGTAGCACAGCAAGCTACAT
AGGATGGTAGTGGATGGTCTGTCTTCCATTCCTATCTTCTCCGGCTCCAGCGCCGATGGT
TCTTCTGCCGAATTGATGTAGCTGAGCCAGCGGCGGGCTTCAACAATGATGAGGATGGGC
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GGATCTGCTGGAAACGGCTGCAAGAAGCAGATGAACGTTGGAAACCTATCCAAGGCCCAT
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TGACCATTGCTGCTCTCTGTATGTATGCGAATTAATTTTCCATTTTCTCTTGCTAAATTA
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CCGGCTGCCTATGTTGGATGGGTGGGAATGATGTACTGTGTACCTATAATGAATTAGTTT
AACAAATAACAATGCCTTGAGCAACTATACCTTTTACTGGTTTTATCGCTTCATCTTTAT
CGTGCACGGTTTATAACATGTCAATAGCTTGAAATTTTCCTATTTCGACATGACATCTTG
TTCGTTGTGTTGCTGAAGGTCCCTCTGGAACATATCCTGTAATACTGAACTTCGAGCTCG
TGAACGGTAAGACATGAAAAGTTACCTGAAGGAGTAAATTTATTTTGTGGGGTACCTGAA
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AGGAGAGGAAAGGCATAAAGCTAGCCCCCAATCCGGTTCAGGTTCTGGTGCATTCTCAGT
GTCCGATAGCCAGTGCAAGGATAAAGCCGGTTGAGAGATACTATCTTGCTTGATAAGGTG
CAGCACCTGAGCTTTACCAAGGTAACTGTTCTGAAATACTCTGCGATTTCGCTCCTTCCA
AATGTTTCAGCAGGTCTACTCACTCCGTTCCTAAATATAAGTCTTTTAGAGATTTTAATA
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CTATGTATCCATATTAAAATATCTACAAAAACTTATATTTAAGAACCGAGGTAGTATATG
GCAGTGGTGACAAGATCTGAATCCAAATGGCATGCCCGGTCATTCCACCATGTTAGACAA
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TTATCTTATGTAACTACCTCTATCTCTATCTTCCTTGTACTCCAAGTCTATCGTTTAAAC
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TCTAGTTTCTAAACATCCATCGCCGCACCACCATGTCTTCCTCCTCAAGCTTCCCCTCGG
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CGCAGATCACGCCGCAGCTTCGAGGTGCTGGTTTCTTCGGCTATGCCGATGGATCAGCAA
AAGAACCCACCCGAACTGTCATCAGCAAGGCAGCGGACGGGAAGGAAGAAACGTCTCCAA
ACCCCCTGCATCAAATCTGGGTCAGGGAGGATCAACAGGTACTAGGATATCTGTTGAATA
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CGGCGCTTGCAAGCATGTTTTCCTCGACATCCATGTATCGCATCAACAACATACGCATAG
CCCTTGCTAATGCGCAGAAGGGACAACAATCTGTTGCGACATACTTTGCACAGATACGTT
CCCTTGCTGATGAGCTTGCGGTTGCAGGAAAGCCGCTGGATGATGATCAACTTATCTCCC
ACATCCTCGCCGACCTCGACATGGAATACCAACCCCTGGTGTCGGCTCTCGACGCCCGCA
CCACCCCTGTCACGCTCGATGAGCTATTTGCTCAGATGAGTAATTTTGATCAGAGGGTGG
CGCTCTACCAAGGCAACGGTGGAGGCTTCAAGTCCTCTGCTAATGCTGCCTCCCGTGGCT
GCGGCGGTGGCAATGGAGGAAACCCTCGATACCGAGGATCGCCACGCAGAGGGAAGAACA
ACAACACATCGCGCGGCAACAACGGCAACAACGGGCGACCCTCCTACAACAACCCTAAGG
GTCCCCGCCCGAAATCCTCCACCAAGTCTCGCCCCGACGCCGTCAAGTGTCAGATCTGCG
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CCTAGAGACAATAATAAATATAGTT