Map Locations of contig_40871 (10611 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_40871

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_56476 1 466 bp AK366750 Not available Available None





CDS Structure of MLOC_56476






Contig Sequence (10611 bp)

>contig_40871 10611 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CAACGCATGGGCCCTTTTGCTAGTCCATCTTAAATATGAAAAGGATACGCGGGCTTGCGG
ATGTGATCAGGCATGTCCGGTCAGTCCGCCACATAGAACGTGACCCACCTCGGACCACTT
TTTTCATTTTTCATTATTCTTTTCTTTCTCGATTTTTCTCTTTATCAATCACATGCAACT
GAGTCGGTCTTTCTACCATTGTTAGAAAAAGGAAAAAACAGAGTCAATCTTCGTATCAGT
TATGTCGACTATGTTAGAGTTGCTCTTGATAGTACCACACTGAAAGCTTAAATCAAGTTT
AACAAGCAGAACATAAGTAAAAGGAACCGGTTAACATGCAATCATCTGAATTTCTAATCT
GGTTTGATCATTTTTCTTCTCATGCCGTGTCCAACAAAGTTTTTTTTACCATAAACAACT
ATATTCCTCATATGATAGCCATATCATTTACAATATGTGAAAGAATAAAGTCAGAGGCAT
TGGAGTCGCAAAATTCAGATAAACTAAGACTAAAGCAGTACTTAGCTAAACAATCAGCAA
CAAATTGATTTCCCTTCCGCAGTGAGCAAAGATGACATTTGAAAAGTCCATCAACACCAA
ACTAGTCTCGGTAGTGATTGACACATCAGGACCCATGTAGGCATCAAGGTCGGAAACTGG
CTCCAATGTATTTAAACTATCGGATTCAATGACTATATTGGAGCACCCGATATTTGAAGC
CACGATAAGTCCACAGCGAATAGCCTTCATCTCTGTCGAAACGGTCGATCCTACATGAAT
CAAAGGTCAAGTTGTCACTGCGATAAAATTACCCTGGTCATCAGTCGCCACAGCTCCGCA
AGCTCCTACCAAGTCTCCGTATGAAGTGACGCATCTACACTAATTTTCACACAACCCGTC
TCAGGTTCCTTCCATATTTGATCAGATTTTGAAATGTCTAATTCGAAGTATTTGCACGGA
TGAAGTTTGTGGTCAACCCGAATTGACACAACCGTCTTATCAGGAGGTTGCACGGGCTCT
CCTTTCACCGCTTGCCTCCTCTGCCACTAGATATAGCACATGGGAACAAGGATCAACTCT
GCCACTGGTATTTCATGTACCATAGTTCGAAGTTGTAGGAGTATCTCTAAGTTAATAGAA
CCAGAGTGATCTTGAGCTACAACATGCGTGATAGTTTCTTCAAGATTGGGCGCAGACCAT
ACCTCCTTAGCCATCGTGCATGTGAAAATACAGTGTTGGATATCCTCAAGGCCAACTTTG
CACAACGGGCATTGTGGAATCAGGGGTGTGTGTCTACCTGCAAGGACTCCAAATCAAGGT
AAAACGACCTTAAGTACCTTCCATCTGAAGTGCTTTATGTTCCCCGGAATTCTCAATTGC
GATAATTCCTTCCAAGTTGGGTTGATTTGAGACATCCCGGGACACTCTGAACAAGAAAAT
TGGTTTCCAAACTCGTGATTGAACTCCACATGGTAGGCCGAGCGTACTAAGAAAGCACCT
GACCTAGTAAATTGCCATGCTACAAAATCTTCTGCTACTTAAACTTGTAAGGGGATTTGA
TGTATTTTGTACACATCAATAGGTAGAAAGATGTCACGAGGAGTTCACCATCCCACTGAC
CCGTATGCGGGTCGGTTAATTCCTCCACTTTGGACAACATTGTTCCTCCTCTTGGGGTAA
AAGTTTTCCTTGACTCGCTAGCAGGAATCCAGGGATCATCCCAAATGTTAATATGTGATC
CCGAACCGACACGCCAAATGCACCCTCTCTTGAAAGTTTGGATACCTCCGATGATACTCT
GCCATGTAAACCATGAACCCTTCTCTGGACCAACACTCAATATATCACCATTGGGGTAAT
ACTTGGCTTTCAATACTTGCGCACAGAGAGAATTAGGTCTTTGGATATGCCGCCAACGCT
GCTTTGCTAATATAGCAAGGTTAAAGTTGTGTAGGTCTCTAAATCCTGCACCTTTTCTTC
ATTGGAGCACACATTTTCCATCATGTAAACTAATACATTTTATTCTGTTCCTCTCCATCT
CGCCACCGGAAGGAAAGAAACCAAGGGAGGAATGACGTGTACAGCTTATGGATGCACACA
TGACAATGAAGTGGTTCACGTAACCGACTTATACGCGGTACACATATGTGTTCCTGTGGA
CTAACGTTTCTTCACATCAATAGGCTAGTACATGACAAAAAAAAATTAAATATGAACAAA
CTATTTTGTAAGGGTGAATGAATCATGAGAGTGGATTAACCAAAAAATAATAAAATAATA
AAATTTAAAAGAAAAATAGTATTATCCAACTTCGTGTAATAAAATAGAACATAAAAAGGT
CTAATTTCTCTACCATCTTCTTCCCCCTATACTAATACCAGAAAAAACTGAATATTGAAT
TAGTGGCATTAGTATTATCCTAAAAGAAGAAAGGAAATGAAAACTTGGCACGCAATTTAA
ACATAAATTACATTTTTTTTATAATCTGCAAGGAAAAACATATAGTGGAAGTTTGGAAAT
ATTTTTTTCTAACAAGGAACAAATTAGTTGCATTAGTATTACCCCTAGGAAAGAAAGAAA
ATTAAATAGAAAAAAGTGAGAATCGGAAAAATGAGTTTTCTATGAAAAATGAATTGGAGA
CATCGATATTACCCTTTAAGAAGAAAGGAAATGAAAATAAATAAATAAATAATGGGCAAA
AATTACATATAAATTACATTTTTTAATAATATGCAAGGAATACATATAATAGTGGAAGTT
TGGAAGTAAAATGGTTTCTAATGAGGAATTAATTAGTTACCCCTATAGAATAAATACAAT
GAAATAAAAACTAAATCAAAATTAAAATAATGAAGTTTCTAAAAAATGAATTGGCGGCAT
TGATATTACCTTTAACAAGAAACAATTTGAAAAGTAAAAAGTAAACGATGAAAACATTTG
CACAAAATTTTCATAACAATTGCGCTTTTTAATTATGTGCAAGAATAAATAGTGGAGTTT
TCACAAAAAAGGAAAGTTTCCTAAAAAGAAATGAATTAGTGACACACGTATTACCATTGA
AGGTAAAATTAAATGAAATAAGAAGTAAAACTAAATTAATATAATGAATTTTTCTTGAAA
AAAATAATGAGTGGCTTTGGTATACCAAGGTTTGAAAAAATGGTAGGCATAAGCGAGGTG
GTTGGCCTTTGCCTAGCGTCTAAGAAGTGCTTAAGCGCCATAGGCATGGCCTAGGCGGTA
ATATAGTTTTCACTATTATGATGTATCTGTGGTTATTATATATGTATATTATCTTAAGTC
AGGGCATATATAAGAATTAGTTACCAGCTAGTGCCATTGAAATATGGCTCGTTCTGCATA
TTAGTGCAATATGACATGATTCCTCTCTTCGGTAGACAATTTCTGGTTTGCCATGCCTAG
ATTTTTTGCTTATGCTCTTGGAGAGGTGGTTGGCCATCACCTAGCGCCTAGACGTGCCTA
AGTGAATCCTAGGCATTGTCTTTTCCAACAGAGTGTATTACCTTATAAGAAGAAATAAAA
ATAAAAAAATAAAAACAATGAGATTTTCTAAGGAAGAATGCATTTGTATTAAGCTTTAAC
AAAAAATAAAACAAATCTAAAGCAAACAATGAACAATTTTCACAATATATACAAAGATTA
TGCTTTTCAAAAATATACAATAATAAGCATATAATGGTGGATTTTTTTGAAAAGAAAAAC
CCTGAGAAGAAAGGAATTATGTCACTGGTATTACCTTAAAGAATAAAAGGAAATAAAATA
ATAACTAAAAGGCTAAAATAATAATGTTTTATACGGAACAATGATTTAGTGACATTTGTA
TTACCTTTTCAAAAAAGATTAAAAAAAGTTGCAAAAACTTTGAATTAAAACTGCACTTAT
TTGTAGTATTTAAAAAATCACCATATAATATGGCAATTTGAATACATATAATGTTGCATT
TGTGGCTATATATTTAAACTCACCCACCATCCCAGAAATATTCACAAAAGAAAATGAATG
GAAATAATTAATGAAGAAAATGAAAAAACAAAAGCAAAAACACATAAAACATACAAAAAA
ACAAAGTAGAGAGAGGGGAGCACTTGTCCGCATAGGTAATGGGCTTCAGTGGTTCTTCAG
AAAAGAGGTAATTGGCTTCAGCGCATTAAGATATTGACTGGTCCAAATATTAGACAAACA
AAGCAAAACAACTCAGAACAACCTAGGAAAAAGGGTGCACGAATTTCAAAGAAAAATCAA
TGGCTAAAAAACTGTATGACTCAAAATCTATTTTCGACGACTTACATATAGCTAAAGTGT
AACAAAAAACAAACAATATGATAGAAAACAGGAAGCTATTATTTTCAACCGACTAATTAC
ATCTCACGCTTCAACCGCCCAATATGTACACCAAACGTCCCTTTAGGGCCCACCCACCAC
CCATCATTCTTTACCTCCGGCAATGGCACATGCGAGCCACTCATTCCCTTTTCTATCTTC
TCTAAACGAGACTACCTCGTCTCGATCGTTTCTTTCTCTCCGCCATGAACGTGCACTCCT
TGTTCACGCCAAGGACACGCTCTCCAAGCAAGATGTTTGCTCAAGCTTTGTGTTCTCTAG
CTATTATTGCAAAGCTAACGACGGTATTGTGAAGTGGGGATGGTTGTTGGTTGCTGCCTG
AGATGGCAACCTCACCGGCTTAGCTGGTGCCACGATGAACGATCAAACACTCACAAACAT
AGCTAGTTGGATACGGAACGACACCTCGGGGCATCGGCGTAACTGGTGCAGTGTTGTAGC
TCTCATTAGTGTTGTTAATTGAAAGGAAATGGTTAGGCAGAACTGCAACGCAACACTCGT
CGTCACCGCTACTACTGTGATGGGGAACACCTTTGCGGGGTGTGATGCAACACTCTAACG
GGGAAAGTTGCTGTGGAGGATGCGATGCAACACTCATTGGCATGGCTGGTACTGCGATGT
AACTCTTGTCGCCGCTGCTATGAAGGGGCGGAGTGTAGACTCACCAAAGATAGCGAGGGA
TGGATCCGACGGCTTGAGGCATGACTGATTTATGGTTGATGCCTAGCAGCTCCATAATTA
TTATTATTTGTGCATAAAAAAGAGATATATCATCTGTTGGTGTTGGTTTTCTGGTCCAAA
ATGTCGCAAAGAATAGGATTTTGCGACATGCTTTAAGCACATGAAATATACTAGCAAAAC
AGCGTGTGCATTGCAACGGGACAAAAAAAATCATACTCTCGAATGGTAATGACCACATTT
TACTACATTATGGAGATACACTATCACTCTCATATTTCTGAAGAAATTGTGAATAATTTT
TAAAAATCATGCACATTTTTCTAAACACATGATTTTTTTTTAAATTCGCGGACATTTCCT
AAAATCAAGAACATTTTTGAATGCATGAAAATTTTATACTATTTGCAAACATTTGTTAAA
AAATGAATATTTTCTAAAACATTTTTCTTTAATCGGCGAACATTTCTAGAATTGACTAAC
AATTGTTTAGGATTTGATTAAACAATTTTCGAAATTAATGATCATTTTTTGAACTGCATG
ATCTTTTTTGATTCAGTGAATATTTTATGAATCAATAGCATATATACTATAATTTATGAA
CAGTTTTTAAAATTTTGGATATTATTCAATATGTGAACATTTTTTGGATTATCGAATTTT
GTAAAATTTCCTAAACATTTTTAATATACAAAAAAAACTCATGAAAATATTTTTATTTCC
CGAGCACTTGTTTGAAAATTTACGATTTCTTAAATATTAAACATTTTTTGAAATTTGAGG
ATATTTTTCGATAAGCGAATATTTTTCTGATTGACGATTTTTTACAATTTCATGAACATT
TTTAATATATGAACTTTTTCAAAAACTCAGTAATGTATTTTTACTTACCGATCATTGGTT
TTAAAATTTGTGAATATTTCTTAAAAAATGCAAACATTTTATGAAGCCACAAACATTTAT
GAATTAATAAATATTTATTTGTATTTTTTTTAAAATTTTCATTTTATTAAATTCTCATAT
TATTTAAAGTAGAAAAAAACGTAAAAGAAAATTTAAAAATTAGAAAATGGTCGCCCATTC
ACGGGCCAGGCCAAACTGACGTGCTCTGTCTTTTTCTATTACATAGAGCACAGTACAGGA
GGTTCCTATATGGGCCAGCCCAGTCTGAGATATTTCTGTGTGAAATGTTTTTTATCGCTT
ATAAATAACATTTATGAGTAATATTTTGCAACATGAAGAGTAATTTGACTAACAGACGAT
CACAAGCAGTCCGTGTTTTATTATTACTAGCAAAAATGCCCGTACGTTGCATCGGGAAAA
AAAAATCATCACACCCTTTGACCATAGCCTGTTACATGACTAATTGTTTGATTTATGACC
CACATCAACTAATCTCAACATGAAGAATTATGCTTTCACCTTACCATCTTTGCAAAATGG
CTAACAAATGTTTGCATTGTTTGGTTTGCGACTTTGTTTGTTTTATTCTCACCTCCACCT
CCACTCATGGTGGTGTACTTACTTTCCAGTGTTAATGCGAGTCATATGTACTCTGAGATA
CATAAGTACCGGGAATCTATTGGATTAACTGTTGTAACCAGCTTGTTTTAAAAATAAAAA
CTATCGTGGCCAGCTTATTAACCAAGAACAAAAAACATGGATAATTAATTTCCTAAAGTT
AGGAATTTTTTCTCGTGGATTTATAACAATCTTCTAAAAATCTAGATCAGTTTTATCCTA
AATCCAAAACTTTGTTCTTAAACCTAGTACATTGTCATGCTTAATAAAACATGTCTTATC
TTAATATACAAGTGGTCTTAAAAAATGTCATATTTTTTCATGCTTCAGAAAATGTAATAT
AATGAAAGGAGTCGATGCATTGCAACGGGAATTATTTGTTTATGAACATGTCTGATTGTT
TGGACATGTCCATCTCTTGTTTTTATAGGGGCAGTAGATTATTTTCTGTATAGGTTCATG
TTGCATGGGGCTGCGGACTAAGGCATCTTATTTTCCCCGTGGATTTGACATGTGTTGGCA
ACACACAGAGCCATCTAATCAAGATCAGATTGAAAGATGAACTATTTTGGTCAAGACTCG
TCGTGTTATAATTCTGTACAAATAAATTTGCACTATGCAATTAATAATTTAGTGATCATC
AATATCTCTTCATAATGATTAATGATACATCAACAAGTTTGTACAATAATAATAAAGGTG
GGACAAACTTTGTTATGCATTTACATTTGTATAAGCTTGAGCAATGAAAGAAATATAAAT
TCATGAGATTTTGTAAACTAAAACTTTCTAAACTTAGAGATGCAAAAAGGCGTTGATCTA
CAAGAGCAAGATGTGACGATGGCATCTAATATTCTATCTTCTAGGTAACCTTTATCTTCA
GAGGGGACAAAATATTTCTCCCACAGTGTTTTGAGATTTATTCCAACAAATGTCCTGTTG
ATTTCTAAGTTAATACTGATGTTAGATAGAGGTGTTGCACTGAAAACATCACATACTGAA
AACTATAGGGTAGTTTTACGGATAGGATAAGAAAGACCAAGCAAACCTATAATCTGTGAG
TCCCAAATGAAGTGAGATACAGTACTCCTGATTTGATTCATCACCGCGGTGCAAGGCATG
CCCTCCATATTGAAATTTTTTCAGGGTGACCAAGAGTATGAATGCTAGTACATGGATATG
CAATTAAGGGGATAAAGTAAGACCGATAAAAACAGCATAGTAGAAGTCCTAATGGCATGT
TTTATCTGTAAATGGAACACTAAAAAGAAATATATTGCAATCACATAAGTTCAGATGTAA
AAGGAACACTAAGCAAGTTCATAAATAAAAAATGTGGCTAACTTAGGTTGAGCATTGGGA
AAGGAAAATAAAAGTAAAGATCCAAATTTATGCCATCTGAATGACTTGCAACTTCCTTTT
CAAAACAGTCAACGACGGGACATCATCCCATCTGATTGGAGTTCAGATTAATTACTGAAA
TAGATCGCGGTACGGAGTATCGAACATAGGGAACTCCTATGTTTAACAAACTCCAATGCA
TCCATATTCCACAAATTGTAGGCAACATGAAACGCTCCACCACATTGCACAACTCTCTTG
TGAGTACTCAGTACCAATTTGGCATAGAGCAGACTTCTGAATCTAAATTACATAAAATGG
GAGTAACACTATTGGCGTCAAGCACAAATTGCTCATCACTAATCAAGTGTGCATCCATCT
TTGACCGAAATCAAGTGCATACATGTATCACCAGAGCAAGTAAATAGCTTCCAGAATACA
TATCCACAAAGAGGTCGTGCATACCCGAAACTTGGTACCGTTGTAGAGCGACGGGTTCTG
TTGGAGCCTCTGGTTCCATATCTGCAAGACGAACAGAGATGAACAATGGCCCTTACTTAA
CATGAAGCGAGCACACACGATTAGGATTAGACACACCACCTCGCCTATAGACTCTTCCAG
GGATGCGTTGGGGTGGGGGGTCCGGTCGAACGACGGATCTAACCCCACCGAAACCTTTGT
TTGGCAGCGACGCTAGGTTAGTTAATACAATACCATGGGAAAAATCTGCAACGCAATCAA
ACCTCGTTGGGGCGGGGTTGGGGAGGGGTTACCCGAGATCCAGGGAGGCCAACCACCGAC
GACCTGCACCCGACCTGCCCGAGTCTTCCCCTGCTTCACCTCACCGTGTGGTCACCTCTG
CCCCTGCTCCAGCTCGCCGTGCGGACAGAGCTGAGCTGCCGGCTGCGGACGTGTGTGGAT
AAGAAACCGCGGGGAGGGGTCAATTTGCAAAATTGAAACATTTTTTTCTAGATCCACTTA
TATAGAGACTGCGGGTTGAATACATAAAATAGCAGGGGCGTTTGTGTAGAAGTGCGACGA
CGGACGACAAAAGCCATCAGTGCTTTATTAGTATATACTAGCAAAAGGGCATGTGTGTTG
CACCGGGTATAAAAAAATAAATATAGGCTTAGACAATTAAAATAAACTACCACTAAAAAC
AACATTGCAATGGGCTCGTGAGTTACGCCGGGTGTAAATAGCTTTAGATATATTTCACTT
AGCTAGAAAAATAGTTGGAAACTAAAAATAAAATTAAATCGATGGTCATGGCTGGCTGTC
AATTAGTATTAGTGGTGTACAACCAACAAACAAGAAAACTTGCTACTTAAACTGCTTCTT
GGTTAAAAGAATAGAACCCTTAGTTCTCAGATTTAAAGATGGACATCAACATACACATCA
TGAGCCAATCTTAACTTCATTAAGATGTACGTATAACACTATTTTCAATTGAGTCACTAA
TCACATGCATGCTTAGTTAGTGTACCCTTCTAATTCTTTGTTGTAGATTCTCAGGAGTGG
AAGTATTGCTCCTCGCTCTTGCTCTATGCATCACTTAACCTCTCTTAAAATTAGCATTGG
CCCACTTTTTCTGAAGATAGTTTCTTCCAGCAAATCCCTGCATATACAGATGTTCTTGAC
ACCTAATGGTGGAAGGTTTATTTGCATGTTTACCAAGTGTGAGGAATCAGTCAAACCTGG
TGACCTGGCTTGGGGTGCAGATAATATCAATCAATGTATCATGAACTAGCATCTTCTCAA
CTGGAATGTCATCCATTAATTGCTTTTCATGTACTGTACTCGTAGATACTAACACTACTG
GATCCGTGATTAGTTAAGGATTATATGGACAACATATATCACATAGAAACTAACAACGTG
TGTGCTTTTACCATTGCACACTAAGAGCCCATGGCAAGAAGGATCATATCTTATAAAACA
TTCTTCACCTTGTATACTCTTCGTTGAATTTATCAGTTAATCCACATTCTCATCCATGAA
CGCATGCATCATATGAGAATTTCAGCAAGCACAAAATAGCTAAATAAAAAAACTTTAAGC
AAATAGAAATCCAACGAACACAGAAGAGAGAATCCCTCACCGTTCACATAACGAATAAGG
TCGAAGAAGACATGACACATGCGGCTATCGGATTGCATCTTCTCGAACATGTCAGGTCCA
TGACTCATGTCGACCGACCTGTAATGCTTGTTGGCCCACCCCTAGAGCTTAGGTGGAGAC
CAAAAAACATTTGCACATGGACCAGAAAAAAGATGAAGACTTCGATACATATGGGATCCT
AAATCTCTCGGTGTCAAATGGAGTATCAGTCTAATAGCATCAAATTATTTGAATGAATGG
ATGTACTACATAAATCCATTAACACTCACAGTTGATTGGATGAATGGAGTATCTATCTAG
TAGGATTAAACAACTGATCCTTTACTGGTTGATTAATTAGTGAATCGATCATTTAACCGA
ATCTTTGCTTACACATAACCAAAGGTATTAGATGTATTCACATCATTAGGCCTTAAATCC
ATTTATAACTATGCAAACAGAGAAAGGTCCTCGTGAATAAAAAGATAGAGAAAAAAGCTT
TTATGAACATTTCACGTATGAGCCTAAAATTACTGGAAAATCTGTCAATGCTAGTAAACA
GGAAAGTTCACTAACATTAATGTACCAGTAAAGGTGTAATGTTAAATCTAT