Map Locations of contig_40407 (11084 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_40407

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_55944 2 1351 bp AK362230 Not available Available None
MLOC_55945 1 890 bp MLOC_55945.1 Available Available LOC_Os02g40490.1, FRAME:+3, EVALUE:1e-48, 13102.m04513 protein conserved hypothetical protein





CDS Structure of MLOC_55944






CDS Structure of MLOC_55945






Contig Sequence (11084 bp)

>contig_40407 11084 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAAAATCAAAACATTTTTTGGTATTCTAAATATTTTCTAAAAATTAAATTATTTTTTAAG
AATTCTAAACACTTTTTAAAACACATTGTCACTCGCTCATGCATACTGACTAGCAAATGG
TTGTTGAGGTGTTCTCTTTTCCCGCATGCTAGGAAGGTATTTGAACCGAGTTCATGCATG
TTGAAAAAGCCACGCCCAGGCTACCAAACACCAAAAATGAATTGAGAAGGGAACTTTTAA
GCGCATGCACCTTACCAAACACACCCATAAGATCCAGTACAGGTATCATGTATTCCCTCC
TTCGAAAATAAGTGTCTCAAGTTTAGTATAATTTCTGTACTTTAGTATAAAGTTGAGACA
CTTATTTTGAAACGGAAGGAGTATGATGTATGTCAAACACGTTGTAGCATCACTTGCTTC
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AAGTTTTAATCGAATTTATGCTGAGGCACAAAGTTTGCTATTACGATAAGCCCATACGTA
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CTGCATTGCATCCTTGTAAAACAAGAACGACTAGAGCATCTAGAAACATATCAGCTCTTG
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ATTCTCTCGGCCAAATCTCATAGGAAGCTTTTTGCGCAATCACTTTCAGTTTCTCCACCT
TGGCTTATAGCAATGCAATGGTACTAAATTTTGAACATGAACTCTTCTTAGCTAAAGTTG
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TTCAAAAATAGTAAGACTCTTCCCTCTCATGAAAGAAATCCATACAAAAAATACGAAAGT
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CTTATGTATAATAGTATAAGTATGCAACACATAATCAAATTAGCCTATTGCAGCTAAAAT
CTGCAAACAGTTCACGGTTCAAAGAAGCATAGTGTATTAGACTTTCAGTAGATGAGTCAC
ATCTACACAAGGGTACCACCATACCAGAGACAATGAACCAATCACAAGGTACTTGAAGCT
TTCGGACGAAGAGAAGCTTTCGGACGAAGAGAGGACTTAAAAATAAATAAACACTCGATC
AAGTCAAATGGACAAAAGGCTTAAGCGCAGTATCTTGAATTCGTTTCATTGAAACCCAAT
CTCTCTTTTCAATGAAATGAAACGCAAAGGTCCATTGCGTTTTCCCGAAAAAAAAGCCCA
TGCTAAGTTTTAGCTGATAGCAATACAACAATTATCTTATCTTAACACGTACACACCGTT
TCAATGTTCCAAAATCTAACCAGATTCTAAGTTCAGCAAAATACCCACCACCACCAGTAC
ATTATTTCTTGGCATTATTCAGCATGTGTTCCCCACAATGACCCAGCAATATAGCATTAT
TCGTAGTAGCTGGATGCACATATAGTTGCATTTCTTACTGCAAGGCTGCATTACTATTCT
TGTACATCATCATTATTAATATTATCATCACTCCTTTAAACATCGGACTGGTGGTTCATC
TAACATCCTACCTCCCCTCCAAAGCCAACTCACTGACTGGTGGGGTGTTCTCCATGATTT
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GGTAGGAATATGCTAAAATATATTTCAATAAGATTTGGTTATATGAAGTATTTTGGATTA
ATAATATATGAAAAAACTAAAGATACATATTATTAATATTGTATAGTTGAACAATATTTA
TTGAATAAAGGTAGAGTATCTTGGGTGGCCTTTTGATGAGGTGACACGTGTGCATGGCTT
AAGTGTGCATGTCGAAATGAATAGAATTAGTGGGGATCAAATAATAATAATAAATAATTC
TCATGCATATTGTCATAGGCCTTTGATGATGTGTCGTGTGTGCATGTTAAGATAACAGAA
TAATAATAAATAATTCTAATGCATATTGTCGTGGGCCTTTGATGATTTGTCGTGTGTATG
TTAAGATAATAGAAGTAGTGGGGATGAACTATTTAGGTATATAGGATTCGAAGAAGCTTG
AATTACGGTCAAAATTGTGTGTTTTCCTTGGCTATAGCTCTTATCATAAAGTATAGAAGT
GTTTGGATAGGTCCACTAGTCGTATTTTTATTTCTCATCATGTGATCTATGAAAGGGTTT
TTCCCTTTGCATCCAATGTAGCTCCTGATATTTCCTTACTCATCGAGCCCGTTTTGTTTC
CCTCCTCCGAACCGGTCGTTCTGAATGCTAGTATGAGACATTATGATTTGCATTATTTGC
TTCCTATAATCCTGCTGCAGGTCCAGGTCCTCAGCTGATCGTTGAGCCTCTAGTGAACAA
TCCAAGAAATGTCCCTACTCTGGCTTGTCCTCTACCCCCGATGCCTTCCACGCTTGCGTG
TGTTAAACCCACCCCAAGATACAAGGATCATGCCACCCCGTCGAGCACATCGACGCGTAG
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TCATTCTCCTACTGAGCTTCCTCCGTCTCGGCTCATGCTCATGGACCGCCTACAACAGCA
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GACACCATCCGCTACGACCACAATTGATGCGCCTTCTTTGCCGAGTTTGTCTCATACCAT
GTTGCTCGAGGTGATCCGTTGTGGCGGTCGGCTACGAAAGACGAGTTTGCGGCGCTCCGC
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GGGTGTTTACAGTTAAACAACGACCCAATGGCTCAATCGACAAGTACAAAGCTCGCCTCG
TTGCCAAGGGTTTTATGCAGTAACGCGGCATCGACTACGTCGGCTCTTTCAGTTCCGTTG
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GTCAGATTGACATCAGTAATGCTCCTTCATGCTGTTGTCCAAGAGGATGCATATATGCAT
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ATATATGGACTTAAACAGTCTCCGCGTGCTTGGTACTCACGTATGAGTGATCGGCTTCAG
CAGCTTGGCTTCATTACATCTATTGCAGACACATCTTTGTTCATCTTCTCCCATGGCAGT
GTCACCATCTATATGTTGGTTCATGTCGATGATATTGTCATTGCAAGCTCTTCTGACGTA
GTAACAGATCGTCTTCTTCACCAGTTGTCTGCCACCTTCCCGGTTAAAAATCTTGGCCAG
CTTCGATACTTCTTGGGCATTGAAGTGGCTCAAAATTCCAGGGTCATTGTCCTTGCGAAT
AGATGTACAATCTTGATCTGCTTGAGCGCACTCACATGACAAATTGTAAGACAGTTTCTA
CACCCATGTGTGTTCATGAGAAGCTGTCCTGTGACCTCAGCACTCCTCTTGGTGAAACTG
ACATTCATACCTACCGGAGCGCTCACACTTCTGCTACCTTACATTGACTCGGCTGGATAT
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AGCAGTCAAGAGGATTCTCCATTTCATCAAGGGTACAGTAGCTACTGGCCTACATATTCA
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ATAACTGGAGATCCACTGGCAGGTTCGCGGTTTTCTTCGGTCCGAATCTCATATCTTGGG
AGTGCTAGGAAACATATTAATTATTTCCAGATCATCCACTGAGGCAGAGTACAAAGCCCT
GGCAAATGGTGCTCCAGAGGCTTCTTGGGTTCAGTCGCTTCTACGAGAACTTCATGTCCC
TCAGCCAAGACCTCTAGTTCTATTGTGTGATAATTTCGGTGCTACGTTATTAACTGCAAA
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GGTTGCACTTGGAGCTTTGGAAGTCCGCTTTGTGTTGTCAGCAGATCAGACCGCTGATGT
CTTCACCTTGTTCATAGTGGTTGAGATTGCAGGGGCATATTAACTCCTGTATTTACTAGG
CACTATTTGTTCCGTTCCTAGTTGTTTCGTTTCTGTAACTCATGTGGTTATGTAGCACTA
GAGAATCAGTAACTACATCCATGATCTAGTGGTCATGACTGTTTGTATGCCTGCACGGCA
ATATAAATATAAGACAAACCGACCATCATAGGCATGACCAAAAACATCCCTTCTAACTTG
CCATATAATCACAATACTGTTTTGCTATTTCTAAGCTGCCCTGTTTTTCCTAACTCCAAG
TAAGTTTTTGTGACCATGGTACAGAAACTGATGCGCCACATGGTTGGAATGGCTTTTCCT
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TTCTTTGGAGTTGCTGAATTTGCTCTCCACAGTTGCAGTTCTTTCTAGCCGCATGGTGAT
ATGCATGAACAGCAGAACAATCGAAAATACTTGGTCCTAGTTTCTACATATACATGGTTA
ATACTACTAATTCCAATGAACTTCACCATTGGCCATAGACTGCCTAGATTGAAATGTTTT
GCACCTTGTCCACTCACTAAGCTTTATTATATTATTATGATGTCAAATGCCAAGGAAGCA
AGCACTTGGTTCACATACGGTGTAATGGTTTACTCAGAACAACGCACTACATTTGACATC
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CCAATTTGACCGGGTGCATCAGGTTATTTTAACTATATCTGATTCAAATCAAAATCGTTT
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TTGCAGTTCTTGCCCTTGTAGTAATCCCGGGGCGCCCTCTTGGAGGAGAGGATGTTGAGC
GAGGACGTCCGCTTCCGCCGCATCGACCTCCCGATCGAGCTCAGTATCAGCCCCAGAGGC
ATCGTTCCTACGAATCCCGACGGTAAAATCAGCTGTCAGAGGGGAGGGGAGGGGAGGGGA
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CGACGAGGATCGGGAGGTGCGGTAGGGTTTGGGGGGTTTCGAGTCGGAGCTCTTCTTCCC
GGCGGCGGCGGCGGCGGGCGATCAGTGTGAGGGAGAGAGAGAAATGGGGCTTCTTTCGAC
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ATAAAACCGGAGAAGCTGTGTTCGTTCGGCTCACTGACACGTGGGTCCACGATCAACCGC
TGCACTGCCCGTATGACGCACCCAAGCCAAAGACGGCGAGAGGCCCAACCATTTCGCTTC
GCCGCTTAAACCCTAAACCCAGGCCCAAAACCCCTCTTCCTCTTCCTGCCGCTCCTCCCC
AGTCCCCGAGCGCCACCATGTCGATGGCGGTGGCCTCGCTCCGCTTCCTCGCGCGCCGAC
GGCACCAGATGCGGCTCGCTTTCCCCGGCACGCGGGCCGCATTCCTCTCCAACACGGCCG
AGGAGGCCCCGCAGGCGTCGCCGCCGCCGCCGGGGCGGAAGGTGCTGGAGAGCTTCCGCG
AGGAGTTCGAGATCGGGGGTCGCCTCATCGCCTTCGAGACCGGGAAGATGGCGCGCTTCG
CCAACGGCTCCGTGGTCATCTCCATGGAGGACACCAACGTCCTCTCCACCGTCGCCGCCG
CTAAGTCCTCGGACCCCGTCCGGGACTTCCTCCCTCTAACCGTAAGGATCGTTTTCCGTC
TTCTATTGACGTGGTGTGTTTCAGAGCATGTCAAATTCGCCCTTCCCTCCCATGTGGCAA
CTTAATCTGCACATACATACACTTCCATTTGACGCAATTTTAAGTGTTCTCCAGCTACAG
CATTTGATTTGTGCCACAAATTTTCCCAGGTTATATATATCTTGTTGAACACCCCACCTT
TTTTATATCTTTGTAATAATGAGACTTCATTGATTTGGTTCACAAGCACGGTTTGGTTGC
AGTACTATTCATTGTTATGCCGTTCATTTGTGCCAATTATCACCAGTTTTGCGTTTCAGT
AAGAGATTGATAAAATTAAGGCTGCGTTTGGCATTGCAGTCGATTGCCATAGCCCCGGTT
GCCCAACCAGCTTTTGCCTATTTTGGTGTTTGTTTGACCTGCTTTTACCTACTTTCCTGG
CTAATTTTCAACAGCGCACCGCATTATAAAATATGCACAATGCAGAACAGTTCAGCAACT
GCAAACTGACCTAAATCGATGTTATTTACAAATTATCACGCTTGATTTTGGGCAGGTAGT
GTTCAGTGCTTCATGGTAATAAAGCATAATTTTAGTACCTTGAAGCTGTTTCTTACAGCT
GCTGATTCCCTGGAGTAAAATTTGAAAGAGCTAAATACATTATTGACTCTTAAACTTCTC
TGAAGCACTTAAATAATCTACAGTTTTTTAGTTTAGGGACCTACTTGACCACCCTGGACA
AGTTTAAAGGCCCATTGTGTACTTCACTTCTCTCATTGCCAATTGAACTTACTGGGGATA
TGCTTAACCCAAAGGGAAGAATGGAATATGTTTGTCTTCACTTTTTCAAGGCAACACTAT
CTATTTGCTATCTGCATCTTTCCCATGATGAGCAGGTTGGTTATTTTGTTGGCTGTAGGT
TGATTATCAAGAGAAGCAATATGCTCAAGGTGTTATTCCCACAACATATATGCGCAGGGA
AGGTGCTCCTAAGGAAAGAGAACTTCTGTGTGGGCGCATAATCGATCGACCAATACGGCC
ATTGTTTCCTCGTGGCTTTTACCATGAAGTCCAGGTGATTTTTCTGTTTAATATTTCATT
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GCTAATGCATCTTCAGCTGCTCTCATGCTTTCTGATATACCTTGGAATGGGCCAATTGGA
GTAATACGTGTCGGAAGAATTGATGGGAATTTCGTGTTGAACCCAACAGTGGATGAGGTA
ATATCGATCAAGTGCTACAATATGTAATCATTTTTTATCTATCCTCCACTGTGCCTCAAT
TGTACCCATGATGGTGTACATTTGCGCTGTTTGTGGATATAGCATTTCCCAGGAGCGTTT
CGTGGCTCATGGTGCCTATTCCATTTCTTTGCCATTTGCACCATAACTAACATCAGTGTA
TATGTGGTTTTCACATACTCCCTCTGTCCCAAAATAAGTGTCGCTGATTTATTACAGTTT
TAGTACAAAGTTGTACTAAGTCCACGACACTTACTTTGGGACGGAGGGAGTATTATCCAT
TGTAAATGCAGGGGTTTCATTCACTTCACTCATATTTTCTGTATATTTCTCTGTGACTTG
TAGTTAGGTTTGAGTGATCTCAACCTAGTTTATGCATGTTCACGGGATAAAACACTAATG
ATAGATGTACAAGCTCGTGAGATAACTGAAAGGGATCTTCAAGCAGGAATGAAGCTTGCA
CACTCTGAGGTATTATTTCTTTCCTATTTTTAGTTGATGCGTTATAATTATATTCTCATG
CAGTTGGCTATGATTCACAGGCAGTCAAGTATATCGACCCTCAAATTAGATTGGCCAAGC
GAGCTGGCAAAGAGAAAAGAGAGTACAAGCTGTCAATGATTTCAGATGAATCATACGAGA
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AGGTGTGTTGTGTACTTGTGTATTCTCTTTTGACTGCAGGTCTTCCTCTCTAGTTGAAGA
TTTACCTTTCTAGTTTGTGGAGTTAGAAGTGGAAATGTTCGATTGTGAACTTCCTTAAAG
ATCTTTGCCTCCGTCTCTAAGGGTGCATTTTTTCTGGTCATGACCAAAACCTTGGCTTTT
GTTTGGAGTATGACCAACTTTTTAACATGACAATGCTCCAGTACCAACTTTATTAGTACA
CTTTTCTAGCCAATGTTGGCCTATCCAATGACAAGCAAAATCTCAACCAATTTTGTGGCT
AGCCAACTTTTTGGCACAAACTAAACATACCCTAAATGTAAGTTGCCCAGCCCTGGGATT
TTGTGTGGTCAATCTTTATAGACTTTGAATAATAATATGTTTGGAAGATACATATTGACT
GCATGAAAGTAATGTAATTAGATTTGTCCAGAATATCACTTTCACTTCATTTTGTTAGTA
TATTATGTTGAAAACTATGTTCAAGGTTTGCCAAAAAAAAACATATTTTGACTGTGCTTC
AACTATATCATGAAGAATCAAAAACCAACCTTTTACTTTTTTGGAGGAGTCATCCGGTAA
TAAGTTAAAGCTGTTCTTGTTTTCTGCTTGCACCATGAATTCATTGGATGTTTTCATTTG
CTGCAGTTTGAACGTGGAGAAGCCTTGCAAAATATCACAGAATCTGTAAAAGAGAAGCTT
GAAGAAGAATGCGATGAGGAAAGCTTGAAGTTTCTTCCTAAAGCAGTTGATACTGTGAGA
AAGCAGGTAGCACATTGATTTCTCTGGAAACTGGAAAATTTAGATAAAAGTGTGAGCTTT
GTCAATAGATGAGCAGAAAAGACATTCATGTTGTTACACATGCATCTATATCTATACCAA
TATAAAAAGACACAAAGGGGCAAGTCCAACTAATCTAGGCCATCAAACCATGTCAATCCA
ACGACCTCGATTACTCCAGTGGCGAGCACTCAACATCTTTAATGTGCAATTAATGCCATA
CCAAATATGAATGGCAGCACTAATCATGTAATTAAAGTGCAACTAATATCCATCCTAATA
TGAGCGTCCAATTAATATACTACTCCCTCCGTCCCNNNNNAAATGTCTTAAGCTTAGTAC
AACTTTCTACTAAAACTAGTATAAAGTTGAGACAGTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACCT
AATAACAATGTGCATTGAACATACACATTTACTAGTAGCTCATGGGTATCCTGTTTCGAT
ACATGCAAGGAAGGTTAACTCCAATGCTGACGTTTTAATCATATTTTTTGCCGTGCCTAA
ATTAATGATTCTGTCATATCTCATTTTACACATTGAAACCTGGAACTTTATGTAACACCT
ACTGATCTTATCTGTTCAATGCACAAATGTACGTGCCATAGAAACAACAGAGCACATTGA
TCTCTTTACAATAGCGAATTCTTAACATTTGGCAAACTTGCATCCATTGTACCAAAACTC
TGTTTCCAGTCATGTGCATGAGTAGTTTATAATCGGTAAATGAAAGCTCTGGTCCCTATG
AATTCAGGATACTTCTATTTCTGAATTCAGGATAAAATTTCTGTTCTGGTAGTTCATGGA
AAACTCTGAGAACTTGTGCAAATTATATTGAGGTATTGGGCCTAATAGCTTTTAATATCA
AGACGAAAGTTGCGAGGAGCTACCATCTATCCTTGGCATCACTTGATAGCATTTCATTCA
GTGCAATTTTGTGTGTGTAGAATCACTTATATTATTTCAGTCAATAAAGAGTTGCGCTCT
TCTTTTGTGCAGGTCATACGCAAGAGAATAATTAAAGAAGGCCTTAGAGTCGATGGTAGA
CGACTTGATGAGGTGCGGCCGTTGTATTGTGAATCGAGCACATACCCGATATTGCATGGT
TCTGCACTGTTTTCGCGTGGAGATACTCAGGTTCTCTCTCTCTCCCTCCAGAGGCACACA
CAATGGCACAGGCACATGTGCGCACGAACACTCATGCAGTCACGTGCACCCCCCCCCCCC
CCCCACCACCCCTCAAACTACCTATAATCACAACTAACACACCA